resources/scoreModel/pam250.scm

   1 ScoreMatrix PAM250
   2 ARNDCQEGHILKMFPSTWYVBZX *
   3 #
   4 # The PAM250 substitution matrix
   5 # The first line declares a ScoreMatrix with the name PAM250 (shown in menus)
   6 # The second line gives the symbols for which scores are held in the matrix
   7 # These may include a space (but not as the first or last character)
   8 # Scores are not case sensitive, unless column(s) are provided for lower case characters
   9 #
  10 #
  11 # Comment line with symbols is provided as a guide
  12 # Values may be integer or floating point, delimited by tab, space, comma or combinations
  13 #
  14 #       A       R       N       D       C       Q       E       G       H       I       L       K       M       F       P       S       T       W       Y       V       B       Z       X       *
  15 #
  16         2       -2      0       0       -2      0       0       1       -1      -1      -2      -1      -1      -3      1       1       1       -6      -3      0       0        0      0       -8      -8
  17         -2      6       0       -1      -4      1       -1      -3      2       -2      -3      3       0       -4      0       0       -1      2       -4      -2      -1       0      -1      -8      -8
  18         0       0       2       2       -4      1       1       0       2       -2      -3      1       -2      -3      0       1       0       -4      -2      -2      2        1      0       -8      -8
  19         0       -1      2       4       -5      2       3       1       1       -2      -4      0       -3      -6      -1      0       0       -7      -4      -2      3        3      -1      -8      -8
  20         -2      -4      -4      -5      12      -5      -5      -3      -3      -2      -6      -5      -5      -4      -3      0       -2      -8      0       -2      -4      -5      -3      -8      -8
  21         0       1       1       2       -5      4       2       -1      3       -2      -2      1       -1      -5      0       -1      -1      -5      -4      -2      1        3      -1      -8      -8
  22         0       -1      1       3       -5      2       4       0       1       -2      -3      0       -2      -5      -1      0       0       -7      -4      -2      3        3      -1      -8      -8
  23         1       -3      0       1       -3      -1      0       5       -2      -3      -4      -2      -3      -5      0       1       0       -7      -5      -1      0        0      -1      -8      -8
  24         -1      2       2       1       -3      3       1       -2      6       -2      -2      0       -2      -2      0       -1      -1      -3      0       -2      1        2      -1      -8      -8
  25         -1      -2      -2      -2      -2      -2      -2      -3      -2      5       2       -2      2       1       -2      -1      0       -5      -1      4       -2      -2      -1      -8      -8
  26         -2      -3      -3      -4      -6      -2      -3      -4      -2      2       6       -3      4       2       -3      -3      -2      -2      -1      2       -3      -3      -1      -8      -8
  27         -1      3       1       0       -5      1       0       -2      0       -2      -3      5       0       -5      -1      0       0       -3      -4      -2      1        0      -1      -8      -8
  28         -1      0       -2      -3      -5      -1      -2      -3      -2      2       4       0       6       0       -2      -2      -1      -4      -2      2       -2      -2      -1      -8      -8
  29         -3      -4      -3      -6      -4      -5      -5      -5      -2      1       2       -5      0       9       -5      -3      -3      0       7       -1      -4      -5      -2      -8      -8
  30         1       0       0       -1      -3      0       -1      0       0       -2      -3      -1      -2      -5      6       1       0       -6      -5      -1      -1       0      -1      -8      -8
  31         1       0       1       0       0       -1      0       1       -1      -1      -3      0       -2      -3      1       2       1       -2      -3      -1      0        0       0      -8      -8
  32         1       -1      0       0       -2      -1      0       0       -1      0       -2      0       -1      -3      0       1       3       -5      -3      0       0       -1       0      -8      -8
  33         -6      2       -4      -7      -8      -5      -7      -7      -3      -5      -2      -3      -4      0       -6      -2      -5      17      0       -6      -5      -6      -4      -8      -8
  34         -3      -4      -2      -4      0       -4      -4      -5      0       -1      -1      -4      -2      7       -5      -3      -3      0       10      -2      -3      -4      -2      -8      -8
  35         0       -2      -2      -2      -2      -2      -2      -1      -2      4       2       -2      2       -1      -1      -1      0       -6      -2      4       -2      -2      -1      -8      -8
  36         0       -1      2       3       -4      1       3       0       1       -2      -3      1       -2      -4      -1      0       0       -5      -3      -2      3        2      -1      -8      -8
  37         0       0       1       3       -5      3       3       0       2       -2      -3      0       -2      -5      0       0       -1      -6      -4      -2      2        3      -1      -8      -8
  38         0       -1      0       -1      -3      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -2      -1      0       0       -4      -2      -1      -1      -1      -1      -8      -8
  39         -8      -8      -8      -8      -8      -8      -8      -8      -8      -8      -8      -8      -8      -8      -8      -8      -8      -8      -8      -8      -8      -8      -8       1   1
  40         -8      -8      -8      -8      -8      -8      -8      -8      -8      -8      -8      -8      -8      -8      -8      -8      -8      -8      -8      -8      -8      -8      -8       1   1
  41 #
  42 #       A       R       N       D       C       Q       E       G       H       I       L       K       M       F       P       S       T       W       Y       V       B       Z       X       *