JAL-1988 JAL-3772 Quit confirmation dialog boxes with saving files check and wait
[jalview.git] / resources / lang / Messages.properties
1 action.refresh_services = Refresh Services
2 action.reset_services = Reset Services
3 action.merge_results = Merge Results
4 action.load_scheme = Load scheme
5 action.save_scheme = Save scheme
6 label.scheme_changed = Changes to scheme ''{0}'' have not been saved.<br><br>Save changes, or continue without saving to make a new colour scheme.
7 label.save_changes = Save Changes
8 label.dont_save_changes = Don't Save
9 action.save_image = Save Image
10 action.paste = Paste
11 action.show_html_source = Show HTML Source
12 action.print = Print...
13 action.web_service = Web Service
14 action.cancel_job = Cancel Job
15 action.start_job = Start Job
16 action.revert = Revert
17 action.move_down = Move Down
18 action.move_up = Move Up
19 action.remove_return_datatype = Remove return datatype
20 action.add_return_datatype = Add return datatype
21 action.remove_input_parameter = Remove selected input parameter
22 action.add_input_parameter = Add input parameter
23 action.edit = Edit
24 action.new = New
25 action.open_file = Open file
26 action.show_unconserved = Show Unconserved
27 action.open_new_alignment = Open new alignment
28 action.raise_associated_windows = Raise Associated Windows
29 action.minimize_associated_windows = Minimize Associated Windows
30 action.close_all = Close all
31 action.load_project = Load Project
32 action.save_project = Save Project
33 action.save_project_as = Save Project as...
34 action.quit = Quit
35 action.force_quit = Force Quit
36 label.quit_jalview = Quit Jalview?
37 label.save_in_progress = Some files are still saving.
38 action.wait = Wait
39 action.cancel_quit = Cancel quit
40 action.expand_views = Expand Views
41 action.gather_views = Gather Views
42 action.page_setup = Page Setup...
43 action.reload = Reload
44 action.load = Load
45 action.open = Open
46 action.cancel = Cancel
47 action.create = Create
48 action.update = Update
49 action.delete = Delete
50 action.clear = Clear
51 action.accept = Accept
52 action.select_ddbb = --- Select Database ---
53 action.undo = Undo
54 action.redo = Redo
55 action.reset = Reset
56 action.remove_left = Remove left
57 action.remove_right = Remove right
58 action.remove_empty_columns = Remove Empty Columns
59 action.remove_all_gaps = Remove All Gaps
60 action.left_justify_alignment = Left Justify Alignment
61 action.right_justify_alignment = Right Justify Alignment
62 action.boxes = Boxes
63 action.text = Text
64 action.by_pairwise_id = By Pairwise Identity
65 action.by_id = By Id
66 action.by_length = By Length
67 action.by_group = By Group
68 action.unmark_as_reference = Unmark as Reference 
69 action.set_as_reference = Set as Reference 
70 action.remove = Remove
71 action.remove_redundancy = Remove Redundancy...
72 action.pairwise_alignment = Pairwise Alignment
73 action.user_defined = User Defined...
74 action.by_conservation = By Conservation
75 action.wrap = Wrap
76 action.show_gaps = Show Gaps
77 action.show_hidden_markers = Show Hidden Markers
78 action.find = Find
79 action.undefine_groups = Undefine Groups
80 action.make_groups_selection = Make Groups For Selection
81 action.copy = Copy
82 action.cut = Cut
83 action.font = Font...
84 action.scale_above = Scale Above
85 action.scale_left = Scale Left
86 action.scale_right = Scale Right
87 action.by_tree_order = By Tree Order
88 action.sort = Sort
89 action.calculate_tree = Calculate Tree...
90 action.calculate_tree_pca = Calculate Tree or PCA...
91 action.help = Help
92 action.by_annotation = By Annotation...
93 action.invert_sequence_selection = Invert Sequence Selection
94 action.invert_column_selection = Invert Column Selection
95 action.show = Show
96 action.hide = Hide
97 action.ok = OK
98 action.set_defaults = Defaults
99 action.create_group = Create Group
100 action.remove_group = Remove Group
101 action.edit_group = Edit Group
102 action.border_colour = Border colour
103 action.edit_new_group = Edit New Group
104 action.hide_sequences = Hide Sequences
105 action.sequences = Sequences
106 action.ids = IDS
107 action.ids_sequences = IDS and sequences
108 action.reveal_all = Reveal All
109 action.reveal_sequences = Reveal Sequences
110 action.find_all = Find all
111 action.find_next = Find next
112 action.file = File
113 action.view = View
114 action.annotations = Annotations
115 action.change_params = Change Parameters
116 action.apply = Apply
117 action.apply_threshold_all_groups = Apply threshold to all groups
118 action.apply_all_groups = Apply to all Groups
119 action.by_chain = By Chain
120 action.by_sequence = By Sequence
121 action.paste_annotations = Paste Annotations
122 action.format = Format
123 action.select = Select
124 action.new_view = New View
125 action.new_structure_view_with = Open new structure view with {0}
126 action.close = Close
127 action.add = Add
128 action.save_as = Save as...
129 action.save = Save
130 action.change_font = Change Font
131 action.change_font_tree_panel = Change Font (Tree Panel)
132 action.colour = Colour
133 action.calculate = Calculate
134 action.select_all = Select all
135 action.select_highlighted_columns = Select Highlighted Columns
136 tooltip.select_highlighted_columns = Press B to mark highlighted columns, Ctrl-(or Cmd)-B to toggle, and Alt-B to mark all but highlighted columns 
137 action.deselect_all = Deselect all
138 action.invert_selection = Invert selection
139 action.using_jmol = Using Jmol
140 action.undo_changes_to_feature_settings = Undo all unapplied changes to feature settings
141 action.undo_changes_to_feature_settings_and_close_the_dialog = Undo all pending changes and close the feature settings dialog
142 action.link = Link
143 action.group_link = Group Link
144 action.show_chain = Show Chain
145 action.show_group = Show Group
146 action.fetch_db_references = Fetch DB References
147 action.view_flanking_regions = Show flanking regions
148 label.view_flanking_regions = Show sequence data either side of the subsequences involved in this alignment
149 label.structures_manager = Structures Manager
150 label.url = URL
151 label.url\: = URL:
152 label.input_file_url = Enter URL or Input File
153 label.select_feature = Select feature
154 label.name = Name
155 label.name\: = Name:
156 label.name_param = Name: {0}
157 label.group = Group
158 label.group\: = Group:
159 label.group_name = Group Name
160 label.group_description = Group Description
161 label.edit_group_name_description = Edit Group Name/Description
162 label.colour = Colour:
163 label.description = Description
164 label.description\: = Description:
165 label.start = Start:
166 label.end = End:
167 label.current_parameter_set_name = Current parameter set name:
168 label.service_action = Service Action:
169 label.post_url = POST URL:
170 label.url_suffix = URL Suffix
171 label.per_seq = per Sequence
172 label.result_vertically_separable = Results are vertically separable
173 label.amend = Amend
174 label.undo_command = Undo {0}
175 label.redo_command = Redo {0}
176 label.principal_component_analysis = Principal Component Analysis
177 label.average_distance_identity = Average Distance Using % Identity
178 label.neighbour_joining_identity = Neighbour Joining Using % Identity
179 label.choose_calculation = Choose Calculation
180 label.calc_title = {0} Using {1}
181 label.tree_calc_av = Average Distance
182 label.tree_calc_nj = Neighbour Joining
183 label.score_model_pid = % Identity
184 label.score_model_blosum62 = BLOSUM62
185 label.score_model_pam250 = PAM 250
186 label.score_model_smithwatermanscore = Score between two sequences aligned with Smith-Waterman with default Peptide/Nucleotide matrix
187 label.score_model_sequencefeaturesimilarity = Distance measure of average number of features not shared at sequence positions 
188 label.score_model_conservation = Physicochemical property conservation
189 label.score_model_enhconservation = Physicochemical property conservation
190 label.status_bar = Status bar
191 label.out_to_textbox = Output to Textbox
192 label.occupancy = Occupancy
193 # delete Clustal - use FileFormat name instead
194 label.clustal = Clustal
195 # label.colourScheme_<schemeName> as in JalviewColourScheme, spaces removed
196 label.colourScheme_clustal = Clustal
197 label.colourScheme_blosum62 = BLOSUM62 Score
198 label.colourScheme_%identity = Percentage Identity
199 label.colourScheme_zappo = Zappo
200 label.colourScheme_taylor = Taylor
201 label.colourScheme_hydrophobic = Hydrophobicity
202 label.colourScheme_helixpropensity = Helix Propensity
203 label.colourScheme_strandpropensity = Strand Propensity
204 label.colourScheme_turnpropensity = Turn Propensity
205 label.colourScheme_buriedindex = Buried Index
206 label.colourScheme_purine/pyrimidine = Purine/Pyrimidine
207 label.colourScheme_nucleotide = Nucleotide
208 label.colourScheme_t-coffeescores = T-Coffee Scores
209 label.colourScheme_rnahelices = By RNA Helices
210 label.colourScheme_sequenceid = Sequence ID Colour
211 label.colourScheme_gecos\:flower = gecos Flower
212 label.colourScheme_gecos\:blossom = gecos Blossom
213 label.colourScheme_gecos\:sunset = gecos Sunset
214 label.colourScheme_gecos\:ocean = gecos Ocean
215 label.blc = BLC
216 label.fasta = Fasta
217 label.msf = MSF
218 label.pfam = PFAM
219 label.pileup = Pileup
220 label.pir = PIR
221 label.average_distance_blosum62 = Average Distance Using BLOSUM62
222 label.neighbour_blosum62 = Neighbour Joining Using BLOSUM62
223 label.show_annotations = Show annotations
224 label.hide_annotations = Hide annotations
225 label.show_all_seq_annotations = Show sequence related
226 label.hide_all_seq_annotations = Hide sequence related
227 label.show_all_al_annotations = Show alignment related
228 label.hide_all_al_annotations = Hide alignment related
229 label.hide_all = Hide all
230 label.add_reference_annotations = Add reference annotations
231 label.find_tip = Search alignment, selection or sequence ids for a subsequence (ignoring gaps).<br>Accepts regular expressions - search Help for 'regex' for details.
232 label.colour_text = Colour Text
233 label.show_non_conserved = Show nonconserved
234 label.overview_window = Overview Window
235 label.none = None
236 label.above_identity_threshold = Above Identity Threshold
237 label.show_sequence_features = Show Sequence Features
238 label.nucleotide = Nucleotide
239 label.protein = Protein
240 label.nucleotides = Nucleotides
241 label.proteins = Proteins
242 label.CDS = CDS
243 label.to_new_alignment = To New Alignment
244 label.to_this_alignment = Add To This Alignment
245 label.apply_colour_to_all_groups = Apply Colour To All Groups
246 label.modify_identity_threshold = Modify Identity Threshold...
247 label.modify_conservation_threshold = Modify Conservation Threshold...
248 label.input_from_textbox = Input from textbox
249 label.centre_column_labels = Centre column labels
250 label.automatic_scrolling = Automatic Scrolling
251 label.documentation = Documentation
252 label.about = About...
253 label.show_sequence_limits = Show Sequence Limits
254 action.feature_settings = Feature Settings...
255 label.all_columns = All Columns
256 label.all_sequences = All Sequences
257 label.selected_columns = Selected Columns 
258 label.selected_sequences = Selected Sequences
259 label.except_selected_sequences = All except selected sequences
260 label.all_but_selected_region = All but Selected Region (Shift+Ctrl+H)
261 label.selected_region = Selected Region
262 label.all_sequences_columns = All Sequences and Columns
263 label.hide_selected_annotations = Hide selected annotations
264 label.show_selected_annotations = Show selected annotations
265 label.group_consensus = Group Consensus
266 label.group_conservation = Group Conservation
267 label.show_consensus_histogram = Show Consensus Histogram
268 label.show_consensus_logo = Show Consensus Logo
269 label.norm_consensus_logo = Normalise Consensus Logo
270 label.apply_all_groups = Apply to all groups
271 label.autocalculated_annotation = Autocalculated Annotation
272 label.show_first = Show first
273 label.show_last = Show last
274 label.struct_from_pdb = Process secondary structure from PDB
275 label.use_rnaview = Use RNAView for secondary structure
276 label.autoadd_secstr = Add secondary structure annotation to alignment
277 label.autoadd_temp = Add Temperature Factor annotation to alignment
278 label.structure_viewer = Default structure viewer
279 label.double_click_to_browse = Double-click to browse for file
280 label.viewer_path = Path to {0} program
281 label.viewer_path_tip = Jalview will first try any path entered here, else standard installation locations.<br>Double-click to browse for file.
282 label.invalid_viewer_path = Path not found or not executable
283 label.viewer_missing = Structure viewer not found.<br/>Please enter the path to the executable (if installed),<br/>or download and install the program.
284 label.open_viewer_failed = Error opening {0} - is it installed?\nCheck configured path in Structure tab of Jalview''s Preferences 
285 label.min_colour = Minimum Colour
286 label.max_colour = Maximum Colour
287 label.no_colour = No Colour
288 label.use_original_colours = Use Original Colours
289 label.threshold_minmax = Threshold is min/max
290 label.represent_group_with = Represent Group with {0}
291 label.selection = Selection
292 label.group_colour = Group Colour
293 label.sequence = Sequence
294 label.view_pdb_structure = View PDB Structure
295 label.min_value = Min value
296 label.max_value = Max value
297 label.no_value = No value
298 label.new_feature = New Feature
299 label.match_case = Match Case
300 label.view_alignment_editor = View in alignment editor
301 label.labels = Labels
302 label.output_values = Output Values...
303 label.output_points = Output points...
304 label.output_transformed_points = Output transformed points
305 label.input_data = Input Data...
306 label.nucleotide_matrix = Nucleotide matrix
307 label.protein_matrix = Protein matrix
308 label.show_bootstrap_values = Show Bootstrap Values
309 label.show_distances = Show distances
310 label.mark_unassociated_leaves = Mark Unassociated Leaves
311 label.fit_to_window = Fit To Window
312 label.newick_format = Newick Format
313 label.select_newick_like_tree_file = Select a newick-like tree file
314 label.colours = Colours
315 label.view_mapping = View Mapping
316 label.wireframe = Wireframe
317 label.depthcue = Depthcue
318 label.z_buffering = Z Buffering
319 label.charge_cysteine = Charge & Cysteine
320 label.all_chains_visible = All Chains Visible
321 label.successfully_added_features_alignment = Successfully added features to alignment
322 label.keyboard_editing_mode = Keyboard editing mode is {0}
323 label.paste_features_annotations_Tcoffee_here = Paste your features / annotations / T-coffee score file here.
324 label.removed_columns = Removed {0} columns.
325 label.removed_empty_columns = Removed {0} empty columns.
326 label.paste_newick_tree_file = Paste your Newick tree file here.
327 label.order_by_params = Order by {0}
328 label.html_content = <html>{0}</html>
329 label.paste_pdb_file= Paste your PDB file here.
330 label.paste_pdb_file_for_sequence = Paste PDB file for sequence {0}
331 label.could_not_parse_newick_file  = Could not parse Newick file\!\n {0}
332 label.successfully_pasted_tcoffee_scores_to_alignment= Successfully pasted T-Coffee scores to alignment.
333 label.failed_add_tcoffee_scores = Failed to add T-Coffee scores: 
334 label.successfully_pasted_annotation_to_alignment= Successfully pasted annotation to alignment.
335 label.couldnt_parse_pasted_text_as_valid_annotation_feature_GFF_tcoffee_file = Couldn't parse pasted text as a valid annotation, feature, GFF, or T-Coffee score file
336 label.successfully_pasted_alignment_file = Successfully pasted alignment file
337 label.paste_your_alignment_file = Paste your alignment file here
338 label.paste_your = Paste your
339 label.finished_searching = Finished searching
340 label.subsequence_matches_found = {0} subsequence matches found
341 label.search_results= Search results {0} : {1}
342 label.found_match_for = Found match for {0}
343 label.font = Font:
344 label.size = Size:
345 label.style = Style:
346 label.calculating = Calculating....
347 label.modify_conservation_visibility = Modify conservation visibility
348 label.colour_residues_above_occurrence = Colour residues above % occurrence
349 label.set_this_label_text = set this label text
350 label.sequences_from = Sequences from {0}
351 label.successfully_loaded_file  = Successfully loaded file {0}
352 label.successfully_loaded_matrix  = Successfully loaded score matrix {0}
353 label.successfully_saved_to_file_in_format = Successfully saved to file: {0} in {1} format.
354 label.copied_sequences_to_clipboard = Copied {0} sequences to clipboard.
355 label.check_file_matches_sequence_ids_alignment = Check that the file matches sequence IDs in the alignment.
356 label.problem_reading_tcoffee_score_file = Problem reading T-COFFEE score file
357 label.source_to_target = {0} ... {1}
358 label.per_sequence_only= Per-sequence only
359 label.to_file = to File
360 label.to_textbox = to Textbox
361 label.jalview = Jalview
362 label.csv_spreadsheet = CSV (Spreadsheet)
363 label.status = Status
364 label.channels = Channels
365 label.channel_title_item_count = {0} ({1})
366 label.blog_item_published_on_date = {0} {1} 
367 label.groovy_console = Groovy Console...
368 label.lineart = Lineart
369 label.dont_ask_me_again = Don't ask me again
370 label.select_character_rendering_style = {0} character rendering style
371 label.select_character_style_title = {0} Rendering options
372 label.invert_selection = Invert Selection
373 label.optimise_order = Optimise Order
374 label.seq_sort_by_score = Sequence sort by Score
375 label.load_colours = Load Colours
376 label.save_colours = Save Colours
377 label.load_colours_tooltip = Load feature colours and filters from file
378 label.save_colours_tooltip = Save feature colours and filters to file
379 label.selected_database_to_fetch_from = Selected {0} database {1} to fetch from {2} 
380 label.database_param = Database: {0}
381 label.example = Example
382 label.example_param = Example: {0}
383 label.select_file_format_before_saving = You must select a file format before saving!
384 label.file_format_not_specified = File format not specified
385 label.couldnt_save_file = Couldn''t save file: {0}
386 label.error_saving_file = Error Saving File
387 label.remove_from_default_list = Remove from default list?
388 label.remove_user_defined_colour = Remove user defined colour
389 label.you_must_select_least_two_sequences = You must select at least 2 sequences.
390 label.invalid_selection = Invalid Selection
391 label.sequence_selection_insufficient = Sequence selection insufficient
392 label.you_need_at_least_n_sequences = You need to select at least {0} sequences
393 label.not_enough_sequences = Not enough sequences
394 label.selected_region_to_tree_may_only_contain_residues_or_gaps =  The selected region to create a tree may\nonly contain residues or gaps.\nTry using the Pad function in the edit menu,\nor one of the multiple sequence alignment web services.
395 label.sequences_selection_not_aligned = Sequences in selection are not aligned
396 label.problem_reading_tree_file =  Problem reading tree file
397 label.possible_problem_with_tree_file = Possible problem with tree file
398 label.select_at_least_three_bases_in_at_least_one_sequence_to_cDNA_translation = Please select at least three bases in at least one sequence in order to perform a cDNA translation.
399 label.translation_failed = Translation Failed
400 label.error_when_translating_sequences_submit_bug_report = Unfortunately, something went wrong when translating your sequences.\nPlease take a look in the Jalview java console\nand submit a bug report including the stacktrace.
401 label.implementation_error  = Implementation error:
402 label.automatically_associate_structure_files_with_sequences_same_name = Do you want to automatically associate the {0} structure file(s) with sequences in the alignment that have the same name?
403 label.automatically_associate_structure_files_by_name = Automatically Associate Structure files by name
404 label.ignore_unmatched_dropped_files_info = <html>Do you want to <em>ignore</em> the {0} files whose names did not match any sequence IDs ?</html>
405 label.ignore_unmatched_dropped_files = Ignore unmatched dropped files?
406 label.view_name_original = Original
407 label.enter_view_name = Enter View Name
408 label.enter_label = Enter label
409 label.enter_label_for_the_structure = Enter a label for the structure
410 label.pdb_entries_couldnt_be_retrieved = The following pdb entries could not be retrieved from the PDB\:\n{0}\nPlease retry, or try downloading them manually.
411 label.couldnt_load_file = Couldn't load file
412 label.couldnt_find_pdb_id_in_file = Couldn't find a PDB id in the file supplied. Please enter an Id to identify this structure.
413 label.no_pdb_id_in_file = No PDB Id in File
414 label.couldnt_read_pasted_text = Couldn''t read the pasted text {0}
415 label.error_parsing_text = Error parsing text
416 label.input_alignment_from_url = Input Alignment From URL
417 label.input_alignment = Input Alignment
418 label.vamsas_document_import_failed = Vamsas Document Import Failed
419 label.couldnt_locate = Couldn''t locate {0}
420 label.url_not_found = URL not found
421 label.new_sequence_url_link = New sequence URL link
422 label.error_retrieving_data = Error Retrieving Data
423 label.user_colour_scheme_must_have_name = User colour scheme must have a name
424 label.no_name_colour_scheme = No name for colour scheme
425 label.invalid_url = Invalid URL !
426 label.error_loading_file = Error loading file
427 label.problems_opening_file = Encountered problems opening {0}!!
428 label.file_open_error = File open error
429 label.colour_scheme_exists_overwrite = Colour scheme {0} exists.\nContinue saving colour scheme as {1}?"
430 label.duplicate_scheme_name = Duplicate scheme name
431 label.jalview_new_questionnaire = There is a new Questionnaire available. Would you like to complete it now ?\n
432 label.jalview_user_survey = Jalview User Survey
433 label.alignment_properties = Alignment Properties: {0}
434 label.alignment_props = Alignment Properties
435 label.input_cut_paste = Cut & Paste Input
436 label.input_cut_paste_params = Cut & Paste Input - {0}
437 label.alignment_output_command = Alignment output - {0}
438 label.annotations = Annotations
439 label.structure_options = Structure Options
440 label.features = Features
441 label.overview_params = Overview {0}
442 label.paste_newick_file = Paste Newick file
443 label.load_tree_from_file = From File - 
444 label.colour_by_annotation = Colour by Annotation
445 label.selection_output_command = Selection output - {0}
446 label.annotation_for_displayid = <p><h2>Annotation for {0} </h2></p><p>
447 label.pdb_sequence_mapping = PDB - Sequence Mapping
448 label.pca_details = PCA details
449 label.redundancy_threshold_selection = Redundancy threshold selection
450 label.user_defined_colours = User defined colours
451 label.jalviewLite_release = JalviewLite - Release {0}
452 label.jaview_build_date = Build date: {0}
453 label.jalview_authors_1 = Authors: Jim Procter, Andrew Waterhouse, Mungo Carstairs, Tochukwu Ofoegbu, Lauren Lui, Jan Engelhardt,
454 label.jalview_authors_2 = Natasha Sherstnev, Daniel Barton, Michele Clamp, James Cuff, Steve Searle, David Martin & Geoff Barton.
455 label.jalview_dev_managers = Development managed by The Barton Group, University of Dundee, Scotland, UK.
456 label.jalview_distribution_lists = For help, see the FAQ at www.jalview.org and/or join the jalview-discuss@jalview.org mailing list
457 label.jalview_please_cite = If  you use Jalview, please cite:
458 label.jalview_cite_1_authors = Waterhouse, A.M., Procter, J.B., Martin, D.M.A, Clamp, M. and Barton, G. J. (2009)
459 label.jalview_cite_1_title = Jalview Version 2 - a multiple sequence alignment editor and analysis workbench
460 label.jalview_cite_1_ref = Bioinformatics doi: 10.1093/bioinformatics/btp033
461 label.right_click = Right click
462 label.to_add_annotation = to add annotation
463 label.alignment_has_no_annotations = Alignment has no annotations
464 label.retrieving_pdb_data = Retrieving PDB data...
465 label.label = Label
466 label.no_features_added_to_this_alignment = No Features added to this alignment!!
467 label.features_can_be_added_from_searches_1 = (Features can be added from searches or
468 label.features_can_be_added_from_searches_2 = from Jalview / GFF features files)
469 label.calculating_pca= Calculating PCA
470 label.jalview_cannot_open_file = Jalview can't open file
471 label.jalview_applet = Jalview applet
472 label.loading_data = Loading data
473 label.memory_stats = Total Free Memory: {0} MB; Max Memory: {1} MB; {2} %
474 label.calculating_tree = Calculating tree
475 label.state_queueing = queuing
476 label.state_running = running
477 label.state_completed = finished
478 label.state_job_cancelled = job cancelled!!
479 label.state_job_error = job error!
480 label.server_error_try_later = Server Error! (try later)
481 label.error_loading_pdb_data = Error loading PDB data!!
482 label.fetching_pdb_data = Fetching PDB data...
483 label.structure_type = Structure type
484 label.settings_for_type = Settings for {0}
485 label.view_full_application = View in Full Application
486 label.load_associated_tree = Load Associated Tree...
487 label.load_features_annotations = Load Features/Annotations...
488 label.load_vcf = Load SNP variants from plain text or indexed VCF data
489 label.load_vcf_file = Load VCF File
490 label.searching_vcf = Loading VCF variants...
491 label.added_vcf = Added {0} VCF variants to {1} sequence(s)
492 label.export_features = Export Features...
493 label.export_annotations = Export Annotations...
494 label.to_upper_case = To Upper Case
495 label.to_lower_case = To Lower Case
496 label.toggle_case = Toggle Case
497 label.edit_name_description = Edit Name/Description...
498 label.create_sequence_feature = Create Sequence Feature...
499 label.edit_sequence = Edit Sequence
500 label.edit_sequences = Edit Sequences
501 label.insert_gap = Insert 1 gap
502 label.insert_gaps = Insert {0} gaps
503 label.delete_gap = Delete 1 gap
504 label.delete_gaps = Delete {0} gaps
505 label.sequence_details = Sequence Details
506 label.viewer_help = {0} Help
507 label.close_viewer = Close Viewer
508 label.confirm_close_viewer = This will close Jalview''s connection to {0}.<br>Do you want to close the {1} window as well?
509 label.all = All
510 label.sort_by = Sort alignment by
511 label.sort_by_score = Sort by Score
512 label.sort_by_density = Sort by Density
513 label.sequence_sort_by_density = Sequence sort by Density
514 label.sort_ann_by = Sort annotations by
515 label.sort_annotations_by_sequence = Sort by sequence
516 label.sort_annotations_by_label = Sort by label
517 label.reveal = Reveal
518 label.hide_columns = Hide Columns
519 label.load_jalview_annotations = Load Jalview Annotations or Features File
520 label.load_tree_file = Load a tree file
521 label.retrieve_parse_sequence_database_records_alignment_or_selected_sequences = Retrieve and parse sequence database records for the alignment or the currently selected sequences
522 label.standard_databases = Standard Databases
523 label.fetch_embl_uniprot = Fetch from EMBL/EMBLCDS or Uniprot/PDB and any selected DAS sources
524 label.fetch_uniprot_references = Fetch Uniprot references
525 label.search_3dbeacons = Search 3D-Beacons
526 label.find_models_from_3dbeacons = Search 3D-Beacons for 3D structures and models
527 label.3dbeacons = 3D-Beacons
528 label.fetch_references_for = Fetch database references for {0} sequences ?
529 label.fetch_references_for_3dbeacons = 3D Beacons needs to fetch Uniprot References for {0} sequences.  Do you want to continue ?
530 label.reset_min_max_colours_to_defaults = Reset min and max colours to defaults from user preferences.
531 label.align_structures_using_linked_alignment_views = Superpose structures using {0} selected alignment view(s)
532 label.threshold_feature_display_by_score = Threshold the feature display by score.
533 label.threshold_feature_no_threshold = No Threshold
534 label.threshold_feature_above_threshold = Above Threshold
535 label.threshold_feature_below_threshold = Below Threshold
536 label.adjust_threshold = Adjust threshold
537 label.toggle_absolute_relative_display_threshold = Toggle between absolute and relative display threshold.
538 label.select_colour_minimum_value = Select Colour for Minimum Value
539 label.select_colour_maximum_value = Select Colour for Maximum Value
540 label.open_url_param = Open URL {0}
541 label.open_url_seqs_param = Open URL ({0}..) ({1} seqs)
542 label.load_pdb_file_associate_with_sequence = Load a PDB file and associate it with sequence {0}
543 label.reveal_hidden_columns = Reveal Hidden Columns with Right Mouse Button
544 label.dark_colour = Dark Colour
545 label.light_colour = Light Colour
546 label.highlightnode = Left click to select leaves.<br>Double-click to invert leaves.<br>Right click to change colour.
547 label.load_colour_scheme = Load colour scheme
548 label.copy_format_from = Copy format from
549 label.toggle_enabled_views = When enabled, allows many views to be selected.
550 label.select_all_views = Select all views
551 label.select_many_views = Select many views
552 label.edit_notes_parameter_set = Click to edit the notes for this parameter set.
553 label.open_local_file = Open local file
554 label.enable_automatically_sort_alignment_when_open_new_tree = Enable this to automatically sort<br>the alignment when you open<br> a new tree.
555 label.listen_for_selections = Listen for selections
556 label.selections_mirror_selections_made_same_sequences_other_views = When selected, selections in this view will mirror<br>selections made on the same sequences in other views.
557 label.toggle_sequence_visibility = Shift+H toggles sequence visiblity
558 label.toggle_columns_visibility = Ctrl+H toggles column visiblity.
559 label.toggles_visibility_hidden_selected_regions = H toggles visibility of hidden or selected regions
560 label.rename_tab_eXpand_reGroup=  Right-click to rename tab <br> Press X to eXpand tabs, G to reGroup.
561 label.right_align_sequence_id = Right Align Sequence Id
562 label.sequence_id_tooltip = Sequence ID Tooltip
563 label.no_services = <No Services>
564 label.select_copy_raw_html = Select this if you want to copy raw html
565 label.from_url = from URL
566 label.any_trees_calculated_or_loaded_alignment_automatically_sort = When selected, any trees calculated or loaded onto the alignment will automatically sort the alignment
567 label.sort_with_new_tree = Sort With New Tree
568 label.from_textbox = from Textbox
569 label.window = Window
570 label.preferences = Preferences
571 label.tools = Tools
572 label.fetch_sequences = Fetch Sequences
573 action.fetch_sequences = Fetch Sequences...
574 label.collect_garbage = Collect Garbage
575 label.show_memory_usage = Show Memory Usage
576 label.show_java_console = Show Java Console
577 label.show_jalview_news = Show Jalview News
578 label.take_snapshot = Take snapshot
579 label.monospaced_fonts_faster_to_render = Monospaced fonts are faster to render
580 label.anti_alias_fonts = Anti-alias Fonts (Slower to render)
581 label.monospaced_font= Monospaced
582 label.quality = Quality
583 label.maximize_window = Maximize Window
584 label.conservation = Conservation
585 label.consensus = Consensus
586 label.histogram = Histogram
587 label.logo = Logo
588 label.non_positional_features = List Non-positional Features
589 label.database_references = List Database References
590 #label.share_selection_across_views = Share selection across views
591 #label.scroll_highlighted_regions = Scroll to highlighted regions
592 label.gap_symbol = Gap Symbol
593 label.prot_alignment_colour = Protein Alignment Colour
594 label.nuc_alignment_colour = Nucleotide Alignment Colour
595 label.address = Address
596 label.host = Host
597 label.port = Port
598 label.default_browser_unix_windows = Default Browser (Unix, Windows)
599 label.send_usage_statistics = Send usage statistics
600 label.check_for_questionnaires = Check for questionnaires
601 label.check_for_latest_version = Check for latest version
602 label.url_linkfrom_sequence_id = URL link from Sequence ID
603 label.no_proxy = No proxy servers
604 label.system_proxy = System proxy servers (http={0}; https={1})
605 label.use_proxy_server = Use these proxy servers
606 label.auth_required = Authentication required
607 label.username = Username
608 label.password = Password
609 label.proxy_password_required = Proxy password required
610 label.not_stored = not stored in Preferences file
611 label.rendering_style = {0} rendering style
612 label.append_start_end = Append /start-end (/15-380)
613 label.full_sequence_id = Full Sequence Id
614 label.smooth_font = Smooth Font
615 label.autocalculate_consensus = AutoCalculate Consensus
616 label.pad_gaps = Pad Gaps
617 label.pad_gaps_when_editing = Pad Gaps When Editing
618 label.automatically_set_id_width = Automatically set ID width
619 label.figure_id_column_width = Figure ID column width
620 label.use_modeller_output = Use Modeller Output
621 label.wrap_alignment = Wrap Alignment
622 label.right_align_ids = Right Align Ids
623 label.sequence_name_italics = Italic Sequence Ids
624 label.open_overview = Open Overview
625 label.default_colour_scheme_for_alignment = Default Colour Scheme for alignment
626 label.annotation_shading_default = Annotation Shading Default
627 label.default_minimum_colour_annotation_shading = Default Minimum Colour for annotation shading
628 label.default_maximum_colour_annotation_shading = Default Maximum Colour for annotation shading
629 label.visual = Visual
630 label.connections = Connections
631 label.output = Output
632 label.editing = Editing
633 label.web_services = Web Services
634 label.right_click_to_edit_currently_selected_parameter = Right click to edit currently selected parameter.
635 label.let_jmol_manage_structure_colours = Let Jmol manage structure colours
636 label.fetch_viewer_attributes = Fetch {0} attributes
637 label.fetch_viewer_attributes_tip = Copy {0} attribute to Jalview feature
638 label.marks_leaves_tree_not_associated_with_sequence = Marks leaves of tree not associated with a sequence
639 label.index_web_services_menu_by_host_site = Index web services in menu by the host site
640 label.option_want_informed_web_service_URL_cannot_be_accessed_jalview_when_starts_up = Check this option if you want to be informed<br>when a web service URL cannot be accessed by Jalview<br>when it starts up
641 label.new_service_url = New Service URL
642 label.edit_service_url = Edit Service URL
643 label.delete_service_url = Delete Service URL
644 label.details = Details
645 label.options = Options
646 label.parameters = Parameters
647 label.proxy_servers = Proxy Servers
648 label.file_output = File Output
649 label.select_input_type = Select input type
650 label.set_options_for_type = Set options for type
651 label.data_input_parameters = Data input parameters
652 label.data_returned_by_service = Data returned by service
653 label.rsbs_encoded_service = RSBS Encoded Service
654 label.parsing_errors = Parsing errors
655 label.simple_bioinformatics_rest_services = Simple Bioinformatics Rest Services
656 label.web_service_discovery_urls = Web Service Discovery URLS
657 label.input_parameter_name = Input Parameter name
658 label.short_descriptive_name_for_service = Short descriptive name for service
659 label.function_service_performs = What kind of function the service performs (e.g. alignment, analysis, search, etc).
660 label.brief_description_service = Brief description of service
661 label.url_post_data_service = URL to post data to service. Include any special parameters needed here
662 label.optional_suffix = Optional suffix added to URL when retrieving results from service
663 label.preferred_gap_character = Which gap character does this service prefer?
664 label.gap_character = Gap character
665 label.move_return_type_up_order= Move return type up order
666 label.move_return_type_down_order= Move return type down order
667 label.update_user_parameter_set = Update this existing user parameter set
668 label.delete_user_parameter_set = Delete the currently selected user parameter set
669 label.create_user_parameter_set = Create a new parameter set with the current settings.
670 label.revert_changes_user_parameter_set = Undo all changes to the current parameter set
671 label.start_job_current_settings = Start Job with current settings
672 label.cancel_job_close_dialog = Close this dialog and cancel job
673 label.input_output = Input/Output
674 label.cut_paste = Cut'n'Paste
675 label.adjusting_parameters_for_calculation = Adjusting parameters for existing Calculation
676 label.2d_rna_structure_line = 2D RNA {0} (alignment)
677 label.2d_rna_sequence_name = 2D RNA - {0}
678 label.edit_name_and_description_current_group = Edit name and description of current group
679 label.from_file = From File
680 label.enter_pdb_id = Enter PDB Id
681 label.enter_pdb_id_tip = Enter PDB Id (or pdbid:chaincode)
682 label.text_colour = Text Colour...
683 label.structure = Structure
684 label.show_pdbstruct_dialog = 3D Structure Data...
685 label.view_rna_structure = VARNA 2D Structure
686 label.create_sequence_details_report_annotation_for = Annotation for {0}
687 label.sequence_details_for = Sequence Details for {0}
688 label.sequence_name = Sequence Name
689 label.sequence_description = Sequence Description
690 label.edit_sequence_name_description = Edit Sequence Name/Description
691 label.spaces_converted_to_underscores = Spaces have been converted to _
692 label.no_spaces_allowed_sequence_name = No spaces allowed in Sequence Name
693 label.select_outline_colour = Select Outline Colour
694 label.web_browser_not_found_unix = Unixers\: Couldn't find default web browser.\nAdd the full path to your browser in Preferences."
695 label.web_browser_not_found = Web browser not found
696 label.select_pdb_file_for = Select a PDB file for {0}
697 label.html = HTML
698 label.wrap = Wrap
699 label.show_database_refs = Show Database Refs
700 label.show_non_positional_features = Show Non-Positional Features
701 label.save_png_image = Save As PNG Image
702 label.load_tree_for_sequence_set = Load a tree for this sequence set
703 label.export_image = Export Image
704 label.vamsas_store = VAMSAS store
705 label.translate_cDNA = Translate as cDNA
706 label.reverse = Reverse
707 label.reverse_complement = Reverse Complement
708 label.linked_view_title = Linked CDS and protein view
709 label.extract_scores = Extract Scores
710 label.get_cross_refs = Get Cross-References
711 label.sort_alignment_new_tree = Sort Alignment With New Tree
712 label.add_sequences = Add Sequences
713 label.new_window = New Window
714 label.split_window = Split Window
715 label.set_as_default = Set as Default
716 label.show_labels = Show labels
717 action.background_colour = Background Colour...
718 label.associate_nodes_with = Associate Nodes With
719 label.link_name = Link Name
720 label.pdb_file = PDB file
721 label.colour_with_jmol = Colour with Jmol
722 label.let_viewer_manage_structure_colours = Let viewer manage structure colours
723 label.colour_with_viewer = Colour in structure viewer
724 label.superpose_structures = Superpose Structures
725 error.superposition_failed = Superposition failed: {0}
726 label.insufficient_residues = Not enough aligned residues ({0}) to perform superposition
727 label.create_viewer_attributes = Write Jalview features
728 label.create_viewer_attributes_tip = Set structure residue attributes for Jalview features
729 label.attributes_set = {0} attribute values set on {1}
730 label.sort_alignment_by_tree = Sort Alignment By Tree
731 label.mark_unlinked_leaves = Mark Unlinked Leaves
732 label.associate_leaves_with = Associate Leaves With
733 label.save_colour_scheme_with_unique_name_added_to_colour_menu = Save your colour scheme with a unique name and it will be added to the Colour menu
734 label.case_sensitive = Case Sensitive
735 label.lower_case_colour = Colour All Lower Case
736 label.lower_case_tip = Chosen colour applies to all lower case symbols
737 label.index_by_host = Index by Host
738 label.index_by_type = Index by Type
739 label.enable_jabaws_services = Enable JABAWS Services
740 label.display_warnings = Display Warnings
741 label.move_url_up = Move URL Up
742 label.move_url_down = Move URL Down
743 label.add_sbrs_definition = Add a SBRS Definition
744 label.edit_sbrs_definition = Edit SBRS Definition
745 label.delete_sbrs_definition = Delete SBRS Definition
746 label.your_sequences_have_been_verified = Your sequences have been verified against known sequence databases.\n(Use Calculate | Show flanking regions to show enclosing sequence.)\nTo preserve data changes, save your alignment.\n\n
747 label.sequences_updated = Sequences updated
748 label.dbref_search_completed = DBRef search completed
749 label.fetch_all_param = Fetch all {0}
750 label.paste_new_window = Paste To New Window
751 label.settings_for_param = Settings for {0}
752 label.view_params = View {0}
753 label.aacon_calculations = AACon Calculations
754 label.aacon_settings = Change AACon Settings...
755 tooltip.aacon_calculations = When checked, AACon calculations are updated automatically.
756 tooltip.aacon_settings = Modify settings for AACon calculations.
757 label.rnalifold_calculations = RNAAliFold Prediction
758 label.rnalifold_settings = Change RNAAliFold settings...
759 tooltip.rnalifold_calculations = When checked, RNA secondary structure predictions will be calculated for the alignment, and updated when edits are made.
760 tooltip.rnalifold_settings = Modify settings for the RNAAliFold prediction. Use this to hide or show different results of the RNA calculation, and change RNA folding parameters.
761 label.all_views = All Views
762 label.align_sequences_to_existing_alignment = Align sequences to an existing alignment
763 label.realign_with_params = Realign with {0}
764 label.calcname_with_default_settings = {0} with Defaults
765 label.action_with_default_settings = {0} with default settings
766 label.edit_settings_and_run = Edit settings and run...
767 label.view_and_change_parameters_before_alignment = View and change the parameters before alignment
768 label.run_with_preset_params = Run {0} with preset
769 label.view_and_change_parameters_before_running_calculation = View and change parameters before running calculation
770 label.view_documentation = View documentation
771 label.select_return_type = Select return type
772 label.translation_of_params = Translation of {0} (Table {1})
773 label.features_for_params = Features for - {0}
774 label.annotations_for_params = Annotations for - {0}
775 label.generating_features_for_params = Generating features for - {0}
776 label.generating_annotations_for_params = Generating annotations for - {0}
777 label.varna_params = VARNA - {0}
778 label.sequence_feature_settings = Sequence Feature Settings
779 label.sequence_feature_settings_for = Sequence Feature Settings for {0}
780 label.sequence_feature_settings_for_view = Sequence Feature Settings for view "{0}"
781 label.sequence_feature_settings_for_CDS_and_Protein = Sequence Feature Settings for CDS and Protein
782 label.pairwise_aligned_sequences = Pairwise Aligned Sequences
783 label.original_data_for_params = Original Data for {0}
784 label.points_for_params = Points for {0}
785 label.transformed_points_for_params = Transformed points for {0}
786 label.variable_color_for = Variable Feature Colour for {0}
787 label.select_background_colour = Select Background Colour
788 label.invalid_font = Invalid Font
789 label.search_db_all = Search all of {0}
790 label.search_db_index = Search {0} index {1}
791 label.separate_multiple_accession_ids = Enter one or more accession IDs separated by a semi-colon ";"
792 label.separate_multiple_query_values = Enter one or more {0} separated by a semi-colon ";"
793 label.search_all = Enter one or more search values separated by a semi-colon ";" (Note: This searches the entire database)
794 label.replace_commas_semicolons = Replace commas with semi-colons
795 label.parsing_failed_syntax_errors_shown_below_param = Parsing failed. Syntax errors shown below {0}
796 label.parsing_failed_unrecoverable_exception_thrown_param = \nParsing failed. An unrecoverable exception was thrown\:\n {0}
797 label.example_query_param = Example query: {0}
798 label.enter_value_increase_conservation_visibility = Enter value to increase conservation visibility
799 label.enter_percentage_identity_above_which_colour_residues = Enter % identity above which to colour residues
800 label.wswublast_client_credits = To display sequence features an exact Uniprot id with 100% sequence identity match must be entered.\nIn order to display these features, try changing the names of your sequences to the ids suggested below.\n\nRunning WSWUBlast at EBI.\nPlease quote Pillai S., Silventoinen V., Kallio K., Senger M., Sobhany S., Tate J., Velankar S., Golovin A., Henrick K., Rice P., Stoehr P., Lopez R.\nSOAP-based services provided by the European Bioinformatics Institute.\nNucleic Acids Res. 33(1)\:W25-W28 (2005));
801 label.blasting_for_unidentified_sequence = BLASTing for unidentified sequences
802 label.select_columns_containing = Select columns containing
803 label.select_columns_not_containing = Select columns that do not contain
804 label.hide_columns_containing = Hide columns containing
805 label.hide_columns_not_containing = Hide columns that do not contain
806 option.trim_retrieved_seqs = Trim retrieved sequences
807 label.trim_retrieved_sequences = When the reference sequence is longer than the sequence that you are working with, only keep the relevant subsequences.
808 label.use_sequence_id_1 = Use $DB_ACCESSION$ or $DB_ACCESSION=/<regex>/=$
809 label.use_sequence_id_2 = to embed accession id in URL
810 label.use_sequence_id_3 = Use $SEQUENCE_ID$ similarly to embed sequence id
811 label.use_sequence_id_4 = 
812 label.ws_parameters_for = Parameters for {0}
813 label.switch_server = Switch server
814 label.choose_jabaws_server = Choose a server for running this service
815 label.services_at = Services at {0}
816 label.rest_client_submit = {0} using {1}
817 label.fetch_retrieve_from =Retrieve from {0}</html>
818 label.fetch_retrieve_from_all_sources = Retrieve from all {0} sources in {1}<br>First is :{2}<html> 
819 label.feature_settings_click_drag = Drag up or down to change render order.<br/>Double click to select columns containing feature.
820 label.transparency_tip = Adjust transparency to 'see through' feature colours.
821 label.opt_and_params_further_details = see further details by right-clicking
822 label.opt_and_params_show_brief_desc_image_link = <html>Click to show brief description<br><img src="{0}"/> Right click for further information.</html> 
823 label.opt_and_params_show_brief_desc = <html>Click to show brief description<br></html>
824 label.adjusts_width_generated_eps_png = <html>Adjusts the width of the generated EPS or PNG file to ensure even the longest sequence ID or annotation label is displayed</html>
825 label.manually_specify_width_left_column = <html>Manually specify the width of the left hand column where sequence IDs and annotation labels will be rendered in exported alignment figures. This setting will be ignored if 'Automatically set ID width' is set</html>
826 label.job_created_when_checked = <html>When checked, a job is created for every sequence in the current selection.</html>
827 label.when_checked_job_visible_region_and_results = <html>When checked, a single job is created for the visible region and results mapped back onto their location in the alignment. Otherwise, a job would be created for every contiguous region visible in the alignment or current selection (e.g. a multiple alignment).</html>
828 label.flat_file_representation = <html>Flat file representation of this rest service using the Really Simple Bioinformatics Service formalism</html>
829 label.result_of_parsing_rsbs = <html>Results of parsing the RSBS representation</html>
830 label.user_preset = User Preset
831 label.service_preset = Service Preset
832 label.run_with_preset = Run {0} with preset
833 label.view_service_doc_url = <html>View <a href="{0}">{1}</a></html>
834 action.by_title_param = By {0}
835 label.source_from_db_source = Sources from {0}
836 label.from_msname = from {0}
837 label.superpose_with = Superpose with
838 label.scale_label_to_column = Scale Label to Column
839 label.add_new_row = Add New Row
840 label.edit_label_description = Edit Label/Description
841 label.hide_row = Hide This Row
842 label.delete_row = Delete This Row
843 label.show_all_hidden_rows = Show All Hidden Rows
844 label.export_annotation = Export Annotation
845 label.copy_consensus_sequence = Copy Consensus Sequence
846 label.helix = Helix
847 label.sheet = Sheet
848 label.rna_helix = RNA Helix
849 label.remove_annotation = Remove Annotation
850 label.colour_by = Colour by...
851 label.muscle_multiple_protein_sequence_alignment = Muscle Multiple Protein Sequence Alignment
852 label.mafft_multiple_sequence_alignment = MAFFT Multiple Sequence Alignment
853 label.clustalw_multiple_sequence_alignment = ClustalW Multiple Sequence Alignment
854 label.jnet_secondary_structure_prediction = JPred Secondary Structure Prediction
855 label.multiharmony = Multi-Harmony
856 label.unable_start_web_service_analysis = Unable to start web service analysis
857 label.job_couldnt_be_started_check_input = The Job couldn't be started. Please check your input, and the Jalview console for any warning messages.
858 label.prompt_each_time = Prompt each time
859 label.couldnt_save_project = Couldn't save project
860 label.error_whilst_saving_current_state_to = Error whilst saving current state to {0}
861 label.error_whilst_loading_project_from = Error whilst loading project from {0}
862 label.couldnt_load_project = Couldn't load project
863 label.invalid_name_preset_exists = Invalid name - preset already exists.
864 label.invalid_name = Invalid name
865 label.set_proxy_settings = Please set up your proxy settings in the 'Connections' tab of the Preferences window
866 label.proxy_authorization_failed = Proxy Authorization Failed
867 label.internal_jalview_error = Internal Jalview Error
868 label.secondary_structure_prediction_service_couldnt_be_located = The Secondary Structure Prediction Service named {0} at {1} couldn''t be located.
869 label.service_called_is_not_msa_service = The Service called \n{0}\nis not a \nMultiple Sequence Alignment Service\!
870 label.msa_service_is_unknown = The Multiple Sequence Alignment Service named {0} is unknown
871 label.service_called_is_not_seq_search_service = The Service called \n{0}\nis not a \nSequence Search Service\!
872 label.seq_search_service_is_unknown = The Sequence Search Service named {0} is unknown
873 label.feature_type = Feature Type
874 label.show = Show
875 label.service_url = Service URL
876 label.copied_sequences = Copied sequences
877 label.cut_sequences = Cut Sequences
878 label.conservation_colour_increment = Conservation Colour Increment ({0})
879 label.percentage_identity_threshold = Percentage Identity Threshold ({0})
880 label.error_unsupported_owwner_user_colour_scheme = Unsupported owner for User Colour scheme dialog
881 label.save_alignment_to_file = Save Alignment to file
882 label.save_features_to_file = Save Features to File
883 label.save_annotation_to_file = Save Annotation to File
884 label.save_pdb_file = Save PDB File
885 label.save_text_to_file = Save Text to File
886 label.save_state = Save State
887 label.restore_state = Restore State
888 label.saving_jalview_project = Saving jalview project {0}
889 label.load_feature_colours = Load Feature Colours
890 label.save_feature_colours = Save Feature Colour Scheme
891 label.select_startup_file = Select startup file
892 label.select_default_browser = Select default web browser
893 label.save_tree_as_newick = Save tree as newick file
894 label.save_colour_scheme = Save colour scheme
895 label.edit_params_for = Edit parameters for {0}
896 label.choose_filename_for_param_file = Choose a filename for this parameter file
897 label.save_as_html = Save as HTML
898 label.recently_opened = Recently Opened
899 label.blasting_for_unidentified_sequence_jobs_running = BLASTing for unidentified sequences - {0}  jobs running.
900 label.tree = Tree
901 label.tree_from = Tree from {0}
902 label.webservice_job_title = {0} using {1}
903 label.select_visible_region_of = selected {0} region of {1}
904 label.visible = Visible
905 label.select_unselect_visible_regions_from = select and unselected {0} regions from {1}
906 label.visible_region_of = visible region of
907 label.webservice_job_title_on = {0} using {1} on {2}
908 label.loading_file = Loading File: {0}
909 label.edit_params = Edit {0}
910 label.as_percentage = As Percentage
911 error.not_implemented = Not implemented
912 error.no_such_method_as_clone1_for = No such method as clone1 for {0}
913 error.null_from_clone1 = Null from clone1!
914 error.not_yet_implemented = Not yet implemented
915 error.unknown_type_dna_or_pep = Unknown Type {0} - dna or pep are the only allowed values.
916 error.implementation_error_dont_know_threshold_annotationcolourgradient = Implementation error: don't know about threshold setting for current AnnotationColourGradient.
917 error.invalid_separator_parameter = Invalid separator parameter - must be non-zero length
918 error.alignment_cigararray_not_implemented = Alignment(CigarArray) not yet implemented
919 error.empty_view_cannot_be_updated = empty view cannot be updated.
920 error.mismatch_between_number_of_sequences_in_block = Mismatch between number of sequences in block {0} ({1}) and the original view ({2})
921 error.padding_not_yet_implemented = Padding not yet implemented
922 error.mismatch_between_visible_blocks_to_update_and_number_of_contigs_in_view = Mismatch between visible blocks to update and number of contigs in view (contigs=0,blocks={0})
923 error.unknown_seq_cigar_operation = Unknown SeqCigar operation {0}
924 error.implementation_bug_parse_cigar_string = Implementation bug in parseCigarString
925 error.implementation_error_invalid_operation_string = Implementation error. Invalid operation string.
926 error.invalid_range_string = Invalid range string (must be zero or positive number)
927 error.implementation_error_delete_range_out_of_bounds = Implementation Error: deleteRange out of bounds: start must be non-negative and less than end.
928 error.implementation_error = Implementation error
929 error.implementation_error_unknown_operation = Implementation Error! Unknown operation {0}
930 error.implementation_error_unexpected_null_from_get_sequence_and_deletions = Implementation Error - unexpected null from getSequenceAndDeletions
931 error.implementation_error_set_seq_null = Implementation Error - _setSeq(null,...)
932 error.implementation_error_s = Implementation Error: _s= {0}
933 error.implementation_error_seqcigar_possible = SeqCigar: Possible implementation error: sequence is longer than dataset sequence
934 error.implmentation_bug_seq_null = Implementation Bug. Null seq
935 error.implementation_bug_cigar_operation_list_range_list = Implementation Bug. Cigar Operation list!= range list
936 error.not_yet_implemented_cigar_object_from_cigar_string = NOT YET Implemented: Constructing a Cigar object from a cigar string and a gapped sequence.
937 error.implementation_bug_cigar_operation = Implementation Bug. Cigar Operation {0} {1} not one of {2}, {3}, or {4}.
938 error.implementation_error_for_new_cigar = Implementation error for new Cigar(SequenceI)
939 error.implementation_error_cigar_seq_no_operations = Implementation error: {0}th sequence Cigar has no operations.
940 error.implementation_error_no_pdbentry_from_index = Implementation error - no corresponding pdbentry (for index {0}) to add sequences mappings to
941 error.jmol_version_not_compatible_with_jalview_version = Jmol version {0} is not compatible with this version of Jalview. Report this problem at issues.jalview.org
942 error.not_implemented_remove = Remove: Not implemented
943 error.not_implemented_clone = Clone: Not implemented
944 error.call_setprogressbar_before_registering_handler = call setProgressBar before registering the progress bar's handler.
945 label.cancelled_params = Cancelled {0}
946 error.implementation_error_cannot_show_view_alignment_frame = Implementation error: cannot show a view from another alignment in an AlignFrame.
947 error.implementation_error_dont_know_about_threshold_setting = Implementation error: don't know about threshold setting for current AnnotationColourGradient.
948 label.groovy_support_failed = Jalview Groovy Support Failed
949 label.couldnt_create_groovy_shell = Couldn't create the groovy Shell. Check the error log for the details of what went wrong.
950 error.unsupported_version_calcIdparam = Unsupported Version for calcIdparam {0}
951 error.implementation_error_cant_reorder_tree = Implementation Error: Can't reorder this tree. Not DefaultMutableTreeNode.
952 error.invalid_value_for_option = Invalid value ''{0}'' for option ''{1}''
953 error.implementation_error_cannot_import_vamsas_doc = Implementation Error - cannot import existing vamsas document into an existing session, Yet!
954 label.vamsas_doc_couldnt_be_opened_as_new_session = VAMSAS Document could not be opened as a new session - please choose another
955 error.setstatus_called_non_existent_job_pane = setStatus called for non-existent job pane {0}
956 error.implementation_error_cannot_find_marshaller_for_param_set =Implementation error: Can't find a marshaller for the parameter set
957 error.implementation_error_old_jalview_object_not_bound =IMPLEMENTATION ERROR: old jalview object is not bound ! ({0})
958 error.implementation_error_vamsas_doc_class_should_bind_to_type = Implementation Error: Vamsas Document Class {0} should bind to a {1} (found a {2})
959 error.invalid_vamsas_rangetype_cannot_resolve_lists = Invalid vamsas RangeType - cannot resolve both lists of Pos and Seg from choice!
960 error.implementation_error_cannot_have_null_alignment = Implementation error: Cannot have null alignment property key
961 error.implementation_error_null_fileparse = Implementation error. Null FileParse in copy constructor
962 error.implementation_error_structure_selection_manager_null = Implementation error. Structure selection manager's context is 'null'
963 exception.ssm_context_is_null = SSM context is null
964 error.idstring_seqstrings_only_one_per_sequence = idstrings and seqstrings contain one string each per sequence
965 error.cannot_have_mixed_length_replacement_vectors = Cannot have mixed length replacement vectors. Replacement vector for {0} is {1} strings long, and have already seen a {2} length vector.
966 error.cannot_have_zero_length_vector_replacement_strings = Cannot have zero length vector of replacement strings - either 1 value or n values.
967 error.implementation_error_multiple_single_sequence_prediction_jobs_not_supported = Implementation Error! Multiple single sequence prediction jobs are not yet supported
968 error.implementation_error_invalid_msa_index_for_job =Implementation Error! Invalid msaIndex for JPredJob on parent MSA input object!
969 error.implementation_error_startjob_called = Implementation error - StartJob(JpredJob) called on {0}
970 error.multiple_jnet_subjob_merge_not_implemented = Multiple JPred subjob merging not yet implemented
971 label.job_never_ran = Job never ran - input returned to user.
972 error.implementation_error_minlen_must_be_greater_zero = Implementation error: minlen must be zero or more
973 error.implementation_error_msawbjob_called = Implementation error - StartJob(MsaWSJob) called on a WSJobInstance {0}
974 error.implementation_error_cannot_attach_ws_menu_entry = IMPLEMENTATION ERROR: cannot attach WS Menu Entry without service handle reference!
975 error.parameter_migration_not_implemented_yet = Parameter migration not implemented yet
976 error.implementation_error_valuetype_doesnt_support_jabaws_type = IMPLEMENTATION ERROR: jalview.ws.params.ValueConstrainI.ValueType does not support the JABAWS type : {0}
977 error.cannot_create_jabaws_param_set = Cannot create a JabaWSParamSet from non-JabaWS parameters
978 error.cannot_set_arguments_to_jabaws_param_set = Cannot set arguments to a JabaWSParamSet that are not JabaWS arguments
979 error.implementation_error_runner_config_not_available = Implementation Error: Runner Config not available for a JABAWS service of type {0} ({1})
980 error.implementation_error_cannot_handle_jaba_param = Implementation Error: Cannot handle Jaba parameter object {0}
981 error.implementation_error_attempt_to_delete_service_preset = Implementation error: Attempt to delete a service preset!
982 error.implementation_error_cannot_locate_oldname_presetname = Implementation error: Can''t locate either oldname ({0}) or presetName ({1}) in the datastore!"
983 error.implementation_error_jabaws_param_set_only_handled_by = Implementation error: JabaWsParamSets can only be handled by JabaParamStore
984 error.cannot_set_source_file_for = Cannot set source file for {0}
985 error.mismatch_service_instance_preset = Probable mismatch between service instance and preset!
986 error.cannot_set_params_for_ws_preset = Cannot set Parameters for a Jaba Web service's preset
987 error.implementation_error_can_only_instantiate_jaba_param_sets = Implementation error: Can only instantiate Jaba parameter sets
988 error.no_aacon_service_found = No AACon service found
989 error.implementation_error_couldnt_copy_value_constraint = Implementation error: could not copy ValueConstrain!
990 error.couldnt_encode_as_utf8 = Couldn''t encode {0} as UTF-8.
991 error.tree_inputtype_not_yet_implemented = Tree InputType not yet implemented
992 error.implementation_error_need_to_have_httpresponse = Implementation Error: need to have an HttpResponse to process
993 error.dbrefsource_implementation_exception =DBRefSource Implementation Exception
994 error.implementation_error_dbinstance_must_implement_interface = Implmentation Error - getDbInstances must be given a class that implements jalview.ws.seqfetcher.DbSourceProxy (was given{0})
995 error.implementation_error_must_init_dbsources =Implementation error. Must initialise dbSources
996 label.view_controller_toggled_marked = {0} {1} columns {2} features of type {3}  across {4} sequence(s)
997 label.no_highlighted_regions_marked = No highlighted regions marked
998 label.toggled = Toggled
999 label.marked = Marked
1000 label.containing = containing
1001 label.not_containing = not containing
1002 label.no_feature_of_type_found = No features of type {0} found
1003 label.no_feature_found_selection = No features of type {0} found in selection
1004 label.submission_params = Submission {0}
1005 label.empty_alignment_job = Empty Alignment Job
1006 label.add_new_sbrs_service = Add a new Simple Bioinformatics Rest Service
1007 label.edit_sbrs_entry = Edit Simple Bioinformatics Rest Service entry
1008 label.pca_recalculating = Recalculating PCA
1009 label.pca_calculating = Calculating PCA
1010 label.select_foreground_colour = Choose foreground colour
1011 label.select_colour_for_text = Select Colour for Text
1012 label.adjust_foreground_text_colour_threshold = Adjust Foreground Text Colour Threshold
1013 label.select_subtree_colour = Select Sub-Tree Colour
1014 label.create_new_sequence_features = Create New Sequence Feature(s)
1015 label.amend_delete_features = Amend/Delete Features for {0}
1016 exception.out_of_bounds_for_file = Out of bounds for file: i={0}, Final Buffer: i0={1} iend={2}
1017 exception.null_string_given_to_regex_search = Null String Given to Regex.search
1018 exception.null_string_like_given_to_regex_search = Null StringLike Given to Regex.search
1019 exception.null_string_given_to_regex_reverse_search = Null String Given to Regex.reverseSearch
1020 exception.null_string_like_given_to_regex_reverse_search = Null StringLike Given to Regex.reverseSearch
1021 exception.null_string_like_given_to_regex_search_from = Null String Given to Regex.searchFrom
1022 exception.null_string_like_given_to_regex_search_region = Null String Given to Regex.searchRegion
1023 exception.replace_null_regex_pointer = Replacer has null Regex pointer
1024 exception.bad_pattern_to_regex_perl_code = bad pattern to Regex.perlCode: {0}
1025 exception.no_stub_implementation_for_interface = There is no stub implementation for the interface: {0}
1026 exception.cannot_set_endpoint_address_unknown_port = Cannot set Endpoint Address for Unknown Port {0}
1027 exception.mismatched_unseen_closing_char = Mismatched (unseen) closing character {0}
1028 exception.mismatched_closing_char = Mismatched closing character {0}
1029 exception.mismatched_opening_char = Mismatched opening character {0} at {1}
1030 exception.invalid_datasource_couldnt_obtain_reader = Invalid datasource. Could not obtain Reader
1031 exception.unterminated_cigar_string = Unterminated cigar string
1032 exception.unexpected_operation_cigar_string_pos = Unexpected operation {0} in cigar string (position {1} in {2}
1033 exception.couldnt_parse_responde_from_annotated3d_server = Couldn't parse response from Annotate3d server
1034 exception.application_test_npe = Application test: throwing an NullPointerException It should arrive at the console
1035 exception.overwriting_vamsas_id_binding = Overwriting vamsas id binding
1036 exception.overwriting_jalview_id_binding = Overwriting jalview id binding
1037 exception.failed_to_resolve_gzip_stream = Failed to resolve GZIP stream
1038 exception.problem_opening_file_also_tried = Problem opening {0} (also tried {1}) : {2}
1039 exception.problem_opening_file = Problem opening {0} : {1}
1040 exception.failed_to_read_data_from_source = Failed to read data from source: {0}
1041 exception.no_init_source_stream = Unitialised Source Stream
1042 exception.invalid_source_stream = Invalid Source Stream: {0}
1043 error.implementation_error_reset_called_for_invalid_source = Implementation Error: Reset called for invalid source.
1044 exception.number_of_residues_in_query_sequence_differ_from_prediction = Number of residues in {0} supposed query sequence ({1}\n{2})\ndiffer from number of prediction sites in prediction ({3})
1045 label.mapped = mapped
1046 exception.jpredconcide_entry_has_unexpected_number_of_columns = JPredConcise: Entry ({0}) has an unexpected number of columns
1047 exception.couldnt_parse_concise_annotation_for_prediction = Couldn''t parse concise annotation for prediction profile.\n{0}
1048 exception.newfile = NewickFile\: {0}\n
1049 label.no_tree_read_in = No Tree read in
1050 exception.rnaml_couldnt_access_datasource = Couldn''t access datasource ({0})
1051 exception.ranml_couldnt_process_data = Couldn''t process data as RNAML file ({0})
1052 exception.ranml_invalid_file = Invalid RNAML file ({0})
1053 exception.ranml_problem_parsing_data = Problem parsing data as RNAML ({0})
1054 exception.pfam_no_sequences_found = No sequences found (PFAM input)
1055 exception.stockholm_invalid_format = This file is not in valid STOCKHOLM format: First line does not contain '# STOCKHOLM'
1056 exception.couldnt_parse_sequence_line = Could not parse sequence line: {0}
1057 exception.unknown_annotation_detected = Unknown annotation detected: {0} {1}
1058 exception.couldnt_store_sequence_mappings = Couldn''t store sequence mappings for {0}
1059 exception.matrix_too_many_iteration = Too many iterations in {0} (max is {1})
1060 exception.browser_not_found = Exception in finding browser: {0}
1061 exception.browser_unable_to_launch = Unable to launch browser: {0}
1062 exception.browser_unable_to_locate = Unable to locate browser: {0}
1063 exception.browser_os_not_supported = Launching browser on this operating system not supported.  Use URL\n{0}
1064 exception.invocation_target_exception_creating_aedesc = InvocationTargetException while creating AEDesc: {0}
1065 exception.illegal_access_building_apple_evt= IllegalAccessException while building AppleEvent: {0}
1066 exception.unable_to_launch_url = Unable to launch URL: {0}
1067 exception.unable_to_create_internet_config = Unable to create an Internet Config instance: {0}
1068 exception.invocation_target_calling_url = InvocationTargetException while calling openURL: {0}
1069 exception.illegal_access_calling_url = IllegalAccessException while calling openURL: {0}
1070 exception.interrupted_launching_browser = InterruptedException while launching browser: {0}
1071 exception.no_pdb_records_for_chain = No PDB Records for {0} chain {1}
1072 exception.unexpected_handling_rnaml_translation_for_pdb = Unexpected exception when handling RNAML translation of PDB data
1073 exception.couldnt_recover_sequence_properties_for_alignment = Couldn't recover sequence properties for alignment
1074 exception.unknown_format_for_file = Unknown format {0} for file \: \n{1}
1075 label.remove_gaps = Remove Gaps
1076 exception.couldnt_recover_sequence_props_for_jnet_query = Couldn't recover sequence properties for JPred Query sequence!
1077 exception.server_timeout_try_later = Server timed out - try again later\n
1078 exception.web_service_returned_null_try_later= Server at {0} returned null object, it probably cannot be contacted. Try again later.
1079 exception.cannot_contact_service_endpoint_at = Cannot contact service endpoint at {0}
1080 error.implementation_error_cannot_find_service_url_in_given_set = Implementation error: Cannot find service url in the given url set!
1081 error.implementation_error_cannot_find_service_url_in_given_set_param_store = Implementation error: Cannot find service url in the given url set for this service parameter store ({0}}
1082 exception.jobsubmission_invalid_params_set = Invalid parameter set. Check Jalview implementation
1083 exception.notvaliddata_group_contains_less_than_min_seqs = Group contains less than {0} sequences.
1084 exception.outofmemory_loading_pdb_file = Out of memory loading PDB File
1085 exception.eps_method_not_supported = Method not currently supported by EpsGraphics2D version {0}
1086 exception.eps_unable_to_get_inverse_matrix = Unable to get inverse of matrix: {0}
1087 warn.job_cannot_be_cancelled_close_window = This job cannot be cancelled.\nJust close the window.
1088 warn.service_not_supported = Service not supported!
1089 warn.input_is_too_big = Input is too big!
1090 warn.invalid_job_param_set = Invalid job parameter set!
1091 warn.oneseq_msainput_selection = The current selection only contains a single sequence. Do you want to submit all sequences for alignment instead ?   
1092 info.job_couldnt_be_run_server_doesnt_support_program = Job could not be run because the server doesn''t support this program.\n{0}
1093 info.job_couldnt_be_run_exceeded_hard_limit = Job could not be run because it exceeded a hard limit on the server.\n{0}
1094 info.job_couldnt_be_run_incorrect_param_setting = Job could not be run because some of the parameter settings are not supported by the server.\n{0}\nPlease check to make sure you have used the correct parameter set for this service\!\n
1095 info.no_jobs_ran = No jobs ran
1096 info.failed_to_submit_prediction = Failed to submit the prediction\:\n{0} {1}
1097 info.invalid_jnet_job_result_data ={0}\n{1}\nInvalid JPred job result data\!\n{2}
1098 info.failed_to_submit_sequences_for_alignment = Failed to submit sequences for alignment.\nIt is most likely that there is a problem with the server.\nJust close the window\n
1099 info.alignment_object_method_notes = \nAlignment Object Method Notes\n
1100 info.server_exception = \n{0} Server exception\!\n{1}
1101 info.invalid_msa_input_mininfo = Need at least two sequences with at least 3 residues each, with no hidden regions between them.  
1102 info.invalid_msa_notenough = Not enough sequence data to align
1103 status.processing_commandline_args = Processing commandline arguments...
1104 status.das_features_being_retrived = DAS features being retrieved...
1105 status.searching_for_sequences_from = Searching for sequences from {0}
1106 status.finished_searching_for_sequences_from = Finished searching for sequences from {0}
1107 label.eps_file = EPS file
1108 label.png_image = PNG image
1109 status.export_complete = {0} Export completed
1110 status.fetching_pdb = Fetching PDB {0}
1111 status.refreshing_news = Refreshing news
1112 status.opening_params = Opening {0}
1113 status.fetching_sequence_queries_from = Fetching {0} sequence queries from {1}
1114 status.finshed_querying = Finished querying
1115 status.parsing_results = Parsing results.
1116 status.processing = Processing...
1117 status.refreshing_web_service_menus = Refreshing Web Service Menus
1118 status.collecting_job_results = Collecting job results.
1119 status.fetching_db_refs = Fetching db refs
1120 status.loading_cached_pdb_entries = Loading Cached PDB Entries
1121 status.searching_for_pdb_structures = Searching for PDB Structures
1122 status.searching_3d_beacons = Searching 3D Beacons
1123 status.no_structures_discovered_from_3d_beacons = No models discovered from 3D Beacons
1124 status.opening_file_for = opening file for
1125 status.colouring_structures = Colouring structures
1126 label.font_doesnt_have_letters_defined = Font doesn't have letters defined\nso cannot be used\nwith alignment data
1127 label.font_too_small = Font size is too small
1128 warn.out_of_memory_when_action = Out of memory when {0}\!\!\nSee help files for increasing Java Virtual Machine memory.
1129 warn.out_of_memory_loading_file = Out of memory loading file {0}\!\!\nSee help files for increasing Java Virtual Machine memory.
1130 label.out_of_memory = Out of memory
1131 label.invalid_id_column_width = Invalid ID Column width
1132 warn.user_defined_width_requirements = The user defined width for the\nannotation and sequence ID columns\nin exported figures must be\nat least 12 pixels wide.
1133 warn.server_didnt_pass_validation = Service did not pass validation.\nCheck the Jalview Console for more details.
1134 warn.url_must_contain = Sequence URL must contain $SEQUENCE_ID$, $DB_ACCESSION$, or a regex
1135 warn.urls_not_contacted = URLs that could not be contacted
1136 warn.urls_no_jaba = URLs without any JABA Services
1137 info.validate_jabaws_server = Validate JabaWS Server ?\n(Look in console output for results)
1138 label.test_server = Test Server?
1139 label.new_sequence_fetcher = New Sequence Fetcher
1140 label.additional_sequence_fetcher = Additional Sequence Fetcher
1141 label.select_database_retrieval_source = Select Database Retrieval Source
1142 label.overwrite_existing_file = Overwrite existing file?
1143 label.file_already_exists = File exists
1144 label.edit_jabaws_url = Edit JABAWS URL
1145 label.add_jabaws_url = Add new JABAWS URL
1146 label.news_from_jalview = News from http://www.jalview.org
1147 label.cut_paste_alignmen_file = Cut & Paste Alignment File
1148 label.enter_redundancy_threshold = Enter the redundancy threshold
1149 label.select_dark_light_set_threshold = <html><i>Select a dark and light text colour, then set the threshold to<br>switch between colours, based on background colour</i></html>
1150 label.select_feature_colour = Select Feature Colour
1151 label.delete_all = Delete all sequences
1152 warn.delete_all = <html>Deleting all sequences will close the alignment window.<br>Confirm deletion or Cancel.
1153 label.add_annotations_for = Add annotations for
1154 action.choose_annotations = Choose Annotations...
1155 label.choose_annotations = Choose Annotations
1156 label.find = Find
1157 label.in = in
1158 label.invalid_search = Search string invalid
1159 error.invalid_regex = Invalid regular expression
1160 label.ignore_gaps_consensus = Ignore Gaps In Consensus
1161 label.show_group_histogram = Show Group Histogram
1162 label.show_group_logo = Show Group Logo
1163 label.normalise_group_logo = Normalise Group Logo
1164 label.show_histogram = Show Histogram
1165 label.show_logo = Show Logo
1166 label.normalise_logo = Normalise Logo
1167 label.no_colour_selection_in_scheme = Please make a colour selection before applying colour scheme
1168 label.no_colour_selection_warn = Error saving colour scheme
1169 label.open_split_window? = Would you like to open as a split window, with cDNA and protein linked?
1170 label.open_split_window = Open split window
1171 action.no = No
1172 action.yes = Yes
1173 label.for = for
1174 label.select_by_annotation = Select/Hide Columns by Annotation
1175 action.select_by_annotation = Select/Hide Columns by Annotation...
1176 label.threshold_filter =  Threshold Filter
1177 label.alpha_helix = Alpha Helix
1178 label.beta_strand = Beta Strand
1179 label.turn = Turn
1180 label.select_all = Select All
1181 label.structures_filter = Structures Filter
1182 label.search_filter = Search Filter
1183 label.include_description= Include Description
1184 action.back = Back
1185 label.hide_insertions = Hide Insertions
1186 label.mark_as_representative = Mark as representative
1187 label.open_jabaws_web_page = Open JABAWS web page
1188 label.pdb_sequence_fetcher = PDB Sequence Fetcher
1189 label.result = result
1190 label.results = results
1191 label.structure_chooser = Structure Chooser
1192 label.invert = Invert 
1193 label.select_pdb_file = Select PDB File
1194 info.select_filter_option = Select Filter Option/Manual Entry
1195 info.associate_wit_sequence = Associate with Sequence
1196 label.search_result = Search Result
1197 label.found_structures_summary = Found Structures Summary
1198 label.configure_displayed_columns = Customise Displayed Options
1199 label.start_jalview = Start Jalview
1200 label.biojs_html_export = BioJS
1201 label.scale_as_cdna = Scale protein residues to codons
1202 label.font_as_cdna = Use same font for cDNA and peptide
1203 label.scale_protein_to_cdna = Scale Protein to cDNA
1204 label.scale_protein_to_cdna_tip = Make protein residues same width as codons in split frame views
1205 info.select_annotation_row = Select Annotation Row
1206 info.enter_search_text_here = Enter Search Text Here
1207 info.enter_search_text_to_enable = Enter Search Text to Enable
1208 info.search_in_annotation_label = Search in {0} Label
1209 info.search_in_annotation_description = Search in {0} Description
1210 info.change_threshold_mode_to_enable = Change Threshold Mode to Enable
1211 label.couldnt_read_data = Couldn't read data
1212 label.embbed_biojson = Embed BioJSON to HTML export
1213 action.export_groups = Export Groups
1214 action.export_annotations = Export Annotations
1215 action.export_hidden_columns = Export Hidden Columns
1216 action.export_hidden_sequences = Export Hidden Sequences
1217 action.export_features = Export Features
1218 label.export_settings = Export Settings
1219 label.pdb_web-service_error = PDB Web-service Error
1220 label.structure_chooser_manual_association = Structure Chooser - Manual association
1221 label.structure_chooser_filter_time = Structure Chooser - Filter time ({0})
1222 label.structure_chooser_no_of_structures = Structure Chooser - {0} Found ({1})
1223 info.no_pdb_entry_found_for = No PDB entry found for {0}
1224 exception.unable_to_detect_internet_connection = Jalview is unable to detect an internet connection
1225 exception.fts_server_unreachable = Jalview is unable to reach the {0} server. \nPlease ensure that you are connected to the internet and try again.
1226 label.nw_mapping = Needleman & Wunsch Alignment
1227 label.sifts_mapping = SIFTs Mapping
1228 label.mapping_method = Sequence \u27f7 Structure mapping method
1229 status.cancelled_image_export_operation = Cancelled {0} export operation
1230 info.error_creating_file = Error creating {0} file
1231 exception.outofmemory_loading_mmcif_file = Out of memory loading mmCIF File
1232 label.run_groovy = Run Groovy console script
1233 label.run_groovy_tip = Run the script in the Groovy console over this alignment
1234 label.couldnt_run_groovy_script = Failed to run Groovy script
1235 label.uniprot_sequence_fetcher = UniProt Sequence Fetcher
1236 action.next_page= >> 
1237 action.prev_page= << 
1238 label.next_page_tooltip=Next Page
1239 label.prev_page_tooltip=Previous Page
1240 status.launching_3d_structure_viewer = Launching 3D Structure viewer...
1241 status.fetching_3d_structures_for_selected_entries = Fetching 3D Structures for selected entries...
1242 status.fetching_dbrefs_for_sequences_without_valid_refs = Fetching db refs for {0} sequence(s) without valid db ref required for SIFTS mapping
1243 status.fetching_3d_structures_for = Fetching 3D Structure for {0}
1244 status.obtaining_mapping_with_sifts = Obtaining mapping with SIFTS
1245 status.obtaining_mapping_with_nw_alignment = Obtaining mapping with NW alignment
1246 status.exporting_alignment_as_x_file = Exporting alignment as {0} file
1247 label.column = Column
1248 label.cant_map_cds = Unable to map CDS to protein\nCDS missing or incomplete
1249 label.operation_failed = Operation failed
1250 label.SEQUENCE_ID_no_longer_used = $SEQUENCE_ID$ is no longer used for DB accessions
1251 label.SEQUENCE_ID_for_DB_ACCESSION1 = Please review your URL links in the 'Connections' tab of the Preferences window:
1252 label.SEQUENCE_ID_for_DB_ACCESSION2 = URL links using '$SEQUENCE_ID$' for DB accessions now use '$DB_ACCESSION$'.
1253 label.do_not_display_again = Do not display this message again
1254 exception.url_cannot_have_duplicate_id = {0} cannot be used as a label for more than one line
1255 action.customfilter = Custom only
1256 action.showall = Show All
1257 label.insert = Insert:
1258 action.seq_id = $SEQUENCE_ID$
1259 action.db_acc = $DB_ACCESSION$
1260 label.primary = Double Click
1261 label.inmenu = In Menu
1262 label.id = ID
1263 label.database = Database
1264 label.urltooltip = Only one url, which must use a sequence id, can be selected for the 'On Click' option
1265 label.edit_sequence_url_link = Edit sequence URL link
1266 warn.name_cannot_be_duplicate = User-defined URL names must be unique and cannot be MIRIAM ids
1267 label.output_seq_details = Output Sequence Details to list all database references
1268 label.urllinks = Links
1269 action.clear_cached_items = Clear Cached Items
1270 label.togglehidden = Show hidden regions
1271 label.quality_descr = Alignment Quality based on Blosum62 scores
1272 label.conservation_descr = Conservation of total alignment less than {0}% gaps
1273 label.consensus_descr = PID
1274 label.complement_consensus_descr = PID for cDNA
1275 label.strucconsensus_descr = PID for base pairs
1276 label.occupancy_descr = Number of aligned positions 
1277 label.show_experimental = Enable experimental features
1278 label.show_experimental_tip = Enable any new and currently 'experimental' features (see Latest Release Notes for details)
1279 label.warning_hidden = Warning: {0} {1} is currently hidden
1280 label.overview_settings = Overview settings
1281 label.ov_legacy_gap = Use legacy gap colouring (gaps are white)
1282 label.gap_colour = Gap colour:
1283 label.ov_show_hide_default = Show hidden regions when opening overview
1284 label.hidden_colour = Hidden colour:
1285 label.select_gap_colour = Select gap colour
1286 label.select_hidden_colour = Select hidden colour
1287 label.overview = Overview
1288 label.reset_to_defaults = Reset to defaults
1289 label.oview_calc = Recalculating overview...
1290 label.feature_details = Feature details
1291 label.matchCondition_contains = Contains
1292 label.matchCondition_notcontains = Does not contain
1293 label.matchCondition_matches = Matches
1294 label.matchCondition_notmatches = Does not match
1295 label.matchCondition_present = Is present
1296 label.matchCondition_notpresent = Is not present
1297 label.matchCondition_eq = =
1298 label.matchCondition_ne = not =
1299 label.matchCondition_lt = <
1300 label.matchCondition_le = <=
1301 label.matchCondition_gt = >
1302 label.matchCondition_ge = >=
1303 label.numeric_required = The value should be numeric
1304 label.filter = Filter
1305 label.filters = Filters
1306 label.join_conditions = Join conditions with
1307 label.delete_condition = Delete this condition
1308 label.score = Score
1309 label.colour_by_label = Colour by label
1310 label.variable_colour = Variable colour...
1311 label.select_colour_for = Select colour for {0}
1312 option.enable_disable_autosearch = When ticked, search is performed automatically
1313 option.autosearch = Autosearch
1314 label.retrieve_ids = Retrieve IDs
1315 label.display_settings_for = Display settings for {0} features
1316 label.simple_colour = Simple Colour
1317 label.colour_by_text = Colour by text
1318 label.graduated_colour = Graduated Colour
1319 label.by_text_of = By text of
1320 label.by_range_of = By range of
1321 label.or = Or
1322 label.and = And
1323 label.sequence_feature_colours = Sequence Feature Colours
1324 label.best_quality = Best Quality
1325 label.best_resolution = Best Resolution
1326 label.most_protein_chain = Most Protein Chain
1327 label.most_bound_molecules = Most Bound Molecules
1328 label.most_polymer_residues = Most Polymer Residues
1329 label.cached_structures = Cached Structures
1330 label.free_text_search = Free Text Search
1331 label.annotation_name = Annotation Name
1332 label.annotation_description = Annotation Description 
1333 label.edit_annotation_name_description = Edit Annotation Name/Description
1334 label.alignment = alignment
1335 label.pca = PCA
1336 label.create_image_of = Create {0} image of {1}
1337 label.click_to_edit = Click to edit, right-click for menu
1338 label.backupfiles_confirm_delete = Confirm delete
1339 label.backupfiles_confirm_delete_old_files = Delete the following older backup files? (see the Backups tab in Preferences for more options)
1340 label.backupfiles_confirm_save_file = Confirm save file
1341 label.backupfiles_confirm_save_file_backupfiles_roll_wrong = Something possibly went wrong with the backups of this file.
1342 label.backupfiles_confirm_save_new_saved_file_ok = The new saved file seems okay.
1343 label.backupfiles_confirm_save_new_saved_file_not_ok = The new saved file might not be okay.
1344 label.continue_operation = Continue operation?
1345 label.continue = Continue
1346 label.backups = Backups
1347 label.backup = Backup
1348 label.backup_files = Backup Files
1349 label.enable_backupfiles = Enable backup files
1350 label.backup_filename_strategy = Backup filename strategy
1351 label.append_to_filename = Append to filename (%n is replaced by the backup number)
1352 label.append_to_filename_tooltip = %n in the text will be replaced by the backup number. The text will appear after the filename. See the summary box above.
1353 label.index_digits = Number of digits to use for the backup number (%n)
1354 label.scheme_examples = Scheme examples
1355 label.increment_index = Increase appended text numbers - newest file has largest number.
1356 label.reverse_roll = "Roll" appended text numbers - newest backup file is always number 1.
1357 label.keep_files = Deleting old backup files
1358 label.keep_all_backup_files = Do not delete old backup files
1359 label.keep_only_this_number_of_backup_files = Keep only this number of most recent backup files
1360 label.autodelete_old_backup_files = Auto-delete old backup files:
1361 label.always_ask = Always ask
1362 label.auto_delete = Automatically delete
1363 label.filename = filename
1364 label.braced_oldest = (oldest)
1365 label.braced_newest = (most recent)
1366 label.configuration = Configuration
1367 label.configure_feature_tooltip = Click to configure variable colour or filters
1368 label.schemes = Schemes
1369 label.customise = Customise
1370 label.custom = Custom
1371 label.default = Default
1372 label.single_file = Single backup
1373 label.keep_all_versions = Keep all versions
1374 label.rolled_backups = Rolled backup files
1375 label.customise_description = Select Customise, make changes, and click on OK to save your own custom scheme
1376 label.custom_description = Your own saved scheme
1377 label.default_description = Keep the last three versions of the file
1378 label.single_file_description = Keep the last version of the file
1379 label.keep_all_versions_description = Keep all previous versions of the file
1380 label.rolled_backups_description = Keep the last nine versions of the file from _bak.1 (newest) to _bak.9 (oldest)
1381 label.cancel_changes_description = Cancel changes made to your last saved Custom scheme
1382 label.no_backup_files = NO BACKUP FILES
1383 label.include_backup_files = Include backup files
1384 label.cancel_changes = Cancel changes
1385 label.warning_confirm_change_reverse = Warning!\nIf you change the increment/decrement of the backup filename number, without changing the suffix or number of digits,\nthis may cause loss of backup files created with the previous backup filename scheme.\nAre you sure you wish to do this?
1386 label.change_increment_decrement = Change increment/decrement?
1387 label.newerdelete_replacement_line = Backup file\n''{0}''\t(modified {2}, size {4})\nis to be deleted and replaced by apparently older file\n''{1}''\t(modified {3}, size {5}).
1388 label.confirm_deletion_or_rename = Confirm deletion of ''{0}'' or rename to ''{1}''?
1389 label.newerdelete_line = Backup file\n''{0}''\t(modified {2}, size {4})\nis to be deleted but is newer than the oldest remaining backup file\n''{1}''\t(modified {3}, size {5}).
1390 label.confirm_deletion = Confirm deletion of ''{0}''?
1391 label.delete = Delete
1392 label.rename = Rename
1393 label.keep = Keep
1394 label.file_info = (modified {0}, size {1})
1395 label.annotation_name = Annotation Name
1396 label.annotation_description = Annotation Description 
1397 label.edit_annotation_name_description = Edit Annotation Name/Description
1398 label.alignment = alignment
1399 label.pca = PCA
1400 label.create_image_of = Create {0} image of {1}
1401 label.click_to_edit = Click to edit, right-click for menu
1402 label.by_annotation_tooltip = Annotation Colour is configured from the main Colour menu
1403 label.show_linked_features = Show {0} features
1404 label.on_top = on top
1405 label.include_linked_features = Include {0} features
1406 label.include_linked_tooltip = Include visible {0} features<br>converted to local sequence coordinates
1407 label.features_not_shown = {0} feature(s) not shown
1408 label.no_features_to_sort_by = No features to sort by
1409 label.ignore_hidden = Ignore hidden columns
1410 label.ignore_hidden_tooltip = Ignore any characters in hidden columns when matching
1411 label.log_level = Log level
1412 label.log_level_tooltip = Temporarily set the log level for this console. The log level will revert to {0} when this Java console is closed.
1413 label.copy_to_clipboard = Copy to clipboard
1414 label.copy_to_clipboard_tooltip = Copy all of the log text in this console to the system clipboard
1415 label.startup = Startup
1416 label.memory = Memory
1417 label.customise_memory_settings = Customise maximum memory settings
1418 label.memory_setting_text = New memory settings will only come into effect the next time you start Jalview
1419 label.maximum_memory_used = Maximum memory limited to both
1420 label.percent_of_physical_memory = Maximum percent of physical memory
1421 label.maximum_memory = Maximum absolute memory
1422 label.maximum_memory_tooltip = Enter memory as an integer number optionally followed by 'b', 'k', 'm', 'g' or 't'
1423 label.adjustments_for_this_computer = Adjustments for this computer
1424 label.memory_example_text = Maximum memory that would be used with these settings on this computer
1425 label.memory_example_tooltip = The memory allocated to Jalview is the smaller of the percentage of physical memory (default 90%) and the maximum absolute memory (default 32GB). If your computer's memory cannot be ascertained then the maximum absolute memory defaults to 8GB (if not customised).<br>Jalview will always try and reserve 512MB for the OS and at least 512MB for itself.
1426 warning.wrong_jvm_version_title = Wrong Java Version
1427 warning.wrong_jvm_version_message = The Java version being used (Java {0}) may lead to problems.\nThis installation of Jalview should be used with Java {1}.