resources/scoreModel/pam250.scm

   1 ScoreMatrix PAM250
   2 ARNDCQEGHILKMFPSTWYVBZX-*
   3 #
   4 # The PAM250 substitution matrix
   5 # The first line declares a ScoreMatrix with the name PAM250 (shown in menus)
   6 # Scores are not case sensitive, unless column(s) are provided for lower case characters
   7 # Values may be integer or floating point, delimited by tab, space, comma or combinations
   8 #
   9 #       A       R       N       D       C       Q       E       G       H       I       L       K       M       F       P       S       T       W       Y       V       B       Z       X       -       *
  10 A       2       -2      0       0       -2      0       0       1       -1      -1      -2      -1      -1      -3      1       1       1       -6      -3      0       0       0       0       -8      -8
  11 R       -2      6       0       -1      -4      1       -1      -3      2       -2      -3      3       0       -4      0       0       -1      2       -4      -2      -1      0       -1      -8      -8
  12 N       0       0       2       2       -4      1       1       0       2       -2      -3      1       -2      -3      0       1       0       -4      -2      -2      2       1       0       -8      -8
  13 D       0       -1      2       4       -5      2       3       1       1       -2      -4      0       -3      -6      -1      0       0       -7      -4      -2      3       3       -1      -8      -8
  14 C       -2      -4      -4      -5      12      -5      -5      -3      -3      -2      -6      -5      -5      -4      -3      0       -2      -8      0       -2      -4      -5      -3      -8      -8
  15 Q       0       1       1       2       -5      4       2       -1      3       -2      -2      1       -1      -5      0       -1      -1      -5      -4      -2      1       3       -1      -8      -8
  16 E       0       -1      1       3       -5      2       4       0       1       -2      -3      0       -2      -5      -1      0       0       -7      -4      -2      3       3       -1      -8      -8
  17 G       1       -3      0       1       -3      -1      0       5       -2      -3      -4      -2      -3      -5      0       1       0       -7      -5      -1      0       0       -1      -8      -8
  18 H       -1      2       2       1       -3      3       1       -2      6       -2      -2      0       -2      -2      0       -1      -1      -3      0       -2      1       2       -1      -8      -8
  19 I       -1      -2      -2      -2      -2      -2      -2      -3      -2      5       2       -2      2       1       -2      -1      0       -5      -1      4       -2      -2      -1      -8      -8
  20 L       -2      -3      -3      -4      -6      -2      -3      -4      -2      2       6       -3      4       2       -3      -3      -2      -2      -1      2       -3      -3      -1      -8      -8
  21 K       -1      3       1       0       -5      1       0       -2      0       -2      -3      5       0       -5      -1      0       0       -3      -4      -2      1       0       -1      -8      -8
  22 M       -1      0       -2      -3      -5      -1      -2      -3      -2      2       4       0       6       0       -2      -2      -1      -4      -2      2       -2      -2      -1      -8      -8
  23 F       -3      -4      -3      -6      -4      -5      -5      -5      -2      1       2       -5      0       9       -5      -3      -3      0       7       -1      -4      -5      -2      -8      -8
  24 P       1       0       0       -1      -3      0       -1      0       0       -2      -3      -1      -2      -5      6       1       0       -6      -5      -1      -1      0       -1      -8      -8
  25 S       1       0       1       0       0       -1      0       1       -1      -1      -3      0       -2      -3      1       2       1       -2      -3      -1      0       0        0      -8      -8
  26 T       1       -1      0       0       -2      -1      0       0       -1      0       -2      0       -1      -3      0       1       3       -5      -3      0       0       -1       0      -8      -8
  27 W       -6      2       -4      -7      -8      -5      -7      -7      -3      -5      -2      -3      -4      0       -6      -2      -5      17      0       -6      -5      -6      -4      -8      -8
  28 Y       -3      -4      -2      -4      0       -4      -4      -5      0       -1      -1      -4      -2      7       -5      -3      -3      0       10      -2      -3      -4      -2      -8      -8
  29 V       0       -2      -2      -2      -2      -2      -2      -1      -2      4       2       -2      2       -1      -1      -1      0       -6      -2      4       -2      -2      -1      -8      -8
  30 B       0       -1      2       3       -4      1       3       0       1       -2      -3      1       -2      -4      -1      0       0       -5      -3      -2      3       2       -1      -8      -8
  31 Z       0       0       1       3       -5      3       3       0       2       -2      -3      0       -2      -5      0       0       -1      -6      -4      -2      2       3       -1      -8      -8
  32 X       0       -1      0       -1      -3      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -2      -1      0       0       -4      -2      -1      -1      -1      -1      -8      -8
  33 -       -8      -8      -8      -8      -8      -8      -8      -8      -8      -8      -8      -8      -8      -8      -8      -8      -8      -8      -8      -8      -8      -8      -8       1   1
  34 *       -8      -8      -8      -8      -8      -8      -8      -8      -8      -8      -8      -8      -8      -8      -8      -8      -8      -8      -8      -8      -8      -8      -8       1   1
  35 #
  36 #       A       R       N       D       C       Q       E       G       H       I       L       K       M       F       P       S       T       W       Y       V       B       Z       X       *