jalview/viewmodel/OverviewDimensions.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.viewmodel;
  22
  23 import jalview.api.AlignmentColsCollectionI;
  24 import jalview.api.AlignmentRowsCollectionI;
  25 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  26 import jalview.datamodel.HiddenColumns;
  27 import jalview.datamodel.HiddenSequences;
  28
  29 import java.awt.Graphics;
  30
  31 public abstract class OverviewDimensions
  32 {
  33   protected static final int MAX_WIDTH = 400;
  34
  35   protected static final int MIN_WIDTH = 120;
  36
  37   protected static final int MIN_SEQ_HEIGHT = 40;
  38
  39   protected static final int MAX_SEQ_HEIGHT = 300;
  40
  41   private static final int DEFAULT_GRAPH_HEIGHT = 20;
  42
  43   protected int width;
  44
  45   protected int sequencesHeight;
  46
  47   protected int graphHeight = DEFAULT_GRAPH_HEIGHT;
  48
  49   protected int boxX = -1;
  50
  51   protected int boxY = -1;
  52
  53   protected int boxWidth = -1;
  54
  55   protected int boxHeight = -1;
  56
  57   protected int alwidth;
  58
  59   protected int alheight;
  60
  61   /**
  62    * Create an OverviewDimensions object
  63    *
  64    * @param ranges
  65    *          positional properties of the viewport
  66    * @param showAnnotationPanel
  67    *          true if the annotation panel is to be shown, false otherwise
  68    */
  69   public OverviewDimensions(ViewportRanges ranges,
  70           boolean showAnnotationPanel)
  71   {
  72     // scale the initial size of overviewpanel to shape of alignment
  73     float initialScale = (float) ranges.getAbsoluteAlignmentWidth()
  74             / (float) ranges.getAbsoluteAlignmentHeight();
  75
  76     if (!showAnnotationPanel)
  77     {
  78       graphHeight = 0;
  79     }
  80
  81     if (ranges.getAbsoluteAlignmentWidth() > ranges
  82             .getAbsoluteAlignmentHeight())
  83     {
  84       // wider
  85       width = MAX_WIDTH;
  86       sequencesHeight = Math.round(MAX_WIDTH / initialScale);
  87       if (sequencesHeight < MIN_SEQ_HEIGHT)
  88       {
  89         sequencesHeight = MIN_SEQ_HEIGHT;
  90       }
  91     }
  92     else
  93     {
  94       // taller
  95       width = Math.round(MAX_WIDTH * initialScale);
  96       sequencesHeight = MAX_SEQ_HEIGHT;
  97
  98       if (width < MIN_WIDTH)
  99       {
 100         width = MIN_WIDTH;
 101       }
 102     }
 103   }
 104
 105   /**
 106    * Draw the overview panel's viewport box on a graphics object
 107    *
 108    * @param g
 109    *          the graphics object to draw on
 110    */
 111   public void drawBox(Graphics g)
 112   {
 113     g.drawRect(boxX, boxY, boxWidth, boxHeight);
 114     g.drawRect(boxX + 1, boxY + 1, boxWidth - 2, boxHeight - 2);
 115   }
 116
 117   public int getBoxX()
 118   {
 119     return boxX;
 120   }
 121
 122   public int getBoxY()
 123   {
 124     return boxY;
 125   }
 126
 127   public int getBoxWidth()
 128   {
 129     return boxWidth;
 130   }
 131
 132   public int getBoxHeight()
 133   {
 134     return boxHeight;
 135   }
 136
 137   public int getWidth()
 138   {
 139     return width;
 140   }
 141
 142   public int getHeight()
 143   {
 144     return sequencesHeight + graphHeight;
 145   }
 146
 147   public int getSequencesHeight()
 148   {
 149     return sequencesHeight;
 150   }
 151
 152   public int getGraphHeight()
 153   {
 154     return graphHeight;
 155   }
 156
 157   public float getPixelsPerCol()
 158   {
 159     resetAlignmentDims();
 160     return (float) width / alwidth;
 161   }
 162
 163   public float getPixelsPerSeq()
 164   {
 165     resetAlignmentDims();
 166     return (float) sequencesHeight / alheight;
 167   }
 168
 169   public void setWidth(int w)
 170   {
 171     width = w;
 172   }
 173
 174   public void setHeight(int h)
 175   {
 176     sequencesHeight = h - graphHeight;
 177   }
 178
 179   /**
 180    * Update the viewport location from a mouse click in the overview panel
 181    *
 182    * @param mousex
 183    *          x location of mouse
 184    * @param mousey
 185    *          y location of mouse
 186    * @param hiddenSeqs
 187    *          the alignment's hidden sequences
 188    * @param hiddenCols
 189    *          the alignment's hidden columns
 190    */
 191   public abstract void updateViewportFromMouse(int mousex, int mousey,
 192           HiddenSequences hiddenSeqs, HiddenColumns hiddenCols);
 193
 194   /**
 195    * Set the overview panel's box position to match the viewport
 196    *
 197    * @param hiddenSeqs
 198    *          the alignment's hidden sequences
 199    * @param hiddenCols
 200    *          the alignment's hidden columns
 201    */
 202   public abstract void setBoxPosition(HiddenSequences hiddenSeqs,
 203           HiddenColumns hiddenCols);
 204
 205   /**
 206    * Get the collection of columns used by this overview dimensions object
 207    *
 208    * @param hiddenCols
 209    *          the alignment's hidden columns
 210    * @return a column collection
 211    */
 212   public abstract AlignmentColsCollectionI getColumns(AlignmentI al);
 213
 214   /**
 215    * Get the collection of rows used by this overview dimensions object
 216    *
 217    * @param al
 218    *          the alignment
 219    * @return a row collection
 220    */
 221   public abstract AlignmentRowsCollectionI getRows(AlignmentI al);
 222
 223   /**
 224    * Updates overview dimensions to account for current alignment dimensions
 225    */
 226   protected abstract void resetAlignmentDims();
 227
 228   protected void setBoxPosition(int startRes, int startSeq, int vpwidth,
 229           int vpheight)
 230   {
 231     resetAlignmentDims();
 232
 233     // boxX, boxY is the x,y location equivalent to startRes, startSeq
 234     int xPos = Math.min(startRes, alwidth - vpwidth + 1);
 235     boxX = Math.round((float) xPos * width / alwidth);
 236     boxY = Math.round((float) startSeq * sequencesHeight / alheight);
 237
 238     // boxWidth is the width in residues translated to pixels
 239     boxWidth = Math.round((float) vpwidth * width / alwidth);
 240
 241     // boxHeight is the height in sequences translated to pixels
 242     boxHeight = Math.round((float) vpheight * sequencesHeight / alheight);
 243   }
 244 }