Merge branch 'features/JAL-2473_set-minimium-dimensions' into develop
[jalview.git] / resources / lang / Messages.properties
1 action.refresh_services = Refresh Services
2 action.reset_services = Reset Services
3 action.merge_results = Merge Results
4 action.load_scheme = Load scheme
5 action.save_scheme = Save scheme
6 label.scheme_changed = Changes to scheme ''{0}'' have not been saved.<br><br>Save changes, or continue without saving to make a new colour scheme.
7 label.save_changes = Save Changes
8 label.dont_save_changes = Don't Save
9 action.save_image = Save Image
10 action.paste = Paste
11 action.show_html_source = Show HTML Source
12 action.print = Print...
13 action.web_service = Web Service
14 action.cancel_job = Cancel Job
15 action.start_job = Start Job
16 action.revert = Revert
17 action.move_down = Move Down
18 action.move_up = Move Up
19 action.remove_return_datatype = Remove return datatype
20 action.add_return_datatype = Add return datatype
21 action.remove_input_parameter = Remove selected input parameter
22 action.add_input_parameter = Add input parameter
23 action.edit = Edit
24 action.new = New
25 action.open_file = Open file
26 action.show_unconserved = Show Unconserved
27 action.open_new_alignment = Open new alignment
28 action.raise_associated_windows = Raise Associated Windows
29 action.minimize_associated_windows = Minimize Associated Windows
30 action.close_all = Close all
31 action.load_project = Load Project
32 action.save_project = Save Project
33 action.quit = Quit
34 action.expand_views = Expand Views
35 action.gather_views = Gather Views
36 action.page_setup = Page Setup...
37 action.reload = Reload
38 action.load = Load
39 action.open = Open
40 action.cancel = Cancel
41 action.create = Create
42 action.update = Update
43 action.delete = Delete
44 action.clear = Clear
45 action.accept = Accept
46 action.select_ddbb = --- Select Database ---
47 action.undo = Undo
48 action.redo = Redo
49 action.reset = Reset
50 action.remove_left = Remove left
51 action.remove_right = Remove right
52 action.remove_empty_columns = Remove Empty Columns
53 action.remove_all_gaps = Remove All Gaps
54 action.left_justify_alignment = Left Justify Alignment
55 action.right_justify_alignment = Right Justify Alignment
56 action.boxes = Boxes
57 action.text = Text
58 action.by_pairwise_id = By Pairwise Identity
59 action.by_id = By Id
60 action.by_length = By Length
61 action.by_group = By Group
62 action.unmark_as_reference = Unmark as Reference 
63 action.set_as_reference = Set as Reference 
64 action.remove = Remove
65 action.remove_redundancy = Remove Redundancy...
66 action.pairwise_alignment = Pairwise Alignment
67 action.user_defined = User Defined...
68 action.by_conservation = By Conservation
69 action.wrap = Wrap
70 action.show_gaps = Show Gaps
71 action.show_hidden_markers = Show Hidden Markers
72 action.find = Find
73 action.undefine_groups = Undefine Groups
74 action.make_groups_selection = Make Groups For Selection
75 action.copy = Copy
76 action.cut = Cut
77 action.font = Font...
78 action.scale_above = Scale Above
79 action.scale_left = Scale Left
80 action.scale_right = Scale Right
81 action.by_tree_order = By Tree Order
82 action.sort = Sort
83 action.calculate_tree = Calculate Tree
84 action.help = Help
85 action.by_annotation = By Annotation...
86 action.invert_sequence_selection = Invert Sequence Selection
87 action.invert_column_selection = Invert Column Selection
88 action.show = Show
89 action.hide = Hide
90 action.ok = OK
91 action.set_defaults = Defaults
92 action.create_group = Create Group
93 action.remove_group = Remove Group
94 action.edit_group = Edit Group
95 action.border_colour = Border colour
96 action.edit_new_group = Edit New Group
97 action.hide_sequences = Hide Sequences
98 action.sequences = Sequences
99 action.ids = IDS
100 action.ids_sequences = IDS and sequences
101 action.reveal_all = Reveal All
102 action.reveal_sequences = Reveal Sequences
103 action.find_all = Find all
104 action.find_next = Find next
105 action.file = File
106 action.view = View
107 action.annotations = Annotations
108 action.change_params = Change Parameters
109 action.apply = Apply
110 action.apply_threshold_all_groups = Apply threshold to all groups
111 action.apply_all_groups = Apply to all Groups
112 action.by_chain = By Chain
113 action.by_sequence = By Sequence
114 action.paste_annotations = Paste Annotations
115 action.format = Format
116 action.select = Select
117 action.new_view = New View
118 action.close = Close
119 action.add = Add
120 action.save_as_default = Save as default
121 action.save_as = Save as...
122 action.save = Save
123 action.cancel_fetch = Cancel Fetch
124 action.change_font = Change Font
125 action.change_font_tree_panel = Change Font (Tree Panel)
126 action.colour = Colour
127 action.calculate = Calculate
128 action.select_all = Select all
129 action.select_highlighted_columns = Select Highlighted Columns
130 tooltip.select_highlighted_columns = Press B to mark highlighted columns, Ctrl-(or Cmd)-B to toggle, and Alt-B to mark all but highlighted columns 
131 action.deselect_all = Deselect all
132 action.invert_selection = Invert selection
133 action.using_jmol = Using Jmol
134 action.link = Link
135 action.group_link = Group Link
136 action.show_chain = Show Chain
137 action.show_group = Show Group
138 action.fetch_db_references = Fetch DB References
139 action.view_flanking_regions = Show flanking regions
140 label.view_flanking_regions = Show sequence data either side of the subsequences involved in this alignment
141 label.structures_manager = Structures Manager
142 label.nickname = Nickname:
143 label.url = URL
144 label.url\: = URL:
145 label.input_file_url = Enter URL or Input File
146 label.select_feature = Select feature
147 label.name = Name
148 label.name\: = Name:
149 label.name_param = Name: {0}
150 label.group = Group
151 label.group\: = Group:
152 label.group_name = Group Name
153 label.group_description = Group Description
154 label.edit_group_name_description = Edit Group Name/Description
155 label.colour = Colour:
156 label.description = Description
157 label.description\: = Description:
158 label.start = Start:
159 label.end = End:
160 label.current_parameter_set_name = Current parameter set name:
161 label.service_action = Service Action:
162 label.post_url = POST URL:
163 label.url_suffix = URL Suffix
164 label.sequence_source = Sequence Source
165 label.per_seq = per Sequence
166 label.result_vertically_separable = Results are vertically separable
167 label.amend = Amend
168 label.undo_command = Undo {0}
169 label.redo_command = Redo {0}
170 label.principal_component_analysis = Principal Component Analysis
171 label.average_distance_identity = Average Distance Using % Identity
172 label.neighbour_joining_identity = Neighbour Joining Using % Identity
173 label.treecalc_title = {0} Using {1}
174 label.tree_calc_av = Average Distance
175 label.tree_calc_nj = Neighbour Joining
176 label.select_score_model = Select score model
177 label.score_model_pid = % Identity
178 label.score_model_blosum62 = BLOSUM62
179 label.score_model_pam250 = PAM 250
180 label.score_model_conservation = Physicochemical property conservation
181 label.score_model_enhconservation = Physicochemical property conservation
182 label.status_bar = Status bar
183 label.out_to_textbox = Output to Textbox
184 label.occupancy = Occupancy
185 # delete Clustal - use FileFormat name instead
186 label.clustal = Clustal
187 # label.colourScheme_<schemeName> as in JalviewColourScheme
188 label.colourScheme_clustal = Clustalx
189 label.colourScheme_blosum62 = BLOSUM62 Score
190 label.colourScheme_%_identity = Percentage Identity
191 label.colourScheme_zappo = Zappo
192 label.colourScheme_taylor = Taylor
193 label.colourScheme_hydrophobic = Hydrophobicity
194 label.colourScheme_helix_propensity = Helix Propensity
195 label.colourScheme_strand_propensity = Strand Propensity
196 label.colourScheme_turn_propensity = Turn Propensity
197 label.colourScheme_buried_index = Buried Index
198 label.colourScheme_purine/pyrimidine = Purine/Pyrimidine
199 label.colourScheme_nucleotide = Nucleotide
200 label.colourScheme_t-coffee_scores = T-Coffee Scores
201 label.colourScheme_rna_helices = By RNA Helices
202 label.blc = BLC
203 label.fasta = Fasta
204 label.msf = MSF
205 label.pfam = PFAM
206 label.pileup = Pileup
207 label.pir = PIR
208 label.average_distance_blosum62 = Average Distance Using BLOSUM62
209 label.neighbour_blosum62 = Neighbour Joining Using BLOSUM62
210 label.show_annotations = Show annotations
211 label.hide_annotations = Hide annotations
212 label.show_all_seq_annotations = Show sequence related
213 label.hide_all_seq_annotations = Hide sequence related
214 label.show_all_al_annotations = Show alignment related
215 label.hide_all_al_annotations = Hide alignment related
216 label.hide_all = Hide all
217 label.add_reference_annotations = Add reference annotations
218 label.find_tip = Search alignment, selection or sequence ids for a subsequence (ignoring gaps).<br>Accepts regular expressions - search Help for 'regex' for details.
219 label.colour_text = Colour Text
220 label.show_non_conserved = Show nonconserved
221 label.overview_window = Overview Window
222 label.none = None
223 label.above_identity_threshold = Above Identity Threshold
224 label.show_sequence_features = Show Sequence Features
225 label.nucleotide = Nucleotide
226 label.protein = Protein
227 label.nucleotides = Nucleotides
228 label.proteins = Proteins
229 label.to_new_alignment = To New Alignment
230 label.to_this_alignment = Add To This Alignment
231 label.apply_colour_to_all_groups = Apply Colour To All Groups
232 label.modify_identity_threshold = Modify Identity Threshold...
233 label.modify_conservation_threshold = Modify Conservation Threshold...
234 label.input_from_textbox = Input from textbox
235 label.centre_column_labels = Centre column labels
236 label.automatic_scrolling = Automatic Scrolling
237 label.documentation = Documentation
238 label.about = About...
239 label.show_sequence_limits = Show Sequence Limits
240 action.feature_settings = Feature Settings...
241 label.feature_settings = Feature Settings
242 label.all_columns = All Columns
243 label.all_sequences = All Sequences
244 label.selected_columns = Selected Columns 
245 label.selected_sequences = Selected Sequences
246 label.except_selected_sequences = All except selected sequences
247 label.all_but_selected_region = All but Selected Region (Shift+Ctrl+H)
248 label.selected_region = Selected Region
249 label.all_sequences_columns = All Sequences and Columns
250 label.hide_selected_annotations = Hide selected annotations
251 label.show_selected_annotations = Show selected annotations
252 label.group_consensus = Group Consensus
253 label.group_conservation = Group Conservation
254 label.show_consensus_histogram = Show Consensus Histogram
255 label.show_consensus_logo = Show Consensus Logo
256 label.norm_consensus_logo = Normalise Consensus Logo
257 label.apply_all_groups = Apply to all groups
258 label.autocalculated_annotation = Autocalculated Annotation
259 label.show_first = Show first
260 label.show_last = Show last
261 label.struct_from_pdb = Process secondary structure from PDB
262 label.use_rnaview = Use RNAView for secondary structure
263 label.autoadd_secstr = Add secondary structure annotation to alignment
264 label.autoadd_temp = Add Temperature Factor annotation to alignment
265 label.structure_viewer = Default structure viewer
266 label.chimera_path = Path to Chimera program
267 label.chimera_path_tip = Jalview will first try any path entered here, else standard installation locations.<br>Double-click to browse for file.
268 label.invalid_chimera_path = Chimera path not found or not executable
269 label.chimera_missing = Chimera structure viewer not found.<br/>Please enter the path to Chimera (if installed),<br/>or download and install UCSF Chimera.
270 label.chimera_failed = Error opening Chimera - is it installed?\nCheck path in Preferences, Structure
271 label.min_colour = Minimum Colour
272 label.max_colour = Maximum Colour
273 label.use_original_colours = Use Original Colours
274 label.threshold_minmax = Threshold is min/max
275 label.represent_group_with = Represent Group with {0}
276 label.selection = Selection
277 label.group_colour = Group Colour
278 label.sequence = Sequence
279 label.view_pdb_structure = View PDB Structure
280 label.min = Min:
281 label.max = Max:
282 label.colour_by_label = Colour by label
283 label.new_feature = New Feature
284 label.match_case = Match Case
285 label.view_alignment_editor = View in alignment editor
286 label.labels = Labels
287 label.output_values = Output Values...
288 label.output_points = Output points...
289 label.output_transformed_points = Output transformed points
290 label.input_data = Input Data...
291 label.nucleotide_matrix = Nucleotide matrix
292 label.protein_matrix = Protein matrix
293 label.show_bootstrap_values = Show Bootstrap Values
294 label.show_distances = Show distances
295 label.mark_unassociated_leaves = Mark Unassociated Leaves
296 label.fit_to_window = Fit To Window
297 label.newick_format = Newick Format
298 label.select_newick_like_tree_file = Select a newick-like tree file
299 label.colours = Colours
300 label.view_mapping = View Mapping
301 label.wireframe = Wireframe
302 label.depthcue = Depthcue
303 label.z_buffering = Z Buffering
304 label.charge_cysteine = Charge & Cysteine
305 label.all_chains_visible = All Chains Visible
306 label.successfully_added_features_alignment = Successfully added features to alignment
307 label.keyboard_editing_mode = Keyboard editing mode is {0}
308 label.paste_features_annotations_Tcoffee_here = Paste your features / annotations / T-coffee score file here.
309 label.removed_columns = Removed {0} columns.
310 label.removed_empty_columns = Removed {0} empty columns.
311 label.paste_newick_tree_file = Paste your Newick tree file here.
312 label.order_by_params = Order by {0}
313 label.html_content = <html>{0}</html>
314 label.paste_pdb_file= Paste your PDB file here.
315 label.paste_pdb_file_for_sequence = Paste PDB file for sequence {0}
316 label.could_not_parse_newick_file  = Could not parse Newick file\!\n {0}
317 label.successfully_pasted_tcoffee_scores_to_alignment= Successfully pasted T-Coffee scores to alignment.
318 label.failed_add_tcoffee_scores = Failed to add T-Coffee scores: 
319 label.successfully_pasted_annotation_to_alignment= Successfully pasted annotation to alignment.
320 label.couldnt_parse_pasted_text_as_valid_annotation_feature_GFF_tcoffee_file = Couldn't parse pasted text as a valid annotation, feature, GFF, or T-Coffee score file
321 label.successfully_pasted_alignment_file = Successfully pasted alignment file
322 label.paste_your_alignment_file = Paste your alignment file here
323 label.paste_your = Paste your
324 label.finished_searching = Finished searching
325 label.search_results= Search results {0} : {1}
326 label.found_match_for = Found match for {0}
327 label.font = Font:
328 label.size = Size:
329 label.style = Style:
330 label.calculating = Calculating....
331 label.modify_conservation_visibility = Modify conservation visibility
332 label.colour_residues_above_occurrence = Colour residues above % occurrence
333 label.set_this_label_text = set this label text
334 label.sequences_from = Sequences from {0}
335 label.successfully_loaded_file  = Successfully loaded file {0}
336 label.successfully_saved_to_file_in_format = Successfully saved to file: {0} in {1} format.
337 label.copied_sequences_to_clipboard = Copied {0} sequences to clipboard.
338 label.check_file_matches_sequence_ids_alignment = Check that the file matches sequence IDs in the alignment.
339 label.problem_reading_tcoffee_score_file = Problem reading T-COFFEE score file
340 label.source_to_target = {0} ... {1}
341 label.per_sequence_only= Per-sequence only
342 label.to_file = to File
343 label.to_textbox = to Textbox
344 label.jalview = Jalview
345 label.csv_spreadsheet = CSV (Spreadsheet)
346 label.status = Status
347 label.channels = Channels
348 label.channel_title_item_count = {0} ({1})
349 label.blog_item_published_on_date = {0} {1} 
350 label.select_das_service_from_table = Select a DAS service from the table to read a full description here.</font></html>
351 label.session_update = Session Update
352 label.new_vamsas_session = New Vamsas Session
353 action.load_vamsas_session = Load Vamsas Session...
354 action.save_vamsas_session = Save Vamsas Session
355 label.select_vamsas_session_opened_as_new_vamsas_session= Select a vamsas session to be opened as a new vamsas session.
356 label.open_saved_vamsas_session = Open a saved VAMSAS session
357 label.groovy_console = Groovy Console...
358 label.lineart = Lineart
359 label.dont_ask_me_again = Don't ask me again
360 label.select_eps_character_rendering_style = Select EPS character rendering style
361 label.invert_selection = Invert Selection
362 label.optimise_order = Optimise Order
363 label.seq_sort_by_score = Sequence sort by Score
364 label.load_colours = Load Colours
365 label.save_colours = Save Colours
366 label.fetch_das_features = Fetch DAS Features
367 label.selected_database_to_fetch_from = Selected {0} database {1} to fetch from {2} 
368 label.database_param = Database: {0}
369 label.example = Example
370 label.example_param = Example: {0}
371 label.select_file_format_before_saving = You must select a file format before saving!
372 label.file_format_not_specified = File format not specified
373 label.couldnt_save_file = Couldn't save file: {0}
374 label.error_saving_file = Error Saving File
375 label.remove_from_default_list = Remove from default list?
376 label.remove_user_defined_colour = Remove user defined colour
377 label.you_must_select_least_two_sequences = You must select at least 2 sequences.
378 label.invalid_selection = Invalid Selection
379 label.principal_component_analysis_must_take_least_four_input_sequences = Principal component analysis must take\nat least 4 input sequences.
380 label.sequence_selection_insufficient = Sequence selection insufficient
381 label.you_need_more_two_sequences_selected_build_tree = You need to have more than two sequences selected to build a tree!
382 label.not_enough_sequences = Not enough sequences
383 label.selected_region_to_tree_may_only_contain_residues_or_gaps =  The selected region to create a tree may\nonly contain residues or gaps.\nTry using the Pad function in the edit menu,\nor one of the multiple sequence alignment web services.
384 label.sequences_selection_not_aligned = Sequences in selection are not aligned
385 label.sequences_must_be_aligned_before_creating_tree = The sequences must be aligned before creating a tree.\nTry using the Pad function in the edit menu,\n or one of the multiple sequence alignment web services.
386 label.sequences_not_aligned = Sequences not aligned
387 label.problem_reading_tree_file =  Problem reading tree file
388 label.possible_problem_with_tree_file = Possible problem with tree file
389 label.select_at_least_three_bases_in_at_least_one_sequence_to_cDNA_translation = Please select at least three bases in at least one sequence in order to perform a cDNA translation.
390 label.translation_failed = Translation Failed
391 label.error_when_translating_sequences_submit_bug_report = Unfortunately, something went wrong when translating your sequences.\nPlease take a look in the Jalview java console\nand submit a bug report including the stacktrace.
392 label.implementation_error  = Implementation error:
393 label.automatically_associate_structure_files_with_sequences_same_name = Do you want to automatically associate the {0} structure file(s) with sequences in the alignment that have the same name?
394 label.automatically_associate_structure_files_by_name = Automatically Associate Structure files by name
395 label.ignore_unmatched_dropped_files_info = <html>Do you want to <em>ignore</em> the {0} files whose names did not match any sequence IDs ?</html>
396 label.ignore_unmatched_dropped_files = Ignore unmatched dropped files?
397 label.view_name_original = Original
398 label.enter_view_name = Enter View Name
399 label.enter_label = Enter label
400 label.enter_label_for_the_structure = Enter a label for the structure
401 label.pdb_entry_is_already_displayed = {0} is already displayed.\nDo you want to re-use this viewer ?
402 label.map_sequences_to_visible_window = Map Sequences to Visible Window: {0}
403 label.add_pdbentry_to_view = Do you want to add {0} to the view called\n{1}\n
404 label.align_to_existing_structure_view = Align to existing structure view
405 label.pdb_entries_couldnt_be_retrieved = The following pdb entries could not be retrieved from the PDB\:\n{0}\nPlease retry, or try downloading them manually.
406 label.couldnt_load_file = Couldn't load file
407 label.couldnt_find_pdb_id_in_file = Couldn't find a PDB id in the file supplied. Please enter an Id to identify this structure.
408 label.no_pdb_id_in_file = No PDB Id in File
409 label.couldnt_read_pasted_text = Couldn't read the pasted text {0}
410 label.error_parsing_text = Error parsing text
411 label.enter_local_das_source = Enter Nickname & URL of Local DAS Source
412 label.you_can_only_edit_or_remove_local_das_sources = You can only edit or remove local DAS Sources!
413 label.public_das_source = Public DAS source - not editable
414 label.input_alignment_from_url = Input Alignment From URL
415 label.input_alignment = Input Alignment
416 label.couldnt_import_as_vamsas_session = Couldn't import {0} as a new vamsas session.
417 label.vamsas_document_import_failed = Vamsas Document Import Failed
418 label.couldnt_locate = Couldn't locate {0}
419 label.url_not_found = URL not found
420 label.new_sequence_url_link = New sequence URL link
421 label.cannot_edit_annotations_in_wrapped_view = Cannot edit annotations in wrapped view
422 label.wrapped_view_no_edit = Wrapped view - no edit
423 label.error_retrieving_data = Error Retrieving Data
424 label.user_colour_scheme_must_have_name = User colour scheme must have a name
425 label.no_name_colour_scheme = No name for colour scheme
426 label.invalid_url = Invalid URL !
427 label.error_loading_file = Error loading file
428 label.problems_opening_file = Encountered problems opening {0}!!
429 label.file_open_error = File open error
430 label.no_das_sources_selected_warn = No das sources were selected.\nPlease select some sources and\ntry again.
431 label.no_das_sources_selected_title = No DAS Sources Selected
432 label.colour_scheme_exists_overwrite = Colour scheme {0} exists.\nContinue saving colour scheme as {1}?"
433 label.duplicate_scheme_name = Duplicate scheme name
434 label.jalview_new_questionnaire = There is a new Questionnaire available. Would you like to complete it now ?\n
435 label.jalview_user_survey = Jalview User Survey
436 label.alignment_properties = Alignment Properties: {0}
437 label.alignment_props = Alignment Properties
438 label.input_cut_paste = Cut & Paste Input
439 label.input_cut_paste_params = Cut & Paste Input - {0}
440 label.alignment_output_command = Alignment output - {0}
441 label.annotations = Annotations
442 label.structure_options = Structure Options
443 label.features = Features
444 label.overview_params = Overview {0}
445 label.paste_newick_file = Paste Newick file
446 label.load_tree_from_file = From File - 
447 label.colour_by_annotation = Colour by Annotation
448 label.selection_output_command = Selection output - {0}
449 label.annotation_for_displayid = <p><h2>Annotation for {0} </h2></p><p>
450 label.pdb_sequence_mapping = PDB - Sequence Mapping
451 label.pca_details = PCA details
452 label.redundancy_threshold_selection = Redundancy threshold selection
453 label.user_defined_colours = User defined colours
454 label.jalviewLite_release = JalviewLite - Release {0}
455 label.jaview_build_date = Build date: {0}
456 label.jalview_authors_1 = Authors: Jim Procter, Andrew Waterhouse, Mungo Carstairs, Tochukwu Ofoegbu, Lauren Lui, Jan Engelhardt,
457 label.jalview_authors_2 = Natasha Sherstnev, Daniel Barton, Michele Clamp, James Cuff, Steve Searle, David Martin & Geoff Barton.
458 label.jalview_dev_managers = Development managed by The Barton Group, University of Dundee, Scotland, UK.
459 label.jalview_distribution_lists = For help, see the FAQ at www.jalview.org and/or join the jalview-discuss@jalview.org mailing list
460 label.jalview_please_cite = If  you use Jalview, please cite:
461 label.jalview_cite_1_authors = Waterhouse, A.M., Procter, J.B., Martin, D.M.A, Clamp, M. and Barton, G. J. (2009)
462 label.jalview_cite_1_title = Jalview Version 2 - a multiple sequence alignment editor and analysis workbench
463 label.jalview_cite_1_ref = Bioinformatics doi: 10.1093/bioinformatics/btp033
464 label.right_click = Right click
465 label.to_add_annotation = to add annotation
466 label.alignment_has_no_annotations = Alignment has no annotations
467 label.retrieving_pdb_data = Retrieving PDB data...
468 label.label = Label
469 label.no_features_added_to_this_alignment = No Features added to this alignment!!
470 label.features_can_be_added_from_searches_1 = (Features can be added from searches or
471 label.features_can_be_added_from_searches_2 = from Jalview / GFF features files)
472 label.calculating_pca= Calculating PCA
473 label.jalview_cannot_open_file = Jalview can't open file
474 label.jalview_applet = Jalview applet
475 label.loading_data = Loading data
476 label.memory_stats = Total Free Memory: {0} MB; Max Memory: {1} MB; {2} %
477 label.calculating_tree = Calculating tree
478 label.state_queueing = queuing
479 label.state_running = running
480 label.state_completed = finished
481 label.state_job_cancelled = job cancelled!!
482 label.state_job_error = job error!
483 label.server_error_try_later = Server Error! (try later)
484 label.error_loading_pdb_data = Error loading PDB data!!
485 label.fetching_pdb_data = Fetching PDB data...
486 label.structure_type = Structure type
487 label.settings_for_type = Settings for {0}
488 label.view_full_application = View in Full Application
489 label.load_associated_tree = Load Associated Tree...
490 label.load_features_annotations = Load Features/Annotations...
491 label.export_features = Export Features...
492 label.export_annotations = Export Annotations...
493 label.to_upper_case = To Upper Case
494 label.to_lower_case = To Lower Case
495 label.toggle_case = Toggle Case
496 label.edit_name_description = Edit Name/Description...
497 label.create_sequence_feature = Create Sequence Feature...
498 label.edit_sequence = Edit Sequence
499 label.edit_sequences = Edit Sequences
500 label.sequence_details = Sequence Details
501 label.jmol_help = Jmol Help
502 label.chimera_help = Chimera Help
503 label.close_viewer = Close Viewer
504 label.confirm_close_chimera = This will close Jalview''s connection to {0}.<br>Do you want to close the Chimera window as well?
505 label.all = All
506 label.sort_by = Sort alignment by
507 label.sort_by_score = Sort by Score
508 label.sort_by_density = Sort by Density
509 label.sequence_sort_by_density = Sequence sort by Density
510 label.sort_ann_by = Sort annotations by
511 label.sort_annotations_by_sequence = Sort by sequence
512 label.sort_annotations_by_label = Sort by label
513 label.reveal = Reveal
514 label.hide_columns = Hide Columns
515 label.load_jalview_annotations = Load Jalview Annotations or Features File
516 label.load_tree_file = Load a tree file
517 label.retrieve_parse_sequence_database_records_alignment_or_selected_sequences = Retrieve and parse sequence database records for the alignment or the currently selected sequences
518 label.standard_databases = Standard Databases
519 label.fetch_embl_uniprot = Fetch from EMBL/EMBLCDS or Uniprot/PDB and any selected DAS sources
520 label.reset_min_max_colours_to_defaults = Reset min and max colours to defaults from user preferences.
521 label.align_structures_using_linked_alignment_views = Superpose structures using {0} selected alignment view(s)
522 label.connect_to_session = Connect to session {0}
523 label.threshold_feature_display_by_score = Threshold the feature display by score.
524 label.threshold_feature_no_threshold = No Threshold
525 label.threshold_feature_above_threshold = Above Threshold
526 label.threshold_feature_below_threshold = Below Threshold
527 label.adjust_threshold = Adjust threshold
528 label.toggle_absolute_relative_display_threshold = Toggle between absolute and relative display threshold.
529 label.display_features_same_type_different_label_using_different_colour = Display features of the same type with a different label using a different colour. (e.g. domain features)
530 label.select_colour_minimum_value = Select Colour for Minimum Value
531 label.select_colour_maximum_value = Select Colour for Maximum Value
532 label.open_url_param = Open URL {0}
533 label.open_url_seqs_param = Open URL ({0}..) ({1} seqs)
534 label.load_pdb_file_associate_with_sequence = Load a PDB file and associate it with sequence {0}
535 label.reveal_hidden_columns = Reveal Hidden Columns with Right Mouse Button
536 label.dark_colour = Dark Colour
537 label.light_colour = Light Colour
538 label.highlightnode = Left click to select leaves.<br>Double-click to invert leaves.<br>Right click to change colour.
539 label.load_colour_scheme = Load colour scheme
540 label.copy_format_from = Copy format from
541 label.toggle_enabled_views = When enabled, allows many views to be selected.
542 label.select_all_views = Select all views
543 label.select_many_views = Select many views
544 label.edit_notes_parameter_set = Click to edit the notes for this parameter set.
545 label.open_local_file = Open local file
546 label.enable_automatically_sort_alignment_when_open_new_tree = Enable this to automatically sort<br>the alignment when you open<br> a new tree.
547 label.listen_for_selections = Listen for selections
548 label.selections_mirror_selections_made_same_sequences_other_views = When selected, selections in this view will mirror<br>selections made on the same sequences in other views.
549 label.toggle_sequence_visibility = Shift+H toggles sequence visiblity
550 label.toggle_columns_visibility = Ctrl+H toggles column visiblity.
551 label.toggles_visibility_hidden_selected_regions = H toggles visibility of hidden or selected regions
552 label.rename_tab_eXpand_reGroup=  Right-click to rename tab <br> Press X to eXpand tabs, G to reGroup.
553 label.right_align_sequence_id = Right Align Sequence Id
554 label.sequence_id_tooltip = Sequence ID Tooltip
555 label.no_services = <No Services>
556 label.select_copy_raw_html = Select this if you want to copy raw html
557 label.share_data_vamsas_applications = Share data with other vamsas applications
558 label.connect_to = Connect to
559 label.join_existing_vamsas_session = Join an existing vamsas session
560 label.from_url = from URL
561 label.any_trees_calculated_or_loaded_alignment_automatically_sort = When selected, any trees calculated or loaded onto the alignment will automatically sort the alignment
562 label.sort_with_new_tree = Sort With New Tree
563 label.from_textbox = from Textbox
564 label.window = Window
565 label.preferences = Preferences
566 label.tools = Tools
567 label.fetch_sequences = Fetch Sequences
568 action.fetch_sequences = Fetch Sequences...
569 label.stop_vamsas_session = Stop Vamsas Session
570 label.collect_garbage = Collect Garbage
571 label.show_memory_usage = Show Memory Usage
572 label.show_java_console = Show Java Console
573 label.show_jalview_news = Show Jalview News
574 label.take_snapshot = Take snapshot
575 label.monospaced_fonts_faster_to_render = Monospaced fonts are faster to render
576 label.anti_alias_fonts = Anti-alias Fonts (Slower to render)
577 label.monospaced_font= Monospaced
578 label.quality = Quality
579 label.maximize_window = Maximize Window
580 label.conservation = Conservation
581 label.consensus = Consensus
582 label.histogram = Histogram
583 label.logo = Logo
584 label.non_positional_features = List Non-positional Features
585 label.database_references = List Database References
586 #label.share_selection_across_views = Share selection across views
587 #label.scroll_highlighted_regions = Scroll to highlighted regions
588 label.gap_symbol = Gap Symbol
589 label.prot_alignment_colour = Protein Alignment Colour
590 label.nuc_alignment_colour = Nucleotide Alignment Colour
591 label.address = Address
592 label.port = Port
593 label.default_browser_unix = Default Browser (Unix)
594 label.send_usage_statistics = Send usage statistics
595 label.check_for_questionnaires = Check for questionnaires
596 label.check_for_latest_version = Check for latest version
597 label.url_linkfrom_sequence_id = URL link from Sequence ID
598 label.use_proxy_server = Use a proxy server
599 label.eps_rendering_style = EPS rendering style
600 label.append_start_end = Append /start-end (/15-380)
601 label.full_sequence_id = Full Sequence Id
602 label.smooth_font = Smooth Font
603 label.autocalculate_consensus = AutoCalculate Consensus
604 label.pad_gaps = Pad Gaps
605 label.pad_gaps_when_editing = Pad Gaps When Editing
606 label.automatically_set_id_width = Automatically set ID width
607 label.figure_id_column_width = Figure ID column width
608 label.use_modeller_output = Use Modeller Output
609 label.wrap_alignment = Wrap Alignment
610 label.right_align_ids = Right Align Ids
611 label.sequence_name_italics = Italic Sequence Ids
612 label.open_overview = Open Overview
613 label.default_colour_scheme_for_alignment = Default Colour Scheme for alignment
614 label.annotation_shading_default = Annotation Shading Default
615 label.default_minimum_colour_annotation_shading = Default Minimum Colour for annotation shading
616 label.default_maximum_colour_annotation_shading = Default Maximum Colour for annotation shading
617 label.visual = Visual
618 label.connections = Connections
619 label.output = Output
620 label.editing = Editing
621 label.das_settings = DAS Settings
622 label.web_services = Web Services
623 label.right_click_to_edit_currently_selected_parameter = Right click to edit currently selected parameter.
624 label.let_jmol_manage_structure_colours = Let Jmol manage structure colours
625 label.let_chimera_manage_structure_colours = Let Chimera manage structure colours
626 label.fetch_chimera_attributes = Fetch Chimera attributes
627 label.fetch_chimera_attributes_tip = Copy Chimera attribute to Jalview feature
628 label.marks_leaves_tree_not_associated_with_sequence = Marks leaves of tree not associated with a sequence
629 label.index_web_services_menu_by_host_site = Index web services in menu by the host site
630 label.option_want_informed_web_service_URL_cannot_be_accessed_jalview_when_starts_up = Check this option if you want to be informed<br>when a web service URL cannot be accessed by Jalview<br>when it starts up
631 label.new_service_url = New Service URL
632 label.edit_service_url = Edit Service URL
633 label.delete_service_url = Delete Service URL
634 label.details = Details
635 label.options = Options
636 label.parameters = Parameters
637 label.available_das_sources = Available DAS Sources
638 label.full_details = Full Details
639 label.authority = Authority
640 label.type = Type
641 label.proxy_server = Proxy Server
642 label.file_output = File Output
643 label.select_input_type = Select input type
644 label.set_options_for_type = Set options for type
645 label.data_input_parameters = Data input parameters
646 label.data_returned_by_service = Data returned by service
647 label.rsbs_encoded_service = RSBS Encoded Service
648 label.parsing_errors = Parsing errors
649 label.simple_bioinformatics_rest_services = Simple Bioinformatics Rest Services
650 label.web_service_discovery_urls = Web Service Discovery URLS
651 label.input_parameter_name = Input Parameter name
652 label.short_descriptive_name_for_service = Short descriptive name for service
653 label.function_service_performs = What kind of function the service performs (e.g. alignment, analysis, search, etc).
654 label.brief_description_service = Brief description of service
655 label.url_post_data_service = URL to post data to service. Include any special parameters needed here
656 label.optional_suffix = Optional suffix added to URL when retrieving results from service
657 label.preferred_gap_character = Which gap character does this service prefer?
658 label.gap_character = Gap character
659 label.move_return_type_up_order= Move return type up order
660 label.move_return_type_down_order= Move return type down order
661 label.update_user_parameter_set = Update this existing user parameter set
662 label.delete_user_parameter_set = Delete the currently selected user parameter set
663 label.create_user_parameter_set = Create a new parameter set with the current settings.
664 label.revert_changes_user_parameter_set = Undo all changes to the current parameter set
665 label.start_job_current_settings = Start Job with current settings
666 label.cancel_job_close_dialog = Close this dialog and cancel job
667 label.input_output = Input/Output
668 label.cut_paste = Cut'n'Paste
669 label.adjusting_parameters_for_calculation = Adjusting parameters for existing Calculation
670 label.2d_rna_structure_line = 2D RNA {0} (alignment)
671 label.2d_rna_sequence_name = 2D RNA - {0}
672 label.edit_name_and_description_current_group = Edit name and description of current group
673 label.from_file = From File
674 label.enter_pdb_id = Enter PDB Id (or pdbid:chaincode)
675 label.text_colour = Text Colour...
676 label.structure = Structure
677 label.show_pdbstruct_dialog = 3D Structure Data...
678 label.view_rna_structure = VARNA 2D Structure
679 label.create_sequence_details_report_annotation_for = Annotation for {0}
680 label.sequence_details_for = Sequence Details for {0}
681 label.sequence_name = Sequence Name
682 label.sequence_description = Sequence Description
683 label.edit_sequence_name_description = Edit Sequence Name/Description
684 label.spaces_converted_to_backslashes = Spaces have been converted to _
685 label.no_spaces_allowed_sequence_name = No spaces allowed in Sequence Name
686 label.select_outline_colour = Select Outline Colour
687 label.web_browser_not_found_unix = Unixers\: Couldn't find default web browser.\nAdd the full path to your browser in Preferences."
688 label.web_browser_not_found = Web browser not found
689 label.select_pdb_file_for = Select a PDB file for {0}
690 label.html = HTML
691 label.wrap = Wrap
692 label.show_database_refs = Show Database Refs
693 label.show_non_positional_features = Show Non-Positional Features
694 label.save_png_image = Save As PNG Image
695 label.load_tree_for_sequence_set = Load a tree for this sequence set
696 label.export_image = Export Image
697 label.vamsas_store = VAMSAS store
698 label.translate_cDNA = Translate as cDNA
699 label.reverse = Reverse
700 label.reverse_complement = Reverse Complement
701 label.linked_view_title = Linked CDS and protein view
702 label.extract_scores = Extract Scores
703 label.get_cross_refs = Get Cross-References
704 label.sort_alignment_new_tree = Sort Alignment With New Tree
705 label.add_sequences = Add Sequences
706 label.new_window = New Window
707 label.split_window = Split Window
708 label.refresh_available_sources = Refresh Available Sources
709 label.use_registry = Use Registry
710 label.add_local_source = Add Local Source
711 label.set_as_default = Set as Default
712 label.show_labels = Show labels
713 action.background_colour = Background Colour...
714 label.associate_nodes_with = Associate Nodes With
715 label.jalview_pca_calculation = Jalview PCA Calculation
716 label.link_name = Link Name
717 label.pdb_file = PDB file
718 label.colour_with_jmol = Colour with Jmol
719 label.colour_with_chimera = Colour with Chimera
720 label.superpose_structures = Superpose Structures
721 error.superposition_failed = Superposition failed: {0}
722 label.insufficient_residues = Not enough aligned residues ({0}) to perform superposition
723 label.jmol = Jmol
724 label.chimera = Chimera
725 label.create_chimera_attributes = Write Jalview features
726 label.create_chimera_attributes_tip = Set Chimera residue attributes for visible features
727 label.attributes_set = {0} attribute values set on Chimera
728 label.sort_alignment_by_tree = Sort Alignment By Tree
729 label.mark_unlinked_leaves = Mark Unlinked Leaves
730 label.associate_leaves_with = Associate Leaves With
731 label.save_colour_scheme_with_unique_name_added_to_colour_menu = Save your colour scheme with a unique name and it will be added to the Colour menu
732 label.case_sensitive = Case Sensitive
733 label.lower_case_colour = Colour All Lower Case
734 label.lower_case_tip = Chosen colour applies to all lower case symbols
735 label.index_by_host = Index by Host
736 label.index_by_type = Index by Type
737 label.enable_jabaws_services = Enable JABAWS Services
738 label.display_warnings = Display Warnings
739 label.move_url_up = Move URL Up
740 label.move_url_down = Move URL Down
741 label.add_sbrs_definition = Add a SBRS Definition
742 label.edit_sbrs_definition = Edit SBRS Definition
743 label.delete_sbrs_definition = Delete SBRS Definition
744 label.your_sequences_have_been_verified = Your sequences have been verified against known sequence databases.\n(Use Calculate | Show flanking regions to show enclosing sequence.)\nTo preserve data changes, save your alignment.\n\n
745 label.sequences_updated = Sequences updated
746 label.dbref_search_completed = DBRef search completed
747 label.show_all_chains = Show all chains
748 label.fetch_all_param = Fetch all {0}
749 label.paste_new_window = Paste To New Window
750 label.settings_for_param = Settings for {0}
751 label.view_params = View {0}
752 label.aacon_calculations = AACon Calculations
753 label.aacon_settings = Change AACon Settings...
754 tooltip.aacon_calculations = When checked, AACon calculations are updated automatically.
755 tooltip.aacon_settings = Modify settings for AACon calculations.
756 label.rnalifold_calculations = RNAAliFold Prediction
757 label.rnalifold_settings = Change RNAAliFold settings...
758 tooltip.rnalifold_calculations = When checked, RNA secondary structure predictions will be calculated for the alignment, and updated when edits are made.
759 tooltip.rnalifold_settings = Modify settings for the RNAAliFold prediction. Use this to hide or show different results of the RNA calculation, and change RNA folding parameters.
760 label.all_views = All Views
761 label.align_sequences_to_existing_alignment = Align sequences to an existing alignment
762 label.realign_with_params = Realign with {0}
763 label.calcname_with_default_settings = {0} with Defaults
764 label.action_with_default_settings = {0} with default settings
765 label.edit_settings_and_run = Edit settings and run...
766 label.view_and_change_parameters_before_alignment = View and change the parameters before alignment
767 label.run_with_preset_params = Run {0} with preset
768 label.view_and_change_parameters_before_running_calculation = View and change parameters before running calculation
769 label.view_documentation = View documentation
770 label.select_return_type = Select return type
771 label.translation_of_params = Translation of {0}
772 label.features_for_params = Features for - {0}
773 label.annotations_for_params = Annotations for - {0}
774 label.generating_features_for_params = Generating features for - {0}
775 label.generating_annotations_for_params = Generating annotations for - {0}
776 label.varna_params = VARNA - {0}
777 label.sequence_feature_settings = Sequence Feature Settings
778 label.pairwise_aligned_sequences = Pairwise Aligned Sequences
779 label.original_data_for_params = Original Data for {0}
780 label.points_for_params = Points for {0}
781 label.transformed_points_for_params = Transformed points for {0}
782 label.graduated_color_for_params = Graduated Feature Colour for {0}
783 label.select_background_colour = Select Background Colour
784 label.invalid_font = Invalid Font
785 label.separate_multiple_accession_ids = Enter one or more accession IDs separated by a semi-colon ";"
786 label.separate_multiple_query_values = Enter one or more {0}s separated by a semi-colon ";"
787 label.search_all = Enter one or more search values separated by a semi-colon ";" (Note: This searches the entire database)
788 label.replace_commas_semicolons = Replace commas with semi-colons
789 label.parsing_failed_syntax_errors_shown_below_param = Parsing failed. Syntax errors shown below {0}
790 label.parsing_failed_unrecoverable_exception_thrown_param = \nParsing failed. An unrecoverable exception was thrown\:\n {0}
791 label.example_query_param = Example query: {0}
792 label.enter_value_increase_conservation_visibility = Enter value to increase conservation visibility
793 label.enter_percentage_identity_above_which_colour_residues = Enter % identity above which to colour residues
794 label.wswublast_client_credits = To display sequence features an exact Uniprot id with 100% sequence identity match must be entered.\nIn order to display these features, try changing the names of your sequences to the ids suggested below.\n\nRunning WSWUBlast at EBI.\nPlease quote Pillai S., Silventoinen V., Kallio K., Senger M., Sobhany S., Tate J., Velankar S., Golovin A., Henrick K., Rice P., Stoehr P., Lopez R.\nSOAP-based services provided by the European Bioinformatics Institute.\nNucleic Acids Res. 33(1)\:W25-W28 (2005));
795 label.blasting_for_unidentified_sequence = BLASTing for unidentified sequences
796 label.select_columns_containing = Select columns containing
797 label.select_columns_not_containing = Select columns that do not contain
798 label.hide_columns_containing = Hide columns containing
799 label.hide_columns_not_containing = Hide columns that do not contain
800 option.trim_retrieved_seqs = Trim retrieved sequences
801 label.trim_retrieved_sequences = When the reference sequence is longer than the sequence that you are working with, only keep the relevant subsequences.
802 label.use_sequence_id_1 = Use $DB_ACCESSION$ or $DB_ACCESSION=/<regex>/=$
803 label.use_sequence_id_2 = to embed accession id in URL
804 label.use_sequence_id_3 = Use $SEQUENCE_ID$ similarly to embed sequence id
805 label.use_sequence_id_4 = 
806 label.ws_parameters_for = Parameters for {0}
807 label.switch_server = Switch server
808 label.choose_jabaws_server = Choose a server for running this service
809 label.services_at = Services at {0}
810 label.rest_client_submit = {0} using {1}
811 label.fetch_retrieve_from =Retrieve from {0}</html>
812 label.fetch_retrieve_from_all_sources = Retrieve from all {0} sources in {1}<br>First is :{2}<html> 
813 label.feature_settings_click_drag = Drag up or down to change render order.<br/>Double click to select columns containing feature.
814 label.transparency_tip = Adjust transparency to 'see through' feature colours.
815 label.opt_and_params_further_details = see further details by right-clicking
816 label.opt_and_params_show_brief_desc_image_link = <html>Click to show brief description<br><img src="{0}"/> Right click for further information.</html> 
817 label.opt_and_params_show_brief_desc = <html>Click to show brief description<br></html>
818 label.adjusts_width_generated_eps_png = <html>Adjusts the width of the generated EPS or PNG file to ensure even the longest sequence ID or annotation label is displayed</html>
819 label.manually_specify_width_left_column = <html>Manually specify the width of the left hand column where sequence IDs and annotation labels will be rendered in exported alignment figures. This setting will be ignored if 'Automatically set ID width' is set</html>
820 label.job_created_when_checked = <html>When checked, a job is created for every sequence in the current selection.</html>
821 label.when_checked_job_visible_region_and_results = <html>When checked, a single job is created for the visible region and results mapped back onto their location in the alignment. Otherwise, a job would be created for every contiguous region visible in the alignment or current selection (e.g. a multiple alignment).</html>
822 label.flat_file_representation = <html>Flat file representation of this rest service using the Really Simple Bioinformatics Service formalism</html>
823 label.result_of_parsing_rsbs = <html>Results of parsing the RSBS representation</html>
824 label.user_preset = User Preset
825 label.service_preset = Service Preset
826 label.run_with_preset = Run {0} with preset
827 label.view_service_doc_url = <html>View <a href="{0}">{1}</a></html>
828 action.by_title_param = By {0}
829 label.source_from_db_source = Sources from {0}
830 label.from_msname = from {0}
831 label.superpose_with = Superpose with
832 label.scale_label_to_column = Scale Label to Column
833 label.add_new_row = Add New Row
834 label.edit_label_description = Edit Label/Description
835 label.hide_row = Hide This Row
836 label.delete_row = Delete This Row
837 label.show_all_hidden_rows = Show All Hidden Rows
838 label.export_annotation = Export Annotation
839 label.copy_consensus_sequence = Copy Consensus Sequence
840 label.helix = Helix
841 label.sheet = Sheet
842 label.rna_helix = RNA Helix
843 label.remove_annotation = Remove Annotation
844 label.colour_by = Colour by...
845 label.muscle_multiple_protein_sequence_alignment = Muscle Multiple Protein Sequence Alignment
846 label.mafft_multiple_sequence_alignment = MAFFT Multiple Sequence Alignment
847 label.clustalw_multiple_sequence_alignment = ClustalW Multiple Sequence Alignment
848 label.jnet_secondary_structure_prediction = JPred Secondary Structure Prediction
849 label.multiharmony = Multi-Harmony
850 label.unable_start_web_service_analysis = Unable to start web service analysis
851 label.job_couldnt_be_started_check_input = The Job couldn't be started. Please check your input, and the Jalview console for any warning messages.
852 label.prompt_each_time = Prompt each time
853 label.use_source = Use Source
854 label.couldnt_save_project = Couldn't save project
855 label.error_whilst_saving_current_state_to = Error whilst saving current state to {0}
856 label.error_whilst_loading_project_from = Error whilst loading project from {0}
857 label.couldnt_load_project = Couldn't load project
858 label.pca_sequences_not_aligned = The sequences must be aligned before calculating PCA.\nTry using the Pad function in the edit menu,\nor one of the multiple sequence alignment web services.
859 label.invalid_name_preset_exists = Invalid name - preset already exists.
860 label.invalid_name = Invalid name
861 label.set_proxy_settings = Please set up your proxy settings in the 'Connections' tab of the Preferences window
862 label.proxy_authorization_failed = Proxy Authorization Failed
863 label.internal_jalview_error = Internal Jalview Error
864 label.secondary_structure_prediction_service_couldnt_be_located = The Secondary Structure Prediction Service named {0} at {1} couldn't be located.
865 label.service_called_is_not_msa_service = The Service called \n{0}\nis not a \nMultiple Sequence Alignment Service\!
866 label.msa_service_is_unknown = The Multiple Sequence Alignment Service named {0} is unknown
867 label.service_called_is_not_seq_search_service = The Service called \n{0}\nis not a \nSequence Search Service\!
868 label.seq_search_service_is_unknown = The Sequence Search Service named {0} is unknown
869 label.feature_type = Feature Type
870 label.display = Display
871 label.service_url = Service URL
872 label.copied_sequences = Copied sequences
873 label.cut_sequences = Cut Sequences
874 label.conservation_colour_increment = Conservation Colour Increment ({0})
875 label.percentage_identity_threshold = Percentage Identity Threshold ({0})
876 label.error_unsupported_owwner_user_colour_scheme = Unsupported owner for User Colour scheme dialog
877 label.save_alignment_to_file = Save Alignment to file
878 label.save_features_to_file = Save Features to File
879 label.save_annotation_to_file = Save Annotation to File
880 label.no_features_on_alignment = No features found on alignment
881 label.save_pdb_file = Save PDB File
882 label.save_text_to_file = Save Text to File
883 label.save_state = Save State
884 label.restore_state = Restore State
885 label.saving_jalview_project = Saving jalview project {0}
886 label.loading_jalview_project = Loading jalview project {0}
887 label.save_vamsas_document_archive = Save Vamsas Document Archive
888 label.saving_vamsas_doc = Saving VAMSAS Document to {0}
889 label.load_feature_colours = Load Feature Colours
890 label.save_feature_colours = Save Feature Colour Scheme
891 label.select_startup_file = Select startup file
892 label.select_default_browser = Select default web browser
893 label.save_tree_as_newick = Save tree as newick file
894 label.create_eps_from_tree = Create EPS file from tree
895 label.create_png_from_tree = Create PNG image from tree
896 label.save_colour_scheme = Save colour scheme
897 label.edit_params_for = Edit parameters for {0}
898 label.choose_filename_for_param_file = Choose a filename for this parameter file
899 label.save_as_html = Save as HTML
900 label.recently_opened = Recently Opened
901 label.blasting_for_unidentified_sequence_jobs_running = BLASTing for unidentified sequences - {0}  jobs running.
902 label.tree_from = Tree from {0}
903 label.webservice_job_title = {0} using {1}
904 label.select_visible_region_of = selected {0} region of {1}
905 label.visible = Visible
906 label.select_unselect_visible_regions_from = select and unselected {0} regions from {1}
907 label.visible_region_of = visible region of
908 label.webservice_job_title_on = {0} using {1} on {2}
909 label.updating_vamsas_session = Updating vamsas session
910 label.loading_file = Loading File: {0}
911 label.edit_params = Edit {0}
912 label.as_percentage = As Percentage
913 error.not_implemented = Not implemented
914 error.no_such_method_as_clone1_for = No such method as clone1 for {0}
915 error.null_from_clone1 = Null from clone1!
916 error.implementation_error_sortbyfeature = Implementation Error - sortByFeature method must be one of FEATURE_SCORE, FEATURE_LABEL or FEATURE_DENSITY.
917 error.not_yet_implemented = Not yet implemented
918 error.unknown_type_dna_or_pep = Unknown Type {0} - dna or pep are the only allowed values.
919 error.implementation_error_dont_know_threshold_annotationcolourgradient = Implementation error: don't know about threshold setting for current AnnotationColourGradient.
920 error.invalid_separator_parameter = Invalid separator parameter - must be non-zero length
921 error.alignment_cigararray_not_implemented = Alignment(CigarArray) not yet implemented
922 error.empty_view_cannot_be_updated = empty view cannot be updated.
923 error.mismatch_between_number_of_sequences_in_block = Mismatch between number of sequences in block {0} ({1}) and the original view ({2})
924 error.padding_not_yet_implemented = Padding not yet implemented
925 error.mismatch_between_visible_blocks_to_update_and_number_of_contigs_in_view = Mismatch between visible blocks to update and number of contigs in view (contigs=0,blocks={0})
926 error.unknown_seq_cigar_operation = Unknown SeqCigar operation {0}
927 error.implementation_bug_parse_cigar_string = Implementation bug in parseCigarString
928 error.implementation_error_invalid_operation_string = Implementation error. Invalid operation string.
929 error.invalid_range_string = Invalid range string (must be zero or positive number)
930 error.implementation_error_delete_range_out_of_bounds = Implementation Error: deleteRange out of bounds: start must be non-negative and less than end.
931 error.implementation_error = Implementation error
932 error.implementation_error_unknown_operation = Implementation Error! Unknown operation {0}
933 error.implementation_error_unexpected_null_from_get_sequence_and_deletions = Implementation Error - unexpected null from getSequenceAndDeletions
934 error.implementation_error_set_seq_null = Implementation Error - _setSeq(null,...)
935 error.implementation_error_s = Implementation Error: _s= {0}
936 error.implementation_error_seqcigar_possible = SeqCigar: Possible implementation error: sequence is longer than dataset sequence
937 error.implmentation_bug_seq_null = Implementation Bug. Null seq
938 error.implementation_bug_cigar_operation_list_range_list = Implementation Bug. Cigar Operation list!= range list
939 error.not_yet_implemented_cigar_object_from_cigar_string = NOT YET Implemented: Constructing a Cigar object from a cigar string and a gapped sequence.
940 error.implementation_bug_cigar_operation = Implementation Bug. Cigar Operation {0} {1} not one of {2}, {3}, or {4}.
941 error.implementation_error_for_new_cigar = Implementation error for new Cigar(SequenceI)
942 error.implementation_error_cigar_seq_no_operations = Implementation error: {0}th sequence Cigar has no operations.
943 error.implementation_error_no_pdbentry_from_index = Implementation error - no corresponding pdbentry (for index {0}) to add sequences mappings to
944 error.jmol_version_not_compatible_with_jalview_version = Jmol version {0} is not compatible with this version of Jalview. Report this problem at issues.jalview.org
945 error.not_implemented_remove = Remove: Not implemented
946 error.not_implemented_clone = Clone: Not implemented
947 error.call_setprogressbar_before_registering_handler = call setProgressBar before registering the progress bar's handler.
948 label.cancelled_params = Cancelled {0}
949 error.implementation_error_cannot_show_view_alignment_frame = Implementation error: cannot show a view from another alignment in an AlignFrame.
950 error.implementation_error_dont_know_about_threshold_setting = Implementation error: don't know about threshold setting for current AnnotationColourGradient.
951 error.eps_generation_not_implemented = EPS Generation not yet implemented
952 error.png_generation_not_implemented = PNG Generation not yet implemented
953 error.try_join_vamsas_session_another = Trying to join a vamsas session when another is already connected
954 error.invalid_vamsas_session_id = Invalid vamsas session id
955 label.groovy_support_failed = Jalview Groovy Support Failed
956 label.couldnt_create_groovy_shell = Couldn't create the groovy Shell. Check the error log for the details of what went wrong.
957 error.unsupported_version_calcIdparam = Unsupported Version for calcIdparam {0}
958 error.implementation_error_cant_reorder_tree = Implementation Error: Can't reorder this tree. Not DefaultMutableTreeNode.
959 error.invalid_value_for_option = Invalid value {0} for option {1}
960 error.implementation_error_cannot_import_vamsas_doc = Implementation Error - cannot import existing vamsas document into an existing session, Yet!
961 label.vamsas_doc_couldnt_be_opened_as_new_session = VAMSAS Document could not be opened as a new session - please choose another
962 error.implementation_error_vamsas_operation_not_init = Impementation error! Vamsas Operations when client not initialised and connected
963 error.jalview_no_connected_vamsas_session = Jalview not connected to Vamsas session
964 error.implementation_error_cannot_recover_vamsas_object_mappings = IMPLEMENTATION ERROR: Cannot recover vamsas object mappings - no backup was made
965 error.setstatus_called_non_existent_job_pane = setStatus called for non-existent job pane {0}
966 error.implementation_error_cannot_find_marshaller_for_param_set =Implementation error: Can't find a marshaller for the parameter set
967 error.implementation_error_old_jalview_object_not_bound =IMPLEMENTATION ERROR: old jalview object is not bound ! ({0})
968 error.implementation_error_vamsas_doc_class_should_bind_to_type = Implementation Error: Vamsas Document Class {0} should bind to a {1} (found a {2})
969 error.invalid_vamsas_rangetype_cannot_resolve_lists = Invalid vamsas RangeType - cannot resolve both lists of Pos and Seg from choice!
970 error.implementation_error_maplist_is_null = Implementation error. MapList is null for initMapType.
971 error.implementation_error_cannot_have_null_alignment = Implementation error: Cannot have null alignment property key
972 error.implementation_error_null_fileparse = Implementation error. Null FileParse in copy constructor
973 error.implementation_error_cannot_map_alignment_sequences = IMPLEMENTATION ERROR: Cannot map an alignment of sequences from different datasets into a single alignment in the vamsas document.
974 error.implementation_error_structure_selection_manager_null = Implementation error. Structure selection manager's context is 'null'
975 exception.ssm_context_is_null = SSM context is null
976 error.idstring_seqstrings_only_one_per_sequence = idstrings and seqstrings contain one string each per sequence
977 error.cannot_have_mixed_length_replacement_vectors = Cannot have mixed length replacement vectors. Replacement vector for {0} is {1} strings long, and have already seen a {2} length vector.
978 error.cannot_have_zero_length_vector_replacement_strings = Cannot have zero length vector of replacement strings - either 1 value or n values.
979 error.implementation_error_multiple_single_sequence_prediction_jobs_not_supported = Implementation Error! Multiple single sequence prediction jobs are not yet supported
980 error.implementation_error_invalid_msa_index_for_job =Implementation Error! Invalid msaIndex for JPredJob on parent MSA input object!
981 error.implementation_error_startjob_called = Implementation error - StartJob(JpredJob) called on {0}
982 error.multiple_jnet_subjob_merge_not_implemented = Multiple JPred subjob merging not yet implemented
983 label.job_never_ran = Job never ran - input returned to user.
984 error.implementation_error_minlen_must_be_greater_zero = Implementation error: minlen must be zero or more
985 error.implementation_error_msawbjob_called = Implementation error - StartJob(MsaWSJob) called on a WSJobInstance {0}
986 error.implementation_error_cannot_attach_ws_menu_entry = IMPLEMENTATION ERROR: cannot attach WS Menu Entry without service handle reference!
987 error.parameter_migration_not_implemented_yet = Parameter migration not implemented yet
988 error.implementation_error_cannot_set_jaba_option = Implementation error: cannot set Jaba Option to a value outside its allowed value range!
989 error.implementation_error_valuetype_doesnt_support_jabaws_type = IMPLEMENTATION ERROR: jalview.ws.params.ValueConstrainI.ValueType does not support the JABAWS type : {0}
990 error.cannot_create_jabaws_param_set = Cannot create a JabaWSParamSet from non-JabaWS parameters
991 error.cannot_set_arguments_to_jabaws_param_set = Cannot set arguments to a JabaWSParamSet that are not JabaWS arguments
992 error.implementation_error_runner_config_not_available = Implementation Error: Runner Config not available for a JABAWS service of type {0} ({1})
993 error.implementation_error_cannot_handle_jaba_param = Implementation Error: Cannot handle Jaba parameter object {0}
994 error.implementation_error_attempt_to_delete_service_preset = Implementation error: Attempt to delete a service preset!
995 error.implementation_error_cannot_locate_oldname_presetname = Implementation error: Can't locate either oldname ({0}) or presetName ({1}in the datastore!"
996 error.implementation_error_jabaws_param_set_only_handled_by = Implementation error: JabaWsParamSets can only be handled by JabaParamStore
997 error.cannot_set_source_file_for = Cannot set source file for {0}
998 error.mismatch_service_instance_preset = Probable mismatch between service instance and preset!
999 error.cannot_set_params_for_ws_preset = Cannot set Parameters for a Jaba Web service's preset
1000 error.implementation_error_can_only_instantiate_jaba_param_sets = Implementation error: Can only instantiate Jaba parameter sets
1001 error.no_aacon_service_found = No AACon service found
1002 error.implementation_error_couldnt_copy_value_constraint = Implementation error: could not copy ValueConstrain!
1003 error.couldnt_encode_as_utf8 = Couldn't encode {0} as UTF-8.
1004 error.tree_inputtype_not_yet_implemented = Tree InputType not yet implemented
1005 error.implementation_error_need_to_have_httpresponse = Implementation Error: need to have an HttpResponse to process
1006 error.dbrefsource_implementation_exception =DBRefSource Implementation Exception
1007 error.implementation_error_dbinstance_must_implement_interface = Implmentation Error - getDbInstances must be given a class that implements jalview.ws.seqfetcher.DbSourceProxy (was given{0})
1008 error.implementation_error_must_init_dbsources =Implementation error. Must initialise dbSources
1009 label.view_controller_toggled_marked = {0} {1} columns {2} features of type {3}  across {4} sequence(s)
1010 label.toggled = Toggled
1011 label.marked = Marked
1012 label.containing = containing
1013 label.not_containing = not containing
1014 label.no_feature_of_type_found = No features of type {0} found.
1015 label.submission_params = Submission {0}
1016 label.empty_alignment_job = Empty Alignment Job
1017 label.add_new_sbrs_service = Add a new Simple Bioinformatics Rest Service
1018 label.edit_sbrs_entry = Edit Simple Bioinformatics Rest Service entry
1019 label.pca_recalculating = Recalculating PCA
1020 label.pca_calculating = Calculating PCA
1021 label.select_foreground_colour = Choose foreground colour
1022 label.select_colour_for_text = Select Colour for Text
1023 label.adjunst_foreground_text_colour_threshold = Adjust Foreground Text Colour Threshold
1024 label.select_subtree_colour = Select Sub-Tree Colour
1025 label.create_new_sequence_features = Create New Sequence Feature(s)
1026 label.amend_delete_features = Amend/Delete Features for {0}
1027 exception.out_of_bounds_for_file = Out of bounds for file: i={0}, Final Buffer: i0={1} iend={2}
1028 exception.null_string_given_to_regex_search = Null String Given to Regex.search
1029 exception.null_string_like_given_to_regex_search = Null StringLike Given to Regex.search
1030 exception.null_string_given_to_regex_reverse_search = Null String Given to Regex.reverseSearch
1031 exception.null_string_like_given_to_regex_reverse_search = Null StringLike Given to Regex.reverseSearch
1032 exception.null_string_like_given_to_regex_search_from = Null String Given to Regex.searchFrom
1033 exception.null_string_like_given_to_regex_search_region = Null String Given to Regex.searchRegion
1034 exception.replace_null_regex_pointer = Replacer has null Regex pointer
1035 exception.bad_pattern_to_regex_perl_code = bad pattern to Regex.perlCode: {0}
1036 exception.no_stub_implementation_for_interface = There is no stub implementation for the interface: {0}
1037 exception.cannot_set_endpoint_address_unknown_port = Cannot set Endpoint Address for Unknown Port {0}
1038 exception.mismatched_unseen_closing_char = Mismatched (unseen) closing character {0}
1039 exception.mismatched_closing_char = Mismatched closing character {0}
1040 exception.mismatched_opening_char = Mismatched opening character {0} at {1}
1041 exception.invalid_datasource_couldnt_obtain_reader = Invalid datasource. Could not obtain Reader
1042 exception.unterminated_cigar_string = Unterminated cigar string
1043 exception.unexpected_operation_cigar_string_pos = Unexpected operation {0} in cigar string (position {1} in {2}
1044 exception.couldnt_parse_responde_from_annotated3d_server = Couldn't parse response from Annotate3d server
1045 exception.application_test_npe = Application test: throwing an NullPointerException It should arrive at the console
1046 exception.overwriting_vamsas_id_binding = Overwriting vamsas id binding
1047 exception.overwriting_jalview_id_binding = Overwriting jalview id binding
1048 exception.failed_to_resolve_gzip_stream = Failed to resolve GZIP stream
1049 exception.problem_opening_file_also_tried = Problem opening {0} (also tried {1}) : {2}
1050 exception.problem_opening_file = Problem opening {0} : {1}
1051 exception.failed_to_read_data_from_source = Failed to read data from source: {0}
1052 exception.no_init_source_stream = Unitialised Source Stream
1053 exception.invalid_source_stream = Invalid Source Stream: {0}
1054 error.implementation_error_reset_called_for_invalid_source = Implementation Error: Reset called for invalid source.
1055 exception.number_of_residues_in_query_sequence_differ_from_prediction = Number of residues in {0} supposed query sequence ({1}\n{2})\ndiffer from number of prediction sites in prediction ({3})
1056 label.mapped = mapped
1057 exception.jpredconcide_entry_has_unexpected_number_of_columns = JPredConcise: Entry ({0}) has an unexpected number of columns
1058 exception.couldnt_parse_concise_annotation_for_prediction = Couldn't parse concise annotation for prediction profile.\n{0}
1059 exception.newfile = NewickFile\: {0}\n
1060 label.no_tree_read_in = No Tree read in
1061 exception.rnaml_couldnt_access_datasource = Couldn't access datasource ({0})
1062 exception.ranml_couldnt_process_data = Couldn't process data as RNAML file ({0})
1063 exception.ranml_invalid_file = Invalid RNAML file ({0})
1064 exception.ranml_problem_parsing_data = Problem parsing data as RNAML ({0})
1065 exception.pfam_no_sequences_found = No sequences found (PFAM input)
1066 exception.stockholm_invalid_format = This file is not in valid STOCKHOLM format: First line does not contain '# STOCKHOLM'
1067 exception.couldnt_parse_sequence_line = Could not parse sequence line: {0}
1068 exception.unknown_annotation_detected = Unknown annotation detected: {0} {1}
1069 exception.couldnt_store_sequence_mappings = Couldn't store sequence mappings for {0}
1070 exception.matrix_too_many_iteration = Too many iterations in {0} (max is {1})
1071 exception.browser_not_found = Exception in finding browser: {0}
1072 exception.browser_unable_to_locate = Unable to locate browser: {0}
1073 exception.invocation_target_exception_creating_aedesc = InvocationTargetException while creating AEDesc: {0}
1074 exception.illegal_access_building_apple_evt= IllegalAccessException while building AppleEvent: {0}
1075 exception.unable_to_launch_url = Unable to launch URL: {0}
1076 exception.unable_to_create_internet_config = Unable to create an Internet Config instance: {0}
1077 exception.invocation_target_calling_url = InvocationTargetException while calling openURL: {0}
1078 exception.illegal_access_calling_url = IllegalAccessException while calling openURL: {0}
1079 exception.interrupted_launching_browser = InterruptedException while launching browser: {0}
1080 exception.das_source_doesnt_support_sequence_command = Source {0} does not support the sequence command.
1081 exception.invalid_das_source = Invalid das source: {0}
1082 exception.ebiembl_retrieval_failed_on = EBI EMBL XML retrieval failed on {0}:{1}
1083 exception.no_pdb_records_for_chain = No PDB Records for {0} chain {1}
1084 exception.unexpected_handling_rnaml_translation_for_pdb = Unexpected exception when handling RNAML translation of PDB data
1085 exception.couldnt_recover_sequence_properties_for_alignment = Couldn't recover sequence properties for alignment
1086 exception.unknown_format_for_file = Unknown format {0} for file \: \n{1}
1087 label.remove_gaps = Remove Gaps
1088 exception.couldnt_recover_sequence_props_for_jnet_query = Couldn't recover sequence properties for JPred Query sequence!
1089 exception.server_timeout_try_later = Server timed out - try again later\n
1090 exception.web_service_returned_null_try_later= Server at {0} returned null object, it probably cannot be contacted. Try again later.
1091 exception.cannot_contact_service_endpoint_at = Cannot contact service endpoint at {0}
1092 error.implementation_error_cannot_find_service_url_in_given_set = Implementation error: Cannot find service url in the given url set!
1093 error.implementation_error_cannot_find_service_url_in_given_set_param_store = Implementation error: Cannot find service url in the given url set for this service parameter store ({0}}
1094 exception.jobsubmission_invalid_params_set = Invalid parameter set. Check Jalview implementation
1095 exception.notvaliddata_group_contains_less_than_min_seqs = Group contains less than {0} sequences.
1096 exception.outofmemory_loading_pdb_file = Out of memory loading PDB File
1097 exception.eps_coudnt_write_output_file = Could not write to the output file: {0}
1098 exception.eps_method_not_supported = Method not currently supported by EpsGraphics2D version {0}
1099 exception.eps_unable_to_get_inverse_matrix = Unable to get inverse of matrix: {0}
1100 warn.job_cannot_be_cancelled_close_window = This job cannot be cancelled.\nJust close the window.
1101 warn.service_not_supported = Service not supported!
1102 warn.input_is_too_big = Input is too big!
1103 warn.invalid_job_param_set = Invalid job parameter set!
1104 warn.oneseq_msainput_selection = The current selection only contains a single sequence. Do you want to submit all sequences for alignment instead ?   
1105 info.job_couldnt_be_run_server_doesnt_support_program = Job could not be run because the server doesn't support this program.\n{0}
1106 info.job_couldnt_be_run_exceeded_hard_limit = Job could not be run because it exceeded a hard limit on the server.\n{0}
1107 info.job_couldnt_be_run_incorrect_param_setting = Job could not be run because some of the parameter settings are not supported by the server.\n{0}\nPlease check to make sure you have used the correct parameter set for this service\!\n
1108 info.no_jobs_ran = No jobs ran
1109 info.failed_to_submit_prediction = Failed to submit the prediction\:\n{0} {1}
1110 info.invalid_jnet_job_result_data ={0}\n{1}\nInvalid JPred job result data\!\n{2}
1111 info.failed_to_submit_sequences_for_alignment = Failed to submit sequences for alignment.\nIt is most likely that there is a problem with the server.\nJust close the window\n
1112 info.alignment_object_method_notes = \nAlignment Object Method Notes\n
1113 info.server_exception = \n{0} Server exception\!\n{1}
1114 info.invalid_msa_input_mininfo = Need at least two sequences with at least 3 residues each, with no hidden regions between them.  
1115 info.invalid_msa_notenough = Not enough sequence data to align
1116 status.processing_commandline_args = Processing commandline arguments...
1117 status.das_features_being_retrived = DAS features being retrieved...
1118 status.searching_for_sequences_from = Searching for sequences from {0}
1119 status.finished_searching_for_sequences_from = Finished searching for sequences from {0}
1120 label.eps_file = EPS file
1121 label.png_image = PNG image
1122 status.saving_file = Saving {0}
1123 status.export_complete = {0} Export completed.
1124 status.fetching_pdb = Fetching PDB {0}
1125 status.refreshing_news = Refreshing news
1126 status.importing_vamsas_session_from = Importing VAMSAS session from {0}
1127 status.opening_params = Opening {0}
1128 status.waiting_sequence_database_fetchers_init = Waiting for Sequence Database Fetchers to initialise
1129 status.init_sequence_database_fetchers = Initialising Sequence Database Fetchers
1130 status.fetching_sequence_queries_from = Fetching {0} sequence queries from {1}
1131 status.finshed_querying = Finished querying
1132 status.parsing_results = Parsing results.
1133 status.processing = Processing...
1134 status.refreshing_web_service_menus = Refreshing Web Service Menus
1135 status.collecting_job_results = Collecting job results.
1136 status.fetching_das_sequence_features = Fetching DAS Sequence Features
1137 status.no_das_sources_active = No DAS Sources Active
1138 status.das_feature_fetching_cancelled = DAS Feature Fetching Cancelled
1139 status.das_feature_fetching_complete = DAS Feature Fetching Complete
1140 status.fetching_db_refs = Fetching db refs
1141 status.loading_cached_pdb_entries = Loading Cached PDB Entries
1142 status.searching_for_pdb_structures = Searching for PDB Structures
1143 status.opening_file_for = opening file for
1144 status.colouring_chimera = Colouring Chimera
1145 label.font_doesnt_have_letters_defined = Font doesn't have letters defined\nso cannot be used\nwith alignment data
1146 label.font_too_small = Font size is too small
1147 label.error_loading_file_params = Error loading file {0}
1148 label.error_loading_jalview_file = Error loading Jalview file
1149 warn.out_of_memory_when_action = Out of memory when {0}\!\!\nSee help files for increasing Java Virtual Machine memory.
1150 warn.out_of_memory_loading_file = Out of memory loading file {0}\!\!\nSee help files for increasing Java Virtual Machine memory.
1151 label.out_of_memory = Out of memory
1152 label.invalid_id_column_width = Invalid ID Column width
1153 warn.user_defined_width_requirements = The user defined width for the\nannotation and sequence ID columns\nin exported figures must be\nat least 12 pixels wide.
1154 label.couldnt_create_sequence_fetcher = Couldn't create SequenceFetcher
1155 warn.couldnt_create_sequence_fetcher_client = Could not create the sequence fetcher client. Check error logs for details.
1156 warn.server_didnt_pass_validation = Service did not pass validation.\nCheck the Jalview Console for more details.
1157 warn.url_must_contain = Sequence URL must contain $SEQUENCE_ID$, $DB_ACCESSION$, or a regex
1158 warn.urls_not_contacted = URLs that could not be contacted
1159 warn.urls_no_jaba = URLs without any JABA Services
1160 info.validate_jabaws_server = Validate JabaWS Server ?\n(Look in console output for results)
1161 label.test_server = Test Server?
1162 info.you_want_jalview_to_find_uniprot_accessions = Do you want Jalview to find\nUniprot Accession ids for given sequence names?
1163 label.find_uniprot_accession_ids = Find Uniprot Accession Ids
1164 label.new_sequence_fetcher = New Sequence Fetcher
1165 label.additional_sequence_fetcher = Additional Sequence Fetcher
1166 label.select_database_retrieval_source = Select Database Retrieval Source
1167 label.overwrite_existing_file = Overwrite existing file?
1168 label.file_already_exists = File exists
1169 label.edit_jabaws_url = Edit JABAWS URL
1170 label.add_jabaws_url = Add new JABAWS URL
1171 label.news_from_jalview = News from http://www.jalview.org
1172 label.cut_paste_alignmen_file = Cut & Paste Alignment File
1173 label.enter_redundancy_threshold = Enter the redundancy threshold
1174 label.select_dark_light_set_threshold = <html><i>Select a dark and light text colour, then set the threshold to<br>switch between colours, based on background colour</i></html>
1175 label.select_feature_colour = Select Feature Colour
1176 label.delete_all = Delete all sequences
1177 warn.delete_all = <html>Deleting all sequences will close the alignment window.<br>Confirm deletion or Cancel.
1178 label.add_annotations_for = Add annotations for
1179 action.choose_annotations = Choose Annotations...
1180 label.choose_annotations = Choose Annotations
1181 label.find = Find
1182 label.invalid_search = Search string invalid
1183 error.invalid_regex = Invalid regular expression
1184 label.ignore_gaps_consensus = Ignore Gaps In Consensus
1185 label.show_group_histogram = Show Group Histogram
1186 label.show_group_logo = Show Group Logo
1187 label.normalise_group_logo = Normalise Group Logo
1188 label.show_histogram = Show Histogram
1189 label.show_logo = Show Logo
1190 label.normalise_logo = Normalise Logo
1191 label.no_colour_selection_in_scheme = Please make a colour selection before applying colour scheme
1192 label.no_colour_selection_warn = Error saving colour scheme
1193 label.open_split_window? = Would you like to open as a split window, with cDNA and protein linked?
1194 label.open_split_window = Open split window
1195 action.no = No
1196 action.yes = Yes
1197 label.for = for
1198 label.select_by_annotation = Select/Hide Columns by Annotation
1199 action.select_by_annotation = Select/Hide Columns by Annotation...
1200 label.threshold_filter =  Threshold Filter
1201 label.alpha_helix = Alpha Helix
1202 label.beta_strand = Beta Strand
1203 label.turn = Turn
1204 label.select_all = Select All
1205 label.structures_filter = Structures Filter
1206 label.search_filter = Search Filter
1207 label.include_description= Include Description
1208 action.back = Back
1209 label.hide_insertions = Hide Insertions
1210 label.mark_as_representative = Mark as representative
1211 label.open_jabaws_web_page = Open JABAWS web page
1212 label.pdb_sequence_fetcher = PDB Sequence Fetcher
1213 label.result = result
1214 label.results = results
1215 label.structure_chooser = Structure Chooser
1216 label.select = Select : 
1217 label.invert = Invert 
1218 label.select_pdb_file = Select PDB File
1219 info.select_filter_option = Select Filter Option/Manual Entry
1220 info.associate_wit_sequence = Associate with Sequence
1221 label.search_result = Search Result
1222 label.found_structures_summary = Found Structures Summary
1223 label.configure_displayed_columns = Customise Displayed Options
1224 label.start_jalview = Start Jalview
1225 label.biojs_html_export = BioJS
1226 label.scale_as_cdna = Scale protein residues to codons
1227 label.scale_protein_to_cdna = Scale Protein to cDNA
1228 label.scale_protein_to_cdna_tip = Make protein residues same width as codons in split frame views
1229 info.select_annotation_row = Select Annotation Row
1230 info.enter_search_text_here = Enter Search Text Here
1231 info.enter_search_text_to_enable = Enter Search Text to Enable
1232 info.search_in_annotation_label = Search in {0} Label
1233 info.search_in_annotation_description = Search in {0} Description
1234 info.change_threshold_mode_to_enable = Change Threshold Mode to Enable
1235 label.couldnt_read_data = Couldn't read data
1236 label.embbed_biojson = Embed BioJSON to HTML export
1237 action.export_groups = Export Groups
1238 action.export_annotations = Export Annotations
1239 action.export_hidden_columns = Export Hidden Columns
1240 action.export_hidden_sequences = Export Hidden Sequences
1241 action.export_features = Export Features
1242 label.export_settings = Export Settings
1243 label.pdb_web-service_error = PDB Web-service Error
1244 label.structure_chooser_manual_association = Structure Chooser - Manual association
1245 label.structure_chooser_filter_time = Structure Chooser - Filter time ({0})
1246 label.structure_chooser_no_of_structures = Structure Chooser - {0} Found ({1})
1247 info.no_pdb_entry_found_for = No PDB entry found for {0}
1248 exception.unable_to_detect_internet_connection = Jalview is unable to detect an internet connection
1249 exception.fts_rest_service_no_longer_available = {0} rest services no longer available!
1250 exception.resource_not_be_found = The requested resource could not be found
1251 exception.fts_server_error = There seems to be an error from the {0} server
1252 exception.fts_server_unreachable = Jalview is unable to reach the {0} server. \nPlease ensure that you are connected to the internet and try again.
1253 label.nw_mapping = Needleman & Wunsch Alignment
1254 label.sifts_mapping = SIFTs Mapping
1255 label.mapping_method = Sequence \u27f7 Structure mapping method
1256 status.waiting_for_user_to_select_output_file = Waiting for user to select {0} file
1257 status.cancelled_image_export_operation = Cancelled {0} export operation
1258 info.error_creating_file = Error creating {0} file
1259 exception.outofmemory_loading_mmcif_file = Out of memory loading mmCIF File
1260 label.run_groovy = Run Groovy console script
1261 label.run_groovy_tip = Run the script in the Groovy console over this alignment
1262 label.couldnt_run_groovy_script = Failed to run Groovy script
1263 label.uniprot_sequence_fetcher = UniProt Sequence Fetcher
1264 action.next_page= >> 
1265 action.prev_page= << 
1266 label.next_page_tooltip=Next Page
1267 label.prev_page_tooltip=Previous Page
1268 exception.bad_request=Bad request. There is a problem with your input.
1269 exception.service_not_available=Service not available. The server is being updated, try again later.
1270 status.launching_3d_structure_viewer = Launching 3D Structure viewer...
1271 status.fetching_3d_structures_for_selected_entries = Fetching 3D Structures for selected entries...
1272 status.fetching_dbrefs_for_sequences_without_valid_refs = Fetching db refs for {0} sequence(s) without valid db ref required for SIFTS mapping
1273 status.fetching_3d_structures_for = Fetching 3D Structure for {0}
1274 status.obtaining_mapping_with_sifts = Obtaining mapping with SIFTS
1275 status.obtaining_mapping_with_nw_alignment = Obtaining mapping with NW alignment
1276 status.exporting_alignment_as_x_file = Exporting alignment as {0} file
1277 label.column = Column
1278 label.cant_map_cds = Unable to map CDS to protein\nCDS missing or incomplete
1279 label.operation_failed = Operation failed
1280 label.SEQUENCE_ID_no_longer_used = $SEQUENCE_ID$ is no longer used for DB accessions
1281 label.SEQUENCE_ID_for_DB_ACCESSION1 = Please review your URL links in the 'Connections' tab of the Preferences window:
1282 label.SEQUENCE_ID_for_DB_ACCESSION2 = URL links using '$SEQUENCE_ID$' for DB accessions now use '$DB_ACCESSION$'.
1283 label.do_not_display_again = Do not display this message again
1284 exception.url_cannot_have_miriam_id = {0} is a MIRIAM id and cannot be used as a custom url name
1285 exception.url_cannot_have_duplicate_id = {0} cannot be used as a label for more than one line
1286 label.filter = Filter text:
1287 action.customfilter = Custom only
1288 action.showall = Show All
1289 label.insert = Insert:
1290 action.seq_id = $SEQUENCE_ID$
1291 action.db_acc = $DB_ACCESSION$
1292 label.primary = Double Click
1293 label.inmenu = In Menu
1294 label.id = ID
1295 label.database = Database
1296 label.urltooltip = Only one url, which must use a sequence id, can be selected for the 'On Click' option
1297 label.edit_sequence_url_link = Edit sequence URL link
1298 warn.name_cannot_be_duplicate = User-defined URL names must be unique and cannot be MIRIAM ids
1299 label.invalid_name = Invalid Name !
1300 label.output_seq_details = Output Sequence Details to list all database references
1301 label.urllinks = Links
1302 label.quality_descr = Alignment Quality based on Blosum62 scores
1303 label.conservation_descr = Conservation of total alignment less than {0}% gaps
1304 label.consensus_descr = PID
1305 label.complement_consensus_descr = PID for cDNA
1306 label.strucconsensus_descr = PID for base pairs
1307 label.occupancy_descr = Number of aligned positions