JAL-3563 Bamboo testing
[jalview.git] / resources / GeneticCodes.dat
1 -- source: ftp://ftp.ncbi.nih.gov/entrez/misc/data/gc.prt (19th March 2018)
2 -- SGC3 name edited slightly so as to fit all on one line
3 --**************************************************************************
4 --  This is the NCBI genetic code table
5 --  Initial base data set from Andrzej Elzanowski while at PIR International
6 --  Addition of Eubacterial and Alternative Yeast by J.Ostell at NCBI
7 --  Base 1-3 of each codon have been added as comments to facilitate
8 --    readability at the suggestion of Peter Rice, EMBL
9 --  Later additions by Taxonomy Group staff at NCBI
10 --
11 --  Version 4.2
12 --     Added Karyorelict nuclear genetic code 27
13 --     Added Condylostoma nuclear genetic code 28
14 --     Added Mesodinium nuclear genetic code 29
15 --     Added Peritrich nuclear genetic code 30
16 --     Added Blastocrithidia nuclear genetic code 31
17 --
18 --  Version 4.1
19 --     Added Pachysolen tannophilus nuclear genetic code 26
20 --
21 --  Version 4.0
22 --     Updated version to reflect numerous undocumented changes:
23 --     Corrected start codons for genetic code 25
24 --     Name of new genetic code is Candidate Division SR1 and Gracilibacteria
25 --     Added candidate division SR1 nuclear genetic code 25
26 --     Added GTG as start codon for genetic code 24
27 --     Corrected Pterobranchia Mitochondrial genetic code (24)
28 --     Added genetic code 24, Pterobranchia Mitochondrial
29 --     Genetic code 11 is now Bacterial, Archaeal and Plant Plastid
30 --     Fixed capitalization of mitochondrial in codes 22 and 23
31 --     Added GTG, ATA, and TTG as alternative start codons to code 13
32 --
33 --  Version 3.9
34 --     Code 14 differs from code 9 only by translating UAA to Tyr rather than
35 --     STOP.  A recent study (Telford et al, 2000) has found no evidence that
36 --     the codon UAA codes for Tyr in the flatworms, but other opinions exist.
37 --     There are very few GenBank records that are translated with code 14,
38 --     but a test translation shows that retranslating these records with code
39 --     9 can cause premature terminations.  Therefore, GenBank will maintain
40 --     code 14 until further information becomes available.
41 --
42 --  Version 3.8
43 --     Added GTG start to Echinoderm mitochondrial code, code 9
44 --
45 --  Version 3.7
46 --     Added code 23 Thraustochytrium mitochondrial code
47 --        formerly OGMP code 93
48 --        submitted by Gertraude Berger, Ph.D.
49 --
50 --  Version 3.6
51 --     Added code 22 TAG-Leu, TCA-stop
52 --        found in mitochondrial DNA of Scenedesmus obliquus
53 --        submitted by Gertraude Berger, Ph.D.
54 --        Organelle Genome Megasequencing Program, Univ Montreal
55 --
56 --  Version 3.5
57 --     Added code 21, Trematode Mitochondrial
58 --       (as deduced from: Garey & Wolstenholme,1989; Ohama et al, 1990)
59 --     Added code 16, Chlorophycean Mitochondrial
60 --       (TAG can translated to Leucine instaed to STOP in chlorophyceans
61 --        and fungi)
62 --
63 --  Version 3.4
64 --     Added CTG,TTG as allowed alternate start codons in Standard code.
65 --        Prats et al. 1989, Hann et al. 1992
66 --
67 --  Version 3.3 - 10/13/95
68 --     Added alternate intiation codon ATC to code 5
69 --        based on complete mitochondrial genome of honeybee
70 --        Crozier and Crozier (1993)
71 --
72 --  Version 3.2 - 6/24/95
73 --  Code       Comments
74 --   10        Alternative Ciliate Macronuclear renamed to Euplotid Macro...
75 --   15        Blepharisma Macro.. code added
76 --    5        Invertebrate Mito.. GTG allowed as alternate initiator
77 --   11        Eubacterial renamed to Bacterial as most alternate starts
78 --               have been found in Archea
79 --
80 --
81 --  Version 3.1 - 1995
82 --  Updated as per Andrzej Elzanowski at NCBI
83 --     Complete documentation in NCBI toolkit documentation
84 --  Note: 2 genetic codes have been deleted
85 --
86 --   Old id   Use id     - Notes
87 --
88 --   id 7      id 4      - Kinetoplast code now merged in code id 4
89 --   id 8      id 1      - all plant chloroplast differences due to RNA edit
90 --
91 --*************************************************************************
92
93 Genetic-code-table ::= {
94  {
95   name "Standard" ,
96   name "SGC0" ,
97   id 1 ,
98   ncbieaa  "FFLLSSSSYY**CC*WLLLLPPPPHHQQRRRRIIIMTTTTNNKKSSRRVVVVAAAADDEEGGGG",
99   sncbieaa "---M------**--*----M---------------M----------------------------"
100   -- Base1  TTTTTTTTTTTTTTTTCCCCCCCCCCCCCCCCAAAAAAAAAAAAAAAAGGGGGGGGGGGGGGGG
101   -- Base2  TTTTCCCCAAAAGGGGTTTTCCCCAAAAGGGGTTTTCCCCAAAAGGGGTTTTCCCCAAAAGGGG
102   -- Base3  TCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAG
103  },
104  {
105   name "Vertebrate Mitochondrial" ,
106   name "SGC1" ,
107   id 2 ,
108   ncbieaa  "FFLLSSSSYY**CCWWLLLLPPPPHHQQRRRRIIMMTTTTNNKKSS**VVVVAAAADDEEGGGG",
109   sncbieaa "----------**--------------------MMMM----------**---M------------"
110   -- Base1  TTTTTTTTTTTTTTTTCCCCCCCCCCCCCCCCAAAAAAAAAAAAAAAAGGGGGGGGGGGGGGGG
111   -- Base2  TTTTCCCCAAAAGGGGTTTTCCCCAAAAGGGGTTTTCCCCAAAAGGGGTTTTCCCCAAAAGGGG
112   -- Base3  TCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAG
113  },
114  {
115   name "Yeast Mitochondrial" ,
116   name "SGC2" ,
117   id 3 ,
118   ncbieaa  "FFLLSSSSYY**CCWWTTTTPPPPHHQQRRRRIIMMTTTTNNKKSSRRVVVVAAAADDEEGGGG",
119   sncbieaa "----------**----------------------MM----------------------------"
120   -- Base1  TTTTTTTTTTTTTTTTCCCCCCCCCCCCCCCCAAAAAAAAAAAAAAAAGGGGGGGGGGGGGGGG
121   -- Base2  TTTTCCCCAAAAGGGGTTTTCCCCAAAAGGGGTTTTCCCCAAAAGGGGTTTTCCCCAAAAGGGG
122   -- Base3  TCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAG
123  },
124  {
125     name "Mold / Protozoan / Coelenterate Mitochondrial; Mycoplasma; Spiroplasma" ,
126   name "SGC3" ,
127   id 4 ,
128   ncbieaa  "FFLLSSSSYY**CCWWLLLLPPPPHHQQRRRRIIIMTTTTNNKKSSRRVVVVAAAADDEEGGGG",
129   sncbieaa "--MM------**-------M------------MMMM---------------M------------"
130   -- Base1  TTTTTTTTTTTTTTTTCCCCCCCCCCCCCCCCAAAAAAAAAAAAAAAAGGGGGGGGGGGGGGGG
131   -- Base2  TTTTCCCCAAAAGGGGTTTTCCCCAAAAGGGGTTTTCCCCAAAAGGGGTTTTCCCCAAAAGGGG
132   -- Base3  TCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAG
133  },
134  {
135   name "Invertebrate Mitochondrial" ,
136   name "SGC4" ,
137   id 5 ,
138   ncbieaa  "FFLLSSSSYY**CCWWLLLLPPPPHHQQRRRRIIMMTTTTNNKKSSSSVVVVAAAADDEEGGGG",
139   sncbieaa "---M------**--------------------MMMM---------------M------------"
140   -- Base1  TTTTTTTTTTTTTTTTCCCCCCCCCCCCCCCCAAAAAAAAAAAAAAAAGGGGGGGGGGGGGGGG
141   -- Base2  TTTTCCCCAAAAGGGGTTTTCCCCAAAAGGGGTTTTCCCCAAAAGGGGTTTTCCCCAAAAGGGG
142   -- Base3  TCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAG
143  },
144  {
145   name "Ciliate Nuclear; Dasycladacean Nuclear; Hexamita Nuclear" ,
146   name "SGC5" ,
147   id 6 ,
148   ncbieaa  "FFLLSSSSYYQQCC*WLLLLPPPPHHQQRRRRIIIMTTTTNNKKSSRRVVVVAAAADDEEGGGG",
149   sncbieaa "--------------*--------------------M----------------------------"
150   -- Base1  TTTTTTTTTTTTTTTTCCCCCCCCCCCCCCCCAAAAAAAAAAAAAAAAGGGGGGGGGGGGGGGG
151   -- Base2  TTTTCCCCAAAAGGGGTTTTCCCCAAAAGGGGTTTTCCCCAAAAGGGGTTTTCCCCAAAAGGGG
152   -- Base3  TCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAG
153  },
154  {
155   name "Echinoderm Mitochondrial; Flatworm Mitochondrial" ,
156   name "SGC8" ,
157   id 9 ,
158   ncbieaa  "FFLLSSSSYY**CCWWLLLLPPPPHHQQRRRRIIIMTTTTNNNKSSSSVVVVAAAADDEEGGGG",
159   sncbieaa "----------**-----------------------M---------------M------------"
160   -- Base1  TTTTTTTTTTTTTTTTCCCCCCCCCCCCCCCCAAAAAAAAAAAAAAAAGGGGGGGGGGGGGGGG
161   -- Base2  TTTTCCCCAAAAGGGGTTTTCCCCAAAAGGGGTTTTCCCCAAAAGGGGTTTTCCCCAAAAGGGG
162   -- Base3  TCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAG
163  },
164  {
165   name "Euplotid Nuclear" ,
166   name "SGC9" ,
167   id 10 ,
168   ncbieaa  "FFLLSSSSYY**CCCWLLLLPPPPHHQQRRRRIIIMTTTTNNKKSSRRVVVVAAAADDEEGGGG",
169   sncbieaa "----------**-----------------------M----------------------------"
170   -- Base1  TTTTTTTTTTTTTTTTCCCCCCCCCCCCCCCCAAAAAAAAAAAAAAAAGGGGGGGGGGGGGGGG
171   -- Base2  TTTTCCCCAAAAGGGGTTTTCCCCAAAAGGGGTTTTCCCCAAAAGGGGTTTTCCCCAAAAGGGG
172   -- Base3  TCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAG
173  },
174  {
175   name "Bacterial, Archaeal and Plant Plastid" ,
176   id 11 ,
177   ncbieaa  "FFLLSSSSYY**CC*WLLLLPPPPHHQQRRRRIIIMTTTTNNKKSSRRVVVVAAAADDEEGGGG",
178   sncbieaa "---M------**--*----M------------MMMM---------------M------------"
179   -- Base1  TTTTTTTTTTTTTTTTCCCCCCCCCCCCCCCCAAAAAAAAAAAAAAAAGGGGGGGGGGGGGGGG
180   -- Base2  TTTTCCCCAAAAGGGGTTTTCCCCAAAAGGGGTTTTCCCCAAAAGGGGTTTTCCCCAAAAGGGG
181   -- Base3  TCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAG
182  },
183  {
184   name "Alternative Yeast Nuclear" ,
185   id 12 ,
186   ncbieaa  "FFLLSSSSYY**CC*WLLLSPPPPHHQQRRRRIIIMTTTTNNKKSSRRVVVVAAAADDEEGGGG",
187   sncbieaa "----------**--*----M---------------M----------------------------"
188   -- Base1  TTTTTTTTTTTTTTTTCCCCCCCCCCCCCCCCAAAAAAAAAAAAAAAAGGGGGGGGGGGGGGGG
189   -- Base2  TTTTCCCCAAAAGGGGTTTTCCCCAAAAGGGGTTTTCCCCAAAAGGGGTTTTCCCCAAAAGGGG
190   -- Base3  TCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAG
191  },
192  {
193   name "Ascidian Mitochondrial" ,
194   id 13 ,
195   ncbieaa  "FFLLSSSSYY**CCWWLLLLPPPPHHQQRRRRIIMMTTTTNNKKSSGGVVVVAAAADDEEGGGG",
196   sncbieaa "---M------**----------------------MM---------------M------------"
197   -- Base1  TTTTTTTTTTTTTTTTCCCCCCCCCCCCCCCCAAAAAAAAAAAAAAAAGGGGGGGGGGGGGGGG
198   -- Base2  TTTTCCCCAAAAGGGGTTTTCCCCAAAAGGGGTTTTCCCCAAAAGGGGTTTTCCCCAAAAGGGG
199   -- Base3  TCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAG
200  },
201  {
202   name "Alternative Flatworm Mitochondrial" ,
203   id 14 ,
204   ncbieaa  "FFLLSSSSYYY*CCWWLLLLPPPPHHQQRRRRIIIMTTTTNNNKSSSSVVVVAAAADDEEGGGG",
205   sncbieaa "-----------*-----------------------M----------------------------"
206   -- Base1  TTTTTTTTTTTTTTTTCCCCCCCCCCCCCCCCAAAAAAAAAAAAAAAAGGGGGGGGGGGGGGGG
207   -- Base2  TTTTCCCCAAAAGGGGTTTTCCCCAAAAGGGGTTTTCCCCAAAAGGGGTTTTCCCCAAAAGGGG
208   -- Base3  TCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAG
209  } ,
210  {
211   name "Blepharisma Macronuclear" ,
212   id 15 ,
213   ncbieaa  "FFLLSSSSYY*QCC*WLLLLPPPPHHQQRRRRIIIMTTTTNNKKSSRRVVVVAAAADDEEGGGG",
214   sncbieaa "----------*---*--------------------M----------------------------"
215   -- Base1  TTTTTTTTTTTTTTTTCCCCCCCCCCCCCCCCAAAAAAAAAAAAAAAAGGGGGGGGGGGGGGGG
216   -- Base2  TTTTCCCCAAAAGGGGTTTTCCCCAAAAGGGGTTTTCCCCAAAAGGGGTTTTCCCCAAAAGGGG
217   -- Base3  TCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAG
218  } ,
219  {
220   name "Chlorophycean Mitochondrial" ,
221   id 16 ,
222   ncbieaa  "FFLLSSSSYY*LCC*WLLLLPPPPHHQQRRRRIIIMTTTTNNKKSSRRVVVVAAAADDEEGGGG",
223   sncbieaa "----------*---*--------------------M----------------------------"
224   -- Base1  TTTTTTTTTTTTTTTTCCCCCCCCCCCCCCCCAAAAAAAAAAAAAAAAGGGGGGGGGGGGGGGG
225   -- Base2  TTTTCCCCAAAAGGGGTTTTCCCCAAAAGGGGTTTTCCCCAAAAGGGGTTTTCCCCAAAAGGGG
226   -- Base3  TCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAG
227  } ,
228  {
229   name "Trematode Mitochondrial" ,
230   id 21 ,
231   ncbieaa  "FFLLSSSSYY**CCWWLLLLPPPPHHQQRRRRIIMMTTTTNNNKSSSSVVVVAAAADDEEGGGG",
232   sncbieaa "----------**-----------------------M---------------M------------"
233   -- Base1  TTTTTTTTTTTTTTTTCCCCCCCCCCCCCCCCAAAAAAAAAAAAAAAAGGGGGGGGGGGGGGGG
234   -- Base2  TTTTCCCCAAAAGGGGTTTTCCCCAAAAGGGGTTTTCCCCAAAAGGGGTTTTCCCCAAAAGGGG
235   -- Base3  TCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAG
236  } ,
237  {
238   name "Scenedesmus obliquus Mitochondrial" ,
239   id 22 ,
240   ncbieaa  "FFLLSS*SYY*LCC*WLLLLPPPPHHQQRRRRIIIMTTTTNNKKSSRRVVVVAAAADDEEGGGG",
241   sncbieaa "------*---*---*--------------------M----------------------------"
242   -- Base1  TTTTTTTTTTTTTTTTCCCCCCCCCCCCCCCCAAAAAAAAAAAAAAAAGGGGGGGGGGGGGGGG
243   -- Base2  TTTTCCCCAAAAGGGGTTTTCCCCAAAAGGGGTTTTCCCCAAAAGGGGTTTTCCCCAAAAGGGG
244   -- Base3  TCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAG
245  } ,
246  {
247   name "Thraustochytrium Mitochondrial" ,
248   id 23 ,
249   ncbieaa  "FF*LSSSSYY**CC*WLLLLPPPPHHQQRRRRIIIMTTTTNNKKSSRRVVVVAAAADDEEGGGG",
250   sncbieaa "--*-------**--*-----------------M--M---------------M------------"
251   -- Base1  TTTTTTTTTTTTTTTTCCCCCCCCCCCCCCCCAAAAAAAAAAAAAAAAGGGGGGGGGGGGGGGG
252   -- Base2  TTTTCCCCAAAAGGGGTTTTCCCCAAAAGGGGTTTTCCCCAAAAGGGGTTTTCCCCAAAAGGGG
253   -- Base3  TCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAG
254  } ,
255  {
256   name "Pterobranchia Mitochondrial" ,
257   id 24 ,
258   ncbieaa  "FFLLSSSSYY**CCWWLLLLPPPPHHQQRRRRIIIMTTTTNNKKSSSKVVVVAAAADDEEGGGG",
259   sncbieaa "---M------**-------M---------------M---------------M------------"
260   -- Base1  TTTTTTTTTTTTTTTTCCCCCCCCCCCCCCCCAAAAAAAAAAAAAAAAGGGGGGGGGGGGGGGG
261   -- Base2  TTTTCCCCAAAAGGGGTTTTCCCCAAAAGGGGTTTTCCCCAAAAGGGGTTTTCCCCAAAAGGGG
262   -- Base3  TCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAG
263  } ,
264  {
265   name "Candidate Division SR1 and Gracilibacteria" ,
266   id 25 ,
267   ncbieaa  "FFLLSSSSYY**CCGWLLLLPPPPHHQQRRRRIIIMTTTTNNKKSSRRVVVVAAAADDEEGGGG",
268   sncbieaa "---M------**-----------------------M---------------M------------"
269   -- Base1  TTTTTTTTTTTTTTTTCCCCCCCCCCCCCCCCAAAAAAAAAAAAAAAAGGGGGGGGGGGGGGGG
270   -- Base2  TTTTCCCCAAAAGGGGTTTTCCCCAAAAGGGGTTTTCCCCAAAAGGGGTTTTCCCCAAAAGGGG
271   -- Base3  TCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAG
272  } ,
273  {
274   name "Pachysolen tannophilus Nuclear" ,
275   id 26 ,
276   ncbieaa  "FFLLSSSSYY**CC*WLLLAPPPPHHQQRRRRIIIMTTTTNNKKSSRRVVVVAAAADDEEGGGG",
277   sncbieaa "----------**--*----M---------------M----------------------------"
278   -- Base1  TTTTTTTTTTTTTTTTCCCCCCCCCCCCCCCCAAAAAAAAAAAAAAAAGGGGGGGGGGGGGGGG
279   -- Base2  TTTTCCCCAAAAGGGGTTTTCCCCAAAAGGGGTTTTCCCCAAAAGGGGTTTTCCCCAAAAGGGG
280   -- Base3  TCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAG
281  } ,
282  {
283   name "Karyorelict Nuclear" ,
284   id 27 ,
285   ncbieaa  "FFLLSSSSYYQQCCWWLLLLPPPPHHQQRRRRIIIMTTTTNNKKSSRRVVVVAAAADDEEGGGG",
286   sncbieaa "--------------*--------------------M----------------------------"
287   -- Base1  TTTTTTTTTTTTTTTTCCCCCCCCCCCCCCCCAAAAAAAAAAAAAAAAGGGGGGGGGGGGGGGG
288   -- Base2  TTTTCCCCAAAAGGGGTTTTCCCCAAAAGGGGTTTTCCCCAAAAGGGGTTTTCCCCAAAAGGGG
289   -- Base3  TCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAG
290  } ,
291  {
292   name "Condylostoma Nuclear" ,
293   id 28 ,
294   ncbieaa  "FFLLSSSSYYQQCCWWLLLLPPPPHHQQRRRRIIIMTTTTNNKKSSRRVVVVAAAADDEEGGGG",
295   sncbieaa "----------**--*--------------------M----------------------------"
296   -- Base1  TTTTTTTTTTTTTTTTCCCCCCCCCCCCCCCCAAAAAAAAAAAAAAAAGGGGGGGGGGGGGGGG
297   -- Base2  TTTTCCCCAAAAGGGGTTTTCCCCAAAAGGGGTTTTCCCCAAAAGGGGTTTTCCCCAAAAGGGG
298   -- Base3  TCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAG
299  } ,
300  {
301   name "Mesodinium Nuclear" ,
302   id 29 ,
303   ncbieaa  "FFLLSSSSYYYYCC*WLLLLPPPPHHQQRRRRIIIMTTTTNNKKSSRRVVVVAAAADDEEGGGG",
304   sncbieaa "--------------*--------------------M----------------------------"
305   -- Base1  TTTTTTTTTTTTTTTTCCCCCCCCCCCCCCCCAAAAAAAAAAAAAAAAGGGGGGGGGGGGGGGG
306   -- Base2  TTTTCCCCAAAAGGGGTTTTCCCCAAAAGGGGTTTTCCCCAAAAGGGGTTTTCCCCAAAAGGGG
307   -- Base3  TCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAG
308  } ,
309  {
310   name "Peritrich Nuclear" ,
311   id 30 ,
312   ncbieaa  "FFLLSSSSYYEECC*WLLLLPPPPHHQQRRRRIIIMTTTTNNKKSSRRVVVVAAAADDEEGGGG",
313   sncbieaa "--------------*--------------------M----------------------------"
314   -- Base1  TTTTTTTTTTTTTTTTCCCCCCCCCCCCCCCCAAAAAAAAAAAAAAAAGGGGGGGGGGGGGGGG
315   -- Base2  TTTTCCCCAAAAGGGGTTTTCCCCAAAAGGGGTTTTCCCCAAAAGGGGTTTTCCCCAAAAGGGG
316   -- Base3  TCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAG
317  } ,
318  {
319   name "Blastocrithidia Nuclear" ,
320   id 31 ,
321   ncbieaa  "FFLLSSSSYYEECCWWLLLLPPPPHHQQRRRRIIIMTTTTNNKKSSRRVVVVAAAADDEEGGGG",
322   sncbieaa "----------**-----------------------M----------------------------"
323   -- Base1  TTTTTTTTTTTTTTTTCCCCCCCCCCCCCCCCAAAAAAAAAAAAAAAAGGGGGGGGGGGGGGGG
324   -- Base2  TTTTCCCCAAAAGGGGTTTTCCCCAAAAGGGGTTTTCCCCAAAAGGGGTTTTCCCCAAAAGGGG
325   -- Base3  TCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAG
326  }
327 }