resources/scoreModel/blosum80.scm

   1 ScoreMatrix BLOSUM80
   2 ARNDCQEGHILKMFPSTWYVBJZX*
   3 #
   4 # Source: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/IEB/ToolBox/C_DOC/lxr/source/data/BLOSUM80
   5 #
   6 # ** THIS IS A SUGGESTED FILE, NOT VALIDATED **
   7 # Please read https://www.biostars.org/p/190004/ for possible alternatives!
   8 #
   9 # The first line declares a ScoreMatrix with the name BLOSUM80
  10 # The second line gives the symbols for which scores are held in the matrix
  11 # These may include a space (but not as the first or last character)
  12 #
  13 # Scores are not symbol case sensitive, unless column(s) are provided for lower case characters
  14 # The 'guide symbol' at the start of each row of score values is optional
  15 #
  16 # Comment header line with symbols is provided as a guide
  17 # Values may be integer or floating point, delimited by tab, space, comma or combinations
  18 #
  19 #       A       R       N       D       C       Q       E       G       H       I       L       K       M       F       P       S       T       W       Y       V       B       J       Z       X        *
  20 A       5       -2      -2      -2      -1      -1      -1      0       -2      -2      -2      -1      -1      -3      -1      1       0       -3      -2      0       -2      -2      -1      -1      -6
  21 R       -2      6       -1      -2      -4      1       -1      -3      0       -3      -3      2       -2      -4      -2      -1      -1      -4      -3      -3      -1      -3      0       -1      -6
  22 N       -2      -1      6       1       -3      0       -1      -1      0       -4      -4      0       -3      -4      -3      0       0       -4      -3      -4      5       -4      0       -1      -6
  23 D       -2      -2      1       6       -4      -1      1       -2      -2      -4      -5      -1      -4      -4      -2      -1      -1      -6      -4      -4      5       -5      1       -1      -6
  24 C       -1      -4      -3      -4      9       -4      -5      -4      -4      -2      -2      -4      -2      -3      -4      -2      -1      -3      -3      -1      -4      -2      -4      -1      -6
  25 Q       -1      1       0       -1      -4      6       2       -2      1       -3      -3      1       0       -4      -2      0       -1      -3      -2      -3      0       -3      4       -1      -6
  26 E       -1      -1      -1      1       -5      2       6       -3      0       -4      -4      1       -2      -4      -2      0       -1      -4      -3      -3      1       -4      5       -1      -6
  27 G       0       -3      -1      -2      -4      -2      -3      6       -3      -5      -4      -2      -4      -4      -3      -1      -2      -4      -4      -4      -1      -5      -3      -1      -6
  28 H       -2      0       0       -2      -4      1       0       -3      8       -4      -3      -1      -2      -2      -3      -1      -2      -3      2       -4      -1      -4      0       -1      -6
  29 I       -2      -3      -4      -4      -2      -3      -4      -5      -4      5       1       -3      1       -1      -4      -3      -1      -3      -2      3       -4      3       -4      -1      -6
  30 L       -2      -3      -4      -5      -2      -3      -4      -4      -3      1       4       -3      2       0       -3      -3      -2      -2      -2      1       -4      3       -3      -1      -6
  31 K       -1      2       0       -1      -4      1       1       -2      -1      -3      -3      5       -2      -4      -1      -1      -1      -4      -3      -3      -1      -3      1       -1      -6
  32 M       -1      -2      -3      -4      -2      0       -2      -4      -2      1       2       -2      6       0       -3      -2      -1      -2      -2      1       -3      2       -1      -1      -6
  33 F       -3      -4      -4      -4      -3      -4      -4      -4      -2      -1      0       -4      0       6       -4      -3      -2      0       3       -1      -4      0       -4      -1      -6
  34 P       -1      -2      -3      -2      -4      -2      -2      -3      -3      -4      -3      -1      -3      -4      8       -1      -2      -5      -4      -3      -2      -4      -2      -1      -6
  35 S       1       -1      0       -1      -2      0       0       -1      -1      -3      -3      -1      -2      -3      -1      5       1       -4      -2      -2      0       -3      0       -1      -6
  36 T       0       -1      0       -1      -1      -1      -1      -2      -2      -1      -2      -1      -1      -2      -2      1       5       -4      -2      0       -1      -1      -1      -1      -6
  37 W       -3      -4      -4      -6      -3      -3      -4      -4      -3      -3      -2      -4      -2      0       -5      -4      -4      11      2       -3      -5      -3      -3      -1      -6
  38 Y       -2      -3      -3      -4      -3      -2      -3      -4      2       -2      -2      -3      -2      3       -4      -2      -2      2       7       -2      -3      -2      -3      -1      -6
  39 V       0       -3      -4      -4      -1      -3      -3      -4      -4      3       1       -3      1       -1      -3      -2      0       -3      -2      4       -4      2       -3      -1      -6
  40 B       -2      -1      5       5       -4      0       1       -1      -1      -4      -4      -1      -3      -4      -2      0       -1      -5      -3      -4      5       -4      0       -1      -6
  41 J       -2      -3      -4      -5      -2      -3      -4      -5      -4      3       3       -3      2       0       -4      -3      -1      -3      -2      2       -4      3       -3      -1      -6
  42 Z       -1      0       0       1       -4      4       5       -3      0       -4      -3      1       -1      -4      -2      0       -1      -3      -3      -3      0       -3      5       -1      -6
  43 X       -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -6
  44 *       -6      -6      -6      -6      -6      -6      -6      -6      -6      -6      -6      -6      -6      -6      -6      -6      -6      -6      -6      -6      -6      -6      -6      -6      1
  45 #
  46 #       A       R       N       D       C       Q       E       G       H       I       L       K       M       F       P       S       T       W       Y       V       B       J       Z       X       *