schemes/RNAHelicesColour.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.2)
   3  * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.schemes;
  22
  23 import java.awt.*;
  24 import java.util.Hashtable;
  25 import java.util.Map;
  26
  27 import jalview.datamodel.AlignmentAnnotation;
  28 import jalview.datamodel.AnnotatedCollectionI;
  29 import jalview.datamodel.SequenceCollectionI;
  30 import jalview.datamodel.SequenceI;
  31
  32 /**
  33  * Looks at the information computed from an RNA Stockholm format file on the
  34  * secondary structure of the alignment. Extracts the information on the
  35  * positions of the helices present and assigns colors.
  36  *
  37  * @author Lauren Michelle Lui
  38  * @version 2.5
  39  */
  40 public class RNAHelicesColour extends ResidueColourScheme
  41 {
  42
  43   /**
  44    * Stores random colors generated for the number of helices
  45    */
  46   public Hashtable helixcolorhash = new Hashtable();
  47
  48   /**
  49    * Maps sequence positions to the RNA helix they belong to. Key: position,
  50    * Value: helix
  51    */
  52   public Hashtable positionsToHelix = new Hashtable();
  53
  54   /**
  55    * Number of helices in the RNA secondary structure
  56    */
  57   int numHelix = 0;
  58
  59   public AlignmentAnnotation annotation;
  60
  61   /**
  62    * Creates a new RNAHelicesColour object.
  63    */
  64   public RNAHelicesColour(AlignmentAnnotation annotation)
  65   {
  66     super(ResidueProperties.nucleotideIndex);
  67     this.annotation = annotation;
  68     refresh();
  69   }
  70
  71   public RNAHelicesColour(AnnotatedCollectionI alignment)
  72   {
  73     super(ResidueProperties.nucleotideIndex);
  74     alignmentChanged(alignment, null);
  75   }
  76
  77   @Override
  78   public void alignmentChanged(AnnotatedCollectionI alignment,
  79           Map<SequenceI, SequenceCollectionI> hiddenReps)
  80   {
  81
  82     // This loop will find the first rna structure annotation by which to colour
  83     // the sequences.
  84     AlignmentAnnotation[] annotations = alignment.getAlignmentAnnotation();
  85     for (int i = 0; i < annotations.length; i++)
  86     {
  87
  88       // is this a sensible way of determining type of annotation?
  89       if (annotations[i].getRNAStruc() != null)
  90       {
  91         annotation = annotations[i];
  92         break;
  93       }
  94     }
  95
  96     refresh();
  97
  98   }
  99
 100   private long lastrefresh = -1;
 101
 102   public void refresh()
 103   {
 104
 105     if (annotation != null
 106             && ((annotation._rnasecstr == null || lastrefresh != annotation._rnasecstr
 107                     .hashCode()) && annotation.isValidStruc()))
 108     {
 109       annotation.getRNAStruc();
 110       lastrefresh = annotation._rnasecstr.hashCode();
 111       numHelix = 0;
 112       positionsToHelix = new Hashtable();
 113
 114       // Figure out number of helices
 115       // Length of rnasecstr is the number of pairs of positions that base pair
 116       // with each other in the secondary structure
 117       for (int x = 0; x < this.annotation._rnasecstr.length; x++)
 118       {
 119
 120         /*
 121          * System.out.println(this.annotation._rnasecstr[x] + " Begin" +
 122          * this.annotation._rnasecstr[x].getBegin());
 123          */
 124         // System.out.println(this.annotation._rnasecstr[x].getFeatureGroup());
 125
 126         positionsToHelix.put(this.annotation._rnasecstr[x].getBegin(),
 127                 this.annotation._rnasecstr[x].getFeatureGroup());
 128         positionsToHelix.put(this.annotation._rnasecstr[x].getEnd(),
 129                 this.annotation._rnasecstr[x].getFeatureGroup());
 130
 131         if (Integer.parseInt(this.annotation._rnasecstr[x]
 132                 .getFeatureGroup()) > numHelix)
 133         {
 134           numHelix = Integer.parseInt(this.annotation._rnasecstr[x]
 135                   .getFeatureGroup());
 136         }
 137
 138       }
 139
 140       // Generate random colors and store
 141       for (int j = 0; j <= numHelix; j++)
 142       {
 143         if (!helixcolorhash.containsKey(Integer.toString(j)))
 144         {
 145           helixcolorhash.put(Integer.toString(j),
 146                   jalview.util.ColorUtils.generateRandomColor(Color.white));
 147         }
 148       }
 149     }
 150   }
 151
 152   /**
 153    * Returns default color base on purinepyrimidineIndex in
 154    * jalview.schemes.ResidueProperties (Allows coloring in sequence logo)
 155    *
 156    * @param c
 157    *          Character in sequence
 158    *
 159    * @return color in RGB
 160    */
 161   @Override
 162   public Color findColour(char c)
 163   {
 164     return ResidueProperties.purinepyrimidine[ResidueProperties.purinepyrimidineIndex[c]];
 165     // random colors for all positions
 166     // jalview.util.ColorUtils.generateRandomColor(Color.white); If you want
 167   }
 168
 169   /**
 170    * Returns color based on helices
 171    *
 172    * @param c
 173    *          Character in sequence
 174    * @param j
 175    *          Threshold
 176    *
 177    * @return Color in RGB
 178    */
 179   @Override
 180   public Color findColour(char c, int j, SequenceI seq)
 181   {
 182     refresh();
 183     Color currentColour = Color.white;
 184     String currentHelix = null;
 185     currentHelix = (String) positionsToHelix.get(j);
 186
 187     if (currentHelix != null)
 188     {
 189       currentColour = (Color) helixcolorhash.get(currentHelix);
 190     }
 191
 192     // System.out.println(c + " " + j + " helix " + currentHelix + " " +
 193     // currentColour);
 194     return currentColour;
 195   }
 196 }