resources/scoreModel/secondarystructure.scm

   1 ScoreMatrix SECONDARYSTRUCTURE
   2 #
   3 # The SECONDARY STRUCTURE substitution matrix, as in <paper name>
   4 # The first line declares a ScoreMatrix with the name SECONDARYSTRUCTURE (shown in menus)
   5 #
   6 # Scores are not symbol case sensitive, unless column(s) are provided for lower case characters
   7 # The 'guide symbol' at the start of each row of score values is optional
   8 # Values may be integer or floating point, delimited by tab, space, comma or combinations
   9 #
  10          E       H       C       *
  11 E        1       0       0       0
  12 H        0       1       0       0
  13 C        0       0       1       0
  14 *        0       0       0       1