src/MCview/AppletPDBCanvas.java

   1 /*\r
   2 * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3 * Copyright (C) 2006 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4 *\r
   5 * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6 * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7 * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8 * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9 *\r
  10 * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11 * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12 * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13 * GNU General Public License for more details.\r
  14 *\r
  15 * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16 * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17 * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18 */\r
  19 package MCview;\r
  20 \r
  21 import jalview.analysis.AlignSeq;\r
  22 \r
  23 import jalview.datamodel.*;\r
  24 \r
  25 // JBPNote TODO: This class is quite noisy - needs proper log.info/log.debug\r
  26 import java.awt.*;\r
  27 import java.awt.event.*;\r
  28 \r
  29 import java.io.*;\r
  30 \r
  31 import java.util.*;\r
  32 \r
  33 \r
  34 \r
  35 public class AppletPDBCanvas extends Panel implements MouseListener, MouseMotionListener\r
  36 {\r
  37 \r
  38     MCMatrix idmat = new MCMatrix(3, 3);\r
  39     MCMatrix objmat = new MCMatrix(3, 3);\r
  40     boolean redrawneeded = true;\r
  41     int omx = 0;\r
  42     int mx = 0;\r
  43     int omy = 0;\r
  44     int my = 0;\r
  45     public PDBfile pdb;\r
  46     int bsize;\r
  47     Image img;\r
  48     Graphics ig;\r
  49     Dimension prefsize;\r
  50     float[] centre = new float[3];\r
  51     float[] width = new float[3];\r
  52     float maxwidth;\r
  53     float scale;\r
  54     String inStr;\r
  55     String inType;\r
  56     boolean bysequence = true;\r
  57     boolean depthcue = true;\r
  58     boolean wire = false;\r
  59     boolean bymolecule = false;\r
  60     boolean zbuffer = true;\r
  61     boolean dragging;\r
  62     int xstart;\r
  63     int xend;\r
  64     int ystart;\r
  65     int yend;\r
  66     int xmid;\r
  67     int ymid;\r
  68     Font font = new Font("Helvetica", Font.PLAIN, 10);\r
  69     jalview.appletgui.SeqCanvas seqcanvas;\r
  70     public Sequence sequence;\r
  71     final StringBuffer mappingDetails = new StringBuffer();\r
  72     String appletToolTip = null;\r
  73     int toolx, tooly;\r
  74     PDBChain mainchain;\r
  75     Vector highlightRes;\r
  76     boolean pdbAction = false;\r
  77     Bond highlightBond1, highlightBond2;\r
  78     boolean errorLoading = false;\r
  79     boolean seqColoursReady = false;\r
  80     jalview.appletgui.FeatureRenderer fr;\r
  81 \r
  82     public AppletPDBCanvas(jalview.appletgui.SeqCanvas seqcanvas, Sequence seq)\r
  83     {\r
  84       this.seqcanvas = seqcanvas;\r
  85       this.sequence = seq;\r
  86 \r
  87       seqcanvas.setPDBCanvas(this);\r
  88       addKeyListener(new KeyAdapter()\r
  89       {\r
  90 \r
  91         public void keyPressed(KeyEvent evt)\r
  92         {\r
  93           doKeyPressed(evt);\r
  94         }\r
  95       });\r
  96     }\r
  97 \r
  98 \r
  99   public void setPDBFile(PDBfile pdb)\r
 100    {\r
 101         int max = -10;\r
 102         int maxchain = -1;\r
 103         int pdbstart = 0;\r
 104         int pdbend = 0;\r
 105         int seqstart = 0;\r
 106         int seqend = 0;\r
 107         AlignSeq maxAlignseq = null;;\r
 108 \r
 109         for (int i = 0; i < pdb.chains.size(); i++)\r
 110         {\r
 111 \r
 112           mappingDetails.append("\n\nPDB Sequence is :\nSequence = " + ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(i)).sequence.getSequence());\r
 113           mappingDetails.append("\nNo of residues = " + ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(i)).residues.size()+"\n\n");\r
 114 \r
 115             // Now lets compare the sequences to get\r
 116             // the start and end points.\r
 117             // Align the sequence to the pdb\r
 118             AlignSeq as = new AlignSeq(sequence,\r
 119                     ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(i)).sequence, "pep");\r
 120             as.calcScoreMatrix();\r
 121             as.traceAlignment();\r
 122             PrintStream ps = new PrintStream(System.out)\r
 123            {\r
 124               public void print(String x) {\r
 125                    mappingDetails.append(x);\r
 126                }\r
 127                public void println()\r
 128                {\r
 129                  mappingDetails.append("\n");\r
 130                }\r
 131             };\r
 132 \r
 133             as.printAlignment(ps);\r
 134 \r
 135             if (as.maxscore > max) {\r
 136                 max = as.maxscore;\r
 137                 maxchain = i;\r
 138 \r
 139                 pdbstart = as.seq2start;\r
 140                 pdbend = as.seq2end;\r
 141                 seqstart = as.seq1start + sequence.getStart()-1;\r
 142                 seqend = as.seq1end + sequence.getEnd()-1;\r
 143                 maxAlignseq = as;\r
 144             }\r
 145 \r
 146             mappingDetails.append("\nPDB start/end "  + pdbstart + " " + pdbend);\r
 147             mappingDetails.append("\nSEQ start/end "+ seqstart + " " + seqend);\r
 148         }\r
 149 \r
 150         mainchain = (PDBChain) pdb.chains.elementAt(maxchain);\r
 151 \r
 152         mainchain.pdbstart = pdbstart;\r
 153         mainchain.pdbend = pdbend;\r
 154         mainchain.seqstart = seqstart;\r
 155         mainchain.seqend = seqend;\r
 156         mainchain.isVisible = true;\r
 157         mainchain.makeExactMapping(maxAlignseq, sequence);\r
 158 \r
 159         this.pdb = pdb;\r
 160         this.prefsize = new Dimension(getSize().width, getSize().height);\r
 161 \r
 162         //Initialize the matrices to identity\r
 163         for (int i = 0; i < 3; i++) {\r
 164             for (int j = 0; j < 3; j++) {\r
 165                 if (i != j) {\r
 166                     idmat.addElement(i, j, 0);\r
 167                     objmat.addElement(i, j, 0);\r
 168                 } else {\r
 169                     idmat.addElement(i, j, 1);\r
 170                     objmat.addElement(i, j, 1);\r
 171                 }\r
 172             }\r
 173         }\r
 174 \r
 175         addMouseMotionListener(this);\r
 176         addMouseListener(this);\r
 177 \r
 178 \r
 179         findCentre();\r
 180         findWidth();\r
 181 \r
 182         setupBonds();\r
 183 \r
 184         scale = findScale();\r
 185     }\r
 186 \r
 187 \r
 188     Vector visiblebonds;\r
 189     void setupBonds()\r
 190     {\r
 191       seqColoursReady = false;\r
 192       // Sort the bonds by z coord\r
 193       visiblebonds = new Vector();\r
 194 \r
 195       for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++)\r
 196       {\r
 197         if ( ( (PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).isVisible)\r
 198         {\r
 199           Vector tmp = ( (PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).bonds;\r
 200 \r
 201           for (int i = 0; i < tmp.size(); i++)\r
 202           {\r
 203             visiblebonds.addElement(tmp.elementAt(i));\r
 204           }\r
 205         }\r
 206       }\r
 207       updateSeqColours();\r
 208       seqColoursReady = true;\r
 209       redrawneeded = true;\r
 210       repaint();\r
 211     }\r
 212 \r
 213 \r
 214     public void findWidth() {\r
 215         float[] max = new float[3];\r
 216         float[] min = new float[3];\r
 217 \r
 218         max[0] = (float) -1e30;\r
 219         max[1] = (float) -1e30;\r
 220         max[2] = (float) -1e30;\r
 221 \r
 222         min[0] = (float) 1e30;\r
 223         min[1] = (float) 1e30;\r
 224         min[2] = (float) 1e30;\r
 225 \r
 226         for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++) {\r
 227             if (((PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).isVisible) {\r
 228                 Vector bonds = ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).bonds;\r
 229 \r
 230                 for (int i = 0; i < bonds.size(); i++) {\r
 231                     Bond tmp = (Bond) bonds.elementAt(i);\r
 232 \r
 233                     if (tmp.start[0] >= max[0]) {\r
 234                         max[0] = tmp.start[0];\r
 235                     }\r
 236 \r
 237                     if (tmp.start[1] >= max[1]) {\r
 238                         max[1] = tmp.start[1];\r
 239                     }\r
 240 \r
 241                     if (tmp.start[2] >= max[2]) {\r
 242                         max[2] = tmp.start[2];\r
 243                     }\r
 244 \r
 245                     if (tmp.start[0] <= min[0]) {\r
 246                         min[0] = tmp.start[0];\r
 247                     }\r
 248 \r
 249                     if (tmp.start[1] <= min[1]) {\r
 250                         min[1] = tmp.start[1];\r
 251                     }\r
 252 \r
 253                     if (tmp.start[2] <= min[2]) {\r
 254                         min[2] = tmp.start[2];\r
 255                     }\r
 256 \r
 257                     if (tmp.end[0] >= max[0]) {\r
 258                         max[0] = tmp.end[0];\r
 259                     }\r
 260 \r
 261                     if (tmp.end[1] >= max[1]) {\r
 262                         max[1] = tmp.end[1];\r
 263                     }\r
 264 \r
 265                     if (tmp.end[2] >= max[2]) {\r
 266                         max[2] = tmp.end[2];\r
 267                     }\r
 268 \r
 269                     if (tmp.end[0] <= min[0]) {\r
 270                         min[0] = tmp.end[0];\r
 271                     }\r
 272 \r
 273                     if (tmp.end[1] <= min[1]) {\r
 274                         min[1] = tmp.end[1];\r
 275                     }\r
 276 \r
 277                     if (tmp.end[2] <= min[2]) {\r
 278                         min[2] = tmp.end[2];\r
 279                     }\r
 280                 }\r
 281             }\r
 282         }\r
 283 \r
 284         width[0] = (float) Math.abs(max[0] - min[0]);\r
 285         width[1] = (float) Math.abs(max[1] - min[1]);\r
 286         width[2] = (float) Math.abs(max[2] - min[2]);\r
 287 \r
 288         maxwidth = width[0];\r
 289 \r
 290         if (width[1] > width[0]) {\r
 291             maxwidth = width[1];\r
 292         }\r
 293 \r
 294         if (width[2] > width[1]) {\r
 295             maxwidth = width[2];\r
 296         }\r
 297 \r
 298        // System.out.println("Maxwidth = " + maxwidth);\r
 299     }\r
 300 \r
 301     public float findScale() {\r
 302         int dim;\r
 303         int width;\r
 304         int height;\r
 305 \r
 306         if (getSize().width != 0) {\r
 307             width = getSize().width;\r
 308             height = getSize().height;\r
 309         } else {\r
 310             width = prefsize.width;\r
 311             height = prefsize.height;\r
 312         }\r
 313 \r
 314         if (width < height) {\r
 315             dim = width;\r
 316         } else {\r
 317             dim = height;\r
 318         }\r
 319 \r
 320         return (float) (dim / (1.5d * maxwidth));\r
 321     }\r
 322 \r
 323     public void findCentre() {\r
 324         float xtot = 0;\r
 325         float ytot = 0;\r
 326         float ztot = 0;\r
 327 \r
 328         int bsize = 0;\r
 329 \r
 330         //Find centre coordinate\r
 331         for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++) {\r
 332             if (((PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).isVisible) {\r
 333                 Vector bonds = ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).bonds;\r
 334 \r
 335                 bsize += bonds.size();\r
 336 \r
 337                 for (int i = 0; i < bonds.size(); i++) {\r
 338                     xtot = xtot + ((Bond) bonds.elementAt(i)).start[0] +\r
 339                         ((Bond) bonds.elementAt(i)).end[0];\r
 340 \r
 341                     ytot = ytot + ((Bond) bonds.elementAt(i)).start[1] +\r
 342                         ((Bond) bonds.elementAt(i)).end[1];\r
 343 \r
 344                     ztot = ztot + ((Bond) bonds.elementAt(i)).start[2] +\r
 345                         ((Bond) bonds.elementAt(i)).end[2];\r
 346                 }\r
 347             }\r
 348         }\r
 349 \r
 350         centre[0] = xtot / (2 * (float) bsize);\r
 351         centre[1] = ytot / (2 * (float) bsize);\r
 352         centre[2] = ztot / (2 * (float) bsize);\r
 353     }\r
 354 \r
 355     public void paint(Graphics g)\r
 356     {\r
 357 \r
 358       if(errorLoading)\r
 359       {\r
 360         g.setColor(Color.white);\r
 361         g.fillRect(0,0,getSize().width, getSize().height);\r
 362         g.setColor(Color.black);\r
 363         g.setFont(new Font("Verdana", Font.BOLD, 14));\r
 364         g.drawString("Error loading PDB data!!", 50, getSize().height/2);\r
 365         return;\r
 366       }\r
 367 \r
 368       if( !seqColoursReady )\r
 369       {\r
 370         g.setColor(Color.black);\r
 371         g.setFont(new Font("Verdana", Font.BOLD, 14));\r
 372         g.drawString("Fetching PDB data...", 50, getSize().height/2);\r
 373         return;\r
 374       }\r
 375 \r
 376 \r
 377 \r
 378         //Only create the image at the beginning -\r
 379         //this saves much memory usage\r
 380         if ((img == null) || (prefsize.width != getSize().width) ||\r
 381                 (prefsize.height != getSize().height)) {\r
 382 \r
 383          try{     prefsize.width = getSize().width;\r
 384            prefsize.height = getSize().height;\r
 385 \r
 386            scale = findScale();\r
 387            img = createImage(prefsize.width, prefsize.height);\r
 388            ig = img.getGraphics();\r
 389 \r
 390            redrawneeded = true;\r
 391          }catch(Exception ex)\r
 392          {\r
 393            ex.printStackTrace();\r
 394          }\r
 395         }\r
 396 \r
 397 \r
 398         if (redrawneeded)\r
 399         {\r
 400           drawAll(ig, prefsize.width, prefsize.height);\r
 401           redrawneeded = false;\r
 402         }\r
 403         if(appletToolTip!=null)\r
 404         {\r
 405           ig.setColor(Color.red);\r
 406           ig.drawString(appletToolTip, toolx, tooly);\r
 407         }\r
 408 \r
 409         g.drawImage(img, 0, 0, this);\r
 410 \r
 411         pdbAction = false;\r
 412     }\r
 413 \r
 414     public void drawAll(Graphics g, int width, int height)\r
 415     {\r
 416       ig.setColor(Color.black);\r
 417       ig.fillRect(0, 0, width, height);\r
 418       drawScene(ig);\r
 419       drawLabels(ig);\r
 420     }\r
 421 \r
 422    void setColours(jalview.schemes.ColourSchemeI cs)\r
 423    {\r
 424      bysequence = false;\r
 425      pdb.setColours(cs);\r
 426      redrawneeded = true;\r
 427      repaint();\r
 428    }\r
 429     public void updateSeqColours()\r
 430     {\r
 431       if (pdbAction)\r
 432       {\r
 433         return;\r
 434       }\r
 435 \r
 436       if(bysequence && pdb!=null)\r
 437       {\r
 438         for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++)\r
 439         {\r
 440           colourBySequence((PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii));\r
 441         }\r
 442       }\r
 443 \r
 444       redrawneeded=true;\r
 445       repaint();\r
 446     }\r
 447 \r
 448 \r
 449     int findTrueIndex(int pos)\r
 450     {\r
 451       // returns the alignment position for a residue\r
 452       int j = sequence.getStart();\r
 453       int i = 0;\r
 454 \r
 455       while ( (i < sequence.getLength()) && (j <= sequence.getEnd()) && (j <= pos+1))\r
 456       {\r
 457         if (!jalview.util.Comparison.isGap(sequence.getCharAt(i)))\r
 458         {\r
 459           j++;\r
 460         }\r
 461 \r
 462         i++;\r
 463       }\r
 464 \r
 465       if(i>1)\r
 466          i--;\r
 467 \r
 468       if ( (j == sequence.getEnd()) && (j < pos))\r
 469       {\r
 470         return sequence.getEnd() + 1;\r
 471       }\r
 472       else\r
 473       {\r
 474         return i;\r
 475       }\r
 476     }\r
 477 \r
 478 \r
 479     // This method has been taken out of PDBChain to allow\r
 480     // Applet and Application specific sequence renderers to be used\r
 481     void colourBySequence(PDBChain chain)\r
 482     {\r
 483       boolean showFeatures = false;\r
 484 \r
 485       if(seqcanvas.getViewport().getShowSequenceFeatures())\r
 486         {\r
 487           if(fr==null)\r
 488           {\r
 489             fr = new jalview.appletgui.FeatureRenderer(seqcanvas.getViewport());\r
 490           }\r
 491           fr.transferSettings( seqcanvas.getFeatureRenderer());\r
 492           showFeatures = true;\r
 493         }\r
 494 \r
 495       for (int i = 0; i < chain.bonds.size(); i++)\r
 496       {\r
 497         Bond tmp = (Bond) chain.bonds.elementAt(i);\r
 498         tmp.startCol = Color.lightGray;\r
 499         tmp.endCol = Color.lightGray;\r
 500         if(chain!=mainchain)\r
 501           continue;\r
 502 \r
 503         if ( (tmp.at1.resNumber >= ( (chain.offset + chain.pdbstart) - 1)) &&\r
 504             (tmp.at1.resNumber <= ( (chain.offset + chain.pdbend) - 1)))\r
 505         {\r
 506 \r
 507           int index = findTrueIndex(tmp.at1.alignmentMapping);\r
 508                 //sequence.findIndex(tmp.at1.alignmentMapping);\r
 509             if (index != -1)\r
 510             {\r
 511               tmp.startCol = seqcanvas.getSequenceRenderer().\r
 512                   getResidueBoxColour( sequence, index);\r
 513 \r
 514               if(showFeatures)\r
 515               tmp.startCol = fr.findFeatureColour(tmp.startCol, sequence, index);\r
 516             }\r
 517         }\r
 518 \r
 519         int index =  findTrueIndex(tmp.at2.alignmentMapping);\r
 520             //sequence.findIndex( tmp.at2.alignmentMapping );\r
 521         if (index != -1)\r
 522         {\r
 523           tmp.endCol = seqcanvas.getSequenceRenderer().\r
 524               getResidueBoxColour( sequence, index);\r
 525 \r
 526           if(showFeatures)\r
 527           tmp.endCol = fr.findFeatureColour(tmp.endCol, sequence, index);\r
 528         }\r
 529       }\r
 530     }\r
 531 \r
 532 \r
 533     Zsort zsort;\r
 534     public void drawScene(Graphics g)\r
 535     {\r
 536         if (zbuffer)\r
 537         {\r
 538           if(zsort ==null)\r
 539             zsort = new Zsort();\r
 540 \r
 541           zsort.Zsort(visiblebonds);\r
 542         }\r
 543 \r
 544 \r
 545         Bond tmpBond=null;\r
 546         for (int i = 0; i < visiblebonds.size(); i++)\r
 547         {\r
 548             tmpBond = (Bond) visiblebonds.elementAt(i);\r
 549 \r
 550 \r
 551             xstart = (int) (((tmpBond.start[0] - centre[0]) * scale) +\r
 552                 (getSize().width / 2));\r
 553             ystart = (int) (((tmpBond.start[1] - centre[1]) * scale) +\r
 554                 (getSize().height / 2));\r
 555 \r
 556             xend = (int) (((tmpBond.end[0] - centre[0]) * scale) +\r
 557                 (getSize().width / 2));\r
 558             yend = (int) (((tmpBond.end[1] - centre[1]) * scale) +\r
 559                 (getSize().height / 2));\r
 560 \r
 561             xmid = (xend + xstart) / 2;\r
 562             ymid = (yend + ystart) / 2;\r
 563 \r
 564             if (depthcue && !bymolecule)\r
 565             {\r
 566                 if (tmpBond.start[2] < (centre[2] - (maxwidth / 6))) {\r
 567                     g.setColor(tmpBond.startCol.darker().darker());\r
 568                     drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);\r
 569 \r
 570                     g.setColor(tmpBond.endCol.darker().darker());\r
 571                     drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);\r
 572                 } else if (tmpBond.start[2] < (centre[2] + (maxwidth / 6))) {\r
 573                     g.setColor(tmpBond.startCol.darker());\r
 574                     drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);\r
 575 \r
 576                     g.setColor(tmpBond.endCol.darker());\r
 577                     drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);\r
 578                 } else {\r
 579                     g.setColor(tmpBond.startCol);\r
 580                     drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);\r
 581 \r
 582                     g.setColor(tmpBond.endCol);\r
 583                     drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);\r
 584                 }\r
 585 \r
 586             } else if (depthcue && bymolecule) {\r
 587                 if (tmpBond.start[2] < (centre[2] - (maxwidth / 6))) {\r
 588                     g.setColor(Color.green.darker().darker());\r
 589                     drawLine(g, xstart, ystart, xend, yend);\r
 590                 } else if (tmpBond.start[2] < (centre[2] + (maxwidth / 6))) {\r
 591                     g.setColor(Color.green.darker());\r
 592                     drawLine(g, xstart, ystart, xend, yend);\r
 593                 } else {\r
 594                     g.setColor(Color.green);\r
 595                     drawLine(g, xstart, ystart, xend, yend);\r
 596                 }\r
 597             } else if (!depthcue && !bymolecule) {\r
 598                 g.setColor(tmpBond.startCol);\r
 599                 drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);\r
 600                 g.setColor(tmpBond.endCol);\r
 601                 drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);\r
 602             } else {\r
 603                 drawLine(g, xstart, ystart, xend, yend);\r
 604             }\r
 605 \r
 606             if(highlightBond1!=null && highlightBond1==tmpBond)\r
 607             {\r
 608               g.setColor(Color.white);\r
 609               drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);\r
 610             }\r
 611 \r
 612             if(highlightBond2!=null && highlightBond2==tmpBond)\r
 613             {\r
 614               g.setColor(Color.white);\r
 615               drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);\r
 616             }\r
 617 \r
 618         }\r
 619     }\r
 620 \r
 621     public void drawLine(Graphics g, int x1, int y1, int x2, int y2) {\r
 622         if (!wire) {\r
 623             if (((float) Math.abs(y2 - y1) / (float) Math.abs(x2 - x1)) < 0.5) {\r
 624                 g.drawLine(x1, y1, x2, y2);\r
 625                 g.drawLine(x1 + 1, y1 + 1, x2 + 1, y2 + 1);\r
 626                 g.drawLine(x1, y1 - 1, x2, y2 - 1);\r
 627             } else {\r
 628                 g.setColor(g.getColor().brighter());\r
 629                 g.drawLine(x1, y1, x2, y2);\r
 630                 g.drawLine(x1 + 1, y1, x2 + 1, y2);\r
 631                 g.drawLine(x1 - 1, y1, x2 - 1, y2);\r
 632             }\r
 633         } else {\r
 634             g.drawLine(x1, y1, x2, y2);\r
 635         }\r
 636     }\r
 637 \r
 638     public Dimension minimumsize() {\r
 639         return prefsize;\r
 640     }\r
 641 \r
 642     public Dimension preferredsize() {\r
 643         return prefsize;\r
 644     }\r
 645 \r
 646     public void doKeyPressed(KeyEvent evt)\r
 647     {\r
 648       if (evt.getKeyCode() == KeyEvent.VK_UP)\r
 649       {\r
 650         scale = (float) (scale * 1.1);\r
 651         redrawneeded = true;\r
 652         repaint();\r
 653       }\r
 654       else if (evt.getKeyCode() == KeyEvent.VK_DOWN)\r
 655       {\r
 656         scale = (float) (scale * 0.9);\r
 657         redrawneeded = true;\r
 658         repaint();\r
 659       }\r
 660     }\r
 661 \r
 662     public void mousePressed(MouseEvent e) {\r
 663       pdbAction = true;\r
 664       Atom fatom = findAtom(e.getX(), e.getY());\r
 665       if(fatom!=null)\r
 666       {\r
 667         fatom.isSelected = !fatom.isSelected;\r
 668 \r
 669         redrawneeded = true;\r
 670         repaint();\r
 671         if (foundchain != -1)\r
 672         {\r
 673           PDBChain chain = (PDBChain) pdb.chains.elementAt(foundchain);\r
 674           if (chain == mainchain)\r
 675           {\r
 676             if (fatom.alignmentMapping != -1)\r
 677             {\r
 678               if (highlightRes == null)\r
 679                 highlightRes = new Vector();\r
 680 \r
 681               if (highlightRes.contains(fatom.alignmentMapping+"" + ""))\r
 682                 highlightRes.removeElement(fatom.alignmentMapping + "");\r
 683               else\r
 684                 highlightRes.addElement(fatom.alignmentMapping + "");\r
 685             }\r
 686           }\r
 687         }\r
 688 \r
 689         }\r
 690         mx = e.getX();\r
 691         my = e.getY();\r
 692         omx = mx;\r
 693         omy = my;\r
 694         dragging = false;\r
 695     }\r
 696 \r
 697     public void mouseMoved(MouseEvent e) {\r
 698       pdbAction = true;\r
 699       if(highlightBond1!=null)\r
 700       {\r
 701         highlightBond1.at2.isSelected = false;\r
 702         highlightBond2.at1.isSelected = false;\r
 703         highlightBond1 = null;\r
 704         highlightBond2 = null;\r
 705       }\r
 706 \r
 707         Atom fatom = findAtom(e.getX(), e.getY());\r
 708 \r
 709         PDBChain chain = null;\r
 710         if(foundchain!=-1)\r
 711         {\r
 712           chain = (PDBChain) pdb.chains.elementAt(foundchain);\r
 713           if(chain == mainchain)\r
 714           {\r
 715             highlightSeqcanvas( fatom.alignmentMapping );\r
 716           }\r
 717         }\r
 718 \r
 719         if (fatom != null) {\r
 720             toolx = e.getX();\r
 721             tooly = e.getY();\r
 722 \r
 723             appletToolTip = chain.id+":"+ fatom.resNumber+" "+ fatom.resName;\r
 724             redrawneeded = true;\r
 725             repaint();\r
 726         } else {\r
 727             highlightSeqcanvas( -1);\r
 728             appletToolTip = null;\r
 729             redrawneeded = true;\r
 730             repaint();\r
 731         }\r
 732     }\r
 733 \r
 734 \r
 735     void highlightSeqcanvas(int pos)\r
 736     {\r
 737       SearchResults searchResults = new SearchResults();\r
 738       if(highlightRes!=null)\r
 739       {\r
 740         for (int i = 0; i < highlightRes.size(); i++)\r
 741         {\r
 742           int a = Integer.parseInt(highlightRes.elementAt(\r
 743               i).toString())+1;\r
 744 \r
 745           searchResults.addResult(sequence, a, a);\r
 746         }\r
 747       }\r
 748 \r
 749       if(pos!=-1)\r
 750       {\r
 751         searchResults.addResult(sequence, pos+1, pos+1);\r
 752       }\r
 753 \r
 754       seqcanvas.highlightSearchResults(searchResults);\r
 755     }\r
 756 \r
 757 \r
 758     public void mouseClicked(MouseEvent e) {\r
 759     }\r
 760 \r
 761     public void mouseEntered(MouseEvent e) {\r
 762     }\r
 763 \r
 764     public void mouseExited(MouseEvent e) {\r
 765     }\r
 766 \r
 767     public void mouseDragged(MouseEvent evt) {\r
 768         int x = evt.getX();\r
 769         int y = evt.getY();\r
 770         mx = x;\r
 771         my = y;\r
 772 \r
 773         MCMatrix objmat = new MCMatrix(3, 3);\r
 774         objmat.setIdentity();\r
 775 \r
 776         if ((evt.getModifiers() & Event.META_MASK) != 0) {\r
 777             objmat.rotatez((float) ((mx - omx)));\r
 778         } else {\r
 779             objmat.rotatex((float) ((my - omy)));\r
 780             objmat.rotatey((float) ((omx - mx)));\r
 781         }\r
 782 \r
 783         //Alter the bonds\r
 784         for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++) {\r
 785             Vector bonds = ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).bonds;\r
 786 \r
 787             for (int i = 0; i < bonds.size(); i++) {\r
 788                 Bond tmpBond = (Bond) bonds.elementAt(i);\r
 789 \r
 790                 //Translate the bond so the centre is 0,0,0\r
 791                 tmpBond.translate(-centre[0], -centre[1], -centre[2]);\r
 792 \r
 793                 //Now apply the rotation matrix\r
 794                 tmpBond.start = objmat.vectorMultiply(tmpBond.start);\r
 795                 tmpBond.end = objmat.vectorMultiply(tmpBond.end);\r
 796 \r
 797                 //Now translate back again\r
 798                 tmpBond.translate(centre[0], centre[1], centre[2]);\r
 799             }\r
 800         }\r
 801 \r
 802         objmat = null;\r
 803 \r
 804         omx = mx;\r
 805         omy = my;\r
 806 \r
 807         dragging = true;\r
 808 \r
 809         redrawneeded = true;\r
 810 \r
 811         repaint();\r
 812     }\r
 813 \r
 814     public void mouseReleased(MouseEvent evt) {\r
 815         dragging = false;\r
 816         return;\r
 817     }\r
 818 \r
 819     void drawLabels(Graphics g) {\r
 820 \r
 821         for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++)\r
 822         {\r
 823             PDBChain chain = (PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii);\r
 824 \r
 825             if (chain.isVisible)\r
 826             {\r
 827                 Vector bonds = ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).bonds;\r
 828 \r
 829                 for (int i = 0; i < bonds.size(); i++)\r
 830                 {\r
 831                     Bond tmpBond = (Bond) bonds.elementAt(i);\r
 832 \r
 833                     if (tmpBond.at1.isSelected)\r
 834                     {\r
 835                         labelAtom(g, tmpBond, 1);\r
 836                     }\r
 837 \r
 838                     if (tmpBond.at2.isSelected)\r
 839                     {\r
 840 \r
 841                         labelAtom(g, tmpBond, 2);\r
 842                     }\r
 843                 }\r
 844             }\r
 845         }\r
 846     }\r
 847 \r
 848     public void labelAtom(Graphics g, Bond b, int n) {\r
 849         g.setFont(font);\r
 850 \r
 851         if (n == 1) {\r
 852             int xstart = (int) (((b.start[0] - centre[0]) * scale) +\r
 853                 (getSize().width / 2));\r
 854             int ystart = (int) (((b.start[1] - centre[1]) * scale) +\r
 855                 (getSize().height / 2));\r
 856 \r
 857             g.setColor(Color.red);\r
 858             g.drawString(b.at1.resName + "-" + b.at1.resNumber, xstart, ystart);\r
 859         }\r
 860 \r
 861         if (n == 2) {\r
 862             int xstart = (int) (((b.end[0] - centre[0]) * scale) +\r
 863                 (getSize().width / 2));\r
 864             int ystart = (int) (((b.end[1] - centre[1]) * scale) +\r
 865                 (getSize().height / 2));\r
 866 \r
 867             g.setColor(Color.red);\r
 868             g.drawString(b.at2.resName + "-" + b.at2.resNumber, xstart, ystart);\r
 869         }\r
 870     }\r
 871 \r
 872     int foundchain = -1;\r
 873     public Atom findAtom(int x, int y) {\r
 874         Atom fatom = null;\r
 875 \r
 876         foundchain = -1;\r
 877 \r
 878         for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++)\r
 879         {\r
 880             PDBChain chain = (PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii);\r
 881             int truex;\r
 882             Bond tmpBond=null;\r
 883 \r
 884             if (chain.isVisible)\r
 885             {\r
 886                 Vector bonds = ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).bonds;\r
 887 \r
 888                 for (int i = 0; i < bonds.size(); i++)\r
 889                 {\r
 890                     tmpBond = (Bond) bonds.elementAt(i);\r
 891 \r
 892                     truex = (int) (((tmpBond.start[0] - centre[0]) * scale) +\r
 893                         (getSize().width / 2));\r
 894 \r
 895                     if (Math.abs(truex - x) <= 2)\r
 896                     {\r
 897                         int truey = (int) (((tmpBond.start[1] - centre[1]) * scale) +\r
 898                             (getSize().height / 2));\r
 899 \r
 900                         if (Math.abs(truey - y) <= 2)\r
 901                         {\r
 902                             fatom = tmpBond.at1;\r
 903                             foundchain = ii;\r
 904                             break;\r
 905                         }\r
 906                     }\r
 907                 }\r
 908 \r
 909                 // Still here? Maybe its the last bond\r
 910 \r
 911                 truex = (int) ( ( (tmpBond.end[0] - centre[0]) * scale) +\r
 912                                (getSize().width / 2));\r
 913 \r
 914                 if (Math.abs(truex - x) <= 2)\r
 915                 {\r
 916                   int truey = (int) ( ( (tmpBond.end[1] - centre[1]) * scale) +\r
 917                                      (getSize().height / 2));\r
 918 \r
 919                   if (Math.abs(truey - y) <= 2)\r
 920                   {\r
 921                     fatom = tmpBond.at2;\r
 922                     foundchain = ii;\r
 923                     break;\r
 924                   }\r
 925                 }\r
 926 \r
 927             }\r
 928 \r
 929             if (fatom != null) //)&& chain.ds != null)\r
 930              {\r
 931                 chain = (PDBChain) pdb.chains.elementAt(foundchain);\r
 932             }\r
 933         }\r
 934 \r
 935         return fatom;\r
 936     }\r
 937 \r
 938     public void update(Graphics g)\r
 939     {\r
 940       paint(g);\r
 941     }\r
 942 \r
 943     public void highlightRes(int ii)\r
 944    {\r
 945      if(!seqColoursReady)\r
 946        return;\r
 947 \r
 948      if (highlightRes != null\r
 949          && highlightRes.contains((ii-1) + ""))\r
 950      {\r
 951        return;\r
 952      }\r
 953 \r
 954      int index = -1;\r
 955      Bond tmpBond;\r
 956      for(index=0; index<mainchain.bonds.size(); index++)\r
 957      {\r
 958        tmpBond = (Bond) mainchain.bonds.elementAt(index);\r
 959        if (tmpBond.at1.alignmentMapping == ii - 1)\r
 960        {\r
 961          if (highlightBond1 != null)\r
 962            highlightBond1.at2.isSelected = false;\r
 963 \r
 964          if (highlightBond2 != null)\r
 965            highlightBond2.at1.isSelected = false;\r
 966 \r
 967          highlightBond1 = null;\r
 968          highlightBond2 = null;\r
 969 \r
 970          if (index > 0)\r
 971          {\r
 972            highlightBond1 = (Bond) mainchain.bonds.elementAt(index - 1);\r
 973            highlightBond1.at2.isSelected = true;\r
 974          }\r
 975 \r
 976          if (index != mainchain.bonds.size())\r
 977          {\r
 978            highlightBond2 = (Bond) mainchain.bonds.elementAt(index);\r
 979            highlightBond2.at1.isSelected = true;\r
 980          }\r
 981 \r
 982          break;\r
 983        }\r
 984      }\r
 985 \r
 986      redrawneeded = true;\r
 987      repaint();\r
 988    }\r
 989 \r
 990 \r
 991     public void setAllchainsVisible(boolean b)\r
 992     {\r
 993       for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++)\r
 994       {\r
 995         PDBChain chain = (PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii);\r
 996         chain.isVisible = b;\r
 997       }\r
 998       mainchain.isVisible = true;\r
 999       findCentre();\r
1000       setupBonds();\r
1001     }\r
1002 \r
1003 }\r