Merge branch 'develop' into features/JAL-518_justify_seqs_in_region
[jalview.git] / resources / lang / Messages.properties
1 action.refresh_services = Refresh Services
2 action.reset_services = Reset Services
3 action.merge_results = Merge Results
4 action.load_scheme = Load scheme
5 action.save_scheme = Save scheme
6 label.scheme_changed = Changes to scheme ''{0}'' have not been saved.<br><br>Save changes, or continue without saving to make a new colour scheme.
7 label.save_changes = Save Changes
8 label.dont_save_changes = Don't Save
9 action.save_image = Save Image
10 action.paste = Paste
11 action.show_html_source = Show HTML Source
12 action.print = Print...
13 action.web_service = Web Service
14 action.cancel_job = Cancel Job
15 action.start_job = Start Job
16 action.revert = Revert
17 action.move_down = Move Down
18 action.move_up = Move Up
19 action.remove_return_datatype = Remove return datatype
20 action.add_return_datatype = Add return datatype
21 action.remove_input_parameter = Remove selected input parameter
22 action.add_input_parameter = Add input parameter
23 action.edit = Edit
24 action.new = New
25 action.open_file = Open file
26 action.show_unconserved = Show Unconserved
27 action.open_new_alignment = Open new alignment
28 action.raise_associated_windows = Raise Associated Windows
29 action.minimize_associated_windows = Minimize Associated Windows
30 action.close_all = Close all
31 action.load_project = Load Project
32 action.save_project = Save Project
33 action.save_project_as = Save Project as...
34 action.quit = Quit
35 action.force_quit = Force quit
36 label.quit_jalview = Are you sure you want to quit Jalview?
37 label.wait_for_save = Wait for save
38 label.unsaved_changes = There are unsaved changes.
39 label.unsaved_alignments = There are unsaved alignments.
40 label.save_in_progress = Some files are still saving:
41 label.confirm_quit_viewer = An external viewer is still open.  Close the external window as well?
42 label.confirm_quit_viewers = External viewers are still open.  Close these external windows as well?
43 label.unknown = Unknown
44 label.quit_after_saving = Jalview will quit after saving.
45 label.all_saved = All files saved.
46 label.quitting_bye = Quitting, bye!
47 action.wait = Wait
48 action.cancel_quit = Cancel quit
49 action.expand_views = Expand Views
50 action.gather_views = Gather Views
51 action.page_setup = Page Setup...
52 action.reload = Reload
53 action.load = Load
54 action.open = Open
55 action.cancel = Cancel
56 action.create = Create
57 action.update = Update
58 action.delete = Delete
59 action.clear = Clear
60 action.accept = Accept
61 action.select_ddbb = --- Select Database ---
62 action.undo = Undo
63 action.redo = Redo
64 action.reset = Reset
65 action.remove_left = Remove left
66 action.remove_right = Remove right
67 action.remove_empty_columns = Remove Empty Columns
68 action.remove_all_gaps = Remove All Gaps
69 tooltip.left_justify = Left justify whole alignment or selected region
70 tooltip.right_justify = Right justify whole alignment or selected region
71 action.left_justify = Left Justify
72 action.right_justify = Right Justify
73 action.boxes = Boxes
74 action.text = Text
75 action.by_pairwise_id = By Pairwise Identity
76 action.by_id = By Id
77 action.by_length = By Length
78 action.by_group = By Group
79 action.unmark_as_reference = Unmark as Reference 
80 action.set_as_reference = Set as Reference 
81 action.remove = Remove
82 action.remove_redundancy = Remove Redundancy...
83 action.pairwise_alignment = Pairwise Alignment
84 action.user_defined = User Defined...
85 action.by_conservation = By Conservation
86 action.wrap = Wrap
87 action.show_gaps = Show Gaps
88 action.show_hidden_markers = Show Hidden Markers
89 action.find = Find
90 action.undefine_groups = Undefine Groups
91 action.make_groups_selection = Make Groups For Selection
92 action.copy = Copy
93 action.cut = Cut
94 action.font = Font...
95 action.scale_above = Scale Above
96 action.scale_left = Scale Left
97 action.scale_right = Scale Right
98 action.by_tree_order = By Tree Order
99 action.sort = Sort
100 action.calculate_tree = Calculate Tree...
101 action.calculate_tree_pca = Calculate Tree or PCA...
102 action.help = Help
103 action.by_annotation = By Annotation...
104 action.invert_sequence_selection = Invert Sequence Selection
105 action.invert_column_selection = Invert Column Selection
106 action.show = Show
107 action.hide = Hide
108 action.ok = OK
109 action.set_defaults = Defaults
110 action.create_group = Create Group
111 action.remove_group = Remove Group
112 action.edit_group = Edit Group
113 action.border_colour = Border colour
114 action.edit_new_group = Edit New Group
115 action.hide_sequences = Hide Sequences
116 action.sequences = Sequences
117 action.ids = IDS
118 action.ids_sequences = IDS and sequences
119 action.reveal_all = Reveal All
120 action.reveal_sequences = Reveal Sequences
121 action.find_all = Find all
122 action.find_next = Find next
123 action.file = File
124 action.view = View
125 action.annotations = Annotations
126 action.change_params = Change Parameters
127 action.apply = Apply
128 action.apply_threshold_all_groups = Apply threshold to all groups
129 action.apply_all_groups = Apply to all Groups
130 action.by_chain = By Chain
131 action.by_sequence = By Sequence
132 action.paste_annotations = Paste Annotations
133 action.format = Format
134 action.select = Select
135 action.new_view = New View
136 action.new_structure_view_with = Open new structure view with {0}
137 action.close = Close
138 action.add = Add
139 action.save_as = Save as...
140 action.save = Save
141 action.change_font = Change Font
142 action.change_font_tree_panel = Change Font (Tree Panel)
143 action.colour = Colour
144 action.calculate = Calculate
145 action.select_all = Select all
146 action.select_highlighted_columns = Select Highlighted Columns
147 tooltip.select_highlighted_columns = Press B to mark highlighted columns, Ctrl-(or Cmd)-B to toggle, and Alt-B to mark all but highlighted columns 
148 action.copy_highlighted_regions = Copy Highlighted Regions
149 tooltip.copy_highlighted_regions = Copies highlighted sequence regions to the clipboard for export or further analysis
150 action.deselect_all = Deselect all
151 action.invert_selection = Invert selection
152 action.using_jmol = Using Jmol
153 action.undo_changes_to_feature_settings = Undo all unapplied changes to feature settings
154 action.undo_changes_to_feature_settings_and_close_the_dialog = Undo all pending changes and close the feature settings dialog
155 action.link = Link
156 action.group_link = Group Link
157 action.show_chain = Show Chain
158 action.show_group = Show Group
159 action.fetch_db_references = Fetch DB References
160 action.view_flanking_regions = Show flanking regions
161 label.view_flanking_regions = Show sequence data either side of the subsequences involved in this alignment
162 label.structures_manager = Structures Manager
163 label.url = URL
164 label.url\: = URL:
165 label.input_file_url = Enter URL or Input File
166 label.select_feature = Select feature
167 label.name = Name
168 label.name\: = Name:
169 label.name_param = Name: {0}
170 label.group = Group
171 label.group\: = Group:
172 label.group_name = Group Name
173 label.group_description = Group Description
174 label.edit_group_name_description = Edit Group Name/Description
175 label.colour = Colour:
176 label.description = Description
177 label.description\: = Description:
178 label.start = Start:
179 label.end = End:
180 label.current_parameter_set_name = Current parameter set name:
181 label.service_action = Service Action:
182 label.post_url = POST URL:
183 label.url_suffix = URL Suffix
184 label.per_seq = per Sequence
185 label.result_vertically_separable = Results are vertically separable
186 label.amend = Amend
187 label.undo_command = Undo {0}
188 label.redo_command = Redo {0}
189 label.principal_component_analysis = Principal Component Analysis
190 label.average_distance_identity = Average Distance Using % Identity
191 label.neighbour_joining_identity = Neighbour Joining Using % Identity
192 label.choose_calculation = Choose Calculation
193 label.calc_title = {0} Using {1}
194 label.tree_calc_av = Average Distance
195 label.tree_calc_nj = Neighbour Joining
196 label.score_model_pid = % Identity
197 label.score_model_blosum62 = BLOSUM62
198 label.score_model_pam250 = PAM 250
199 label.score_model_smithwatermanscore = Score between two sequences aligned with Smith-Waterman with default Peptide/Nucleotide matrix
200 label.score_model_sequencefeaturesimilarity = Distance measure of average number of features not shared at sequence positions 
201 label.score_model_conservation = Physicochemical property conservation
202 label.score_model_enhconservation = Physicochemical property conservation
203 label.status_bar = Status bar
204 label.out_to_textbox = Output to Textbox
205 label.occupancy = Occupancy
206 # delete Clustal - use FileFormat name instead
207 label.clustal = Clustal
208 # label.colourScheme_<schemeName> as in JalviewColourScheme, spaces removed
209 label.colourScheme_clustal = Clustal
210 label.colourScheme_blosum62 = BLOSUM62 Score
211 label.colourScheme_%identity = Percentage Identity
212 label.colourScheme_zappo = Zappo
213 label.colourScheme_taylor = Taylor
214 label.colourScheme_hydrophobic = Hydrophobicity
215 label.colourScheme_helixpropensity = Helix Propensity
216 label.colourScheme_strandpropensity = Strand Propensity
217 label.colourScheme_turnpropensity = Turn Propensity
218 label.colourScheme_buriedindex = Buried Index
219 label.colourScheme_purine/pyrimidine = Purine/Pyrimidine
220 label.colourScheme_nucleotide = Nucleotide
221 label.colourScheme_nucleotideambiguity = Nucleotide Ambiguity
222 label.colourScheme_t-coffeescores = T-Coffee Scores
223 label.colourScheme_rnahelices = By RNA Helices
224 label.colourScheme_sequenceid = Sequence ID Colour
225 label.colourScheme_gecos-flower = gecos Flower
226 label.colourScheme_gecos-blossom = gecos Blossom
227 label.colourScheme_gecos-sunset = gecos Sunset
228 label.colourScheme_gecos-ocean = gecos Ocean
229 label.blc = BLC
230 label.fasta = Fasta
231 label.msf = MSF
232 label.pfam = PFAM
233 label.pileup = Pileup
234 label.pir = PIR
235 label.average_distance_blosum62 = Average Distance Using BLOSUM62
236 label.neighbour_blosum62 = Neighbour Joining Using BLOSUM62
237 label.show_annotations = Show annotations
238 label.hide_annotations = Hide annotations
239 label.show_all_seq_annotations = Show sequence related
240 label.hide_all_seq_annotations = Hide sequence related
241 label.show_all_al_annotations = Show alignment related
242 label.hide_all_al_annotations = Hide alignment related
243 label.hide_all = Hide all
244 label.add_reference_annotations = Add reference annotations
245 label.find_tip = Search alignment, selection or sequence ids for a subsequence (ignoring gaps).<br>Accepts regular expressions - search Help for 'regex' for details.
246 label.colour_text = Colour Text
247 label.show_non_conserved = Show nonconserved
248 label.overview_window = Overview Window
249 label.none = None
250 label.above_identity_threshold = Above Identity Threshold
251 label.show_sequence_features = Show Sequence Features
252 label.nucleotide = Nucleotide
253 label.protein = Protein
254 label.nucleotides = Nucleotides
255 label.proteins = Proteins
256 label.CDS = CDS
257 label.to_new_alignment = To New Alignment
258 label.to_this_alignment = Add To This Alignment
259 label.apply_colour_to_all_groups = Apply Colour To All Groups
260 label.modify_identity_threshold = Modify Identity Threshold...
261 label.modify_conservation_threshold = Modify Conservation Threshold...
262 label.input_from_textbox = Input from textbox
263 label.centre_column_labels = Centre column labels
264 label.automatic_scrolling = Automatic Scrolling
265 label.documentation = Documentation
266 label.about = About...
267 label.show_sequence_limits = Show Sequence Limits
268 action.feature_settings = Feature Settings...
269 label.all_columns = All Columns
270 label.all_sequences = All Sequences
271 label.selected_columns = Selected Columns 
272 label.selected_sequences = Selected Sequences
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274 label.all_but_selected_region = All but Selected Region (Shift+Ctrl+H)
275 label.selected_region = Selected Region
276 label.all_sequences_columns = All Sequences and Columns
277 label.hide_selected_annotations = Hide selected annotations
278 label.show_selected_annotations = Show selected annotations
279 label.group_consensus = Group Consensus
280 label.group_conservation = Group Conservation
281 label.show_consensus_histogram = Show Consensus Histogram
282 label.show_consensus_logo = Show Consensus Logo
283 label.norm_consensus_logo = Normalise Consensus Logo
284 label.apply_all_groups = Apply to all groups
285 label.autocalculated_annotation = Autocalculated Annotation
286 label.show_first = Show first
287 label.show_last = Show last
288 label.struct_from_pdb = Process secondary structure from PDB
289 label.use_rnaview = Use RNAView for secondary structure
290 label.autoadd_secstr = Add secondary structure annotation to alignment
291 label.autoadd_temp = Add Temperature Factor annotation to alignment
292 label.structure_viewer = Default structure viewer
293 label.double_click_to_browse = Double-click to browse for file
294 label.viewer_path = Path to {0} program
295 label.viewer_path_tip = Jalview will first try any path entered here, else standard installation locations.<br>Double-click to browse for file.
296 label.invalid_viewer_path = Path not found or not executable
297 label.viewer_missing = Structure viewer not found.<br/>Please enter the path to the executable (if installed),<br/>or download and install the program.
298 label.open_viewer_failed = Error opening {0} - is it installed?\nCheck configured path in Structure tab of Jalview''s Preferences 
299 label.min_colour = Minimum Colour
300 label.max_colour = Maximum Colour
301 label.no_colour = No Colour
302 label.use_original_colours = Use Original Colours
303 label.threshold_minmax = Threshold is min/max
304 label.represent_group_with = Represent Group with {0}
305 label.selection = Selection
306 label.group_colour = Group Colour
307 label.sequence = Sequence
308 label.view_pdb_structure = View PDB Structure
309 label.min_value = Min value
310 label.max_value = Max value
311 label.no_value = No value
312 label.new_feature = New Feature
313 label.match_case = Match Case
314 label.view_alignment_editor = View in alignment editor
315 label.labels = Labels
316 label.output_values = Output Values...
317 label.output_points = Output points...
318 label.output_transformed_points = Output transformed points
319 label.input_data = Input Data...
320 label.nucleotide_matrix = Nucleotide matrix
321 label.protein_matrix = Protein matrix
322 label.show_bootstrap_values = Show Bootstrap Values
323 label.show_distances = Show distances
324 label.mark_unassociated_leaves = Mark Unassociated Leaves
325 label.fit_to_window = Fit To Window
326 label.newick_format = Newick Format
327 label.select_newick_like_tree_file = Select a newick-like tree file
328 label.colours = Colours
329 label.view_mapping = View Mapping
330 label.wireframe = Wireframe
331 label.depthcue = Depthcue
332 label.z_buffering = Z Buffering
333 label.charge_cysteine = Charge & Cysteine
334 label.all_chains_visible = All Chains Visible
335 label.successfully_added_features_alignment = Successfully added features to alignment
336 label.keyboard_editing_mode = Keyboard editing mode is {0}
337 label.paste_features_annotations_Tcoffee_here = Paste your features / annotations / T-coffee score file here.
338 label.removed_columns = Removed {0} columns.
339 label.removed_empty_columns = Removed {0} empty columns.
340 label.paste_newick_tree_file = Paste your Newick tree file here.
341 label.order_by_params = Order by {0}
342 label.html_content = <html>{0}</html>
343 label.paste_pdb_file= Paste your PDB file here.
344 label.paste_pdb_file_for_sequence = Paste PDB file for sequence {0}
345 label.could_not_parse_newick_file  = Could not parse Newick file\!\n {0}
346 label.successfully_pasted_tcoffee_scores_to_alignment= Successfully pasted T-Coffee scores to alignment.
347 label.failed_add_tcoffee_scores = Failed to add T-Coffee scores: 
348 label.successfully_pasted_annotation_to_alignment= Successfully pasted annotation to alignment.
349 label.couldnt_parse_pasted_text_as_valid_annotation_feature_GFF_tcoffee_file = Couldn't parse pasted text as a valid annotation, feature, GFF, or T-Coffee score file
350 label.successfully_pasted_alignment_file = Successfully pasted alignment file
351 label.paste_your_alignment_file = Paste your alignment file here
352 label.paste_your = Paste your
353 label.finished_searching = Finished searching
354 label.subsequence_matches_found = {0} subsequence matches found
355 label.search_results= Search results {0} : {1}
356 label.found_match_for = Found match for {0}
357 label.font = Font:
358 label.size = Size:
359 label.style = Style:
360 label.calculating = Calculating....
361 label.modify_conservation_visibility = Modify conservation visibility
362 label.colour_residues_above_occurrence = Colour residues above % occurrence
363 label.set_this_label_text = set this label text
364 label.sequences_from = Sequences from {0}
365 label.successfully_loaded_file  = Successfully loaded file {0}
366 label.successfully_loaded_matrix  = Successfully loaded score matrix {0}
367 label.successfully_saved_to_file_in_format = Successfully saved to file: {0} in {1} format.
368 label.successfully_printed_to_stdout_in_format = Successfully printed to STDOUT in {0} format.
369 label.copied_sequences_to_clipboard = Copied {0} sequences to clipboard.
370 label.check_file_matches_sequence_ids_alignment = Check that the file matches sequence IDs in the alignment.
371 label.problem_reading_tcoffee_score_file = Problem reading T-COFFEE score file
372 label.source_to_target = {0} ... {1}
373 label.per_sequence_only= Per-sequence only
374 label.to_file = to File
375 label.to_textbox = to Textbox
376 label.jalview = Jalview
377 label.csv_spreadsheet = CSV (Spreadsheet)
378 label.status = Status
379 label.channels = Channels
380 label.channel_title_item_count = {0} ({1})
381 label.blog_item_published_on_date = {0} {1} 
382 label.groovy_console = Groovy Console...
383 label.lineart = Lineart
384 label.dont_ask_me_again = Don't ask me again
385 label.select_character_rendering_style = {0} character rendering style
386 label.select_character_style_title = {0} Rendering options
387 label.invert_selection = Invert Selection
388 label.optimise_order = Optimise Order
389 label.seq_sort_by_score = Sequence sort by Score
390 label.load_colours = Load Colours
391 label.save_colours = Save Colours
392 label.load_colours_tooltip = Load feature colours and filters from file
393 label.save_colours_tooltip = Save feature colours and filters to file
394 label.selected_database_to_fetch_from = Selected {0} database {1} to fetch from {2} 
395 label.database_param = Database: {0}
396 label.example = Example
397 label.example_param = Example: {0}
398 label.select_file_format_before_saving = You must select a file format before saving!
399 label.file_format_not_specified = File format not specified
400 label.couldnt_save_file = Couldn''t save file: {0}
401 label.error_saving_file = Error Saving File
402 label.remove_from_default_list = Remove from default list?
403 label.remove_user_defined_colour = Remove user defined colour
404 label.you_must_select_least_two_sequences = You must select at least 2 sequences.
405 label.invalid_selection = Invalid Selection
406 label.sequence_selection_insufficient = Sequence selection insufficient
407 label.you_need_at_least_n_sequences = You need to select at least {0} sequences
408 label.not_enough_sequences = Not enough sequences
409 label.selected_region_to_tree_may_only_contain_residues_or_gaps =  The selected region to create a tree may\nonly contain residues or gaps.\nTry using the Pad function in the edit menu,\nor one of the multiple sequence alignment web services.
410 label.sequences_selection_not_aligned = Sequences in selection are not aligned
411 label.problem_reading_tree_file =  Problem reading tree file
412 label.possible_problem_with_tree_file = Possible problem with tree file
413 label.select_at_least_three_bases_in_at_least_one_sequence_to_cDNA_translation = Please select at least three bases in at least one sequence in order to perform a cDNA translation.
414 label.translation_failed = Translation Failed
415 label.error_when_translating_sequences_submit_bug_report = Unfortunately, something went wrong when translating your sequences.\nPlease take a look in the Jalview java console\nand submit a bug report including the stacktrace.
416 label.implementation_error  = Implementation error:
417 label.automatically_associate_structure_files_with_sequences_same_name = Do you want to automatically associate the {0} structure file(s) with sequences in the alignment that have the same name?
418 label.automatically_associate_structure_files_by_name = Automatically Associate Structure files by name
419 label.ignore_unmatched_dropped_files_info = <html>Do you want to <em>ignore</em> the {0} files whose names did not match any sequence IDs ?</html>
420 label.ignore_unmatched_dropped_files = Ignore unmatched dropped files?
421 label.view_name_original = Original
422 label.enter_view_name = Enter View Name
423 label.enter_label = Enter label
424 label.enter_label_for_the_structure = Enter a label for the structure
425 label.pdb_entries_couldnt_be_retrieved = The following pdb entries could not be retrieved from the PDB\:\n{0}\nPlease retry, or try downloading them manually.
426 label.couldnt_load_file = Couldn't load file
427 label.couldnt_find_pdb_id_in_file = Couldn't find a PDB id in the file supplied. Please enter an Id to identify this structure.
428 label.no_pdb_id_in_file = No PDB Id in File
429 label.couldnt_read_pasted_text = Couldn''t read the pasted text {0}
430 label.error_parsing_text = Error parsing text
431 label.input_alignment_from_url = Input Alignment From URL
432 label.input_alignment = Input Alignment
433 label.vamsas_document_import_failed = Vamsas Document Import Failed
434 label.couldnt_locate = Couldn''t locate {0}
435 label.url_not_found = URL not found
436 label.new_sequence_url_link = New sequence URL link
437 label.error_retrieving_data = Error Retrieving Data
438 label.user_colour_scheme_must_have_name = User colour scheme must have a name
439 label.no_name_colour_scheme = No name for colour scheme
440 label.invalid_url = Invalid URL !
441 label.error_loading_file = Error loading file
442 label.problems_opening_file = Encountered problems opening {0}!!
443 label.file_open_error = File open error
444 label.colour_scheme_exists_overwrite = Colour scheme {0} exists.\nContinue saving colour scheme as {1}?"
445 label.duplicate_scheme_name = Duplicate scheme name
446 label.jalview_new_questionnaire = There is a new Questionnaire available. Would you like to complete it now ?\n
447 label.jalview_user_survey = Jalview User Survey
448 label.alignment_properties = Alignment Properties: {0}
449 label.alignment_props = Alignment Properties
450 label.input_cut_paste = Cut & Paste Input
451 label.input_cut_paste_params = Cut & Paste Input - {0}
452 label.alignment_output_command = Alignment output - {0}
453 label.annotations = Annotations
454 label.structure_options = Structure Options
455 label.structure_import_options = Structure Import Options
456 label.features = Features
457 label.overview_params = Overview {0}
458 label.paste_newick_file = Paste Newick file
459 label.load_tree_from_file = From File - 
460 label.colour_by_annotation = Colour by Annotation
461 label.selection_output_command = Selection output - {0}
462 label.annotation_for_displayid = <p><h2>Annotation for {0} </h2></p><p>
463 label.pdb_sequence_mapping = PDB - Sequence Mapping
464 label.pca_details = PCA details
465 label.redundancy_threshold_selection = Redundancy threshold selection
466 label.user_defined_colours = User defined colours
467 label.jalviewLite_release = JalviewLite - Release {0}
468 label.jaview_build_date = Build date: {0}
469 label.jalview_authors_1 = Authors: Jim Procter, Andrew Waterhouse, Mungo Carstairs, Tochukwu Ofoegbu, Lauren Lui, Jan Engelhardt,
470 label.jalview_authors_2 = Natasha Sherstnev, Daniel Barton, Michele Clamp, James Cuff, Steve Searle, David Martin & Geoff Barton.
471 label.jalview_dev_managers = Development managed by The Barton Group, University of Dundee, Scotland, UK.
472 label.jalview_distribution_lists = For help, see the FAQ at www.jalview.org and/or join the jalview-discuss@jalview.org mailing list
473 label.jalview_please_cite = If  you use Jalview, please cite:
474 label.jalview_cite_1_authors = Waterhouse, A.M., Procter, J.B., Martin, D.M.A, Clamp, M. and Barton, G. J. (2009)
475 label.jalview_cite_1_title = Jalview Version 2 - a multiple sequence alignment editor and analysis workbench
476 label.jalview_cite_1_ref = Bioinformatics doi: 10.1093/bioinformatics/btp033
477 label.right_click = Right click
478 label.to_add_annotation = to add annotation
479 label.alignment_has_no_annotations = Alignment has no annotations
480 label.retrieving_pdb_data = Retrieving PDB data...
481 label.label = Label
482 label.no_features_added_to_this_alignment = No Features added to this alignment!!
483 label.features_can_be_added_from_searches_1 = (Features can be added from searches or
484 label.features_can_be_added_from_searches_2 = from Jalview / GFF features files)
485 label.calculating_pca= Calculating PCA
486 label.jalview_cannot_open_file = Jalview can't open file
487 label.jalview_applet = Jalview applet
488 label.loading_data = Loading data
489 label.memory_stats = Total Free Memory: {0} MB; Max Memory: {1} MB; {2} %
490 label.calculating_tree = Calculating tree
491 label.state_queueing = queuing
492 label.state_running = running
493 label.state_completed = finished
494 label.state_job_cancelled = job cancelled!!
495 label.state_job_error = job error!
496 label.server_error_try_later = Server Error! (try later)
497 label.error_loading_pdb_data = Error loading PDB data!!
498 label.fetching_pdb_data = Fetching PDB data...
499 label.structure_type = Structure type
500 label.settings_for_type = Settings for {0}
501 label.view_full_application = View in Full Application
502 label.load_associated_tree = Load Associated Tree...
503 label.load_features_annotations = Load Features/Annotations...
504 label.load_vcf = Load SNP variants from plain text or indexed VCF data
505 label.load_vcf_file = Load VCF File
506 label.searching_vcf = Loading VCF variants...
507 label.added_vcf = Added {0} VCF variants to {1} sequence(s)
508 label.export_features = Export Features...
509 label.export_annotations = Export Annotations...
510 label.to_upper_case = To Upper Case
511 label.to_lower_case = To Lower Case
512 label.toggle_case = Toggle Case
513 label.edit_name_description = Edit Name/Description...
514 label.create_sequence_feature = Create Sequence Feature...
515 label.edit_sequence = Edit Sequence
516 label.edit_sequences = Edit Sequences
517 label.insert_gap = Insert 1 gap
518 label.insert_gaps = Insert {0} gaps
519 label.delete_gap = Delete 1 gap
520 label.delete_gaps = Delete {0} gaps
521 label.sequence_details = Sequence Details
522 label.viewer_help = {0} Help
523 label.close_viewer = Close Viewer
524 label.close_viewers = Close Viewers
525 label.confirm_close_viewer = This will close Jalview''s connection to {0}.<br>Do you want to close the {1} window as well?
526 label.all = All
527 label.sort_by = Sort alignment by
528 label.sort_by_score = Sort by Score
529 label.sort_by_density = Sort by Density
530 label.sequence_sort_by_density = Sequence sort by Density
531 label.sort_ann_by = Sort annotations by
532 label.sort_annotations_by_sequence = Sort by sequence
533 label.sort_annotations_by_label = Sort by label
534 label.reveal = Reveal
535 label.hide_columns = Hide Columns
536 label.load_jalview_annotations = Load Jalview Annotations or Features File
537 label.load_tree_file = Load a tree file
538 label.retrieve_parse_sequence_database_records_alignment_or_selected_sequences = Retrieve and parse sequence database records for the alignment or the currently selected sequences
539 label.standard_databases = Standard Databases
540 label.fetch_embl_uniprot = Fetch from EMBL/EMBLCDS or Uniprot/PDB and any selected DAS sources
541 label.fetch_uniprot_references = Fetch Uniprot references
542 label.search_3dbeacons = Search 3D-Beacons
543 label.find_models_from_3dbeacons = Search 3D-Beacons for 3D structures and models
544 label.3dbeacons = 3D-Beacons
545 label.fetch_references_for = Fetch database references for {0} sequences ?
546 label.fetch_references_for_3dbeacons = 3D Beacons needs to fetch Uniprot References for {0} sequences.  Do you want to continue ?
547 label.reset_min_max_colours_to_defaults = Reset min and max colours to defaults from user preferences.
548 label.align_structures_using_linked_alignment_views = Superpose structures using {0} selected alignment view(s)
549 label.threshold_feature_display_by_score = Threshold the feature display by score.
550 label.threshold_feature_no_threshold = No Threshold
551 label.threshold_feature_above_threshold = Above Threshold
552 label.threshold_feature_below_threshold = Below Threshold
553 label.adjust_threshold = Adjust threshold
554 label.toggle_absolute_relative_display_threshold = Toggle between absolute and relative display threshold.
555 label.select_colour_minimum_value = Select Colour for Minimum Value
556 label.select_colour_maximum_value = Select Colour for Maximum Value
557 label.open_url_param = Open URL {0}
558 label.open_url_seqs_param = Open URL ({0}..) ({1} seqs)
559 label.load_pdb_file_associate_with_sequence = Load a PDB file and associate it with sequence {0}
560 label.load_pae_matrix_file_associate_with_structure = Load a PAE matrix file and associate it with structure {0}
561 label.reveal_hidden_columns = Reveal Hidden Columns with Right Mouse Button
562 label.dark_colour = Dark Colour
563 label.light_colour = Light Colour
564 label.highlightnode = Left click to select leaves.<br>Double-click to invert leaves.<br>Right click to change colour.
565 label.load_colour_scheme = Load colour scheme
566 label.copy_format_from = Copy format from
567 label.toggle_enabled_views = When enabled, allows many views to be selected.
568 label.select_all_views = Select all views
569 label.select_many_views = Select many views
570 label.edit_notes_parameter_set = Click to edit the notes for this parameter set.
571 label.open_local_file = Open local file
572 label.enable_automatically_sort_alignment_when_open_new_tree = Enable this to automatically sort<br>the alignment when you open<br> a new tree.
573 label.listen_for_selections = Listen for selections
574 label.selections_mirror_selections_made_same_sequences_other_views = When selected, selections in this view will mirror<br>selections made on the same sequences in other views.
575 label.toggle_sequence_visibility = Shift+H toggles sequence visiblity
576 label.toggle_columns_visibility = Ctrl+H toggles column visiblity.
577 label.toggles_visibility_hidden_selected_regions = H toggles visibility of hidden or selected regions
578 label.rename_tab_eXpand_reGroup=  Right-click to rename tab <br> Press X to eXpand tabs, G to reGroup.
579 label.right_align_sequence_id = Right Align Sequence Id
580 label.sequence_id_tooltip = Sequence ID Tooltip
581 label.no_services = <No Services>
582 label.select_copy_raw_html = Select this if you want to copy raw html
583 label.from_url = from URL
584 label.any_trees_calculated_or_loaded_alignment_automatically_sort = When selected, any trees calculated or loaded onto the alignment will automatically sort the alignment
585 label.sort_with_new_tree = Sort With New Tree
586 label.from_textbox = from Textbox
587 label.window = Window
588 label.preferences = Preferences
589 label.tools = Tools
590 label.fetch_sequences = Fetch Sequences
591 action.fetch_sequences = Fetch Sequences...
592 label.collect_garbage = Collect Garbage
593 label.show_memory_usage = Show Memory Usage
594 label.show_java_console = Show Java Console
595 label.show_jalview_news = Show Jalview News
596 label.take_snapshot = Take snapshot
597 label.monospaced_fonts_faster_to_render = Monospaced fonts are faster to render
598 label.anti_alias_fonts = Anti-alias Fonts (Slower to render)
599 label.monospaced_font= Monospaced
600 label.quality = Quality
601 label.maximize_window = Maximize Window
602 label.conservation = Conservation
603 label.consensus = Consensus
604 label.histogram = Histogram
605 label.logo = Logo
606 label.non_positional_features = List Non-positional Features
607 label.database_references = List Database References
608 #label.share_selection_across_views = Share selection across views
609 #label.scroll_highlighted_regions = Scroll to highlighted regions
610 label.gap_symbol = Gap Symbol
611 label.prot_alignment_colour = Protein Alignment Colour
612 label.nuc_alignment_colour = Nucleotide Alignment Colour
613 label.address = Address
614 label.host = Host
615 label.port = Port
616 label.default_browser_unix_windows = Default Browser (Unix, Windows)
617 label.send_usage_statistics = Send usage statistics
618 label.check_for_questionnaires = Check for questionnaires
619 label.check_for_latest_version = Check for latest version
620 label.url_linkfrom_sequence_id = URL link from Sequence ID
621 label.no_proxy = No proxy servers
622 label.system_proxy = System proxy servers (http={0}; https={1})
623 label.use_proxy_server = Use these proxy servers
624 label.auth_required = Authentication required
625 label.username = Username
626 label.password = Password
627 label.proxy_password_required = Proxy password required
628 label.not_stored = not stored in Preferences file
629 label.rendering_style = {0} rendering style
630 label.append_start_end = Append /start-end (/15-380)
631 label.full_sequence_id = Full Sequence Id
632 label.smooth_font = Smooth Font
633 label.autocalculate_consensus = AutoCalculate Consensus
634 label.pad_gaps = Pad Gaps
635 label.pad_gaps_when_editing = Pad Gaps When Editing
636 label.automatically_set_id_width = Automatically set ID width
637 label.figure_id_column_width = Figure ID column width
638 label.use_modeller_output = Use Modeller Output
639 label.wrap_alignment = Wrap Alignment
640 label.right_align_ids = Right Align Ids
641 label.sequence_name_italics = Italic Sequence Ids
642 label.open_overview = Open Overview
643 label.default_colour_scheme_for_alignment = Default Colour Scheme for alignment
644 label.annotation_shading_default = Annotation Shading Default
645 label.default_minimum_colour_annotation_shading = Default Minimum Colour for annotation shading
646 label.default_maximum_colour_annotation_shading = Default Maximum Colour for annotation shading
647 label.visual = Visual
648 label.connections = Connections
649 label.output = Output
650 label.editing = Editing
651 label.web_services = Web Services
652 label.right_click_to_edit_currently_selected_parameter = Right click to edit currently selected parameter.
653 label.let_jmol_manage_structure_colours = Let Jmol manage structure colours
654 label.fetch_viewer_attributes = Fetch {0} attributes
655 label.fetch_viewer_attributes_tip = Copy {0} attribute to Jalview feature
656 label.marks_leaves_tree_not_associated_with_sequence = Marks leaves of tree not associated with a sequence
657 label.index_web_services_menu_by_host_site = Index web services in menu by the host site
658 label.option_want_informed_web_service_URL_cannot_be_accessed_jalview_when_starts_up = Check this option if you want to be informed<br>when a web service URL cannot be accessed by Jalview<br>when it starts up
659 label.new_service_url = New Service URL
660 label.edit_service_url = Edit Service URL
661 label.delete_service_url = Delete Service URL
662 label.details = Details
663 label.options = Options
664 label.parameters = Parameters
665 label.proxy_servers = Proxy Servers
666 label.file_output = File Output
667 label.select_input_type = Select input type
668 label.set_options_for_type = Set options for type
669 label.data_input_parameters = Data input parameters
670 label.data_returned_by_service = Data returned by service
671 label.rsbs_encoded_service = RSBS Encoded Service
672 label.parsing_errors = Parsing errors
673 label.simple_bioinformatics_rest_services = Simple Bioinformatics Rest Services
674 label.web_service_discovery_urls = Web Service Discovery URLS
675 label.input_parameter_name = Input Parameter name
676 label.short_descriptive_name_for_service = Short descriptive name for service
677 label.function_service_performs = What kind of function the service performs (e.g. alignment, analysis, search, etc).
678 label.brief_description_service = Brief description of service
679 label.url_post_data_service = URL to post data to service. Include any special parameters needed here
680 label.optional_suffix = Optional suffix added to URL when retrieving results from service
681 label.preferred_gap_character = Which gap character does this service prefer?
682 label.gap_character = Gap character
683 label.move_return_type_up_order= Move return type up order
684 label.move_return_type_down_order= Move return type down order
685 label.update_user_parameter_set = Update this existing user parameter set
686 label.delete_user_parameter_set = Delete the currently selected user parameter set
687 label.create_user_parameter_set = Create a new parameter set with the current settings.
688 label.revert_changes_user_parameter_set = Undo all changes to the current parameter set
689 label.start_job_current_settings = Start Job with current settings
690 label.cancel_job_close_dialog = Close this dialog and cancel job
691 label.input_output = Input/Output
692 label.cut_paste = Cut'n'Paste
693 label.adjusting_parameters_for_calculation = Adjusting parameters for existing Calculation
694 label.2d_rna_structure_line = 2D RNA {0} (alignment)
695 label.2d_rna_sequence_name = 2D RNA - {0}
696 label.edit_name_and_description_current_group = Edit name and description of current group
697 label.from_file = From File
698 label.enter_pdb_id = Enter PDB Id
699 label.enter_pdb_id_tip = Enter PDB Id (or pdbid:chaincode)
700 label.text_colour = Text Colour...
701 label.structure = Structure
702 label.show_pdbstruct_dialog = 3D Structure Data...
703 label.view_rna_structure = VARNA 2D Structure
704 label.create_sequence_details_report_annotation_for = Annotation for {0}
705 label.sequence_details_for = Sequence Details for {0}
706 label.sequence_name = Sequence Name
707 label.sequence_description = Sequence Description
708 label.edit_sequence_name_description = Edit Sequence Name/Description
709 label.spaces_converted_to_underscores = Spaces have been converted to underscores (_)
710 label.no_spaces_allowed_sequence_name = No spaces allowed in Sequence Name
711 label.select_outline_colour = Select Outline Colour
712 label.web_browser_not_found_unix = Unixers\: Couldn't find default web browser.\nAdd the full path to your browser in Preferences."
713 label.web_browser_not_found = Web browser not found
714 label.select_pdb_file_for = Select a PDB file for {0}
715 label.select_pae_matrix_file_for = Select a PAE matrix file for {0}
716 label.html = HTML
717 label.wrap = Wrap
718 label.show_database_refs = Show Database Refs
719 label.show_non_positional_features = Show Non-Positional Features
720 label.save_png_image = Save As PNG Image
721 label.load_tree_for_sequence_set = Load a tree for this sequence set
722 label.export_image = Export Image
723 label.vamsas_store = VAMSAS store
724 label.translate_cDNA = Translate as cDNA
725 label.reverse = Reverse
726 label.reverse_complement = Reverse Complement
727 label.linked_view_title = Linked CDS and protein view
728 label.extract_scores = Extract Scores
729 label.get_cross_refs = Get Cross-References
730 label.sort_alignment_new_tree = Sort Alignment With New Tree
731 label.add_sequences = Add Sequences
732 label.new_window = New Window
733 label.split_window = Split Window
734 label.set_as_default = Set as Default
735 label.show_labels = Show labels
736 action.background_colour = Background Colour...
737 label.associate_nodes_with = Associate Nodes With
738 label.link_name = Link Name
739 label.pdb_file = PDB file
740 label.colour_with_jmol = Colour with Jmol
741 label.let_viewer_manage_structure_colours = Let viewer manage structure colours
742 label.colour_with_viewer = Colour in structure viewer
743 label.superpose_structures = Superpose Structures
744 error.superposition_failed = Superposition failed: {0}
745 label.insufficient_residues = Not enough aligned residues ({0}) to perform superposition
746 label.create_viewer_attributes = Write Jalview features
747 label.create_viewer_attributes_tip = Set structure residue attributes for Jalview features
748 label.attributes_set = {0} attribute values set on {1}
749 label.sort_alignment_by_tree = Sort Alignment By Tree
750 label.mark_unlinked_leaves = Mark Unlinked Leaves
751 label.associate_leaves_with = Associate Leaves With
752 label.save_colour_scheme_with_unique_name_added_to_colour_menu = Save your colour scheme with a unique name and it will be added to the Colour menu
753 label.case_sensitive = Case Sensitive
754 label.lower_case_colour = Colour All Lower Case
755 label.lower_case_tip = Chosen colour applies to all lower case symbols
756 label.index_by_host = Index by Host
757 label.index_by_type = Index by Type
758 label.enable_jabaws_services = Enable JABAWS Services
759 label.display_warnings = Display Warnings
760 label.move_url_up = Move URL Up
761 label.move_url_down = Move URL Down
762 label.add_sbrs_definition = Add a SBRS Definition
763 label.edit_sbrs_definition = Edit SBRS Definition
764 label.delete_sbrs_definition = Delete SBRS Definition
765 label.your_sequences_have_been_verified = Your sequences have been verified against known sequence databases.\n(Use Calculate | Show flanking regions to show enclosing sequence.)\nTo preserve data changes, save your alignment.\n\n
766 label.sequences_updated = Sequences updated
767 label.dbref_search_completed = DBRef search completed
768 label.fetch_all_param = Fetch all {0}
769 label.paste_new_window = Paste To New Window
770 label.settings_for_param = Settings for {0}
771 label.view_params = View {0}
772 label.aacon_calculations = AACon Calculations
773 label.aacon_settings = Change AACon Settings...
774 tooltip.aacon_calculations = When checked, AACon calculations are updated automatically.
775 tooltip.aacon_settings = Modify settings for AACon calculations.
776 label.rnalifold_calculations = RNAAliFold Prediction
777 label.rnalifold_settings = Change RNAAliFold settings...
778 tooltip.rnalifold_calculations = When checked, RNA secondary structure predictions will be calculated for the alignment, and updated when edits are made.
779 tooltip.rnalifold_settings = Modify settings for the RNAAliFold prediction. Use this to hide or show different results of the RNA calculation, and change RNA folding parameters.
780 label.all_views = All Views
781 label.align_sequences_to_existing_alignment = Align sequences to an existing alignment
782 label.realign_with_params = Realign with {0}
783 label.calcname_with_default_settings = {0} with Defaults
784 label.action_with_default_settings = {0} with default settings
785 label.edit_settings_and_run = Edit settings and run...
786 label.view_and_change_parameters_before_alignment = View and change the parameters before alignment
787 label.run_with_preset_params = Run {0} with preset
788 label.view_and_change_parameters_before_running_calculation = View and change parameters before running calculation
789 label.view_documentation = View documentation
790 label.select_return_type = Select return type
791 label.translation_of_params = Translation of {0} (Table {1})
792 label.features_for_params = Features for - {0}
793 label.annotations_for_params = Annotations for - {0}
794 label.generating_features_for_params = Generating features for - {0}
795 label.generating_annotations_for_params = Generating annotations for - {0}
796 label.varna_params = VARNA - {0}
797 label.sequence_feature_settings = Sequence Feature Settings
798 label.sequence_feature_settings_for = Sequence Feature Settings for {0}
799 label.sequence_feature_settings_for_view = Sequence Feature Settings for view "{0}"
800 label.sequence_feature_settings_for_CDS_and_Protein = Sequence Feature Settings for CDS and Protein
801 label.pairwise_aligned_sequences = Pairwise Aligned Sequences
802 label.original_data_for_params = Original Data for {0}
803 label.points_for_params = Points for {0}
804 label.transformed_points_for_params = Transformed points for {0}
805 label.variable_color_for = Variable Feature Colour for {0}
806 label.select_background_colour = Select Background Colour
807 label.invalid_font = Invalid Font
808 label.search_db_all = Search all of {0}
809 label.search_db_index = Search {0} index {1}
810 label.separate_multiple_accession_ids = Enter one or more accession IDs separated by a semi-colon ";"
811 label.separate_multiple_query_values = Enter one or more {0} separated by a semi-colon ";"
812 label.search_all = Enter one or more search values separated by a semi-colon ";" (Note: This searches the entire database)
813 label.replace_commas_semicolons = Replace commas with semi-colons
814 label.parsing_failed_syntax_errors_shown_below_param = Parsing failed. Syntax errors shown below {0}
815 label.parsing_failed_unrecoverable_exception_thrown_param = \nParsing failed. An unrecoverable exception was thrown\:\n {0}
816 label.example_query_param = Example query: {0}
817 label.enter_value_increase_conservation_visibility = Enter value to increase conservation visibility
818 label.enter_percentage_identity_above_which_colour_residues = Enter % identity above which to colour residues
819 label.wswublast_client_credits = To display sequence features an exact Uniprot id with 100% sequence identity match must be entered.\nIn order to display these features, try changing the names of your sequences to the ids suggested below.\n\nRunning WSWUBlast at EBI.\nPlease quote Pillai S., Silventoinen V., Kallio K., Senger M., Sobhany S., Tate J., Velankar S., Golovin A., Henrick K., Rice P., Stoehr P., Lopez R.\nSOAP-based services provided by the European Bioinformatics Institute.\nNucleic Acids Res. 33(1)\:W25-W28 (2005));
820 label.blasting_for_unidentified_sequence = BLASTing for unidentified sequences
821 label.select_columns_containing = Select columns containing
822 label.select_columns_not_containing = Select columns that do not contain
823 label.hide_columns_containing = Hide columns containing
824 label.hide_columns_not_containing = Hide columns that do not contain
825 option.trim_retrieved_seqs = Trim retrieved sequences
826 label.trim_retrieved_sequences = When the reference sequence is longer than the sequence that you are working with, only keep the relevant subsequences.
827 label.use_sequence_id_1 = Use $DB_ACCESSION$ or $DB_ACCESSION=/<regex>/=$
828 label.use_sequence_id_2 = to embed accession id in URL
829 label.use_sequence_id_3 = Use $SEQUENCE_ID$ similarly to embed sequence id
830 label.use_sequence_id_4 = 
831 label.ws_parameters_for = Parameters for {0}
832 label.switch_server = Switch server
833 label.choose_jabaws_server = Choose a server for running this service
834 label.services_at = Services at {0}
835 label.rest_client_submit = {0} using {1}
836 label.fetch_retrieve_from =Retrieve from {0}</html>
837 label.fetch_retrieve_from_all_sources = Retrieve from all {0} sources in {1}<br>First is :{2}<html> 
838 label.feature_settings_click_drag = Drag up or down to change render order.<br/>Double click to select columns containing feature.
839 label.transparency_tip = Adjust transparency to 'see through' feature colours.
840 label.opt_and_params_further_details = see further details by right-clicking
841 label.opt_and_params_show_brief_desc_image_link = <html>Click to show brief description<br><img src="{0}"/> Right click for further information.</html> 
842 label.opt_and_params_show_brief_desc = <html>Click to show brief description<br></html>
843 label.adjusts_width_generated_eps_png = <html>Adjusts the width of the generated EPS or PNG file to ensure even the longest sequence ID or annotation label is displayed</html>
844 label.manually_specify_width_left_column = <html>Manually specify the width of the left hand column where sequence IDs and annotation labels will be rendered in exported alignment figures. This setting will be ignored if 'Automatically set ID width' is set</html>
845 label.job_created_when_checked = <html>When checked, a job is created for every sequence in the current selection.</html>
846 label.when_checked_job_visible_region_and_results = <html>When checked, a single job is created for the visible region and results mapped back onto their location in the alignment. Otherwise, a job would be created for every contiguous region visible in the alignment or current selection (e.g. a multiple alignment).</html>
847 label.flat_file_representation = <html>Flat file representation of this rest service using the Really Simple Bioinformatics Service formalism</html>
848 label.result_of_parsing_rsbs = <html>Results of parsing the RSBS representation</html>
849 label.user_preset = User Preset
850 label.service_preset = Service Preset
851 label.run_with_preset = Run {0} with preset
852 label.view_service_doc_url = <html>View <a href="{0}">{1}</a></html>
853 action.by_title_param = By {0}
854 label.source_from_db_source = Sources from {0}
855 label.from_msname = from {0}
856 label.superpose_with = Superpose with
857 label.scale_label_to_column = Scale Label to Column
858 label.add_new_row = Add New Row
859 label.edit_label_description = Edit Label/Description
860 label.hide_row = Hide This Row
861 label.delete_row = Delete This Row
862 label.show_all_hidden_rows = Show All Hidden Rows
863 label.export_annotation = Export Annotation
864 label.copy_consensus_sequence = Copy Consensus Sequence
865 label.helix = Helix
866 label.sheet = Sheet
867 label.rna_helix = RNA Helix
868 label.remove_annotation = Remove Annotation
869 label.colour_by = Colour by...
870 label.muscle_multiple_protein_sequence_alignment = Muscle Multiple Protein Sequence Alignment
871 label.mafft_multiple_sequence_alignment = MAFFT Multiple Sequence Alignment
872 label.clustalw_multiple_sequence_alignment = ClustalW Multiple Sequence Alignment
873 label.jnet_secondary_structure_prediction = JPred Secondary Structure Prediction
874 label.multiharmony = Multi-Harmony
875 label.unable_start_web_service_analysis = Unable to start web service analysis
876 label.job_couldnt_be_started_check_input = The Job couldn't be started. Please check your input, and the Jalview console for any warning messages.
877 label.prompt_each_time = Prompt each time
878 label.couldnt_save_project = Couldn't save project
879 label.error_whilst_saving_current_state_to = Error whilst saving current state to {0}
880 label.error_whilst_loading_project_from = Error whilst loading project from {0}
881 label.couldnt_load_project = Couldn't load project
882 label.invalid_name_preset_exists = Invalid name - preset already exists.
883 label.invalid_name = Invalid name
884 label.set_proxy_settings = Please set up your proxy settings in the 'Connections' tab of the Preferences window
885 label.proxy_authorization_failed = Proxy Authorization Failed
886 label.internal_jalview_error = Internal Jalview Error
887 label.secondary_structure_prediction_service_couldnt_be_located = The Secondary Structure Prediction Service named {0} at {1} couldn''t be located.
888 label.service_called_is_not_msa_service = The Service called \n{0}\nis not a \nMultiple Sequence Alignment Service\!
889 label.msa_service_is_unknown = The Multiple Sequence Alignment Service named {0} is unknown
890 label.service_called_is_not_seq_search_service = The Service called \n{0}\nis not a \nSequence Search Service\!
891 label.seq_search_service_is_unknown = The Sequence Search Service named {0} is unknown
892 label.feature_type = Feature Type
893 label.show = Show
894 label.service_url = Service URL
895 label.copied_sequences = Copied sequences
896 label.cut_sequences = Cut Sequences
897 label.conservation_colour_increment = Conservation Colour Increment ({0})
898 label.percentage_identity_threshold = Percentage Identity Threshold ({0})
899 label.error_unsupported_owwner_user_colour_scheme = Unsupported owner for User Colour scheme dialog
900 label.save_alignment_to_file = Save Alignment to file
901 label.save_features_to_file = Save Features to File
902 label.save_annotation_to_file = Save Annotation to File
903 label.save_pdb_file = Save PDB File
904 label.save_text_to_file = Save Text to File
905 label.save_state = Save State
906 label.restore_state = Restore State
907 label.saving_jalview_project = Saving jalview project {0}
908 label.load_feature_colours = Load Feature Colours
909 label.save_feature_colours = Save Feature Colour Scheme
910 label.select_startup_file = Select startup file
911 label.select_default_browser = Select default web browser
912 label.save_tree_as_newick = Save tree as newick file
913 label.save_colour_scheme = Save colour scheme
914 label.edit_params_for = Edit parameters for {0}
915 label.choose_filename_for_param_file = Choose a filename for this parameter file
916 label.save_as_html = Save as HTML
917 label.recently_opened = Recently Opened
918 label.blasting_for_unidentified_sequence_jobs_running = BLASTing for unidentified sequences - {0}  jobs running.
919 label.tree = Tree
920 label.tree_from = Tree from {0}
921 label.webservice_job_title = {0} using {1}
922 label.select_visible_region_of = selected {0} region of {1}
923 label.visible = Visible
924 label.select_unselect_visible_regions_from = select and unselected {0} regions from {1}
925 label.visible_region_of = visible region of
926 label.webservice_job_title_on = {0} using {1} on {2}
927 label.loading_file = Loading File: {0}
928 label.edit_params = Edit {0}
929 label.as_percentage = As Percentage
930 error.not_implemented = Not implemented
931 error.no_such_method_as_clone1_for = No such method as clone1 for {0}
932 error.null_from_clone1 = Null from clone1!
933 error.not_yet_implemented = Not yet implemented
934 error.unknown_type_dna_or_pep = Unknown Type {0} - dna or pep are the only allowed values.
935 error.implementation_error_dont_know_threshold_annotationcolourgradient = Implementation error: don't know about threshold setting for current AnnotationColourGradient.
936 error.invalid_separator_parameter = Invalid separator parameter - must be non-zero length
937 error.alignment_cigararray_not_implemented = Alignment(CigarArray) not yet implemented
938 error.empty_view_cannot_be_updated = empty view cannot be updated.
939 error.mismatch_between_number_of_sequences_in_block = Mismatch between number of sequences in block {0} ({1}) and the original view ({2})
940 error.padding_not_yet_implemented = Padding not yet implemented
941 error.mismatch_between_visible_blocks_to_update_and_number_of_contigs_in_view = Mismatch between visible blocks to update and number of contigs in view (contigs=0,blocks={0})
942 error.unknown_seq_cigar_operation = Unknown SeqCigar operation {0}
943 error.implementation_bug_parse_cigar_string = Implementation bug in parseCigarString
944 error.implementation_error_invalid_operation_string = Implementation error. Invalid operation string.
945 error.invalid_range_string = Invalid range string (must be zero or positive number)
946 error.implementation_error_delete_range_out_of_bounds = Implementation Error: deleteRange out of bounds: start must be non-negative and less than end.
947 error.implementation_error = Implementation error
948 error.implementation_error_unknown_operation = Implementation Error! Unknown operation {0}
949 error.implementation_error_unexpected_null_from_get_sequence_and_deletions = Implementation Error - unexpected null from getSequenceAndDeletions
950 error.implementation_error_set_seq_null = Implementation Error - _setSeq(null,...)
951 error.implementation_error_s = Implementation Error: _s= {0}
952 error.implementation_error_seqcigar_possible = SeqCigar: Possible implementation error: sequence is longer than dataset sequence
953 error.implmentation_bug_seq_null = Implementation Bug. Null seq
954 error.implementation_bug_cigar_operation_list_range_list = Implementation Bug. Cigar Operation list!= range list
955 error.not_yet_implemented_cigar_object_from_cigar_string = NOT YET Implemented: Constructing a Cigar object from a cigar string and a gapped sequence.
956 error.implementation_bug_cigar_operation = Implementation Bug. Cigar Operation {0} {1} not one of {2}, {3}, or {4}.
957 error.implementation_error_for_new_cigar = Implementation error for new Cigar(SequenceI)
958 error.implementation_error_cigar_seq_no_operations = Implementation error: {0}th sequence Cigar has no operations.
959 error.implementation_error_no_pdbentry_from_index = Implementation error - no corresponding pdbentry (for index {0}) to add sequences mappings to
960 error.jmol_version_not_compatible_with_jalview_version = Jmol version {0} is not compatible with this version of Jalview. Report this problem at issues.jalview.org
961 error.not_implemented_remove = Remove: Not implemented
962 error.not_implemented_clone = Clone: Not implemented
963 error.call_setprogressbar_before_registering_handler = call setProgressBar before registering the progress bar's handler.
964 label.cancelled_params = Cancelled {0}
965 error.implementation_error_cannot_show_view_alignment_frame = Implementation error: cannot show a view from another alignment in an AlignFrame.
966 error.implementation_error_dont_know_about_threshold_setting = Implementation error: don't know about threshold setting for current AnnotationColourGradient.
967 label.groovy_support_failed = Jalview Groovy Support Failed
968 label.couldnt_create_groovy_shell = Couldn't create the groovy Shell. Check the error log for the details of what went wrong.
969 error.unsupported_version_calcIdparam = Unsupported Version for calcIdparam {0}
970 error.implementation_error_cant_reorder_tree = Implementation Error: Can't reorder this tree. Not DefaultMutableTreeNode.
971 error.invalid_value_for_option = Invalid value ''{0}'' for option ''{1}''
972 error.implementation_error_cannot_import_vamsas_doc = Implementation Error - cannot import existing vamsas document into an existing session, Yet!
973 label.vamsas_doc_couldnt_be_opened_as_new_session = VAMSAS Document could not be opened as a new session - please choose another
974 error.setstatus_called_non_existent_job_pane = setStatus called for non-existent job pane {0}
975 error.implementation_error_cannot_find_marshaller_for_param_set =Implementation error: Can't find a marshaller for the parameter set
976 error.implementation_error_old_jalview_object_not_bound =IMPLEMENTATION ERROR: old jalview object is not bound ! ({0})
977 error.implementation_error_vamsas_doc_class_should_bind_to_type = Implementation Error: Vamsas Document Class {0} should bind to a {1} (found a {2})
978 error.invalid_vamsas_rangetype_cannot_resolve_lists = Invalid vamsas RangeType - cannot resolve both lists of Pos and Seg from choice!
979 error.implementation_error_cannot_have_null_alignment = Implementation error: Cannot have null alignment property key
980 error.implementation_error_null_fileparse = Implementation error. Null FileParse in copy constructor
981 error.implementation_error_structure_selection_manager_null = Implementation error. Structure selection manager's context is 'null'
982 exception.ssm_context_is_null = SSM context is null
983 error.idstring_seqstrings_only_one_per_sequence = idstrings and seqstrings contain one string each per sequence
984 error.cannot_have_mixed_length_replacement_vectors = Cannot have mixed length replacement vectors. Replacement vector for {0} is {1} strings long, and have already seen a {2} length vector.
985 error.cannot_have_zero_length_vector_replacement_strings = Cannot have zero length vector of replacement strings - either 1 value or n values.
986 error.implementation_error_multiple_single_sequence_prediction_jobs_not_supported = Implementation Error! Multiple single sequence prediction jobs are not yet supported
987 error.implementation_error_invalid_msa_index_for_job =Implementation Error! Invalid msaIndex for JPredJob on parent MSA input object!
988 error.implementation_error_startjob_called = Implementation error - StartJob(JpredJob) called on {0}
989 error.multiple_jnet_subjob_merge_not_implemented = Multiple JPred subjob merging not yet implemented
990 label.job_never_ran = Job never ran - input returned to user.
991 error.implementation_error_minlen_must_be_greater_zero = Implementation error: minlen must be zero or more
992 error.implementation_error_msawbjob_called = Implementation error - StartJob(MsaWSJob) called on a WSJobInstance {0}
993 error.implementation_error_cannot_attach_ws_menu_entry = IMPLEMENTATION ERROR: cannot attach WS Menu Entry without service handle reference!
994 error.parameter_migration_not_implemented_yet = Parameter migration not implemented yet
995 error.implementation_error_valuetype_doesnt_support_jabaws_type = IMPLEMENTATION ERROR: jalview.ws.params.ValueConstrainI.ValueType does not support the JABAWS type : {0}
996 error.cannot_create_jabaws_param_set = Cannot create a JabaWSParamSet from non-JabaWS parameters
997 error.cannot_set_arguments_to_jabaws_param_set = Cannot set arguments to a JabaWSParamSet that are not JabaWS arguments
998 error.implementation_error_runner_config_not_available = Implementation Error: Runner Config not available for a JABAWS service of type {0} ({1})
999 error.implementation_error_cannot_handle_jaba_param = Implementation Error: Cannot handle Jaba parameter object {0}
1000 error.implementation_error_attempt_to_delete_service_preset = Implementation error: Attempt to delete a service preset!
1001 error.implementation_error_cannot_locate_oldname_presetname = Implementation error: Can''t locate either oldname ({0}) or presetName ({1}) in the datastore!"
1002 error.implementation_error_jabaws_param_set_only_handled_by = Implementation error: JabaWsParamSets can only be handled by JabaParamStore
1003 error.cannot_set_source_file_for = Cannot set source file for {0}
1004 error.mismatch_service_instance_preset = Probable mismatch between service instance and preset!
1005 error.cannot_set_params_for_ws_preset = Cannot set Parameters for a Jaba Web service's preset
1006 error.implementation_error_can_only_instantiate_jaba_param_sets = Implementation error: Can only instantiate Jaba parameter sets
1007 error.no_aacon_service_found = No AACon service found
1008 error.implementation_error_couldnt_copy_value_constraint = Implementation error: could not copy ValueConstrain!
1009 error.couldnt_encode_as_utf8 = Couldn''t encode {0} as UTF-8.
1010 error.tree_inputtype_not_yet_implemented = Tree InputType not yet implemented
1011 error.implementation_error_need_to_have_httpresponse = Implementation Error: need to have an HttpResponse to process
1012 error.dbrefsource_implementation_exception =DBRefSource Implementation Exception
1013 error.implementation_error_dbinstance_must_implement_interface = Implmentation Error - getDbInstances must be given a class that implements jalview.ws.seqfetcher.DbSourceProxy (was given{0})
1014 error.implementation_error_must_init_dbsources =Implementation error. Must initialise dbSources
1015 label.view_controller_toggled_marked = {0} {1} columns {2} features of type {3}  across {4} sequence(s)
1016 label.no_highlighted_regions_marked = No highlighted regions marked
1017 label.toggled = Toggled
1018 label.marked = Marked
1019 label.containing = containing
1020 label.not_containing = not containing
1021 label.no_feature_of_type_found = No features of type {0} found
1022 label.no_feature_found_selection = No features of type {0} found in selection
1023 label.submission_params = Submission {0}
1024 label.empty_alignment_job = Empty Alignment Job
1025 label.add_new_sbrs_service = Add a new Simple Bioinformatics Rest Service
1026 label.edit_sbrs_entry = Edit Simple Bioinformatics Rest Service entry
1027 label.pca_recalculating = Recalculating PCA
1028 label.pca_calculating = Calculating PCA
1029 label.select_foreground_colour = Choose foreground colour
1030 label.select_colour_for_text = Select Colour for Text
1031 label.adjust_foreground_text_colour_threshold = Adjust Foreground Text Colour Threshold
1032 label.select_subtree_colour = Select Sub-Tree Colour
1033 label.create_new_sequence_features = Create New Sequence Feature(s)
1034 label.amend_delete_features = Amend/Delete Features for {0}
1035 exception.out_of_bounds_for_file = Out of bounds for file: i={0}, Final Buffer: i0={1} iend={2}
1036 exception.null_string_given_to_regex_search = Null String Given to Regex.search
1037 exception.null_string_like_given_to_regex_search = Null StringLike Given to Regex.search
1038 exception.null_string_given_to_regex_reverse_search = Null String Given to Regex.reverseSearch
1039 exception.null_string_like_given_to_regex_reverse_search = Null StringLike Given to Regex.reverseSearch
1040 exception.null_string_like_given_to_regex_search_from = Null String Given to Regex.searchFrom
1041 exception.null_string_like_given_to_regex_search_region = Null String Given to Regex.searchRegion
1042 exception.replace_null_regex_pointer = Replacer has null Regex pointer
1043 exception.bad_pattern_to_regex_perl_code = bad pattern to Regex.perlCode: {0}
1044 exception.no_stub_implementation_for_interface = There is no stub implementation for the interface: {0}
1045 exception.cannot_set_endpoint_address_unknown_port = Cannot set Endpoint Address for Unknown Port {0}
1046 exception.mismatched_unseen_closing_char = Mismatched (unseen) closing character {0}
1047 exception.mismatched_closing_char = Mismatched closing character {0}
1048 exception.mismatched_opening_char = Mismatched opening character {0} at {1}
1049 exception.invalid_datasource_couldnt_obtain_reader = Invalid datasource. Could not obtain Reader
1050 exception.unterminated_cigar_string = Unterminated cigar string
1051 exception.unexpected_operation_cigar_string_pos = Unexpected operation {0} in cigar string (position {1} in {2}
1052 exception.couldnt_parse_responde_from_annotated3d_server = Couldn't parse response from Annotate3d server
1053 exception.application_test_npe = Application test: throwing an NullPointerException It should arrive at the console
1054 exception.overwriting_vamsas_id_binding = Overwriting vamsas id binding
1055 exception.overwriting_jalview_id_binding = Overwriting jalview id binding
1056 exception.failed_to_resolve_gzip_stream = Failed to resolve GZIP stream
1057 exception.problem_opening_file_also_tried = Problem opening {0} (also tried {1}) : {2}
1058 exception.problem_opening_file = Problem opening {0} : {1}
1059 exception.failed_to_read_data_from_source = Failed to read data from source: {0}
1060 exception.no_init_source_stream = Unitialised Source Stream
1061 exception.invalid_source_stream = Invalid Source Stream: {0}
1062 error.implementation_error_reset_called_for_invalid_source = Implementation Error: Reset called for invalid source.
1063 exception.number_of_residues_in_query_sequence_differ_from_prediction = Number of residues in {0} supposed query sequence ({1}\n{2})\ndiffer from number of prediction sites in prediction ({3})
1064 label.mapped = mapped
1065 exception.jpredconcide_entry_has_unexpected_number_of_columns = JPredConcise: Entry ({0}) has an unexpected number of columns
1066 exception.couldnt_parse_concise_annotation_for_prediction = Couldn''t parse concise annotation for prediction profile.\n{0}
1067 exception.newfile = NewickFile\: {0}\n
1068 label.no_tree_read_in = No Tree read in
1069 exception.rnaml_couldnt_access_datasource = Couldn''t access datasource ({0})
1070 exception.ranml_couldnt_process_data = Couldn''t process data as RNAML file ({0})
1071 exception.ranml_invalid_file = Invalid RNAML file ({0})
1072 exception.ranml_problem_parsing_data = Problem parsing data as RNAML ({0})
1073 exception.pfam_no_sequences_found = No sequences found (PFAM input)
1074 exception.stockholm_invalid_format = This file is not in valid STOCKHOLM format: First line does not contain '# STOCKHOLM'
1075 exception.couldnt_parse_sequence_line = Could not parse sequence line: {0}
1076 exception.unknown_annotation_detected = Unknown annotation detected: {0} {1}
1077 exception.couldnt_store_sequence_mappings = Couldn''t store sequence mappings for {0}
1078 exception.matrix_too_many_iteration = Too many iterations in {0} (max is {1})
1079 exception.browser_not_found = Exception in finding browser: {0}
1080 exception.browser_unable_to_launch = Unable to launch browser: {0}
1081 exception.browser_unable_to_locate = Unable to locate browser: {0}
1082 exception.browser_os_not_supported = Launching browser on this operating system not supported.  Use URL\n{0}
1083 exception.invocation_target_exception_creating_aedesc = InvocationTargetException while creating AEDesc: {0}
1084 exception.illegal_access_building_apple_evt= IllegalAccessException while building AppleEvent: {0}
1085 exception.unable_to_launch_url = Unable to launch URL: {0}
1086 exception.unable_to_create_internet_config = Unable to create an Internet Config instance: {0}
1087 exception.invocation_target_calling_url = InvocationTargetException while calling openURL: {0}
1088 exception.illegal_access_calling_url = IllegalAccessException while calling openURL: {0}
1089 exception.interrupted_launching_browser = InterruptedException while launching browser: {0}
1090 exception.no_pdb_records_for_chain = No PDB Records for {0} chain {1}
1091 exception.unexpected_handling_rnaml_translation_for_pdb = Unexpected exception when handling RNAML translation of PDB data
1092 exception.couldnt_recover_sequence_properties_for_alignment = Couldn't recover sequence properties for alignment
1093 exception.unknown_format_for_file = Unknown format {0} for file \: \n{1}
1094 label.remove_gaps = Remove Gaps
1095 exception.couldnt_recover_sequence_props_for_jnet_query = Couldn't recover sequence properties for JPred Query sequence!
1096 exception.server_timeout_try_later = Server timed out - try again later\n
1097 exception.web_service_returned_null_try_later= Server at {0} returned null object, it probably cannot be contacted. Try again later.
1098 exception.cannot_contact_service_endpoint_at = Cannot contact service endpoint at {0}
1099 error.implementation_error_cannot_find_service_url_in_given_set = Implementation error: Cannot find service url in the given url set!
1100 error.implementation_error_cannot_find_service_url_in_given_set_param_store = Implementation error: Cannot find service url in the given url set for this service parameter store ({0}}
1101 exception.jobsubmission_invalid_params_set = Invalid parameter set. Check Jalview implementation
1102 exception.notvaliddata_group_contains_less_than_min_seqs = Group contains less than {0} sequences.
1103 exception.outofmemory_loading_pdb_file = Out of memory loading PDB File
1104 exception.eps_method_not_supported = Method not currently supported by EpsGraphics2D version {0}
1105 exception.eps_unable_to_get_inverse_matrix = Unable to get inverse of matrix: {0}
1106 warn.job_cannot_be_cancelled_close_window = This job cannot be cancelled.\nJust close the window.
1107 warn.service_not_supported = Service not supported!
1108 warn.input_is_too_big = Input is too big!
1109 warn.invalid_job_param_set = Invalid job parameter set!
1110 warn.oneseq_msainput_selection = The current selection only contains a single sequence. Do you want to submit all sequences for alignment instead ?   
1111 info.job_couldnt_be_run_server_doesnt_support_program = Job could not be run because the server doesn''t support this program.\n{0}
1112 info.job_couldnt_be_run_exceeded_hard_limit = Job could not be run because it exceeded a hard limit on the server.\n{0}
1113 info.job_couldnt_be_run_incorrect_param_setting = Job could not be run because some of the parameter settings are not supported by the server.\n{0}\nPlease check to make sure you have used the correct parameter set for this service\!\n
1114 info.no_jobs_ran = No jobs ran
1115 info.failed_to_submit_prediction = Failed to submit the prediction\:\n{0} {1}
1116 info.invalid_jnet_job_result_data ={0}\n{1}\nInvalid JPred job result data\!\n{2}
1117 info.failed_to_submit_sequences_for_alignment = Failed to submit sequences for alignment.\nIt is most likely that there is a problem with the server.\nJust close the window\n
1118 info.alignment_object_method_notes = \nAlignment Object Method Notes\n
1119 info.server_exception = \n{0} Server exception\!\n{1}
1120 info.invalid_msa_input_mininfo = Need at least two sequences with at least 3 residues each, with no hidden regions between them.  
1121 info.invalid_msa_notenough = Not enough sequence data to align
1122 status.processing_commandline_args = Processing commandline arguments...
1123 status.das_features_being_retrived = DAS features being retrieved...
1124 status.searching_for_sequences_from = Searching for sequences from {0}
1125 status.finished_searching_for_sequences_from = Finished searching for sequences from {0}
1126 label.eps_file = EPS file
1127 label.png_image = PNG image
1128 status.export_complete = {0} Export completed
1129 status.fetching_pdb = Fetching PDB {0}
1130 status.refreshing_news = Refreshing news
1131 status.opening_params = Opening {0}
1132 status.fetching_sequence_queries_from = Fetching {0} sequence queries from {1}
1133 status.finshed_querying = Finished querying
1134 status.parsing_results = Parsing results.
1135 status.processing = Processing...
1136 status.refreshing_web_service_menus = Refreshing Web Service Menus
1137 status.collecting_job_results = Collecting job results.
1138 status.fetching_db_refs = Fetching db refs
1139 status.loading_cached_pdb_entries = Loading Cached PDB Entries
1140 status.searching_for_pdb_structures = Searching for PDB Structures
1141 status.searching_3d_beacons = Searching 3D Beacons
1142 status.no_structures_discovered_from_3d_beacons = No models discovered from 3D Beacons
1143 status.opening_file_for = opening file for
1144 status.colouring_structures = Colouring structures
1145 label.font_doesnt_have_letters_defined = Font doesn't have letters defined\nso cannot be used\nwith alignment data
1146 label.font_too_small = Font size is too small
1147 warn.out_of_memory_when_action = Out of memory when {0}\!\!\nSee help files for increasing Java Virtual Machine memory.
1148 warn.out_of_memory_loading_file = Out of memory loading file {0}\!\!\nSee help files for increasing Java Virtual Machine memory.
1149 label.out_of_memory = Out of memory
1150 label.invalid_id_column_width = Invalid ID Column width
1151 warn.user_defined_width_requirements = The user defined width for the\nannotation and sequence ID columns\nin exported figures must be\nat least 12 pixels wide.
1152 warn.server_didnt_pass_validation = Service did not pass validation.\nCheck the Jalview Console for more details.
1153 warn.url_must_contain = Sequence URL must contain $SEQUENCE_ID$, $DB_ACCESSION$, or a regex
1154 warn.urls_not_contacted = URLs that could not be contacted
1155 warn.urls_no_jaba = URLs without any JABA Services
1156 info.validate_jabaws_server = Validate JabaWS Server ?\n(Look in console output for results)
1157 label.test_server = Test Server?
1158 label.new_sequence_fetcher = New Sequence Fetcher
1159 label.additional_sequence_fetcher = Additional Sequence Fetcher
1160 label.select_database_retrieval_source = Select Database Retrieval Source
1161 label.overwrite_existing_file = Overwrite existing file?
1162 label.file_already_exists = File exists
1163 label.edit_jabaws_url = Edit JABAWS URL
1164 label.add_jabaws_url = Add new JABAWS URL
1165 label.news_from_jalview = News from http://www.jalview.org
1166 label.cut_paste_alignmen_file = Cut & Paste Alignment File
1167 label.enter_redundancy_threshold = Enter the redundancy threshold
1168 label.select_dark_light_set_threshold = <html><i>Select a dark and light text colour, then set the threshold to<br>switch between colours, based on background colour</i></html>
1169 label.select_feature_colour = Select Feature Colour
1170 label.delete_all = Delete all sequences
1171 warn.delete_all = <html>Deleting all sequences will close the alignment window.<br>Confirm deletion or Cancel.
1172 label.add_annotations_for = Add annotations for
1173 action.choose_annotations = Choose Annotations...
1174 label.choose_annotations = Choose Annotations
1175 label.find = Find
1176 label.in = in
1177 label.invalid_search = Search string invalid
1178 error.invalid_regex = Invalid regular expression
1179 label.ignore_gaps_consensus = Ignore Gaps In Consensus
1180 label.show_group_histogram = Show Group Histogram
1181 label.show_group_logo = Show Group Logo
1182 label.normalise_group_logo = Normalise Group Logo
1183 label.show_histogram = Show Histogram
1184 label.show_logo = Show Logo
1185 label.normalise_logo = Normalise Logo
1186 label.no_colour_selection_in_scheme = Please make a colour selection before applying colour scheme
1187 label.no_colour_selection_warn = Error saving colour scheme
1188 label.open_split_window? = Would you like to open as a split window, with cDNA and protein linked?
1189 label.open_split_window = Open split window
1190 action.no = No
1191 action.yes = Yes
1192 label.for = for
1193 label.select_by_annotation = Select/Hide Columns by Annotation
1194 action.select_by_annotation = Select/Hide Columns by Annotation...
1195 label.threshold_filter =  Threshold Filter
1196 label.alpha_helix = Alpha Helix
1197 label.beta_strand = Beta Strand
1198 label.turn = Turn
1199 label.select_all = Select All
1200 label.structures_filter = Structures Filter
1201 label.search_filter = Search Filter
1202 label.include_description= Include Description
1203 action.back = Back
1204 label.hide_insertions = Hide Insertions
1205 label.mark_as_representative = Mark as representative
1206 label.open_jabaws_web_page = Open JABAWS web page
1207 label.pdb_sequence_fetcher = PDB Sequence Fetcher
1208 label.result = result
1209 label.results = results
1210 label.structure_chooser = Structure Chooser
1211 label.invert = Invert 
1212 label.select_pdb_file = Select PDB File
1213 info.select_filter_option = Select Filter Option/Manual Entry
1214 info.associate_wit_sequence = Associate with Sequence
1215 label.search_result = Search Result
1216 label.found_structures_summary = Found Structures Summary
1217 label.configure_displayed_columns = Customise Displayed Options
1218 label.start_jalview = Start Jalview
1219 label.biojs_html_export = BioJS
1220 label.scale_as_cdna = Scale protein residues to codons
1221 label.font_as_cdna = Use same font for cDNA and peptide
1222 label.scale_protein_to_cdna = Scale Protein to cDNA
1223 label.scale_protein_to_cdna_tip = Make protein residues same width as codons in split frame views
1224 info.select_annotation_row = Select Annotation Row
1225 info.enter_search_text_here = Enter Search Text Here
1226 info.enter_search_text_to_enable = Enter Search Text to Enable
1227 info.search_in_annotation_label = Search in {0} Label
1228 info.search_in_annotation_description = Search in {0} Description
1229 info.change_threshold_mode_to_enable = Change Threshold Mode to Enable
1230 label.couldnt_read_data = Couldn't read data
1231 label.embbed_biojson = Embed BioJSON to HTML export
1232 action.export_groups = Export Groups
1233 action.export_annotations = Export Annotations
1234 action.export_hidden_columns = Export Hidden Columns
1235 action.export_hidden_sequences = Export Hidden Sequences
1236 action.export_features = Export Features
1237 label.export_settings = Export Settings
1238 label.pdb_web-service_error = PDB Web-service Error
1239 label.structure_chooser_manual_association = Structure Chooser - Manual association
1240 label.structure_chooser_filter_time = Structure Chooser - Filter time ({0})
1241 label.structure_chooser_no_of_structures = Structure Chooser - {0} Found ({1})
1242 info.no_pdb_entry_found_for = No PDB entry found for {0}
1243 exception.unable_to_detect_internet_connection = Jalview is unable to detect an internet connection
1244 exception.fts_server_unreachable = Jalview is unable to reach the {0} server. \nPlease ensure that you are connected to the internet and try again.
1245 label.nw_mapping = Needleman & Wunsch Alignment
1246 label.sifts_mapping = SIFTs Mapping
1247 label.mapping_method = Sequence \u27f7 Structure mapping method
1248 status.cancelled_image_export_operation = Cancelled {0} export operation
1249 info.error_creating_file = Error creating {0} file
1250 exception.outofmemory_loading_mmcif_file = Out of memory loading mmCIF File
1251 label.run_groovy = Run Groovy Console Script
1252 label.run_groovy_tip = Run the script in the Groovy Console over this alignment
1253 label.couldnt_run_groovy_script = Failed to run Groovy script
1254 label.uniprot_sequence_fetcher = UniProt Sequence Fetcher
1255 action.next_page= >> 
1256 action.prev_page= << 
1257 label.next_page_tooltip=Next Page
1258 label.prev_page_tooltip=Previous Page
1259 status.launching_3d_structure_viewer = Launching 3D Structure viewer...
1260 status.fetching_3d_structures_for_selected_entries = Fetching 3D Structures for selected entries...
1261 status.fetching_dbrefs_for_sequences_without_valid_refs = Fetching db refs for {0} sequence(s) without valid db ref required for SIFTS mapping
1262 status.fetching_3d_structures_for = Fetching 3D Structure for {0}
1263 status.obtaining_mapping_with_sifts = Obtaining mapping with SIFTS
1264 status.obtaining_mapping_with_nw_alignment = Obtaining mapping with NW alignment
1265 status.exporting_alignment_as_x_file = Exporting alignment as {0} file
1266 label.column = Column
1267 label.cant_map_cds = Unable to map CDS to protein\nCDS missing or incomplete
1268 label.operation_failed = Operation failed
1269 label.SEQUENCE_ID_no_longer_used = $SEQUENCE_ID$ is no longer used for DB accessions
1270 label.SEQUENCE_ID_for_DB_ACCESSION1 = Please review your URL links in the 'Connections' tab of the Preferences window:
1271 label.SEQUENCE_ID_for_DB_ACCESSION2 = URL links using '$SEQUENCE_ID$' for DB accessions now use '$DB_ACCESSION$'.
1272 label.do_not_display_again = Do not display this message again
1273 exception.url_cannot_have_duplicate_id = {0} cannot be used as a label for more than one line
1274 action.customfilter = Custom only
1275 action.showall = Show All
1276 label.insert = Insert:
1277 action.seq_id = $SEQUENCE_ID$
1278 action.db_acc = $DB_ACCESSION$
1279 label.primary = Double Click
1280 label.inmenu = In Menu
1281 label.id = ID
1282 label.database = Database
1283 label.urltooltip = Only one url, which must use a sequence id, can be selected for the 'On Click' option
1284 label.edit_sequence_url_link = Edit sequence URL link
1285 warn.name_cannot_be_duplicate = User-defined URL names must be unique and cannot be MIRIAM ids
1286 label.output_seq_details = Output Sequence Details to list all database references
1287 label.urllinks = Links
1288 action.clear_cached_items = Clear Cached Items
1289 label.togglehidden = Show hidden regions
1290 label.quality_descr = Alignment Quality based on Blosum62 scores
1291 label.conservation_descr = Conservation of total alignment less than {0}% gaps
1292 label.consensus_descr = PID
1293 label.complement_consensus_descr = PID for cDNA
1294 label.strucconsensus_descr = PID for base pairs
1295 label.occupancy_descr = Number of aligned positions 
1296 label.show_experimental = Enable experimental features
1297 label.show_experimental_tip = Enable any new and currently 'experimental' features (see Latest Release Notes for details)
1298 label.warning_hidden = Warning: {0} {1} is currently hidden
1299 label.overview_settings = Overview settings
1300 label.ov_legacy_gap = Use legacy gap colouring (gaps are white)
1301 label.gap_colour = Gap colour:
1302 label.ov_show_hide_default = Show hidden regions when opening overview
1303 label.hidden_colour = Hidden colour:
1304 label.select_gap_colour = Select gap colour
1305 label.select_hidden_colour = Select hidden colour
1306 label.overview = Overview
1307 label.reset_to_defaults = Reset to defaults
1308 label.oview_calc = Recalculating overview...
1309 label.feature_details = Feature details
1310 label.matchCondition_contains = Contains
1311 label.matchCondition_notcontains = Does not contain
1312 label.matchCondition_matches = Matches
1313 label.matchCondition_notmatches = Does not match
1314 label.matchCondition_present = Is present
1315 label.matchCondition_notpresent = Is not present
1316 label.matchCondition_eq = =
1317 label.matchCondition_ne = not =
1318 label.matchCondition_lt = <
1319 label.matchCondition_le = <=
1320 label.matchCondition_gt = >
1321 label.matchCondition_ge = >=
1322 label.numeric_required = The value should be numeric
1323 label.filter = Filter
1324 label.filters = Filters
1325 label.join_conditions = Join conditions with
1326 label.delete_condition = Delete this condition
1327 label.score = Score
1328 label.colour_by_label = Colour by label
1329 label.variable_colour = Variable colour...
1330 label.select_colour_for = Select colour for {0}
1331 option.enable_disable_autosearch = When ticked, search is performed automatically
1332 option.autosearch = Autosearch
1333 label.retrieve_ids = Retrieve IDs
1334 label.display_settings_for = Display settings for {0} features
1335 label.simple_colour = Simple Colour
1336 label.colour_by_text = Colour by text
1337 label.graduated_colour = Graduated Colour
1338 label.by_text_of = By text of
1339 label.by_range_of = By range of
1340 label.or = Or
1341 label.and = And
1342 label.sequence_feature_colours = Sequence Feature Colours
1343 label.best_quality = Best Quality
1344 label.best_resolution = Best Resolution
1345 label.most_protein_chain = Most Protein Chain
1346 label.most_bound_molecules = Most Bound Molecules
1347 label.most_polymer_residues = Most Polymer Residues
1348 label.cached_structures = Cached Structures
1349 label.free_text_search = Free Text Search
1350 label.annotation_name = Annotation Name
1351 label.annotation_description = Annotation Description 
1352 label.edit_annotation_name_description = Edit Annotation Name/Description
1353 label.alignment = alignment
1354 label.pca = PCA
1355 label.create_image_of = Create {0} image of {1}
1356 label.click_to_edit = Click to edit, right-click for menu
1357 label.backupfiles_confirm_delete = Confirm delete
1358 label.backupfiles_confirm_delete_old_files = Delete the following older backup files? (see the Backups tab in Preferences for more options)
1359 label.backupfiles_confirm_save_file = Confirm save file
1360 label.backupfiles_confirm_save_file_backupfiles_roll_wrong = Something possibly went wrong with the backups of this file.
1361 label.backupfiles_confirm_save_new_saved_file_ok = The new saved file seems okay.
1362 label.backupfiles_confirm_save_new_saved_file_not_ok = The new saved file might not be okay.
1363 label.continue_operation = Continue operation?
1364 label.continue = Continue
1365 label.backups = Backups
1366 label.backup = Backup
1367 label.backup_files = Backup Files
1368 label.enable_backupfiles = Enable backup files
1369 label.backup_filename_strategy = Backup filename strategy
1370 label.append_to_filename = Append to filename (%n is replaced by the backup number)
1371 label.append_to_filename_tooltip = %n in the text will be replaced by the backup number. The text will appear after the filename. See the summary box above.
1372 label.index_digits = Number of digits to use for the backup number (%n)
1373 label.scheme_examples = Scheme examples
1374 label.increment_index = Increase appended text numbers - newest file has largest number.
1375 label.reverse_roll = "Roll" appended text numbers - newest backup file is always number 1.
1376 label.keep_files = Deleting old backup files
1377 label.keep_all_backup_files = Do not delete old backup files
1378 label.keep_only_this_number_of_backup_files = Keep only this number of most recent backup files
1379 label.autodelete_old_backup_files = Auto-delete old backup files:
1380 label.always_ask = Always ask
1381 label.auto_delete = Automatically delete
1382 label.filename = filename
1383 label.braced_oldest = (oldest)
1384 label.braced_newest = (most recent)
1385 label.configuration = Configuration
1386 label.configure_feature_tooltip = Click to configure variable colour or filters
1387 label.schemes = Schemes
1388 label.customise = Customise
1389 label.custom = Custom
1390 label.default = Default
1391 label.single_file = Single backup
1392 label.keep_all_versions = Keep all versions
1393 label.rolled_backups = Rolled backup files
1394 label.customise_description = Select Customise, make changes, and click on OK to save your own custom scheme
1395 label.custom_description = Your own saved scheme
1396 label.default_description = Keep the last three versions of the file
1397 label.single_file_description = Keep the last version of the file
1398 label.keep_all_versions_description = Keep all previous versions of the file
1399 label.rolled_backups_description = Keep the last nine versions of the file from _bak.1 (newest) to _bak.9 (oldest)
1400 label.cancel_changes_description = Cancel changes made to your last saved Custom scheme
1401 label.no_backup_files = NO BACKUP FILES
1402 label.include_backup_files = Include backup files
1403 label.cancel_changes = Cancel changes
1404 label.warning_confirm_change_reverse = Warning!\nIf you change the increment/decrement of the backup filename number, without changing the suffix or number of digits,\nthis may cause loss of backup files created with the previous backup filename scheme.\nAre you sure you wish to do this?
1405 label.change_increment_decrement = Change increment/decrement?
1406 label.newerdelete_replacement_line = Backup file\n''{0}''\t(modified {2}, size {4})\nis to be deleted and replaced by apparently older file\n''{1}''\t(modified {3}, size {5}).
1407 label.confirm_deletion_or_rename = Confirm deletion of ''{0}'' or rename to ''{1}''?
1408 label.newerdelete_line = Backup file\n''{0}''\t(modified {2}, size {4})\nis to be deleted but is newer than the oldest remaining backup file\n''{1}''\t(modified {3}, size {5}).
1409 label.confirm_deletion = Confirm deletion of ''{0}''?
1410 label.delete = Delete
1411 label.rename = Rename
1412 label.keep = Keep
1413 label.file_info = (modified {0}, size {1})
1414 label.annotation_name = Annotation Name
1415 label.annotation_description = Annotation Description 
1416 label.edit_annotation_name_description = Edit Annotation Name/Description
1417 label.alignment = alignment
1418 label.pca = PCA
1419 label.create_image_of = Create {0} image of {1}
1420 label.click_to_edit = Click to edit, right-click for menu
1421 label.by_annotation_tooltip = Annotation Colour is configured from the main Colour menu
1422 label.show_linked_features = Show {0} features
1423 label.on_top = on top
1424 label.include_features = Include Features
1425 label.search_features = Search descriptions of displayed features
1426 label.include_linked_features = Include {0} features
1427 label.include_linked_tooltip = Include visible {0} features<br>converted to local sequence coordinates
1428 label.features_not_shown = {0} feature(s) not shown
1429 label.no_features_to_sort_by = No features to sort by
1430 label.ignore_hidden = Ignore hidden columns
1431 label.ignore_hidden_tooltip = Ignore any characters in hidden columns when matching
1432 label.log_level = Log level
1433 label.log_level_tooltip = Temporarily set the log level for this console. The log level will revert to {0} when this Java console is closed.
1434 label.copy = Copy
1435 label.copy_to_clipboard = Copy to clipboard
1436 label.copy_to_clipboard_tooltip = Copy all of the log text in this console to the system clipboard
1437 label.startup = Startup
1438 label.memory = Memory
1439 label.customise_memory_settings = Customise maximum memory settings
1440 label.memory_setting_text = New memory settings will only come into effect the next time you start Jalview
1441 label.maximum_memory_used = Maximum memory limited to both
1442 label.percent_of_physical_memory = Maximum percent of physical memory
1443 label.maximum_memory = Maximum absolute memory
1444 label.maximum_memory_tooltip = Enter memory as an integer number optionally followed by 'b', 'k', 'm', 'g' or 't'
1445 label.adjustments_for_this_computer = Adjustments for this computer
1446 label.memory_example_text = Maximum memory that would be used with these settings on this computer
1447 label.memory_example_tooltip = The memory allocated to Jalview is the smaller of the percentage of physical memory (default 90%) and the maximum absolute memory (default 32GB). If your computer's memory cannot be ascertained then the maximum absolute memory defaults to 8GB (if not customised).<br>Jalview will always try and reserve 512MB for the OS and at least 512MB for itself.
1448 warning.wrong_jvm_version_title = Wrong Java Version
1449 warning.wrong_jvm_version_message = The Java version being used (Java {0}) may lead to problems.\nThis installation of Jalview should be used with Java {1}.
1450 label.alphafold_reliability = Alphafold Reliability
1451 label.tftype_default = Default
1452 label.tftype_plddt = pLDDT
1453 label.optional = (optional)
1454 label.choose_tempfac_type = Choose Temperature Factor type
1455 label.interpret_tempfac_as = Interpret Temperature Factor as
1456 label.add_pae_matrix_file = Add PAE matrix file
1457 label.nothing_selected = Nothing selected
1458 prompt.analytics_title = Jalview Usage Statistics
1459 prompt.analytics = Do you want to help make Jalview better by enabling the collection of usage statistics with Plausible analytics?\nYou can enable or disable usage tracking in the preferences.
1460 label.working_ellipsis = Working ... 
1461 action.show_groups_on_matrix = Show groups on matrix
1462 action.show_groups_on_matrix_tooltip = When enabled, clusters defined on the matrix's associated tree or below the assigned threshold are shown as different colours on the matrix annotation row
1463 action.show_tree_for_matrix = Show tree for matrix
1464 action.show_tree_for_matrix_tooltip = Opens a tree viewer to display the average distance tree for the matrix
1465 action.cluster_matrix = Cluster matrix
1466 action.clustering_matrix_for = Calculating tree for matrix {0} and clustering at {1}
1467 action.cluster_matrix_tooltip = Computes an average distance tree for the matrix and displays it
1468 label.all_known_alignment_files = All known alignment files
1469 label.command_line_arguments = Command Line Arguments
1470 warning.using_old_command_line_arguments = It looks like you are using old command line arguments.  These are now deprecated and will be removed in a future release of Jalview.\nFind out about the new command line arguments at\n
1471 warning.using_mixed_command_line_arguments = Jalview cannot use both old (-arg) and new (--arg) command line arguments.  Please check your command line arguments.\ne.g. {0} and {1}
1472 warning.the_following_errors = The following errors and warnings occurred whilst processing files:
1473 action.show_hetatm = Show Ligands (HETATM)