schemes/TCoffeeColourScheme.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.2)
   3  * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.schemes;
  22
  23 import jalview.analysis.SequenceIdMatcher;
  24 import jalview.datamodel.AlignmentAnnotation;
  25 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  26 import jalview.datamodel.AnnotatedCollectionI;
  27 import jalview.datamodel.Annotation;
  28 import jalview.datamodel.SequenceCollectionI;
  29 import jalview.datamodel.SequenceI;
  30 import jalview.io.TCoffeeScoreFile;
  31
  32 import java.awt.Color;
  33 import java.util.ArrayList;
  34 import java.util.IdentityHashMap;
  35 import java.util.Map;
  36 import java.util.TreeMap;
  37
  38 /**
  39  * Defines the color score for T-Coffee MSA
  40  * <p>
  41  * See http://tcoffee.org
  42  *
  43  *
  44  * @author Paolo Di Tommaso
  45  *
  46  */
  47 public class TCoffeeColourScheme extends ResidueColourScheme
  48 {
  49
  50   static final Color[] colors =
  51   { new Color(102, 102, 255), // #6666FF
  52       new Color(0, 255, 0), // #00FF00
  53       new Color(102, 255, 0), // #66FF00
  54       new Color(204, 255, 0), // #CCFF00
  55       new Color(255, 255, 0), // #FFFF00
  56       new Color(255, 204, 0), // #FFCC00
  57       new Color(255, 153, 0), // #FF9900
  58       new Color(255, 102, 0), // #FF6600
  59       new Color(255, 51, 0), // #FF3300
  60       new Color(255, 34, 0) // #FF2000
  61   };
  62
  63   IdentityHashMap<SequenceI, Color[]> seqMap;
  64
  65   /**
  66    * the color scheme needs to look at the alignment to get and cache T-COFFEE
  67    * scores
  68    *
  69    * @param alignment
  70    *          - annotated sequences to be searched
  71    */
  72   public TCoffeeColourScheme(AnnotatedCollectionI alignment)
  73   {
  74     alignmentChanged(alignment, null);
  75   }
  76
  77   @Override
  78   public void alignmentChanged(AnnotatedCollectionI alignment,
  79           Map<SequenceI, SequenceCollectionI> hiddenReps)
  80   {
  81     // TODO: if sequences have been represented and they have scores, could
  82     // compute an average sequence score for the representative
  83
  84     // assume only one set of TCOFFEE scores - but could have more than one
  85     // potentially.
  86     ArrayList<AlignmentAnnotation> annots = new ArrayList<AlignmentAnnotation>();
  87     // Search alignment to get all tcoffee annotation and pick one set of
  88     // annotation to use to colour seqs.
  89     seqMap = new IdentityHashMap<SequenceI, Color[]>();
  90     AnnotatedCollectionI alcontext = alignment instanceof AlignmentI ? alignment
  91             : alignment.getContext();
  92     int w = 0;
  93     for (AlignmentAnnotation al : alcontext
  94             .findAnnotation(TCoffeeScoreFile.TCOFFEE_SCORE))
  95     {
  96       if (al.sequenceRef != null && !al.belowAlignment)
  97       {
  98         annots.add(al);
  99         if (w < al.annotations.length)
 100         {
 101           w = al.annotations.length;
 102         }
 103         Color[] scores = new Color[al.annotations.length];
 104         int i = 0;
 105         for (Annotation an : al.annotations)
 106         {
 107           scores[i++] = (an != null) ? an.colour : Color.white;
 108         }
 109         seqMap.put(al.sequenceRef, scores);
 110       }
 111     }
 112     // TODO: compute average colour for each symbol type in each column - gives
 113     // a second order colourscheme for colouring a sequence logo derived from
 114     // the alignment (colour reflects quality of alignment for each residue
 115     // class)
 116   }
 117
 118   @Override
 119   public Color findColour(char c, int j, SequenceI seq)
 120   {
 121     Color[] cols;
 122
 123     if (seqMap == null || (cols = seqMap.get(seq)) == null)
 124     {
 125       // see above TODO about computing a colour for each residue in each
 126       // column: cc = _rcols[i][indexFor[c]];
 127       return Color.white;
 128     }
 129
 130     if (j < 0 || j >= cols.length)
 131     {
 132       return Color.white;
 133     }
 134     return cols[j];
 135   }
 136
 137   @Override
 138   public ColourSchemeI applyTo(AnnotatedCollectionI sg,
 139           Map<SequenceI, SequenceCollectionI> hiddenRepSequences)
 140   {
 141     return new TCoffeeColourScheme(sg);
 142   }
 143 }