src/MCview/AppletPDBCanvas.java

   1 /*\r
   2 * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3 * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4 *\r
   5 * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6 * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7 * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8 * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9 *\r
  10 * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11 * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12 * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13 * GNU General Public License for more details.\r
  14 *\r
  15 * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16 * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17 * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18 */\r
  19 package MCview;\r
  20 \r
  21 import jalview.analysis.AlignSeq;\r
  22 \r
  23 import jalview.datamodel.*;\r
  24 \r
  25 // JBPNote TODO: This class is quite noisy - needs proper log.info/log.debug\r
  26 import java.awt.*;\r
  27 import java.awt.event.*;\r
  28 \r
  29 import java.io.*;\r
  30 \r
  31 import java.util.*;\r
  32 \r
  33 \r
  34 \r
  35 public class AppletPDBCanvas extends Panel implements MouseListener, MouseMotionListener\r
  36 {\r
  37 \r
  38   MCMatrix idmat = new MCMatrix(3, 3);\r
  39     MCMatrix objmat = new MCMatrix(3, 3);\r
  40     boolean redrawneeded = true;\r
  41     int omx = 0;\r
  42     int mx = 0;\r
  43     int omy = 0;\r
  44     int my = 0;\r
  45     public PDBfile pdb;\r
  46     int bsize;\r
  47     Image img;\r
  48     Graphics ig;\r
  49     Dimension prefsize;\r
  50     float[] centre = new float[3];\r
  51     float[] width = new float[3];\r
  52     float maxwidth;\r
  53     float scale;\r
  54     String inStr;\r
  55     String inType;\r
  56     boolean bysequence = true;\r
  57     boolean depthcue = true;\r
  58     boolean wire = false;\r
  59     boolean bymolecule = false;\r
  60     boolean zbuffer = true;\r
  61     boolean dragging;\r
  62     int xstart;\r
  63     int xend;\r
  64     int ystart;\r
  65     int yend;\r
  66     int xmid;\r
  67     int ymid;\r
  68     Font font = new Font("Helvetica", Font.PLAIN, 10);\r
  69     jalview.appletgui.SequenceRenderer sr;\r
  70     jalview.appletgui.FeatureRenderer  fr;\r
  71     jalview.appletgui.SeqCanvas seqcanvas;\r
  72     public Sequence sequence;\r
  73     final StringBuffer mappingDetails = new StringBuffer();\r
  74     String appletToolTip = null;\r
  75     int toolx, tooly;\r
  76     PDBChain mainchain;\r
  77 \r
  78     public AppletPDBCanvas(jalview.appletgui.SeqCanvas seqcanvas, Sequence seq)\r
  79     {\r
  80       this.seqcanvas = seqcanvas;\r
  81       this.sequence = seq;\r
  82       sr = seqcanvas.getSequenceRenderer();\r
  83       fr = seqcanvas.getFeatureRenderer();\r
  84 \r
  85       seqcanvas.setPDBCanvas(this);\r
  86       addKeyListener(new KeyAdapter()\r
  87       {\r
  88 \r
  89         public void keyPressed(KeyEvent evt)\r
  90         {\r
  91           doKeyPressed(evt);\r
  92         }\r
  93       });\r
  94     }\r
  95 \r
  96     Bond highlightBond1, highlightBond2;\r
  97     public void highlightRes(int ii)\r
  98    {\r
  99      highlightBond1 = null;\r
 100      highlightBond2 = null;\r
 101 \r
 102      int index = ii - mainchain.seqstart;\r
 103 \r
 104      System.out.println(ii+" "+mainchain.seqstart+" "+index);\r
 105 \r
 106      if(index <0 )\r
 107        return;\r
 108 \r
 109      if(index<=mainchain.bonds.size())\r
 110      {\r
 111        if(index>0)\r
 112        {\r
 113          highlightBond1 = (Bond) mainchain.bonds.elementAt(index - 1);\r
 114        }\r
 115 \r
 116        if(index!=mainchain.bonds.size())\r
 117          highlightBond2 = (Bond) mainchain.bonds.elementAt(index);\r
 118      }\r
 119 \r
 120      redrawneeded = true;\r
 121      repaint();\r
 122   }\r
 123 \r
 124 \r
 125   public void setPDBFile(PDBfile pdb)\r
 126    {\r
 127         this.sr = sr;\r
 128         this.fr = fr;\r
 129         int max = -10;\r
 130         int maxchain = -1;\r
 131         int pdbstart = 0;\r
 132         int pdbend = 0;\r
 133         int seqstart = 0;\r
 134         int seqend = 0;\r
 135 \r
 136         for (int i = 0; i < pdb.chains.size(); i++)\r
 137         {\r
 138 \r
 139           mappingDetails.append("\n\nPDB Sequence is :\nSequence = " + ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(i)).sequence.getSequence());\r
 140           mappingDetails.append("\nNo of residues = " + ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(i)).residues.size()+"\n\n");\r
 141 \r
 142             // Now lets compare the sequences to get\r
 143             // the start and end points.\r
 144             // Align the sequence to the pdb\r
 145             AlignSeq as = new AlignSeq(sequence,\r
 146                     ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(i)).sequence, "pep");\r
 147             as.calcScoreMatrix();\r
 148             as.traceAlignment();\r
 149             PrintStream  ps = new PrintStream(System.out)\r
 150            {\r
 151               public void print(String x) {\r
 152                    mappingDetails.append(x);\r
 153                }\r
 154                public void println()\r
 155                {\r
 156                  mappingDetails.append("\n");\r
 157                }\r
 158             };\r
 159 \r
 160             as.printAlignment(ps);\r
 161 \r
 162             if (as.maxscore > max) {\r
 163                 max = as.maxscore;\r
 164                 maxchain = i;\r
 165 \r
 166                 pdbstart = as.seq2start;\r
 167                 pdbend = as.seq2end;\r
 168                 seqstart = as.seq1start + sequence.getStart()-1;\r
 169                 seqend = as.seq1end + sequence.getEnd()-1;\r
 170             }\r
 171 \r
 172             mappingDetails.append("\nPDB start/end "  + pdbstart + " " + pdbend);\r
 173             mappingDetails.append("\nSEQ start/end "+ seqstart + " " + seqend);\r
 174         }\r
 175 \r
 176         mainchain = (PDBChain) pdb.chains.elementAt(maxchain);\r
 177 \r
 178         mainchain.pdbstart = pdbstart;\r
 179         mainchain.pdbend = pdbend;\r
 180         mainchain.seqstart = seqstart;\r
 181         mainchain.seqend = seqend;\r
 182         mainchain.isVisible = true;\r
 183         mainchain.sequence = sequence;\r
 184 \r
 185         this.pdb = pdb;\r
 186         this.prefsize = new Dimension(getSize().width, getSize().height);\r
 187 \r
 188         //Initialize the matrices to identity\r
 189         for (int i = 0; i < 3; i++) {\r
 190             for (int j = 0; j < 3; j++) {\r
 191                 if (i != j) {\r
 192                     idmat.addElement(i, j, 0);\r
 193                     objmat.addElement(i, j, 0);\r
 194                 } else {\r
 195                     idmat.addElement(i, j, 1);\r
 196                     objmat.addElement(i, j, 1);\r
 197                 }\r
 198             }\r
 199         }\r
 200 \r
 201         addMouseMotionListener(this);\r
 202         addMouseListener(this);\r
 203 \r
 204       /*\r
 205        SequenceGroup sg = new SequenceGroup("PDB",\r
 206                                             null, true,true,false,\r
 207                                             sequence.findIndex(seqstart-1),\r
 208                                             sequence.findIndex(seqend-1));\r
 209        sg.addSequence(sequence, false);\r
 210        sg.setOutlineColour(Color.black);\r
 211        seqcanvas.getViewport().getAlignment().addGroup(sg);\r
 212        */\r
 213 \r
 214         findCentre();\r
 215         findWidth();\r
 216 \r
 217         scale = findScale();\r
 218 \r
 219         updateSeqColours();\r
 220     }\r
 221 \r
 222     public void deleteBonds() {\r
 223         scale = 0;\r
 224         maxwidth = 0;\r
 225 \r
 226         width[0] = 0;\r
 227         width[1] = 0;\r
 228         width[2] = 0;\r
 229 \r
 230         centre[0] = 0;\r
 231         centre[1] = 0;\r
 232         centre[2] = 0;\r
 233 \r
 234         for (int i = 0; i < pdb.chains.size(); i++) {\r
 235             ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(i)).bonds = null;\r
 236         }\r
 237     }\r
 238 \r
 239     public void findWidth() {\r
 240         float[] max = new float[3];\r
 241         float[] min = new float[3];\r
 242 \r
 243         max[0] = (float) -1e30;\r
 244         max[1] = (float) -1e30;\r
 245         max[2] = (float) -1e30;\r
 246 \r
 247         min[0] = (float) 1e30;\r
 248         min[1] = (float) 1e30;\r
 249         min[2] = (float) 1e30;\r
 250 \r
 251         for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++) {\r
 252             if (((PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).isVisible) {\r
 253                 Vector bonds = ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).bonds;\r
 254 \r
 255                 for (int i = 0; i < bonds.size(); i++) {\r
 256                     Bond tmp = (Bond) bonds.elementAt(i);\r
 257 \r
 258                     if (tmp.start[0] >= max[0]) {\r
 259                         max[0] = tmp.start[0];\r
 260                     }\r
 261 \r
 262                     if (tmp.start[1] >= max[1]) {\r
 263                         max[1] = tmp.start[1];\r
 264                     }\r
 265 \r
 266                     if (tmp.start[2] >= max[2]) {\r
 267                         max[2] = tmp.start[2];\r
 268                     }\r
 269 \r
 270                     if (tmp.start[0] <= min[0]) {\r
 271                         min[0] = tmp.start[0];\r
 272                     }\r
 273 \r
 274                     if (tmp.start[1] <= min[1]) {\r
 275                         min[1] = tmp.start[1];\r
 276                     }\r
 277 \r
 278                     if (tmp.start[2] <= min[2]) {\r
 279                         min[2] = tmp.start[2];\r
 280                     }\r
 281 \r
 282                     if (tmp.end[0] >= max[0]) {\r
 283                         max[0] = tmp.end[0];\r
 284                     }\r
 285 \r
 286                     if (tmp.end[1] >= max[1]) {\r
 287                         max[1] = tmp.end[1];\r
 288                     }\r
 289 \r
 290                     if (tmp.end[2] >= max[2]) {\r
 291                         max[2] = tmp.end[2];\r
 292                     }\r
 293 \r
 294                     if (tmp.end[0] <= min[0]) {\r
 295                         min[0] = tmp.end[0];\r
 296                     }\r
 297 \r
 298                     if (tmp.end[1] <= min[1]) {\r
 299                         min[1] = tmp.end[1];\r
 300                     }\r
 301 \r
 302                     if (tmp.end[2] <= min[2]) {\r
 303                         min[2] = tmp.end[2];\r
 304                     }\r
 305                 }\r
 306             }\r
 307         }\r
 308 \r
 309         width[0] = (float) Math.abs(max[0] - min[0]);\r
 310         width[1] = (float) Math.abs(max[1] - min[1]);\r
 311         width[2] = (float) Math.abs(max[2] - min[2]);\r
 312 \r
 313         maxwidth = width[0];\r
 314 \r
 315         if (width[1] > width[0]) {\r
 316             maxwidth = width[1];\r
 317         }\r
 318 \r
 319         if (width[2] > width[1]) {\r
 320             maxwidth = width[2];\r
 321         }\r
 322 \r
 323        // System.out.println("Maxwidth = " + maxwidth);\r
 324     }\r
 325 \r
 326     public float findScale() {\r
 327         int dim;\r
 328         int width;\r
 329         int height;\r
 330 \r
 331         if (getSize().width != 0) {\r
 332             width = getSize().width;\r
 333             height = getSize().height;\r
 334         } else {\r
 335             width = prefsize.width;\r
 336             height = prefsize.height;\r
 337         }\r
 338 \r
 339         if (width < height) {\r
 340             dim = width;\r
 341         } else {\r
 342             dim = height;\r
 343         }\r
 344 \r
 345         return (float) (dim / (1.5d * maxwidth));\r
 346     }\r
 347 \r
 348     public void findCentre() {\r
 349         float xtot = 0;\r
 350         float ytot = 0;\r
 351         float ztot = 0;\r
 352 \r
 353         int bsize = 0;\r
 354 \r
 355         //Find centre coordinate\r
 356         for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++) {\r
 357             if (((PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).isVisible) {\r
 358                 Vector bonds = ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).bonds;\r
 359 \r
 360                 bsize += bonds.size();\r
 361 \r
 362                 for (int i = 0; i < bonds.size(); i++) {\r
 363                     xtot = xtot + ((Bond) bonds.elementAt(i)).start[0] +\r
 364                         ((Bond) bonds.elementAt(i)).end[0];\r
 365 \r
 366                     ytot = ytot + ((Bond) bonds.elementAt(i)).start[1] +\r
 367                         ((Bond) bonds.elementAt(i)).end[1];\r
 368 \r
 369                     ztot = ztot + ((Bond) bonds.elementAt(i)).start[2] +\r
 370                         ((Bond) bonds.elementAt(i)).end[2];\r
 371                 }\r
 372             }\r
 373         }\r
 374 \r
 375         centre[0] = xtot / (2 * (float) bsize);\r
 376         centre[1] = ytot / (2 * (float) bsize);\r
 377         centre[2] = ztot / (2 * (float) bsize);\r
 378     }\r
 379 \r
 380     public void paint(Graphics g)\r
 381     {\r
 382 \r
 383       if(pdb==null)\r
 384       {\r
 385         g.setColor(Color.black);\r
 386         g.setFont(new Font("Verdana", Font.BOLD, 14));\r
 387         g.drawString("Error Parsing Pasted PDB data!!", 50, getSize().height/2);\r
 388         return;\r
 389       }\r
 390 \r
 391 \r
 392         //Only create the image at the beginning -\r
 393         //this saves much memory usage\r
 394         if ((img == null) || (prefsize.width != getSize().width) ||\r
 395                 (prefsize.height != getSize().height)) {\r
 396 \r
 397          try{     prefsize.width = getSize().width;\r
 398            prefsize.height = getSize().height;\r
 399 \r
 400            scale = findScale();\r
 401            img = createImage(prefsize.width, prefsize.height);\r
 402            ig = img.getGraphics();\r
 403 \r
 404            redrawneeded = true;\r
 405          }catch(Exception ex)\r
 406          {\r
 407            ex.printStackTrace();\r
 408            System.out.println(getSize());\r
 409          }\r
 410         }\r
 411 \r
 412 \r
 413         if (redrawneeded)\r
 414         {\r
 415           drawAll(ig, prefsize.width, prefsize.height);\r
 416           redrawneeded = false;\r
 417         }\r
 418         if(appletToolTip!=null)\r
 419         {\r
 420           ig.setColor(Color.red);\r
 421           ig.drawString(appletToolTip, toolx, tooly);\r
 422         }\r
 423 \r
 424         g.drawImage(img, 0, 0, this);\r
 425 \r
 426 \r
 427     }\r
 428 \r
 429     public void drawAll(Graphics g, int width, int height)\r
 430     {\r
 431       g.setColor(Color.black);\r
 432       g.fillRect(0, 0, width, height);\r
 433       drawScene(g);\r
 434       drawLabels(g);\r
 435     }\r
 436 \r
 437 \r
 438     public void updateSeqColours()\r
 439     {\r
 440       if(bysequence && pdb!=null)\r
 441       {\r
 442         for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++)\r
 443         {\r
 444           colourBySequence((PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii));\r
 445         }\r
 446       }\r
 447 \r
 448       redrawneeded=true;\r
 449       repaint();\r
 450     }\r
 451 \r
 452     // This method has been taken out of PDBChain to allow\r
 453     // Applet and Application specific sequence renderers to be used\r
 454     void colourBySequence(PDBChain chain)\r
 455     {\r
 456       for (int i = 0; i < chain.bonds.size(); i++)\r
 457       {\r
 458         Bond tmp = (Bond) chain.bonds.elementAt(i);\r
 459         if ( (tmp.at1.resNumber >= ( (chain.offset + chain.pdbstart) - 1)) &&\r
 460             (tmp.at1.resNumber <= ( (chain.offset + chain.pdbend) - 1)))\r
 461         {\r
 462 \r
 463           int pos = chain.seqstart +\r
 464               (tmp.at1.resNumber - chain.pdbstart - chain.offset);\r
 465 \r
 466           int index = sequence.findIndex(pos);\r
 467 \r
 468           if(jalview.util.Comparison.isGap((sequence.getCharAt(index))))\r
 469            {\r
 470              index--;\r
 471            }\r
 472 \r
 473            tmp.startCol = sr.findSequenceColour(sequence, index);\r
 474 \r
 475         //  tmp.startCol = fr.findFeatureColour(tmp.startCol, sequence, index);\r
 476 \r
 477         }\r
 478         else\r
 479         {\r
 480           tmp.startCol = Color.gray;\r
 481         }\r
 482 \r
 483         if ( (tmp.at2.resNumber >= ( (chain.offset + chain.pdbstart) - 1)) &&\r
 484             (tmp.at2.resNumber <= ( (chain.pdbend + chain.offset) - 1)))\r
 485         {\r
 486           int pos = chain.seqstart +\r
 487               (tmp.at2.resNumber - chain.pdbstart - chain.offset);\r
 488           int index = sequence.findIndex(pos);\r
 489           if (jalview.util.Comparison.isGap( (sequence.getCharAt(index))))\r
 490           {\r
 491             index--;\r
 492           }\r
 493 \r
 494 \r
 495             tmp.endCol = sr.findSequenceColour(sequence, index);\r
 496       //    tmp.endCol = fr.findFeatureColour(tmp.endCol, sequence, index);\r
 497         }\r
 498         else\r
 499         {\r
 500           tmp.endCol = Color.gray;\r
 501         }\r
 502       }\r
 503     }\r
 504 \r
 505 \r
 506     public void drawScene(Graphics g) {\r
 507         // Sort the bonds by z coord\r
 508         Vector bonds = new Vector();\r
 509 \r
 510         for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++)\r
 511         {\r
 512           if ( ( (PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).isVisible)\r
 513           {\r
 514             Vector tmp = ( (PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).bonds;\r
 515 \r
 516             for (int i = 0; i < tmp.size(); i++)\r
 517             {\r
 518                 bonds.addElement(tmp.elementAt(i));\r
 519             }\r
 520           }\r
 521         }\r
 522 \r
 523         if (zbuffer) {\r
 524             Zsort.Zsort(bonds);\r
 525         }\r
 526 \r
 527         for (int i = 0; i < bonds.size(); i++) {\r
 528             Bond tmpBond = (Bond) bonds.elementAt(i);\r
 529 \r
 530 \r
 531             xstart = (int) (((tmpBond.start[0] - centre[0]) * scale) +\r
 532                 (getSize().width / 2));\r
 533             ystart = (int) (((tmpBond.start[1] - centre[1]) * scale) +\r
 534                 (getSize().height / 2));\r
 535 \r
 536             xend = (int) (((tmpBond.end[0] - centre[0]) * scale) +\r
 537                 (getSize().width / 2));\r
 538             yend = (int) (((tmpBond.end[1] - centre[1]) * scale) +\r
 539                 (getSize().height / 2));\r
 540 \r
 541             xmid = (xend + xstart) / 2;\r
 542             ymid = (yend + ystart) / 2;\r
 543 \r
 544             if (depthcue && !bymolecule)\r
 545             {\r
 546                 if (tmpBond.start[2] < (centre[2] - (maxwidth / 6))) {\r
 547                     g.setColor(tmpBond.startCol.darker().darker());\r
 548                     drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);\r
 549 \r
 550                     g.setColor(tmpBond.endCol.darker().darker());\r
 551                     drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);\r
 552                 } else if (tmpBond.start[2] < (centre[2] + (maxwidth / 6))) {\r
 553                     g.setColor(tmpBond.startCol.darker());\r
 554                     drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);\r
 555 \r
 556                     g.setColor(tmpBond.endCol.darker());\r
 557                     drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);\r
 558                 } else {\r
 559                     g.setColor(tmpBond.startCol);\r
 560                     drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);\r
 561 \r
 562                     g.setColor(tmpBond.endCol);\r
 563                     drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);\r
 564                 }\r
 565             } else if (depthcue && bymolecule) {\r
 566                 if (tmpBond.start[2] < (centre[2] - (maxwidth / 6))) {\r
 567                     g.setColor(Color.green.darker().darker());\r
 568                     drawLine(g, xstart, ystart, xend, yend);\r
 569                 } else if (tmpBond.start[2] < (centre[2] + (maxwidth / 6))) {\r
 570                     g.setColor(Color.green.darker());\r
 571                     drawLine(g, xstart, ystart, xend, yend);\r
 572                 } else {\r
 573                     g.setColor(Color.green);\r
 574                     drawLine(g, xstart, ystart, xend, yend);\r
 575                 }\r
 576             } else if (!depthcue && !bymolecule) {\r
 577                 g.setColor(tmpBond.startCol);\r
 578                 drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);\r
 579                 g.setColor(tmpBond.endCol);\r
 580                 drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);\r
 581             } else {\r
 582                 drawLine(g, xstart, ystart, xend, yend);\r
 583             }\r
 584 \r
 585             if(highlightBond1!=null && highlightBond1==tmpBond)\r
 586             {\r
 587               g.setColor(Color.white);\r
 588               drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);\r
 589             }\r
 590 \r
 591             if(highlightBond2!=null && highlightBond2==tmpBond)\r
 592             {\r
 593               g.setColor(Color.white);\r
 594               drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);\r
 595             }\r
 596 \r
 597         }\r
 598     }\r
 599 \r
 600     public void drawLine(Graphics g, int x1, int y1, int x2, int y2) {\r
 601         if (!wire) {\r
 602             if (((float) Math.abs(y2 - y1) / (float) Math.abs(x2 - x1)) < 0.5) {\r
 603                 g.drawLine(x1, y1, x2, y2);\r
 604                 g.drawLine(x1 + 1, y1 + 1, x2 + 1, y2 + 1);\r
 605                 g.drawLine(x1, y1 - 1, x2, y2 - 1);\r
 606             } else {\r
 607                 g.setColor(g.getColor().brighter());\r
 608                 g.drawLine(x1, y1, x2, y2);\r
 609                 g.drawLine(x1 + 1, y1, x2 + 1, y2);\r
 610                 g.drawLine(x1 - 1, y1, x2 - 1, y2);\r
 611             }\r
 612         } else {\r
 613             g.drawLine(x1, y1, x2, y2);\r
 614         }\r
 615     }\r
 616 \r
 617     public Dimension minimumsize() {\r
 618         return prefsize;\r
 619     }\r
 620 \r
 621     public Dimension preferredsize() {\r
 622         return prefsize;\r
 623     }\r
 624 \r
 625     public void doKeyPressed(KeyEvent evt)\r
 626     {\r
 627       if (evt.getKeyCode() == KeyEvent.VK_UP)\r
 628       {\r
 629         scale = (float) (scale * 1.1);\r
 630         redrawneeded = true;\r
 631         repaint();\r
 632       }\r
 633       else if (evt.getKeyCode() == KeyEvent.VK_DOWN)\r
 634       {\r
 635         scale = (float) (scale * 0.9);\r
 636         redrawneeded = true;\r
 637         repaint();\r
 638       }\r
 639     }\r
 640 \r
 641     public void mousePressed(MouseEvent e) {\r
 642         Atom fatom = findAtom(e.getX(), e.getY());\r
 643         if(fatom!=null)\r
 644         {\r
 645           fatom.isSelected = !fatom.isSelected;\r
 646           redrawneeded = true;\r
 647           repaint();\r
 648         }\r
 649         mx = e.getX();\r
 650         my = e.getY();\r
 651         omx = mx;\r
 652         omy = my;\r
 653         dragging = false;\r
 654     }\r
 655 \r
 656     public void mouseMoved(MouseEvent e) {\r
 657 \r
 658         Atom fatom = findAtom(e.getX(), e.getY());\r
 659 \r
 660         PDBChain chain = null;\r
 661         if(foundchain!=-1)\r
 662         {\r
 663           chain = (PDBChain) pdb.chains.elementAt(foundchain);\r
 664           if(chain == mainchain)\r
 665           {\r
 666             int pos = chain.seqstart +\r
 667                 (fatom.resNumber - chain.pdbstart - chain.offset) + 1;\r
 668 \r
 669             int index = seqcanvas.getViewport().getAlignment().findIndex(\r
 670                 sequence);\r
 671 \r
 672             seqcanvas.highlightSearchResults(new int[]\r
 673                                              {index, pos, pos});\r
 674           }\r
 675         }\r
 676         else\r
 677           seqcanvas.highlightSearchResults(null);\r
 678 \r
 679         if (fatom != null) {\r
 680             toolx = e.getX();\r
 681             tooly = e.getY();\r
 682 \r
 683             appletToolTip = chain.id+":"+ fatom.resNumber+" "+ fatom.resName;\r
 684             redrawneeded = true;\r
 685             repaint();\r
 686         } else {\r
 687             appletToolTip = null;\r
 688             redrawneeded = true;\r
 689             repaint();\r
 690         }\r
 691     }\r
 692 \r
 693     public void mouseClicked(MouseEvent e) {\r
 694     }\r
 695 \r
 696     public void mouseEntered(MouseEvent e) {\r
 697     }\r
 698 \r
 699     public void mouseExited(MouseEvent e) {\r
 700     }\r
 701 \r
 702     public void mouseDragged(MouseEvent evt) {\r
 703         int x = evt.getX();\r
 704         int y = evt.getY();\r
 705         mx = x;\r
 706         my = y;\r
 707 \r
 708         MCMatrix objmat = new MCMatrix(3, 3);\r
 709         objmat.setIdentity();\r
 710 \r
 711         if ((evt.getModifiers() & Event.META_MASK) != 0) {\r
 712             objmat.rotatez((float) ((mx - omx)));\r
 713         } else {\r
 714             objmat.rotatex((float) ((my - omy)));\r
 715             objmat.rotatey((float) ((omx - mx)));\r
 716         }\r
 717 \r
 718         //Alter the bonds\r
 719         for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++) {\r
 720             Vector bonds = ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).bonds;\r
 721 \r
 722             for (int i = 0; i < bonds.size(); i++) {\r
 723                 Bond tmpBond = (Bond) bonds.elementAt(i);\r
 724 \r
 725                 //Translate the bond so the centre is 0,0,0\r
 726                 tmpBond.translate(-centre[0], -centre[1], -centre[2]);\r
 727 \r
 728                 //Now apply the rotation matrix\r
 729                 tmpBond.start = objmat.vectorMultiply(tmpBond.start);\r
 730                 tmpBond.end = objmat.vectorMultiply(tmpBond.end);\r
 731 \r
 732                 //Now translate back again\r
 733                 tmpBond.translate(centre[0], centre[1], centre[2]);\r
 734             }\r
 735         }\r
 736 \r
 737         objmat = null;\r
 738 \r
 739         omx = mx;\r
 740         omy = my;\r
 741 \r
 742         dragging = true;\r
 743 \r
 744         redrawneeded = true;\r
 745 \r
 746         repaint();\r
 747     }\r
 748 \r
 749     public void mouseReleased(MouseEvent evt) {\r
 750         dragging = false;\r
 751         return;\r
 752     }\r
 753 \r
 754     void drawLabels(Graphics g) {\r
 755 \r
 756         for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++)\r
 757         {\r
 758             PDBChain chain = (PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii);\r
 759 \r
 760             if (chain.isVisible)\r
 761             {\r
 762                 Vector bonds = ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).bonds;\r
 763 \r
 764                 for (int i = 0; i < bonds.size(); i++)\r
 765                 {\r
 766                     Bond tmpBond = (Bond) bonds.elementAt(i);\r
 767 \r
 768                     if (tmpBond.at1.isSelected)\r
 769                     {\r
 770                         labelAtom(g, tmpBond, 1);\r
 771                     }\r
 772 \r
 773                     if (tmpBond.at2.isSelected)\r
 774                     {\r
 775 \r
 776                         labelAtom(g, tmpBond, 2);\r
 777                     }\r
 778                 }\r
 779             }\r
 780         }\r
 781     }\r
 782 \r
 783     public void labelAtom(Graphics g, Bond b, int n) {\r
 784         g.setFont(font);\r
 785 \r
 786         if (n == 1) {\r
 787             int xstart = (int) (((b.start[0] - centre[0]) * scale) +\r
 788                 (getSize().width / 2));\r
 789             int ystart = (int) (((b.start[1] - centre[1]) * scale) +\r
 790                 (getSize().height / 2));\r
 791 \r
 792             g.setColor(Color.red);\r
 793             g.drawString(b.at1.resName + "-" + b.at1.resNumber, xstart, ystart);\r
 794         }\r
 795 \r
 796         if (n == 2) {\r
 797             int xstart = (int) (((b.end[0] - centre[0]) * scale) +\r
 798                 (getSize().width / 2));\r
 799             int ystart = (int) (((b.end[1] - centre[1]) * scale) +\r
 800                 (getSize().height / 2));\r
 801 \r
 802             g.setColor(Color.red);\r
 803             g.drawString(b.at2.resName + "-" + b.at2.resNumber, xstart, ystart);\r
 804         }\r
 805     }\r
 806 \r
 807     int foundchain = -1;\r
 808     public Atom findAtom(int x, int y) {\r
 809         Atom fatom = null;\r
 810 \r
 811         foundchain = -1;\r
 812 \r
 813         for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++) {\r
 814             PDBChain chain = (PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii);\r
 815 \r
 816             if (chain.isVisible) {\r
 817                 Vector bonds = ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).bonds;\r
 818 \r
 819                 for (int i = 0; i < bonds.size(); i++) {\r
 820                     Bond tmpBond = (Bond) bonds.elementAt(i);\r
 821 \r
 822                     int truex = (int) (((tmpBond.start[0] - centre[0]) * scale) +\r
 823                         (getSize().width / 2));\r
 824 \r
 825                     if (Math.abs(truex - x) <= 2) {\r
 826                         int truey = (int) (((tmpBond.start[1] - centre[1]) * scale) +\r
 827                             (getSize().height / 2));\r
 828 \r
 829                         if (Math.abs(truey - y) <= 2)\r
 830                         {\r
 831                             fatom = tmpBond.at1;\r
 832                             foundchain = ii;\r
 833                             break;\r
 834                         }\r
 835                     }\r
 836                 }\r
 837             }\r
 838 \r
 839             if (fatom != null) //)&& chain.ds != null)\r
 840              {\r
 841                 chain = (PDBChain) pdb.chains.elementAt(foundchain);\r
 842             }\r
 843         }\r
 844 \r
 845         return fatom;\r
 846     }\r
 847 \r
 848     public void update(Graphics g)\r
 849     {\r
 850       paint(g);\r
 851     }\r
 852 \r
 853     public void setAllchainsVisible(boolean b)\r
 854     {\r
 855       for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++)\r
 856       {\r
 857         PDBChain chain = (PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii);\r
 858         chain.isVisible = b;\r
 859       }\r
 860       mainchain.isVisible = true;\r
 861       findCentre();\r
 862     }\r
 863 \r
 864 }\r