resources/scoreModel/dna.scm

   1 ScoreMatrix DNA
   2 #
   3 # A DNA substitution matrix.
   4 # This is an ad-hoc matrix which, in addition to penalising mutations between the common
   5 # nucleotides (ACGT), includes T/U equivalence in order to allow both DNA and/or RNA.
   6 # In addition, it encodes weak equivalence between R and Y with AG and CTU, respectively,
   7 # and N is allowed to match any other base weakly.
   8 # This matrix also includes I (Inosine) and X (Xanthine), but encodes them to weakly match
   9 # any of (ACGTU), and unfavourably match each other.
  10 #
  11 # The first line declares a ScoreMatrix with the name DNA (shown in menus)
  12 # Scores are not case sensitive, unless column(s) are provided for lower case characters
  13 #
  14 # Values may be integer or floating point, delimited by tab, space, comma or combinations
  15 #
  16          A       C       G       T       U       I       X       R       Y       N      -
  17 A       10      -8      -8      -8      -8       1       1       1      -8       1      1
  18 C       -8      10      -8      -8      -8       1       1      -8       1       1      1
  19 G       -8      -8      10      -8      -8       1       1       1      -8       1      1
  20 T       -8      -8      -8      10      10       1       1      -8       1       1      1
  21 U       -8      -8      -8      10      10       1       1      -8       1       1      1
  22 I        1       1       1       1       1      10       0       0       0       1      1
  23 X        1       1       1       1       1       0      10       0       0       1      1
  24 R        1      -8       1      -8      -8       0       0      10      -8       1      1
  25 Y       -8       1      -8       1       1       0       0      -8      10       1      1
  26 N        1       1       1       1       1       1       1       1       1      10      1
  27 -        1       1       1       1       1       1       1       1       1       1      1