JAL-4386 Added preferences for secondary structure consensus and it is
[jalview.git] / resources / lang / Messages.properties
1 action.refresh_services = Refresh Services
2 action.reset_services = Reset Services
3 action.merge_results = Merge Results
4 action.load_scheme = Load scheme
5 action.save_scheme = Save scheme
6 label.scheme_changed = Changes to scheme ''{0}'' have not been saved.<br><br>Save changes, or continue without saving to make a new colour scheme.
7 label.save_changes = Save Changes
8 label.dont_save_changes = Don't Save
9 action.save_image = Save Image
10 action.paste = Paste
11 action.show_html_source = Show HTML Source
12 action.print = Print...
13 action.web_service = Web Service
14 action.cancel_job = Cancel Job
15 action.start_job = Start Job
16 action.revert = Revert
17 action.move_down = Move Down
18 action.move_up = Move Up
19 action.remove_return_datatype = Remove return datatype
20 action.add_return_datatype = Add return datatype
21 action.remove_input_parameter = Remove selected input parameter
22 action.add_input_parameter = Add input parameter
23 action.edit = Edit
24 action.new = New
25 action.open_file = Open file
26 action.show_unconserved = Show Unconserved
27 action.open_new_alignment = Open new alignment
28 action.raise_associated_windows = Raise Associated Windows
29 action.minimize_associated_windows = Minimize Associated Windows
30 action.close_all = Close all
31 action.load_project = Load Project
32 action.save_project = Save Project
33 action.save_project_as = Save Project as...
34 action.quit = Quit
35 action.force_quit = Force quit
36 label.quit_jalview = Are you sure you want to quit Jalview?
37 label.wait_for_save = Wait for save
38 label.unsaved_changes = There are unsaved changes.
39 label.unsaved_alignments = There are unsaved alignments.
40 label.save_in_progress = Some files are still saving:
41 label.confirm_quit_viewer = An external viewer is still open.  Close the external window as well?
42 label.confirm_quit_viewers = External viewers are still open.  Close these external windows as well?
43 label.unknown = Unknown
44 label.quit_after_saving = Jalview will quit after saving.
45 label.all_saved = All files saved.
46 label.quitting_bye = Quitting, bye!
47 action.wait = Wait
48 action.cancel_quit = Cancel quit
49 action.expand_views = Expand Views
50 action.gather_views = Gather Views
51 action.page_setup = Page Setup...
52 action.reload = Reload
53 action.load = Load
54 action.open = Open
55 action.cancel = Cancel
56 action.create = Create
57 action.update = Update
58 action.delete = Delete
59 action.clear = Clear
60 action.accept = Accept
61 action.select_ddbb = --- Select Database ---
62 action.undo = Undo
63 action.redo = Redo
64 action.reset = Reset
65 action.remove_left = Remove left
66 action.remove_right = Remove right
67 action.remove_empty_columns = Remove Empty Columns
68 action.remove_all_gaps = Remove All Gaps
69 action.left_justify_alignment = Left Justify Alignment
70 action.right_justify_alignment = Right Justify Alignment
71 action.boxes = Boxes
72 action.text = Text
73 action.by_pairwise_id = By Pairwise Identity
74 action.by_id = By Id
75 action.by_length = By Length
76 action.by_group = By Group
77 action.unmark_as_reference = Unmark as Reference 
78 action.set_as_reference = Set as Reference 
79 action.remove = Remove
80 action.remove_redundancy = Remove Redundancy...
81 action.pairwise_alignment = Pairwise Alignment
82 action.user_defined = User Defined...
83 action.by_conservation = By Conservation
84 action.wrap = Wrap
85 action.show_gaps = Show Gaps
86 action.show_hidden_markers = Show Hidden Markers
87 action.find = Find
88 action.undefine_groups = Undefine Groups
89 action.make_groups_selection = Make Groups For Selection
90 action.copy = Copy
91 action.cut = Cut
92 action.font = Font...
93 action.scale_above = Scale Above
94 action.scale_left = Scale Left
95 action.scale_right = Scale Right
96 action.by_tree_order = By Tree Order
97 action.sort = Sort
98 action.calculate_tree = Calculate Tree...
99 action.calculate_tree_pca = Calculate Tree or PCA...
100 action.help = Help
101 action.by_annotation = By Annotation...
102 action.invert_sequence_selection = Invert Sequence Selection
103 action.invert_column_selection = Invert Column Selection
104 action.show = Show
105 action.hide = Hide
106 action.ok = OK
107 action.set_defaults = Defaults
108 action.create_group = Create Group
109 action.remove_group = Remove Group
110 action.edit_group = Edit Group
111 action.border_colour = Border colour
112 action.edit_new_group = Edit New Group
113 action.hide_sequences = Hide Sequences
114 action.sequences = Sequences
115 action.ids = IDS
116 action.ids_sequences = IDS and sequences
117 action.reveal_all = Reveal All
118 action.reveal_sequences = Reveal Sequences
119 action.find_all = Find all
120 action.find_next = Find next
121 action.file = File
122 action.view = View
123 action.annotations = Annotations
124 action.change_params = Change Parameters
125 action.apply = Apply
126 action.apply_threshold_all_groups = Apply threshold to all groups
127 action.apply_all_groups = Apply to all Groups
128 action.by_chain = By Chain
129 action.by_sequence = By Sequence
130 action.paste_annotations = Paste Annotations
131 action.format = Format
132 action.select = Select
133 action.new_view = New View
134 action.new_structure_view_with = Open new structure view with {0}
135 action.close = Close
136 action.add = Add
137 action.save_as = Save as...
138 action.save = Save
139 action.change_font = Change Font
140 action.change_font_tree_panel = Change Font (Tree Panel)
141 action.colour = Colour
142 action.calculate = Calculate
143 action.select_all = Select all
144 action.select_highlighted_columns = Select Highlighted Columns
145 tooltip.select_highlighted_columns = Press B to mark highlighted columns, Ctrl-(or Cmd)-B to toggle, and Alt-B to mark all but highlighted columns 
146 action.copy_highlighted_regions = Copy Highlighted Regions
147 tooltip.copy_highlighted_regions = Copies highlighted sequence regions to the clipboard for export or further analysis
148 action.deselect_all = Deselect all
149 action.invert_selection = Invert selection
150 action.using_jmol = Using Jmol
151 action.undo_changes_to_feature_settings = Undo all unapplied changes to feature settings
152 action.undo_changes_to_feature_settings_and_close_the_dialog = Undo all pending changes and close the feature settings dialog
153 action.link = Link
154 action.group_link = Group Link
155 action.show_chain = Show Chain
156 action.show_group = Show Group
157 action.fetch_db_references = Fetch DB References
158 action.view_flanking_regions = Show flanking regions
159 label.view_flanking_regions = Show sequence data either side of the subsequences involved in this alignment
160 label.structures_manager = Structures Manager
161 label.url = URL
162 label.url\: = URL:
163 label.input_file_url = Enter URL or Input File
164 label.select_feature = Select feature
165 label.name = Name
166 label.name\: = Name:
167 label.name_param = Name: {0}
168 label.group = Group
169 label.group\: = Group:
170 label.group_name = Group Name
171 label.group_description = Group Description
172 label.edit_group_name_description = Edit Group Name/Description
173 label.colour = Colour:
174 label.description = Description
175 label.description\: = Description:
176 label.start = Start:
177 label.end = End:
178 label.current_parameter_set_name = Current parameter set name:
179 label.service_action = Service Action:
180 label.post_url = POST URL:
181 label.url_suffix = URL Suffix
182 label.per_seq = per Sequence
183 label.result_vertically_separable = Results are vertically separable
184 label.amend = Amend
185 label.undo_command = Undo {0}
186 label.redo_command = Redo {0}
187 label.principal_component_analysis = Principal Component Analysis
188 label.average_distance_identity = Average Distance Using % Identity
189 label.neighbour_joining_identity = Neighbour Joining Using % Identity
190 label.choose_calculation = Choose Calculation
191 label.calc_title = {0} Using {1}
192 label.tree_calc_av = Average Distance
193 label.tree_calc_nj = Neighbour Joining
194 label.score_model_pid = % Identity
195 label.score_model_blosum62 = BLOSUM62
196 label.score_model_pam250 = PAM 250
197 label.score_model_smithwatermanscore = Score between two sequences aligned with Smith-Waterman with default Peptide/Nucleotide matrix
198 label.score_model_sequencefeaturesimilarity = Distance measure of average number of features not shared at sequence positions 
199 label.score_model_conservation = Physicochemical property conservation
200 label.score_model_enhconservation = Physicochemical property conservation
201 label.status_bar = Status bar
202 label.out_to_textbox = Output to Textbox
203 label.occupancy = Occupancy
204 # delete Clustal - use FileFormat name instead
205 label.clustal = Clustal
206 # label.colourScheme_<schemeName> as in JalviewColourScheme, spaces removed
207 label.colourScheme_clustal = Clustal
208 label.colourScheme_blosum62 = BLOSUM62 Score
209 label.colourScheme_%identity = Percentage Identity
210 label.colourScheme_zappo = Zappo
211 label.colourScheme_taylor = Taylor
212 label.colourScheme_hydrophobic = Hydrophobicity
213 label.colourScheme_helixpropensity = Helix Propensity
214 label.colourScheme_strandpropensity = Strand Propensity
215 label.colourScheme_turnpropensity = Turn Propensity
216 label.colourScheme_buriedindex = Buried Index
217 label.colourScheme_purine/pyrimidine = Purine/Pyrimidine
218 label.colourScheme_nucleotide = Nucleotide
219 label.colourScheme_nucleotideambiguity = Nucleotide Ambiguity
220 label.colourScheme_t-coffeescores = T-Coffee Scores
221 label.colourScheme_rnahelices = By RNA Helices
222 label.colourScheme_sequenceid = Sequence ID Colour
223 label.colourScheme_gecos-flower = gecos Flower
224 label.colourScheme_gecos-blossom = gecos Blossom
225 label.colourScheme_gecos-sunset = gecos Sunset
226 label.colourScheme_gecos-ocean = gecos Ocean
227 label.blc = BLC
228 label.fasta = Fasta
229 label.msf = MSF
230 label.pfam = PFAM
231 label.pileup = Pileup
232 label.pir = PIR
233 label.average_distance_blosum62 = Average Distance Using BLOSUM62
234 label.neighbour_blosum62 = Neighbour Joining Using BLOSUM62
235 label.show_annotations = Show annotations
236 label.hide_annotations = Hide annotations
237 label.show_all_seq_annotations = Show sequence related
238 label.hide_all_seq_annotations = Hide sequence related
239 label.show_all_al_annotations = Show alignment related
240 label.hide_all_al_annotations = Hide alignment related
241 label.hide_all = Hide all
242 label.add_reference_annotations = Add reference annotations
243 label.find_tip = Search alignment, selection or sequence ids for a subsequence (ignoring gaps).<br>Accepts regular expressions - search Help for 'regex' for details.
244 label.colour_text = Colour Text
245 label.show_non_conserved = Show nonconserved
246 label.overview_window = Overview Window
247 label.none = None
248 label.above_identity_threshold = Above Identity Threshold
249 label.show_sequence_features = Show Sequence Features
250 label.nucleotide = Nucleotide
251 label.protein = Protein
252 label.nucleotides = Nucleotides
253 label.proteins = Proteins
254 label.CDS = CDS
255 label.to_new_alignment = To New Alignment
256 label.to_this_alignment = Add To This Alignment
257 label.apply_colour_to_all_groups = Apply Colour To All Groups
258 label.modify_identity_threshold = Modify Identity Threshold...
259 label.modify_conservation_threshold = Modify Conservation Threshold...
260 label.input_from_textbox = Input from textbox
261 label.centre_column_labels = Centre column labels
262 label.automatic_scrolling = Automatic Scrolling
263 label.documentation = Documentation
264 label.about = About...
265 label.show_sequence_limits = Show Sequence Limits
266 action.feature_settings = Feature Settings...
267 label.all_columns = All Columns
268 label.all_sequences = All Sequences
269 label.selected_columns = Selected Columns 
270 label.selected_sequences = Selected Sequences
271 label.except_selected_sequences = All except selected sequences
272 label.all_but_selected_region = All but Selected Region (Shift+Ctrl+H)
273 label.selected_region = Selected Region
274 label.all_sequences_columns = All Sequences and Columns
275 label.hide_selected_annotations = Hide selected annotations
276 label.show_selected_annotations = Show selected annotations
277 label.group_consensus = Group Consensus
278 label.group_conservation = Group Conservation
279 label.show_consensus_histogram = Show Consensus Histogram
280 label.show_ssconsensus_histogram = Show SS Consensus Histogram
281 label.show_consensus_logo = Show Consensus Logo
282 label.show_ssconsensus_logo = Show SS Consensus Logo
283 label.norm_consensus_logo = Normalise Consensus Logo
284 label.apply_all_groups = Apply to all groups
285 label.autocalculated_annotation = Autocalculated Annotation
286 label.show_secondary_structure = Show Secondary Structure
287 label.show_first = Show first
288 label.show_last = Show last
289 label.struct_from_pdb = Process secondary structure from PDB
290 label.use_rnaview = Use RNAView for secondary structure
291 label.autoadd_secstr = Add secondary structure annotation to alignment
292 label.autoadd_temp = Add Temperature Factor annotation to alignment
293 label.structure_viewer = Default structure viewer
294 label.double_click_to_browse = Double-click to browse for file
295 label.viewer_path = Path to {0} program
296 label.viewer_path_tip = Jalview will first try any path entered here, else standard installation locations.<br>Double-click to browse for file.
297 label.invalid_viewer_path = Path not found or not executable
298 label.viewer_missing = Structure viewer not found.<br/>Please enter the path to the executable (if installed),<br/>or download and install the program.
299 label.open_viewer_failed = Error opening {0} - is it installed?\nCheck configured path in Structure tab of Jalview''s Preferences 
300 label.min_colour = Minimum Colour
301 label.max_colour = Maximum Colour
302 label.no_colour = No Colour
303 label.use_original_colours = Use Original Colours
304 label.threshold_minmax = Threshold is min/max
305 label.represent_group_with = Represent Group with {0}
306 label.selection = Selection
307 label.group_colour = Group Colour
308 label.sequence = Sequence
309 label.view_pdb_structure = View PDB Structure
310 label.min_value = Min value
311 label.max_value = Max value
312 label.no_value = No value
313 label.new_feature = New Feature
314 label.match_case = Match Case
315 label.view_alignment_editor = View in alignment editor
316 label.labels = Labels
317 label.output_values = Output Values...
318 label.output_points = Output points...
319 label.output_transformed_points = Output transformed points
320 label.input_data = Input Data...
321 label.nucleotide_matrix = Nucleotide matrix
322 label.protein_matrix = Protein matrix
323 label.show_bootstrap_values = Show Bootstrap Values
324 label.show_distances = Show distances
325 label.mark_unassociated_leaves = Mark Unassociated Leaves
326 label.fit_to_window = Fit To Window
327 label.newick_format = Newick Format
328 label.select_newick_like_tree_file = Select a newick-like tree file
329 label.colours = Colours
330 label.view_mapping = View Mapping
331 label.wireframe = Wireframe
332 label.depthcue = Depthcue
333 label.z_buffering = Z Buffering
334 label.charge_cysteine = Charge & Cysteine
335 label.all_chains_visible = All Chains Visible
336 label.successfully_added_features_alignment = Successfully added features to alignment
337 label.keyboard_editing_mode = Keyboard editing mode is {0}
338 label.paste_features_annotations_Tcoffee_here = Paste your features / annotations / T-coffee score file here.
339 label.removed_columns = Removed {0} columns.
340 label.removed_empty_columns = Removed {0} empty columns.
341 label.paste_newick_tree_file = Paste your Newick tree file here.
342 label.order_by_params = Order by {0}
343 label.html_content = <html>{0}</html>
344 label.paste_pdb_file= Paste your PDB file here.
345 label.paste_pdb_file_for_sequence = Paste PDB file for sequence {0}
346 label.could_not_parse_newick_file  = Could not parse Newick file\!\n {0}
347 label.successfully_pasted_tcoffee_scores_to_alignment= Successfully pasted T-Coffee scores to alignment.
348 label.failed_add_tcoffee_scores = Failed to add T-Coffee scores: 
349 label.successfully_pasted_annotation_to_alignment= Successfully pasted annotation to alignment.
350 label.couldnt_parse_pasted_text_as_valid_annotation_feature_GFF_tcoffee_file = Couldn't parse pasted text as a valid annotation, feature, GFF, or T-Coffee score file
351 label.successfully_pasted_alignment_file = Successfully pasted alignment file
352 label.paste_your_alignment_file = Paste your alignment file here
353 label.paste_your = Paste your
354 label.finished_searching = Finished searching
355 label.subsequence_matches_found = {0} subsequence matches found
356 label.search_results= Search results {0} : {1}
357 label.found_match_for = Found match for {0}
358 label.font = Font:
359 label.size = Size:
360 label.style = Style:
361 label.calculating = Calculating....
362 label.modify_conservation_visibility = Modify conservation visibility
363 label.colour_residues_above_occurrence = Colour residues above % occurrence
364 label.set_this_label_text = set this label text
365 label.sequences_from = Sequences from {0}
366 label.successfully_loaded_file  = Successfully loaded file {0}
367 label.successfully_loaded_matrix  = Successfully loaded score matrix {0}
368 label.successfully_saved_to_file_in_format = Successfully saved to file: {0} in {1} format.
369 label.successfully_printed_to_stdout_in_format = Successfully printed to STDOUT in {0} format.
370 label.copied_sequences_to_clipboard = Copied {0} sequences to clipboard.
371 label.check_file_matches_sequence_ids_alignment = Check that the file matches sequence IDs in the alignment.
372 label.problem_reading_tcoffee_score_file = Problem reading T-COFFEE score file
373 label.source_to_target = {0} ... {1}
374 label.per_sequence_only= Per-sequence only
375 label.to_file = to File
376 label.to_textbox = to Textbox
377 label.jalview = Jalview
378 label.csv_spreadsheet = CSV (Spreadsheet)
379 label.status = Status
380 label.channels = Channels
381 label.channel_title_item_count = {0} ({1})
382 label.blog_item_published_on_date = {0} {1} 
383 label.groovy_console = Groovy Console...
384 label.lineart = Lineart
385 label.dont_ask_me_again = Don't ask me again
386 label.select_character_rendering_style = {0} character rendering style
387 label.select_character_style_title = {0} Rendering options
388 label.invert_selection = Invert Selection
389 label.optimise_order = Optimise Order
390 label.seq_sort_by_score = Sequence sort by Score
391 label.load_colours = Load Colours
392 label.save_colours = Save Colours
393 label.load_colours_tooltip = Load feature colours and filters from file
394 label.save_colours_tooltip = Save feature colours and filters to file
395 label.selected_database_to_fetch_from = Selected {0} database {1} to fetch from {2} 
396 label.database_param = Database: {0}
397 label.example = Example
398 label.example_param = Example: {0}
399 label.select_file_format_before_saving = You must select a file format before saving!
400 label.file_format_not_specified = File format not specified
401 label.couldnt_save_file = Couldn''t save file: {0}
402 label.error_saving_file = Error Saving File
403 label.remove_from_default_list = Remove from default list?
404 label.remove_user_defined_colour = Remove user defined colour
405 label.you_must_select_least_two_sequences = You must select at least 2 sequences.
406 label.invalid_selection = Invalid Selection
407 label.sequence_selection_insufficient = Sequence selection insufficient
408 label.you_need_at_least_n_sequences = You need to select at least {0} sequences
409 label.not_enough_sequences = Not enough sequences
410 label.selected_region_to_tree_may_only_contain_residues_or_gaps =  The selected region to create a tree may\nonly contain residues or gaps.\nTry using the Pad function in the edit menu,\nor one of the multiple sequence alignment web services.
411 label.sequences_selection_not_aligned = Sequences in selection are not aligned
412 label.problem_reading_tree_file =  Problem reading tree file
413 label.possible_problem_with_tree_file = Possible problem with tree file
414 label.select_at_least_three_bases_in_at_least_one_sequence_to_cDNA_translation = Please select at least three bases in at least one sequence in order to perform a cDNA translation.
415 label.translation_failed = Translation Failed
416 label.error_when_translating_sequences_submit_bug_report = Unfortunately, something went wrong when translating your sequences.\nPlease take a look in the Jalview java console\nand submit a bug report including the stacktrace.
417 label.implementation_error  = Implementation error:
418 label.automatically_associate_structure_files_with_sequences_same_name = Do you want to automatically associate the {0} structure file(s) with sequences in the alignment that have the same name?
419 label.automatically_associate_structure_files_by_name = Automatically Associate Structure files by name
420 label.ignore_unmatched_dropped_files_info = <html>Do you want to <em>ignore</em> the {0} files whose names did not match any sequence IDs ?</html>
421 label.ignore_unmatched_dropped_files = Ignore unmatched dropped files?
422 label.view_name_original = Original
423 label.enter_view_name = Enter View Name
424 label.enter_label = Enter label
425 label.enter_label_for_the_structure = Enter a label for the structure
426 label.pdb_entries_couldnt_be_retrieved = The following pdb entries could not be retrieved from the PDB\:\n{0}\nPlease retry, or try downloading them manually.
427 label.couldnt_load_file = Couldn't load file
428 label.couldnt_find_pdb_id_in_file = Couldn't find a PDB id in the file supplied. Please enter an Id to identify this structure.
429 label.no_pdb_id_in_file = No PDB Id in File
430 label.couldnt_read_pasted_text = Couldn''t read the pasted text {0}
431 label.error_parsing_text = Error parsing text
432 label.input_alignment_from_url = Input Alignment From URL
433 label.input_alignment = Input Alignment
434 label.vamsas_document_import_failed = Vamsas Document Import Failed
435 label.couldnt_locate = Couldn''t locate {0}
436 label.url_not_found = URL not found
437 label.new_sequence_url_link = New sequence URL link
438 label.error_retrieving_data = Error Retrieving Data
439 label.user_colour_scheme_must_have_name = User colour scheme must have a name
440 label.no_name_colour_scheme = No name for colour scheme
441 label.invalid_url = Invalid URL !
442 label.error_loading_file = Error loading file
443 label.problems_opening_file = Encountered problems opening {0}!!
444 label.file_open_error = File open error
445 label.colour_scheme_exists_overwrite = Colour scheme {0} exists.\nContinue saving colour scheme as {1}?"
446 label.duplicate_scheme_name = Duplicate scheme name
447 label.jalview_new_questionnaire = There is a new Questionnaire available. Would you like to complete it now ?\n
448 label.jalview_user_survey = Jalview User Survey
449 label.alignment_properties = Alignment Properties: {0}
450 label.alignment_props = Alignment Properties
451 label.input_cut_paste = Cut & Paste Input
452 label.input_cut_paste_params = Cut & Paste Input - {0}
453 label.alignment_output_command = Alignment output - {0}
454 label.annotations = Annotations
455 label.structure_options = Structure Options
456 label.structure_import_options = Structure Import Options
457 label.features = Features
458 label.overview_params = Overview {0}
459 label.paste_newick_file = Paste Newick file
460 label.load_tree_from_file = From File - 
461 label.colour_by_annotation = Colour by Annotation
462 label.selection_output_command = Selection output - {0}
463 label.annotation_for_displayid = <p><h2>Annotation for {0} </h2></p><p>
464 label.pdb_sequence_mapping = PDB - Sequence Mapping
465 label.pca_details = PCA details
466 label.redundancy_threshold_selection = Redundancy threshold selection
467 label.user_defined_colours = User defined colours
468 label.jalviewLite_release = JalviewLite - Release {0}
469 label.jaview_build_date = Build date: {0}
470 label.jalview_authors_1 = Authors: Jim Procter, Andrew Waterhouse, Mungo Carstairs, Tochukwu Ofoegbu, Lauren Lui, Jan Engelhardt,
471 label.jalview_authors_2 = Natasha Sherstnev, Daniel Barton, Michele Clamp, James Cuff, Steve Searle, David Martin & Geoff Barton.
472 label.jalview_dev_managers = Development managed by The Barton Group, University of Dundee, Scotland, UK.
473 label.jalview_distribution_lists = For help, see the FAQ at www.jalview.org and/or join the jalview-discuss@jalview.org mailing list
474 label.jalview_please_cite = If  you use Jalview, please cite:
475 label.jalview_cite_1_authors = Waterhouse, A.M., Procter, J.B., Martin, D.M.A, Clamp, M. and Barton, G. J. (2009)
476 label.jalview_cite_1_title = Jalview Version 2 - a multiple sequence alignment editor and analysis workbench
477 label.jalview_cite_1_ref = Bioinformatics doi: 10.1093/bioinformatics/btp033
478 label.right_click = Right click
479 label.to_add_annotation = to add annotation
480 label.alignment_has_no_annotations = Alignment has no annotations
481 label.retrieving_pdb_data = Retrieving PDB data...
482 label.label = Label
483 label.no_features_added_to_this_alignment = No Features added to this alignment!!
484 label.features_can_be_added_from_searches_1 = (Features can be added from searches or
485 label.features_can_be_added_from_searches_2 = from Jalview / GFF features files)
486 label.calculating_pca= Calculating PCA
487 label.jalview_cannot_open_file = Jalview can't open file
488 label.jalview_applet = Jalview applet
489 label.loading_data = Loading data
490 label.memory_stats = Total Free Memory: {0} MB; Max Memory: {1} MB; {2} %
491 label.calculating_tree = Calculating tree
492 label.state_queueing = queuing
493 label.state_running = running
494 label.state_completed = finished
495 label.state_job_cancelled = job cancelled!!
496 label.state_job_error = job error!
497 label.server_error_try_later = Server Error! (try later)
498 label.error_loading_pdb_data = Error loading PDB data!!
499 label.fetching_pdb_data = Fetching PDB data...
500 label.structure_type = Structure type
501 label.settings_for_type = Settings for {0}
502 label.view_full_application = View in Full Application
503 label.load_associated_tree = Load Associated Tree...
504 label.load_features_annotations = Load Features/Annotations...
505 label.load_vcf = Load SNP variants from plain text or indexed VCF data
506 label.load_vcf_file = Load VCF File
507 label.searching_vcf = Loading VCF variants...
508 label.added_vcf = Added {0} VCF variants to {1} sequence(s)
509 label.export_features = Export Features...
510 label.export_annotations = Export Annotations...
511 label.to_upper_case = To Upper Case
512 label.to_lower_case = To Lower Case
513 label.toggle_case = Toggle Case
514 label.edit_name_description = Edit Name/Description...
515 label.create_sequence_feature = Create Sequence Feature...
516 label.edit_sequence = Edit Sequence
517 label.edit_sequences = Edit Sequences
518 label.insert_gap = Insert 1 gap
519 label.insert_gaps = Insert {0} gaps
520 label.delete_gap = Delete 1 gap
521 label.delete_gaps = Delete {0} gaps
522 label.sequence_details = Sequence Details
523 label.viewer_help = {0} Help
524 label.close_viewer = Close Viewer
525 label.close_viewers = Close Viewers
526 label.confirm_close_viewer = This will close Jalview''s connection to {0}.<br>Do you want to close the {1} window as well?
527 label.all = All
528 label.sort_by = Sort alignment by
529 label.sort_by_score = Sort by Score
530 label.sort_by_density = Sort by Density
531 label.sequence_sort_by_density = Sequence sort by Density
532 label.sort_ann_by = Sort annotations by
533 label.sort_annotations_by_sequence = Sort by sequence
534 label.sort_annotations_by_label = Sort by label
535 label.reveal = Reveal
536 label.hide_columns = Hide Columns
537 label.load_jalview_annotations = Load Jalview Annotations or Features File
538 label.load_tree_file = Load a tree file
539 label.retrieve_parse_sequence_database_records_alignment_or_selected_sequences = Retrieve and parse sequence database records for the alignment or the currently selected sequences
540 label.standard_databases = Standard Databases
541 label.fetch_embl_uniprot = Fetch from EMBL/EMBLCDS or Uniprot/PDB and any selected DAS sources
542 label.fetch_uniprot_references = Fetch Uniprot references
543 label.search_3dbeacons = Search 3D-Beacons
544 label.find_models_from_3dbeacons = Search 3D-Beacons for 3D structures and models
545 label.3dbeacons = 3D-Beacons
546 label.fetch_references_for = Fetch database references for {0} sequences ?
547 label.fetch_references_for_3dbeacons = 3D Beacons needs to fetch Uniprot References for {0} sequences.  Do you want to continue ?
548 label.reset_min_max_colours_to_defaults = Reset min and max colours to defaults from user preferences.
549 label.align_structures_using_linked_alignment_views = Superpose structures using {0} selected alignment view(s)
550 label.threshold_feature_display_by_score = Threshold the feature display by score.
551 label.threshold_feature_no_threshold = No Threshold
552 label.threshold_feature_above_threshold = Above Threshold
553 label.threshold_feature_below_threshold = Below Threshold
554 label.adjust_threshold = Adjust threshold
555 label.toggle_absolute_relative_display_threshold = Toggle between absolute and relative display threshold.
556 label.select_colour_minimum_value = Select Colour for Minimum Value
557 label.select_colour_maximum_value = Select Colour for Maximum Value
558 label.open_url_param = Open URL {0}
559 label.open_url_seqs_param = Open URL ({0}..) ({1} seqs)
560 label.load_pdb_file_associate_with_sequence = Load a PDB file and associate it with sequence {0}
561 label.load_pae_matrix_file_associate_with_structure = Load a PAE matrix file and associate it with structure {0}
562 label.reveal_hidden_columns = Reveal Hidden Columns with Right Mouse Button
563 label.dark_colour = Dark Colour
564 label.light_colour = Light Colour
565 label.highlightnode = Left click to select leaves.<br>Double-click to invert leaves.<br>Right click to change colour.
566 label.load_colour_scheme = Load colour scheme
567 label.copy_format_from = Copy format from
568 label.toggle_enabled_views = When enabled, allows many views to be selected.
569 label.select_all_views = Select all views
570 label.select_many_views = Select many views
571 label.edit_notes_parameter_set = Click to edit the notes for this parameter set.
572 label.open_local_file = Open local file
573 label.enable_automatically_sort_alignment_when_open_new_tree = Enable this to automatically sort<br>the alignment when you open<br> a new tree.
574 label.listen_for_selections = Listen for selections
575 label.selections_mirror_selections_made_same_sequences_other_views = When selected, selections in this view will mirror<br>selections made on the same sequences in other views.
576 label.toggle_sequence_visibility = Shift+H toggles sequence visiblity
577 label.toggle_columns_visibility = Ctrl+H toggles column visiblity.
578 label.toggles_visibility_hidden_selected_regions = H toggles visibility of hidden or selected regions
579 label.rename_tab_eXpand_reGroup=  Right-click to rename tab <br> Press X to eXpand tabs, G to reGroup.
580 label.right_align_sequence_id = Right Align Sequence Id
581 label.sequence_id_tooltip = Sequence ID Tooltip
582 label.no_services = <No Services>
583 label.select_copy_raw_html = Select this if you want to copy raw html
584 label.from_url = from URL
585 label.any_trees_calculated_or_loaded_alignment_automatically_sort = When selected, any trees calculated or loaded onto the alignment will automatically sort the alignment
586 label.sort_with_new_tree = Sort With New Tree
587 label.from_textbox = from Textbox
588 label.window = Window
589 label.preferences = Preferences
590 label.tools = Tools
591 label.fetch_sequences = Fetch Sequences
592 action.fetch_sequences = Fetch Sequences...
593 label.collect_garbage = Collect Garbage
594 label.show_memory_usage = Show Memory Usage
595 label.show_java_console = Show Java Console
596 label.show_jalview_news = Show Jalview News
597 label.take_snapshot = Take snapshot
598 label.monospaced_fonts_faster_to_render = Monospaced fonts are faster to render
599 label.anti_alias_fonts = Anti-alias Fonts (Slower to render)
600 label.monospaced_font= Monospaced
601 label.quality = Quality
602 label.maximize_window = Maximize Window
603 label.conservation = Conservation
604 label.consensus = Consensus
605 label.ssConsensus = Secondary Structure Consensus
606 label.histogram = Histogram
607 label.logo = Logo
608 label.non_positional_features = List Non-positional Features
609 label.database_references = List Database References
610 #label.share_selection_across_views = Share selection across views
611 #label.scroll_highlighted_regions = Scroll to highlighted regions
612 label.gap_symbol = Gap Symbol
613 label.prot_alignment_colour = Protein Alignment Colour
614 label.nuc_alignment_colour = Nucleotide Alignment Colour
615 label.address = Address
616 label.host = Host
617 label.port = Port
618 label.default_browser_unix_windows = Default Browser (Unix, Windows)
619 label.send_usage_statistics = Send usage statistics
620 label.check_for_questionnaires = Check for questionnaires
621 label.check_for_latest_version = Check for latest version
622 label.url_linkfrom_sequence_id = URL link from Sequence ID
623 label.no_proxy = No proxy servers
624 label.system_proxy = System proxy servers (http={0}; https={1})
625 label.use_proxy_server = Use these proxy servers
626 label.auth_required = Authentication required
627 label.username = Username
628 label.password = Password
629 label.proxy_password_required = Proxy password required
630 label.not_stored = not stored in Preferences file
631 label.rendering_style = {0} rendering style
632 label.append_start_end = Append /start-end (/15-380)
633 label.full_sequence_id = Full Sequence Id
634 label.smooth_font = Smooth Font
635 label.autocalculate_consensus = AutoCalculate Consensus
636 label.pad_gaps = Pad Gaps
637 label.pad_gaps_when_editing = Pad Gaps When Editing
638 label.automatically_set_id_width = Automatically set ID width
639 label.figure_id_column_width = Figure ID column width
640 label.use_modeller_output = Use Modeller Output
641 label.wrap_alignment = Wrap Alignment
642 label.right_align_ids = Right Align Ids
643 label.sequence_name_italics = Italic Sequence Ids
644 label.open_overview = Open Overview
645 label.default_colour_scheme_for_alignment = Default Colour Scheme for alignment
646 label.annotation_shading_default = Annotation Shading Default
647 label.default_minimum_colour_annotation_shading = Default Minimum Colour for annotation shading
648 label.default_maximum_colour_annotation_shading = Default Maximum Colour for annotation shading
649 label.visual = Visual
650 label.connections = Connections
651 label.output = Output
652 label.editing = Editing
653 label.web_services = Web Services
654 label.right_click_to_edit_currently_selected_parameter = Right click to edit currently selected parameter.
655 label.let_jmol_manage_structure_colours = Let Jmol manage structure colours
656 label.fetch_viewer_attributes = Fetch {0} attributes
657 label.fetch_viewer_attributes_tip = Copy {0} attribute to Jalview feature
658 label.marks_leaves_tree_not_associated_with_sequence = Marks leaves of tree not associated with a sequence
659 label.index_web_services_menu_by_host_site = Index web services in menu by the host site
660 label.option_want_informed_web_service_URL_cannot_be_accessed_jalview_when_starts_up = Check this option if you want to be informed<br>when a web service URL cannot be accessed by Jalview<br>when it starts up
661 label.new_service_url = New Service URL
662 label.edit_service_url = Edit Service URL
663 label.delete_service_url = Delete Service URL
664 label.details = Details
665 label.options = Options
666 label.parameters = Parameters
667 label.proxy_servers = Proxy Servers
668 label.file_output = File Output
669 label.select_input_type = Select input type
670 label.set_options_for_type = Set options for type
671 label.data_input_parameters = Data input parameters
672 label.data_returned_by_service = Data returned by service
673 label.rsbs_encoded_service = RSBS Encoded Service
674 label.parsing_errors = Parsing errors
675 label.simple_bioinformatics_rest_services = Simple Bioinformatics Rest Services
676 label.web_service_discovery_urls = Web Service Discovery URLS
677 label.input_parameter_name = Input Parameter name
678 label.short_descriptive_name_for_service = Short descriptive name for service
679 label.function_service_performs = What kind of function the service performs (e.g. alignment, analysis, search, etc).
680 label.brief_description_service = Brief description of service
681 label.url_post_data_service = URL to post data to service. Include any special parameters needed here
682 label.optional_suffix = Optional suffix added to URL when retrieving results from service
683 label.preferred_gap_character = Which gap character does this service prefer?
684 label.gap_character = Gap character
685 label.move_return_type_up_order= Move return type up order
686 label.move_return_type_down_order= Move return type down order
687 label.update_user_parameter_set = Update this existing user parameter set
688 label.delete_user_parameter_set = Delete the currently selected user parameter set
689 label.create_user_parameter_set = Create a new parameter set with the current settings.
690 label.revert_changes_user_parameter_set = Undo all changes to the current parameter set
691 label.start_job_current_settings = Start Job with current settings
692 label.cancel_job_close_dialog = Close this dialog and cancel job
693 label.input_output = Input/Output
694 label.cut_paste = Cut'n'Paste
695 label.adjusting_parameters_for_calculation = Adjusting parameters for existing Calculation
696 label.2d_rna_structure_line = 2D RNA {0} (alignment)
697 label.2d_rna_sequence_name = 2D RNA - {0}
698 label.edit_name_and_description_current_group = Edit name and description of current group
699 label.from_file = From File
700 label.enter_pdb_id = Enter PDB Id
701 label.enter_pdb_id_tip = Enter PDB Id (or pdbid:chaincode)
702 label.text_colour = Text Colour...
703 label.structure = Structure
704 label.show_pdbstruct_dialog = 3D Structure Data...
705 label.view_rna_structure = VARNA 2D Structure
706 label.create_sequence_details_report_annotation_for = Annotation for {0}
707 label.sequence_details_for = Sequence Details for {0}
708 label.sequence_name = Sequence Name
709 label.sequence_description = Sequence Description
710 label.edit_sequence_name_description = Edit Sequence Name/Description
711 label.spaces_converted_to_underscores = Spaces have been converted to underscores (_)
712 label.no_spaces_allowed_sequence_name = No spaces allowed in Sequence Name
713 label.select_outline_colour = Select Outline Colour
714 label.web_browser_not_found_unix = Unixers\: Couldn't find default web browser.\nAdd the full path to your browser in Preferences."
715 label.web_browser_not_found = Web browser not found
716 label.select_pdb_file_for = Select a PDB file for {0}
717 label.select_pae_matrix_file_for = Select a PAE matrix file for {0}
718 label.html = HTML
719 label.wrap = Wrap
720 label.show_database_refs = Show Database Refs
721 label.show_non_positional_features = Show Non-Positional Features
722 label.save_png_image = Save As PNG Image
723 label.load_tree_for_sequence_set = Load a tree for this sequence set
724 label.export_image = Export Image
725 label.vamsas_store = VAMSAS store
726 label.translate_cDNA = Translate as cDNA
727 label.reverse = Reverse
728 label.reverse_complement = Reverse Complement
729 label.linked_view_title = Linked CDS and protein view
730 label.extract_scores = Extract Scores
731 label.get_cross_refs = Get Cross-References
732 label.sort_alignment_new_tree = Sort Alignment With New Tree
733 label.add_sequences = Add Sequences
734 label.new_window = New Window
735 label.split_window = Split Window
736 label.set_as_default = Set as Default
737 label.show_labels = Show labels
738 action.background_colour = Background Colour...
739 label.associate_nodes_with = Associate Nodes With
740 label.link_name = Link Name
741 label.pdb_file = PDB file
742 label.colour_with_jmol = Colour with Jmol
743 label.let_viewer_manage_structure_colours = Let viewer manage structure colours
744 label.colour_with_viewer = Colour in structure viewer
745 label.superpose_structures = Superpose Structures
746 error.superposition_failed = Superposition failed: {0}
747 label.insufficient_residues = Not enough aligned residues ({0}) to perform superposition
748 label.create_viewer_attributes = Write Jalview features
749 label.create_viewer_attributes_tip = Set structure residue attributes for Jalview features
750 label.attributes_set = {0} attribute values set on {1}
751 label.sort_alignment_by_tree = Sort Alignment By Tree
752 label.mark_unlinked_leaves = Mark Unlinked Leaves
753 label.associate_leaves_with = Associate Leaves With
754 label.save_colour_scheme_with_unique_name_added_to_colour_menu = Save your colour scheme with a unique name and it will be added to the Colour menu
755 label.case_sensitive = Case Sensitive
756 label.lower_case_colour = Colour All Lower Case
757 label.lower_case_tip = Chosen colour applies to all lower case symbols
758 label.index_by_host = Index by Host
759 label.index_by_type = Index by Type
760 label.enable_jabaws_services = Enable JABAWS Services
761 label.display_warnings = Display Warnings
762 label.move_url_up = Move URL Up
763 label.move_url_down = Move URL Down
764 label.add_sbrs_definition = Add a SBRS Definition
765 label.edit_sbrs_definition = Edit SBRS Definition
766 label.delete_sbrs_definition = Delete SBRS Definition
767 label.your_sequences_have_been_verified = Your sequences have been verified against known sequence databases.\n(Use Calculate | Show flanking regions to show enclosing sequence.)\nTo preserve data changes, save your alignment.\n\n
768 label.sequences_updated = Sequences updated
769 label.dbref_search_completed = DBRef search completed
770 label.fetch_all_param = Fetch all {0}
771 label.paste_new_window = Paste To New Window
772 label.settings_for_param = Settings for {0}
773 label.view_params = View {0}
774 label.aacon_calculations = AACon Calculations
775 label.aacon_settings = Change AACon Settings...
776 tooltip.aacon_calculations = When checked, AACon calculations are updated automatically.
777 tooltip.aacon_settings = Modify settings for AACon calculations.
778 label.rnalifold_calculations = RNAAliFold Prediction
779 label.rnalifold_settings = Change RNAAliFold settings...
780 tooltip.rnalifold_calculations = When checked, RNA secondary structure predictions will be calculated for the alignment, and updated when edits are made.
781 tooltip.rnalifold_settings = Modify settings for the RNAAliFold prediction. Use this to hide or show different results of the RNA calculation, and change RNA folding parameters.
782 label.all_views = All Views
783 label.align_sequences_to_existing_alignment = Align sequences to an existing alignment
784 label.realign_with_params = Realign with {0}
785 label.calcname_with_default_settings = {0} with Defaults
786 label.action_with_default_settings = {0} with default settings
787 label.edit_settings_and_run = Edit settings and run...
788 label.view_and_change_parameters_before_alignment = View and change the parameters before alignment
789 label.run_with_preset_params = Run {0} with preset
790 label.view_and_change_parameters_before_running_calculation = View and change parameters before running calculation
791 label.view_documentation = View documentation
792 label.select_return_type = Select return type
793 label.translation_of_params = Translation of {0} (Table {1})
794 label.features_for_params = Features for - {0}
795 label.annotations_for_params = Annotations for - {0}
796 label.generating_features_for_params = Generating features for - {0}
797 label.generating_annotations_for_params = Generating annotations for - {0}
798 label.varna_params = VARNA - {0}
799 label.sequence_feature_settings = Sequence Feature Settings
800 label.sequence_feature_settings_for = Sequence Feature Settings for {0}
801 label.sequence_feature_settings_for_view = Sequence Feature Settings for view "{0}"
802 label.sequence_feature_settings_for_CDS_and_Protein = Sequence Feature Settings for CDS and Protein
803 label.pairwise_aligned_sequences = Pairwise Aligned Sequences
804 label.original_data_for_params = Original Data for {0}
805 label.points_for_params = Points for {0}
806 label.transformed_points_for_params = Transformed points for {0}
807 label.variable_color_for = Variable Feature Colour for {0}
808 label.select_background_colour = Select Background Colour
809 label.invalid_font = Invalid Font
810 label.search_db_all = Search all of {0}
811 label.search_db_index = Search {0} index {1}
812 label.separate_multiple_accession_ids = Enter one or more accession IDs separated by a semi-colon ";"
813 label.separate_multiple_query_values = Enter one or more {0} separated by a semi-colon ";"
814 label.search_all = Enter one or more search values separated by a semi-colon ";" (Note: This searches the entire database)
815 label.replace_commas_semicolons = Replace commas with semi-colons
816 label.parsing_failed_syntax_errors_shown_below_param = Parsing failed. Syntax errors shown below {0}
817 label.parsing_failed_unrecoverable_exception_thrown_param = \nParsing failed. An unrecoverable exception was thrown\:\n {0}
818 label.example_query_param = Example query: {0}
819 label.enter_value_increase_conservation_visibility = Enter value to increase conservation visibility
820 label.enter_percentage_identity_above_which_colour_residues = Enter % identity above which to colour residues
821 label.wswublast_client_credits = To display sequence features an exact Uniprot id with 100% sequence identity match must be entered.\nIn order to display these features, try changing the names of your sequences to the ids suggested below.\n\nRunning WSWUBlast at EBI.\nPlease quote Pillai S., Silventoinen V., Kallio K., Senger M., Sobhany S., Tate J., Velankar S., Golovin A., Henrick K., Rice P., Stoehr P., Lopez R.\nSOAP-based services provided by the European Bioinformatics Institute.\nNucleic Acids Res. 33(1)\:W25-W28 (2005));
822 label.blasting_for_unidentified_sequence = BLASTing for unidentified sequences
823 label.select_columns_containing = Select columns containing
824 label.select_columns_not_containing = Select columns that do not contain
825 label.hide_columns_containing = Hide columns containing
826 label.hide_columns_not_containing = Hide columns that do not contain
827 option.trim_retrieved_seqs = Trim retrieved sequences
828 label.trim_retrieved_sequences = When the reference sequence is longer than the sequence that you are working with, only keep the relevant subsequences.
829 label.use_sequence_id_1 = Use $DB_ACCESSION$ or $DB_ACCESSION=/<regex>/=$
830 label.use_sequence_id_2 = to embed accession id in URL
831 label.use_sequence_id_3 = Use $SEQUENCE_ID$ similarly to embed sequence id
832 label.use_sequence_id_4 = 
833 label.ws_parameters_for = Parameters for {0}
834 label.switch_server = Switch server
835 label.choose_jabaws_server = Choose a server for running this service
836 label.services_at = Services at {0}
837 label.rest_client_submit = {0} using {1}
838 label.fetch_retrieve_from =Retrieve from {0}</html>
839 label.fetch_retrieve_from_all_sources = Retrieve from all {0} sources in {1}<br>First is :{2}<html> 
840 label.feature_settings_click_drag = Drag up or down to change render order.<br/>Double click to select columns containing feature.
841 label.transparency_tip = Adjust transparency to 'see through' feature colours.
842 label.opt_and_params_further_details = see further details by right-clicking
843 label.opt_and_params_show_brief_desc_image_link = <html>Click to show brief description<br><img src="{0}"/> Right click for further information.</html> 
844 label.opt_and_params_show_brief_desc = <html>Click to show brief description<br></html>
845 label.adjusts_width_generated_eps_png = <html>Adjusts the width of the generated EPS or PNG file to ensure even the longest sequence ID or annotation label is displayed</html>
846 label.manually_specify_width_left_column = <html>Manually specify the width of the left hand column where sequence IDs and annotation labels will be rendered in exported alignment figures. This setting will be ignored if 'Automatically set ID width' is set</html>
847 label.job_created_when_checked = <html>When checked, a job is created for every sequence in the current selection.</html>
848 label.when_checked_job_visible_region_and_results = <html>When checked, a single job is created for the visible region and results mapped back onto their location in the alignment. Otherwise, a job would be created for every contiguous region visible in the alignment or current selection (e.g. a multiple alignment).</html>
849 label.flat_file_representation = <html>Flat file representation of this rest service using the Really Simple Bioinformatics Service formalism</html>
850 label.result_of_parsing_rsbs = <html>Results of parsing the RSBS representation</html>
851 label.user_preset = User Preset
852 label.service_preset = Service Preset
853 label.run_with_preset = Run {0} with preset
854 label.view_service_doc_url = <html>View <a href="{0}">{1}</a></html>
855 action.by_title_param = By {0}
856 label.source_from_db_source = Sources from {0}
857 label.from_msname = from {0}
858 label.superpose_with = Superpose with
859 label.scale_label_to_column = Scale Label to Column
860 label.add_new_row = Add New Row
861 label.edit_label_description = Edit Label/Description
862 label.hide_row = Hide This Row
863 label.delete_row = Delete This Row
864 label.show_all_hidden_rows = Show All Hidden Rows
865 label.export_annotation = Export Annotation
866 label.copy_consensus_sequence = Copy Consensus Sequence
867 label.helix = Helix
868 label.sheet = Sheet
869 label.rna_helix = RNA Helix
870 label.remove_annotation = Remove Annotation
871 label.colour_by = Colour by...
872 label.muscle_multiple_protein_sequence_alignment = Muscle Multiple Protein Sequence Alignment
873 label.mafft_multiple_sequence_alignment = MAFFT Multiple Sequence Alignment
874 label.clustalw_multiple_sequence_alignment = ClustalW Multiple Sequence Alignment
875 label.jnet_secondary_structure_prediction = JPred Secondary Structure Prediction
876 label.multiharmony = Multi-Harmony
877 label.unable_start_web_service_analysis = Unable to start web service analysis
878 label.job_couldnt_be_started_check_input = The Job couldn't be started. Please check your input, and the Jalview console for any warning messages.
879 label.prompt_each_time = Prompt each time
880 label.couldnt_save_project = Couldn't save project
881 label.error_whilst_saving_current_state_to = Error whilst saving current state to {0}
882 label.error_whilst_loading_project_from = Error whilst loading project from {0}
883 label.couldnt_load_project = Couldn't load project
884 label.invalid_name_preset_exists = Invalid name - preset already exists.
885 label.invalid_name = Invalid name
886 label.set_proxy_settings = Please set up your proxy settings in the 'Connections' tab of the Preferences window
887 label.proxy_authorization_failed = Proxy Authorization Failed
888 label.internal_jalview_error = Internal Jalview Error
889 label.secondary_structure_prediction_service_couldnt_be_located = The Secondary Structure Prediction Service named {0} at {1} couldn''t be located.
890 label.service_called_is_not_msa_service = The Service called \n{0}\nis not a \nMultiple Sequence Alignment Service\!
891 label.msa_service_is_unknown = The Multiple Sequence Alignment Service named {0} is unknown
892 label.service_called_is_not_seq_search_service = The Service called \n{0}\nis not a \nSequence Search Service\!
893 label.seq_search_service_is_unknown = The Sequence Search Service named {0} is unknown
894 label.feature_type = Feature Type
895 label.show = Show
896 label.service_url = Service URL
897 label.copied_sequences = Copied sequences
898 label.cut_sequences = Cut Sequences
899 label.conservation_colour_increment = Conservation Colour Increment ({0})
900 label.percentage_identity_threshold = Percentage Identity Threshold ({0})
901 label.error_unsupported_owwner_user_colour_scheme = Unsupported owner for User Colour scheme dialog
902 label.save_alignment_to_file = Save Alignment to file
903 label.save_features_to_file = Save Features to File
904 label.save_annotation_to_file = Save Annotation to File
905 label.save_pdb_file = Save PDB File
906 label.save_text_to_file = Save Text to File
907 label.save_state = Save State
908 label.restore_state = Restore State
909 label.saving_jalview_project = Saving jalview project {0}
910 label.load_feature_colours = Load Feature Colours
911 label.save_feature_colours = Save Feature Colour Scheme
912 label.select_startup_file = Select startup file
913 label.select_default_browser = Select default web browser
914 label.save_tree_as_newick = Save tree as newick file
915 label.save_colour_scheme = Save colour scheme
916 label.edit_params_for = Edit parameters for {0}
917 label.choose_filename_for_param_file = Choose a filename for this parameter file
918 label.save_as_html = Save as HTML
919 label.recently_opened = Recently Opened
920 label.blasting_for_unidentified_sequence_jobs_running = BLASTing for unidentified sequences - {0}  jobs running.
921 label.tree = Tree
922 label.tree_from = Tree from {0}
923 label.webservice_job_title = {0} using {1}
924 label.select_visible_region_of = selected {0} region of {1}
925 label.visible = Visible
926 label.select_unselect_visible_regions_from = select and unselected {0} regions from {1}
927 label.visible_region_of = visible region of
928 label.webservice_job_title_on = {0} using {1} on {2}
929 label.loading_file = Loading File: {0}
930 label.edit_params = Edit {0}
931 label.as_percentage = As Percentage
932 error.not_implemented = Not implemented
933 error.no_such_method_as_clone1_for = No such method as clone1 for {0}
934 error.null_from_clone1 = Null from clone1!
935 error.not_yet_implemented = Not yet implemented
936 error.unknown_type_dna_or_pep = Unknown Type {0} - dna or pep are the only allowed values.
937 error.implementation_error_dont_know_threshold_annotationcolourgradient = Implementation error: don't know about threshold setting for current AnnotationColourGradient.
938 error.invalid_separator_parameter = Invalid separator parameter - must be non-zero length
939 error.alignment_cigararray_not_implemented = Alignment(CigarArray) not yet implemented
940 error.empty_view_cannot_be_updated = empty view cannot be updated.
941 error.mismatch_between_number_of_sequences_in_block = Mismatch between number of sequences in block {0} ({1}) and the original view ({2})
942 error.padding_not_yet_implemented = Padding not yet implemented
943 error.mismatch_between_visible_blocks_to_update_and_number_of_contigs_in_view = Mismatch between visible blocks to update and number of contigs in view (contigs=0,blocks={0})
944 error.unknown_seq_cigar_operation = Unknown SeqCigar operation {0}
945 error.implementation_bug_parse_cigar_string = Implementation bug in parseCigarString
946 error.implementation_error_invalid_operation_string = Implementation error. Invalid operation string.
947 error.invalid_range_string = Invalid range string (must be zero or positive number)
948 error.implementation_error_delete_range_out_of_bounds = Implementation Error: deleteRange out of bounds: start must be non-negative and less than end.
949 error.implementation_error = Implementation error
950 error.implementation_error_unknown_operation = Implementation Error! Unknown operation {0}
951 error.implementation_error_unexpected_null_from_get_sequence_and_deletions = Implementation Error - unexpected null from getSequenceAndDeletions
952 error.implementation_error_set_seq_null = Implementation Error - _setSeq(null,...)
953 error.implementation_error_s = Implementation Error: _s= {0}
954 error.implementation_error_seqcigar_possible = SeqCigar: Possible implementation error: sequence is longer than dataset sequence
955 error.implmentation_bug_seq_null = Implementation Bug. Null seq
956 error.implementation_bug_cigar_operation_list_range_list = Implementation Bug. Cigar Operation list!= range list
957 error.not_yet_implemented_cigar_object_from_cigar_string = NOT YET Implemented: Constructing a Cigar object from a cigar string and a gapped sequence.
958 error.implementation_bug_cigar_operation = Implementation Bug. Cigar Operation {0} {1} not one of {2}, {3}, or {4}.
959 error.implementation_error_for_new_cigar = Implementation error for new Cigar(SequenceI)
960 error.implementation_error_cigar_seq_no_operations = Implementation error: {0}th sequence Cigar has no operations.
961 error.implementation_error_no_pdbentry_from_index = Implementation error - no corresponding pdbentry (for index {0}) to add sequences mappings to
962 error.jmol_version_not_compatible_with_jalview_version = Jmol version {0} is not compatible with this version of Jalview. Report this problem at issues.jalview.org
963 error.not_implemented_remove = Remove: Not implemented
964 error.not_implemented_clone = Clone: Not implemented
965 error.call_setprogressbar_before_registering_handler = call setProgressBar before registering the progress bar's handler.
966 label.cancelled_params = Cancelled {0}
967 error.implementation_error_cannot_show_view_alignment_frame = Implementation error: cannot show a view from another alignment in an AlignFrame.
968 error.implementation_error_dont_know_about_threshold_setting = Implementation error: don't know about threshold setting for current AnnotationColourGradient.
969 label.groovy_support_failed = Jalview Groovy Support Failed
970 label.couldnt_create_groovy_shell = Couldn't create the groovy Shell. Check the error log for the details of what went wrong.
971 error.unsupported_version_calcIdparam = Unsupported Version for calcIdparam {0}
972 error.implementation_error_cant_reorder_tree = Implementation Error: Can't reorder this tree. Not DefaultMutableTreeNode.
973 error.invalid_value_for_option = Invalid value ''{0}'' for option ''{1}''
974 error.implementation_error_cannot_import_vamsas_doc = Implementation Error - cannot import existing vamsas document into an existing session, Yet!
975 label.vamsas_doc_couldnt_be_opened_as_new_session = VAMSAS Document could not be opened as a new session - please choose another
976 error.setstatus_called_non_existent_job_pane = setStatus called for non-existent job pane {0}
977 error.implementation_error_cannot_find_marshaller_for_param_set =Implementation error: Can't find a marshaller for the parameter set
978 error.implementation_error_old_jalview_object_not_bound =IMPLEMENTATION ERROR: old jalview object is not bound ! ({0})
979 error.implementation_error_vamsas_doc_class_should_bind_to_type = Implementation Error: Vamsas Document Class {0} should bind to a {1} (found a {2})
980 error.invalid_vamsas_rangetype_cannot_resolve_lists = Invalid vamsas RangeType - cannot resolve both lists of Pos and Seg from choice!
981 error.implementation_error_cannot_have_null_alignment = Implementation error: Cannot have null alignment property key
982 error.implementation_error_null_fileparse = Implementation error. Null FileParse in copy constructor
983 error.implementation_error_structure_selection_manager_null = Implementation error. Structure selection manager's context is 'null'
984 exception.ssm_context_is_null = SSM context is null
985 error.idstring_seqstrings_only_one_per_sequence = idstrings and seqstrings contain one string each per sequence
986 error.cannot_have_mixed_length_replacement_vectors = Cannot have mixed length replacement vectors. Replacement vector for {0} is {1} strings long, and have already seen a {2} length vector.
987 error.cannot_have_zero_length_vector_replacement_strings = Cannot have zero length vector of replacement strings - either 1 value or n values.
988 error.implementation_error_multiple_single_sequence_prediction_jobs_not_supported = Implementation Error! Multiple single sequence prediction jobs are not yet supported
989 error.implementation_error_invalid_msa_index_for_job =Implementation Error! Invalid msaIndex for JPredJob on parent MSA input object!
990 error.implementation_error_startjob_called = Implementation error - StartJob(JpredJob) called on {0}
991 error.multiple_jnet_subjob_merge_not_implemented = Multiple JPred subjob merging not yet implemented
992 label.job_never_ran = Job never ran - input returned to user.
993 error.implementation_error_minlen_must_be_greater_zero = Implementation error: minlen must be zero or more
994 error.implementation_error_msawbjob_called = Implementation error - StartJob(MsaWSJob) called on a WSJobInstance {0}
995 error.implementation_error_cannot_attach_ws_menu_entry = IMPLEMENTATION ERROR: cannot attach WS Menu Entry without service handle reference!
996 error.parameter_migration_not_implemented_yet = Parameter migration not implemented yet
997 error.implementation_error_valuetype_doesnt_support_jabaws_type = IMPLEMENTATION ERROR: jalview.ws.params.ValueConstrainI.ValueType does not support the JABAWS type : {0}
998 error.cannot_create_jabaws_param_set = Cannot create a JabaWSParamSet from non-JabaWS parameters
999 error.cannot_set_arguments_to_jabaws_param_set = Cannot set arguments to a JabaWSParamSet that are not JabaWS arguments
1000 error.implementation_error_runner_config_not_available = Implementation Error: Runner Config not available for a JABAWS service of type {0} ({1})
1001 error.implementation_error_cannot_handle_jaba_param = Implementation Error: Cannot handle Jaba parameter object {0}
1002 error.implementation_error_attempt_to_delete_service_preset = Implementation error: Attempt to delete a service preset!
1003 error.implementation_error_cannot_locate_oldname_presetname = Implementation error: Can''t locate either oldname ({0}) or presetName ({1}) in the datastore!"
1004 error.implementation_error_jabaws_param_set_only_handled_by = Implementation error: JabaWsParamSets can only be handled by JabaParamStore
1005 error.cannot_set_source_file_for = Cannot set source file for {0}
1006 error.mismatch_service_instance_preset = Probable mismatch between service instance and preset!
1007 error.cannot_set_params_for_ws_preset = Cannot set Parameters for a Jaba Web service's preset
1008 error.implementation_error_can_only_instantiate_jaba_param_sets = Implementation error: Can only instantiate Jaba parameter sets
1009 error.no_aacon_service_found = No AACon service found
1010 error.implementation_error_couldnt_copy_value_constraint = Implementation error: could not copy ValueConstrain!
1011 error.couldnt_encode_as_utf8 = Couldn''t encode {0} as UTF-8.
1012 error.tree_inputtype_not_yet_implemented = Tree InputType not yet implemented
1013 error.implementation_error_need_to_have_httpresponse = Implementation Error: need to have an HttpResponse to process
1014 error.dbrefsource_implementation_exception =DBRefSource Implementation Exception
1015 error.implementation_error_dbinstance_must_implement_interface = Implmentation Error - getDbInstances must be given a class that implements jalview.ws.seqfetcher.DbSourceProxy (was given{0})
1016 error.implementation_error_must_init_dbsources =Implementation error. Must initialise dbSources
1017 label.view_controller_toggled_marked = {0} {1} columns {2} features of type {3}  across {4} sequence(s)
1018 label.no_highlighted_regions_marked = No highlighted regions marked
1019 label.toggled = Toggled
1020 label.marked = Marked
1021 label.containing = containing
1022 label.not_containing = not containing
1023 label.no_feature_of_type_found = No features of type {0} found
1024 label.no_feature_found_selection = No features of type {0} found in selection
1025 label.submission_params = Submission {0}
1026 label.empty_alignment_job = Empty Alignment Job
1027 label.add_new_sbrs_service = Add a new Simple Bioinformatics Rest Service
1028 label.edit_sbrs_entry = Edit Simple Bioinformatics Rest Service entry
1029 label.pca_recalculating = Recalculating PCA
1030 label.pca_calculating = Calculating PCA
1031 label.select_foreground_colour = Choose foreground colour
1032 label.select_colour_for_text = Select Colour for Text
1033 label.adjust_foreground_text_colour_threshold = Adjust Foreground Text Colour Threshold
1034 label.select_subtree_colour = Select Sub-Tree Colour
1035 label.create_new_sequence_features = Create New Sequence Feature(s)
1036 label.amend_delete_features = Amend/Delete Features for {0}
1037 exception.out_of_bounds_for_file = Out of bounds for file: i={0}, Final Buffer: i0={1} iend={2}
1038 exception.null_string_given_to_regex_search = Null String Given to Regex.search
1039 exception.null_string_like_given_to_regex_search = Null StringLike Given to Regex.search
1040 exception.null_string_given_to_regex_reverse_search = Null String Given to Regex.reverseSearch
1041 exception.null_string_like_given_to_regex_reverse_search = Null StringLike Given to Regex.reverseSearch
1042 exception.null_string_like_given_to_regex_search_from = Null String Given to Regex.searchFrom
1043 exception.null_string_like_given_to_regex_search_region = Null String Given to Regex.searchRegion
1044 exception.replace_null_regex_pointer = Replacer has null Regex pointer
1045 exception.bad_pattern_to_regex_perl_code = bad pattern to Regex.perlCode: {0}
1046 exception.no_stub_implementation_for_interface = There is no stub implementation for the interface: {0}
1047 exception.cannot_set_endpoint_address_unknown_port = Cannot set Endpoint Address for Unknown Port {0}
1048 exception.mismatched_unseen_closing_char = Mismatched (unseen) closing character {0}
1049 exception.mismatched_closing_char = Mismatched closing character {0}
1050 exception.mismatched_opening_char = Mismatched opening character {0} at {1}
1051 exception.invalid_datasource_couldnt_obtain_reader = Invalid datasource. Could not obtain Reader
1052 exception.unterminated_cigar_string = Unterminated cigar string
1053 exception.unexpected_operation_cigar_string_pos = Unexpected operation {0} in cigar string (position {1} in {2}
1054 exception.couldnt_parse_responde_from_annotated3d_server = Couldn't parse response from Annotate3d server
1055 exception.application_test_npe = Application test: throwing an NullPointerException It should arrive at the console
1056 exception.overwriting_vamsas_id_binding = Overwriting vamsas id binding
1057 exception.overwriting_jalview_id_binding = Overwriting jalview id binding
1058 exception.failed_to_resolve_gzip_stream = Failed to resolve GZIP stream
1059 exception.problem_opening_file_also_tried = Problem opening {0} (also tried {1}) : {2}
1060 exception.problem_opening_file = Problem opening {0} : {1}
1061 exception.failed_to_read_data_from_source = Failed to read data from source: {0}
1062 exception.no_init_source_stream = Unitialised Source Stream
1063 exception.invalid_source_stream = Invalid Source Stream: {0}
1064 error.implementation_error_reset_called_for_invalid_source = Implementation Error: Reset called for invalid source.
1065 exception.number_of_residues_in_query_sequence_differ_from_prediction = Number of residues in {0} supposed query sequence ({1}\n{2})\ndiffer from number of prediction sites in prediction ({3})
1066 label.mapped = mapped
1067 exception.jpredconcide_entry_has_unexpected_number_of_columns = JPredConcise: Entry ({0}) has an unexpected number of columns
1068 exception.couldnt_parse_concise_annotation_for_prediction = Couldn''t parse concise annotation for prediction profile.\n{0}
1069 exception.newfile = NewickFile\: {0}\n
1070 label.no_tree_read_in = No Tree read in
1071 exception.rnaml_couldnt_access_datasource = Couldn''t access datasource ({0})
1072 exception.ranml_couldnt_process_data = Couldn''t process data as RNAML file ({0})
1073 exception.ranml_invalid_file = Invalid RNAML file ({0})
1074 exception.ranml_problem_parsing_data = Problem parsing data as RNAML ({0})
1075 exception.pfam_no_sequences_found = No sequences found (PFAM input)
1076 exception.stockholm_invalid_format = This file is not in valid STOCKHOLM format: First line does not contain '# STOCKHOLM'
1077 exception.couldnt_parse_sequence_line = Could not parse sequence line: {0}
1078 exception.unknown_annotation_detected = Unknown annotation detected: {0} {1}
1079 exception.couldnt_store_sequence_mappings = Couldn''t store sequence mappings for {0}
1080 exception.matrix_too_many_iteration = Too many iterations in {0} (max is {1})
1081 exception.browser_not_found = Exception in finding browser: {0}
1082 exception.browser_unable_to_launch = Unable to launch browser: {0}
1083 exception.browser_unable_to_locate = Unable to locate browser: {0}
1084 exception.browser_os_not_supported = Launching browser on this operating system not supported.  Use URL\n{0}
1085 exception.invocation_target_exception_creating_aedesc = InvocationTargetException while creating AEDesc: {0}
1086 exception.illegal_access_building_apple_evt= IllegalAccessException while building AppleEvent: {0}
1087 exception.unable_to_launch_url = Unable to launch URL: {0}
1088 exception.unable_to_create_internet_config = Unable to create an Internet Config instance: {0}
1089 exception.invocation_target_calling_url = InvocationTargetException while calling openURL: {0}
1090 exception.illegal_access_calling_url = IllegalAccessException while calling openURL: {0}
1091 exception.interrupted_launching_browser = InterruptedException while launching browser: {0}
1092 exception.no_pdb_records_for_chain = No PDB Records for {0} chain {1}
1093 exception.unexpected_handling_rnaml_translation_for_pdb = Unexpected exception when handling RNAML translation of PDB data
1094 exception.couldnt_recover_sequence_properties_for_alignment = Couldn't recover sequence properties for alignment
1095 exception.unknown_format_for_file = Unknown format {0} for file \: \n{1}
1096 label.remove_gaps = Remove Gaps
1097 exception.couldnt_recover_sequence_props_for_jnet_query = Couldn't recover sequence properties for JPred Query sequence!
1098 exception.server_timeout_try_later = Server timed out - try again later\n
1099 exception.web_service_returned_null_try_later= Server at {0} returned null object, it probably cannot be contacted. Try again later.
1100 exception.cannot_contact_service_endpoint_at = Cannot contact service endpoint at {0}
1101 error.implementation_error_cannot_find_service_url_in_given_set = Implementation error: Cannot find service url in the given url set!
1102 error.implementation_error_cannot_find_service_url_in_given_set_param_store = Implementation error: Cannot find service url in the given url set for this service parameter store ({0}}
1103 exception.jobsubmission_invalid_params_set = Invalid parameter set. Check Jalview implementation
1104 exception.notvaliddata_group_contains_less_than_min_seqs = Group contains less than {0} sequences.
1105 exception.outofmemory_loading_pdb_file = Out of memory loading PDB File
1106 exception.eps_method_not_supported = Method not currently supported by EpsGraphics2D version {0}
1107 exception.eps_unable_to_get_inverse_matrix = Unable to get inverse of matrix: {0}
1108 warn.job_cannot_be_cancelled_close_window = This job cannot be cancelled.\nJust close the window.
1109 warn.service_not_supported = Service not supported!
1110 warn.input_is_too_big = Input is too big!
1111 warn.invalid_job_param_set = Invalid job parameter set!
1112 warn.oneseq_msainput_selection = The current selection only contains a single sequence. Do you want to submit all sequences for alignment instead ?   
1113 info.job_couldnt_be_run_server_doesnt_support_program = Job could not be run because the server doesn''t support this program.\n{0}
1114 info.job_couldnt_be_run_exceeded_hard_limit = Job could not be run because it exceeded a hard limit on the server.\n{0}
1115 info.job_couldnt_be_run_incorrect_param_setting = Job could not be run because some of the parameter settings are not supported by the server.\n{0}\nPlease check to make sure you have used the correct parameter set for this service\!\n
1116 info.no_jobs_ran = No jobs ran
1117 info.failed_to_submit_prediction = Failed to submit the prediction\:\n{0} {1}
1118 info.invalid_jnet_job_result_data ={0}\n{1}\nInvalid JPred job result data\!\n{2}
1119 info.failed_to_submit_sequences_for_alignment = Failed to submit sequences for alignment.\nIt is most likely that there is a problem with the server.\nJust close the window\n
1120 info.alignment_object_method_notes = \nAlignment Object Method Notes\n
1121 info.server_exception = \n{0} Server exception\!\n{1}
1122 info.invalid_msa_input_mininfo = Need at least two sequences with at least 3 residues each, with no hidden regions between them.  
1123 info.invalid_msa_notenough = Not enough sequence data to align
1124 status.processing_commandline_args = Processing commandline arguments...
1125 status.das_features_being_retrived = DAS features being retrieved...
1126 status.searching_for_sequences_from = Searching for sequences from {0}
1127 status.finished_searching_for_sequences_from = Finished searching for sequences from {0}
1128 label.eps_file = EPS file
1129 label.png_image = PNG image
1130 status.export_complete = {0} Export completed
1131 status.fetching_pdb = Fetching PDB {0}
1132 status.refreshing_news = Refreshing news
1133 status.opening_params = Opening {0}
1134 status.fetching_sequence_queries_from = Fetching {0} sequence queries from {1}
1135 status.finshed_querying = Finished querying
1136 status.parsing_results = Parsing results.
1137 status.processing = Processing...
1138 status.refreshing_web_service_menus = Refreshing Web Service Menus
1139 status.collecting_job_results = Collecting job results.
1140 status.fetching_db_refs = Fetching db refs
1141 status.loading_cached_pdb_entries = Loading Cached PDB Entries
1142 status.searching_for_pdb_structures = Searching for PDB Structures
1143 status.searching_3d_beacons = Searching 3D Beacons
1144 status.no_structures_discovered_from_3d_beacons = No models discovered from 3D Beacons
1145 status.opening_file_for = opening file for
1146 status.colouring_structures = Colouring structures
1147 label.font_doesnt_have_letters_defined = Font doesn't have letters defined\nso cannot be used\nwith alignment data
1148 label.font_too_small = Font size is too small
1149 warn.out_of_memory_when_action = Out of memory when {0}\!\!\nSee help files for increasing Java Virtual Machine memory.
1150 warn.out_of_memory_loading_file = Out of memory loading file {0}\!\!\nSee help files for increasing Java Virtual Machine memory.
1151 label.out_of_memory = Out of memory
1152 label.invalid_id_column_width = Invalid ID Column width
1153 warn.user_defined_width_requirements = The user defined width for the\nannotation and sequence ID columns\nin exported figures must be\nat least 12 pixels wide.
1154 warn.server_didnt_pass_validation = Service did not pass validation.\nCheck the Jalview Console for more details.
1155 warn.url_must_contain = Sequence URL must contain $SEQUENCE_ID$, $DB_ACCESSION$, or a regex
1156 warn.urls_not_contacted = URLs that could not be contacted
1157 warn.urls_no_jaba = URLs without any JABA Services
1158 info.validate_jabaws_server = Validate JabaWS Server ?\n(Look in console output for results)
1159 label.test_server = Test Server?
1160 label.new_sequence_fetcher = New Sequence Fetcher
1161 label.additional_sequence_fetcher = Additional Sequence Fetcher
1162 label.select_database_retrieval_source = Select Database Retrieval Source
1163 label.overwrite_existing_file = Overwrite existing file?
1164 label.file_already_exists = File exists
1165 label.edit_jabaws_url = Edit JABAWS URL
1166 label.add_jabaws_url = Add new JABAWS URL
1167 label.news_from_jalview = News from http://www.jalview.org
1168 label.cut_paste_alignmen_file = Cut & Paste Alignment File
1169 label.enter_redundancy_threshold = Enter the redundancy threshold
1170 label.select_dark_light_set_threshold = <html><i>Select a dark and light text colour, then set the threshold to<br>switch between colours, based on background colour</i></html>
1171 label.select_feature_colour = Select Feature Colour
1172 label.delete_all = Delete all sequences
1173 warn.delete_all = <html>Deleting all sequences will close the alignment window.<br>Confirm deletion or Cancel.
1174 label.add_annotations_for = Add annotations for
1175 action.choose_annotations = Choose Annotations...
1176 label.choose_annotations = Choose Annotations
1177 label.find = Find
1178 label.in = in
1179 label.invalid_search = Search string invalid
1180 error.invalid_regex = Invalid regular expression
1181 label.ignore_gaps_consensus = Ignore Gaps In Consensus
1182 label.show_group_histogram = Show Group Histogram
1183 label.show_group_logo = Show Group Logo
1184 label.normalise_group_logo = Normalise Group Logo
1185 label.show_histogram = Show Histogram
1186 label.show_logo = Show Logo
1187 label.normalise_logo = Normalise Logo
1188 label.no_colour_selection_in_scheme = Please make a colour selection before applying colour scheme
1189 label.no_colour_selection_warn = Error saving colour scheme
1190 label.open_split_window? = Would you like to open as a split window, with cDNA and protein linked?
1191 label.open_split_window = Open split window
1192 action.no = No
1193 action.yes = Yes
1194 label.for = for
1195 label.select_by_annotation = Select/Hide Columns by Annotation
1196 action.select_by_annotation = Select/Hide Columns by Annotation...
1197 label.threshold_filter =  Threshold Filter
1198 label.alpha_helix = Alpha Helix
1199 label.beta_strand = Beta Strand
1200 label.turn = Turn
1201 label.select_all = Select All
1202 label.structures_filter = Structures Filter
1203 label.search_filter = Search Filter
1204 label.include_description= Include Description
1205 action.back = Back
1206 label.hide_insertions = Hide Insertions
1207 label.mark_as_representative = Mark as representative
1208 label.open_jabaws_web_page = Open JABAWS web page
1209 label.pdb_sequence_fetcher = PDB Sequence Fetcher
1210 label.result = result
1211 label.results = results
1212 label.structure_chooser = Structure Chooser
1213 label.invert = Invert 
1214 label.select_pdb_file = Select PDB File
1215 info.select_filter_option = Select Filter Option/Manual Entry
1216 info.associate_wit_sequence = Associate with Sequence
1217 label.search_result = Search Result
1218 label.found_structures_summary = Found Structures Summary
1219 label.configure_displayed_columns = Customise Displayed Options
1220 label.start_jalview = Start Jalview
1221 label.biojs_html_export = BioJS
1222 label.scale_as_cdna = Scale protein residues to codons
1223 label.font_as_cdna = Use same font for cDNA and peptide
1224 label.scale_protein_to_cdna = Scale Protein to cDNA
1225 label.scale_protein_to_cdna_tip = Make protein residues same width as codons in split frame views
1226 info.select_annotation_row = Select Annotation Row
1227 info.enter_search_text_here = Enter Search Text Here
1228 info.enter_search_text_to_enable = Enter Search Text to Enable
1229 info.search_in_annotation_label = Search in {0} Label
1230 info.search_in_annotation_description = Search in {0} Description
1231 info.change_threshold_mode_to_enable = Change Threshold Mode to Enable
1232 label.couldnt_read_data = Couldn't read data
1233 label.embbed_biojson = Embed BioJSON to HTML export
1234 action.export_groups = Export Groups
1235 action.export_annotations = Export Annotations
1236 action.export_hidden_columns = Export Hidden Columns
1237 action.export_hidden_sequences = Export Hidden Sequences
1238 action.export_features = Export Features
1239 label.export_settings = Export Settings
1240 label.pdb_web-service_error = PDB Web-service Error
1241 label.structure_chooser_manual_association = Structure Chooser - Manual association
1242 label.structure_chooser_filter_time = Structure Chooser - Filter time ({0})
1243 label.structure_chooser_no_of_structures = Structure Chooser - {0} Found ({1})
1244 info.no_pdb_entry_found_for = No PDB entry found for {0}
1245 exception.unable_to_detect_internet_connection = Jalview is unable to detect an internet connection
1246 exception.fts_server_unreachable = Jalview is unable to reach the {0} server. \nPlease ensure that you are connected to the internet and try again.
1247 label.nw_mapping = Needleman & Wunsch Alignment
1248 label.sifts_mapping = SIFTs Mapping
1249 label.mapping_method = Sequence \u27f7 Structure mapping method
1250 status.cancelled_image_export_operation = Cancelled {0} export operation
1251 info.error_creating_file = Error creating {0} file
1252 exception.outofmemory_loading_mmcif_file = Out of memory loading mmCIF File
1253 label.run_groovy = Run Groovy Console Script
1254 label.run_groovy_tip = Run the script in the Groovy Console over this alignment
1255 label.couldnt_run_groovy_script = Failed to run Groovy script
1256 label.uniprot_sequence_fetcher = UniProt Sequence Fetcher
1257 action.next_page= >> 
1258 action.prev_page= << 
1259 label.next_page_tooltip=Next Page
1260 label.prev_page_tooltip=Previous Page
1261 status.launching_3d_structure_viewer = Launching 3D Structure viewer...
1262 status.fetching_3d_structures_for_selected_entries = Fetching 3D Structures for selected entries...
1263 status.fetching_dbrefs_for_sequences_without_valid_refs = Fetching db refs for {0} sequence(s) without valid db ref required for SIFTS mapping
1264 status.fetching_3d_structures_for = Fetching 3D Structure for {0}
1265 status.obtaining_mapping_with_sifts = Obtaining mapping with SIFTS
1266 status.obtaining_mapping_with_nw_alignment = Obtaining mapping with NW alignment
1267 status.exporting_alignment_as_x_file = Exporting alignment as {0} file
1268 label.column = Column
1269 label.cant_map_cds = Unable to map CDS to protein\nCDS missing or incomplete
1270 label.operation_failed = Operation failed
1271 label.SEQUENCE_ID_no_longer_used = $SEQUENCE_ID$ is no longer used for DB accessions
1272 label.SEQUENCE_ID_for_DB_ACCESSION1 = Please review your URL links in the 'Connections' tab of the Preferences window:
1273 label.SEQUENCE_ID_for_DB_ACCESSION2 = URL links using '$SEQUENCE_ID$' for DB accessions now use '$DB_ACCESSION$'.
1274 label.do_not_display_again = Do not display this message again
1275 exception.url_cannot_have_duplicate_id = {0} cannot be used as a label for more than one line
1276 action.customfilter = Custom only
1277 action.showall = Show All
1278 label.insert = Insert:
1279 action.seq_id = $SEQUENCE_ID$
1280 action.db_acc = $DB_ACCESSION$
1281 label.primary = Double Click
1282 label.inmenu = In Menu
1283 label.id = ID
1284 label.database = Database
1285 label.urltooltip = Only one url, which must use a sequence id, can be selected for the 'On Click' option
1286 label.edit_sequence_url_link = Edit sequence URL link
1287 warn.name_cannot_be_duplicate = User-defined URL names must be unique and cannot be MIRIAM ids
1288 label.output_seq_details = Output Sequence Details to list all database references
1289 label.urllinks = Links
1290 action.clear_cached_items = Clear Cached Items
1291 label.togglehidden = Show hidden regions
1292 label.quality_descr = Alignment Quality based on Blosum62 scores
1293 label.conservation_descr = Conservation of total alignment less than {0}% gaps
1294 label.consensus_descr = PID
1295 label.ssconsensus_label = Secondary Structure Consensus
1296 label.ssconsensus_descr = SS Consensus
1297 label.complement_consensus_descr = PID for cDNA
1298 label.strucconsensus_descr = PID for base pairs
1299 label.occupancy_descr = Number of aligned positions 
1300 label.show_experimental = Enable experimental features
1301 label.show_experimental_tip = Enable any new and currently 'experimental' features (see Latest Release Notes for details)
1302 label.warning_hidden = Warning: {0} {1} is currently hidden
1303 label.overview_settings = Overview settings
1304 label.ov_legacy_gap = Use legacy gap colouring (gaps are white)
1305 label.gap_colour = Gap colour:
1306 label.ov_show_hide_default = Show hidden regions when opening overview
1307 label.hidden_colour = Hidden colour:
1308 label.select_gap_colour = Select gap colour
1309 label.select_hidden_colour = Select hidden colour
1310 label.overview = Overview
1311 label.reset_to_defaults = Reset to defaults
1312 label.oview_calc = Recalculating overview...
1313 label.feature_details = Feature details
1314 label.matchCondition_contains = Contains
1315 label.matchCondition_notcontains = Does not contain
1316 label.matchCondition_matches = Matches
1317 label.matchCondition_notmatches = Does not match
1318 label.matchCondition_present = Is present
1319 label.matchCondition_notpresent = Is not present
1320 label.matchCondition_eq = =
1321 label.matchCondition_ne = not =
1322 label.matchCondition_lt = <
1323 label.matchCondition_le = <=
1324 label.matchCondition_gt = >
1325 label.matchCondition_ge = >=
1326 label.numeric_required = The value should be numeric
1327 label.filter = Filter
1328 label.filters = Filters
1329 label.join_conditions = Join conditions with
1330 label.delete_condition = Delete this condition
1331 label.score = Score
1332 label.colour_by_label = Colour by label
1333 label.variable_colour = Variable colour...
1334 label.select_colour_for = Select colour for {0}
1335 option.enable_disable_autosearch = When ticked, search is performed automatically
1336 option.autosearch = Autosearch
1337 label.retrieve_ids = Retrieve IDs
1338 label.display_settings_for = Display settings for {0} features
1339 label.simple_colour = Simple Colour
1340 label.colour_by_text = Colour by text
1341 label.graduated_colour = Graduated Colour
1342 label.by_text_of = By text of
1343 label.by_range_of = By range of
1344 label.or = Or
1345 label.and = And
1346 label.sequence_feature_colours = Sequence Feature Colours
1347 label.best_quality = Best Quality
1348 label.best_resolution = Best Resolution
1349 label.most_protein_chain = Most Protein Chain
1350 label.most_bound_molecules = Most Bound Molecules
1351 label.most_polymer_residues = Most Polymer Residues
1352 label.cached_structures = Cached Structures
1353 label.free_text_search = Free Text Search
1354 label.annotation_name = Annotation Name
1355 label.annotation_description = Annotation Description 
1356 label.edit_annotation_name_description = Edit Annotation Name/Description
1357 label.alignment = alignment
1358 label.pca = PCA
1359 label.create_image_of = Create {0} image of {1}
1360 label.click_to_edit = Click to edit, right-click for menu
1361 label.backupfiles_confirm_delete = Confirm delete
1362 label.backupfiles_confirm_delete_old_files = Delete the following older backup files? (see the Backups tab in Preferences for more options)
1363 label.backupfiles_confirm_save_file = Confirm save file
1364 label.backupfiles_confirm_save_file_backupfiles_roll_wrong = Something possibly went wrong with the backups of this file.
1365 label.backupfiles_confirm_save_new_saved_file_ok = The new saved file seems okay.
1366 label.backupfiles_confirm_save_new_saved_file_not_ok = The new saved file might not be okay.
1367 label.continue_operation = Continue operation?
1368 label.continue = Continue
1369 label.backups = Backups
1370 label.backup = Backup
1371 label.backup_files = Backup Files
1372 label.enable_backupfiles = Enable backup files
1373 label.backup_filename_strategy = Backup filename strategy
1374 label.append_to_filename = Append to filename (%n is replaced by the backup number)
1375 label.append_to_filename_tooltip = %n in the text will be replaced by the backup number. The text will appear after the filename. See the summary box above.
1376 label.index_digits = Number of digits to use for the backup number (%n)
1377 label.scheme_examples = Scheme examples
1378 label.increment_index = Increase appended text numbers - newest file has largest number.
1379 label.reverse_roll = "Roll" appended text numbers - newest backup file is always number 1.
1380 label.keep_files = Deleting old backup files
1381 label.keep_all_backup_files = Do not delete old backup files
1382 label.keep_only_this_number_of_backup_files = Keep only this number of most recent backup files
1383 label.autodelete_old_backup_files = Auto-delete old backup files:
1384 label.always_ask = Always ask
1385 label.auto_delete = Automatically delete
1386 label.filename = filename
1387 label.braced_oldest = (oldest)
1388 label.braced_newest = (most recent)
1389 label.configuration = Configuration
1390 label.configure_feature_tooltip = Click to configure variable colour or filters
1391 label.schemes = Schemes
1392 label.customise = Customise
1393 label.custom = Custom
1394 label.default = Default
1395 label.single_file = Single backup
1396 label.keep_all_versions = Keep all versions
1397 label.rolled_backups = Rolled backup files
1398 label.customise_description = Select Customise, make changes, and click on OK to save your own custom scheme
1399 label.custom_description = Your own saved scheme
1400 label.default_description = Keep the last three versions of the file
1401 label.single_file_description = Keep the last version of the file
1402 label.keep_all_versions_description = Keep all previous versions of the file
1403 label.rolled_backups_description = Keep the last nine versions of the file from _bak.1 (newest) to _bak.9 (oldest)
1404 label.cancel_changes_description = Cancel changes made to your last saved Custom scheme
1405 label.no_backup_files = NO BACKUP FILES
1406 label.include_backup_files = Include backup files
1407 label.cancel_changes = Cancel changes
1408 label.warning_confirm_change_reverse = Warning!\nIf you change the increment/decrement of the backup filename number, without changing the suffix or number of digits,\nthis may cause loss of backup files created with the previous backup filename scheme.\nAre you sure you wish to do this?
1409 label.change_increment_decrement = Change increment/decrement?
1410 label.newerdelete_replacement_line = Backup file\n''{0}''\t(modified {2}, size {4})\nis to be deleted and replaced by apparently older file\n''{1}''\t(modified {3}, size {5}).
1411 label.confirm_deletion_or_rename = Confirm deletion of ''{0}'' or rename to ''{1}''?
1412 label.newerdelete_line = Backup file\n''{0}''\t(modified {2}, size {4})\nis to be deleted but is newer than the oldest remaining backup file\n''{1}''\t(modified {3}, size {5}).
1413 label.confirm_deletion = Confirm deletion of ''{0}''?
1414 label.delete = Delete
1415 label.rename = Rename
1416 label.keep = Keep
1417 label.file_info = (modified {0}, size {1})
1418 label.annotation_name = Annotation Name
1419 label.annotation_description = Annotation Description 
1420 label.edit_annotation_name_description = Edit Annotation Name/Description
1421 label.alignment = alignment
1422 label.pca = PCA
1423 label.create_image_of = Create {0} image of {1}
1424 label.click_to_edit = Click to edit, right-click for menu
1425 label.by_annotation_tooltip = Annotation Colour is configured from the main Colour menu
1426 label.show_linked_features = Show {0} features
1427 label.on_top = on top
1428 label.include_features = Include Features
1429 label.search_features = Search descriptions of displayed features
1430 label.include_linked_features = Include {0} features
1431 label.include_linked_tooltip = Include visible {0} features<br>converted to local sequence coordinates
1432 label.features_not_shown = {0} feature(s) not shown
1433 label.no_features_to_sort_by = No features to sort by
1434 label.ignore_hidden = Ignore hidden columns
1435 label.ignore_hidden_tooltip = Ignore any characters in hidden columns when matching
1436 label.log_level = Log level
1437 label.log_level_tooltip = Temporarily set the log level for this console. The log level will revert to {0} when this Java console is closed.
1438 label.copy = Copy
1439 label.copy_to_clipboard = Copy to clipboard
1440 label.copy_to_clipboard_tooltip = Copy all of the log text in this console to the system clipboard
1441 label.startup = Startup
1442 label.memory = Memory
1443 label.customise_memory_settings = Customise maximum memory settings
1444 label.memory_setting_text = New memory settings will only come into effect the next time you start Jalview
1445 label.maximum_memory_used = Maximum memory limited to both
1446 label.percent_of_physical_memory = Maximum percent of physical memory
1447 label.maximum_memory = Maximum absolute memory
1448 label.maximum_memory_tooltip = Enter memory as an integer number optionally followed by 'b', 'k', 'm', 'g' or 't'
1449 label.adjustments_for_this_computer = Adjustments for this computer
1450 label.memory_example_text = Maximum memory that would be used with these settings on this computer
1451 label.memory_example_tooltip = The memory allocated to Jalview is the smaller of the percentage of physical memory (default 90%) and the maximum absolute memory (default 32GB). If your computer's memory cannot be ascertained then the maximum absolute memory defaults to 8GB (if not customised).<br>Jalview will always try and reserve 512MB for the OS and at least 512MB for itself.
1452 warning.wrong_jvm_version_title = Wrong Java Version
1453 warning.wrong_jvm_version_message = The Java version being used (Java {0}) may lead to problems.\nThis installation of Jalview should be used with Java {1}.
1454 label.alphafold_reliability = Alphafold Reliability
1455 label.tftype_default = Default
1456 label.tftype_plddt = pLDDT
1457 label.optional = (optional)
1458 label.choose_tempfac_type = Choose Temperature Factor type
1459 label.interpret_tempfac_as = Interpret Temperature Factor as
1460 label.add_pae_matrix_file = Add PAE matrix file
1461 label.nothing_selected = Nothing selected
1462 prompt.analytics_title = Jalview Usage Statistics
1463 prompt.analytics = Do you want to help make Jalview better by enabling the collection of usage statistics with Plausible analytics?\nYou can enable or disable usage tracking in the preferences.
1464 label.working_ellipsis = Working ... 
1465 action.show_groups_on_matrix = Show groups on matrix
1466 action.show_groups_on_matrix_tooltip = When enabled, clusters defined on the matrix's associated tree or below the assigned threshold are shown as different colours on the matrix annotation row
1467 action.show_tree_for_matrix = Show tree for matrix
1468 action.show_tree_for_matrix_tooltip = Opens a tree viewer to display the average distance tree for the matrix
1469 action.cluster_matrix = Cluster matrix
1470 action.clustering_matrix_for = Calculating tree for matrix {0} and clustering at {1}
1471 action.cluster_matrix_tooltip = Computes an average distance tree for the matrix and displays it
1472 label.all_known_alignment_files = All known alignment files
1473 label.command_line_arguments = Command Line Arguments
1474 warning.using_old_command_line_arguments = It looks like you are using old command line arguments.  These are now deprecated and will be removed in a future release of Jalview.\nFind out about the new command line arguments at\n
1475 warning.using_mixed_command_line_arguments = Jalview cannot use both old (-arg) and new (--arg) command line arguments.  Please check your command line arguments.\ne.g. {0} and {1}
1476 warning.the_following_errors = The following errors and warnings occurred whilst processing files:
1477 action.show_hetatm = Show Ligands (HETATM)