Parsing moved to (new) ScoreMatrixFile, drag and drop to alignment now
[jalview.git] / resources / lang / Messages.properties
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2 action.reset_services = Reset Services
3 action.merge_results = Merge Results
4 action.load_scheme = Load scheme
5 action.save_scheme = Save scheme
6 action.save_image = Save Image
7 action.paste = Paste
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9 action.print = Print...
10 action.web_service = Web Service
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81 action.calculate_tree = Calculate Tree...
82 action.help = Help
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84 action.invert_sequence_selection = Invert Sequence Selection
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117 action.add = Add
118 action.save_as_default = Save as default
119 action.save_as = Save as...
120 action.save = Save
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179 label.score_model_conservation = Physicochemical property conservation
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181 label.status_bar = Status bar
182 label.out_to_textbox = Output to Textbox
183 # delete Clustal - use FileFormat name instead
184 label.clustal = Clustal
185 # label.colourScheme_<schemeName> as in JalviewColourScheme
186 label.colourScheme_clustal = Clustalx
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215 label.add_reference_annotations = Add reference annotations
216 label.find_tip = Search alignment, selection or sequence ids for a subsequence (ignoring gaps).<br>Accepts regular expressions - search Help for 'regex' for details.
217 label.colour_text = Colour Text
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265 label.chimera_path_tip = Jalview will first try any path entered here, else standard installation locations.<br>Double-click to browse for file.
266 label.invalid_chimera_path = Chimera path not found or not executable
267 label.chimera_missing = Chimera structure viewer not found.<br/>Please enter the path to Chimera (if installed),<br/>or download and install UCSF Chimera.
268 label.chimera_failed = Error opening Chimera - is it installed?\nCheck path in Preferences, Structure
269 label.min_colour = Minimum Colour
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310 label.order_by_params = Order by {0}
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312 label.paste_pdb_file= Paste your PDB file here.
313 label.paste_pdb_file_for_sequence = Paste PDB file for sequence {0}
314 label.could_not_parse_newick_file  = Could not parse Newick file\!\n {0}
315 label.successfully_pasted_tcoffee_scores_to_alignment= Successfully pasted T-Coffee scores to alignment.
316 label.failed_add_tcoffee_scores = Failed to add T-Coffee scores: 
317 label.successfully_pasted_annotation_to_alignment= Successfully pasted annotation to alignment.
318 label.couldnt_parse_pasted_text_as_valid_annotation_feature_GFF_tcoffee_file = Couldn't parse pasted text as a valid annotation, feature, GFF, or T-Coffee score file
319 label.successfully_pasted_alignment_file = Successfully pasted alignment file
320 label.paste_your_alignment_file = Paste your alignment file here
321 label.paste_your = Paste your
322 label.finished_searching = Finished searching
323 label.search_results= Search results {0} : {1}
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325 label.font = Font:
326 label.size = Size:
327 label.style = Style:
328 label.calculating = Calculating....
329 label.modify_conservation_visibility = Modify conservation visibility
330 label.colour_residues_above_occurrence = Colour residues above % occurrence
331 label.set_this_label_text = set this label text
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336 label.copied_sequences_to_clipboard = Copied {0} sequences to clipboard.
337 label.check_file_matches_sequence_ids_alignment = Check that the file matches sequence IDs in the alignment.
338 label.problem_reading_tcoffee_score_file = Problem reading T-COFFEE score file
339 label.source_to_target = {0} ... {1}
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347 label.channel_title_item_count = {0} ({1})
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349 label.select_das_service_from_table = Select a DAS service from the table to read a full description here.</font></html>
350 label.session_update = Session Update
351 label.new_vamsas_session = New Vamsas Session
352 action.load_vamsas_session = Load Vamsas Session...
353 action.save_vamsas_session = Save Vamsas Session
354 label.select_vamsas_session_opened_as_new_vamsas_session= Select a vamsas session to be opened as a new vamsas session.
355 label.open_saved_vamsas_session = Open a saved VAMSAS session
356 label.groovy_console = Groovy Console...
357 label.lineart = Lineart
358 label.dont_ask_me_again = Don't ask me again
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361 label.optimise_order = Optimise Order
362 label.seq_sort_by_score = Sequence sort by Score
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366 label.selected_database_to_fetch_from = Selected {0} database {1} to fetch from {2} 
367 label.database_param = Database: {0}
368 label.example = Example
369 label.example_param = Example: {0}
370 label.select_file_format_before_saving = You must select a file format before saving!
371 label.file_format_not_specified = File format not specified
372 label.couldnt_save_file = Couldn't save file: {0}
373 label.error_saving_file = Error Saving File
374 label.remove_from_default_list = Remove from default list?
375 label.remove_user_defined_colour = Remove user defined colour
376 label.you_must_select_least_two_sequences = You must select at least 2 sequences.
377 label.invalid_selection = Invalid Selection
378 label.principal_component_analysis_must_take_least_four_input_sequences = Principal component analysis must take\nat least 4 input sequences.
379 label.sequence_selection_insufficient = Sequence selection insufficient
380 label.you_need_more_two_sequences_selected_build_tree = You need to have more than two sequences selected to build a tree!
381 label.not_enough_sequences = Not enough sequences
382 label.selected_region_to_tree_may_only_contain_residues_or_gaps =  The selected region to create a tree may\nonly contain residues or gaps.\nTry using the Pad function in the edit menu,\nor one of the multiple sequence alignment web services.
383 label.sequences_selection_not_aligned = Sequences in selection are not aligned
384 label.sequences_must_be_aligned_before_creating_tree = The sequences must be aligned before creating a tree.\nTry using the Pad function in the edit menu,\n or one of the multiple sequence alignment web services.
385 label.sequences_not_aligned = Sequences not aligned
386 label.problem_reading_tree_file =  Problem reading tree file
387 label.possible_problem_with_tree_file = Possible problem with tree file
388 label.select_at_least_three_bases_in_at_least_one_sequence_to_cDNA_translation = Please select at least three bases in at least one sequence in order to perform a cDNA translation.
389 label.translation_failed = Translation Failed
390 label.error_when_translating_sequences_submit_bug_report = Unfortunately, something went wrong when translating your sequences.\nPlease take a look in the Jalview java console\nand submit a bug report including the stacktrace.
391 label.implementation_error  = Implementation error:
392 label.automatically_associate_structure_files_with_sequences_same_name = Do you want to automatically associate the {0} structure file(s) with sequences in the alignment that have the same name?
393 label.automatically_associate_structure_files_by_name = Automatically Associate Structure files by name
394 label.ignore_unmatched_dropped_files_info = <html>Do you want to <em>ignore</em> the {0} files whose names did not match any sequence IDs ?</html>
395 label.ignore_unmatched_dropped_files = Ignore unmatched dropped files?
396 label.view_name_original = Original
397 label.enter_view_name = Enter View Name
398 label.enter_label = Enter label
399 label.enter_label_for_the_structure = Enter a label for the structure
400 label.pdb_entry_is_already_displayed = {0} is already displayed.\nDo you want to re-use this viewer ?
401 label.map_sequences_to_visible_window = Map Sequences to Visible Window: {0}
402 label.add_pdbentry_to_view = Do you want to add {0} to the view called\n{1}\n
403 label.align_to_existing_structure_view = Align to existing structure view
404 label.pdb_entries_couldnt_be_retrieved = The following pdb entries could not be retrieved from the PDB\:\n{0}\nPlease retry, or try downloading them manually.
405 label.couldnt_load_file = Couldn't load file
406 label.couldnt_find_pdb_id_in_file = Couldn't find a PDB id in the file supplied. Please enter an Id to identify this structure.
407 label.no_pdb_id_in_file = No PDB Id in File
408 label.couldnt_read_pasted_text = Couldn't read the pasted text {0}
409 label.error_parsing_text = Error parsing text
410 label.enter_local_das_source = Enter Nickname & URL of Local DAS Source
411 label.you_can_only_edit_or_remove_local_das_sources = You can only edit or remove local DAS Sources!
412 label.public_das_source = Public DAS source - not editable
413 label.input_alignment_from_url = Input Alignment From URL
414 label.input_alignment = Input Alignment
415 label.couldnt_import_as_vamsas_session = Couldn't import {0} as a new vamsas session.
416 label.vamsas_document_import_failed = Vamsas Document Import Failed
417 label.couldnt_locate = Couldn't locate {0}
418 label.url_not_found = URL not found
419 label.new_sequence_url_link = New sequence URL link
420 label.cannot_edit_annotations_in_wrapped_view = Cannot edit annotations in wrapped view
421 label.wrapped_view_no_edit = Wrapped view - no edit
422 label.error_retrieving_data = Error Retrieving Data
423 label.user_colour_scheme_must_have_name = User colour scheme must have a name
424 label.no_name_colour_scheme = No name for colour scheme
425 label.invalid_url = Invalid URL !
426 label.error_loading_file = Error loading file
427 label.problems_opening_file = Encountered problems opening {0}!!
428 label.file_open_error = File open error
429 label.no_das_sources_selected_warn = No das sources were selected.\nPlease select some sources and\ntry again.
430 label.no_das_sources_selected_title = No DAS Sources Selected
431 label.colour_scheme_exists_overwrite = Colour scheme {0} exists.\nContinue saving colour scheme as {1}?"
432 label.duplicate_scheme_name = Duplicate scheme name
433 label.jalview_new_questionnaire = There is a new Questionnaire available. Would you like to complete it now ?\n
434 label.jalview_user_survey = Jalview User Survey
435 label.alignment_properties = Alignment Properties: {0}
436 label.alignment_props = Alignment Properties
437 label.input_cut_paste = Cut & Paste Input
438 label.input_cut_paste_params = Cut & Paste Input - {0}
439 label.alignment_output_command = Alignment output - {0}
440 label.annotations = Annotations
441 label.structure_options = Structure Options
442 label.features = Features
443 label.overview_params = Overview {0}
444 label.paste_newick_file = Paste Newick file
445 label.load_tree_from_file = From File - 
446 label.colour_by_annotation = Colour by Annotation
447 label.selection_output_command = Selection output - {0}
448 label.annotation_for_displayid = <p><h2>Annotation for {0} </h2></p><p>
449 label.pdb_sequence_mapping = PDB - Sequence Mapping
450 label.pca_details = PCA details
451 label.redundancy_threshold_selection = Redundancy threshold selection
452 label.user_defined_colours = User defined colours
453 label.jalviewLite_release = JalviewLite - Release {0}
454 label.jaview_build_date = Build date: {0}
455 label.jalview_authors_1 = Authors: Jim Procter, Andrew Waterhouse, Mungo Carstairs, Tochukwu Ofoegbu, Lauren Lui, Jan Engelhardt,
456 label.jalview_authors_2 = Natasha Sherstnev, Daniel Barton, Michele Clamp, James Cuff, Steve Searle, David Martin & Geoff Barton.
457 label.jalview_dev_managers = Development managed by The Barton Group, University of Dundee, Scotland, UK.
458 label.jalview_distribution_lists = For help, see the FAQ at www.jalview.org and/or join the jalview-discuss@jalview.org mailing list
459 label.jalview_please_cite = If  you use Jalview, please cite:
460 label.jalview_cite_1_authors = Waterhouse, A.M., Procter, J.B., Martin, D.M.A, Clamp, M. and Barton, G. J. (2009)
461 label.jalview_cite_1_title = Jalview Version 2 - a multiple sequence alignment editor and analysis workbench
462 label.jalview_cite_1_ref = Bioinformatics doi: 10.1093/bioinformatics/btp033
463 label.right_click = Right click
464 label.to_add_annotation = to add annotation
465 label.alignment_has_no_annotations = Alignment has no annotations
466 label.retrieving_pdb_data = Retrieving PDB data...
467 label.label = Label
468 label.no_features_added_to_this_alignment = No Features added to this alignment!!
469 label.features_can_be_added_from_searches_1 = (Features can be added from searches or
470 label.features_can_be_added_from_searches_2 = from Jalview / GFF features files)
471 label.calculating_pca= Calculating PCA
472 label.jalview_cannot_open_file = Jalview can't open file
473 label.jalview_applet = Jalview applet
474 label.loading_data = Loading data
475 label.memory_stats = Total Free Memory: {0} MB; Max Memory: {1} MB; {2} %
476 label.calculating_tree = Calculating tree
477 label.state_queueing = queuing
478 label.state_running = running
479 label.state_completed = finished
480 label.state_job_cancelled = job cancelled!!
481 label.state_job_error = job error!
482 label.server_error_try_later = Server Error! (try later)
483 label.error_loading_pdb_data = Error loading PDB data!!
484 label.fetching_pdb_data = Fetching PDB data...
485 label.structure_type = Structure type
486 label.settings_for_type = Settings for {0}
487 label.view_full_application = View in Full Application
488 label.load_associated_tree = Load Associated Tree...
489 label.load_features_annotations = Load Features/Annotations...
490 label.export_features = Export Features...
491 label.export_annotations = Export Annotations...
492 label.to_upper_case = To Upper Case
493 label.to_lower_case = To Lower Case
494 label.toggle_case = Toggle Case
495 label.edit_name_description = Edit Name/Description...
496 label.create_sequence_feature = Create Sequence Feature...
497 label.edit_sequence = Edit Sequence
498 label.edit_sequences = Edit Sequences
499 label.sequence_details = Sequence Details
500 label.jmol_help = Jmol Help
501 label.chimera_help = Chimera Help
502 label.close_viewer = Close Viewer
503 label.confirm_close_chimera = This will close Jalview''s connection to {0}.<br>Do you want to close the Chimera window as well?
504 label.all = All
505 label.sort_by = Sort alignment by
506 label.sort_by_score = Sort by Score
507 label.sort_by_density = Sort by Density
508 label.sequence_sort_by_density = Sequence sort by Density
509 label.sort_ann_by = Sort annotations by
510 label.sort_annotations_by_sequence = Sort by sequence
511 label.sort_annotations_by_label = Sort by label
512 label.reveal = Reveal
513 label.hide_columns = Hide Columns
514 label.load_jalview_annotations = Load Jalview Annotations or Features File
515 label.load_tree_file = Load a tree file
516 label.retrieve_parse_sequence_database_records_alignment_or_selected_sequences = Retrieve and parse sequence database records for the alignment or the currently selected sequences
517 label.standard_databases = Standard Databases
518 label.fetch_embl_uniprot = Fetch from EMBL/EMBLCDS or Uniprot/PDB and any selected DAS sources
519 label.reset_min_max_colours_to_defaults = Reset min and max colours to defaults from user preferences.
520 label.align_structures_using_linked_alignment_views = Align structures using {0} linked alignment views
521 label.connect_to_session = Connect to session {0}
522 label.threshold_feature_display_by_score = Threshold the feature display by score.
523 label.threshold_feature_no_threshold = No Threshold
524 label.threshold_feature_above_threshold = Above Threshold
525 label.threshold_feature_below_threshold = Below Threshold
526 label.adjust_threshold = Adjust threshold
527 label.toggle_absolute_relative_display_threshold = Toggle between absolute and relative display threshold.
528 label.display_features_same_type_different_label_using_different_colour = Display features of the same type with a different label using a different colour. (e.g. domain features)
529 label.select_colour_minimum_value = Select Colour for Minimum Value
530 label.select_colour_maximum_value = Select Colour for Maximum Value
531 label.open_url_param = Open URL {0}
532 label.open_url_seqs_param = Open URL ({0}..) ({1} seqs)
533 label.load_pdb_file_associate_with_sequence = Load a PDB file and associate it with sequence {0}
534 label.reveal_hidden_columns = Reveal Hidden Columns with Right Mouse Button
535 label.dark_colour = Dark Colour
536 label.light_colour = Light Colour
537 label.highlightnode = Left click to select leaves.<br>Double-click to invert leaves.<br>Right click to change colour.
538 label.load_colour_scheme = Load colour scheme
539 label.copy_format_from = Copy format from
540 label.toggle_enabled_views = When enabled, allows many views to be selected.
541 label.select_all_views = Select all views
542 label.select_many_views = Select many views
543 label.edit_notes_parameter_set = Click to edit the notes for this parameter set.
544 label.open_local_file = Open local file
545 label.enable_automatically_sort_alignment_when_open_new_tree = Enable this to automatically sort<br>the alignment when you open<br> a new tree.
546 label.listen_for_selections = Listen for selections
547 label.selections_mirror_selections_made_same_sequences_other_views = When selected, selections in this view will mirror<br>selections made on the same sequences in other views.
548 label.toggle_sequence_visibility = Shift+H toggles sequence visiblity
549 label.toggle_columns_visibility = Ctrl+H toggles column visiblity.
550 label.toggles_visibility_hidden_selected_regions = H toggles visibility of hidden or selected regions
551 label.rename_tab_eXpand_reGroup=  Right-click to rename tab <br> Press X to eXpand tabs, G to reGroup.
552 label.right_align_sequence_id = Right Align Sequence Id
553 label.sequence_id_tooltip = Sequence ID Tooltip
554 label.no_services = <No Services>
555 label.select_copy_raw_html = Select this if you want to copy raw html
556 label.share_data_vamsas_applications = Share data with other vamsas applications
557 label.connect_to = Connect to
558 label.join_existing_vamsas_session = Join an existing vamsas session
559 label.from_url = from URL
560 label.any_trees_calculated_or_loaded_alignment_automatically_sort = When selected, any trees calculated or loaded onto the alignment will automatically sort the alignment
561 label.sort_with_new_tree = Sort With New Tree
562 label.from_textbox = from Textbox
563 label.window = Window
564 label.preferences = Preferences
565 label.tools = Tools
566 label.fetch_sequences = Fetch Sequences
567 action.fetch_sequences = Fetch Sequences...
568 label.stop_vamsas_session = Stop Vamsas Session
569 label.collect_garbage = Collect Garbage
570 label.show_memory_usage = Show Memory Usage
571 label.show_java_console = Show Java Console
572 label.show_jalview_news = Show Jalview News
573 label.take_snapshot = Take snapshot
574 label.monospaced_fonts_faster_to_render = Monospaced fonts are faster to render
575 label.anti_alias_fonts = Anti-alias Fonts (Slower to render)
576 label.monospaced_font= Monospaced
577 label.quality = Quality
578 label.maximize_window = Maximize Window
579 label.conservation = Conservation
580 label.consensus = Consensus
581 label.histogram = Histogram
582 label.logo = Logo
583 label.non_positional_features = List Non-positional Features
584 label.database_references = List Database References
585 #label.share_selection_across_views = Share selection across views
586 #label.scroll_highlighted_regions = Scroll to highlighted regions
587 label.gap_symbol = Gap Symbol
588 label.prot_alignment_colour = Protein Alignment Colour
589 label.nuc_alignment_colour = Nucleotide Alignment Colour
590 label.address = Address
591 label.port = Port
592 label.default_browser_unix = Default Browser (Unix)
593 label.send_usage_statistics = Send usage statistics
594 label.check_for_questionnaires = Check for questionnaires
595 label.check_for_latest_version = Check for latest version
596 label.url_linkfrom_sequence_id = URL link from Sequence ID
597 label.use_proxy_server = Use a proxy server
598 label.eps_rendering_style = EPS rendering style
599 label.append_start_end = Append /start-end (/15-380)
600 label.full_sequence_id = Full Sequence Id
601 label.smooth_font = Smooth Font
602 label.autocalculate_consensus = AutoCalculate Consensus
603 label.pad_gaps = Pad Gaps
604 label.pad_gaps_when_editing = Pad Gaps When Editing
605 label.automatically_set_id_width = Automatically set ID width
606 label.figure_id_column_width = Figure ID column width
607 label.use_modeller_output = Use Modeller Output
608 label.wrap_alignment = Wrap Alignment
609 label.right_align_ids = Right Align Ids
610 label.sequence_name_italics = Italic Sequence Ids
611 label.open_overview = Open Overview
612 label.default_colour_scheme_for_alignment = Default Colour Scheme for alignment
613 label.annotation_shading_default = Annotation Shading Default
614 label.default_minimum_colour_annotation_shading = Default Minimum Colour for annotation shading
615 label.default_maximum_colour_annotation_shading = Default Maximum Colour for annotation shading
616 label.visual = Visual
617 label.connections = Connections
618 label.output = Output
619 label.editing = Editing
620 label.das_settings = DAS Settings
621 label.web_services = Web Services
622 label.right_click_to_edit_currently_selected_parameter = Right click to edit currently selected parameter.
623 label.let_jmol_manage_structure_colours = Let Jmol manage structure colours
624 label.let_chimera_manage_structure_colours = Let Chimera manage structure colours
625 label.marks_leaves_tree_not_associated_with_sequence = Marks leaves of tree not associated with a sequence
626 label.index_web_services_menu_by_host_site = Index web services in menu by the host site
627 label.option_want_informed_web_service_URL_cannot_be_accessed_jalview_when_starts_up = Check this option if you want to be informed<br>when a web service URL cannot be accessed by Jalview<br>when it starts up
628 label.new_service_url = New Service URL
629 label.edit_service_url = Edit Service URL
630 label.delete_service_url = Delete Service URL
631 label.details = Details
632 label.options = Options
633 label.parameters = Parameters
634 label.available_das_sources = Available DAS Sources
635 label.full_details = Full Details
636 label.authority = Authority
637 label.type = Type
638 label.proxy_server = Proxy Server
639 label.file_output = File Output
640 label.select_input_type = Select input type
641 label.set_options_for_type = Set options for type
642 label.data_input_parameters = Data input parameters
643 label.data_returned_by_service = Data returned by service
644 label.rsbs_encoded_service = RSBS Encoded Service
645 label.parsing_errors = Parsing errors
646 label.simple_bioinformatics_rest_services = Simple Bioinformatics Rest Services
647 label.web_service_discovery_urls = Web Service Discovery URLS
648 label.input_parameter_name = Input Parameter name
649 label.short_descriptive_name_for_service = Short descriptive name for service
650 label.function_service_performs = What kind of function the service performs (e.g. alignment, analysis, search, etc).
651 label.brief_description_service = Brief description of service
652 label.url_post_data_service = URL to post data to service. Include any special parameters needed here
653 label.optional_suffix = Optional suffix added to URL when retrieving results from service
654 label.preferred_gap_character = Which gap character does this service prefer?
655 label.gap_character = Gap character
656 label.move_return_type_up_order= Move return type up order
657 label.move_return_type_down_order= Move return type down order
658 label.update_user_parameter_set = Update this existing user parameter set
659 label.delete_user_parameter_set = Delete the currently selected user parameter set
660 label.create_user_parameter_set = Create a new parameter set with the current settings.
661 label.revert_changes_user_parameter_set = Undo all changes to the current parameter set
662 label.start_job_current_settings = Start Job with current settings
663 label.cancel_job_close_dialog = Close this dialog and cancel job
664 label.input_output = Input/Output
665 label.cut_paste = Cut'n'Paste
666 label.adjusting_parameters_for_calculation = Adjusting parameters for existing Calculation
667 label.2d_rna_structure_line = 2D RNA {0} (alignment)
668 label.2d_rna_sequence_name = 2D RNA - {0}
669 label.edit_name_and_description_current_group = Edit name and description of current group
670 label.from_file = From File
671 label.enter_pdb_id = Enter PDB Id (or pdbid:chaincode)
672 label.text_colour = Text Colour
673 action.set_text_colour = Text Colour...
674 label.structure = Structure
675 label.show_pdbstruct_dialog = 3D Structure Data...
676 label.view_rna_structure = VARNA 2D Structure
677 label.create_sequence_details_report_annotation_for = Annotation for {0}
678 label.sequence_details_for = Sequence Details for {0}
679 label.sequence_name = Sequence Name
680 label.sequence_description = Sequence Description
681 label.edit_sequence_name_description = Edit Sequence Name/Description
682 label.spaces_converted_to_backslashes = Spaces have been converted to _
683 label.no_spaces_allowed_sequence_name = No spaces allowed in Sequence Name
684 label.select_outline_colour = Select Outline Colour
685 label.web_browser_not_found_unix = Unixers\: Couldn't find default web browser.\nAdd the full path to your browser in Preferences."
686 label.web_browser_not_found = Web browser not found
687 label.select_pdb_file_for = Select a PDB file for {0}
688 label.html = HTML
689 label.wrap = Wrap
690 label.show_database_refs = Show Database Refs
691 label.show_non_positional_features = Show Non-Positional Features
692 label.save_png_image = Save As PNG Image
693 label.load_tree_for_sequence_set = Load a tree for this sequence set
694 label.export_image = Export Image
695 label.vamsas_store = VAMSAS store
696 label.translate_cDNA = Translate as cDNA
697 label.reverse = Reverse
698 label.reverse_complement = Reverse Complement
699 label.linked_view_title = Linked CDS and protein view
700 label.extract_scores = Extract Scores
701 label.get_cross_refs = Get Cross-References
702 label.sort_alignment_new_tree = Sort Alignment With New Tree
703 label.add_sequences = Add Sequences
704 label.new_window = New Window
705 label.split_window = Split Window
706 label.refresh_available_sources = Refresh Available Sources
707 label.use_registry = Use Registry
708 label.add_local_source = Add Local Source
709 label.set_as_default = Set as Default
710 label.show_labels = Show labels
711 action.background_colour = Background Colour...
712 label.associate_nodes_with = Associate Nodes With
713 label.jalview_pca_calculation = Jalview PCA Calculation
714 label.link_name = Link Name
715 label.pdb_file = PDB file
716 label.colour_with_jmol = Colour with Jmol
717 label.colour_with_chimera = Colour with Chimera
718 label.align_structures = Align Structures
719 label.jmol = Jmol
720 label.chimera = Chimera
721 label.sort_alignment_by_tree = Sort Alignment By Tree
722 label.mark_unlinked_leaves = Mark Unlinked Leaves
723 label.associate_leaves_with = Associate Leaves With
724 label.save_colour_scheme_with_unique_name_added_to_colour_menu = Save your colour scheme with a unique name and it will be added to the Colour menu
725 label.case_sensitive = Case Sensitive
726 label.lower_case_colour = Colour All Lower Case
727 label.lower_case_tip = Chosen colour applies to all lower case symbols
728 label.index_by_host = Index by Host
729 label.index_by_type = Index by Type
730 label.enable_jabaws_services = Enable JABAWS Services
731 label.display_warnings = Display Warnings
732 label.move_url_up = Move URL Up
733 label.move_url_down = Move URL Down
734 label.add_sbrs_definition = Add a SBRS Definition
735 label.edit_sbrs_definition = Edit SBRS Definition
736 label.delete_sbrs_definition = Delete SBRS Definition
737 label.your_sequences_have_been_verified = Your sequences have been verified against known sequence databases.\n(Use Calculate | Show flanking regions to show enclosing sequence.)\nTo preserve data changes, save your alignment.\n\n
738 label.sequences_updated = Sequences updated
739 label.dbref_search_completed = DBRef search completed
740 label.show_all_chains = Show all chains
741 label.fetch_all_param = Fetch all {0}
742 label.paste_new_window = Paste To New Window
743 label.settings_for_param = Settings for {0}
744 label.view_params = View {0}
745 label.aacon_calculations = AACon Calculations
746 label.aacon_settings = Change AACon Settings...
747 tooltip.aacon_calculations = When checked, AACon calculations are updated automatically.
748 tooltip.aacon_settings = Modify settings for AACon calculations.
749 label.rnalifold_calculations = RNAAliFold Prediction
750 label.rnalifold_settings = Change RNAAliFold settings...
751 tooltip.rnalifold_calculations = When checked, RNA secondary structure predictions will be calculated for the alignment, and updated when edits are made.
752 tooltip.rnalifold_settings = Modify settings for the RNAAliFold prediction. Use this to hide or show different results of the RNA calculation, and change RNA folding parameters.
753 label.all_views = All Views
754 label.align_sequences_to_existing_alignment = Align sequences to an existing alignment
755 label.realign_with_params = Realign with {0}
756 label.calcname_with_default_settings = {0} with Defaults
757 label.action_with_default_settings = {0} with default settings
758 label.edit_settings_and_run = Edit settings and run...
759 label.view_and_change_parameters_before_alignment = View and change the parameters before alignment
760 label.run_with_preset_params = Run {0} with preset
761 label.view_and_change_parameters_before_running_calculation = View and change parameters before running calculation
762 label.view_documentation = View documentation
763 label.select_return_type = Select return type
764 label.translation_of_params = Translation of {0}
765 label.features_for_params = Features for - {0}
766 label.annotations_for_params = Annotations for - {0}
767 label.generating_features_for_params = Generating features for - {0}
768 label.generating_annotations_for_params = Generating annotations for - {0}
769 label.varna_params = VARNA - {0}
770 label.sequence_feature_settings = Sequence Feature Settings
771 label.pairwise_aligned_sequences = Pairwise Aligned Sequences
772 label.original_data_for_params = Original Data for {0}
773 label.points_for_params = Points for {0}
774 label.transformed_points_for_params = Transformed points for {0}
775 label.graduated_color_for_params = Graduated Feature Colour for {0}
776 label.select_background_colour = Select Background Colour
777 label.invalid_font = Invalid Font
778 label.separate_multiple_accession_ids = Enter one or more accession IDs separated by a semi-colon ";"
779 label.separate_multiple_query_values = Enter one or more {0}s separated by a semi-colon ";"
780 label.search_all = Enter one or more search values separated by a semi-colon ";" (Note: This searches the entire database)
781 label.replace_commas_semicolons = Replace commas with semi-colons
782 label.parsing_failed_syntax_errors_shown_below_param = Parsing failed. Syntax errors shown below {0}
783 label.parsing_failed_unrecoverable_exception_thrown_param = \nParsing failed. An unrecoverable exception was thrown\:\n {0}
784 label.example_query_param = Example query: {0}
785 label.enter_value_increase_conservation_visibility = Enter value to increase conservation visibility
786 label.enter_percentage_identity_above_which_colour_residues = Enter % identity above which to colour residues
787 label.wswublast_client_credits = To display sequence features an exact Uniprot id with 100% sequence identity match must be entered.\nIn order to display these features, try changing the names of your sequences to the ids suggested below.\n\nRunning WSWUBlast at EBI.\nPlease quote Pillai S., Silventoinen V., Kallio K., Senger M., Sobhany S., Tate J., Velankar S., Golovin A., Henrick K., Rice P., Stoehr P., Lopez R.\nSOAP-based services provided by the European Bioinformatics Institute.\nNucleic Acids Res. 33(1)\:W25-W28 (2005));
788 label.blasting_for_unidentified_sequence = BLASTing for unidentified sequences
789 label.select_columns_containing = Select columns containing
790 label.select_columns_not_containing = Select columns that do not contain
791 label.hide_columns_containing = Hide columns containing
792 label.hide_columns_not_containing = Hide columns that do not contain
793 option.trim_retrieved_seqs = Trim retrieved sequences
794 label.trim_retrieved_sequences = When the reference sequence is longer than the sequence that you are working with, only keep the relevant subsequences.
795 label.use_sequence_id_1 = Use $DB_ACCESSION$ or $DB_ACCESSION=/<regex>/=$
796 label.use_sequence_id_2 = to embed accession id in URL
797 label.use_sequence_id_3 = Use $SEQUENCE_ID$ similarly to embed sequence id
798 label.use_sequence_id_4 = 
799 label.ws_parameters_for = Parameters for {0}
800 label.switch_server = Switch server
801 label.choose_jabaws_server = Choose a server for running this service
802 label.services_at = Services at {0}
803 label.rest_client_submit = {0} using {1}
804 label.fetch_retrieve_from =Retrieve from {0}</html>
805 label.fetch_retrieve_from_all_sources = Retrieve from all {0} sources in {1}<br>First is :{2}<html> 
806 label.feature_settings_click_drag = Drag up or down to change render order.<br/>Double click to select columns containing feature.
807 label.transparency_tip = Adjust transparency to 'see through' feature colours.
808 label.opt_and_params_further_details = see further details by right-clicking
809 label.opt_and_params_show_brief_desc_image_link = <html>Click to show brief description<br><img src="{0}"/> Right click for further information.</html> 
810 label.opt_and_params_show_brief_desc = <html>Click to show brief description<br></html>
811 label.adjusts_width_generated_eps_png = <html>Adjusts the width of the generated EPS or PNG file to ensure even the longest sequence ID or annotation label is displayed</html>
812 label.manually_specify_width_left_column = <html>Manually specify the width of the left hand column where sequence IDs and annotation labels will be rendered in exported alignment figures. This setting will be ignored if 'Automatically set ID width' is set</html>
813 label.job_created_when_checked = <html>When checked, a job is created for every sequence in the current selection.</html>
814 label.when_checked_job_visible_region_and_results = <html>When checked, a single job is created for the visible region and results mapped back onto their location in the alignment. Otherwise, a job would be created for every contiguous region visible in the alignment or current selection (e.g. a multiple alignment).</html>
815 label.flat_file_representation = <html>Flat file representation of this rest service using the Really Simple Bioinformatics Service formalism</html>
816 label.result_of_parsing_rsbs = <html>Results of parsing the RSBS representation</html>
817 label.user_preset = User Preset
818 label.service_preset = Service Preset
819 label.run_with_preset = Run {0} with preset
820 label.view_service_doc_url = <html>View <a href="{0}">{1}</a></html>
821 action.by_title_param = By {0}
822 label.source_from_db_source = Sources from {0}
823 label.from_msname = from {0}
824 label.superpose_with = Superpose with
825 label.scale_label_to_column = Scale Label to Column
826 label.add_new_row = Add New Row
827 label.edit_label_description = Edit Label/Description
828 label.hide_row = Hide This Row
829 label.delete_row = Delete This Row
830 label.show_all_hidden_rows = Show All Hidden Rows
831 label.export_annotation = Export Annotation
832 label.copy_consensus_sequence = Copy Consensus Sequence
833 label.helix = Helix
834 label.sheet = Sheet
835 label.rna_helix = RNA Helix
836 label.remove_annotation = Remove Annotation
837 label.colour_by = Colour by...
838 label.muscle_multiple_protein_sequence_alignment = Muscle Multiple Protein Sequence Alignment
839 label.mafft_multiple_sequence_alignment = MAFFT Multiple Sequence Alignment
840 label.clustalw_multiple_sequence_alignment = ClustalW Multiple Sequence Alignment
841 label.jnet_secondary_structure_prediction = JPred Secondary Structure Prediction
842 label.multiharmony = Multi-Harmony
843 label.unable_start_web_service_analysis = Unable to start web service analysis
844 label.job_couldnt_be_started_check_input = The Job couldn't be started. Please check your input, and the Jalview console for any warning messages.
845 label.prompt_each_time = Prompt each time
846 label.use_source = Use Source
847 label.couldnt_save_project = Couldn't save project
848 label.error_whilst_saving_current_state_to = Error whilst saving current state to {0}
849 label.error_whilst_loading_project_from = Error whilst loading project from {0}
850 label.couldnt_load_project = Couldn't load project
851 label.pca_sequences_not_aligned = The sequences must be aligned before calculating PCA.\nTry using the Pad function in the edit menu,\nor one of the multiple sequence alignment web services.
852 label.invalid_name_preset_exists = Invalid name - preset already exists.
853 label.invalid_name = Invalid name
854 label.set_proxy_settings = Please set up your proxy settings in the 'Connections' tab of the Preferences window
855 label.proxy_authorization_failed = Proxy Authorization Failed
856 label.internal_jalview_error = Internal Jalview Error
857 label.secondary_structure_prediction_service_couldnt_be_located = The Secondary Structure Prediction Service named {0} at {1} couldn't be located.
858 label.service_called_is_not_msa_service = The Service called \n{0}\nis not a \nMultiple Sequence Alignment Service\!
859 label.msa_service_is_unknown = The Multiple Sequence Alignment Service named {0} is unknown
860 label.service_called_is_not_seq_search_service = The Service called \n{0}\nis not a \nSequence Search Service\!
861 label.seq_search_service_is_unknown = The Sequence Search Service named {0} is unknown
862 label.feature_type = Feature Type
863 label.display = Display
864 label.service_url = Service URL
865 label.copied_sequences = Copied sequences
866 label.cut_sequences = Cut Sequences
867 label.conservation_colour_increment = Conservation Colour Increment ({0})
868 label.percentage_identity_threshold = Percentage Identity Threshold ({0})
869 label.error_unsupported_owwner_user_colour_scheme = Unsupported owner for User Colour scheme dialog
870 label.save_alignment_to_file = Save Alignment to file
871 label.save_features_to_file = Save Features to File
872 label.save_annotation_to_file = Save Annotation to File
873 label.no_features_on_alignment = No features found on alignment
874 label.save_pdb_file = Save PDB File
875 label.save_text_to_file = Save Text to File
876 label.save_state = Save State
877 label.restore_state = Restore State
878 label.saving_jalview_project = Saving jalview project {0}
879 label.loading_jalview_project = Loading jalview project {0}
880 label.save_vamsas_document_archive = Save Vamsas Document Archive
881 label.saving_vamsas_doc = Saving VAMSAS Document to {0}
882 label.load_feature_colours = Load Feature Colours
883 label.save_feature_colours = Save Feature Colour Scheme
884 label.select_startup_file = Select startup file
885 label.select_default_browser = Select default web browser
886 label.save_tree_as_newick = Save tree as newick file
887 label.create_eps_from_tree = Create EPS file from tree
888 label.create_png_from_tree = Create PNG image from tree
889 label.save_colour_scheme = Save colour scheme
890 label.edit_params_for = Edit parameters for {0}
891 label.choose_filename_for_param_file = Choose a filename for this parameter file
892 label.save_as_html = Save as HTML
893 label.recently_opened = Recently Opened
894 label.blasting_for_unidentified_sequence_jobs_running = BLASTing for unidentified sequences - {0}  jobs running.
895 label.tree_from = Tree from {0}
896 label.webservice_job_title = {0} using {1}
897 label.select_visible_region_of = selected {0} region of {1}
898 label.visible = Visible
899 label.select_unselect_visible_regions_from = select and unselected {0} regions from {1}
900 label.visible_region_of = visible region of
901 label.webservice_job_title_on = {0} using {1} on {2}
902 label.updating_vamsas_session = Updating vamsas session
903 label.loading_file = Loading File: {0}
904 label.edit_params = Edit {0}
905 error.not_implemented = Not implemented
906 error.no_such_method_as_clone1_for = No such method as clone1 for {0}
907 error.null_from_clone1 = Null from clone1!
908 error.implementation_error_sortbyfeature = Implementation Error - sortByFeature method must be one of FEATURE_SCORE, FEATURE_LABEL or FEATURE_DENSITY.
909 error.not_yet_implemented = Not yet implemented
910 error.unknown_type_dna_or_pep = Unknown Type {0} - dna or pep are the only allowed values.
911 error.implementation_error_dont_know_threshold_annotationcolourgradient = Implementation error: don't know about threshold setting for current AnnotationColourGradient.
912 error.invalid_separator_parameter = Invalid separator parameter - must be non-zero length
913 error.alignment_cigararray_not_implemented = Alignment(CigarArray) not yet implemented
914 error.empty_view_cannot_be_updated = empty view cannot be updated.
915 error.mismatch_between_number_of_sequences_in_block = Mismatch between number of sequences in block {0} ({1}) and the original view ({2})
916 error.padding_not_yet_implemented = Padding not yet implemented
917 error.mismatch_between_visible_blocks_to_update_and_number_of_contigs_in_view = Mismatch between visible blocks to update and number of contigs in view (contigs=0,blocks={0})
918 error.unknown_seq_cigar_operation = Unknown SeqCigar operation {0}
919 error.implementation_bug_parse_cigar_string = Implementation bug in parseCigarString
920 error.implementation_error_invalid_operation_string = Implementation error. Invalid operation string.
921 error.invalid_range_string = Invalid range string (must be zero or positive number)
922 error.implementation_error_delete_range_out_of_bounds = Implementation Error: deleteRange out of bounds: start must be non-negative and less than end.
923 error.implementation_error = Implementation error
924 error.implementation_error_unknown_operation = Implementation Error! Unknown operation {0}
925 error.implementation_error_unexpected_null_from_get_sequence_and_deletions = Implementation Error - unexpected null from getSequenceAndDeletions
926 error.implementation_error_set_seq_null = Implementation Error - _setSeq(null,...)
927 error.implementation_error_s = Implementation Error: _s= {0}
928 error.implementation_error_seqcigar_possible = SeqCigar: Possible implementation error: sequence is longer than dataset sequence
929 error.implmentation_bug_seq_null = Implementation Bug. Null seq
930 error.implementation_bug_cigar_operation_list_range_list = Implementation Bug. Cigar Operation list!= range list
931 error.not_yet_implemented_cigar_object_from_cigar_string = NOT YET Implemented: Constructing a Cigar object from a cigar string and a gapped sequence.
932 error.implementation_bug_cigar_operation = Implementation Bug. Cigar Operation {0} {1} not one of {2}, {3}, or {4}.
933 error.implementation_error_for_new_cigar = Implementation error for new Cigar(SequenceI)
934 error.implementation_error_cigar_seq_no_operations = Implementation error: {0}th sequence Cigar has no operations.
935 error.implementation_error_no_pdbentry_from_index = Implementation error - no corresponding pdbentry (for index {0}) to add sequences mappings to
936 error.jmol_version_not_compatible_with_jalview_version = Jmol version {0} is not compatible with this version of Jalview. Report this problem at issues.jalview.org
937 error.not_implemented_remove = Remove: Not implemented
938 error.not_implemented_clone = Clone: Not implemented
939 error.call_setprogressbar_before_registering_handler = call setProgressBar before registering the progress bar's handler.
940 label.cancelled_params = Cancelled {0}
941 error.implementation_error_cannot_show_view_alignment_frame = Implementation error: cannot show a view from another alignment in an AlignFrame.
942 error.implementation_error_dont_know_about_threshold_setting = Implementation error: don't know about threshold setting for current AnnotationColourGradient.
943 error.eps_generation_not_implemented = EPS Generation not yet implemented
944 error.png_generation_not_implemented = PNG Generation not yet implemented
945 error.try_join_vamsas_session_another = Trying to join a vamsas session when another is already connected
946 error.invalid_vamsas_session_id = Invalid vamsas session id
947 label.groovy_support_failed = Jalview Groovy Support Failed
948 label.couldnt_create_groovy_shell = Couldn't create the groovy Shell. Check the error log for the details of what went wrong.
949 error.unsupported_version_calcIdparam = Unsupported Version for calcIdparam {0}
950 error.implementation_error_cant_reorder_tree = Implementation Error: Can't reorder this tree. Not DefaultMutableTreeNode.
951 error.invalid_value_for_option = Invalid value {0} for option {1}
952 error.implementation_error_cannot_import_vamsas_doc = Implementation Error - cannot import existing vamsas document into an existing session, Yet!
953 label.vamsas_doc_couldnt_be_opened_as_new_session = VAMSAS Document could not be opened as a new session - please choose another
954 error.implementation_error_vamsas_operation_not_init = Impementation error! Vamsas Operations when client not initialised and connected
955 error.jalview_no_connected_vamsas_session = Jalview not connected to Vamsas session
956 error.implementation_error_cannot_recover_vamsas_object_mappings = IMPLEMENTATION ERROR: Cannot recover vamsas object mappings - no backup was made
957 error.setstatus_called_non_existent_job_pane = setStatus called for non-existent job pane {0}
958 error.implementation_error_cannot_find_marshaller_for_param_set =Implementation error: Can't find a marshaller for the parameter set
959 error.implementation_error_old_jalview_object_not_bound =IMPLEMENTATION ERROR: old jalview object is not bound ! ({0})
960 error.implementation_error_vamsas_doc_class_should_bind_to_type = Implementation Error: Vamsas Document Class {0} should bind to a {1} (found a {2})
961 error.invalid_vamsas_rangetype_cannot_resolve_lists = Invalid vamsas RangeType - cannot resolve both lists of Pos and Seg from choice!
962 error.implementation_error_maplist_is_null = Implementation error. MapList is null for initMapType.
963 error.implementation_error_cannot_have_null_alignment = Implementation error: Cannot have null alignment property key
964 error.implementation_error_null_fileparse = Implementation error. Null FileParse in copy constructor
965 error.implementation_error_cannot_map_alignment_sequences = IMPLEMENTATION ERROR: Cannot map an alignment of sequences from different datasets into a single alignment in the vamsas document.
966 error.implementation_error_structure_selection_manager_null = Implementation error. Structure selection manager's context is 'null'
967 exception.ssm_context_is_null = SSM context is null
968 error.idstring_seqstrings_only_one_per_sequence = idstrings and seqstrings contain one string each per sequence
969 error.cannot_have_mixed_length_replacement_vectors = Cannot have mixed length replacement vectors. Replacement vector for {0} is {1} strings long, and have already seen a {2} length vector.
970 error.cannot_have_zero_length_vector_replacement_strings = Cannot have zero length vector of replacement strings - either 1 value or n values.
971 error.implementation_error_multiple_single_sequence_prediction_jobs_not_supported = Implementation Error! Multiple single sequence prediction jobs are not yet supported
972 error.implementation_error_invalid_msa_index_for_job =Implementation Error! Invalid msaIndex for JPredJob on parent MSA input object!
973 error.implementation_error_startjob_called = Implementation error - StartJob(JpredJob) called on {0}
974 error.multiple_jnet_subjob_merge_not_implemented = Multiple JPred subjob merging not yet implemented
975 label.job_never_ran = Job never ran - input returned to user.
976 error.implementation_error_minlen_must_be_greater_zero = Implementation error: minlen must be zero or more
977 error.implementation_error_msawbjob_called = Implementation error - StartJob(MsaWSJob) called on a WSJobInstance {0}
978 error.implementation_error_cannot_attach_ws_menu_entry = IMPLEMENTATION ERROR: cannot attach WS Menu Entry without service handle reference!
979 error.parameter_migration_not_implemented_yet = Parameter migration not implemented yet
980 error.implementation_error_cannot_set_jaba_option = Implementation error: cannot set Jaba Option to a value outside its allowed value range!
981 error.implementation_error_valuetype_doesnt_support_jabaws_type = IMPLEMENTATION ERROR: jalview.ws.params.ValueConstrainI.ValueType does not support the JABAWS type : {0}
982 error.cannot_create_jabaws_param_set = Cannot create a JabaWSParamSet from non-JabaWS parameters
983 error.cannot_set_arguments_to_jabaws_param_set = Cannot set arguments to a JabaWSParamSet that are not JabaWS arguments
984 error.implementation_error_runner_config_not_available = Implementation Error: Runner Config not available for a JABAWS service of type {0} ({1})
985 error.implementation_error_cannot_handle_jaba_param = Implementation Error: Cannot handle Jaba parameter object {0}
986 error.implementation_error_attempt_to_delete_service_preset = Implementation error: Attempt to delete a service preset!
987 error.implementation_error_cannot_locate_oldname_presetname = Implementation error: Can't locate either oldname ({0}) or presetName ({1}in the datastore!"
988 error.implementation_error_jabaws_param_set_only_handled_by = Implementation error: JabaWsParamSets can only be handled by JabaParamStore
989 error.cannot_set_source_file_for = Cannot set source file for {0}
990 error.mismatch_service_instance_preset = Probable mismatch between service instance and preset!
991 error.cannot_set_params_for_ws_preset = Cannot set Parameters for a Jaba Web service's preset
992 error.implementation_error_can_only_instantiate_jaba_param_sets = Implementation error: Can only instantiate Jaba parameter sets
993 error.no_aacon_service_found = No AACon service found
994 error.implementation_error_couldnt_copy_value_constraint = Implementation error: could not copy ValueConstrain!
995 error.couldnt_encode_as_utf8 = Couldn't encode {0} as UTF-8.
996 error.tree_inputtype_not_yet_implemented = Tree InputType not yet implemented
997 error.implementation_error_need_to_have_httpresponse = Implementation Error: need to have an HttpResponse to process
998 error.dbrefsource_implementation_exception =DBRefSource Implementation Exception
999 error.implementation_error_dbinstance_must_implement_interface = Implmentation Error - getDbInstances must be given a class that implements jalview.ws.seqfetcher.DbSourceProxy (was given{0})
1000 error.implementation_error_must_init_dbsources =Implementation error. Must initialise dbSources
1001 label.view_controller_toggled_marked = {0} {1} columns {2} features of type {3}  across {4} sequence(s)
1002 label.toggled = Toggled
1003 label.marked = Marked
1004 label.containing = containing
1005 label.not_containing = not containing
1006 label.no_feature_of_type_found = No features of type {0} found.
1007 label.submission_params = Submission {0}
1008 label.empty_alignment_job = Empty Alignment Job
1009 label.add_new_sbrs_service = Add a new Simple Bioinformatics Rest Service
1010 label.edit_sbrs_entry = Edit Simple Bioinformatics Rest Service entry
1011 label.pca_recalculating = Recalculating PCA
1012 label.pca_calculating = Calculating PCA
1013 label.select_foreground_colour = Choose foreground colour
1014 label.select_colour_for_text = Select Colour for Text
1015 label.adjunst_foreground_text_colour_threshold = Adjust Foreground Text Colour Threshold
1016 label.select_subtree_colour = Select Sub-Tree Colour
1017 label.create_new_sequence_features = Create New Sequence Feature(s)
1018 label.amend_delete_features = Amend/Delete Features for {0}
1019 exception.out_of_bounds_for_file = Out of bounds for file: i={0}, Final Buffer: i0={1} iend={2}
1020 exception.null_string_given_to_regex_search = Null String Given to Regex.search
1021 exception.null_string_like_given_to_regex_search = Null StringLike Given to Regex.search
1022 exception.null_string_given_to_regex_reverse_search = Null String Given to Regex.reverseSearch
1023 exception.null_string_like_given_to_regex_reverse_search = Null StringLike Given to Regex.reverseSearch
1024 exception.null_string_like_given_to_regex_search_from = Null String Given to Regex.searchFrom
1025 exception.null_string_like_given_to_regex_search_region = Null String Given to Regex.searchRegion
1026 exception.replace_null_regex_pointer = Replacer has null Regex pointer
1027 exception.bad_pattern_to_regex_perl_code = bad pattern to Regex.perlCode: {0}
1028 exception.no_stub_implementation_for_interface = There is no stub implementation for the interface: {0}
1029 exception.cannot_set_endpoint_address_unknown_port = Cannot set Endpoint Address for Unknown Port {0}
1030 exception.mismatched_unseen_closing_char = Mismatched (unseen) closing character {0}
1031 exception.mismatched_closing_char = Mismatched closing character {0}
1032 exception.mismatched_opening_char = Mismatched opening character {0} at {1}
1033 exception.invalid_datasource_couldnt_obtain_reader = Invalid datasource. Could not obtain Reader
1034 exception.unterminated_cigar_string = Unterminated cigar string
1035 exception.unexpected_operation_cigar_string_pos = Unexpected operation {0} in cigar string (position {1} in {2}
1036 exception.couldnt_parse_responde_from_annotated3d_server = Couldn't parse response from Annotate3d server
1037 exception.application_test_npe = Application test: throwing an NullPointerException It should arrive at the console
1038 exception.overwriting_vamsas_id_binding = Overwriting vamsas id binding
1039 exception.overwriting_jalview_id_binding = Overwriting jalview id binding
1040 exception.failed_to_resolve_gzip_stream = Failed to resolve GZIP stream
1041 exception.problem_opening_file_also_tried = Problem opening {0} (also tried {1}) : {2}
1042 exception.problem_opening_file = Problem opening {0} : {1}
1043 exception.failed_to_read_data_from_source = Failed to read data from source: {0}
1044 exception.no_init_source_stream = Unitialised Source Stream
1045 exception.invalid_source_stream = Invalid Source Stream: {0}
1046 error.implementation_error_reset_called_for_invalid_source = Implementation Error: Reset called for invalid source.
1047 exception.number_of_residues_in_query_sequence_differ_from_prediction = Number of residues in {0} supposed query sequence ({1}\n{2})\ndiffer from number of prediction sites in prediction ({3})
1048 label.mapped = mapped
1049 exception.jpredconcide_entry_has_unexpected_number_of_columns = JPredConcise: Entry ({0}) has an unexpected number of columns
1050 exception.couldnt_parse_concise_annotation_for_prediction = Couldn't parse concise annotation for prediction profile.\n{0}
1051 exception.newfile = NewickFile\: {0}\n
1052 label.no_tree_read_in = No Tree read in
1053 exception.rnaml_couldnt_access_datasource = Couldn't access datasource ({0})
1054 exception.ranml_couldnt_process_data = Couldn't process data as RNAML file ({0})
1055 exception.ranml_invalid_file = Invalid RNAML file ({0})
1056 exception.ranml_problem_parsing_data = Problem parsing data as RNAML ({0})
1057 exception.pfam_no_sequences_found = No sequences found (PFAM input)
1058 exception.stockholm_invalid_format = This file is not in valid STOCKHOLM format: First line does not contain '# STOCKHOLM'
1059 exception.couldnt_parse_sequence_line = Could not parse sequence line: {0}
1060 exception.unknown_annotation_detected = Unknown annotation detected: {0} {1}
1061 exception.couldnt_store_sequence_mappings = Couldn't store sequence mappings for {0}
1062 exception.matrix_too_many_iteration = Too many iterations in {0} (max is {1})
1063 exception.browser_not_found = Exception in finding browser: {0}
1064 exception.browser_unable_to_locate = Unable to locate browser: {0}
1065 exception.invocation_target_exception_creating_aedesc = InvocationTargetException while creating AEDesc: {0}
1066 exception.illegal_access_building_apple_evt= IllegalAccessException while building AppleEvent: {0}
1067 exception.unable_to_launch_url = Unable to launch URL: {0}
1068 exception.unable_to_create_internet_config = Unable to create an Internet Config instance: {0}
1069 exception.invocation_target_calling_url = InvocationTargetException while calling openURL: {0}
1070 exception.illegal_access_calling_url = IllegalAccessException while calling openURL: {0}
1071 exception.interrupted_launching_browser = InterruptedException while launching browser: {0}
1072 exception.das_source_doesnt_support_sequence_command = Source {0} does not support the sequence command.
1073 exception.invalid_das_source = Invalid das source: {0}
1074 exception.ebiembl_retrieval_failed_on = EBI EMBL XML retrieval failed on {0}:{1}
1075 exception.no_pdb_records_for_chain = No PDB Records for {0} chain {1}
1076 exception.unexpected_handling_rnaml_translation_for_pdb = Unexpected exception when handling RNAML translation of PDB data
1077 exception.couldnt_recover_sequence_properties_for_alignment = Couldn't recover sequence properties for alignment
1078 exception.unknown_format_for_file = Unknown format {0} for file \: \n{1}
1079 label.remove_gaps = Remove Gaps
1080 exception.couldnt_recover_sequence_props_for_jnet_query = Couldn't recover sequence properties for JPred Query sequence!
1081 exception.server_timeout_try_later = Server timed out - try again later\n
1082 exception.web_service_returned_null_try_later= Server at {0} returned null object, it probably cannot be contacted. Try again later.
1083 exception.cannot_contact_service_endpoint_at = Cannot contact service endpoint at {0}
1084 error.implementation_error_cannot_find_service_url_in_given_set = Implementation error: Cannot find service url in the given url set!
1085 error.implementation_error_cannot_find_service_url_in_given_set_param_store = Implementation error: Cannot find service url in the given url set for this service parameter store ({0}}
1086 exception.jobsubmission_invalid_params_set = Invalid parameter set. Check Jalview implementation
1087 exception.notvaliddata_group_contains_less_than_min_seqs = Group contains less than {0} sequences.
1088 exception.outofmemory_loading_pdb_file = Out of memory loading PDB File
1089 exception.eps_coudnt_write_output_file = Could not write to the output file: {0}
1090 exception.eps_method_not_supported = Method not currently supported by EpsGraphics2D version {0}
1091 exception.eps_unable_to_get_inverse_matrix = Unable to get inverse of matrix: {0}
1092 warn.job_cannot_be_cancelled_close_window = This job cannot be cancelled.\nJust close the window.
1093 warn.service_not_supported = Service not supported!
1094 warn.input_is_too_big = Input is too big!
1095 warn.invalid_job_param_set = Invalid job parameter set!
1096 warn.oneseq_msainput_selection = The current selection only contains a single sequence. Do you want to submit all sequences for alignment instead ?   
1097 info.job_couldnt_be_run_server_doesnt_support_program = Job could not be run because the server doesn't support this program.\n{0}
1098 info.job_couldnt_be_run_exceeded_hard_limit = Job could not be run because it exceeded a hard limit on the server.\n{0}
1099 info.job_couldnt_be_run_incorrect_param_setting = Job could not be run because some of the parameter settings are not supported by the server.\n{0}\nPlease check to make sure you have used the correct parameter set for this service\!\n
1100 info.no_jobs_ran = No jobs ran
1101 info.failed_to_submit_prediction = Failed to submit the prediction\:\n{0} {1}
1102 info.invalid_jnet_job_result_data ={0}\n{1}\nInvalid JPred job result data\!\n{2}
1103 info.failed_to_submit_sequences_for_alignment = Failed to submit sequences for alignment.\nIt is most likely that there is a problem with the server.\nJust close the window\n
1104 info.alignment_object_method_notes = \nAlignment Object Method Notes\n
1105 info.server_exception = \n{0} Server exception\!\n{1}
1106 info.invalid_msa_input_mininfo = Need at least two sequences with at least 3 residues each, with no hidden regions between them.  
1107 info.invalid_msa_notenough = Not enough sequence data to align
1108 status.processing_commandline_args = Processing commandline arguments...
1109 status.das_features_being_retrived = DAS features being retrieved...
1110 status.searching_for_sequences_from = Searching for sequences from {0}
1111 status.finished_searching_for_sequences_from = Finished searching for sequences from {0}
1112 label.eps_file = EPS file
1113 label.png_image = PNG image
1114 status.saving_file = Saving {0}
1115 status.export_complete = {0} Export completed.
1116 status.fetching_pdb = Fetching PDB {0}
1117 status.refreshing_news = Refreshing news
1118 status.importing_vamsas_session_from = Importing VAMSAS session from {0}
1119 status.opening_params = Opening {0}
1120 status.waiting_sequence_database_fetchers_init = Waiting for Sequence Database Fetchers to initialise
1121 status.init_sequence_database_fetchers = Initialising Sequence Database Fetchers
1122 status.fetching_sequence_queries_from = Fetching {0} sequence queries from {1}
1123 status.finshed_querying = Finished querying
1124 status.parsing_results = Parsing results.
1125 status.processing = Processing...
1126 status.refreshing_web_service_menus = Refreshing Web Service Menus
1127 status.collecting_job_results = Collecting job results.
1128 status.fetching_das_sequence_features = Fetching DAS Sequence Features
1129 status.no_das_sources_active = No DAS Sources Active
1130 status.das_feature_fetching_cancelled = DAS Feature Fetching Cancelled
1131 status.das_feature_fetching_complete = DAS Feature Fetching Complete
1132 status.fetching_db_refs = Fetching db refs
1133 status.loading_cached_pdb_entries = Loading Cached PDB Entries
1134 status.searching_for_pdb_structures = Searching for PDB Structures
1135 status.opening_file_for = opening file for
1136 status.colouring_chimera = Colouring Chimera
1137 label.font_doesnt_have_letters_defined = Font doesn't have letters defined\nso cannot be used\nwith alignment data
1138 label.font_too_small = Font size is too small
1139 label.error_loading_file_params = Error loading file {0}
1140 label.error_loading_jalview_file = Error loading Jalview file
1141 warn.out_of_memory_when_action = Out of memory when {0}\!\!\nSee help files for increasing Java Virtual Machine memory.
1142 warn.out_of_memory_loading_file = Out of memory loading file {0}\!\!\nSee help files for increasing Java Virtual Machine memory.
1143 label.out_of_memory = Out of memory
1144 label.invalid_id_column_width = Invalid ID Column width
1145 warn.user_defined_width_requirements = The user defined width for the\nannotation and sequence ID columns\nin exported figures must be\nat least 12 pixels wide.
1146 label.couldnt_create_sequence_fetcher = Couldn't create SequenceFetcher
1147 warn.couldnt_create_sequence_fetcher_client = Could not create the sequence fetcher client. Check error logs for details.
1148 warn.server_didnt_pass_validation = Service did not pass validation.\nCheck the Jalview Console for more details.
1149 warn.url_must_contain = Sequence URL must contain $SEQUENCE_ID$, $DB_ACCESSION$, or a regex
1150 warn.urls_not_contacted = URLs that could not be contacted
1151 warn.urls_no_jaba = URLs without any JABA Services
1152 info.validate_jabaws_server = Validate JabaWS Server ?\n(Look in console output for results)
1153 label.test_server = Test Server?
1154 info.you_want_jalview_to_find_uniprot_accessions = Do you want Jalview to find\nUniprot Accession ids for given sequence names?
1155 label.find_uniprot_accession_ids = Find Uniprot Accession Ids
1156 label.new_sequence_fetcher = New Sequence Fetcher
1157 label.additional_sequence_fetcher = Additional Sequence Fetcher
1158 label.select_database_retrieval_source = Select Database Retrieval Source
1159 label.overwrite_existing_file = Overwrite existing file?
1160 label.file_already_exists = File exists
1161 label.edit_jabaws_url = Edit JABAWS URL
1162 label.add_jabaws_url = Add new JABAWS URL
1163 label.news_from_jalview = News from http://www.jalview.org
1164 label.cut_paste_alignmen_file = Cut & Paste Alignment File
1165 label.enter_redundancy_threshold = Enter the redundancy threshold
1166 label.select_dark_light_set_threshold = <html><i>Select a dark and light text colour, then set the threshold to<br>switch between colours, based on background colour</i></html>
1167 label.select_feature_colour = Select Feature Colour
1168 label.delete_all = Delete all sequences
1169 warn.delete_all = <html>Deleting all sequences will close the alignment window.<br>Confirm deletion or Cancel.
1170 label.add_annotations_for = Add annotations for
1171 action.choose_annotations = Choose Annotations...
1172 label.choose_annotations = Choose Annotations
1173 label.find = Find
1174 label.invalid_search = Search string invalid
1175 error.invalid_regex = Invalid regular expression
1176 label.ignore_gaps_consensus = Ignore Gaps In Consensus
1177 label.show_group_histogram = Show Group Histogram
1178 label.show_group_logo = Show Group Logo
1179 label.normalise_group_logo = Normalise Group Logo
1180 label.show_histogram = Show Histogram
1181 label.show_logo = Show Logo
1182 label.normalise_logo = Normalise Logo
1183 label.no_colour_selection_in_scheme = Please make a colour selection before applying colour scheme
1184 label.no_colour_selection_warn = Error saving colour scheme
1185 label.open_split_window? = Would you like to open as a split window, with cDNA and protein linked?
1186 label.open_split_window = Open split window
1187 action.no = No
1188 action.yes = Yes
1189 label.for = for
1190 label.select_by_annotation = Select/Hide Columns by Annotation
1191 action.select_by_annotation = Select/Hide Columns by Annotation...
1192 label.threshold_filter =  Threshold Filter
1193 label.alpha_helix = Alpha Helix
1194 label.beta_strand = Beta Strand
1195 label.turn = Turn
1196 label.select_all = Select All
1197 label.structures_filter = Structures Filter
1198 label.search_filter = Search Filter
1199 label.include_description= Include Description
1200 action.back = Back
1201 label.hide_insertions = Hide Insertions
1202 label.mark_as_representative = Mark as representative
1203 label.open_jabaws_web_page = Open JABAWS web page
1204 label.pdb_sequence_fetcher = PDB Sequence Fetcher
1205 label.result = result
1206 label.results = results
1207 label.structure_chooser = Structure Chooser
1208 label.select = Select : 
1209 label.invert = Invert 
1210 label.select_pdb_file = Select PDB File
1211 info.select_filter_option = Select Filter Option/Manual Entry
1212 info.associate_wit_sequence = Associate with Sequence
1213 label.search_result = Search Result
1214 label.found_structures_summary = Found Structures Summary
1215 label.configure_displayed_columns = Customise Displayed Options
1216 label.start_jalview = Start Jalview
1217 label.biojs_html_export = BioJS
1218 label.scale_as_cdna = Scale protein residues to codons
1219 label.scale_protein_to_cdna = Scale Protein to cDNA
1220 label.scale_protein_to_cdna_tip = Make protein residues same width as codons in split frame views
1221 info.select_annotation_row = Select Annotation Row
1222 info.enter_search_text_here = Enter Search Text Here
1223 info.enter_search_text_to_enable = Enter Search Text to Enable
1224 info.search_in_annotation_label = Search in {0} Label
1225 info.search_in_annotation_description = Search in {0} Description
1226 info.change_threshold_mode_to_enable = Change Threshold Mode to Enable
1227 label.couldnt_read_data = Couldn't read data
1228 label.embbed_biojson = Embed BioJSON to HTML export
1229 action.export_groups = Export Groups
1230 action.export_annotations = Export Annotations
1231 action.export_hidden_columns = Export Hidden Columns
1232 action.export_hidden_sequences = Export Hidden Sequences
1233 action.export_features = Export Features
1234 label.export_settings = Export Settings
1235 label.pdb_web-service_error = PDB Web-service Error
1236 label.structure_chooser_manual_association = Structure Chooser - Manual association
1237 label.structure_chooser_filter_time = Structure Chooser - Filter time ({0})
1238 label.structure_chooser_no_of_structures = Structure Chooser - {0} Found ({1})
1239 info.no_pdb_entry_found_for = No PDB entry found for {0}
1240 exception.unable_to_detect_internet_connection = Jalview is unable to detect an internet connection
1241 exception.fts_rest_service_no_longer_available = {0} rest services no longer available!
1242 exception.resource_not_be_found = The requested resource could not be found
1243 exception.fts_server_error = There seems to be an error from the {0} server
1244 exception.fts_server_unreachable = Jalview is unable to reach the {0} server. \nPlease ensure that you are connected to the internet and try again.
1245 label.nw_mapping = Needleman & Wunsch Alignment
1246 label.sifts_mapping = SIFTs Mapping
1247 label.mapping_method = Sequence \u27f7 Structure mapping method
1248 status.waiting_for_user_to_select_output_file = Waiting for user to select {0} file
1249 status.cancelled_image_export_operation = Cancelled {0} export operation
1250 info.error_creating_file = Error creating {0} file
1251 exception.outofmemory_loading_mmcif_file = Out of memory loading mmCIF File
1252 label.run_groovy = Run Groovy console script
1253 label.run_groovy_tip = Run the script in the Groovy console over this alignment
1254 label.couldnt_run_groovy_script = Failed to run Groovy script
1255 label.uniprot_sequence_fetcher = UniProt Sequence Fetcher
1256 action.next_page= >> 
1257 action.prev_page= << 
1258 label.next_page_tooltip=Next Page
1259 label.prev_page_tooltip=Previous Page
1260 exception.bad_request=Bad request. There is a problem with your input.
1261 exception.service_not_available=Service not available. The server is being updated, try again later.
1262 status.launching_3d_structure_viewer = Launching 3D Structure viewer...
1263 status.fetching_3d_structures_for_selected_entries = Fetching 3D Structures for selected entries...
1264 status.fetching_dbrefs_for_sequences_without_valid_refs = Fetching db refs for {0} sequence(s) without valid db ref required for SIFTS mapping
1265 status.fetching_3d_structures_for = Fetching 3D Structure for {0}
1266 status.obtaining_mapping_with_sifts = Obtaining mapping with SIFTS
1267 status.obtaining_mapping_with_nw_alignment = Obtaining mapping with NW alignment
1268 status.exporting_alignment_as_x_file = Exporting alignment as {0} file
1269 label.column = Column
1270 label.cant_map_cds = Unable to map CDS to protein\nCDS missing or incomplete
1271 label.operation_failed = Operation failed
1272 label.SEQUENCE_ID_no_longer_used = $SEQUENCE_ID$ is no longer used for DB accessions
1273 label.SEQUENCE_ID_for_DB_ACCESSION1 = Please review your URL links in the 'Connections' tab of the Preferences window:
1274 label.SEQUENCE_ID_for_DB_ACCESSION2 = URL links using '$SEQUENCE_ID$' for DB accessions now use '$DB_ACCESSION$'.
1275 label.do_not_display_again = Do not display this message again
1276 exception.url_cannot_have_miriam_id = {0} is a MIRIAM id and cannot be used as a custom url name
1277 exception.url_cannot_have_duplicate_id = {0} cannot be used as a label for more than one line
1278 label.filter = Filter text:
1279 action.customfilter = Custom only
1280 action.showall = Show All
1281 label.insert = Insert:
1282 action.seq_id = $SEQUENCE_ID$
1283 action.db_acc = $DB_ACCESSION$
1284 label.primary = Double Click
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1286 label.id = ID
1287 label.database = Database
1288 label.urltooltip = Only one url, which must use a sequence id, can be selected for the 'On Click' option
1289 label.edit_sequence_url_link = Edit sequence URL link
1290 warn.name_cannot_be_duplicate = User-defined URL names must be unique and cannot be MIRIAM ids
1291 label.invalid_name = Invalid Name !
1292 label.output_seq_details = Output Sequence Details to list all database references
1293 label.urllinks = Links