resources/GeneticCodes.dat

   1 -- source: ftp://ftp.ncbi.nih.gov/entrez/misc/data/gc.prt (19th March 2018)
   2 -- SGC3 name edited slightly so as to fit all on one line
   3 --**************************************************************************
   4 --  This is the NCBI genetic code table
   5 --  Initial base data set from Andrzej Elzanowski while at PIR International
   6 --  Addition of Eubacterial and Alternative Yeast by J.Ostell at NCBI
   7 --  Base 1-3 of each codon have been added as comments to facilitate
   8 --    readability at the suggestion of Peter Rice, EMBL
   9 --  Later additions by Taxonomy Group staff at NCBI
  10 --
  11 --  Version 4.2
  12 --     Added Karyorelict nuclear genetic code 27
  13 --     Added Condylostoma nuclear genetic code 28
  14 --     Added Mesodinium nuclear genetic code 29
  15 --     Added Peritrich nuclear genetic code 30
  16 --     Added Blastocrithidia nuclear genetic code 31
  17 --
  18 --  Version 4.1
  19 --     Added Pachysolen tannophilus nuclear genetic code 26
  20 --
  21 --  Version 4.0
  22 --     Updated version to reflect numerous undocumented changes:
  23 --     Corrected start codons for genetic code 25
  24 --     Name of new genetic code is Candidate Division SR1 and Gracilibacteria
  25 --     Added candidate division SR1 nuclear genetic code 25
  26 --     Added GTG as start codon for genetic code 24
  27 --     Corrected Pterobranchia Mitochondrial genetic code (24)
  28 --     Added genetic code 24, Pterobranchia Mitochondrial
  29 --     Genetic code 11 is now Bacterial, Archaeal and Plant Plastid
  30 --     Fixed capitalization of mitochondrial in codes 22 and 23
  31 --     Added GTG, ATA, and TTG as alternative start codons to code 13
  32 --
  33 --  Version 3.9
  34 --     Code 14 differs from code 9 only by translating UAA to Tyr rather than
  35 --     STOP.  A recent study (Telford et al, 2000) has found no evidence that
  36 --     the codon UAA codes for Tyr in the flatworms, but other opinions exist.
  37 --     There are very few GenBank records that are translated with code 14,
  38 --     but a test translation shows that retranslating these records with code
  39 --     9 can cause premature terminations.  Therefore, GenBank will maintain
  40 --     code 14 until further information becomes available.
  41 --
  42 --  Version 3.8
  43 --     Added GTG start to Echinoderm mitochondrial code, code 9
  44 --
  45 --  Version 3.7
  46 --     Added code 23 Thraustochytrium mitochondrial code
  47 --        formerly OGMP code 93
  48 --        submitted by Gertraude Berger, Ph.D.
  49 --
  50 --  Version 3.6
  51 --     Added code 22 TAG-Leu, TCA-stop
  52 --        found in mitochondrial DNA of Scenedesmus obliquus
  53 --        submitted by Gertraude Berger, Ph.D.
  54 --        Organelle Genome Megasequencing Program, Univ Montreal
  55 --
  56 --  Version 3.5
  57 --     Added code 21, Trematode Mitochondrial
  58 --       (as deduced from: Garey & Wolstenholme,1989; Ohama et al, 1990)
  59 --     Added code 16, Chlorophycean Mitochondrial
  60 --       (TAG can translated to Leucine instaed to STOP in chlorophyceans
  61 --        and fungi)
  62 --
  63 --  Version 3.4
  64 --     Added CTG,TTG as allowed alternate start codons in Standard code.
  65 --        Prats et al. 1989, Hann et al. 1992
  66 --
  67 --  Version 3.3 - 10/13/95
  68 --     Added alternate intiation codon ATC to code 5
  69 --        based on complete mitochondrial genome of honeybee
  70 --        Crozier and Crozier (1993)
  71 --
  72 --  Version 3.2 - 6/24/95
  73 --  Code       Comments
  74 --   10        Alternative Ciliate Macronuclear renamed to Euplotid Macro...
  75 --   15        Blepharisma Macro.. code added
  76 --    5        Invertebrate Mito.. GTG allowed as alternate initiator
  77 --   11        Eubacterial renamed to Bacterial as most alternate starts
  78 --               have been found in Archea
  79 --
  80 --
  81 --  Version 3.1 - 1995
  82 --  Updated as per Andrzej Elzanowski at NCBI
  83 --     Complete documentation in NCBI toolkit documentation
  84 --  Note: 2 genetic codes have been deleted
  85 --
  86 --   Old id   Use id     - Notes
  87 --
  88 --   id 7      id 4      - Kinetoplast code now merged in code id 4
  89 --   id 8      id 1      - all plant chloroplast differences due to RNA edit
  90 --
  91 --*************************************************************************
  92
  93 Genetic-code-table ::= {
  94  {
  95   name "Standard" ,
  96   name "SGC0" ,
  97   id 1 ,
  98   ncbieaa  "FFLLSSSSYY**CC*WLLLLPPPPHHQQRRRRIIIMTTTTNNKKSSRRVVVVAAAADDEEGGGG",
  99   sncbieaa "---M------**--*----M---------------M----------------------------"
 100   -- Base1  TTTTTTTTTTTTTTTTCCCCCCCCCCCCCCCCAAAAAAAAAAAAAAAAGGGGGGGGGGGGGGGG
 101   -- Base2  TTTTCCCCAAAAGGGGTTTTCCCCAAAAGGGGTTTTCCCCAAAAGGGGTTTTCCCCAAAAGGGG
 102   -- Base3  TCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAG
 103  },
 104  {
 105   name "Vertebrate Mitochondrial" ,
 106   name "SGC1" ,
 107   id 2 ,
 108   ncbieaa  "FFLLSSSSYY**CCWWLLLLPPPPHHQQRRRRIIMMTTTTNNKKSS**VVVVAAAADDEEGGGG",
 109   sncbieaa "----------**--------------------MMMM----------**---M------------"
 110   -- Base1  TTTTTTTTTTTTTTTTCCCCCCCCCCCCCCCCAAAAAAAAAAAAAAAAGGGGGGGGGGGGGGGG
 111   -- Base2  TTTTCCCCAAAAGGGGTTTTCCCCAAAAGGGGTTTTCCCCAAAAGGGGTTTTCCCCAAAAGGGG
 112   -- Base3  TCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAG
 113  },
 114  {
 115   name "Yeast Mitochondrial" ,
 116   name "SGC2" ,
 117   id 3 ,
 118   ncbieaa  "FFLLSSSSYY**CCWWTTTTPPPPHHQQRRRRIIMMTTTTNNKKSSRRVVVVAAAADDEEGGGG",
 119   sncbieaa "----------**----------------------MM----------------------------"
 120   -- Base1  TTTTTTTTTTTTTTTTCCCCCCCCCCCCCCCCAAAAAAAAAAAAAAAAGGGGGGGGGGGGGGGG
 121   -- Base2  TTTTCCCCAAAAGGGGTTTTCCCCAAAAGGGGTTTTCCCCAAAAGGGGTTTTCCCCAAAAGGGG
 122   -- Base3  TCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAG
 123  },
 124  {
 125     name "Mold / Protozoan / Coelenterate Mitochondrial; Mycoplasma; Spiroplasma" ,
 126   name "SGC3" ,
 127   id 4 ,
 128   ncbieaa  "FFLLSSSSYY**CCWWLLLLPPPPHHQQRRRRIIIMTTTTNNKKSSRRVVVVAAAADDEEGGGG",
 129   sncbieaa "--MM------**-------M------------MMMM---------------M------------"
 130   -- Base1  TTTTTTTTTTTTTTTTCCCCCCCCCCCCCCCCAAAAAAAAAAAAAAAAGGGGGGGGGGGGGGGG
 131   -- Base2  TTTTCCCCAAAAGGGGTTTTCCCCAAAAGGGGTTTTCCCCAAAAGGGGTTTTCCCCAAAAGGGG
 132   -- Base3  TCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAG
 133  },
 134  {
 135   name "Invertebrate Mitochondrial" ,
 136   name "SGC4" ,
 137   id 5 ,
 138   ncbieaa  "FFLLSSSSYY**CCWWLLLLPPPPHHQQRRRRIIMMTTTTNNKKSSSSVVVVAAAADDEEGGGG",
 139   sncbieaa "---M------**--------------------MMMM---------------M------------"
 140   -- Base1  TTTTTTTTTTTTTTTTCCCCCCCCCCCCCCCCAAAAAAAAAAAAAAAAGGGGGGGGGGGGGGGG
 141   -- Base2  TTTTCCCCAAAAGGGGTTTTCCCCAAAAGGGGTTTTCCCCAAAAGGGGTTTTCCCCAAAAGGGG
 142   -- Base3  TCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAG
 143  },
 144  {
 145   name "Ciliate Nuclear; Dasycladacean Nuclear; Hexamita Nuclear" ,
 146   name "SGC5" ,
 147   id 6 ,
 148   ncbieaa  "FFLLSSSSYYQQCC*WLLLLPPPPHHQQRRRRIIIMTTTTNNKKSSRRVVVVAAAADDEEGGGG",
 149   sncbieaa "--------------*--------------------M----------------------------"
 150   -- Base1  TTTTTTTTTTTTTTTTCCCCCCCCCCCCCCCCAAAAAAAAAAAAAAAAGGGGGGGGGGGGGGGG
 151   -- Base2  TTTTCCCCAAAAGGGGTTTTCCCCAAAAGGGGTTTTCCCCAAAAGGGGTTTTCCCCAAAAGGGG
 152   -- Base3  TCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAG
 153  },
 154  {
 155   name "Echinoderm Mitochondrial; Flatworm Mitochondrial" ,
 156   name "SGC8" ,
 157   id 9 ,
 158   ncbieaa  "FFLLSSSSYY**CCWWLLLLPPPPHHQQRRRRIIIMTTTTNNNKSSSSVVVVAAAADDEEGGGG",
 159   sncbieaa "----------**-----------------------M---------------M------------"
 160   -- Base1  TTTTTTTTTTTTTTTTCCCCCCCCCCCCCCCCAAAAAAAAAAAAAAAAGGGGGGGGGGGGGGGG
 161   -- Base2  TTTTCCCCAAAAGGGGTTTTCCCCAAAAGGGGTTTTCCCCAAAAGGGGTTTTCCCCAAAAGGGG
 162   -- Base3  TCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAG
 163  },
 164  {
 165   name "Euplotid Nuclear" ,
 166   name "SGC9" ,
 167   id 10 ,
 168   ncbieaa  "FFLLSSSSYY**CCCWLLLLPPPPHHQQRRRRIIIMTTTTNNKKSSRRVVVVAAAADDEEGGGG",
 169   sncbieaa "----------**-----------------------M----------------------------"
 170   -- Base1  TTTTTTTTTTTTTTTTCCCCCCCCCCCCCCCCAAAAAAAAAAAAAAAAGGGGGGGGGGGGGGGG
 171   -- Base2  TTTTCCCCAAAAGGGGTTTTCCCCAAAAGGGGTTTTCCCCAAAAGGGGTTTTCCCCAAAAGGGG
 172   -- Base3  TCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAG
 173  },
 174  {
 175   name "Bacterial, Archaeal and Plant Plastid" ,
 176   id 11 ,
 177   ncbieaa  "FFLLSSSSYY**CC*WLLLLPPPPHHQQRRRRIIIMTTTTNNKKSSRRVVVVAAAADDEEGGGG",
 178   sncbieaa "---M------**--*----M------------MMMM---------------M------------"
 179   -- Base1  TTTTTTTTTTTTTTTTCCCCCCCCCCCCCCCCAAAAAAAAAAAAAAAAGGGGGGGGGGGGGGGG
 180   -- Base2  TTTTCCCCAAAAGGGGTTTTCCCCAAAAGGGGTTTTCCCCAAAAGGGGTTTTCCCCAAAAGGGG
 181   -- Base3  TCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAG
 182  },
 183  {
 184   name "Alternative Yeast Nuclear" ,
 185   id 12 ,
 186   ncbieaa  "FFLLSSSSYY**CC*WLLLSPPPPHHQQRRRRIIIMTTTTNNKKSSRRVVVVAAAADDEEGGGG",
 187   sncbieaa "----------**--*----M---------------M----------------------------"
 188   -- Base1  TTTTTTTTTTTTTTTTCCCCCCCCCCCCCCCCAAAAAAAAAAAAAAAAGGGGGGGGGGGGGGGG
 189   -- Base2  TTTTCCCCAAAAGGGGTTTTCCCCAAAAGGGGTTTTCCCCAAAAGGGGTTTTCCCCAAAAGGGG
 190   -- Base3  TCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAG
 191  },
 192  {
 193   name "Ascidian Mitochondrial" ,
 194   id 13 ,
 195   ncbieaa  "FFLLSSSSYY**CCWWLLLLPPPPHHQQRRRRIIMMTTTTNNKKSSGGVVVVAAAADDEEGGGG",
 196   sncbieaa "---M------**----------------------MM---------------M------------"
 197   -- Base1  TTTTTTTTTTTTTTTTCCCCCCCCCCCCCCCCAAAAAAAAAAAAAAAAGGGGGGGGGGGGGGGG
 198   -- Base2  TTTTCCCCAAAAGGGGTTTTCCCCAAAAGGGGTTTTCCCCAAAAGGGGTTTTCCCCAAAAGGGG
 199   -- Base3  TCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAG
 200  },
 201  {
 202   name "Alternative Flatworm Mitochondrial" ,
 203   id 14 ,
 204   ncbieaa  "FFLLSSSSYYY*CCWWLLLLPPPPHHQQRRRRIIIMTTTTNNNKSSSSVVVVAAAADDEEGGGG",
 205   sncbieaa "-----------*-----------------------M----------------------------"
 206   -- Base1  TTTTTTTTTTTTTTTTCCCCCCCCCCCCCCCCAAAAAAAAAAAAAAAAGGGGGGGGGGGGGGGG
 207   -- Base2  TTTTCCCCAAAAGGGGTTTTCCCCAAAAGGGGTTTTCCCCAAAAGGGGTTTTCCCCAAAAGGGG
 208   -- Base3  TCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAG
 209  } ,
 210  {
 211   name "Blepharisma Macronuclear" ,
 212   id 15 ,
 213   ncbieaa  "FFLLSSSSYY*QCC*WLLLLPPPPHHQQRRRRIIIMTTTTNNKKSSRRVVVVAAAADDEEGGGG",
 214   sncbieaa "----------*---*--------------------M----------------------------"
 215   -- Base1  TTTTTTTTTTTTTTTTCCCCCCCCCCCCCCCCAAAAAAAAAAAAAAAAGGGGGGGGGGGGGGGG
 216   -- Base2  TTTTCCCCAAAAGGGGTTTTCCCCAAAAGGGGTTTTCCCCAAAAGGGGTTTTCCCCAAAAGGGG
 217   -- Base3  TCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAG
 218  } ,
 219  {
 220   name "Chlorophycean Mitochondrial" ,
 221   id 16 ,
 222   ncbieaa  "FFLLSSSSYY*LCC*WLLLLPPPPHHQQRRRRIIIMTTTTNNKKSSRRVVVVAAAADDEEGGGG",
 223   sncbieaa "----------*---*--------------------M----------------------------"
 224   -- Base1  TTTTTTTTTTTTTTTTCCCCCCCCCCCCCCCCAAAAAAAAAAAAAAAAGGGGGGGGGGGGGGGG
 225   -- Base2  TTTTCCCCAAAAGGGGTTTTCCCCAAAAGGGGTTTTCCCCAAAAGGGGTTTTCCCCAAAAGGGG
 226   -- Base3  TCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAG
 227  } ,
 228  {
 229   name "Trematode Mitochondrial" ,
 230   id 21 ,
 231   ncbieaa  "FFLLSSSSYY**CCWWLLLLPPPPHHQQRRRRIIMMTTTTNNNKSSSSVVVVAAAADDEEGGGG",
 232   sncbieaa "----------**-----------------------M---------------M------------"
 233   -- Base1  TTTTTTTTTTTTTTTTCCCCCCCCCCCCCCCCAAAAAAAAAAAAAAAAGGGGGGGGGGGGGGGG
 234   -- Base2  TTTTCCCCAAAAGGGGTTTTCCCCAAAAGGGGTTTTCCCCAAAAGGGGTTTTCCCCAAAAGGGG
 235   -- Base3  TCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAG
 236  } ,
 237  {
 238   name "Scenedesmus obliquus Mitochondrial" ,
 239   id 22 ,
 240   ncbieaa  "FFLLSS*SYY*LCC*WLLLLPPPPHHQQRRRRIIIMTTTTNNKKSSRRVVVVAAAADDEEGGGG",
 241   sncbieaa "------*---*---*--------------------M----------------------------"
 242   -- Base1  TTTTTTTTTTTTTTTTCCCCCCCCCCCCCCCCAAAAAAAAAAAAAAAAGGGGGGGGGGGGGGGG
 243   -- Base2  TTTTCCCCAAAAGGGGTTTTCCCCAAAAGGGGTTTTCCCCAAAAGGGGTTTTCCCCAAAAGGGG
 244   -- Base3  TCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAG
 245  } ,
 246  {
 247   name "Thraustochytrium Mitochondrial" ,
 248   id 23 ,
 249   ncbieaa  "FF*LSSSSYY**CC*WLLLLPPPPHHQQRRRRIIIMTTTTNNKKSSRRVVVVAAAADDEEGGGG",
 250   sncbieaa "--*-------**--*-----------------M--M---------------M------------"
 251   -- Base1  TTTTTTTTTTTTTTTTCCCCCCCCCCCCCCCCAAAAAAAAAAAAAAAAGGGGGGGGGGGGGGGG
 252   -- Base2  TTTTCCCCAAAAGGGGTTTTCCCCAAAAGGGGTTTTCCCCAAAAGGGGTTTTCCCCAAAAGGGG
 253   -- Base3  TCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAG
 254  } ,
 255  {
 256   name "Pterobranchia Mitochondrial" ,
 257   id 24 ,
 258   ncbieaa  "FFLLSSSSYY**CCWWLLLLPPPPHHQQRRRRIIIMTTTTNNKKSSSKVVVVAAAADDEEGGGG",
 259   sncbieaa "---M------**-------M---------------M---------------M------------"
 260   -- Base1  TTTTTTTTTTTTTTTTCCCCCCCCCCCCCCCCAAAAAAAAAAAAAAAAGGGGGGGGGGGGGGGG
 261   -- Base2  TTTTCCCCAAAAGGGGTTTTCCCCAAAAGGGGTTTTCCCCAAAAGGGGTTTTCCCCAAAAGGGG
 262   -- Base3  TCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAG
 263  } ,
 264  {
 265   name "Candidate Division SR1 and Gracilibacteria" ,
 266   id 25 ,
 267   ncbieaa  "FFLLSSSSYY**CCGWLLLLPPPPHHQQRRRRIIIMTTTTNNKKSSRRVVVVAAAADDEEGGGG",
 268   sncbieaa "---M------**-----------------------M---------------M------------"
 269   -- Base1  TTTTTTTTTTTTTTTTCCCCCCCCCCCCCCCCAAAAAAAAAAAAAAAAGGGGGGGGGGGGGGGG
 270   -- Base2  TTTTCCCCAAAAGGGGTTTTCCCCAAAAGGGGTTTTCCCCAAAAGGGGTTTTCCCCAAAAGGGG
 271   -- Base3  TCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAG
 272  } ,
 273  {
 274   name "Pachysolen tannophilus Nuclear" ,
 275   id 26 ,
 276   ncbieaa  "FFLLSSSSYY**CC*WLLLAPPPPHHQQRRRRIIIMTTTTNNKKSSRRVVVVAAAADDEEGGGG",
 277   sncbieaa "----------**--*----M---------------M----------------------------"
 278   -- Base1  TTTTTTTTTTTTTTTTCCCCCCCCCCCCCCCCAAAAAAAAAAAAAAAAGGGGGGGGGGGGGGGG
 279   -- Base2  TTTTCCCCAAAAGGGGTTTTCCCCAAAAGGGGTTTTCCCCAAAAGGGGTTTTCCCCAAAAGGGG
 280   -- Base3  TCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAG
 281  } ,
 282  {
 283   name "Karyorelict Nuclear" ,
 284   id 27 ,
 285   ncbieaa  "FFLLSSSSYYQQCCWWLLLLPPPPHHQQRRRRIIIMTTTTNNKKSSRRVVVVAAAADDEEGGGG",
 286   sncbieaa "--------------*--------------------M----------------------------"
 287   -- Base1  TTTTTTTTTTTTTTTTCCCCCCCCCCCCCCCCAAAAAAAAAAAAAAAAGGGGGGGGGGGGGGGG
 288   -- Base2  TTTTCCCCAAAAGGGGTTTTCCCCAAAAGGGGTTTTCCCCAAAAGGGGTTTTCCCCAAAAGGGG
 289   -- Base3  TCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAG
 290  } ,
 291  {
 292   name "Condylostoma Nuclear" ,
 293   id 28 ,
 294   ncbieaa  "FFLLSSSSYYQQCCWWLLLLPPPPHHQQRRRRIIIMTTTTNNKKSSRRVVVVAAAADDEEGGGG",
 295   sncbieaa "----------**--*--------------------M----------------------------"
 296   -- Base1  TTTTTTTTTTTTTTTTCCCCCCCCCCCCCCCCAAAAAAAAAAAAAAAAGGGGGGGGGGGGGGGG
 297   -- Base2  TTTTCCCCAAAAGGGGTTTTCCCCAAAAGGGGTTTTCCCCAAAAGGGGTTTTCCCCAAAAGGGG
 298   -- Base3  TCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAG
 299  } ,
 300  {
 301   name "Mesodinium Nuclear" ,
 302   id 29 ,
 303   ncbieaa  "FFLLSSSSYYYYCC*WLLLLPPPPHHQQRRRRIIIMTTTTNNKKSSRRVVVVAAAADDEEGGGG",
 304   sncbieaa "--------------*--------------------M----------------------------"
 305   -- Base1  TTTTTTTTTTTTTTTTCCCCCCCCCCCCCCCCAAAAAAAAAAAAAAAAGGGGGGGGGGGGGGGG
 306   -- Base2  TTTTCCCCAAAAGGGGTTTTCCCCAAAAGGGGTTTTCCCCAAAAGGGGTTTTCCCCAAAAGGGG
 307   -- Base3  TCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAG
 308  } ,
 309  {
 310   name "Peritrich Nuclear" ,
 311   id 30 ,
 312   ncbieaa  "FFLLSSSSYYEECC*WLLLLPPPPHHQQRRRRIIIMTTTTNNKKSSRRVVVVAAAADDEEGGGG",
 313   sncbieaa "--------------*--------------------M----------------------------"
 314   -- Base1  TTTTTTTTTTTTTTTTCCCCCCCCCCCCCCCCAAAAAAAAAAAAAAAAGGGGGGGGGGGGGGGG
 315   -- Base2  TTTTCCCCAAAAGGGGTTTTCCCCAAAAGGGGTTTTCCCCAAAAGGGGTTTTCCCCAAAAGGGG
 316   -- Base3  TCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAG
 317  } ,
 318  {
 319   name "Blastocrithidia Nuclear" ,
 320   id 31 ,
 321   ncbieaa  "FFLLSSSSYYEECCWWLLLLPPPPHHQQRRRRIIIMTTTTNNKKSSRRVVVVAAAADDEEGGGG",
 322   sncbieaa "----------**-----------------------M----------------------------"
 323   -- Base1  TTTTTTTTTTTTTTTTCCCCCCCCCCCCCCCCAAAAAAAAAAAAAAAAGGGGGGGGGGGGGGGG
 324   -- Base2  TTTTCCCCAAAAGGGGTTTTCCCCAAAAGGGGTTTTCCCCAAAAGGGGTTTTCCCCAAAAGGGG
 325   -- Base3  TCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAG
 326  }
 327 }