src/MCview/AppletPDBCanvas.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer
   3  * Copyright (C) 2007 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8  * of the License, or (at your option) any later version.
   9  *
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13  * GNU General Public License for more details.
  14  *
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA
  18  */
  19 package MCview;
  20
  21 import java.io.*;
  22 import java.util.*;
  23
  24 // JBPNote TODO: This class is quite noisy - needs proper log.info/log.debug
  25 import java.awt.*;
  26 import java.awt.event.*;
  27
  28 import jalview.analysis.*;
  29 import jalview.datamodel.*;
  30
  31 import jalview.appletgui.*;
  32 import jalview.structure.*;
  33
  34 public class AppletPDBCanvas
  35     extends Panel implements MouseListener, MouseMotionListener, StructureListener
  36 {
  37
  38   MCMatrix idmat = new MCMatrix(3, 3);
  39   MCMatrix objmat = new MCMatrix(3, 3);
  40   boolean redrawneeded = true;
  41   int omx = 0;
  42   int mx = 0;
  43   int omy = 0;
  44   int my = 0;
  45   public PDBfile pdb;
  46   PDBEntry pdbentry;
  47   int bsize;
  48   Image img;
  49   Graphics ig;
  50   Dimension prefsize;
  51   float[] centre = new float[3];
  52   float[] width = new float[3];
  53   float maxwidth;
  54   float scale;
  55   String inStr;
  56   String inType;
  57   boolean bysequence = true;
  58   boolean depthcue = true;
  59   boolean wire = false;
  60   boolean bymolecule = false;
  61   boolean zbuffer = true;
  62   boolean dragging;
  63   int xstart;
  64   int xend;
  65   int ystart;
  66   int yend;
  67   int xmid;
  68   int ymid;
  69   Font font = new Font("Helvetica", Font.PLAIN, 10);
  70   public SequenceI [] sequence;
  71   final StringBuffer mappingDetails = new StringBuffer();
  72   String appletToolTip = null;
  73   int toolx, tooly;
  74   PDBChain mainchain;
  75   Vector highlightRes;
  76   boolean pdbAction = false;
  77   Bond highlightBond1, highlightBond2;
  78   boolean errorLoading = false;
  79   boolean seqColoursReady = false;
  80   FeatureRenderer fr;
  81   AlignmentPanel ap;
  82   StructureSelectionManager ssm;
  83
  84   public AppletPDBCanvas(PDBEntry pdbentry,
  85                          SequenceI[] seq,
  86                          AlignmentPanel ap,
  87                          String protocol)
  88
  89   {
  90     this.ap = ap;
  91     this.pdbentry = pdbentry;
  92     this.sequence = seq;
  93
  94     ssm = StructureSelectionManager.getStructureSelectionManager();
  95
  96     try{
  97       pdb = ssm.setMapping(seq, pdbentry.getFile(), protocol);
  98
  99       if(protocol.equals(jalview.io.AppletFormatAdapter.PASTE))
 100        pdbentry.setFile("INLINE"+pdb.id);
 101
 102     }catch(Exception ex)
 103     {
 104       ex.printStackTrace();
 105       return;
 106     }
 107
 108     pdbentry.setId(pdb.id);
 109
 110     ssm.addStructureViewerListener(this);
 111
 112     colourBySequence();
 113
 114     int max = -10;
 115     int maxchain = -1;
 116     int pdbstart = 0;
 117     int pdbend = 0;
 118     int seqstart = 0;
 119     int seqend = 0;
 120     AlignSeq maxAlignseq = null;
 121
 122     //JUST DEAL WITH ONE SEQUENCE FOR NOW
 123     SequenceI sequence = seq[0];
 124
 125     for (int i = 0; i < pdb.chains.size(); i++)
 126     {
 127
 128       mappingDetails.append("\n\nPDB Sequence is :\nSequence = " +
 129                             ( (PDBChain) pdb.chains.elementAt(i)).sequence.
 130                             getSequenceAsString());
 131       mappingDetails.append("\nNo of residues = " +
 132                             ( (PDBChain) pdb.chains.elementAt(i)).residues.size() +
 133                             "\n\n");
 134
 135       // Now lets compare the sequences to get
 136       // the start and end points.
 137       // Align the sequence to the pdb
 138       AlignSeq as = new AlignSeq(sequence,
 139                                  ( (PDBChain) pdb.chains.elementAt(i)).sequence,
 140                                  "pep");
 141       as.calcScoreMatrix();
 142       as.traceAlignment();
 143       PrintStream ps = new PrintStream(System.out)
 144       {
 145         public void print(String x)
 146         {
 147           mappingDetails.append(x);
 148         }
 149
 150         public void println()
 151         {
 152           mappingDetails.append("\n");
 153         }
 154       };
 155
 156       as.printAlignment(ps);
 157
 158       if (as.maxscore > max)
 159       {
 160         max = as.maxscore;
 161         maxchain = i;
 162
 163         pdbstart = as.seq2start;
 164         pdbend = as.seq2end;
 165         seqstart = as.seq1start + sequence.getStart() - 1;
 166         seqend = as.seq1end + sequence.getEnd() - 1;
 167         maxAlignseq = as;
 168       }
 169
 170       mappingDetails.append("\nPDB start/end " + pdbstart + " " + pdbend);
 171       mappingDetails.append("\nSEQ start/end " + seqstart + " " + seqend);
 172     }
 173
 174     mainchain = (PDBChain) pdb.chains.elementAt(maxchain);
 175
 176     mainchain.pdbstart = pdbstart;
 177     mainchain.pdbend = pdbend;
 178     mainchain.seqstart = seqstart;
 179     mainchain.seqend = seqend;
 180     mainchain.isVisible = true;
 181   //  mainchain.makeExactMapping(maxAlignseq, sequence);
 182   //  mainchain.transferRESNUMFeatures(sequence, null);
 183     this.pdb = pdb;
 184     this.prefsize = new Dimension(getSize().width, getSize().height);
 185
 186     //Initialize the matrices to identity
 187     for (int i = 0; i < 3; i++)
 188     {
 189       for (int j = 0; j < 3; j++)
 190       {
 191         if (i != j)
 192         {
 193           idmat.addElement(i, j, 0);
 194           objmat.addElement(i, j, 0);
 195         }
 196         else
 197         {
 198           idmat.addElement(i, j, 1);
 199           objmat.addElement(i, j, 1);
 200         }
 201       }
 202     }
 203
 204     addMouseMotionListener(this);
 205     addMouseListener(this);
 206
 207     addKeyListener(new KeyAdapter()
 208     {
 209       public void keyPressed(KeyEvent evt)
 210       {
 211         doKeyPressed(evt);
 212       }
 213     });
 214
 215     findCentre();
 216     findWidth();
 217
 218     setupBonds();
 219
 220     scale = findScale();
 221   }
 222
 223   Vector visiblebonds;
 224   void setupBonds()
 225   {
 226     seqColoursReady = false;
 227     // Sort the bonds by z coord
 228     visiblebonds = new Vector();
 229
 230     for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++)
 231     {
 232       if ( ( (PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).isVisible)
 233       {
 234         Vector tmp = ( (PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).bonds;
 235
 236         for (int i = 0; i < tmp.size(); i++)
 237         {
 238           visiblebonds.addElement(tmp.elementAt(i));
 239         }
 240       }
 241     }
 242     seqColoursReady = true;
 243     colourBySequence();
 244     redrawneeded = true;
 245     repaint();
 246   }
 247
 248   public void findWidth()
 249   {
 250     float[] max = new float[3];
 251     float[] min = new float[3];
 252
 253     max[0] = (float) - 1e30;
 254     max[1] = (float) - 1e30;
 255     max[2] = (float) - 1e30;
 256
 257     min[0] = (float) 1e30;
 258     min[1] = (float) 1e30;
 259     min[2] = (float) 1e30;
 260
 261     for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++)
 262     {
 263       if ( ( (PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).isVisible)
 264       {
 265         Vector bonds = ( (PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).bonds;
 266
 267         for (int i = 0; i < bonds.size(); i++)
 268         {
 269           Bond tmp = (Bond) bonds.elementAt(i);
 270
 271           if (tmp.start[0] >= max[0])
 272           {
 273             max[0] = tmp.start[0];
 274           }
 275
 276           if (tmp.start[1] >= max[1])
 277           {
 278             max[1] = tmp.start[1];
 279           }
 280
 281           if (tmp.start[2] >= max[2])
 282           {
 283             max[2] = tmp.start[2];
 284           }
 285
 286           if (tmp.start[0] <= min[0])
 287           {
 288             min[0] = tmp.start[0];
 289           }
 290
 291           if (tmp.start[1] <= min[1])
 292           {
 293             min[1] = tmp.start[1];
 294           }
 295
 296           if (tmp.start[2] <= min[2])
 297           {
 298             min[2] = tmp.start[2];
 299           }
 300
 301           if (tmp.end[0] >= max[0])
 302           {
 303             max[0] = tmp.end[0];
 304           }
 305
 306           if (tmp.end[1] >= max[1])
 307           {
 308             max[1] = tmp.end[1];
 309           }
 310
 311           if (tmp.end[2] >= max[2])
 312           {
 313             max[2] = tmp.end[2];
 314           }
 315
 316           if (tmp.end[0] <= min[0])
 317           {
 318             min[0] = tmp.end[0];
 319           }
 320
 321           if (tmp.end[1] <= min[1])
 322           {
 323             min[1] = tmp.end[1];
 324           }
 325
 326           if (tmp.end[2] <= min[2])
 327           {
 328             min[2] = tmp.end[2];
 329           }
 330         }
 331       }
 332     }
 333
 334     width[0] = (float) Math.abs(max[0] - min[0]);
 335     width[1] = (float) Math.abs(max[1] - min[1]);
 336     width[2] = (float) Math.abs(max[2] - min[2]);
 337
 338     maxwidth = width[0];
 339
 340     if (width[1] > width[0])
 341     {
 342       maxwidth = width[1];
 343     }
 344
 345     if (width[2] > width[1])
 346     {
 347       maxwidth = width[2];
 348     }
 349
 350     // System.out.println("Maxwidth = " + maxwidth);
 351   }
 352
 353   public float findScale()
 354   {
 355     int dim;
 356     int width;
 357     int height;
 358
 359     if (getSize().width != 0)
 360     {
 361       width = getSize().width;
 362       height = getSize().height;
 363     }
 364     else
 365     {
 366       width = prefsize.width;
 367       height = prefsize.height;
 368     }
 369
 370     if (width < height)
 371     {
 372       dim = width;
 373     }
 374     else
 375     {
 376       dim = height;
 377     }
 378
 379     return (float) (dim / (1.5d * maxwidth));
 380   }
 381
 382   public void findCentre()
 383   {
 384     float xtot = 0;
 385     float ytot = 0;
 386     float ztot = 0;
 387
 388     int bsize = 0;
 389
 390     //Find centre coordinate
 391     for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++)
 392     {
 393       if ( ( (PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).isVisible)
 394       {
 395         Vector bonds = ( (PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).bonds;
 396
 397         bsize += bonds.size();
 398
 399         for (int i = 0; i < bonds.size(); i++)
 400         {
 401           xtot = xtot + ( (Bond) bonds.elementAt(i)).start[0] +
 402               ( (Bond) bonds.elementAt(i)).end[0];
 403
 404           ytot = ytot + ( (Bond) bonds.elementAt(i)).start[1] +
 405               ( (Bond) bonds.elementAt(i)).end[1];
 406
 407           ztot = ztot + ( (Bond) bonds.elementAt(i)).start[2] +
 408               ( (Bond) bonds.elementAt(i)).end[2];
 409         }
 410       }
 411     }
 412
 413     centre[0] = xtot / (2 * (float) bsize);
 414     centre[1] = ytot / (2 * (float) bsize);
 415     centre[2] = ztot / (2 * (float) bsize);
 416   }
 417
 418   public void paint(Graphics g)
 419   {
 420
 421     if (errorLoading)
 422     {
 423       g.setColor(Color.white);
 424       g.fillRect(0, 0, getSize().width, getSize().height);
 425       g.setColor(Color.black);
 426       g.setFont(new Font("Verdana", Font.BOLD, 14));
 427       g.drawString("Error loading PDB data!!", 50, getSize().height / 2);
 428       return;
 429     }
 430
 431     if (!seqColoursReady)
 432     {
 433       g.setColor(Color.black);
 434       g.setFont(new Font("Verdana", Font.BOLD, 14));
 435       g.drawString("Fetching PDB data...", 50, getSize().height / 2);
 436       return;
 437     }
 438
 439     //Only create the image at the beginning -
 440     //this saves much memory usage
 441     if ( (img == null) || (prefsize.width != getSize().width) ||
 442         (prefsize.height != getSize().height))
 443     {
 444
 445       try
 446       {
 447         prefsize.width = getSize().width;
 448         prefsize.height = getSize().height;
 449
 450         scale = findScale();
 451         img = createImage(prefsize.width, prefsize.height);
 452         ig = img.getGraphics();
 453
 454         redrawneeded = true;
 455       }
 456       catch (Exception ex)
 457       {
 458         ex.printStackTrace();
 459       }
 460     }
 461
 462     if (redrawneeded)
 463     {
 464       drawAll(ig, prefsize.width, prefsize.height);
 465       redrawneeded = false;
 466     }
 467     if (appletToolTip != null)
 468     {
 469       ig.setColor(Color.red);
 470       ig.drawString(appletToolTip, toolx, tooly);
 471     }
 472
 473     g.drawImage(img, 0, 0, this);
 474
 475     pdbAction = false;
 476   }
 477
 478   public void drawAll(Graphics g, int width, int height)
 479   {
 480     ig.setColor(Color.black);
 481     ig.fillRect(0, 0, width, height);
 482     drawScene(ig);
 483     drawLabels(ig);
 484   }
 485
 486   public void setColours(jalview.schemes.ColourSchemeI cs)
 487   {
 488     bysequence = false;
 489     pdb.setColours(cs);
 490     redrawneeded = true;
 491     repaint();
 492   }
 493
 494
 495
 496   // This method has been taken out of PDBChain to allow
 497   // Applet and Application specific sequence renderers to be used
 498   void colourBySequence()
 499   {
 500     SequenceRenderer sr = ap.getSequenceRenderer();
 501
 502     StructureMapping[] mapping = ssm.getMapping(pdbentry.getFile());
 503
 504     boolean showFeatures = false;
 505     if (ap.av.getShowSequenceFeatures())
 506     {
 507       if (fr == null)
 508       {
 509         fr = new jalview.appletgui.FeatureRenderer(ap.av);
 510       }
 511
 512       fr.transferSettings(ap.getFeatureRenderer());
 513
 514       showFeatures = true;
 515     }
 516
 517     PDBChain chain;
 518     if (bysequence && pdb != null)
 519     {
 520       for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++)
 521       {
 522         chain = (PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii);
 523
 524         for (int i = 0; i < chain.bonds.size(); i++)
 525         {
 526           Bond tmp = (Bond) chain.bonds.elementAt(i);
 527           tmp.startCol = Color.lightGray;
 528           tmp.endCol = Color.lightGray;
 529           if (chain != mainchain)
 530           {
 531             continue;
 532           }
 533
 534           for (int s = 0; s < sequence.length; s++)
 535           {
 536             for (int m = 0; m < mapping.length; m++)
 537             {
 538               if (mapping[m].getSequence() == sequence[s])
 539               {
 540                 int pos = mapping[m].getSeqPos(tmp.at1.resNumber)-1;
 541                 if (pos > 0)
 542                 {
 543                   pos = sequence[s].findIndex(pos);
 544                   tmp.startCol = sr.getResidueBoxColour(sequence[s], pos);
 545                   if (showFeatures)
 546                   {
 547                     tmp.startCol = fr.findFeatureColour(tmp.startCol,
 548                                                         sequence[s],
 549                                                         pos);
 550                   }
 551                 }
 552                 pos = mapping[m].getSeqPos(tmp.at2.resNumber)-1;
 553                 if (pos > 0)
 554                 {
 555                   pos = sequence[s].findIndex(pos);
 556                   tmp.endCol = sr.getResidueBoxColour(sequence[s], pos);
 557                   if (showFeatures)
 558                   {
 559                     tmp.endCol = fr.findFeatureColour(tmp.endCol,
 560                                                         sequence[s],
 561                                                         pos);
 562                   }
 563                 }
 564
 565               }
 566             }
 567           }
 568         }
 569       }
 570     }
 571   }
 572
 573   Zsort zsort;
 574   public void drawScene(Graphics g)
 575   {
 576     if (zbuffer)
 577     {
 578       if (zsort == null)
 579       {
 580         zsort = new Zsort();
 581       }
 582
 583       zsort.Zsort(visiblebonds);
 584     }
 585
 586     Bond tmpBond = null;
 587     for (int i = 0; i < visiblebonds.size(); i++)
 588     {
 589       tmpBond = (Bond) visiblebonds.elementAt(i);
 590
 591       xstart = (int) ( ( (tmpBond.start[0] - centre[0]) * scale) +
 592                       (getSize().width / 2));
 593       ystart = (int) ( ( (tmpBond.start[1] - centre[1]) * scale) +
 594                       (getSize().height / 2));
 595
 596       xend = (int) ( ( (tmpBond.end[0] - centre[0]) * scale) +
 597                     (getSize().width / 2));
 598       yend = (int) ( ( (tmpBond.end[1] - centre[1]) * scale) +
 599                     (getSize().height / 2));
 600
 601       xmid = (xend + xstart) / 2;
 602       ymid = (yend + ystart) / 2;
 603
 604       if (depthcue && !bymolecule)
 605       {
 606         if (tmpBond.start[2] < (centre[2] - (maxwidth / 6)))
 607         {
 608           g.setColor(tmpBond.startCol.darker().darker());
 609           drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);
 610
 611           g.setColor(tmpBond.endCol.darker().darker());
 612           drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);
 613         }
 614         else if (tmpBond.start[2] < (centre[2] + (maxwidth / 6)))
 615         {
 616           g.setColor(tmpBond.startCol.darker());
 617           drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);
 618
 619           g.setColor(tmpBond.endCol.darker());
 620           drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);
 621         }
 622         else
 623         {
 624           g.setColor(tmpBond.startCol);
 625           drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);
 626
 627           g.setColor(tmpBond.endCol);
 628           drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);
 629         }
 630
 631       }
 632       else if (depthcue && bymolecule)
 633       {
 634         if (tmpBond.start[2] < (centre[2] - (maxwidth / 6)))
 635         {
 636           g.setColor(Color.green.darker().darker());
 637           drawLine(g, xstart, ystart, xend, yend);
 638         }
 639         else if (tmpBond.start[2] < (centre[2] + (maxwidth / 6)))
 640         {
 641           g.setColor(Color.green.darker());
 642           drawLine(g, xstart, ystart, xend, yend);
 643         }
 644         else
 645         {
 646           g.setColor(Color.green);
 647           drawLine(g, xstart, ystart, xend, yend);
 648         }
 649       }
 650       else if (!depthcue && !bymolecule)
 651       {
 652         g.setColor(tmpBond.startCol);
 653         drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);
 654         g.setColor(tmpBond.endCol);
 655         drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);
 656       }
 657       else
 658       {
 659         drawLine(g, xstart, ystart, xend, yend);
 660       }
 661
 662       if (highlightBond1 != null && highlightBond1 == tmpBond)
 663       {
 664         g.setColor(Color.white);
 665         drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);
 666       }
 667
 668       if (highlightBond2 != null && highlightBond2 == tmpBond)
 669       {
 670         g.setColor(Color.white);
 671         drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);
 672       }
 673
 674     }
 675   }
 676
 677   public void drawLine(Graphics g, int x1, int y1, int x2, int y2)
 678   {
 679     if (!wire)
 680     {
 681       if ( ( (float) Math.abs(y2 - y1) / (float) Math.abs(x2 - x1)) < 0.5)
 682       {
 683         g.drawLine(x1, y1, x2, y2);
 684         g.drawLine(x1 + 1, y1 + 1, x2 + 1, y2 + 1);
 685         g.drawLine(x1, y1 - 1, x2, y2 - 1);
 686       }
 687       else
 688       {
 689         g.setColor(g.getColor().brighter());
 690         g.drawLine(x1, y1, x2, y2);
 691         g.drawLine(x1 + 1, y1, x2 + 1, y2);
 692         g.drawLine(x1 - 1, y1, x2 - 1, y2);
 693       }
 694     }
 695     else
 696     {
 697       g.drawLine(x1, y1, x2, y2);
 698     }
 699   }
 700
 701   public Dimension minimumsize()
 702   {
 703     return prefsize;
 704   }
 705
 706   public Dimension preferredsize()
 707   {
 708     return prefsize;
 709   }
 710
 711   public void doKeyPressed(KeyEvent evt)
 712   {
 713     if (evt.getKeyCode() == KeyEvent.VK_UP)
 714     {
 715       scale = (float) (scale * 1.1);
 716       redrawneeded = true;
 717       repaint();
 718     }
 719     else if (evt.getKeyCode() == KeyEvent.VK_DOWN)
 720     {
 721       scale = (float) (scale * 0.9);
 722       redrawneeded = true;
 723       repaint();
 724     }
 725   }
 726
 727   public void mousePressed(MouseEvent e)
 728   {
 729     pdbAction = true;
 730     Atom fatom = findAtom(e.getX(), e.getY());
 731     if (fatom != null)
 732     {
 733       fatom.isSelected = !fatom.isSelected;
 734
 735       redrawneeded = true;
 736       repaint();
 737       if (foundchain != -1)
 738       {
 739         PDBChain chain = (PDBChain) pdb.chains.elementAt(foundchain);
 740         if (chain == mainchain)
 741         {
 742           if (fatom.alignmentMapping != -1)
 743           {
 744             if (highlightRes == null)
 745             {
 746               highlightRes = new Vector();
 747             }
 748
 749             if (highlightRes.contains(fatom.alignmentMapping + "" + ""))
 750             {
 751               highlightRes.removeElement(fatom.alignmentMapping + "");
 752             }
 753             else
 754             {
 755               highlightRes.addElement(fatom.alignmentMapping + "");
 756             }
 757           }
 758         }
 759       }
 760
 761     }
 762     mx = e.getX();
 763     my = e.getY();
 764     omx = mx;
 765     omy = my;
 766     dragging = false;
 767   }
 768
 769   public void mouseMoved(MouseEvent e)
 770   {
 771     pdbAction = true;
 772     if (highlightBond1 != null)
 773     {
 774       highlightBond1.at2.isSelected = false;
 775       highlightBond2.at1.isSelected = false;
 776       highlightBond1 = null;
 777       highlightBond2 = null;
 778     }
 779
 780     Atom fatom = findAtom(e.getX(), e.getY());
 781
 782     PDBChain chain = null;
 783     if (foundchain != -1)
 784     {
 785       chain = (PDBChain) pdb.chains.elementAt(foundchain);
 786       if (chain == mainchain)
 787       {
 788         mouseOverStructure(fatom.resNumber, chain.id);
 789       }
 790     }
 791
 792     if (fatom != null)
 793     {
 794       toolx = e.getX();
 795       tooly = e.getY();
 796
 797       appletToolTip = chain.id + ":" + fatom.resNumber + " " + fatom.resName;
 798       redrawneeded = true;
 799       repaint();
 800     }
 801     else
 802     {
 803       mouseOverStructure(-1, chain!=null?chain.id:null);
 804       appletToolTip = null;
 805       redrawneeded = true;
 806       repaint();
 807     }
 808   }
 809
 810   public void mouseClicked(MouseEvent e)
 811   {
 812   }
 813
 814   public void mouseEntered(MouseEvent e)
 815   {
 816   }
 817
 818   public void mouseExited(MouseEvent e)
 819   {
 820   }
 821
 822   public void mouseDragged(MouseEvent evt)
 823   {
 824     int x = evt.getX();
 825     int y = evt.getY();
 826     mx = x;
 827     my = y;
 828
 829     MCMatrix objmat = new MCMatrix(3, 3);
 830     objmat.setIdentity();
 831
 832     if ( (evt.getModifiers() & Event.META_MASK) != 0)
 833     {
 834       objmat.rotatez( (float) ( (mx - omx)));
 835     }
 836     else
 837     {
 838       objmat.rotatex( (float) ( (my - omy)));
 839       objmat.rotatey( (float) ( (omx - mx)));
 840     }
 841
 842     //Alter the bonds
 843     for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++)
 844     {
 845       Vector bonds = ( (PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).bonds;
 846
 847       for (int i = 0; i < bonds.size(); i++)
 848       {
 849         Bond tmpBond = (Bond) bonds.elementAt(i);
 850
 851         //Translate the bond so the centre is 0,0,0
 852         tmpBond.translate( -centre[0], -centre[1], -centre[2]);
 853
 854         //Now apply the rotation matrix
 855         tmpBond.start = objmat.vectorMultiply(tmpBond.start);
 856         tmpBond.end = objmat.vectorMultiply(tmpBond.end);
 857
 858         //Now translate back again
 859         tmpBond.translate(centre[0], centre[1], centre[2]);
 860       }
 861     }
 862
 863     objmat = null;
 864
 865     omx = mx;
 866     omy = my;
 867
 868     dragging = true;
 869
 870     redrawneeded = true;
 871
 872     repaint();
 873   }
 874
 875   public void mouseReleased(MouseEvent evt)
 876   {
 877     dragging = false;
 878     return;
 879   }
 880
 881   void drawLabels(Graphics g)
 882   {
 883
 884     for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++)
 885     {
 886       PDBChain chain = (PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii);
 887
 888       if (chain.isVisible)
 889       {
 890         Vector bonds = ( (PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).bonds;
 891
 892         for (int i = 0; i < bonds.size(); i++)
 893         {
 894           Bond tmpBond = (Bond) bonds.elementAt(i);
 895
 896           if (tmpBond.at1.isSelected)
 897           {
 898             labelAtom(g, tmpBond, 1);
 899           }
 900
 901           if (tmpBond.at2.isSelected)
 902           {
 903
 904             labelAtom(g, tmpBond, 2);
 905           }
 906         }
 907       }
 908     }
 909   }
 910
 911   public void labelAtom(Graphics g, Bond b, int n)
 912   {
 913     g.setFont(font);
 914
 915     if (n == 1)
 916     {
 917       int xstart = (int) ( ( (b.start[0] - centre[0]) * scale) +
 918                           (getSize().width / 2));
 919       int ystart = (int) ( ( (b.start[1] - centre[1]) * scale) +
 920                           (getSize().height / 2));
 921
 922       g.setColor(Color.red);
 923       g.drawString(b.at1.resName + "-" + b.at1.resNumber, xstart, ystart);
 924     }
 925
 926     if (n == 2)
 927     {
 928       int xstart = (int) ( ( (b.end[0] - centre[0]) * scale) +
 929                           (getSize().width / 2));
 930       int ystart = (int) ( ( (b.end[1] - centre[1]) * scale) +
 931                           (getSize().height / 2));
 932
 933       g.setColor(Color.red);
 934       g.drawString(b.at2.resName + "-" + b.at2.resNumber, xstart, ystart);
 935     }
 936   }
 937
 938   int foundchain = -1;
 939   public Atom findAtom(int x, int y)
 940   {
 941     Atom fatom = null;
 942
 943     foundchain = -1;
 944
 945     for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++)
 946     {
 947       PDBChain chain = (PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii);
 948       int truex;
 949       Bond tmpBond = null;
 950
 951       if (chain.isVisible)
 952       {
 953         Vector bonds = ( (PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).bonds;
 954
 955         for (int i = 0; i < bonds.size(); i++)
 956         {
 957           tmpBond = (Bond) bonds.elementAt(i);
 958
 959           truex = (int) ( ( (tmpBond.start[0] - centre[0]) * scale) +
 960                          (getSize().width / 2));
 961
 962           if (Math.abs(truex - x) <= 2)
 963           {
 964             int truey = (int) ( ( (tmpBond.start[1] - centre[1]) * scale) +
 965                                (getSize().height / 2));
 966
 967             if (Math.abs(truey - y) <= 2)
 968             {
 969               fatom = tmpBond.at1;
 970               foundchain = ii;
 971               break;
 972             }
 973           }
 974         }
 975
 976         // Still here? Maybe its the last bond
 977
 978         truex = (int) ( ( (tmpBond.end[0] - centre[0]) * scale) +
 979                        (getSize().width / 2));
 980
 981         if (Math.abs(truex - x) <= 2)
 982         {
 983           int truey = (int) ( ( (tmpBond.end[1] - centre[1]) * scale) +
 984                              (getSize().height / 2));
 985
 986           if (Math.abs(truey - y) <= 2)
 987           {
 988             fatom = tmpBond.at2;
 989             foundchain = ii;
 990             break;
 991           }
 992         }
 993
 994       }
 995
 996       if (fatom != null) //)&& chain.ds != null)
 997       {
 998         chain = (PDBChain) pdb.chains.elementAt(foundchain);
 999       }
1000     }
1001
1002     return fatom;
1003   }
1004
1005   public void update(Graphics g)
1006   {
1007     paint(g);
1008   }
1009
1010   public void highlightRes(int ii)
1011   {
1012     if (!seqColoursReady)
1013     {
1014       return;
1015     }
1016
1017     if (highlightRes != null
1018         && highlightRes.contains( (ii - 1) + ""))
1019     {
1020       return;
1021     }
1022
1023     int index = -1;
1024     Bond tmpBond;
1025     for (index = 0; index < mainchain.bonds.size(); index++)
1026     {
1027       tmpBond = (Bond) mainchain.bonds.elementAt(index);
1028       if (tmpBond.at1.alignmentMapping == ii - 1)
1029       {
1030         if (highlightBond1 != null)
1031         {
1032           highlightBond1.at2.isSelected = false;
1033         }
1034
1035         if (highlightBond2 != null)
1036         {
1037           highlightBond2.at1.isSelected = false;
1038         }
1039
1040         highlightBond1 = null;
1041         highlightBond2 = null;
1042
1043         if (index > 0)
1044         {
1045           highlightBond1 = (Bond) mainchain.bonds.elementAt(index - 1);
1046           highlightBond1.at2.isSelected = true;
1047         }
1048
1049         if (index != mainchain.bonds.size())
1050         {
1051           highlightBond2 = (Bond) mainchain.bonds.elementAt(index);
1052           highlightBond2.at1.isSelected = true;
1053         }
1054
1055         break;
1056       }
1057     }
1058
1059     redrawneeded = true;
1060     repaint();
1061   }
1062
1063   public void setAllchainsVisible(boolean b)
1064   {
1065     for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++)
1066     {
1067       PDBChain chain = (PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii);
1068       chain.isVisible = b;
1069     }
1070     mainchain.isVisible = true;
1071     findCentre();
1072     setupBonds();
1073   }
1074
1075
1076   //////////////////////////////////
1077   ///StructureListener
1078   public String getPdbFile()
1079   {
1080     return "???";
1081   }
1082
1083
1084   String lastMessage;
1085   public void mouseOverStructure(int pdbResNum, String chain)
1086   {
1087       if (lastMessage == null || !lastMessage.equals(pdbResNum+chain))
1088         ssm.mouseOverStructure(pdbResNum, chain, pdbentry.getFile());
1089
1090       lastMessage = pdbResNum+chain;
1091   }
1092
1093   StringBuffer resetLastRes = new StringBuffer();
1094   StringBuffer eval = new StringBuffer();
1095
1096   public void highlightAtom(int atomIndex, int pdbResNum, String chain, String pdbfile)
1097   {
1098     if (!seqColoursReady)
1099     {
1100       return;
1101     }
1102
1103     if (highlightRes != null
1104         && highlightRes.contains( (atomIndex - 1) + ""))
1105     {
1106       return;
1107     }
1108
1109     int index = -1;
1110     Bond tmpBond;
1111     for (index = 0; index < mainchain.bonds.size(); index++)
1112     {
1113       tmpBond = (Bond) mainchain.bonds.elementAt(index);
1114       if (tmpBond.at1.atomIndex == atomIndex)
1115       {
1116         if (highlightBond1 != null)
1117         {
1118           highlightBond1.at2.isSelected = false;
1119         }
1120
1121         if (highlightBond2 != null)
1122         {
1123           highlightBond2.at1.isSelected = false;
1124         }
1125
1126         highlightBond1 = null;
1127         highlightBond2 = null;
1128
1129         if (index > 0)
1130         {
1131           highlightBond1 = (Bond) mainchain.bonds.elementAt(index - 1);
1132           highlightBond1.at2.isSelected = true;
1133         }
1134
1135         if (index != mainchain.bonds.size())
1136         {
1137           highlightBond2 = (Bond) mainchain.bonds.elementAt(index);
1138           highlightBond2.at1.isSelected = true;
1139         }
1140
1141         break;
1142       }
1143     }
1144
1145     redrawneeded = true;
1146     repaint();
1147   }
1148
1149
1150   public Color getColour(int atomIndex, int pdbResNum, String chain, String pdbfile)
1151   {
1152     return Color.white;
1153    // if (!pdbfile.equals(pdbentry.getFile()))
1154    //   return null;
1155
1156     //return new Color(viewer.getAtomArgb(atomIndex));
1157   }
1158
1159   public void updateColours(Object source)
1160   {
1161     AlignmentPanel ap = (AlignmentPanel) source;
1162     colourBySequence();
1163     redrawneeded = true;
1164     repaint();
1165   }
1166
1167
1168 }