src/MCview/AppletPDBCanvas.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package MCview;
  22
  23 import jalview.analysis.AlignSeq;
  24 import jalview.appletgui.AlignmentPanel;
  25 import jalview.appletgui.FeatureRenderer;
  26 import jalview.appletgui.SequenceRenderer;
  27 import jalview.datamodel.PDBEntry;
  28 import jalview.datamodel.SequenceI;
  29 import jalview.io.DataSourceType;
  30 import jalview.io.StructureFile;
  31 import jalview.renderer.seqfeatures.FeatureColourFinder;
  32 import jalview.structure.AtomSpec;
  33 import jalview.structure.StructureListener;
  34 import jalview.structure.StructureMapping;
  35 import jalview.structure.StructureSelectionManager;
  36 import jalview.util.MessageManager;
  37
  38 import java.awt.Color;
  39 import java.awt.Dimension;
  40 import java.awt.Event;
  41 import java.awt.Font;
  42 import java.awt.Graphics;
  43 import java.awt.Image;
  44 // JBPNote TODO: This class is quite noisy - needs proper log.info/log.debug
  45 import java.awt.Panel;
  46 import java.awt.event.KeyAdapter;
  47 import java.awt.event.KeyEvent;
  48 import java.awt.event.MouseEvent;
  49 import java.awt.event.MouseListener;
  50 import java.awt.event.MouseMotionListener;
  51 import java.io.PrintStream;
  52 import java.util.List;
  53 import java.util.Vector;
  54
  55 public class AppletPDBCanvas extends Panel implements MouseListener,
  56         MouseMotionListener, StructureListener
  57 {
  58
  59   MCMatrix idmat = new MCMatrix(3, 3);
  60
  61   MCMatrix objmat = new MCMatrix(3, 3);
  62
  63   boolean redrawneeded = true;
  64
  65   int omx = 0;
  66
  67   int mx = 0;
  68
  69   int omy = 0;
  70
  71   int my = 0;
  72
  73   public StructureFile pdb;
  74
  75   PDBEntry pdbentry;
  76
  77   int bsize;
  78
  79   Image img;
  80
  81   Graphics ig;
  82
  83   Dimension prefsize;
  84
  85   float[] centre = new float[3];
  86
  87   float[] width = new float[3];
  88
  89   float maxwidth;
  90
  91   float scale;
  92
  93   String inStr;
  94
  95   String inType;
  96
  97   boolean bysequence = true;
  98
  99   boolean depthcue = true;
 100
 101   boolean wire = false;
 102
 103   boolean bymolecule = false;
 104
 105   boolean zbuffer = true;
 106
 107   boolean dragging;
 108
 109   int xstart;
 110
 111   int xend;
 112
 113   int ystart;
 114
 115   int yend;
 116
 117   int xmid;
 118
 119   int ymid;
 120
 121   Font font = new Font("Helvetica", Font.PLAIN, 10);
 122
 123   public SequenceI[] sequence;
 124
 125   final StringBuffer mappingDetails = new StringBuffer();
 126
 127   String appletToolTip = null;
 128
 129   int toolx, tooly;
 130
 131   PDBChain mainchain;
 132
 133   Vector<String> highlightRes;
 134
 135   boolean pdbAction = false;
 136
 137   Bond highlightBond1, highlightBond2;
 138
 139   boolean errorLoading = false;
 140
 141   boolean seqColoursReady = false;
 142
 143   FeatureRenderer fr;
 144
 145   AlignmentPanel ap;
 146
 147   StructureSelectionManager ssm;
 148
 149   public AppletPDBCanvas(PDBEntry pdbentry, SequenceI[] seq,
 150           String[] chains, AlignmentPanel ap, DataSourceType protocol)
 151
 152   {
 153     this.ap = ap;
 154     this.pdbentry = pdbentry;
 155     this.sequence = seq;
 156
 157     ssm = StructureSelectionManager
 158             .getStructureSelectionManager(ap.av.applet);
 159
 160     try
 161     {
 162       pdb = ssm.setMapping(seq, chains, pdbentry.getFile(), protocol);
 163
 164       if (protocol == DataSourceType.PASTE)
 165       {
 166         pdbentry.setFile("INLINE" + pdb.getId());
 167       }
 168
 169     } catch (Exception ex)
 170     {
 171       ex.printStackTrace();
 172       return;
 173     }
 174
 175     pdbentry.setId(pdb.getId());
 176
 177     ssm.addStructureViewerListener(this);
 178
 179     colourBySequence();
 180
 181     int max = -10;
 182     int maxchain = -1;
 183     int pdbstart = 0;
 184     int pdbend = 0;
 185     int seqstart = 0;
 186     int seqend = 0;
 187
 188     // JUST DEAL WITH ONE SEQUENCE FOR NOW
 189     SequenceI sequence = seq[0];
 190
 191     for (int i = 0; i < pdb.getChains().size(); i++)
 192     {
 193
 194       mappingDetails
 195               .append("\n\nPDB Sequence is :\nSequence = "
 196                       + pdb.getChains().elementAt(i).sequence
 197                               .getSequenceAsString());
 198       mappingDetails.append("\nNo of residues = "
 199               + pdb.getChains().elementAt(i).residues.size() + "\n\n");
 200
 201       // Now lets compare the sequences to get
 202       // the start and end points.
 203       // Align the sequence to the pdb
 204       // TODO: DNa/Pep switch
 205       AlignSeq as = new AlignSeq(sequence,
 206               pdb.getChains().elementAt(i).sequence, pdb.getChains()
 207                       .elementAt(i).isNa ? AlignSeq.DNA : AlignSeq.PEP);
 208       as.calcScoreMatrix();
 209       as.traceAlignment();
 210       PrintStream ps = new PrintStream(System.out)
 211       {
 212         @Override
 213         public void print(String x)
 214         {
 215           mappingDetails.append(x);
 216         }
 217
 218         @Override
 219         public void println()
 220         {
 221           mappingDetails.append("\n");
 222         }
 223       };
 224
 225       as.printAlignment(ps);
 226
 227       if (as.maxscore > max)
 228       {
 229         max = as.maxscore;
 230         maxchain = i;
 231
 232         pdbstart = as.seq2start;
 233         pdbend = as.seq2end;
 234         seqstart = as.seq1start + sequence.getStart() - 1;
 235         seqend = as.seq1end + sequence.getEnd() - 1;
 236       }
 237
 238       mappingDetails.append("\nPDB start/end " + pdbstart + " " + pdbend);
 239       mappingDetails.append("\nSEQ start/end " + seqstart + " " + seqend);
 240     }
 241
 242     mainchain = pdb.getChains().elementAt(maxchain);
 243
 244     mainchain.pdbstart = pdbstart;
 245     mainchain.pdbend = pdbend;
 246     mainchain.seqstart = seqstart;
 247     mainchain.seqend = seqend;
 248     mainchain.isVisible = true;
 249     // mainchain.makeExactMapping(maxAlignseq, sequence);
 250     // mainchain.transferRESNUMFeatures(sequence, null);
 251     this.pdb = pdb;
 252     this.prefsize = new Dimension(getSize().width, getSize().height);
 253
 254     // Initialize the matrices to identity
 255     for (int i = 0; i < 3; i++)
 256     {
 257       for (int j = 0; j < 3; j++)
 258       {
 259         if (i != j)
 260         {
 261           idmat.addElement(i, j, 0);
 262           objmat.addElement(i, j, 0);
 263         }
 264         else
 265         {
 266           idmat.addElement(i, j, 1);
 267           objmat.addElement(i, j, 1);
 268         }
 269       }
 270     }
 271
 272     addMouseMotionListener(this);
 273     addMouseListener(this);
 274
 275     addKeyListener(new KeyAdapter()
 276     {
 277       @Override
 278       public void keyPressed(KeyEvent evt)
 279       {
 280         doKeyPressed(evt);
 281       }
 282     });
 283
 284     findCentre();
 285     findWidth();
 286
 287     setupBonds();
 288
 289     scale = findScale();
 290   }
 291
 292   Vector<Bond> visiblebonds;
 293
 294   void setupBonds()
 295   {
 296     seqColoursReady = false;
 297     // Sort the bonds by z coord
 298     visiblebonds = new Vector<Bond>();
 299
 300     for (int ii = 0; ii < pdb.getChains().size(); ii++)
 301     {
 302       if (pdb.getChains().elementAt(ii).isVisible)
 303       {
 304         Vector<Bond> tmp = pdb.getChains().elementAt(ii).bonds;
 305
 306         for (int i = 0; i < tmp.size(); i++)
 307         {
 308           visiblebonds.addElement(tmp.elementAt(i));
 309         }
 310       }
 311     }
 312     seqColoursReady = true;
 313     colourBySequence();
 314     redrawneeded = true;
 315     repaint();
 316   }
 317
 318   public void findWidth()
 319   {
 320     float[] max = new float[3];
 321     float[] min = new float[3];
 322
 323     max[0] = (float) -1e30;
 324     max[1] = (float) -1e30;
 325     max[2] = (float) -1e30;
 326
 327     min[0] = (float) 1e30;
 328     min[1] = (float) 1e30;
 329     min[2] = (float) 1e30;
 330
 331     for (int ii = 0; ii < pdb.getChains().size(); ii++)
 332     {
 333       if (pdb.getChains().elementAt(ii).isVisible)
 334       {
 335         Vector<Bond> bonds = pdb.getChains().elementAt(ii).bonds;
 336
 337         for (Bond tmp : bonds)
 338         {
 339           if (tmp.start[0] >= max[0])
 340           {
 341             max[0] = tmp.start[0];
 342           }
 343
 344           if (tmp.start[1] >= max[1])
 345           {
 346             max[1] = tmp.start[1];
 347           }
 348
 349           if (tmp.start[2] >= max[2])
 350           {
 351             max[2] = tmp.start[2];
 352           }
 353
 354           if (tmp.start[0] <= min[0])
 355           {
 356             min[0] = tmp.start[0];
 357           }
 358
 359           if (tmp.start[1] <= min[1])
 360           {
 361             min[1] = tmp.start[1];
 362           }
 363
 364           if (tmp.start[2] <= min[2])
 365           {
 366             min[2] = tmp.start[2];
 367           }
 368
 369           if (tmp.end[0] >= max[0])
 370           {
 371             max[0] = tmp.end[0];
 372           }
 373
 374           if (tmp.end[1] >= max[1])
 375           {
 376             max[1] = tmp.end[1];
 377           }
 378
 379           if (tmp.end[2] >= max[2])
 380           {
 381             max[2] = tmp.end[2];
 382           }
 383
 384           if (tmp.end[0] <= min[0])
 385           {
 386             min[0] = tmp.end[0];
 387           }
 388
 389           if (tmp.end[1] <= min[1])
 390           {
 391             min[1] = tmp.end[1];
 392           }
 393
 394           if (tmp.end[2] <= min[2])
 395           {
 396             min[2] = tmp.end[2];
 397           }
 398         }
 399       }
 400     }
 401
 402     width[0] = Math.abs(max[0] - min[0]);
 403     width[1] = Math.abs(max[1] - min[1]);
 404     width[2] = Math.abs(max[2] - min[2]);
 405
 406     maxwidth = width[0];
 407
 408     if (width[1] > width[0])
 409     {
 410       maxwidth = width[1];
 411     }
 412
 413     if (width[2] > width[1])
 414     {
 415       maxwidth = width[2];
 416     }
 417
 418     // System.out.println("Maxwidth = " + maxwidth);
 419   }
 420
 421   public float findScale()
 422   {
 423     int dim;
 424     int width;
 425     int height;
 426
 427     if (getSize().width != 0)
 428     {
 429       width = getSize().width;
 430       height = getSize().height;
 431     }
 432     else
 433     {
 434       width = prefsize.width;
 435       height = prefsize.height;
 436     }
 437
 438     if (width < height)
 439     {
 440       dim = width;
 441     }
 442     else
 443     {
 444       dim = height;
 445     }
 446
 447     return (float) (dim / (1.5d * maxwidth));
 448   }
 449
 450   public void findCentre()
 451   {
 452     float xtot = 0;
 453     float ytot = 0;
 454     float ztot = 0;
 455
 456     int bsize = 0;
 457
 458     // Find centre coordinate
 459     for (int ii = 0; ii < pdb.getChains().size(); ii++)
 460     {
 461       if (pdb.getChains().elementAt(ii).isVisible)
 462       {
 463         Vector<Bond> bonds = pdb.getChains().elementAt(ii).bonds;
 464
 465         bsize += bonds.size();
 466
 467         for (Bond b : bonds)
 468         {
 469           xtot = xtot + b.start[0] + b.end[0];
 470           ytot = ytot + b.start[1] + b.end[1];
 471           ztot = ztot + b.start[2] + b.end[2];
 472         }
 473       }
 474     }
 475
 476     centre[0] = xtot / (2 * (float) bsize);
 477     centre[1] = ytot / (2 * (float) bsize);
 478     centre[2] = ztot / (2 * (float) bsize);
 479   }
 480
 481   @Override
 482   public void paint(Graphics g)
 483   {
 484
 485     if (errorLoading)
 486     {
 487       g.setColor(Color.white);
 488       g.fillRect(0, 0, getSize().width, getSize().height);
 489       g.setColor(Color.black);
 490       g.setFont(new Font("Verdana", Font.BOLD, 14));
 491       g.drawString(
 492               MessageManager.getString("label.error_loading_pdb_data"), 50,
 493               getSize().height / 2);
 494       return;
 495     }
 496
 497     if (!seqColoursReady)
 498     {
 499       g.setColor(Color.black);
 500       g.setFont(new Font("Verdana", Font.BOLD, 14));
 501       g.drawString(MessageManager.getString("label.fetching_pdb_data"), 50,
 502               getSize().height / 2);
 503       return;
 504     }
 505
 506     // Only create the image at the beginning -
 507     // this saves much memory usage
 508     if ((img == null) || (prefsize.width != getSize().width)
 509             || (prefsize.height != getSize().height))
 510     {
 511
 512       try
 513       {
 514         prefsize.width = getSize().width;
 515         prefsize.height = getSize().height;
 516
 517         scale = findScale();
 518         img = createImage(prefsize.width, prefsize.height);
 519         ig = img.getGraphics();
 520
 521         redrawneeded = true;
 522       } catch (Exception ex)
 523       {
 524         ex.printStackTrace();
 525       }
 526     }
 527
 528     if (redrawneeded)
 529     {
 530       drawAll(ig, prefsize.width, prefsize.height);
 531       redrawneeded = false;
 532     }
 533     if (appletToolTip != null)
 534     {
 535       ig.setColor(Color.red);
 536       ig.drawString(appletToolTip, toolx, tooly);
 537     }
 538
 539     g.drawImage(img, 0, 0, this);
 540
 541     pdbAction = false;
 542   }
 543
 544   public void drawAll(Graphics g, int width, int height)
 545   {
 546     ig.setColor(Color.black);
 547     ig.fillRect(0, 0, width, height);
 548     drawScene(ig);
 549     drawLabels(ig);
 550   }
 551
 552   public void setColours(jalview.schemes.ColourSchemeI cs)
 553   {
 554     bysequence = false;
 555     pdb.setColours(cs);
 556     redrawneeded = true;
 557     repaint();
 558   }
 559
 560   // This method has been taken out of PDBChain to allow
 561   // Applet and Application specific sequence renderers to be used
 562   void colourBySequence()
 563   {
 564     SequenceRenderer sr = new SequenceRenderer(ap.av);
 565
 566     StructureMapping[] mapping = ssm.getMapping(pdbentry.getFile());
 567
 568     boolean showFeatures = false;
 569     if (ap.av.isShowSequenceFeatures())
 570     {
 571       if (fr == null)
 572       {
 573         fr = new jalview.appletgui.FeatureRenderer(ap.av);
 574       }
 575
 576       fr.transferSettings(ap.getFeatureRenderer());
 577
 578       showFeatures = true;
 579     }
 580
 581     FeatureColourFinder finder = new FeatureColourFinder(fr);
 582
 583     PDBChain chain;
 584     if (bysequence && pdb != null)
 585     {
 586       for (int ii = 0; ii < pdb.getChains().size(); ii++)
 587       {
 588         chain = pdb.getChains().elementAt(ii);
 589
 590         for (int i = 0; i < chain.bonds.size(); i++)
 591         {
 592           Bond tmp = chain.bonds.elementAt(i);
 593           tmp.startCol = Color.lightGray;
 594           tmp.endCol = Color.lightGray;
 595           if (chain != mainchain)
 596           {
 597             continue;
 598           }
 599
 600           for (int s = 0; s < sequence.length; s++)
 601           {
 602             for (int m = 0; m < mapping.length; m++)
 603             {
 604               if (mapping[m].getSequence() == sequence[s])
 605               {
 606                 int pos = mapping[m].getSeqPos(tmp.at1.resNumber) - 1;
 607                 if (pos > 0)
 608                 {
 609                   pos = sequence[s].findIndex(pos);
 610                   tmp.startCol = sr.getResidueColour(sequence[s], pos,
 611                           finder);
 612                 }
 613                 pos = mapping[m].getSeqPos(tmp.at2.resNumber) - 1;
 614                 if (pos > 0)
 615                 {
 616                   pos = sequence[s].findIndex(pos);
 617                   tmp.endCol = sr
 618                           .getResidueColour(sequence[s], pos, finder);
 619                 }
 620               }
 621             }
 622           }
 623         }
 624       }
 625     }
 626   }
 627
 628   Zsort zsort;
 629
 630   public void drawScene(Graphics g)
 631   {
 632     if (zbuffer)
 633     {
 634       if (zsort == null)
 635       {
 636         zsort = new Zsort();
 637       }
 638
 639       zsort.sort(visiblebonds);
 640     }
 641
 642     Bond tmpBond = null;
 643     for (int i = 0; i < visiblebonds.size(); i++)
 644     {
 645       tmpBond = visiblebonds.elementAt(i);
 646
 647       xstart = (int) (((tmpBond.start[0] - centre[0]) * scale) + (getSize().width / 2));
 648       ystart = (int) (((centre[1] - tmpBond.start[1]) * scale) + (getSize().height / 2));
 649
 650       xend = (int) (((tmpBond.end[0] - centre[0]) * scale) + (getSize().width / 2));
 651       yend = (int) (((centre[1] - tmpBond.end[1]) * scale) + (getSize().height / 2));
 652
 653       xmid = (xend + xstart) / 2;
 654       ymid = (yend + ystart) / 2;
 655
 656       if (depthcue && !bymolecule)
 657       {
 658         if (tmpBond.start[2] < (centre[2] - (maxwidth / 6)))
 659         {
 660           g.setColor(tmpBond.startCol.darker().darker());
 661           drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);
 662
 663           g.setColor(tmpBond.endCol.darker().darker());
 664           drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);
 665         }
 666         else if (tmpBond.start[2] < (centre[2] + (maxwidth / 6)))
 667         {
 668           g.setColor(tmpBond.startCol.darker());
 669           drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);
 670
 671           g.setColor(tmpBond.endCol.darker());
 672           drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);
 673         }
 674         else
 675         {
 676           g.setColor(tmpBond.startCol);
 677           drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);
 678
 679           g.setColor(tmpBond.endCol);
 680           drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);
 681         }
 682
 683       }
 684       else if (depthcue && bymolecule)
 685       {
 686         if (tmpBond.start[2] < (centre[2] - (maxwidth / 6)))
 687         {
 688           g.setColor(Color.green.darker().darker());
 689           drawLine(g, xstart, ystart, xend, yend);
 690         }
 691         else if (tmpBond.start[2] < (centre[2] + (maxwidth / 6)))
 692         {
 693           g.setColor(Color.green.darker());
 694           drawLine(g, xstart, ystart, xend, yend);
 695         }
 696         else
 697         {
 698           g.setColor(Color.green);
 699           drawLine(g, xstart, ystart, xend, yend);
 700         }
 701       }
 702       else if (!depthcue && !bymolecule)
 703       {
 704         g.setColor(tmpBond.startCol);
 705         drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);
 706         g.setColor(tmpBond.endCol);
 707         drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);
 708       }
 709       else
 710       {
 711         drawLine(g, xstart, ystart, xend, yend);
 712       }
 713
 714       if (highlightBond1 != null && highlightBond1 == tmpBond)
 715       {
 716         g.setColor(Color.white);
 717         drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);
 718       }
 719
 720       if (highlightBond2 != null && highlightBond2 == tmpBond)
 721       {
 722         g.setColor(Color.white);
 723         drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);
 724       }
 725
 726     }
 727   }
 728
 729   public void drawLine(Graphics g, int x1, int y1, int x2, int y2)
 730   {
 731     if (!wire)
 732     {
 733       if (((float) Math.abs(y2 - y1) / (float) Math.abs(x2 - x1)) < 0.5)
 734       {
 735         g.drawLine(x1, y1, x2, y2);
 736         g.drawLine(x1 + 1, y1 + 1, x2 + 1, y2 + 1);
 737         g.drawLine(x1, y1 - 1, x2, y2 - 1);
 738       }
 739       else
 740       {
 741         g.setColor(g.getColor().brighter());
 742         g.drawLine(x1, y1, x2, y2);
 743         g.drawLine(x1 + 1, y1, x2 + 1, y2);
 744         g.drawLine(x1 - 1, y1, x2 - 1, y2);
 745       }
 746     }
 747     else
 748     {
 749       g.drawLine(x1, y1, x2, y2);
 750     }
 751   }
 752
 753   public Dimension minimumsize()
 754   {
 755     return prefsize;
 756   }
 757
 758   public Dimension preferredsize()
 759   {
 760     return prefsize;
 761   }
 762
 763   public void doKeyPressed(KeyEvent evt)
 764   {
 765     if (evt.getKeyCode() == KeyEvent.VK_UP)
 766     {
 767       scale = (float) (scale * 1.1);
 768       redrawneeded = true;
 769       repaint();
 770     }
 771     else if (evt.getKeyCode() == KeyEvent.VK_DOWN)
 772     {
 773       scale = (float) (scale * 0.9);
 774       redrawneeded = true;
 775       repaint();
 776     }
 777   }
 778
 779   @Override
 780   public void mousePressed(MouseEvent e)
 781   {
 782     pdbAction = true;
 783     Atom fatom = findAtom(e.getX(), e.getY());
 784     if (fatom != null)
 785     {
 786       fatom.isSelected = !fatom.isSelected;
 787
 788       redrawneeded = true;
 789       repaint();
 790       if (foundchain != -1)
 791       {
 792         PDBChain chain = pdb.getChains().elementAt(foundchain);
 793         if (chain == mainchain)
 794         {
 795           if (fatom.alignmentMapping != -1)
 796           {
 797             if (highlightRes == null)
 798             {
 799               highlightRes = new Vector<String>();
 800             }
 801
 802             final String atomString = Integer
 803                     .toString(fatom.alignmentMapping);
 804             if (highlightRes.contains(atomString))
 805             {
 806               highlightRes.removeElement(atomString);
 807             }
 808             else
 809             {
 810               highlightRes.addElement(atomString);
 811             }
 812           }
 813         }
 814       }
 815
 816     }
 817     mx = e.getX();
 818     my = e.getY();
 819     omx = mx;
 820     omy = my;
 821     dragging = false;
 822   }
 823
 824   @Override
 825   public void mouseMoved(MouseEvent e)
 826   {
 827     pdbAction = true;
 828     if (highlightBond1 != null)
 829     {
 830       highlightBond1.at2.isSelected = false;
 831       highlightBond2.at1.isSelected = false;
 832       highlightBond1 = null;
 833       highlightBond2 = null;
 834     }
 835
 836     Atom fatom = findAtom(e.getX(), e.getY());
 837
 838     PDBChain chain = null;
 839     if (foundchain != -1)
 840     {
 841       chain = pdb.getChains().elementAt(foundchain);
 842       if (chain == mainchain)
 843       {
 844         mouseOverStructure(fatom.resNumber, chain.id);
 845       }
 846     }
 847
 848     if (fatom != null)
 849     {
 850       toolx = e.getX();
 851       tooly = e.getY();
 852
 853       appletToolTip = chain.id + ":" + fatom.resNumber + " "
 854               + fatom.resName;
 855       redrawneeded = true;
 856       repaint();
 857     }
 858     else
 859     {
 860       mouseOverStructure(-1, chain != null ? chain.id : null);
 861       appletToolTip = null;
 862       redrawneeded = true;
 863       repaint();
 864     }
 865   }
 866
 867   @Override
 868   public void mouseClicked(MouseEvent e)
 869   {
 870   }
 871
 872   @Override
 873   public void mouseEntered(MouseEvent e)
 874   {
 875   }
 876
 877   @Override
 878   public void mouseExited(MouseEvent e)
 879   {
 880   }
 881
 882   @Override
 883   public void mouseDragged(MouseEvent evt)
 884   {
 885     int x = evt.getX();
 886     int y = evt.getY();
 887     mx = x;
 888     my = y;
 889
 890     MCMatrix objmat = new MCMatrix(3, 3);
 891     objmat.setIdentity();
 892
 893     if ((evt.getModifiers() & Event.META_MASK) != 0)
 894     {
 895       objmat.rotatez(((mx - omx)));
 896     }
 897     else
 898     {
 899       objmat.rotatex(((omy - my)));
 900       objmat.rotatey(((omx - mx)));
 901     }
 902
 903     // Alter the bonds
 904     for (PDBChain chain : pdb.getChains())
 905     {
 906       for (Bond tmpBond : chain.bonds)
 907       {
 908         // Translate the bond so the centre is 0,0,0
 909         tmpBond.translate(-centre[0], -centre[1], -centre[2]);
 910
 911         // Now apply the rotation matrix
 912         tmpBond.start = objmat.vectorMultiply(tmpBond.start);
 913         tmpBond.end = objmat.vectorMultiply(tmpBond.end);
 914
 915         // Now translate back again
 916         tmpBond.translate(centre[0], centre[1], centre[2]);
 917       }
 918     }
 919
 920     objmat = null;
 921
 922     omx = mx;
 923     omy = my;
 924
 925     dragging = true;
 926
 927     redrawneeded = true;
 928
 929     repaint();
 930   }
 931
 932   @Override
 933   public void mouseReleased(MouseEvent evt)
 934   {
 935     dragging = false;
 936     return;
 937   }
 938
 939   void drawLabels(Graphics g)
 940   {
 941
 942     for (PDBChain chain : pdb.getChains())
 943     {
 944       if (chain.isVisible)
 945       {
 946         for (Bond tmpBond : chain.bonds)
 947         {
 948           if (tmpBond.at1.isSelected)
 949           {
 950             labelAtom(g, tmpBond, 1);
 951           }
 952
 953           if (tmpBond.at2.isSelected)
 954           {
 955             labelAtom(g, tmpBond, 2);
 956           }
 957         }
 958       }
 959     }
 960   }
 961
 962   public void labelAtom(Graphics g, Bond b, int n)
 963   {
 964     g.setFont(font);
 965
 966     if (n == 1)
 967     {
 968       int xstart = (int) (((b.start[0] - centre[0]) * scale) + (getSize().width / 2));
 969       int ystart = (int) (((centre[1] - b.start[1]) * scale) + (getSize().height / 2));
 970
 971       g.setColor(Color.red);
 972       g.drawString(b.at1.resName + "-" + b.at1.resNumber, xstart, ystart);
 973     }
 974
 975     if (n == 2)
 976     {
 977       int xstart = (int) (((b.end[0] - centre[0]) * scale) + (getSize().width / 2));
 978       int ystart = (int) (((centre[1] - b.end[1]) * scale) + (getSize().height / 2));
 979
 980       g.setColor(Color.red);
 981       g.drawString(b.at2.resName + "-" + b.at2.resNumber, xstart, ystart);
 982     }
 983   }
 984
 985   int foundchain = -1;
 986
 987   public Atom findAtom(int x, int y)
 988   {
 989     Atom fatom = null;
 990
 991     foundchain = -1;
 992
 993     for (int ii = 0; ii < pdb.getChains().size(); ii++)
 994     {
 995       PDBChain chain = pdb.getChains().elementAt(ii);
 996       int truex;
 997       Bond tmpBond = null;
 998
 999       if (chain.isVisible)
1000       {
1001         Vector<Bond> bonds = pdb.getChains().elementAt(ii).bonds;
1002
1003         for (int i = 0; i < bonds.size(); i++)
1004         {
1005           tmpBond = bonds.elementAt(i);
1006
1007           truex = (int) (((tmpBond.start[0] - centre[0]) * scale) + (getSize().width / 2));
1008
1009           if (Math.abs(truex - x) <= 2)
1010           {
1011             int truey = (int) (((centre[1] - tmpBond.start[1]) * scale) + (getSize().height / 2));
1012
1013             if (Math.abs(truey - y) <= 2)
1014             {
1015               fatom = tmpBond.at1;
1016               foundchain = ii;
1017               break;
1018             }
1019           }
1020         }
1021
1022         // Still here? Maybe its the last bond
1023
1024         truex = (int) (((tmpBond.end[0] - centre[0]) * scale) + (getSize().width / 2));
1025
1026         if (Math.abs(truex - x) <= 2)
1027         {
1028           int truey = (int) (((tmpBond.end[1] - centre[1]) * scale) + (getSize().height / 2));
1029
1030           if (Math.abs(truey - y) <= 2)
1031           {
1032             fatom = tmpBond.at2;
1033             foundchain = ii;
1034             break;
1035           }
1036         }
1037
1038       }
1039
1040       if (fatom != null) // )&& chain.ds != null)
1041       {
1042         chain = pdb.getChains().elementAt(foundchain);
1043       }
1044     }
1045
1046     return fatom;
1047   }
1048
1049   @Override
1050   public void update(Graphics g)
1051   {
1052     paint(g);
1053   }
1054
1055   public void highlightRes(int ii)
1056   {
1057     if (!seqColoursReady)
1058     {
1059       return;
1060     }
1061
1062     if (highlightRes != null && highlightRes.contains((ii - 1) + ""))
1063     {
1064       return;
1065     }
1066
1067     int index = -1;
1068     Bond tmpBond;
1069     for (index = 0; index < mainchain.bonds.size(); index++)
1070     {
1071       tmpBond = mainchain.bonds.elementAt(index);
1072       if (tmpBond.at1.alignmentMapping == ii - 1)
1073       {
1074         if (highlightBond1 != null)
1075         {
1076           highlightBond1.at2.isSelected = false;
1077         }
1078
1079         if (highlightBond2 != null)
1080         {
1081           highlightBond2.at1.isSelected = false;
1082         }
1083
1084         highlightBond1 = null;
1085         highlightBond2 = null;
1086
1087         if (index > 0)
1088         {
1089           highlightBond1 = mainchain.bonds.elementAt(index - 1);
1090           highlightBond1.at2.isSelected = true;
1091         }
1092
1093         if (index != mainchain.bonds.size())
1094         {
1095           highlightBond2 = mainchain.bonds.elementAt(index);
1096           highlightBond2.at1.isSelected = true;
1097         }
1098
1099         break;
1100       }
1101     }
1102
1103     redrawneeded = true;
1104     repaint();
1105   }
1106
1107   public void setAllchainsVisible(boolean b)
1108   {
1109     for (int ii = 0; ii < pdb.getChains().size(); ii++)
1110     {
1111       PDBChain chain = pdb.getChains().elementAt(ii);
1112       chain.isVisible = b;
1113     }
1114     mainchain.isVisible = true;
1115     findCentre();
1116     setupBonds();
1117   }
1118
1119   // ////////////////////////////////
1120   // /StructureListener
1121   @Override
1122   public String[] getPdbFile()
1123   {
1124     return new String[] { pdbentry.getFile() };
1125   }
1126
1127   String lastMessage;
1128
1129   public void mouseOverStructure(int pdbResNum, String chain)
1130   {
1131     if (lastMessage == null || !lastMessage.equals(pdbResNum + chain))
1132     {
1133       ssm.mouseOverStructure(pdbResNum, chain, pdbentry.getFile());
1134     }
1135
1136     lastMessage = pdbResNum + chain;
1137   }
1138
1139   StringBuffer resetLastRes = new StringBuffer();
1140
1141   StringBuffer eval = new StringBuffer();
1142
1143   /**
1144    * Highlight the specified atoms in the structure.
1145    *
1146    * @param atoms
1147    */
1148   @Override
1149   public void highlightAtoms(List<AtomSpec> atoms)
1150   {
1151     if (!seqColoursReady)
1152     {
1153       return;
1154     }
1155     for (AtomSpec atom : atoms)
1156     {
1157       int atomIndex = atom.getAtomIndex();
1158
1159       if (highlightRes != null
1160               && highlightRes.contains((atomIndex - 1) + ""))
1161       {
1162         continue;
1163       }
1164
1165       highlightAtom(atomIndex);
1166     }
1167
1168     redrawneeded = true;
1169     repaint();
1170   }
1171
1172   /**
1173    * @param atomIndex
1174    */
1175   protected void highlightAtom(int atomIndex)
1176   {
1177     int index = -1;
1178     Bond tmpBond;
1179     for (index = 0; index < mainchain.bonds.size(); index++)
1180     {
1181       tmpBond = mainchain.bonds.elementAt(index);
1182       if (tmpBond.at1.atomIndex == atomIndex)
1183       {
1184         if (highlightBond1 != null)
1185         {
1186           highlightBond1.at2.isSelected = false;
1187         }
1188
1189         if (highlightBond2 != null)
1190         {
1191           highlightBond2.at1.isSelected = false;
1192         }
1193
1194         highlightBond1 = null;
1195         highlightBond2 = null;
1196
1197         if (index > 0)
1198         {
1199           highlightBond1 = mainchain.bonds.elementAt(index - 1);
1200           highlightBond1.at2.isSelected = true;
1201         }
1202
1203         if (index != mainchain.bonds.size())
1204         {
1205           highlightBond2 = mainchain.bonds.elementAt(index);
1206           highlightBond2.at1.isSelected = true;
1207         }
1208
1209         break;
1210       }
1211     }
1212   }
1213
1214   public Color getColour(int atomIndex, int pdbResNum, String chain,
1215           String pdbfile)
1216   {
1217     return Color.white;
1218     // if (!pdbfile.equals(pdbentry.getFile()))
1219     // return null;
1220
1221     // return new Color(viewer.getAtomArgb(atomIndex));
1222   }
1223
1224   @Override
1225   public void updateColours(Object source)
1226   {
1227     colourBySequence();
1228     redrawneeded = true;
1229     repaint();
1230   }
1231
1232   @Override
1233   public void releaseReferences(Object svl)
1234   {
1235     // TODO Auto-generated method stub
1236
1237   }
1238
1239   @Override
1240   public boolean isListeningFor(SequenceI seq)
1241   {
1242     if (sequence != null)
1243     {
1244       for (SequenceI s : sequence)
1245       {
1246         if (s == seq)
1247         {
1248           return true;
1249         }
1250       }
1251     }
1252     return false;
1253   }
1254 }