resources/GeneticCodes.dat

   1 #
   2 # Genetic code translation tables
   3 # Standard code comes first
   4 # Other codes only list deviations from the standard
   5 # Columns are tab separated
   6 # source: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/Utils/wprintgc.cgi (July 2017)
   7 #
   8 Ambiguity Codes
   9 R       AG
  10 Y       TC
  11 W       AT
  12 S       GC
  13 M       AC
  14 K       GT
  15 H       ATC
  16 B       GTC
  17 V       GAC
  18 D       GAT
  19 N       GATC
  20 Table   1       Standard
  21 AAA     K
  22 AAG     K
  23 AAC     N
  24 AAT     N
  25 CAA     Q
  26 CAG     Q
  27 CAC     H
  28 CAT     H
  29 GAA     E
  30 GAG     E
  31 GAC     D
  32 GAT     D
  33 TAC     Y
  34 TAT     Y
  35 ACA     T
  36 ACC     T
  37 ACT     T
  38 ACG     T
  39 CCA     P
  40 CCG     P
  41 CCC     P
  42 CCT     P
  43 GCA     A
  44 GCG     A
  45 GCC     A
  46 GCT     A
  47 TCA     S
  48 TCG     S
  49 TCC     S
  50 TCT     S
  51 AGC     S
  52 AGT     S
  53 AGA     R
  54 AGG     R
  55 CGA     R
  56 CGG     R
  57 CGC     R
  58 CGT     R
  59 GGA     G
  60 GGG     G
  61 GGC     G
  62 GGT     G
  63 TGA     *
  64 TAA     *
  65 TAG     *
  66 TGG     W
  67 TGC     C
  68 TGT     C
  69 ATA     I
  70 ATC     I
  71 ATT     I
  72 ATG     M
  73 CTA     L
  74 CTG     L
  75 CTC     L
  76 CTT     L
  77 TTA     L
  78 TTG     L
  79 GTA     V
  80 GTG     V
  81 GTC     V
  82 GTT     V
  83 TTC     F
  84 TTT     F
  85 Table   2       Vertebrate Mitochondrial
  86 AGA     *       # R
  87 AGG     *       # R
  88 ATA     M       # I
  89 TGA     W       # *
  90 Table   3       Yeast Mitochondrial
  91 ATA     M       # I
  92 CTT     T       # L
  93 CTC     T       # L
  94 CTA     T       # L
  95 CTG     T       # L
  96 TGA     W       # *
  97 Table   4       Mold, Protozoan, and Coelenterate Mitochondrial
  98 TGA     W       # *
  99 Table   5       Invertebrate Mitochondrial
 100 AGA     S       # R
 101 AGG     S       # R
 102 ATA     M       # I
 103 TGA     W       # *
 104 Table   6       Ciliate, Dasycladacean and Hexamita Nuclear
 105 TAA     Q       # *
 106 TAG     Q       # *
 107 Table   9       Echinoderm and Flatworm Mitochondrial
 108 AAA     N       # K
 109 AGA     S       # R
 110 AGG     S       # R
 111 TGA     W       # *
 112 Table   10      Euplotid Nuclear
 113 TGA     C       #  *
 114 Table   11      Bacterial, Archaeal and Plant Plastid
 115 Table   12      Alternative Yeast Nuclear
 116 CTG     S       # L
 117 Table   13      Ascidian Mitochondrial
 118 AGA     G       # R
 119 AGG     G       # R
 120 ATA     M       # I
 121 TGA     W       # *
 122 Table   14      Alternative Flatworm Mitochondrial
 123 AAA     N       # K
 124 AGA     S       # R
 125 AGG     S       # R
 126 TAA     Y       # *
 127 TGA     W       # *
 128 Table   16      Chlorophycean Mitochondrial
 129 TAG     L       # *
 130 Table   21      Trematode Mitochondrial
 131 TGA     W       # *
 132 ATA     M       # I
 133 AGA     S       # R
 134 AGG     S       # R
 135 AAA     N       # K
 136 Table   22      Scenedesmus obliquus Mitochondrial
 137 TCA     *       # S
 138 TAG     L       # *
 139 Table   23      Thraustochytrium Mitochondrial
 140 TTA     *       # L
 141 Table   24      Pterobranchia Mitochondrial
 142 AGA     S       # R
 143 AGG     K       # R
 144 TGA     W       # *
 145 Table   25      Candidate Division SR1 and Gracilibacteria
 146 TGA     G       # *
 147 Table   26      Pachysolen tannophilus Nuclear
 148 CTG     A       # L
 149 Table   27      Karyorelict Nuclear
 150 TAG     Q       # *
 151 TAA     Q       # *
 152 TGA     W       # or STOP       # *
 153 Table   28      Condylostoma Nuclear
 154 TAA     Q       # or STOP       # *
 155 TAG     Q       # or STOP       # *
 156 TGA     W       # or STOP       # *
 157 Table   29      Mesodinium Nuclear
 158 TAA     Y       # *
 159 TAG     Y       # *
 160 Table   30      Peritrich Nuclear
 161 TAA     E       # *
 162 TAG     E       # *
 163 Table   31      Blastocrithidia Nuclear
 164 TGA     W       # *
 165 TAG     E       # or STOP       # *
 166 TAA     E       # or STOP       # *