resources/scoreModel/dna.scm

   1 ScoreMatrix DNA
   2 #
   3 # A DNA substitution matrix.
   4 # This is an ad-hoc matrix which, in addition to penalising mutations between the common
   5 # nucleotides (ACGT), includes T/U equivalence in order to allow both DNA and/or RNA.
   6 # In addition, it encodes weak equivalence between R and Y with AG and CTU, respectively,
   7 # and N is allowed to match any other base weakly.
   8 # This matrix also includes I (Inosine) and X (Xanthine), but encodes them to weakly match
   9 # any of (ACGTU), and unfavourably match each other.
  10 #
  11 # The first line declares a ScoreMatrix with the name DNA (shown in menus)
  12 # Scores are not case sensitive, unless column(s) are provided for lower case characters
  13 #
  14 # Values may be integer or floating point, delimited by tab, space, comma or combinations
  15 #
  16         A       C       G       T       U       I       X       R       Y       N       -
  17 A       10      -8      -8      -8      -8      1       1       1       -8      1       1
  18 C       -8      10      -8      -8      -8      1       1       -8      1       1       1
  19 G       -8      -8      10      -8      -8      1       1       1       -8      1       1
  20 T       -8      -8      -8      10      10      1       1       -8      1       1       1
  21 U       -8      -8      -8      10      10      1       1       -8      1       1       1
  22 I       1       1       1       1       1       10      0       0       0       1       1
  23 X       1       1       1       1       1       0       10      0       0       1       1
  24 R       1       -8      1       -8      -8      0       0       10      -8      1       1
  25 Y       -8      1       -8      1       1       0       0       -8      10      1       1
  26 N       1       1       1       1       1       1       1       1       1       10      1
  27 -       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1
  28 #
  29 #       A       C       G       T       U       I       X       R       Y       N               -