resources/scoreModel/dna.scm

   1 ScoreMatrix DNA
   2 ACGTUIXRYN-
   3 #
   4 # A DNA substitution matrix.
   5 # This is an ad-hoc matrix which, in addition to penalising mutations between the common
   6 # nucleotides (ACGT), includes T/U equivalence in order to allow both DNA and/or RNA.
   7 # In addition, it encodes weak equivalence between R and Y with AG and CTU, respectively,
   8 # and N is allowed to match any other base weakly.
   9 # This matrix also includes I (Inosine) and X (Xanthine), but encodes them to weakly match
  10 # any of (ACGTU), and unfavourably match each other.
  11 #
  12 # The first line declares a ScoreMatrix with the name DNA (shown in menus)
  13 # Scores are not case sensitive, unless column(s) are provided for lower case characters
  14 #
  15 # Values may be integer or floating point, delimited by tab, space, comma or combinations
  16 #
  17         A       C       G       T       U       I       X       R       Y       N       -
  18 A       10      -8      -8      -8      -8      1       1       1       -8      1       1
  19 C       -8      10      -8      -8      -8      1       1       -8      1       1       1
  20 G       -8      -8      10      -8      -8      1       1       1       -8      1       1
  21 T       -8      -8      -8      10      10      1       1       -8      1       1       1
  22 U       -8      -8      -8      10      10      1       1       -8      1       1       1
  23 I       1       1       1       1       1       10      0       0       0       1       1
  24 X       1       1       1       1       1       0       10      0       0       1       1
  25 R       1       -8      1       -8      -8      0       0       10      -8      1       1
  26 Y       -8      1       -8      1       1       0       0       -8      10      1       1
  27 N       1       1       1       1       1       1       1       1       1       10      1
  28 -       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1
  29 #
  30 #       A       C       G       T       U       I       X       R       Y       N               -