jalview/viewmodel/OverviewDimensionsHideHidden.java

   1 package jalview.viewmodel;
   2
   3 import jalview.api.AlignmentColsCollectionI;
   4 import jalview.api.AlignmentRowsCollectionI;
   5 import jalview.datamodel.AlignmentI;
   6 import jalview.datamodel.HiddenColumns;
   7 import jalview.datamodel.HiddenSequences;
   8 import jalview.datamodel.VisibleColsCollection;
   9 import jalview.datamodel.VisibleRowsCollection;
  10
  11 public class OverviewDimensionsHideHidden extends OverviewDimensions
  12 {
  13   private ViewportRanges ranges;
  14
  15   public OverviewDimensionsHideHidden(ViewportRanges vpranges,
  16           boolean showAnnotationPanel)
  17   {
  18     super(vpranges, showAnnotationPanel);
  19     ranges = vpranges;
  20     resetAlignmentDims();
  21   }
  22
  23   @Override
  24   public void updateViewportFromMouse(int mousex, int mousey,
  25           HiddenSequences hiddenSeqs, HiddenColumns hiddenCols)
  26   {
  27     resetAlignmentDims();
  28
  29     int x = mousex;
  30     int y = mousey;
  31
  32     if (x < 0)
  33     {
  34       x = 0;
  35     }
  36
  37     if (y < 0)
  38     {
  39       y = 0;
  40     }
  41
  42     if (ranges.isWrappedMode())
  43     {
  44       y = 0; // sorry, no vertical scroll when wrapped
  45     }
  46
  47     //
  48     // Convert x value to residue position
  49     //
  50
  51     // need to determine where scrollCol should be, given x
  52     // to do this also need to know width of viewport, and some hidden column
  53     // correction
  54
  55     // convert x to residues - this is an absolute position
  56     int xAsRes = Math.round((float) x * alwidth / width);
  57
  58     // get viewport width in residues
  59     int vpwidth = ranges.getViewportWidth();
  60
  61     if (xAsRes + vpwidth > alwidth)
  62     {
  63       // went past the end of the alignment, adjust backwards
  64
  65       // if last position was before the end of the alignment, need to update
  66       if (ranges.getStartRes() < alwidth)
  67       {
  68         xAsRes = alwidth - vpwidth;
  69       }
  70       else
  71       {
  72         xAsRes = ranges.getStartRes();
  73       }
  74     }
  75
  76
  77     //
  78     // Convert y value to sequence position
  79     //
  80
  81     // convert y to residues
  82     int yAsSeq = Math.round((float) y * alheight / sequencesHeight);
  83
  84     // get viewport height in sequences
  85     // add 1 because height includes both endSeq and startSeq
  86     int vpheight = ranges.getViewportHeight();
  87
  88     if (yAsSeq + vpheight > alheight)
  89     {
  90       // went past the end of the alignment, adjust backwards
  91       if (ranges.getEndSeq() < alheight)
  92       {
  93         yAsSeq = alheight - vpheight;
  94       }
  95       else
  96       {
  97         yAsSeq = ranges.getStartSeq();
  98       }
  99     }
 100
 101     // update viewport
 102     ranges.setStartRes(xAsRes);
 103     ranges.setStartSeq(yAsSeq);
 104
 105   }
 106
 107   @Override
 108   public void setBoxPosition(HiddenSequences hiddenSeqs,
 109           HiddenColumns hiddenCols)
 110   {
 111     setBoxPosition(ranges.getStartRes(), ranges.getStartSeq(),
 112             ranges.getViewportWidth(), ranges.getViewportHeight());
 113   }
 114
 115   @Override
 116   public AlignmentColsCollectionI getColumns(AlignmentI al)
 117   {
 118     return new VisibleColsCollection(0,
 119             ranges.getAbsoluteAlignmentWidth() - 1, al);
 120   }
 121
 122   @Override
 123   public AlignmentRowsCollectionI getRows(AlignmentI al)
 124   {
 125     return new VisibleRowsCollection(0,
 126             ranges.getAbsoluteAlignmentHeight() - 1, al);
 127   }
 128
 129   @Override
 130   protected void resetAlignmentDims()
 131   {
 132     alwidth = ranges.getVisibleAlignmentWidth();
 133     alheight = ranges.getVisibleAlignmentHeight();
 134   }
 135 }