src/MCview/AppletPDBCanvas.java

   1 /*
   2 * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer
   3 * Copyright (C) 2006 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
   4 *
   5 * This program is free software; you can redistribute it and/or
   6 * modify it under the terms of the GNU General Public License
   7 * as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8 * of the License, or (at your option) any later version.
   9 *
  10 * This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11 * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12 * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13 * GNU General Public License for more details.
  14 *
  15 * You should have received a copy of the GNU General Public License
  16 * along with this program; if not, write to the Free Software
  17 * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA
  18 */
  19 package MCview;
  20
  21 import jalview.analysis.AlignSeq;
  22
  23 import jalview.datamodel.*;
  24
  25 // JBPNote TODO: This class is quite noisy - needs proper log.info/log.debug
  26 import java.awt.*;
  27 import java.awt.event.*;
  28
  29 import java.io.*;
  30
  31 import java.util.*;
  32
  33
  34
  35 public class AppletPDBCanvas extends Panel implements MouseListener, MouseMotionListener
  36 {
  37
  38     MCMatrix idmat = new MCMatrix(3, 3);
  39     MCMatrix objmat = new MCMatrix(3, 3);
  40     boolean redrawneeded = true;
  41     int omx = 0;
  42     int mx = 0;
  43     int omy = 0;
  44     int my = 0;
  45     public PDBfile pdb;
  46     int bsize;
  47     Image img;
  48     Graphics ig;
  49     Dimension prefsize;
  50     float[] centre = new float[3];
  51     float[] width = new float[3];
  52     float maxwidth;
  53     float scale;
  54     String inStr;
  55     String inType;
  56     boolean bysequence = true;
  57     boolean depthcue = true;
  58     boolean wire = false;
  59     boolean bymolecule = false;
  60     boolean zbuffer = true;
  61     boolean dragging;
  62     int xstart;
  63     int xend;
  64     int ystart;
  65     int yend;
  66     int xmid;
  67     int ymid;
  68     Font font = new Font("Helvetica", Font.PLAIN, 10);
  69     jalview.appletgui.SeqCanvas seqcanvas;
  70     public Sequence sequence;
  71     final StringBuffer mappingDetails = new StringBuffer();
  72     String appletToolTip = null;
  73     int toolx, tooly;
  74     PDBChain mainchain;
  75     Vector highlightRes;
  76     boolean pdbAction = false;
  77     Bond highlightBond1, highlightBond2;
  78     boolean errorLoading = false;
  79     boolean seqColoursReady = false;
  80     jalview.appletgui.FeatureRenderer fr;
  81
  82     public AppletPDBCanvas(jalview.appletgui.SeqCanvas seqcanvas, Sequence seq)
  83     {
  84       this.seqcanvas = seqcanvas;
  85       this.sequence = seq;
  86
  87       seqcanvas.setPDBCanvas(this);
  88       addKeyListener(new KeyAdapter()
  89       {
  90
  91         public void keyPressed(KeyEvent evt)
  92         {
  93           doKeyPressed(evt);
  94         }
  95       });
  96     }
  97
  98
  99   public void setPDBFile(PDBfile pdb)
 100    {
 101         int max = -10;
 102         int maxchain = -1;
 103         int pdbstart = 0;
 104         int pdbend = 0;
 105         int seqstart = 0;
 106         int seqend = 0;
 107         AlignSeq maxAlignseq = null;;
 108
 109         for (int i = 0; i < pdb.chains.size(); i++)
 110         {
 111
 112           mappingDetails.append("\n\nPDB Sequence is :\nSequence = " + ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(i)).sequence.getSequenceAsString());
 113           mappingDetails.append("\nNo of residues = " + ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(i)).residues.size()+"\n\n");
 114
 115             // Now lets compare the sequences to get
 116             // the start and end points.
 117             // Align the sequence to the pdb
 118             AlignSeq as = new AlignSeq(sequence,
 119                     ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(i)).sequence, "pep");
 120             as.calcScoreMatrix();
 121             as.traceAlignment();
 122             PrintStream ps = new PrintStream(System.out)
 123            {
 124               public void print(String x) {
 125                    mappingDetails.append(x);
 126                }
 127                public void println()
 128                {
 129                  mappingDetails.append("\n");
 130                }
 131             };
 132
 133             as.printAlignment(ps);
 134
 135             if (as.maxscore > max) {
 136                 max = as.maxscore;
 137                 maxchain = i;
 138
 139                 pdbstart = as.seq2start;
 140                 pdbend = as.seq2end;
 141                 seqstart = as.seq1start + sequence.getStart()-1;
 142                 seqend = as.seq1end + sequence.getEnd()-1;
 143                 maxAlignseq = as;
 144             }
 145
 146             mappingDetails.append("\nPDB start/end "  + pdbstart + " " + pdbend);
 147             mappingDetails.append("\nSEQ start/end "+ seqstart + " " + seqend);
 148         }
 149
 150         mainchain = (PDBChain) pdb.chains.elementAt(maxchain);
 151
 152         mainchain.pdbstart = pdbstart;
 153         mainchain.pdbend = pdbend;
 154         mainchain.seqstart = seqstart;
 155         mainchain.seqend = seqend;
 156         mainchain.isVisible = true;
 157         mainchain.makeExactMapping(maxAlignseq, sequence);
 158
 159         this.pdb = pdb;
 160         this.prefsize = new Dimension(getSize().width, getSize().height);
 161
 162         //Initialize the matrices to identity
 163         for (int i = 0; i < 3; i++) {
 164             for (int j = 0; j < 3; j++) {
 165                 if (i != j) {
 166                     idmat.addElement(i, j, 0);
 167                     objmat.addElement(i, j, 0);
 168                 } else {
 169                     idmat.addElement(i, j, 1);
 170                     objmat.addElement(i, j, 1);
 171                 }
 172             }
 173         }
 174
 175         addMouseMotionListener(this);
 176         addMouseListener(this);
 177
 178
 179         findCentre();
 180         findWidth();
 181
 182         setupBonds();
 183
 184         scale = findScale();
 185     }
 186
 187
 188     Vector visiblebonds;
 189     void setupBonds()
 190     {
 191       seqColoursReady = false;
 192       // Sort the bonds by z coord
 193       visiblebonds = new Vector();
 194
 195       for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++)
 196       {
 197         if ( ( (PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).isVisible)
 198         {
 199           Vector tmp = ( (PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).bonds;
 200
 201           for (int i = 0; i < tmp.size(); i++)
 202           {
 203             visiblebonds.addElement(tmp.elementAt(i));
 204           }
 205         }
 206       }
 207       updateSeqColours();
 208       seqColoursReady = true;
 209       redrawneeded = true;
 210       repaint();
 211     }
 212
 213
 214     public void findWidth() {
 215         float[] max = new float[3];
 216         float[] min = new float[3];
 217
 218         max[0] = (float) -1e30;
 219         max[1] = (float) -1e30;
 220         max[2] = (float) -1e30;
 221
 222         min[0] = (float) 1e30;
 223         min[1] = (float) 1e30;
 224         min[2] = (float) 1e30;
 225
 226         for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++) {
 227             if (((PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).isVisible) {
 228                 Vector bonds = ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).bonds;
 229
 230                 for (int i = 0; i < bonds.size(); i++) {
 231                     Bond tmp = (Bond) bonds.elementAt(i);
 232
 233                     if (tmp.start[0] >= max[0]) {
 234                         max[0] = tmp.start[0];
 235                     }
 236
 237                     if (tmp.start[1] >= max[1]) {
 238                         max[1] = tmp.start[1];
 239                     }
 240
 241                     if (tmp.start[2] >= max[2]) {
 242                         max[2] = tmp.start[2];
 243                     }
 244
 245                     if (tmp.start[0] <= min[0]) {
 246                         min[0] = tmp.start[0];
 247                     }
 248
 249                     if (tmp.start[1] <= min[1]) {
 250                         min[1] = tmp.start[1];
 251                     }
 252
 253                     if (tmp.start[2] <= min[2]) {
 254                         min[2] = tmp.start[2];
 255                     }
 256
 257                     if (tmp.end[0] >= max[0]) {
 258                         max[0] = tmp.end[0];
 259                     }
 260
 261                     if (tmp.end[1] >= max[1]) {
 262                         max[1] = tmp.end[1];
 263                     }
 264
 265                     if (tmp.end[2] >= max[2]) {
 266                         max[2] = tmp.end[2];
 267                     }
 268
 269                     if (tmp.end[0] <= min[0]) {
 270                         min[0] = tmp.end[0];
 271                     }
 272
 273                     if (tmp.end[1] <= min[1]) {
 274                         min[1] = tmp.end[1];
 275                     }
 276
 277                     if (tmp.end[2] <= min[2]) {
 278                         min[2] = tmp.end[2];
 279                     }
 280                 }
 281             }
 282         }
 283
 284         width[0] = (float) Math.abs(max[0] - min[0]);
 285         width[1] = (float) Math.abs(max[1] - min[1]);
 286         width[2] = (float) Math.abs(max[2] - min[2]);
 287
 288         maxwidth = width[0];
 289
 290         if (width[1] > width[0]) {
 291             maxwidth = width[1];
 292         }
 293
 294         if (width[2] > width[1]) {
 295             maxwidth = width[2];
 296         }
 297
 298        // System.out.println("Maxwidth = " + maxwidth);
 299     }
 300
 301     public float findScale() {
 302         int dim;
 303         int width;
 304         int height;
 305
 306         if (getSize().width != 0) {
 307             width = getSize().width;
 308             height = getSize().height;
 309         } else {
 310             width = prefsize.width;
 311             height = prefsize.height;
 312         }
 313
 314         if (width < height) {
 315             dim = width;
 316         } else {
 317             dim = height;
 318         }
 319
 320         return (float) (dim / (1.5d * maxwidth));
 321     }
 322
 323     public void findCentre() {
 324         float xtot = 0;
 325         float ytot = 0;
 326         float ztot = 0;
 327
 328         int bsize = 0;
 329
 330         //Find centre coordinate
 331         for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++) {
 332             if (((PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).isVisible) {
 333                 Vector bonds = ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).bonds;
 334
 335                 bsize += bonds.size();
 336
 337                 for (int i = 0; i < bonds.size(); i++) {
 338                     xtot = xtot + ((Bond) bonds.elementAt(i)).start[0] +
 339                         ((Bond) bonds.elementAt(i)).end[0];
 340
 341                     ytot = ytot + ((Bond) bonds.elementAt(i)).start[1] +
 342                         ((Bond) bonds.elementAt(i)).end[1];
 343
 344                     ztot = ztot + ((Bond) bonds.elementAt(i)).start[2] +
 345                         ((Bond) bonds.elementAt(i)).end[2];
 346                 }
 347             }
 348         }
 349
 350         centre[0] = xtot / (2 * (float) bsize);
 351         centre[1] = ytot / (2 * (float) bsize);
 352         centre[2] = ztot / (2 * (float) bsize);
 353     }
 354
 355     public void paint(Graphics g)
 356     {
 357
 358       if(errorLoading)
 359       {
 360         g.setColor(Color.white);
 361         g.fillRect(0,0,getSize().width, getSize().height);
 362         g.setColor(Color.black);
 363         g.setFont(new Font("Verdana", Font.BOLD, 14));
 364         g.drawString("Error loading PDB data!!", 50, getSize().height/2);
 365         return;
 366       }
 367
 368       if( !seqColoursReady )
 369       {
 370         g.setColor(Color.black);
 371         g.setFont(new Font("Verdana", Font.BOLD, 14));
 372         g.drawString("Fetching PDB data...", 50, getSize().height/2);
 373         return;
 374       }
 375
 376
 377
 378         //Only create the image at the beginning -
 379         //this saves much memory usage
 380         if ((img == null) || (prefsize.width != getSize().width) ||
 381                 (prefsize.height != getSize().height)) {
 382
 383          try{     prefsize.width = getSize().width;
 384            prefsize.height = getSize().height;
 385
 386            scale = findScale();
 387            img = createImage(prefsize.width, prefsize.height);
 388            ig = img.getGraphics();
 389
 390            redrawneeded = true;
 391          }catch(Exception ex)
 392          {
 393            ex.printStackTrace();
 394          }
 395         }
 396
 397
 398         if (redrawneeded)
 399         {
 400           drawAll(ig, prefsize.width, prefsize.height);
 401           redrawneeded = false;
 402         }
 403         if(appletToolTip!=null)
 404         {
 405           ig.setColor(Color.red);
 406           ig.drawString(appletToolTip, toolx, tooly);
 407         }
 408
 409         g.drawImage(img, 0, 0, this);
 410
 411         pdbAction = false;
 412     }
 413
 414     public void drawAll(Graphics g, int width, int height)
 415     {
 416       ig.setColor(Color.black);
 417       ig.fillRect(0, 0, width, height);
 418       drawScene(ig);
 419       drawLabels(ig);
 420     }
 421
 422    void setColours(jalview.schemes.ColourSchemeI cs)
 423    {
 424      bysequence = false;
 425      pdb.setColours(cs);
 426      redrawneeded = true;
 427      repaint();
 428    }
 429     public void updateSeqColours()
 430     {
 431       if (pdbAction)
 432       {
 433         return;
 434       }
 435
 436       if(bysequence && pdb!=null)
 437       {
 438         for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++)
 439         {
 440           colourBySequence((PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii));
 441         }
 442       }
 443
 444       redrawneeded=true;
 445       repaint();
 446     }
 447
 448
 449     int findTrueIndex(int pos)
 450     {
 451       // returns the alignment position for a residue
 452       int j = sequence.getStart();
 453       int i = 0;
 454
 455       while ( (i < sequence.getLength()) && (j <= sequence.getEnd()) && (j <= pos+1))
 456       {
 457         if (!jalview.util.Comparison.isGap(sequence.getCharAt(i)))
 458         {
 459           j++;
 460         }
 461
 462         i++;
 463       }
 464
 465       if(i>1)
 466          i--;
 467
 468       if ( (j == sequence.getEnd()) && (j < pos))
 469       {
 470         return sequence.getEnd() + 1;
 471       }
 472       else
 473       {
 474         return i;
 475       }
 476     }
 477
 478
 479     // This method has been taken out of PDBChain to allow
 480     // Applet and Application specific sequence renderers to be used
 481     void colourBySequence(PDBChain chain)
 482     {
 483       boolean showFeatures = false;
 484
 485       if(seqcanvas.getViewport().getShowSequenceFeatures())
 486         {
 487           if(fr==null)
 488           {
 489             fr = new jalview.appletgui.FeatureRenderer(seqcanvas.getViewport());
 490           }
 491           fr.transferSettings( seqcanvas.getFeatureRenderer());
 492           showFeatures = true;
 493         }
 494
 495       for (int i = 0; i < chain.bonds.size(); i++)
 496       {
 497         Bond tmp = (Bond) chain.bonds.elementAt(i);
 498         tmp.startCol = Color.lightGray;
 499         tmp.endCol = Color.lightGray;
 500         if(chain!=mainchain)
 501           continue;
 502
 503         if ( (tmp.at1.resNumber >= ( (chain.offset + chain.pdbstart) - 1)) &&
 504             (tmp.at1.resNumber <= ( (chain.offset + chain.pdbend) - 1)))
 505         {
 506
 507           int index = findTrueIndex(tmp.at1.alignmentMapping);
 508                 //sequence.findIndex(tmp.at1.alignmentMapping);
 509             if (index != -1)
 510             {
 511               tmp.startCol = seqcanvas.getSequenceRenderer().
 512                   getResidueBoxColour( sequence, index);
 513
 514               if(showFeatures)
 515               tmp.startCol = fr.findFeatureColour(tmp.startCol, sequence, index);
 516             }
 517         }
 518
 519         int index =  findTrueIndex(tmp.at2.alignmentMapping);
 520             //sequence.findIndex( tmp.at2.alignmentMapping );
 521         if (index != -1)
 522         {
 523           tmp.endCol = seqcanvas.getSequenceRenderer().
 524               getResidueBoxColour( sequence, index);
 525
 526           if(showFeatures)
 527           tmp.endCol = fr.findFeatureColour(tmp.endCol, sequence, index);
 528         }
 529       }
 530     }
 531
 532
 533     Zsort zsort;
 534     public void drawScene(Graphics g)
 535     {
 536         if (zbuffer)
 537         {
 538           if(zsort ==null)
 539             zsort = new Zsort();
 540
 541           zsort.Zsort(visiblebonds);
 542         }
 543
 544
 545         Bond tmpBond=null;
 546         for (int i = 0; i < visiblebonds.size(); i++)
 547         {
 548             tmpBond = (Bond) visiblebonds.elementAt(i);
 549
 550
 551             xstart = (int) (((tmpBond.start[0] - centre[0]) * scale) +
 552                 (getSize().width / 2));
 553             ystart = (int) (((tmpBond.start[1] - centre[1]) * scale) +
 554                 (getSize().height / 2));
 555
 556             xend = (int) (((tmpBond.end[0] - centre[0]) * scale) +
 557                 (getSize().width / 2));
 558             yend = (int) (((tmpBond.end[1] - centre[1]) * scale) +
 559                 (getSize().height / 2));
 560
 561             xmid = (xend + xstart) / 2;
 562             ymid = (yend + ystart) / 2;
 563
 564             if (depthcue && !bymolecule)
 565             {
 566                 if (tmpBond.start[2] < (centre[2] - (maxwidth / 6))) {
 567                     g.setColor(tmpBond.startCol.darker().darker());
 568                     drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);
 569
 570                     g.setColor(tmpBond.endCol.darker().darker());
 571                     drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);
 572                 } else if (tmpBond.start[2] < (centre[2] + (maxwidth / 6))) {
 573                     g.setColor(tmpBond.startCol.darker());
 574                     drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);
 575
 576                     g.setColor(tmpBond.endCol.darker());
 577                     drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);
 578                 } else {
 579                     g.setColor(tmpBond.startCol);
 580                     drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);
 581
 582                     g.setColor(tmpBond.endCol);
 583                     drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);
 584                 }
 585
 586             } else if (depthcue && bymolecule) {
 587                 if (tmpBond.start[2] < (centre[2] - (maxwidth / 6))) {
 588                     g.setColor(Color.green.darker().darker());
 589                     drawLine(g, xstart, ystart, xend, yend);
 590                 } else if (tmpBond.start[2] < (centre[2] + (maxwidth / 6))) {
 591                     g.setColor(Color.green.darker());
 592                     drawLine(g, xstart, ystart, xend, yend);
 593                 } else {
 594                     g.setColor(Color.green);
 595                     drawLine(g, xstart, ystart, xend, yend);
 596                 }
 597             } else if (!depthcue && !bymolecule) {
 598                 g.setColor(tmpBond.startCol);
 599                 drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);
 600                 g.setColor(tmpBond.endCol);
 601                 drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);
 602             } else {
 603                 drawLine(g, xstart, ystart, xend, yend);
 604             }
 605
 606             if(highlightBond1!=null && highlightBond1==tmpBond)
 607             {
 608               g.setColor(Color.white);
 609               drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);
 610             }
 611
 612             if(highlightBond2!=null && highlightBond2==tmpBond)
 613             {
 614               g.setColor(Color.white);
 615               drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);
 616             }
 617
 618         }
 619     }
 620
 621     public void drawLine(Graphics g, int x1, int y1, int x2, int y2) {
 622         if (!wire) {
 623             if (((float) Math.abs(y2 - y1) / (float) Math.abs(x2 - x1)) < 0.5) {
 624                 g.drawLine(x1, y1, x2, y2);
 625                 g.drawLine(x1 + 1, y1 + 1, x2 + 1, y2 + 1);
 626                 g.drawLine(x1, y1 - 1, x2, y2 - 1);
 627             } else {
 628                 g.setColor(g.getColor().brighter());
 629                 g.drawLine(x1, y1, x2, y2);
 630                 g.drawLine(x1 + 1, y1, x2 + 1, y2);
 631                 g.drawLine(x1 - 1, y1, x2 - 1, y2);
 632             }
 633         } else {
 634             g.drawLine(x1, y1, x2, y2);
 635         }
 636     }
 637
 638     public Dimension minimumsize() {
 639         return prefsize;
 640     }
 641
 642     public Dimension preferredsize() {
 643         return prefsize;
 644     }
 645
 646     public void doKeyPressed(KeyEvent evt)
 647     {
 648       if (evt.getKeyCode() == KeyEvent.VK_UP)
 649       {
 650         scale = (float) (scale * 1.1);
 651         redrawneeded = true;
 652         repaint();
 653       }
 654       else if (evt.getKeyCode() == KeyEvent.VK_DOWN)
 655       {
 656         scale = (float) (scale * 0.9);
 657         redrawneeded = true;
 658         repaint();
 659       }
 660     }
 661
 662     public void mousePressed(MouseEvent e) {
 663       pdbAction = true;
 664       Atom fatom = findAtom(e.getX(), e.getY());
 665       if(fatom!=null)
 666       {
 667         fatom.isSelected = !fatom.isSelected;
 668
 669         redrawneeded = true;
 670         repaint();
 671         if (foundchain != -1)
 672         {
 673           PDBChain chain = (PDBChain) pdb.chains.elementAt(foundchain);
 674           if (chain == mainchain)
 675           {
 676             if (fatom.alignmentMapping != -1)
 677             {
 678               if (highlightRes == null)
 679                 highlightRes = new Vector();
 680
 681               if (highlightRes.contains(fatom.alignmentMapping+"" + ""))
 682                 highlightRes.removeElement(fatom.alignmentMapping + "");
 683               else
 684                 highlightRes.addElement(fatom.alignmentMapping + "");
 685             }
 686           }
 687         }
 688
 689         }
 690         mx = e.getX();
 691         my = e.getY();
 692         omx = mx;
 693         omy = my;
 694         dragging = false;
 695     }
 696
 697     public void mouseMoved(MouseEvent e) {
 698       pdbAction = true;
 699       if(highlightBond1!=null)
 700       {
 701         highlightBond1.at2.isSelected = false;
 702         highlightBond2.at1.isSelected = false;
 703         highlightBond1 = null;
 704         highlightBond2 = null;
 705       }
 706
 707         Atom fatom = findAtom(e.getX(), e.getY());
 708
 709         PDBChain chain = null;
 710         if(foundchain!=-1)
 711         {
 712           chain = (PDBChain) pdb.chains.elementAt(foundchain);
 713           if(chain == mainchain)
 714           {
 715             highlightSeqcanvas( fatom.alignmentMapping );
 716           }
 717         }
 718
 719         if (fatom != null) {
 720             toolx = e.getX();
 721             tooly = e.getY();
 722
 723             appletToolTip = chain.id+":"+ fatom.resNumber+" "+ fatom.resName;
 724             redrawneeded = true;
 725             repaint();
 726         } else {
 727             highlightSeqcanvas( -1);
 728             appletToolTip = null;
 729             redrawneeded = true;
 730             repaint();
 731         }
 732     }
 733
 734
 735     void highlightSeqcanvas(int pos)
 736     {
 737       SearchResults searchResults = new SearchResults();
 738       if(highlightRes!=null)
 739       {
 740         for (int i = 0; i < highlightRes.size(); i++)
 741         {
 742           int a = Integer.parseInt(highlightRes.elementAt(
 743               i).toString())+1;
 744
 745           searchResults.addResult(sequence, a, a);
 746         }
 747       }
 748
 749       if(pos!=-1)
 750       {
 751         searchResults.addResult(sequence, pos+1, pos+1);
 752       }
 753
 754       seqcanvas.highlightSearchResults(searchResults);
 755     }
 756
 757
 758     public void mouseClicked(MouseEvent e) {
 759     }
 760
 761     public void mouseEntered(MouseEvent e) {
 762     }
 763
 764     public void mouseExited(MouseEvent e) {
 765     }
 766
 767     public void mouseDragged(MouseEvent evt) {
 768         int x = evt.getX();
 769         int y = evt.getY();
 770         mx = x;
 771         my = y;
 772
 773         MCMatrix objmat = new MCMatrix(3, 3);
 774         objmat.setIdentity();
 775
 776         if ((evt.getModifiers() & Event.META_MASK) != 0) {
 777             objmat.rotatez((float) ((mx - omx)));
 778         } else {
 779             objmat.rotatex((float) ((my - omy)));
 780             objmat.rotatey((float) ((omx - mx)));
 781         }
 782
 783         //Alter the bonds
 784         for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++) {
 785             Vector bonds = ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).bonds;
 786
 787             for (int i = 0; i < bonds.size(); i++) {
 788                 Bond tmpBond = (Bond) bonds.elementAt(i);
 789
 790                 //Translate the bond so the centre is 0,0,0
 791                 tmpBond.translate(-centre[0], -centre[1], -centre[2]);
 792
 793                 //Now apply the rotation matrix
 794                 tmpBond.start = objmat.vectorMultiply(tmpBond.start);
 795                 tmpBond.end = objmat.vectorMultiply(tmpBond.end);
 796
 797                 //Now translate back again
 798                 tmpBond.translate(centre[0], centre[1], centre[2]);
 799             }
 800         }
 801
 802         objmat = null;
 803
 804         omx = mx;
 805         omy = my;
 806
 807         dragging = true;
 808
 809         redrawneeded = true;
 810
 811         repaint();
 812     }
 813
 814     public void mouseReleased(MouseEvent evt) {
 815         dragging = false;
 816         return;
 817     }
 818
 819     void drawLabels(Graphics g) {
 820
 821         for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++)
 822         {
 823             PDBChain chain = (PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii);
 824
 825             if (chain.isVisible)
 826             {
 827                 Vector bonds = ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).bonds;
 828
 829                 for (int i = 0; i < bonds.size(); i++)
 830                 {
 831                     Bond tmpBond = (Bond) bonds.elementAt(i);
 832
 833                     if (tmpBond.at1.isSelected)
 834                     {
 835                         labelAtom(g, tmpBond, 1);
 836                     }
 837
 838                     if (tmpBond.at2.isSelected)
 839                     {
 840
 841                         labelAtom(g, tmpBond, 2);
 842                     }
 843                 }
 844             }
 845         }
 846     }
 847
 848     public void labelAtom(Graphics g, Bond b, int n) {
 849         g.setFont(font);
 850
 851         if (n == 1) {
 852             int xstart = (int) (((b.start[0] - centre[0]) * scale) +
 853                 (getSize().width / 2));
 854             int ystart = (int) (((b.start[1] - centre[1]) * scale) +
 855                 (getSize().height / 2));
 856
 857             g.setColor(Color.red);
 858             g.drawString(b.at1.resName + "-" + b.at1.resNumber, xstart, ystart);
 859         }
 860
 861         if (n == 2) {
 862             int xstart = (int) (((b.end[0] - centre[0]) * scale) +
 863                 (getSize().width / 2));
 864             int ystart = (int) (((b.end[1] - centre[1]) * scale) +
 865                 (getSize().height / 2));
 866
 867             g.setColor(Color.red);
 868             g.drawString(b.at2.resName + "-" + b.at2.resNumber, xstart, ystart);
 869         }
 870     }
 871
 872     int foundchain = -1;
 873     public Atom findAtom(int x, int y) {
 874         Atom fatom = null;
 875
 876         foundchain = -1;
 877
 878         for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++)
 879         {
 880             PDBChain chain = (PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii);
 881             int truex;
 882             Bond tmpBond=null;
 883
 884             if (chain.isVisible)
 885             {
 886                 Vector bonds = ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).bonds;
 887
 888                 for (int i = 0; i < bonds.size(); i++)
 889                 {
 890                     tmpBond = (Bond) bonds.elementAt(i);
 891
 892                     truex = (int) (((tmpBond.start[0] - centre[0]) * scale) +
 893                         (getSize().width / 2));
 894
 895                     if (Math.abs(truex - x) <= 2)
 896                     {
 897                         int truey = (int) (((tmpBond.start[1] - centre[1]) * scale) +
 898                             (getSize().height / 2));
 899
 900                         if (Math.abs(truey - y) <= 2)
 901                         {
 902                             fatom = tmpBond.at1;
 903                             foundchain = ii;
 904                             break;
 905                         }
 906                     }
 907                 }
 908
 909                 // Still here? Maybe its the last bond
 910
 911                 truex = (int) ( ( (tmpBond.end[0] - centre[0]) * scale) +
 912                                (getSize().width / 2));
 913
 914                 if (Math.abs(truex - x) <= 2)
 915                 {
 916                   int truey = (int) ( ( (tmpBond.end[1] - centre[1]) * scale) +
 917                                      (getSize().height / 2));
 918
 919                   if (Math.abs(truey - y) <= 2)
 920                   {
 921                     fatom = tmpBond.at2;
 922                     foundchain = ii;
 923                     break;
 924                   }
 925                 }
 926
 927             }
 928
 929             if (fatom != null) //)&& chain.ds != null)
 930              {
 931                 chain = (PDBChain) pdb.chains.elementAt(foundchain);
 932             }
 933         }
 934
 935         return fatom;
 936     }
 937
 938     public void update(Graphics g)
 939     {
 940       paint(g);
 941     }
 942
 943     public void highlightRes(int ii)
 944    {
 945      if(!seqColoursReady)
 946        return;
 947
 948      if (highlightRes != null
 949          && highlightRes.contains((ii-1) + ""))
 950      {
 951        return;
 952      }
 953
 954      int index = -1;
 955      Bond tmpBond;
 956      for(index=0; index<mainchain.bonds.size(); index++)
 957      {
 958        tmpBond = (Bond) mainchain.bonds.elementAt(index);
 959        if (tmpBond.at1.alignmentMapping == ii - 1)
 960        {
 961          if (highlightBond1 != null)
 962            highlightBond1.at2.isSelected = false;
 963
 964          if (highlightBond2 != null)
 965            highlightBond2.at1.isSelected = false;
 966
 967          highlightBond1 = null;
 968          highlightBond2 = null;
 969
 970          if (index > 0)
 971          {
 972            highlightBond1 = (Bond) mainchain.bonds.elementAt(index - 1);
 973            highlightBond1.at2.isSelected = true;
 974          }
 975
 976          if (index != mainchain.bonds.size())
 977          {
 978            highlightBond2 = (Bond) mainchain.bonds.elementAt(index);
 979            highlightBond2.at1.isSelected = true;
 980          }
 981
 982          break;
 983        }
 984      }
 985
 986      redrawneeded = true;
 987      repaint();
 988    }
 989
 990
 991     public void setAllchainsVisible(boolean b)
 992     {
 993       for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++)
 994       {
 995         PDBChain chain = (PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii);
 996         chain.isVisible = b;
 997       }
 998       mainchain.isVisible = true;
 999       findCentre();
1000       setupBonds();
1001     }
1002
1003 }