JAL-728 offer choice of substitution matrix for Quality calculation
[jalview.git] / resources / lang / Messages.properties
1 action.refresh_services = Refresh Services
2 action.reset_services = Reset Services
3 action.merge_results = Merge Results
4 action.load_scheme = Load scheme
5 action.save_scheme = Save scheme
6 action.save_image = Save Image
7 action.paste = Paste
8 action.show_html_source = Show HTML Source
9 action.print = Print...
10 action.web_service = Web Service
11 action.cancel_job = Cancel Job
12 action.start_job = Start Job
13 action.revert = Revert
14 action.move_down = Move Down
15 action.move_up = Move Up
16 action.remove_return_datatype = Remove return datatype
17 action.add_return_datatype = Add return datatype
18 action.remove_input_parameter = Remove selected input parameter
19 action.add_input_parameter = Add input parameter
20 action.edit = Edit
21 action.new = New
22 action.open_file = Open file
23 action.show_unconserved = Show Unconserved
24 action.open_new_alignment = Open new alignment
25 action.raise_associated_windows = Raise Associated Windows
26 action.minimize_associated_windows = Minimize Associated Windows
27 action.close_all = Close all
28 action.load_project = Load Project
29 action.save_project = Save Project
30 action.quit = Quit
31 action.expand_views = Expand Views
32 action.gather_views = Gather Views
33 action.page_setup = Page Setup...
34 action.reload = Reload
35 action.load = Load
36 action.open = Open
37 action.cancel = Cancel
38 action.create = Create
39 action.update = Update
40 action.delete = Delete
41 action.clear = Clear
42 action.accept = Accept
43 action.select_ddbb = --- Select Database ---
44 action.undo = Undo
45 action.redo = Redo
46 action.reset = Reset
47 action.remove_left = Remove left
48 action.remove_right = Remove right
49 action.remove_empty_columns = Remove Empty Columns
50 action.remove_all_gaps = Remove All Gaps
51 action.left_justify_alignment = Left Justify Alignment
52 action.right_justify_alignment = Right Justify Alignment
53 action.boxes = Boxes
54 action.text = Text
55 action.by_pairwise_id = By Pairwise Identity
56 action.by_id = By Id
57 action.by_length = By Length
58 action.by_group = By Group
59 action.unmark_as_reference = Unmark as Reference 
60 action.set_as_reference = Set as Reference 
61 action.remove = Remove
62 action.remove_redundancy = Remove Redundancy...
63 action.pairwise_alignment = Pairwise Alignment
64 action.user_defined = User Defined...
65 action.by_conservation = By Conservation
66 action.wrap = Wrap
67 action.show_gaps = Show Gaps
68 action.show_hidden_markers = Show Hidden Markers
69 action.find = Find
70 action.undefine_groups = Undefine Groups
71 action.create_groups = Create Groups
72 action.make_groups_selection = Make Groups For Selection
73 action.copy = Copy
74 action.cut = Cut
75 action.font = Font...
76 action.scale_above = Scale Above
77 action.scale_left = Scale Left
78 action.scale_right = Scale Right
79 action.by_tree_order = By Tree Order
80 action.sort = Sort
81 action.calculate_tree = Calculate Tree...
82 action.calculate_tree_pca = Calculate Tree or PCA...
83 action.help = Help
84 action.by_annotation = By Annotation...
85 action.invert_sequence_selection = Invert Sequence Selection
86 action.invert_column_selection = Invert Column Selection
87 action.show = Show
88 action.hide = Hide
89 action.ok = OK
90 action.set_defaults = Defaults
91 action.create_group = Create Group
92 action.remove_group = Remove Group
93 action.edit_group = Edit Group
94 action.border_colour = Border colour
95 action.edit_new_group = Edit New Group
96 action.hide_sequences = Hide Sequences
97 action.sequences = Sequences
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100 action.reveal_all = Reveal All
101 action.reveal_sequences = Reveal Sequences
102 action.find_all = Find all
103 action.find_next = Find next
104 action.file = File
105 action.view = View
106 action.annotations = Annotations
107 action.change_params = Change Parameters
108 action.apply = Apply
109 action.apply_threshold_all_groups = Apply threshold to all groups
110 action.apply_all_groups = Apply to all Groups
111 action.by_chain = By Chain
112 action.by_sequence = By Sequence
113 action.paste_annotations = Paste Annotations
114 action.format = Format
115 action.select = Select
116 action.new_view = New View
117 action.close = Close
118 action.add = Add
119 action.save_as_default = Save as default
120 action.save_as = Save as...
121 action.save = Save
122 action.cancel_fetch = Cancel Fetch
123 action.change_font = Change Font
124 action.change_font_tree_panel = Change Font (Tree Panel)
125 action.colour = Colour
126 action.calculate = Calculate
127 action.select_all = Select all
128 action.select_highlighted_columns = Select Highlighted Columns
129 tooltip.select_highlighted_columns = Press B to mark highlighted columns, Ctrl-(or Cmd)-B to toggle, and Alt-B to mark all but highlighted columns 
130 action.deselect_all = Deselect all
131 action.invert_selection = Invert selection
132 action.using_jmol = Using Jmol
133 action.link = Link
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135 action.show_chain = Show Chain
136 action.show_group = Show Group
137 action.fetch_db_references = Fetch DB References
138 action.view_flanking_regions = Show flanking regions
139 label.view_flanking_regions = Show sequence data either side of the subsequences involved in this alignment
140 label.structures_manager = Structures Manager
141 label.nickname = Nickname:
142 label.url = URL
143 label.url\: = URL:
144 label.input_file_url = Enter URL or Input File
145 label.select_feature = Select feature
146 label.name = Name
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148 label.name_param = Name: {0}
149 label.group = Group
150 label.group\: = Group:
151 label.group_name = Group Name
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153 label.edit_group_name_description = Edit Group Name/Description
154 label.colour = Colour:
155 label.description = Description
156 label.description\: = Description:
157 label.start = Start:
158 label.end = End:
159 label.current_parameter_set_name = Current parameter set name:
160 label.service_action = Service Action:
161 label.post_url = POST URL:
162 label.url_suffix = URL Suffix
163 label.sequence_source = Sequence Source
164 label.per_seq = per Sequence
165 label.result_vertically_separable = Results are vertically separable
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167 label.undo_command = Undo {0}
168 label.redo_command = Redo {0}
169 label.principal_component_analysis = Principal Component Analysis
170 label.average_distance_identity = Average Distance Using % Identity
171 label.neighbour_joining_identity = Neighbour Joining Using % Identity
172 label.choose_calculation = Choose Calculation
173 label.treecalc_title = {0} Using {1}
174 label.tree_calc_av = Average Distance
175 label.tree_calc_nj = Neighbour Joining
176 label.select_score_model = Select score model
177 label.score_model_pid = % Identity
178 label.score_model_blosum62 = BLOSUM62
179 label.score_model_pam250 = PAM 250
180 label.score_model_smithwatermanscore = Score between two sequences aligned with Smith-Waterman with default Peptide/Nucleotide matrix
181 label.score_model_sequencefeaturesimilarity = Distance measure of average number of features not shared at sequence positions 
182 label.score_model_conservation = Physicochemical property conservation
183 label.score_model_enhconservation = Physicochemical property conservation
184 label.status_bar = Status bar
185 label.out_to_textbox = Output to Textbox
186 # delete Clustal - use FileFormat name instead
187 label.clustal = Clustal
188 # label.colourScheme_<schemeName> as in JalviewColourScheme
189 label.colourScheme_clustal = Clustalx
190 label.colourScheme_blosum62 = BLOSUM62 Score
191 label.colourScheme_%_identity = Percentage Identity
192 label.colourScheme_zappo = Zappo
193 label.colourScheme_taylor = Taylor
194 label.colourScheme_hydrophobic = Hydrophobicity
195 label.colourScheme_helix_propensity = Helix Propensity
196 label.colourScheme_strand_propensity = Strand Propensity
197 label.colourScheme_turn_propensity = Turn Propensity
198 label.colourScheme_buried_index = Buried Index
199 label.colourScheme_purine/pyrimidine = Purine/Pyrimidine
200 label.colourScheme_nucleotide = Nucleotide
201 label.colourScheme_t-coffee_scores = T-Coffee Scores
202 label.colourScheme_rna_helices = By RNA Helices
203 label.blc = BLC
204 label.fasta = Fasta
205 label.msf = MSF
206 label.pfam = PFAM
207 label.pileup = Pileup
208 label.pir = PIR
209 label.average_distance_blosum62 = Average Distance Using BLOSUM62
210 label.neighbour_blosum62 = Neighbour Joining Using BLOSUM62
211 label.show_annotations = Show annotations
212 label.hide_annotations = Hide annotations
213 label.show_all_seq_annotations = Show sequence related
214 label.hide_all_seq_annotations = Hide sequence related
215 label.show_all_al_annotations = Show alignment related
216 label.hide_all_al_annotations = Hide alignment related
217 label.hide_all = Hide all
218 label.add_reference_annotations = Add reference annotations
219 label.find_tip = Search alignment, selection or sequence ids for a subsequence (ignoring gaps).<br>Accepts regular expressions - search Help for 'regex' for details.
220 label.colour_text = Colour Text
221 label.show_non_conserved = Show nonconserved
222 label.overview_window = Overview Window
223 label.none = None
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225 label.show_sequence_features = Show Sequence Features
226 label.nucleotide = Nucleotide
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228 label.nucleotides = Nucleotides
229 label.proteins = Proteins
230 label.to_new_alignment = To New Alignment
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235 label.input_from_textbox = Input from textbox
236 label.centre_column_labels = Centre column labels
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238 label.documentation = Documentation
239 label.about = About...
240 label.show_sequence_limits = Show Sequence Limits
241 action.feature_settings = Feature Settings...
242 label.feature_settings = Feature Settings
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251 label.hide_selected_annotations = Hide selected annotations
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255 label.show_consensus_histogram = Show Consensus Histogram
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257 label.norm_consensus_logo = Normalise Consensus Logo
258 label.apply_all_groups = Apply to all groups
259 label.autocalculated_annotation = Autocalculated Annotation
260 label.show_first = Show first
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262 label.struct_from_pdb = Process secondary structure from PDB
263 label.use_rnaview = Use RNAView for secondary structure
264 label.autoadd_secstr = Add secondary structure annotation to alignment
265 label.autoadd_temp = Add Temperature Factor annotation to alignment
266 label.structure_viewer = Default structure viewer
267 label.chimera_path = Path to Chimera program
268 label.chimera_path_tip = Jalview will first try any path entered here, else standard installation locations.<br>Double-click to browse for file.
269 label.invalid_chimera_path = Chimera path not found or not executable
270 label.chimera_missing = Chimera structure viewer not found.<br/>Please enter the path to Chimera (if installed),<br/>or download and install UCSF Chimera.
271 label.chimera_failed = Error opening Chimera - is it installed?\nCheck path in Preferences, Structure
272 label.min_colour = Minimum Colour
273 label.max_colour = Maximum Colour
274 label.use_original_colours = Use Original Colours
275 label.threshold_minmax = Threshold is min/max
276 label.represent_group_with = Represent Group with {0}
277 label.selection = Selection
278 label.group_colour = Group Colour
279 label.sequence = Sequence
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281 label.min = Min:
282 label.max = Max:
283 label.colour_by_label = Colour by label
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287 label.labels = Labels
288 label.output_values = Output Values...
289 label.output_points = Output points...
290 label.output_transformed_points = Output transformed points
291 label.input_data = Input Data...
292 label.nucleotide_matrix = Nucleotide matrix
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295 label.show_distances = Show distances
296 label.mark_unassociated_leaves = Mark Unassociated Leaves
297 label.fit_to_window = Fit To Window
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299 label.select_newick_like_tree_file = Select a newick-like tree file
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307 label.successfully_added_features_alignment = Successfully added features to alignment
308 label.keyboard_editing_mode = Keyboard editing mode is {0}
309 label.paste_features_annotations_Tcoffee_here = Paste your features / annotations / T-coffee score file here.
310 label.removed_columns = Removed {0} columns.
311 label.removed_empty_columns = Removed {0} empty columns.
312 label.paste_newick_tree_file = Paste your Newick tree file here.
313 label.order_by_params = Order by {0}
314 label.html_content = <html>{0}</html>
315 label.paste_pdb_file= Paste your PDB file here.
316 label.paste_pdb_file_for_sequence = Paste PDB file for sequence {0}
317 label.could_not_parse_newick_file  = Could not parse Newick file\!\n {0}
318 label.successfully_pasted_tcoffee_scores_to_alignment= Successfully pasted T-Coffee scores to alignment.
319 label.failed_add_tcoffee_scores = Failed to add T-Coffee scores: 
320 label.successfully_pasted_annotation_to_alignment= Successfully pasted annotation to alignment.
321 label.couldnt_parse_pasted_text_as_valid_annotation_feature_GFF_tcoffee_file = Couldn't parse pasted text as a valid annotation, feature, GFF, or T-Coffee score file
322 label.successfully_pasted_alignment_file = Successfully pasted alignment file
323 label.paste_your_alignment_file = Paste your alignment file here
324 label.paste_your = Paste your
325 label.finished_searching = Finished searching
326 label.search_results= Search results {0} : {1}
327 label.found_match_for = Found match for {0}
328 label.font = Font:
329 label.size = Size:
330 label.style = Style:
331 label.calculating = Calculating....
332 label.modify_conservation_visibility = Modify conservation visibility
333 label.colour_residues_above_occurrence = Colour residues above % occurrence
334 label.set_this_label_text = set this label text
335 label.sequences_from = Sequences from {0}
336 label.successfully_loaded_file  = Successfully loaded file {0}
337 label.successfully_loaded_matrix  = Successfully loaded score matrix {0}
338 label.successfully_saved_to_file_in_format = Successfully saved to file: {0} in {1} format.
339 label.copied_sequences_to_clipboard = Copied {0} sequences to clipboard.
340 label.check_file_matches_sequence_ids_alignment = Check that the file matches sequence IDs in the alignment.
341 label.problem_reading_tcoffee_score_file = Problem reading T-COFFEE score file
342 label.source_to_target = {0} ... {1}
343 label.per_sequence_only= Per-sequence only
344 label.to_file = to File
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346 label.jalview = Jalview
347 label.csv_spreadsheet = CSV (Spreadsheet)
348 label.status = Status
349 label.channels = Channels
350 label.channel_title_item_count = {0} ({1})
351 label.blog_item_published_on_date = {0} {1} 
352 label.select_das_service_from_table = Select a DAS service from the table to read a full description here.</font></html>
353 label.session_update = Session Update
354 label.new_vamsas_session = New Vamsas Session
355 action.load_vamsas_session = Load Vamsas Session...
356 action.save_vamsas_session = Save Vamsas Session
357 label.select_vamsas_session_opened_as_new_vamsas_session= Select a vamsas session to be opened as a new vamsas session.
358 label.open_saved_vamsas_session = Open a saved VAMSAS session
359 label.groovy_console = Groovy Console...
360 label.lineart = Lineart
361 label.dont_ask_me_again = Don't ask me again
362 label.select_eps_character_rendering_style = Select EPS character rendering style
363 label.invert_selection = Invert Selection
364 label.optimise_order = Optimise Order
365 label.seq_sort_by_score = Sequence sort by Score
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367 label.save_colours = Save Colours
368 label.fetch_das_features = Fetch DAS Features
369 label.selected_database_to_fetch_from = Selected {0} database {1} to fetch from {2} 
370 label.database_param = Database: {0}
371 label.example = Example
372 label.example_param = Example: {0}
373 label.select_file_format_before_saving = You must select a file format before saving!
374 label.file_format_not_specified = File format not specified
375 label.couldnt_save_file = Couldn't save file: {0}
376 label.error_saving_file = Error Saving File
377 label.remove_from_default_list = Remove from default list?
378 label.remove_user_defined_colour = Remove user defined colour
379 label.you_must_select_least_two_sequences = You must select at least 2 sequences.
380 label.invalid_selection = Invalid Selection
381 label.principal_component_analysis_must_take_least_four_input_sequences = Principal component analysis must take\nat least 4 input sequences.
382 label.sequence_selection_insufficient = Sequence selection insufficient
383 label.you_need_more_two_sequences_selected_build_tree = You need to have more than two sequences selected to build a tree!
384 label.not_enough_sequences = Not enough sequences
385 label.selected_region_to_tree_may_only_contain_residues_or_gaps =  The selected region to create a tree may\nonly contain residues or gaps.\nTry using the Pad function in the edit menu,\nor one of the multiple sequence alignment web services.
386 label.sequences_selection_not_aligned = Sequences in selection are not aligned
387 label.sequences_must_be_aligned_before_creating_tree = The sequences must be aligned before creating a tree.\nTry using the Pad function in the edit menu,\n or one of the multiple sequence alignment web services.
388 label.sequences_not_aligned = Sequences not aligned
389 label.problem_reading_tree_file =  Problem reading tree file
390 label.possible_problem_with_tree_file = Possible problem with tree file
391 label.select_at_least_three_bases_in_at_least_one_sequence_to_cDNA_translation = Please select at least three bases in at least one sequence in order to perform a cDNA translation.
392 label.translation_failed = Translation Failed
393 label.error_when_translating_sequences_submit_bug_report = Unfortunately, something went wrong when translating your sequences.\nPlease take a look in the Jalview java console\nand submit a bug report including the stacktrace.
394 label.implementation_error  = Implementation error:
395 label.automatically_associate_structure_files_with_sequences_same_name = Do you want to automatically associate the {0} structure file(s) with sequences in the alignment that have the same name?
396 label.automatically_associate_structure_files_by_name = Automatically Associate Structure files by name
397 label.ignore_unmatched_dropped_files_info = <html>Do you want to <em>ignore</em> the {0} files whose names did not match any sequence IDs ?</html>
398 label.ignore_unmatched_dropped_files = Ignore unmatched dropped files?
399 label.view_name_original = Original
400 label.enter_view_name = Enter View Name
401 label.enter_label = Enter label
402 label.enter_label_for_the_structure = Enter a label for the structure
403 label.pdb_entry_is_already_displayed = {0} is already displayed.\nDo you want to re-use this viewer ?
404 label.map_sequences_to_visible_window = Map Sequences to Visible Window: {0}
405 label.add_pdbentry_to_view = Do you want to add {0} to the view called\n{1}\n
406 label.align_to_existing_structure_view = Align to existing structure view
407 label.pdb_entries_couldnt_be_retrieved = The following pdb entries could not be retrieved from the PDB\:\n{0}\nPlease retry, or try downloading them manually.
408 label.couldnt_load_file = Couldn't load file
409 label.couldnt_find_pdb_id_in_file = Couldn't find a PDB id in the file supplied. Please enter an Id to identify this structure.
410 label.no_pdb_id_in_file = No PDB Id in File
411 label.couldnt_read_pasted_text = Couldn't read the pasted text {0}
412 label.error_parsing_text = Error parsing text
413 label.enter_local_das_source = Enter Nickname & URL of Local DAS Source
414 label.you_can_only_edit_or_remove_local_das_sources = You can only edit or remove local DAS Sources!
415 label.public_das_source = Public DAS source - not editable
416 label.input_alignment_from_url = Input Alignment From URL
417 label.input_alignment = Input Alignment
418 label.couldnt_import_as_vamsas_session = Couldn't import {0} as a new vamsas session.
419 label.vamsas_document_import_failed = Vamsas Document Import Failed
420 label.couldnt_locate = Couldn't locate {0}
421 label.url_not_found = URL not found
422 label.new_sequence_url_link = New sequence URL link
423 label.cannot_edit_annotations_in_wrapped_view = Cannot edit annotations in wrapped view
424 label.wrapped_view_no_edit = Wrapped view - no edit
425 label.error_retrieving_data = Error Retrieving Data
426 label.user_colour_scheme_must_have_name = User colour scheme must have a name
427 label.no_name_colour_scheme = No name for colour scheme
428 label.invalid_url = Invalid URL !
429 label.error_loading_file = Error loading file
430 label.problems_opening_file = Encountered problems opening {0}!!
431 label.file_open_error = File open error
432 label.no_das_sources_selected_warn = No das sources were selected.\nPlease select some sources and\ntry again.
433 label.no_das_sources_selected_title = No DAS Sources Selected
434 label.colour_scheme_exists_overwrite = Colour scheme {0} exists.\nContinue saving colour scheme as {1}?"
435 label.duplicate_scheme_name = Duplicate scheme name
436 label.jalview_new_questionnaire = There is a new Questionnaire available. Would you like to complete it now ?\n
437 label.jalview_user_survey = Jalview User Survey
438 label.alignment_properties = Alignment Properties: {0}
439 label.alignment_props = Alignment Properties
440 label.input_cut_paste = Cut & Paste Input
441 label.input_cut_paste_params = Cut & Paste Input - {0}
442 label.alignment_output_command = Alignment output - {0}
443 label.annotations = Annotations
444 label.structure_options = Structure Options
445 label.features = Features
446 label.overview_params = Overview {0}
447 label.paste_newick_file = Paste Newick file
448 label.load_tree_from_file = From File - 
449 label.colour_by_annotation = Colour by Annotation
450 label.selection_output_command = Selection output - {0}
451 label.annotation_for_displayid = <p><h2>Annotation for {0} </h2></p><p>
452 label.pdb_sequence_mapping = PDB - Sequence Mapping
453 label.pca_details = PCA details
454 label.redundancy_threshold_selection = Redundancy threshold selection
455 label.user_defined_colours = User defined colours
456 label.jalviewLite_release = JalviewLite - Release {0}
457 label.jaview_build_date = Build date: {0}
458 label.jalview_authors_1 = Authors: Jim Procter, Andrew Waterhouse, Mungo Carstairs, Tochukwu Ofoegbu, Lauren Lui, Jan Engelhardt,
459 label.jalview_authors_2 = Natasha Sherstnev, Daniel Barton, Michele Clamp, James Cuff, Steve Searle, David Martin & Geoff Barton.
460 label.jalview_dev_managers = Development managed by The Barton Group, University of Dundee, Scotland, UK.
461 label.jalview_distribution_lists = For help, see the FAQ at www.jalview.org and/or join the jalview-discuss@jalview.org mailing list
462 label.jalview_please_cite = If  you use Jalview, please cite:
463 label.jalview_cite_1_authors = Waterhouse, A.M., Procter, J.B., Martin, D.M.A, Clamp, M. and Barton, G. J. (2009)
464 label.jalview_cite_1_title = Jalview Version 2 - a multiple sequence alignment editor and analysis workbench
465 label.jalview_cite_1_ref = Bioinformatics doi: 10.1093/bioinformatics/btp033
466 label.right_click = Right click
467 label.to_add_annotation = to add annotation
468 label.alignment_has_no_annotations = Alignment has no annotations
469 label.retrieving_pdb_data = Retrieving PDB data...
470 label.label = Label
471 label.no_features_added_to_this_alignment = No Features added to this alignment!!
472 label.features_can_be_added_from_searches_1 = (Features can be added from searches or
473 label.features_can_be_added_from_searches_2 = from Jalview / GFF features files)
474 label.calculating_pca= Calculating PCA
475 label.jalview_cannot_open_file = Jalview can't open file
476 label.jalview_applet = Jalview applet
477 label.loading_data = Loading data
478 label.memory_stats = Total Free Memory: {0} MB; Max Memory: {1} MB; {2} %
479 label.calculating_tree = Calculating tree
480 label.state_queueing = queuing
481 label.state_running = running
482 label.state_completed = finished
483 label.state_job_cancelled = job cancelled!!
484 label.state_job_error = job error!
485 label.server_error_try_later = Server Error! (try later)
486 label.error_loading_pdb_data = Error loading PDB data!!
487 label.fetching_pdb_data = Fetching PDB data...
488 label.structure_type = Structure type
489 label.settings_for_type = Settings for {0}
490 label.view_full_application = View in Full Application
491 label.load_associated_tree = Load Associated Tree...
492 label.load_features_annotations = Load Features/Annotations...
493 label.export_features = Export Features...
494 label.export_annotations = Export Annotations...
495 label.to_upper_case = To Upper Case
496 label.to_lower_case = To Lower Case
497 label.toggle_case = Toggle Case
498 label.edit_name_description = Edit Name/Description...
499 label.create_sequence_feature = Create Sequence Feature...
500 label.edit_sequence = Edit Sequence
501 label.edit_sequences = Edit Sequences
502 label.sequence_details = Sequence Details
503 label.jmol_help = Jmol Help
504 label.chimera_help = Chimera Help
505 label.close_viewer = Close Viewer
506 label.confirm_close_chimera = This will close Jalview''s connection to {0}.<br>Do you want to close the Chimera window as well?
507 label.all = All
508 label.sort_by = Sort alignment by
509 label.sort_by_score = Sort by Score
510 label.sort_by_density = Sort by Density
511 label.sequence_sort_by_density = Sequence sort by Density
512 label.sort_ann_by = Sort annotations by
513 label.sort_annotations_by_sequence = Sort by sequence
514 label.sort_annotations_by_label = Sort by label
515 label.reveal = Reveal
516 label.hide_columns = Hide Columns
517 label.load_jalview_annotations = Load Jalview Annotations or Features File
518 label.load_tree_file = Load a tree file
519 label.retrieve_parse_sequence_database_records_alignment_or_selected_sequences = Retrieve and parse sequence database records for the alignment or the currently selected sequences
520 label.standard_databases = Standard Databases
521 label.fetch_embl_uniprot = Fetch from EMBL/EMBLCDS or Uniprot/PDB and any selected DAS sources
522 label.reset_min_max_colours_to_defaults = Reset min and max colours to defaults from user preferences.
523 label.align_structures_using_linked_alignment_views = Superpose structures using {0} selected alignment view(s)
524 label.connect_to_session = Connect to session {0}
525 label.threshold_feature_display_by_score = Threshold the feature display by score.
526 label.threshold_feature_no_threshold = No Threshold
527 label.threshold_feature_above_threshold = Above Threshold
528 label.threshold_feature_below_threshold = Below Threshold
529 label.adjust_threshold = Adjust threshold
530 label.toggle_absolute_relative_display_threshold = Toggle between absolute and relative display threshold.
531 label.display_features_same_type_different_label_using_different_colour = Display features of the same type with a different label using a different colour. (e.g. domain features)
532 label.select_colour_minimum_value = Select Colour for Minimum Value
533 label.select_colour_maximum_value = Select Colour for Maximum Value
534 label.open_url_param = Open URL {0}
535 label.open_url_seqs_param = Open URL ({0}..) ({1} seqs)
536 label.load_pdb_file_associate_with_sequence = Load a PDB file and associate it with sequence {0}
537 label.reveal_hidden_columns = Reveal Hidden Columns with Right Mouse Button
538 label.dark_colour = Dark Colour
539 label.light_colour = Light Colour
540 label.highlightnode = Left click to select leaves.<br>Double-click to invert leaves.<br>Right click to change colour.
541 label.load_colour_scheme = Load colour scheme
542 label.copy_format_from = Copy format from
543 label.toggle_enabled_views = When enabled, allows many views to be selected.
544 label.select_all_views = Select all views
545 label.select_many_views = Select many views
546 label.edit_notes_parameter_set = Click to edit the notes for this parameter set.
547 label.open_local_file = Open local file
548 label.enable_automatically_sort_alignment_when_open_new_tree = Enable this to automatically sort<br>the alignment when you open<br> a new tree.
549 label.listen_for_selections = Listen for selections
550 label.selections_mirror_selections_made_same_sequences_other_views = When selected, selections in this view will mirror<br>selections made on the same sequences in other views.
551 label.toggle_sequence_visibility = Shift+H toggles sequence visiblity
552 label.toggle_columns_visibility = Ctrl+H toggles column visiblity.
553 label.toggles_visibility_hidden_selected_regions = H toggles visibility of hidden or selected regions
554 label.rename_tab_eXpand_reGroup=  Right-click to rename tab <br> Press X to eXpand tabs, G to reGroup.
555 label.right_align_sequence_id = Right Align Sequence Id
556 label.sequence_id_tooltip = Sequence ID Tooltip
557 label.no_services = <No Services>
558 label.select_copy_raw_html = Select this if you want to copy raw html
559 label.share_data_vamsas_applications = Share data with other vamsas applications
560 label.connect_to = Connect to
561 label.join_existing_vamsas_session = Join an existing vamsas session
562 label.from_url = from URL
563 label.any_trees_calculated_or_loaded_alignment_automatically_sort = When selected, any trees calculated or loaded onto the alignment will automatically sort the alignment
564 label.sort_with_new_tree = Sort With New Tree
565 label.from_textbox = from Textbox
566 label.window = Window
567 label.preferences = Preferences
568 label.tools = Tools
569 label.fetch_sequences = Fetch Sequences
570 action.fetch_sequences = Fetch Sequences...
571 label.stop_vamsas_session = Stop Vamsas Session
572 label.collect_garbage = Collect Garbage
573 label.show_memory_usage = Show Memory Usage
574 label.show_java_console = Show Java Console
575 label.show_jalview_news = Show Jalview News
576 label.take_snapshot = Take snapshot
577 label.monospaced_fonts_faster_to_render = Monospaced fonts are faster to render
578 label.anti_alias_fonts = Anti-alias Fonts (Slower to render)
579 label.monospaced_font= Monospaced
580 label.quality = Quality
581 label.quality_label = Alignment Quality based on {0} scores
582 label.maximize_window = Maximize Window
583 label.conservation = Conservation
584 label.consensus = Consensus
585 label.histogram = Histogram
586 label.logo = Logo
587 label.non_positional_features = List Non-positional Features
588 label.database_references = List Database References
589 #label.share_selection_across_views = Share selection across views
590 #label.scroll_highlighted_regions = Scroll to highlighted regions
591 label.gap_symbol = Gap Symbol
592 label.prot_alignment_colour = Protein Alignment Colour
593 label.nuc_alignment_colour = Nucleotide Alignment Colour
594 label.address = Address
595 label.port = Port
596 label.default_browser_unix = Default Browser (Unix)
597 label.send_usage_statistics = Send usage statistics
598 label.check_for_questionnaires = Check for questionnaires
599 label.check_for_latest_version = Check for latest version
600 label.url_linkfrom_sequence_id = URL link from Sequence ID
601 label.use_proxy_server = Use a proxy server
602 label.eps_rendering_style = EPS rendering style
603 label.append_start_end = Append /start-end (/15-380)
604 label.full_sequence_id = Full Sequence Id
605 label.smooth_font = Smooth Font
606 label.autocalculate_consensus = AutoCalculate Consensus
607 label.pad_gaps = Pad Gaps
608 label.pad_gaps_when_editing = Pad Gaps When Editing
609 label.automatically_set_id_width = Automatically set ID width
610 label.figure_id_column_width = Figure ID column width
611 label.use_modeller_output = Use Modeller Output
612 label.wrap_alignment = Wrap Alignment
613 label.right_align_ids = Right Align Ids
614 label.sequence_name_italics = Italic Sequence Ids
615 label.open_overview = Open Overview
616 label.default_colour_scheme_for_alignment = Default Colour Scheme for alignment
617 label.annotation_shading_default = Annotation Shading Default
618 label.default_minimum_colour_annotation_shading = Default Minimum Colour for annotation shading
619 label.default_maximum_colour_annotation_shading = Default Maximum Colour for annotation shading
620 label.visual = Visual
621 label.connections = Connections
622 label.output = Output
623 label.editing = Editing
624 label.das_settings = DAS Settings
625 label.web_services = Web Services
626 label.right_click_to_edit_currently_selected_parameter = Right click to edit currently selected parameter.
627 label.let_jmol_manage_structure_colours = Let Jmol manage structure colours
628 label.let_chimera_manage_structure_colours = Let Chimera manage structure colours
629 label.fetch_chimera_attributes = Fetch Chimera attributes
630 label.fetch_chimera_attributes_tip = Copy Chimera attribute to Jalview feature
631 label.marks_leaves_tree_not_associated_with_sequence = Marks leaves of tree not associated with a sequence
632 label.index_web_services_menu_by_host_site = Index web services in menu by the host site
633 label.option_want_informed_web_service_URL_cannot_be_accessed_jalview_when_starts_up = Check this option if you want to be informed<br>when a web service URL cannot be accessed by Jalview<br>when it starts up
634 label.new_service_url = New Service URL
635 label.edit_service_url = Edit Service URL
636 label.delete_service_url = Delete Service URL
637 label.details = Details
638 label.options = Options
639 label.parameters = Parameters
640 label.available_das_sources = Available DAS Sources
641 label.full_details = Full Details
642 label.authority = Authority
643 label.type = Type
644 label.proxy_server = Proxy Server
645 label.file_output = File Output
646 label.select_input_type = Select input type
647 label.set_options_for_type = Set options for type
648 label.data_input_parameters = Data input parameters
649 label.data_returned_by_service = Data returned by service
650 label.rsbs_encoded_service = RSBS Encoded Service
651 label.parsing_errors = Parsing errors
652 label.simple_bioinformatics_rest_services = Simple Bioinformatics Rest Services
653 label.web_service_discovery_urls = Web Service Discovery URLS
654 label.input_parameter_name = Input Parameter name
655 label.short_descriptive_name_for_service = Short descriptive name for service
656 label.function_service_performs = What kind of function the service performs (e.g. alignment, analysis, search, etc).
657 label.brief_description_service = Brief description of service
658 label.url_post_data_service = URL to post data to service. Include any special parameters needed here
659 label.optional_suffix = Optional suffix added to URL when retrieving results from service
660 label.preferred_gap_character = Which gap character does this service prefer?
661 label.gap_character = Gap character
662 label.move_return_type_up_order= Move return type up order
663 label.move_return_type_down_order= Move return type down order
664 label.update_user_parameter_set = Update this existing user parameter set
665 label.delete_user_parameter_set = Delete the currently selected user parameter set
666 label.create_user_parameter_set = Create a new parameter set with the current settings.
667 label.revert_changes_user_parameter_set = Undo all changes to the current parameter set
668 label.start_job_current_settings = Start Job with current settings
669 label.cancel_job_close_dialog = Close this dialog and cancel job
670 label.input_output = Input/Output
671 label.cut_paste = Cut'n'Paste
672 label.adjusting_parameters_for_calculation = Adjusting parameters for existing Calculation
673 label.2d_rna_structure_line = 2D RNA {0} (alignment)
674 label.2d_rna_sequence_name = 2D RNA - {0}
675 label.edit_name_and_description_current_group = Edit name and description of current group
676 label.from_file = From File
677 label.enter_pdb_id = Enter PDB Id (or pdbid:chaincode)
678 label.text_colour = Text Colour
679 action.set_text_colour = Text Colour...
680 label.structure = Structure
681 label.show_pdbstruct_dialog = 3D Structure Data...
682 label.view_rna_structure = VARNA 2D Structure
683 label.create_sequence_details_report_annotation_for = Annotation for {0}
684 label.sequence_details_for = Sequence Details for {0}
685 label.sequence_name = Sequence Name
686 label.sequence_description = Sequence Description
687 label.edit_sequence_name_description = Edit Sequence Name/Description
688 label.spaces_converted_to_backslashes = Spaces have been converted to _
689 label.no_spaces_allowed_sequence_name = No spaces allowed in Sequence Name
690 label.select_outline_colour = Select Outline Colour
691 label.web_browser_not_found_unix = Unixers\: Couldn't find default web browser.\nAdd the full path to your browser in Preferences."
692 label.web_browser_not_found = Web browser not found
693 label.select_pdb_file_for = Select a PDB file for {0}
694 label.html = HTML
695 label.wrap = Wrap
696 label.show_database_refs = Show Database Refs
697 label.show_non_positional_features = Show Non-Positional Features
698 label.save_png_image = Save As PNG Image
699 label.load_tree_for_sequence_set = Load a tree for this sequence set
700 label.export_image = Export Image
701 label.vamsas_store = VAMSAS store
702 label.translate_cDNA = Translate as cDNA
703 label.reverse = Reverse
704 label.reverse_complement = Reverse Complement
705 label.linked_view_title = Linked CDS and protein view
706 label.extract_scores = Extract Scores
707 label.get_cross_refs = Get Cross-References
708 label.sort_alignment_new_tree = Sort Alignment With New Tree
709 label.add_sequences = Add Sequences
710 label.new_window = New Window
711 label.split_window = Split Window
712 label.refresh_available_sources = Refresh Available Sources
713 label.use_registry = Use Registry
714 label.add_local_source = Add Local Source
715 label.set_as_default = Set as Default
716 label.show_labels = Show labels
717 action.background_colour = Background Colour...
718 label.associate_nodes_with = Associate Nodes With
719 label.jalview_pca_calculation = Jalview PCA Calculation
720 label.link_name = Link Name
721 label.pdb_file = PDB file
722 label.colour_with_jmol = Colour with Jmol
723 label.colour_with_chimera = Colour with Chimera
724 label.superpose_structures = Superpose Structures
725 error.superposition_failed = Superposition failed: {0}
726 label.insufficient_residues = Not enough aligned residues ({0}) to perform superposition
727 label.jmol = Jmol
728 label.chimera = Chimera
729 label.create_chimera_attributes = Write Jalview features
730 label.create_chimera_attributes_tip = Set Chimera residue attributes for visible features
731 label.attributes_set = {0} attribute values set on Chimera
732 label.sort_alignment_by_tree = Sort Alignment By Tree
733 label.mark_unlinked_leaves = Mark Unlinked Leaves
734 label.associate_leaves_with = Associate Leaves With
735 label.save_colour_scheme_with_unique_name_added_to_colour_menu = Save your colour scheme with a unique name and it will be added to the Colour menu
736 label.case_sensitive = Case Sensitive
737 label.lower_case_colour = Colour All Lower Case
738 label.lower_case_tip = Chosen colour applies to all lower case symbols
739 label.index_by_host = Index by Host
740 label.index_by_type = Index by Type
741 label.enable_jabaws_services = Enable JABAWS Services
742 label.display_warnings = Display Warnings
743 label.move_url_up = Move URL Up
744 label.move_url_down = Move URL Down
745 label.add_sbrs_definition = Add a SBRS Definition
746 label.edit_sbrs_definition = Edit SBRS Definition
747 label.delete_sbrs_definition = Delete SBRS Definition
748 label.your_sequences_have_been_verified = Your sequences have been verified against known sequence databases.\n(Use Calculate | Show flanking regions to show enclosing sequence.)\nTo preserve data changes, save your alignment.\n\n
749 label.sequences_updated = Sequences updated
750 label.dbref_search_completed = DBRef search completed
751 label.show_all_chains = Show all chains
752 label.fetch_all_param = Fetch all {0}
753 label.paste_new_window = Paste To New Window
754 label.settings_for_param = Settings for {0}
755 label.view_params = View {0}
756 label.aacon_calculations = AACon Calculations
757 label.aacon_settings = Change AACon Settings...
758 tooltip.aacon_calculations = When checked, AACon calculations are updated automatically.
759 tooltip.aacon_settings = Modify settings for AACon calculations.
760 label.rnalifold_calculations = RNAAliFold Prediction
761 label.rnalifold_settings = Change RNAAliFold settings...
762 tooltip.rnalifold_calculations = When checked, RNA secondary structure predictions will be calculated for the alignment, and updated when edits are made.
763 tooltip.rnalifold_settings = Modify settings for the RNAAliFold prediction. Use this to hide or show different results of the RNA calculation, and change RNA folding parameters.
764 label.all_views = All Views
765 label.align_sequences_to_existing_alignment = Align sequences to an existing alignment
766 label.realign_with_params = Realign with {0}
767 label.calcname_with_default_settings = {0} with Defaults
768 label.action_with_default_settings = {0} with default settings
769 label.edit_settings_and_run = Edit settings and run...
770 label.view_and_change_parameters_before_alignment = View and change the parameters before alignment
771 label.run_with_preset_params = Run {0} with preset
772 label.view_and_change_parameters_before_running_calculation = View and change parameters before running calculation
773 label.view_documentation = View documentation
774 label.select_return_type = Select return type
775 label.translation_of_params = Translation of {0}
776 label.features_for_params = Features for - {0}
777 label.annotations_for_params = Annotations for - {0}
778 label.generating_features_for_params = Generating features for - {0}
779 label.generating_annotations_for_params = Generating annotations for - {0}
780 label.varna_params = VARNA - {0}
781 label.sequence_feature_settings = Sequence Feature Settings
782 label.pairwise_aligned_sequences = Pairwise Aligned Sequences
783 label.original_data_for_params = Original Data for {0}
784 label.points_for_params = Points for {0}
785 label.transformed_points_for_params = Transformed points for {0}
786 label.graduated_color_for_params = Graduated Feature Colour for {0}
787 label.select_background_colour = Select Background Colour
788 label.invalid_font = Invalid Font
789 label.separate_multiple_accession_ids = Enter one or more accession IDs separated by a semi-colon ";"
790 label.separate_multiple_query_values = Enter one or more {0}s separated by a semi-colon ";"
791 label.search_all = Enter one or more search values separated by a semi-colon ";" (Note: This searches the entire database)
792 label.replace_commas_semicolons = Replace commas with semi-colons
793 label.parsing_failed_syntax_errors_shown_below_param = Parsing failed. Syntax errors shown below {0}
794 label.parsing_failed_unrecoverable_exception_thrown_param = \nParsing failed. An unrecoverable exception was thrown\:\n {0}
795 label.example_query_param = Example query: {0}
796 label.enter_value_increase_conservation_visibility = Enter value to increase conservation visibility
797 label.enter_percentage_identity_above_which_colour_residues = Enter % identity above which to colour residues
798 label.wswublast_client_credits = To display sequence features an exact Uniprot id with 100% sequence identity match must be entered.\nIn order to display these features, try changing the names of your sequences to the ids suggested below.\n\nRunning WSWUBlast at EBI.\nPlease quote Pillai S., Silventoinen V., Kallio K., Senger M., Sobhany S., Tate J., Velankar S., Golovin A., Henrick K., Rice P., Stoehr P., Lopez R.\nSOAP-based services provided by the European Bioinformatics Institute.\nNucleic Acids Res. 33(1)\:W25-W28 (2005));
799 label.blasting_for_unidentified_sequence = BLASTing for unidentified sequences
800 label.select_columns_containing = Select columns containing
801 label.select_columns_not_containing = Select columns that do not contain
802 label.hide_columns_containing = Hide columns containing
803 label.hide_columns_not_containing = Hide columns that do not contain
804 option.trim_retrieved_seqs = Trim retrieved sequences
805 label.trim_retrieved_sequences = When the reference sequence is longer than the sequence that you are working with, only keep the relevant subsequences.
806 label.use_sequence_id_1 = Use $DB_ACCESSION$ or $DB_ACCESSION=/<regex>/=$
807 label.use_sequence_id_2 = to embed accession id in URL
808 label.use_sequence_id_3 = Use $SEQUENCE_ID$ similarly to embed sequence id
809 label.use_sequence_id_4 = 
810 label.ws_parameters_for = Parameters for {0}
811 label.switch_server = Switch server
812 label.choose_jabaws_server = Choose a server for running this service
813 label.services_at = Services at {0}
814 label.rest_client_submit = {0} using {1}
815 label.fetch_retrieve_from =Retrieve from {0}</html>
816 label.fetch_retrieve_from_all_sources = Retrieve from all {0} sources in {1}<br>First is :{2}<html> 
817 label.feature_settings_click_drag = Drag up or down to change render order.<br/>Double click to select columns containing feature.
818 label.transparency_tip = Adjust transparency to 'see through' feature colours.
819 label.opt_and_params_further_details = see further details by right-clicking
820 label.opt_and_params_show_brief_desc_image_link = <html>Click to show brief description<br><img src="{0}"/> Right click for further information.</html> 
821 label.opt_and_params_show_brief_desc = <html>Click to show brief description<br></html>
822 label.adjusts_width_generated_eps_png = <html>Adjusts the width of the generated EPS or PNG file to ensure even the longest sequence ID or annotation label is displayed</html>
823 label.manually_specify_width_left_column = <html>Manually specify the width of the left hand column where sequence IDs and annotation labels will be rendered in exported alignment figures. This setting will be ignored if 'Automatically set ID width' is set</html>
824 label.job_created_when_checked = <html>When checked, a job is created for every sequence in the current selection.</html>
825 label.when_checked_job_visible_region_and_results = <html>When checked, a single job is created for the visible region and results mapped back onto their location in the alignment. Otherwise, a job would be created for every contiguous region visible in the alignment or current selection (e.g. a multiple alignment).</html>
826 label.flat_file_representation = <html>Flat file representation of this rest service using the Really Simple Bioinformatics Service formalism</html>
827 label.result_of_parsing_rsbs = <html>Results of parsing the RSBS representation</html>
828 label.user_preset = User Preset
829 label.service_preset = Service Preset
830 label.run_with_preset = Run {0} with preset
831 label.view_service_doc_url = <html>View <a href="{0}">{1}</a></html>
832 action.by_title_param = By {0}
833 label.source_from_db_source = Sources from {0}
834 label.from_msname = from {0}
835 label.superpose_with = Superpose with
836 label.scale_label_to_column = Scale Label to Column
837 label.add_new_row = Add New Row
838 label.edit_label_description = Edit Label/Description
839 label.hide_row = Hide This Row
840 label.delete_row = Delete This Row
841 label.show_all_hidden_rows = Show All Hidden Rows
842 label.export_annotation = Export Annotation
843 label.copy_consensus_sequence = Copy Consensus Sequence
844 label.helix = Helix
845 label.sheet = Sheet
846 label.rna_helix = RNA Helix
847 label.remove_annotation = Remove Annotation
848 label.colour_by = Colour by...
849 label.muscle_multiple_protein_sequence_alignment = Muscle Multiple Protein Sequence Alignment
850 label.mafft_multiple_sequence_alignment = MAFFT Multiple Sequence Alignment
851 label.clustalw_multiple_sequence_alignment = ClustalW Multiple Sequence Alignment
852 label.jnet_secondary_structure_prediction = JPred Secondary Structure Prediction
853 label.multiharmony = Multi-Harmony
854 label.unable_start_web_service_analysis = Unable to start web service analysis
855 label.job_couldnt_be_started_check_input = The Job couldn't be started. Please check your input, and the Jalview console for any warning messages.
856 label.prompt_each_time = Prompt each time
857 label.use_source = Use Source
858 label.couldnt_save_project = Couldn't save project
859 label.error_whilst_saving_current_state_to = Error whilst saving current state to {0}
860 label.error_whilst_loading_project_from = Error whilst loading project from {0}
861 label.couldnt_load_project = Couldn't load project
862 label.pca_sequences_not_aligned = The sequences must be aligned before calculating PCA.\nTry using the Pad function in the edit menu,\nor one of the multiple sequence alignment web services.
863 label.invalid_name_preset_exists = Invalid name - preset already exists.
864 label.invalid_name = Invalid name
865 label.set_proxy_settings = Please set up your proxy settings in the 'Connections' tab of the Preferences window
866 label.proxy_authorization_failed = Proxy Authorization Failed
867 label.internal_jalview_error = Internal Jalview Error
868 label.secondary_structure_prediction_service_couldnt_be_located = The Secondary Structure Prediction Service named {0} at {1} couldn't be located.
869 label.service_called_is_not_msa_service = The Service called \n{0}\nis not a \nMultiple Sequence Alignment Service\!
870 label.msa_service_is_unknown = The Multiple Sequence Alignment Service named {0} is unknown
871 label.service_called_is_not_seq_search_service = The Service called \n{0}\nis not a \nSequence Search Service\!
872 label.seq_search_service_is_unknown = The Sequence Search Service named {0} is unknown
873 label.feature_type = Feature Type
874 label.display = Display
875 label.service_url = Service URL
876 label.copied_sequences = Copied sequences
877 label.cut_sequences = Cut Sequences
878 label.conservation_colour_increment = Conservation Colour Increment ({0})
879 label.percentage_identity_threshold = Percentage Identity Threshold ({0})
880 label.error_unsupported_owwner_user_colour_scheme = Unsupported owner for User Colour scheme dialog
881 label.save_alignment_to_file = Save Alignment to file
882 label.save_features_to_file = Save Features to File
883 label.save_annotation_to_file = Save Annotation to File
884 label.no_features_on_alignment = No features found on alignment
885 label.save_pdb_file = Save PDB File
886 label.save_text_to_file = Save Text to File
887 label.save_state = Save State
888 label.restore_state = Restore State
889 label.saving_jalview_project = Saving jalview project {0}
890 label.loading_jalview_project = Loading jalview project {0}
891 label.save_vamsas_document_archive = Save Vamsas Document Archive
892 label.saving_vamsas_doc = Saving VAMSAS Document to {0}
893 label.load_feature_colours = Load Feature Colours
894 label.save_feature_colours = Save Feature Colour Scheme
895 label.select_startup_file = Select startup file
896 label.select_default_browser = Select default web browser
897 label.save_tree_as_newick = Save tree as newick file
898 label.create_eps_from_tree = Create EPS file from tree
899 label.create_png_from_tree = Create PNG image from tree
900 label.save_colour_scheme = Save colour scheme
901 label.edit_params_for = Edit parameters for {0}
902 label.choose_filename_for_param_file = Choose a filename for this parameter file
903 label.save_as_html = Save as HTML
904 label.recently_opened = Recently Opened
905 label.blasting_for_unidentified_sequence_jobs_running = BLASTing for unidentified sequences - {0}  jobs running.
906 label.tree = Tree
907 label.tree_from = Tree from {0}
908 label.webservice_job_title = {0} using {1}
909 label.select_visible_region_of = selected {0} region of {1}
910 label.visible = Visible
911 label.select_unselect_visible_regions_from = select and unselected {0} regions from {1}
912 label.visible_region_of = visible region of
913 label.webservice_job_title_on = {0} using {1} on {2}
914 label.updating_vamsas_session = Updating vamsas session
915 label.loading_file = Loading File: {0}
916 label.edit_params = Edit {0}
917 error.not_implemented = Not implemented
918 error.no_such_method_as_clone1_for = No such method as clone1 for {0}
919 error.null_from_clone1 = Null from clone1!
920 error.implementation_error_sortbyfeature = Implementation Error - sortByFeature method must be one of FEATURE_SCORE, FEATURE_LABEL or FEATURE_DENSITY.
921 error.not_yet_implemented = Not yet implemented
922 error.unknown_type_dna_or_pep = Unknown Type {0} - dna or pep are the only allowed values.
923 error.implementation_error_dont_know_threshold_annotationcolourgradient = Implementation error: don't know about threshold setting for current AnnotationColourGradient.
924 error.invalid_separator_parameter = Invalid separator parameter - must be non-zero length
925 error.alignment_cigararray_not_implemented = Alignment(CigarArray) not yet implemented
926 error.empty_view_cannot_be_updated = empty view cannot be updated.
927 error.mismatch_between_number_of_sequences_in_block = Mismatch between number of sequences in block {0} ({1}) and the original view ({2})
928 error.padding_not_yet_implemented = Padding not yet implemented
929 error.mismatch_between_visible_blocks_to_update_and_number_of_contigs_in_view = Mismatch between visible blocks to update and number of contigs in view (contigs=0,blocks={0})
930 error.unknown_seq_cigar_operation = Unknown SeqCigar operation {0}
931 error.implementation_bug_parse_cigar_string = Implementation bug in parseCigarString
932 error.implementation_error_invalid_operation_string = Implementation error. Invalid operation string.
933 error.invalid_range_string = Invalid range string (must be zero or positive number)
934 error.implementation_error_delete_range_out_of_bounds = Implementation Error: deleteRange out of bounds: start must be non-negative and less than end.
935 error.implementation_error = Implementation error
936 error.implementation_error_unknown_operation = Implementation Error! Unknown operation {0}
937 error.implementation_error_unexpected_null_from_get_sequence_and_deletions = Implementation Error - unexpected null from getSequenceAndDeletions
938 error.implementation_error_set_seq_null = Implementation Error - _setSeq(null,...)
939 error.implementation_error_s = Implementation Error: _s= {0}
940 error.implementation_error_seqcigar_possible = SeqCigar: Possible implementation error: sequence is longer than dataset sequence
941 error.implmentation_bug_seq_null = Implementation Bug. Null seq
942 error.implementation_bug_cigar_operation_list_range_list = Implementation Bug. Cigar Operation list!= range list
943 error.not_yet_implemented_cigar_object_from_cigar_string = NOT YET Implemented: Constructing a Cigar object from a cigar string and a gapped sequence.
944 error.implementation_bug_cigar_operation = Implementation Bug. Cigar Operation {0} {1} not one of {2}, {3}, or {4}.
945 error.implementation_error_for_new_cigar = Implementation error for new Cigar(SequenceI)
946 error.implementation_error_cigar_seq_no_operations = Implementation error: {0}th sequence Cigar has no operations.
947 error.implementation_error_no_pdbentry_from_index = Implementation error - no corresponding pdbentry (for index {0}) to add sequences mappings to
948 error.jmol_version_not_compatible_with_jalview_version = Jmol version {0} is not compatible with this version of Jalview. Report this problem at issues.jalview.org
949 error.not_implemented_remove = Remove: Not implemented
950 error.not_implemented_clone = Clone: Not implemented
951 error.call_setprogressbar_before_registering_handler = call setProgressBar before registering the progress bar's handler.
952 label.cancelled_params = Cancelled {0}
953 error.implementation_error_cannot_show_view_alignment_frame = Implementation error: cannot show a view from another alignment in an AlignFrame.
954 error.implementation_error_dont_know_about_threshold_setting = Implementation error: don't know about threshold setting for current AnnotationColourGradient.
955 error.eps_generation_not_implemented = EPS Generation not yet implemented
956 error.png_generation_not_implemented = PNG Generation not yet implemented
957 error.try_join_vamsas_session_another = Trying to join a vamsas session when another is already connected
958 error.invalid_vamsas_session_id = Invalid vamsas session id
959 label.groovy_support_failed = Jalview Groovy Support Failed
960 label.couldnt_create_groovy_shell = Couldn't create the groovy Shell. Check the error log for the details of what went wrong.
961 error.unsupported_version_calcIdparam = Unsupported Version for calcIdparam {0}
962 error.implementation_error_cant_reorder_tree = Implementation Error: Can't reorder this tree. Not DefaultMutableTreeNode.
963 error.invalid_value_for_option = Invalid value {0} for option {1}
964 error.implementation_error_cannot_import_vamsas_doc = Implementation Error - cannot import existing vamsas document into an existing session, Yet!
965 label.vamsas_doc_couldnt_be_opened_as_new_session = VAMSAS Document could not be opened as a new session - please choose another
966 error.implementation_error_vamsas_operation_not_init = Impementation error! Vamsas Operations when client not initialised and connected
967 error.jalview_no_connected_vamsas_session = Jalview not connected to Vamsas session
968 error.implementation_error_cannot_recover_vamsas_object_mappings = IMPLEMENTATION ERROR: Cannot recover vamsas object mappings - no backup was made
969 error.setstatus_called_non_existent_job_pane = setStatus called for non-existent job pane {0}
970 error.implementation_error_cannot_find_marshaller_for_param_set =Implementation error: Can't find a marshaller for the parameter set
971 error.implementation_error_old_jalview_object_not_bound =IMPLEMENTATION ERROR: old jalview object is not bound ! ({0})
972 error.implementation_error_vamsas_doc_class_should_bind_to_type = Implementation Error: Vamsas Document Class {0} should bind to a {1} (found a {2})
973 error.invalid_vamsas_rangetype_cannot_resolve_lists = Invalid vamsas RangeType - cannot resolve both lists of Pos and Seg from choice!
974 error.implementation_error_maplist_is_null = Implementation error. MapList is null for initMapType.
975 error.implementation_error_cannot_have_null_alignment = Implementation error: Cannot have null alignment property key
976 error.implementation_error_null_fileparse = Implementation error. Null FileParse in copy constructor
977 error.implementation_error_cannot_map_alignment_sequences = IMPLEMENTATION ERROR: Cannot map an alignment of sequences from different datasets into a single alignment in the vamsas document.
978 error.implementation_error_structure_selection_manager_null = Implementation error. Structure selection manager's context is 'null'
979 exception.ssm_context_is_null = SSM context is null
980 error.idstring_seqstrings_only_one_per_sequence = idstrings and seqstrings contain one string each per sequence
981 error.cannot_have_mixed_length_replacement_vectors = Cannot have mixed length replacement vectors. Replacement vector for {0} is {1} strings long, and have already seen a {2} length vector.
982 error.cannot_have_zero_length_vector_replacement_strings = Cannot have zero length vector of replacement strings - either 1 value or n values.
983 error.implementation_error_multiple_single_sequence_prediction_jobs_not_supported = Implementation Error! Multiple single sequence prediction jobs are not yet supported
984 error.implementation_error_invalid_msa_index_for_job =Implementation Error! Invalid msaIndex for JPredJob on parent MSA input object!
985 error.implementation_error_startjob_called = Implementation error - StartJob(JpredJob) called on {0}
986 error.multiple_jnet_subjob_merge_not_implemented = Multiple JPred subjob merging not yet implemented
987 label.job_never_ran = Job never ran - input returned to user.
988 error.implementation_error_minlen_must_be_greater_zero = Implementation error: minlen must be zero or more
989 error.implementation_error_msawbjob_called = Implementation error - StartJob(MsaWSJob) called on a WSJobInstance {0}
990 error.implementation_error_cannot_attach_ws_menu_entry = IMPLEMENTATION ERROR: cannot attach WS Menu Entry without service handle reference!
991 error.parameter_migration_not_implemented_yet = Parameter migration not implemented yet
992 error.implementation_error_cannot_set_jaba_option = Implementation error: cannot set Jaba Option to a value outside its allowed value range!
993 error.implementation_error_valuetype_doesnt_support_jabaws_type = IMPLEMENTATION ERROR: jalview.ws.params.ValueConstrainI.ValueType does not support the JABAWS type : {0}
994 error.cannot_create_jabaws_param_set = Cannot create a JabaWSParamSet from non-JabaWS parameters
995 error.cannot_set_arguments_to_jabaws_param_set = Cannot set arguments to a JabaWSParamSet that are not JabaWS arguments
996 error.implementation_error_runner_config_not_available = Implementation Error: Runner Config not available for a JABAWS service of type {0} ({1})
997 error.implementation_error_cannot_handle_jaba_param = Implementation Error: Cannot handle Jaba parameter object {0}
998 error.implementation_error_attempt_to_delete_service_preset = Implementation error: Attempt to delete a service preset!
999 error.implementation_error_cannot_locate_oldname_presetname = Implementation error: Can't locate either oldname ({0}) or presetName ({1}in the datastore!"
1000 error.implementation_error_jabaws_param_set_only_handled_by = Implementation error: JabaWsParamSets can only be handled by JabaParamStore
1001 error.cannot_set_source_file_for = Cannot set source file for {0}
1002 error.mismatch_service_instance_preset = Probable mismatch between service instance and preset!
1003 error.cannot_set_params_for_ws_preset = Cannot set Parameters for a Jaba Web service's preset
1004 error.implementation_error_can_only_instantiate_jaba_param_sets = Implementation error: Can only instantiate Jaba parameter sets
1005 error.no_aacon_service_found = No AACon service found
1006 error.implementation_error_couldnt_copy_value_constraint = Implementation error: could not copy ValueConstrain!
1007 error.couldnt_encode_as_utf8 = Couldn't encode {0} as UTF-8.
1008 error.tree_inputtype_not_yet_implemented = Tree InputType not yet implemented
1009 error.implementation_error_need_to_have_httpresponse = Implementation Error: need to have an HttpResponse to process
1010 error.dbrefsource_implementation_exception =DBRefSource Implementation Exception
1011 error.implementation_error_dbinstance_must_implement_interface = Implmentation Error - getDbInstances must be given a class that implements jalview.ws.seqfetcher.DbSourceProxy (was given{0})
1012 error.implementation_error_must_init_dbsources =Implementation error. Must initialise dbSources
1013 label.view_controller_toggled_marked = {0} {1} columns {2} features of type {3}  across {4} sequence(s)
1014 label.toggled = Toggled
1015 label.marked = Marked
1016 label.containing = containing
1017 label.not_containing = not containing
1018 label.no_feature_of_type_found = No features of type {0} found.
1019 label.submission_params = Submission {0}
1020 label.empty_alignment_job = Empty Alignment Job
1021 label.add_new_sbrs_service = Add a new Simple Bioinformatics Rest Service
1022 label.edit_sbrs_entry = Edit Simple Bioinformatics Rest Service entry
1023 label.pca_recalculating = Recalculating PCA
1024 label.pca_calculating = Calculating PCA
1025 label.select_foreground_colour = Choose foreground colour
1026 label.select_colour_for_text = Select Colour for Text
1027 label.adjunst_foreground_text_colour_threshold = Adjust Foreground Text Colour Threshold
1028 label.select_subtree_colour = Select Sub-Tree Colour
1029 label.create_new_sequence_features = Create New Sequence Feature(s)
1030 label.amend_delete_features = Amend/Delete Features for {0}
1031 exception.out_of_bounds_for_file = Out of bounds for file: i={0}, Final Buffer: i0={1} iend={2}
1032 exception.null_string_given_to_regex_search = Null String Given to Regex.search
1033 exception.null_string_like_given_to_regex_search = Null StringLike Given to Regex.search
1034 exception.null_string_given_to_regex_reverse_search = Null String Given to Regex.reverseSearch
1035 exception.null_string_like_given_to_regex_reverse_search = Null StringLike Given to Regex.reverseSearch
1036 exception.null_string_like_given_to_regex_search_from = Null String Given to Regex.searchFrom
1037 exception.null_string_like_given_to_regex_search_region = Null String Given to Regex.searchRegion
1038 exception.replace_null_regex_pointer = Replacer has null Regex pointer
1039 exception.bad_pattern_to_regex_perl_code = bad pattern to Regex.perlCode: {0}
1040 exception.no_stub_implementation_for_interface = There is no stub implementation for the interface: {0}
1041 exception.cannot_set_endpoint_address_unknown_port = Cannot set Endpoint Address for Unknown Port {0}
1042 exception.mismatched_unseen_closing_char = Mismatched (unseen) closing character {0}
1043 exception.mismatched_closing_char = Mismatched closing character {0}
1044 exception.mismatched_opening_char = Mismatched opening character {0} at {1}
1045 exception.invalid_datasource_couldnt_obtain_reader = Invalid datasource. Could not obtain Reader
1046 exception.unterminated_cigar_string = Unterminated cigar string
1047 exception.unexpected_operation_cigar_string_pos = Unexpected operation {0} in cigar string (position {1} in {2}
1048 exception.couldnt_parse_responde_from_annotated3d_server = Couldn't parse response from Annotate3d server
1049 exception.application_test_npe = Application test: throwing an NullPointerException It should arrive at the console
1050 exception.overwriting_vamsas_id_binding = Overwriting vamsas id binding
1051 exception.overwriting_jalview_id_binding = Overwriting jalview id binding
1052 exception.failed_to_resolve_gzip_stream = Failed to resolve GZIP stream
1053 exception.problem_opening_file_also_tried = Problem opening {0} (also tried {1}) : {2}
1054 exception.problem_opening_file = Problem opening {0} : {1}
1055 exception.failed_to_read_data_from_source = Failed to read data from source: {0}
1056 exception.no_init_source_stream = Unitialised Source Stream
1057 exception.invalid_source_stream = Invalid Source Stream: {0}
1058 error.implementation_error_reset_called_for_invalid_source = Implementation Error: Reset called for invalid source.
1059 exception.number_of_residues_in_query_sequence_differ_from_prediction = Number of residues in {0} supposed query sequence ({1}\n{2})\ndiffer from number of prediction sites in prediction ({3})
1060 label.mapped = mapped
1061 exception.jpredconcide_entry_has_unexpected_number_of_columns = JPredConcise: Entry ({0}) has an unexpected number of columns
1062 exception.couldnt_parse_concise_annotation_for_prediction = Couldn't parse concise annotation for prediction profile.\n{0}
1063 exception.newfile = NewickFile\: {0}\n
1064 label.no_tree_read_in = No Tree read in
1065 exception.rnaml_couldnt_access_datasource = Couldn't access datasource ({0})
1066 exception.ranml_couldnt_process_data = Couldn't process data as RNAML file ({0})
1067 exception.ranml_invalid_file = Invalid RNAML file ({0})
1068 exception.ranml_problem_parsing_data = Problem parsing data as RNAML ({0})
1069 exception.pfam_no_sequences_found = No sequences found (PFAM input)
1070 exception.stockholm_invalid_format = This file is not in valid STOCKHOLM format: First line does not contain '# STOCKHOLM'
1071 exception.couldnt_parse_sequence_line = Could not parse sequence line: {0}
1072 exception.unknown_annotation_detected = Unknown annotation detected: {0} {1}
1073 exception.couldnt_store_sequence_mappings = Couldn't store sequence mappings for {0}
1074 exception.matrix_too_many_iteration = Too many iterations in {0} (max is {1})
1075 exception.browser_not_found = Exception in finding browser: {0}
1076 exception.browser_unable_to_locate = Unable to locate browser: {0}
1077 exception.invocation_target_exception_creating_aedesc = InvocationTargetException while creating AEDesc: {0}
1078 exception.illegal_access_building_apple_evt= IllegalAccessException while building AppleEvent: {0}
1079 exception.unable_to_launch_url = Unable to launch URL: {0}
1080 exception.unable_to_create_internet_config = Unable to create an Internet Config instance: {0}
1081 exception.invocation_target_calling_url = InvocationTargetException while calling openURL: {0}
1082 exception.illegal_access_calling_url = IllegalAccessException while calling openURL: {0}
1083 exception.interrupted_launching_browser = InterruptedException while launching browser: {0}
1084 exception.das_source_doesnt_support_sequence_command = Source {0} does not support the sequence command.
1085 exception.invalid_das_source = Invalid das source: {0}
1086 exception.ebiembl_retrieval_failed_on = EBI EMBL XML retrieval failed on {0}:{1}
1087 exception.no_pdb_records_for_chain = No PDB Records for {0} chain {1}
1088 exception.unexpected_handling_rnaml_translation_for_pdb = Unexpected exception when handling RNAML translation of PDB data
1089 exception.couldnt_recover_sequence_properties_for_alignment = Couldn't recover sequence properties for alignment
1090 exception.unknown_format_for_file = Unknown format {0} for file \: \n{1}
1091 label.remove_gaps = Remove Gaps
1092 exception.couldnt_recover_sequence_props_for_jnet_query = Couldn't recover sequence properties for JPred Query sequence!
1093 exception.server_timeout_try_later = Server timed out - try again later\n
1094 exception.web_service_returned_null_try_later= Server at {0} returned null object, it probably cannot be contacted. Try again later.
1095 exception.cannot_contact_service_endpoint_at = Cannot contact service endpoint at {0}
1096 error.implementation_error_cannot_find_service_url_in_given_set = Implementation error: Cannot find service url in the given url set!
1097 error.implementation_error_cannot_find_service_url_in_given_set_param_store = Implementation error: Cannot find service url in the given url set for this service parameter store ({0}}
1098 exception.jobsubmission_invalid_params_set = Invalid parameter set. Check Jalview implementation
1099 exception.notvaliddata_group_contains_less_than_min_seqs = Group contains less than {0} sequences.
1100 exception.outofmemory_loading_pdb_file = Out of memory loading PDB File
1101 exception.eps_coudnt_write_output_file = Could not write to the output file: {0}
1102 exception.eps_method_not_supported = Method not currently supported by EpsGraphics2D version {0}
1103 exception.eps_unable_to_get_inverse_matrix = Unable to get inverse of matrix: {0}
1104 warn.job_cannot_be_cancelled_close_window = This job cannot be cancelled.\nJust close the window.
1105 warn.service_not_supported = Service not supported!
1106 warn.input_is_too_big = Input is too big!
1107 warn.invalid_job_param_set = Invalid job parameter set!
1108 warn.oneseq_msainput_selection = The current selection only contains a single sequence. Do you want to submit all sequences for alignment instead ?   
1109 info.job_couldnt_be_run_server_doesnt_support_program = Job could not be run because the server doesn't support this program.\n{0}
1110 info.job_couldnt_be_run_exceeded_hard_limit = Job could not be run because it exceeded a hard limit on the server.\n{0}
1111 info.job_couldnt_be_run_incorrect_param_setting = Job could not be run because some of the parameter settings are not supported by the server.\n{0}\nPlease check to make sure you have used the correct parameter set for this service\!\n
1112 info.no_jobs_ran = No jobs ran
1113 info.failed_to_submit_prediction = Failed to submit the prediction\:\n{0} {1}
1114 info.invalid_jnet_job_result_data ={0}\n{1}\nInvalid JPred job result data\!\n{2}
1115 info.failed_to_submit_sequences_for_alignment = Failed to submit sequences for alignment.\nIt is most likely that there is a problem with the server.\nJust close the window\n
1116 info.alignment_object_method_notes = \nAlignment Object Method Notes\n
1117 info.server_exception = \n{0} Server exception\!\n{1}
1118 info.invalid_msa_input_mininfo = Need at least two sequences with at least 3 residues each, with no hidden regions between them.  
1119 info.invalid_msa_notenough = Not enough sequence data to align
1120 status.processing_commandline_args = Processing commandline arguments...
1121 status.das_features_being_retrived = DAS features being retrieved...
1122 status.searching_for_sequences_from = Searching for sequences from {0}
1123 status.finished_searching_for_sequences_from = Finished searching for sequences from {0}
1124 label.eps_file = EPS file
1125 label.png_image = PNG image
1126 status.saving_file = Saving {0}
1127 status.export_complete = {0} Export completed.
1128 status.fetching_pdb = Fetching PDB {0}
1129 status.refreshing_news = Refreshing news
1130 status.importing_vamsas_session_from = Importing VAMSAS session from {0}
1131 status.opening_params = Opening {0}
1132 status.waiting_sequence_database_fetchers_init = Waiting for Sequence Database Fetchers to initialise
1133 status.init_sequence_database_fetchers = Initialising Sequence Database Fetchers
1134 status.fetching_sequence_queries_from = Fetching {0} sequence queries from {1}
1135 status.finshed_querying = Finished querying
1136 status.parsing_results = Parsing results.
1137 status.processing = Processing...
1138 status.refreshing_web_service_menus = Refreshing Web Service Menus
1139 status.collecting_job_results = Collecting job results.
1140 status.fetching_das_sequence_features = Fetching DAS Sequence Features
1141 status.no_das_sources_active = No DAS Sources Active
1142 status.das_feature_fetching_cancelled = DAS Feature Fetching Cancelled
1143 status.das_feature_fetching_complete = DAS Feature Fetching Complete
1144 status.fetching_db_refs = Fetching db refs
1145 status.loading_cached_pdb_entries = Loading Cached PDB Entries
1146 status.searching_for_pdb_structures = Searching for PDB Structures
1147 status.opening_file_for = opening file for
1148 status.colouring_chimera = Colouring Chimera
1149 label.font_doesnt_have_letters_defined = Font doesn't have letters defined\nso cannot be used\nwith alignment data
1150 label.font_too_small = Font size is too small
1151 label.error_loading_file_params = Error loading file {0}
1152 label.error_loading_jalview_file = Error loading Jalview file
1153 warn.out_of_memory_when_action = Out of memory when {0}\!\!\nSee help files for increasing Java Virtual Machine memory.
1154 warn.out_of_memory_loading_file = Out of memory loading file {0}\!\!\nSee help files for increasing Java Virtual Machine memory.
1155 label.out_of_memory = Out of memory
1156 label.invalid_id_column_width = Invalid ID Column width
1157 warn.user_defined_width_requirements = The user defined width for the\nannotation and sequence ID columns\nin exported figures must be\nat least 12 pixels wide.
1158 label.couldnt_create_sequence_fetcher = Couldn't create SequenceFetcher
1159 warn.couldnt_create_sequence_fetcher_client = Could not create the sequence fetcher client. Check error logs for details.
1160 warn.server_didnt_pass_validation = Service did not pass validation.\nCheck the Jalview Console for more details.
1161 warn.url_must_contain = Sequence URL must contain $SEQUENCE_ID$, $DB_ACCESSION$, or a regex
1162 warn.urls_not_contacted = URLs that could not be contacted
1163 warn.urls_no_jaba = URLs without any JABA Services
1164 info.validate_jabaws_server = Validate JabaWS Server ?\n(Look in console output for results)
1165 label.test_server = Test Server?
1166 info.you_want_jalview_to_find_uniprot_accessions = Do you want Jalview to find\nUniprot Accession ids for given sequence names?
1167 label.find_uniprot_accession_ids = Find Uniprot Accession Ids
1168 label.new_sequence_fetcher = New Sequence Fetcher
1169 label.additional_sequence_fetcher = Additional Sequence Fetcher
1170 label.select_database_retrieval_source = Select Database Retrieval Source
1171 label.overwrite_existing_file = Overwrite existing file?
1172 label.file_already_exists = File exists
1173 label.edit_jabaws_url = Edit JABAWS URL
1174 label.add_jabaws_url = Add new JABAWS URL
1175 label.news_from_jalview = News from http://www.jalview.org
1176 label.cut_paste_alignmen_file = Cut & Paste Alignment File
1177 label.enter_redundancy_threshold = Enter the redundancy threshold
1178 label.select_dark_light_set_threshold = <html><i>Select a dark and light text colour, then set the threshold to<br>switch between colours, based on background colour</i></html>
1179 label.select_feature_colour = Select Feature Colour
1180 label.delete_all = Delete all sequences
1181 warn.delete_all = <html>Deleting all sequences will close the alignment window.<br>Confirm deletion or Cancel.
1182 label.add_annotations_for = Add annotations for
1183 action.choose_annotations = Choose Annotations...
1184 label.choose_annotations = Choose Annotations
1185 label.find = Find
1186 label.invalid_search = Search string invalid
1187 error.invalid_regex = Invalid regular expression
1188 label.ignore_gaps_consensus = Ignore Gaps In Consensus
1189 label.show_group_histogram = Show Group Histogram
1190 label.show_group_logo = Show Group Logo
1191 label.normalise_group_logo = Normalise Group Logo
1192 label.show_histogram = Show Histogram
1193 label.show_logo = Show Logo
1194 label.normalise_logo = Normalise Logo
1195 label.no_colour_selection_in_scheme = Please make a colour selection before applying colour scheme
1196 label.no_colour_selection_warn = Error saving colour scheme
1197 label.open_split_window? = Would you like to open as a split window, with cDNA and protein linked?
1198 label.open_split_window = Open split window
1199 action.no = No
1200 action.yes = Yes
1201 label.for = for
1202 label.select_by_annotation = Select/Hide Columns by Annotation
1203 action.select_by_annotation = Select/Hide Columns by Annotation...
1204 label.threshold_filter =  Threshold Filter
1205 label.alpha_helix = Alpha Helix
1206 label.beta_strand = Beta Strand
1207 label.turn = Turn
1208 label.select_all = Select All
1209 label.structures_filter = Structures Filter
1210 label.search_filter = Search Filter
1211 label.include_description= Include Description
1212 action.back = Back
1213 label.hide_insertions = Hide Insertions
1214 label.mark_as_representative = Mark as representative
1215 label.open_jabaws_web_page = Open JABAWS web page
1216 label.pdb_sequence_fetcher = PDB Sequence Fetcher
1217 label.result = result
1218 label.results = results
1219 label.structure_chooser = Structure Chooser
1220 label.select = Select : 
1221 label.invert = Invert 
1222 label.select_pdb_file = Select PDB File
1223 info.select_filter_option = Select Filter Option/Manual Entry
1224 info.associate_wit_sequence = Associate with Sequence
1225 label.search_result = Search Result
1226 label.found_structures_summary = Found Structures Summary
1227 label.configure_displayed_columns = Customise Displayed Options
1228 label.start_jalview = Start Jalview
1229 label.biojs_html_export = BioJS
1230 label.scale_as_cdna = Scale protein residues to codons
1231 label.scale_protein_to_cdna = Scale Protein to cDNA
1232 label.scale_protein_to_cdna_tip = Make protein residues same width as codons in split frame views
1233 info.select_annotation_row = Select Annotation Row
1234 info.enter_search_text_here = Enter Search Text Here
1235 info.enter_search_text_to_enable = Enter Search Text to Enable
1236 info.search_in_annotation_label = Search in {0} Label
1237 info.search_in_annotation_description = Search in {0} Description
1238 info.change_threshold_mode_to_enable = Change Threshold Mode to Enable
1239 label.couldnt_read_data = Couldn't read data
1240 label.embbed_biojson = Embed BioJSON to HTML export
1241 action.export_groups = Export Groups
1242 action.export_annotations = Export Annotations
1243 action.export_hidden_columns = Export Hidden Columns
1244 action.export_hidden_sequences = Export Hidden Sequences
1245 action.export_features = Export Features
1246 label.export_settings = Export Settings
1247 label.pdb_web-service_error = PDB Web-service Error
1248 label.structure_chooser_manual_association = Structure Chooser - Manual association
1249 label.structure_chooser_filter_time = Structure Chooser - Filter time ({0})
1250 label.structure_chooser_no_of_structures = Structure Chooser - {0} Found ({1})
1251 info.no_pdb_entry_found_for = No PDB entry found for {0}
1252 exception.unable_to_detect_internet_connection = Jalview is unable to detect an internet connection
1253 exception.fts_rest_service_no_longer_available = {0} rest services no longer available!
1254 exception.resource_not_be_found = The requested resource could not be found
1255 exception.fts_server_error = There seems to be an error from the {0} server
1256 exception.fts_server_unreachable = Jalview is unable to reach the {0} server. \nPlease ensure that you are connected to the internet and try again.
1257 label.nw_mapping = Needleman & Wunsch Alignment
1258 label.sifts_mapping = SIFTs Mapping
1259 label.mapping_method = Sequence \u27f7 Structure mapping method
1260 status.waiting_for_user_to_select_output_file = Waiting for user to select {0} file
1261 status.cancelled_image_export_operation = Cancelled {0} export operation
1262 info.error_creating_file = Error creating {0} file
1263 exception.outofmemory_loading_mmcif_file = Out of memory loading mmCIF File
1264 label.run_groovy = Run Groovy console script
1265 label.run_groovy_tip = Run the script in the Groovy console over this alignment
1266 label.couldnt_run_groovy_script = Failed to run Groovy script
1267 label.uniprot_sequence_fetcher = UniProt Sequence Fetcher
1268 action.next_page= >> 
1269 action.prev_page= << 
1270 label.next_page_tooltip=Next Page
1271 label.prev_page_tooltip=Previous Page
1272 exception.bad_request=Bad request. There is a problem with your input.
1273 exception.service_not_available=Service not available. The server is being updated, try again later.
1274 status.launching_3d_structure_viewer = Launching 3D Structure viewer...
1275 status.fetching_3d_structures_for_selected_entries = Fetching 3D Structures for selected entries...
1276 status.fetching_dbrefs_for_sequences_without_valid_refs = Fetching db refs for {0} sequence(s) without valid db ref required for SIFTS mapping
1277 status.fetching_3d_structures_for = Fetching 3D Structure for {0}
1278 status.obtaining_mapping_with_sifts = Obtaining mapping with SIFTS
1279 status.obtaining_mapping_with_nw_alignment = Obtaining mapping with NW alignment
1280 status.exporting_alignment_as_x_file = Exporting alignment as {0} file
1281 label.column = Column
1282 label.cant_map_cds = Unable to map CDS to protein\nCDS missing or incomplete
1283 label.operation_failed = Operation failed
1284 label.SEQUENCE_ID_no_longer_used = $SEQUENCE_ID$ is no longer used for DB accessions
1285 label.SEQUENCE_ID_for_DB_ACCESSION1 = Please review your URL links in the 'Connections' tab of the Preferences window:
1286 label.SEQUENCE_ID_for_DB_ACCESSION2 = URL links using '$SEQUENCE_ID$' for DB accessions now use '$DB_ACCESSION$'.
1287 label.do_not_display_again = Do not display this message again
1288 exception.url_cannot_have_miriam_id = {0} is a MIRIAM id and cannot be used as a custom url name
1289 exception.url_cannot_have_duplicate_id = {0} cannot be used as a label for more than one line
1290 label.filter = Filter text:
1291 action.customfilter = Custom only
1292 action.showall = Show All
1293 label.insert = Insert:
1294 action.seq_id = $SEQUENCE_ID$
1295 action.db_acc = $DB_ACCESSION$
1296 label.primary = Double Click
1297 label.inmenu = In Menu
1298 label.id = ID
1299 label.database = Database
1300 label.urltooltip = Only one url, which must use a sequence id, can be selected for the 'On Click' option
1301 label.edit_sequence_url_link = Edit sequence URL link
1302 warn.name_cannot_be_duplicate = User-defined URL names must be unique and cannot be MIRIAM ids
1303 label.invalid_name = Invalid Name !
1304 label.output_seq_details = Output Sequence Details to list all database references
1305 label.urllinks = Links