resources/fts/uniprot_data_columns.txt

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21
  22 uniprot_data_columns
  23 #
  24 _group.id
  25 _group.name
  26 _group.sort_order
  27 g1;Quality Measures;3
  28 g2;Cross References;2
  29 g3;Names & Taxonomy;1
  30 g4;Procedures & Softwares;4
  31 g5;Date Of;5
  32 g6;Miscellaneous;6
  33 g7;Sequences;7
  34 g8;Function;8
  35 g9;Interaction;9
  36 g10;Expression;10
  37 g11;Gene Ontology;11
  38 g12;Pathology & Biotech;12
  39 g13;Subcellular location;13
  40 g14;PTM / Processing;14
  41 g15;Structure;15
  42 g16;Publications;16
  43 g17;Date of;17
  44 g18;Family & Domain;18
  45 #
  46 _data_column.primary_key;id
  47 _data_column.default_response_page_size;500
  48 #
  49 _data_column.name
  50 _data_column.code|_data_column.alt_code (optional: used for specifying search code when different from original code)
  51 _data_column.group_id
  52 _data_column.data_type
  53 _data_column.min_col_width
  54 _data_column.max_col_width
  55 _data_column.preferred_col_width
  56 _data_column.is_shown_by_default
  57 _data_column.is_searchable
  58 Uniprot Id;id;String;g3;80;150;85;true;true
  59 Entry Name;entry name|mnemonic;String;g3;100;150;105;true;true
  60 Protein names;protein names|name;String;g3;300;1500;500;true;true
  61 Gene Names;genes|gene;String;g3;100;1000;145;true;true
  62 Organism;organism;String;g3;100;1000;200;true;true
  63 Organism ID;organism-id;int;g3;60;100;80;false;false
  64 Proteomes;proteome;String;g3;50;1000;95;false;false
  65 Taxonomic lineage (ALL);lineage(ALL)|taxonomy;String;g3;50;400;95;false;false
  66 Virus hosts;virus hosts|host;String;g3;50;1000;95;false;true
  67 Fragment;fragment;String;g7;50;1000;95;false;false
  68 Gene encoded by;encodedon;String;g7;50;1000;95;false;false
  69 Alternative products (isoforms);comment(ALTERNATIVE PRODUCTS);String;g7;50;1000;95;false;false
  70 Erroneous gene model prediction;comment(ERRONEOUS GENE MODEL PREDICTION);String;g7;50;1000;95;false;false
  71 Erroneous initiation;comment(ERRONEOUS INITIATION);String;g7;50;1000;95;false;false
  72 Erroneous translation;comment(ERRONEOUS TRANSLATION);String;g7;50;1000;95;false;false
  73 Frameshift;comment(FRAMESHIFT);String;g7;50;1000;95;false;false
  74 Mass spectrometry;comment(MASS SPECTROMETRY);String;g7;50;1000;95;false;false
  75 Polymorphism;comment(POLYMORPHISM);String;g7;50;1000;95;false;false
  76 RNA editing;comment(RNA EDITING);String;g7;50;1000;95;false;false
  77 Sequence caution;comment(SEQUENCE CAUTION);String;g7;50;1000;95;false;false
  78 Status;reviewed;String;g6;50;100;95;true;true
  79 Length;length;int|T|0;g7;50;100;65;true;true
  80 Mass;mass;int|T|0;g7;50;100;80;false;true
  81 Sequence;sequence;String;g7;50;1000;95;false;false
  82 Alternative sequence;feature(ALTERNATIVE SEQUENCE);String;g7;50;1000;95;false;false
  83 Natural variant;feature(NATURAL VARIANT);String;g7;50;1000;95;false;false
  84 Non-adjacent residues;feature(NON ADJACENT RESIDUES);String;g7;50;1000;95;false;false
  85 Non-standard residue;feature(NON STANDARD RESIDUE);String;g7;50;1000;95;false;false
  86 Non-terminal residue;feature(NON TERMINAL RESIDUE);String;g7;50;1000;95;false;false
  87 Sequence conflict;feature(SEQUENCE CONFLICT);String;g7;50;1000;95;false;false
  88 Sequence uncertainty;feature(SEQUENCE UNCERTAINTY);String;g7;50;1000;95;false;false
  89 Version (Sequence);version(sequence);String;g7;50;1000;95;false;false
  90 EC number;ec;String;g8;50;1000;95;false;true
  91 Absorption;comment(ABSORPTION);String;g8;50;1000;95;false;false
  92 Catalytic activity;comment(CATALYTIC ACTIVITY);String;g8;50;1000;95;false;false
  93 Cofactor;comment(COFACTOR);String;g8;50;1000;95;false;false
  94 Enzyme regulation;comment(ENZYME REGULATION);String;g8;50;1000;95;false;false
  95 Function [CC];comment(FUNCTION);String;g8;50;1000;95;false;false
  96 Kinetics;comment(KINETICS);String;g8;50;1000;95;false;false
  97 Pathway;comment(PATHWAY);String;g8;50;1000;95;false;false
  98 Redox potential;comment(REDOX POTENTIAL);String;g8;50;1000;95;false;false
  99 Temperature dependence;comment(TEMPERATURE DEPENDENCE);String;g8;50;1000;95;false;false
 100 pH dependence;comment(PH DEPENDENCE);String;g8;50;1000;95;false;false
 101 Active site;feature(ACTIVE SITE);String;g8;50;1000;95;false;false
 102 Binding site;feature(BINDING SITE);String;g8;50;1000;95;false;false
 103 DNA binding;feature(DNA BINDING);String;g8;50;1000;95;false;false
 104 Metal binding;feature(METAL BINDING);String;g8;50;1000;95;false;false
 105 Nucleotide binding;feature(NP BIND);String;g8;50;1000;95;false;false
 106 Site;feature(SITE);String;g8;50;1000;95;false;false
 107 Annotation;annotation score;String;g6;50;1000;95;false;false
 108 Features;features;String;g6;50;1000;95;false;false
 109 Caution;comment(CAUTION);String;g6;50;1000;95;false;false
 110 Miscellaneous [CC];comment(GENERAL);String;g6;50;1000;95;false;false
 111 Keywords;keywords|keyword;String;g6;50;1000;95;false;true
 112 Protein existence;existence;String;g6;50;1000;95;false;true
 113 ALL;Search All;String;g7;50;1000;95;false;true
 114 Subunit structure [CC];comment(SUBUNIT);String;g9;50;1000;95;false;false
 115 Interacts with;interactor;String;g9;50;1000;95;false;false
 116 Developmental stage;comment(DEVELOPMENTAL STAGE);String;g10;50;1000;95;false;false
 117 Induction;comment(INDUCTION);String;g10;50;1000;95;false;false
 118 Tissue specificity;comment(TISSUE SPECIFICITY);String;g10;50;1000;95;false;false
 119 Gene ontology (GO);go;String;g11;50;1000;95;false;true
 120 Gene ontology (biological process);go(biological process);String;g11;50;1000;95;false;false
 121 Gene ontology (molecular function);go(molecular function);String;g11;50;1000;95;false;false
 122 Gene ontology (cellular component);go(cellular component);String;g11;50;1000;95;false;false
 123 Gene ontology IDs;go-id;String;g11;50;1000;95;false;true
 124 Allergenic properties;comment(ALLERGEN);String;g12;50;1000;95;false;false
 125 Biotechnological use;comment(BIOTECHNOLOGY);String;g12;50;1000;95;false;false
 126 Disruption phenotype;comment(DISRUPTION PHENOTYPE);String;g12;50;1000;95;false;false
 127 Involvement in disease;comment(DISEASE);String;g12;50;1000;95;false;false
 128 Pharmaceutical use;comment(PHARMACEUTICAL);String;g12;50;1000;95;false;false
 129 Toxic dose;comment(TOXIC DOSE);String;g12;50;1000;95;false;false
 130 Subcellular location [CC];comment(SUBCELLULAR LOCATION);String;g13;50;1000;95;false;false
 131 Intramembrane;feature(INTRAMEMBRANE);String;g13;50;1000;95;false;false
 132 Topological domain;feature(TOPOLOGICAL DOMAIN);String;g13;50;1000;95;false;false
 133 Transmembrane;feature(TRANSMEMBRANE);String;g13;50;1000;95;false;false
 134 Post-translational modification;comment(PTM);String;g14;50;1000;95;false;false
 135 Chain;feature(CHAIN);String;g14;50;1000;95;false;false
 136 Cross-link;feature(CROSS LINK);String;g14;50;1000;95;false;false
 137 Disulfide bond;feature(DISULFIDE BOND);String;g14;50;1000;95;false;false
 138 Glycosylation;feature(GLYCOSYLATION);String;g14;50;1000;95;false;false
 139 Initiator methionine;feature(INITIATOR METHIONINE);String;g14;50;1000;95;false;false
 140 Lipidation;feature(LIPIDATION);String;g14;50;1000;95;false;false
 141 Modified residue;feature(MODIFIED RESIDUE);String;g14;50;1000;95;false;false
 142 Peptide;feature(PEPTIDE);String;g14;50;1000;95;false;false
 143 Propeptide;feature(PROPEPTIDE);String;g14;50;1000;95;false;false
 144 Signal peptide;feature(SIGNAL);String;g14;50;1000;95;false;false
 145 Transit peptide;feature(TRANSIT);String;g14;50;1000;95;false;false
 146 3D;3d;String;g15;50;1000;95;false;false
 147 Beta strand;feature(BETA STRAND);String;g15;50;1000;95;false;false
 148 Helix;feature(HELIX);String;g15;50;1000;95;false;false
 149 Turn;feature(TURN);String;g15;50;1000;95;false;false
 150 PubMed ID;citation;String;g16;50;1000;95;false;true
 151 Date of creation;created;String;g17;80;150;100;false;true
 152 Date of last modification;last-modified;String;g17;80;150;100;false;true
 153 Date of last sequence modification;sequence-modified;String;g17;80;150;100;false;true
 154 Version (entry);version(entry);int;g17;80;100;80;false;false
 155 Domain [cc];comment(DOMAIN)|domain;String;g18;80;1000;95;false;true
 156 Sequence similarities;comment(SIMILARITY);String;g18;50;1000;95;false;false
 157 Protein families;families|family;String;g18;50;1000;95;false;true
 158 Coiled coil;feature(COILED COIL);String;g18;50;1000;95;false;false
 159 Compositional bias;feature(COMPOSITIONAL BIAS);String;g18;50;1000;95;false;false
 160 Domain [FT];feature(DOMAIN EXTENT);String;g18;50;1000;95;false;false
 161 Motif;feature(MOTIF);String;g18;50;1000;95;false;false
 162 Region;feature(REGION);String;g18;50;1000;95;false;false
 163 Repeat;feature(REPEAT);String;g18;50;1000;95;false;false
 164 Zinc finger;feature(ZINC FINGER);String;g18;50;1000;95;false;false
 165 Cross-reference (EMBL);database(EMBL);String;g2;50;1000;95;false;false
 166 Cross-reference (PDB);database(PDB);String;g2;50;1000;95;false;false
 167 Cross-reference (ENSEMBL);database(ENSEMBL);String;g2;50;1000;95;false;false
 168 Cross-reference (PFAM);database(PFAM);String;g2;50;1000;95;false;false
 169 Cross-reference (RFAM);database(RFAM);String;g2;50;1000;95;false;false
 170 Cross-reference (CATH);database(CATH);String;g2;50;1000;95;false;false
 171 Cross-reference (SCOPE);database(SCOPE);String;g2;50;1000;95;false;false
 172 Cross-reference (GO);database(GO);String;g2;50;1000;95;false;false
 173 Cross-reference (INTERPRO);database(INTERPRO);String;g2;50;1000;95;false;false
 174 Mapped PubMed ID;citationmapping;String;g16;50;1000;95;false;true
 175 #