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[jalview.git] / schemes / RNAHelicesColourChooser.java
1 /*
2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.2)
3  * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
4  * 
5  * This file is part of Jalview.
6  * 
7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
8  * modify it under the terms of the GNU General Public License 
9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
10  * of the License, or (at your option) any later version.
11  *  
12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
16  * 
17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
20  */
21 package jalview.schemes;
22
23 import java.util.*;
24 import java.awt.event.*;
25
26 import jalview.api.AlignViewportI;
27 import jalview.api.AlignmentViewPanel;
28 import jalview.datamodel.*;
29 import jalview.schemes.*;
30
31 /**
32  * Helps generate the colors for RNA secondary structure. Future: add option to
33  * change colors based on covariation.
34  * 
35  * @author Lauren Michelle Lui
36  * 
37  */
38 public class RNAHelicesColourChooser
39 {
40
41   AlignViewportI av;
42
43   AlignmentViewPanel ap;
44
45   ColourSchemeI oldcs;
46
47   Hashtable oldgroupColours;
48
49   jalview.datamodel.AlignmentAnnotation currentAnnotation;
50
51   boolean adjusting = false;
52
53   public RNAHelicesColourChooser(AlignViewportI av,
54           final AlignmentViewPanel ap)
55   {
56     oldcs = av.getGlobalColourScheme();
57     if (av.getAlignment().getGroups() != null)
58     {
59       oldgroupColours = new Hashtable();
60       for (SequenceGroup sg : ap.getAlignment().getGroups())
61       {
62         if (sg.cs != null)
63         {
64           oldgroupColours.put(sg, sg.cs);
65         }
66       }
67     }
68     this.av = av;
69     this.ap = ap;
70
71     if (oldcs instanceof RNAHelicesColour)
72     {
73       RNAHelicesColour rhc = (RNAHelicesColour) oldcs;
74
75     }
76
77     adjusting = true;
78     Vector list = new Vector();
79     int index = 1;
80     for (int i = 0; i < av.getAlignment().getAlignmentAnnotation().length; i++)
81     {
82       String label = av.getAlignment().getAlignmentAnnotation()[i].label;
83       if (!list.contains(label))
84         list.addElement(label);
85       else
86         list.addElement(label + "_" + (index++));
87     }
88
89     adjusting = false;
90
91     changeColour();
92
93   }
94
95   void changeColour()
96   {
97     // Check if combobox is still adjusting
98     if (adjusting)
99     {
100       return;
101     }
102     RNAHelicesColour rhc = null;
103
104     rhc = new RNAHelicesColour(av.getAlignment());
105
106     av.setGlobalColourScheme(rhc);
107
108     if (av.getAlignment().getGroups() != null)
109     {
110       for (SequenceGroup sg : ap.getAlignment().getGroups())
111       {
112         if (sg.cs == null)
113         {
114           continue;
115         }
116
117         sg.cs = new RNAHelicesColour(sg);
118
119       }
120     }
121
122     ap.paintAlignment(false);
123   }
124
125   void reset()
126   {
127     av.setGlobalColourScheme(oldcs);
128     if (av.getAlignment().getGroups() != null)
129     {
130       for (SequenceGroup sg : ap.getAlignment().getGroups())
131       {
132         sg.cs = (ColourSchemeI) oldgroupColours.get(sg);
133       }
134     }
135   }
136
137   public void annotations_actionPerformed(ActionEvent e)
138   {
139     changeColour();
140   }
141
142 }