src/MCview/AppletPDBCanvas.java

   1 /*\r
   2 * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3 * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4 *\r
   5 * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6 * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7 * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8 * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9 *\r
  10 * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11 * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12 * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13 * GNU General Public License for more details.\r
  14 *\r
  15 * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16 * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17 * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18 */\r
  19 package MCview;\r
  20 \r
  21 import jalview.analysis.AlignSeq;\r
  22 \r
  23 import jalview.datamodel.*;\r
  24 \r
  25 // JBPNote TODO: This class is quite noisy - needs proper log.info/log.debug\r
  26 import java.awt.*;\r
  27 import java.awt.event.*;\r
  28 \r
  29 import java.io.*;\r
  30 \r
  31 import java.util.*;\r
  32 \r
  33 \r
  34 \r
  35 public class AppletPDBCanvas extends Panel implements MouseListener, MouseMotionListener\r
  36 {\r
  37 \r
  38     MCMatrix idmat = new MCMatrix(3, 3);\r
  39     MCMatrix objmat = new MCMatrix(3, 3);\r
  40     boolean redrawneeded = true;\r
  41     int omx = 0;\r
  42     int mx = 0;\r
  43     int omy = 0;\r
  44     int my = 0;\r
  45     public PDBfile pdb;\r
  46     int bsize;\r
  47     Image img;\r
  48     Graphics ig;\r
  49     Dimension prefsize;\r
  50     float[] centre = new float[3];\r
  51     float[] width = new float[3];\r
  52     float maxwidth;\r
  53     float scale;\r
  54     String inStr;\r
  55     String inType;\r
  56     boolean bysequence = true;\r
  57     boolean depthcue = true;\r
  58     boolean wire = false;\r
  59     boolean bymolecule = false;\r
  60     boolean zbuffer = true;\r
  61     boolean dragging;\r
  62     int xstart;\r
  63     int xend;\r
  64     int ystart;\r
  65     int yend;\r
  66     int xmid;\r
  67     int ymid;\r
  68     Font font = new Font("Helvetica", Font.PLAIN, 10);\r
  69     jalview.appletgui.SeqCanvas seqcanvas;\r
  70     public Sequence sequence;\r
  71     final StringBuffer mappingDetails = new StringBuffer();\r
  72     String appletToolTip = null;\r
  73     int toolx, tooly;\r
  74     PDBChain mainchain;\r
  75     Vector highlightRes;\r
  76     boolean pdbAction = false;\r
  77     Bond highlightBond1, highlightBond2;\r
  78 \r
  79     public AppletPDBCanvas(jalview.appletgui.SeqCanvas seqcanvas, Sequence seq)\r
  80     {\r
  81       this.seqcanvas = seqcanvas;\r
  82       this.sequence = seq;\r
  83 \r
  84       seqcanvas.setPDBCanvas(this);\r
  85       addKeyListener(new KeyAdapter()\r
  86       {\r
  87 \r
  88         public void keyPressed(KeyEvent evt)\r
  89         {\r
  90           doKeyPressed(evt);\r
  91         }\r
  92       });\r
  93     }\r
  94 \r
  95 \r
  96   public void setPDBFile(PDBfile pdb)\r
  97    {\r
  98         int max = -10;\r
  99         int maxchain = -1;\r
 100         int pdbstart = 0;\r
 101         int pdbend = 0;\r
 102         int seqstart = 0;\r
 103         int seqend = 0;\r
 104         AlignSeq maxAlignseq = null;;\r
 105 \r
 106         for (int i = 0; i < pdb.chains.size(); i++)\r
 107         {\r
 108 \r
 109           mappingDetails.append("\n\nPDB Sequence is :\nSequence = " + ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(i)).sequence.getSequence());\r
 110           mappingDetails.append("\nNo of residues = " + ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(i)).residues.size()+"\n\n");\r
 111 \r
 112             // Now lets compare the sequences to get\r
 113             // the start and end points.\r
 114             // Align the sequence to the pdb\r
 115             AlignSeq as = new AlignSeq(sequence,\r
 116                     ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(i)).sequence, "pep");\r
 117             as.calcScoreMatrix();\r
 118             as.traceAlignment();\r
 119             PrintStream  ps = new PrintStream(System.out)\r
 120            {\r
 121               public void print(String x) {\r
 122                    mappingDetails.append(x);\r
 123                }\r
 124                public void println()\r
 125                {\r
 126                  mappingDetails.append("\n");\r
 127                }\r
 128             };\r
 129 \r
 130             as.printAlignment(ps);\r
 131 \r
 132             if (as.maxscore > max) {\r
 133                 max = as.maxscore;\r
 134                 maxchain = i;\r
 135 \r
 136                 pdbstart = as.seq2start;\r
 137                 pdbend = as.seq2end;\r
 138                 seqstart = as.seq1start + sequence.getStart()-1;\r
 139                 seqend = as.seq1end + sequence.getEnd()-1;\r
 140                 maxAlignseq = as;\r
 141             }\r
 142 \r
 143             mappingDetails.append("\nPDB start/end "  + pdbstart + " " + pdbend);\r
 144             mappingDetails.append("\nSEQ start/end "+ seqstart + " " + seqend);\r
 145         }\r
 146 \r
 147         mainchain = (PDBChain) pdb.chains.elementAt(maxchain);\r
 148 \r
 149         mainchain.pdbstart = pdbstart;\r
 150         mainchain.pdbend = pdbend;\r
 151         mainchain.seqstart = seqstart;\r
 152         mainchain.seqend = seqend;\r
 153         mainchain.isVisible = true;\r
 154         mainchain.makeExactMapping(maxAlignseq, sequence);\r
 155 \r
 156         this.pdb = pdb;\r
 157         this.prefsize = new Dimension(getSize().width, getSize().height);\r
 158 \r
 159         //Initialize the matrices to identity\r
 160         for (int i = 0; i < 3; i++) {\r
 161             for (int j = 0; j < 3; j++) {\r
 162                 if (i != j) {\r
 163                     idmat.addElement(i, j, 0);\r
 164                     objmat.addElement(i, j, 0);\r
 165                 } else {\r
 166                     idmat.addElement(i, j, 1);\r
 167                     objmat.addElement(i, j, 1);\r
 168                 }\r
 169             }\r
 170         }\r
 171 \r
 172         addMouseMotionListener(this);\r
 173         addMouseListener(this);\r
 174 \r
 175 \r
 176         findCentre();\r
 177         findWidth();\r
 178 \r
 179         setupBonds();\r
 180 \r
 181         scale = findScale();\r
 182 \r
 183         updateSeqColours();\r
 184     }\r
 185 \r
 186 \r
 187     Vector visiblebonds;\r
 188     void setupBonds()\r
 189     {\r
 190       // Sort the bonds by z coord\r
 191       visiblebonds = new Vector();\r
 192 \r
 193       for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++)\r
 194       {\r
 195         if ( ( (PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).isVisible)\r
 196         {\r
 197           Vector tmp = ( (PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).bonds;\r
 198 \r
 199           for (int i = 0; i < tmp.size(); i++)\r
 200           {\r
 201             visiblebonds.addElement(tmp.elementAt(i));\r
 202           }\r
 203         }\r
 204       }\r
 205     }\r
 206 \r
 207 \r
 208     public void findWidth() {\r
 209         float[] max = new float[3];\r
 210         float[] min = new float[3];\r
 211 \r
 212         max[0] = (float) -1e30;\r
 213         max[1] = (float) -1e30;\r
 214         max[2] = (float) -1e30;\r
 215 \r
 216         min[0] = (float) 1e30;\r
 217         min[1] = (float) 1e30;\r
 218         min[2] = (float) 1e30;\r
 219 \r
 220         for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++) {\r
 221             if (((PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).isVisible) {\r
 222                 Vector bonds = ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).bonds;\r
 223 \r
 224                 for (int i = 0; i < bonds.size(); i++) {\r
 225                     Bond tmp = (Bond) bonds.elementAt(i);\r
 226 \r
 227                     if (tmp.start[0] >= max[0]) {\r
 228                         max[0] = tmp.start[0];\r
 229                     }\r
 230 \r
 231                     if (tmp.start[1] >= max[1]) {\r
 232                         max[1] = tmp.start[1];\r
 233                     }\r
 234 \r
 235                     if (tmp.start[2] >= max[2]) {\r
 236                         max[2] = tmp.start[2];\r
 237                     }\r
 238 \r
 239                     if (tmp.start[0] <= min[0]) {\r
 240                         min[0] = tmp.start[0];\r
 241                     }\r
 242 \r
 243                     if (tmp.start[1] <= min[1]) {\r
 244                         min[1] = tmp.start[1];\r
 245                     }\r
 246 \r
 247                     if (tmp.start[2] <= min[2]) {\r
 248                         min[2] = tmp.start[2];\r
 249                     }\r
 250 \r
 251                     if (tmp.end[0] >= max[0]) {\r
 252                         max[0] = tmp.end[0];\r
 253                     }\r
 254 \r
 255                     if (tmp.end[1] >= max[1]) {\r
 256                         max[1] = tmp.end[1];\r
 257                     }\r
 258 \r
 259                     if (tmp.end[2] >= max[2]) {\r
 260                         max[2] = tmp.end[2];\r
 261                     }\r
 262 \r
 263                     if (tmp.end[0] <= min[0]) {\r
 264                         min[0] = tmp.end[0];\r
 265                     }\r
 266 \r
 267                     if (tmp.end[1] <= min[1]) {\r
 268                         min[1] = tmp.end[1];\r
 269                     }\r
 270 \r
 271                     if (tmp.end[2] <= min[2]) {\r
 272                         min[2] = tmp.end[2];\r
 273                     }\r
 274                 }\r
 275             }\r
 276         }\r
 277 \r
 278         width[0] = (float) Math.abs(max[0] - min[0]);\r
 279         width[1] = (float) Math.abs(max[1] - min[1]);\r
 280         width[2] = (float) Math.abs(max[2] - min[2]);\r
 281 \r
 282         maxwidth = width[0];\r
 283 \r
 284         if (width[1] > width[0]) {\r
 285             maxwidth = width[1];\r
 286         }\r
 287 \r
 288         if (width[2] > width[1]) {\r
 289             maxwidth = width[2];\r
 290         }\r
 291 \r
 292        // System.out.println("Maxwidth = " + maxwidth);\r
 293     }\r
 294 \r
 295     public float findScale() {\r
 296         int dim;\r
 297         int width;\r
 298         int height;\r
 299 \r
 300         if (getSize().width != 0) {\r
 301             width = getSize().width;\r
 302             height = getSize().height;\r
 303         } else {\r
 304             width = prefsize.width;\r
 305             height = prefsize.height;\r
 306         }\r
 307 \r
 308         if (width < height) {\r
 309             dim = width;\r
 310         } else {\r
 311             dim = height;\r
 312         }\r
 313 \r
 314         return (float) (dim / (1.5d * maxwidth));\r
 315     }\r
 316 \r
 317     public void findCentre() {\r
 318         float xtot = 0;\r
 319         float ytot = 0;\r
 320         float ztot = 0;\r
 321 \r
 322         int bsize = 0;\r
 323 \r
 324         //Find centre coordinate\r
 325         for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++) {\r
 326             if (((PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).isVisible) {\r
 327                 Vector bonds = ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).bonds;\r
 328 \r
 329                 bsize += bonds.size();\r
 330 \r
 331                 for (int i = 0; i < bonds.size(); i++) {\r
 332                     xtot = xtot + ((Bond) bonds.elementAt(i)).start[0] +\r
 333                         ((Bond) bonds.elementAt(i)).end[0];\r
 334 \r
 335                     ytot = ytot + ((Bond) bonds.elementAt(i)).start[1] +\r
 336                         ((Bond) bonds.elementAt(i)).end[1];\r
 337 \r
 338                     ztot = ztot + ((Bond) bonds.elementAt(i)).start[2] +\r
 339                         ((Bond) bonds.elementAt(i)).end[2];\r
 340                 }\r
 341             }\r
 342         }\r
 343 \r
 344         centre[0] = xtot / (2 * (float) bsize);\r
 345         centre[1] = ytot / (2 * (float) bsize);\r
 346         centre[2] = ztot / (2 * (float) bsize);\r
 347     }\r
 348 \r
 349     public void paint(Graphics g)\r
 350     {\r
 351 \r
 352       if(visiblebonds==null)\r
 353       {\r
 354         g.setColor(Color.black);\r
 355         g.setFont(new Font("Verdana", Font.BOLD, 14));\r
 356         g.drawString("Error Parsing Pasted PDB data!!", 50, getSize().height/2);\r
 357         return;\r
 358       }\r
 359 \r
 360 \r
 361         //Only create the image at the beginning -\r
 362         //this saves much memory usage\r
 363         if ((img == null) || (prefsize.width != getSize().width) ||\r
 364                 (prefsize.height != getSize().height)) {\r
 365 \r
 366          try{     prefsize.width = getSize().width;\r
 367            prefsize.height = getSize().height;\r
 368 \r
 369            scale = findScale();\r
 370            img = createImage(prefsize.width, prefsize.height);\r
 371            ig = img.getGraphics();\r
 372 \r
 373            redrawneeded = true;\r
 374          }catch(Exception ex)\r
 375          {\r
 376            ex.printStackTrace();\r
 377            System.out.println(getSize());\r
 378          }\r
 379         }\r
 380 \r
 381 \r
 382         if (redrawneeded)\r
 383         {\r
 384           drawAll(ig, prefsize.width, prefsize.height);\r
 385           redrawneeded = false;\r
 386         }\r
 387         if(appletToolTip!=null)\r
 388         {\r
 389           ig.setColor(Color.red);\r
 390           ig.drawString(appletToolTip, toolx, tooly);\r
 391         }\r
 392 \r
 393         g.drawImage(img, 0, 0, this);\r
 394 \r
 395         pdbAction = false;\r
 396     }\r
 397 \r
 398     public void drawAll(Graphics g, int width, int height)\r
 399     {\r
 400       g.setColor(Color.black);\r
 401       g.fillRect(0, 0, width, height);\r
 402       drawScene(g);\r
 403       drawLabels(g);\r
 404     }\r
 405 \r
 406 \r
 407     public void updateSeqColours()\r
 408     {\r
 409       if (pdbAction)\r
 410       {\r
 411         return;\r
 412       }\r
 413 \r
 414       if(bysequence && pdb!=null)\r
 415       {\r
 416         for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++)\r
 417         {\r
 418           colourBySequence((PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii));\r
 419         }\r
 420       }\r
 421 \r
 422       redrawneeded=true;\r
 423       repaint();\r
 424     }\r
 425 \r
 426 \r
 427     int findTrueIndex(int pos)\r
 428     {\r
 429       // returns the alignment position for a residue\r
 430       int j = sequence.getStart();\r
 431       int i = 0;\r
 432 \r
 433       while ( (i < sequence.getLength()) && (j <= sequence.getEnd()) && (j <= pos+1))\r
 434       {\r
 435         if (!jalview.util.Comparison.isGap(sequence.getCharAt(i)))\r
 436         {\r
 437           j++;\r
 438         }\r
 439 \r
 440         i++;\r
 441       }\r
 442 \r
 443       if(i>1)\r
 444          i--;\r
 445 \r
 446       if ( (j == sequence.getEnd()) && (j < pos))\r
 447       {\r
 448         return sequence.getEnd() + 1;\r
 449       }\r
 450       else\r
 451       {\r
 452         return i;\r
 453       }\r
 454     }\r
 455 \r
 456 \r
 457     // This method has been taken out of PDBChain to allow\r
 458     // Applet and Application specific sequence renderers to be used\r
 459     void colourBySequence(PDBChain chain)\r
 460     {\r
 461       for (int i = 0; i < chain.bonds.size(); i++)\r
 462       {\r
 463         Bond tmp = (Bond) chain.bonds.elementAt(i);\r
 464         tmp.startCol = Color.lightGray;\r
 465         tmp.endCol = Color.lightGray;\r
 466         if(chain!=mainchain)\r
 467           continue;\r
 468 \r
 469         if ( (tmp.at1.resNumber >= ( (chain.offset + chain.pdbstart) - 1)) &&\r
 470             (tmp.at1.resNumber <= ( (chain.offset + chain.pdbend) - 1)))\r
 471         {\r
 472 \r
 473           int index = findTrueIndex(tmp.at1.alignmentMapping);\r
 474                 //sequence.findIndex(tmp.at1.alignmentMapping);\r
 475             if (index != -1)\r
 476             {\r
 477               tmp.startCol = seqcanvas.getSequenceRenderer().\r
 478                   getResidueBoxColour( sequence, index);\r
 479 \r
 480           //    tmp.startCol = seqcanvas.getFeatureRenderer().\r
 481          //         findFeatureColour(tmp.startCol, sequence, index);\r
 482             }\r
 483         }\r
 484 \r
 485         int index =  findTrueIndex(tmp.at2.alignmentMapping);\r
 486             //sequence.findIndex( tmp.at2.alignmentMapping );\r
 487         if (index != -1)\r
 488         {\r
 489           tmp.endCol = seqcanvas.getSequenceRenderer().\r
 490               getResidueBoxColour( sequence, index);\r
 491         //  tmp.endCol = seqcanvas.getFeatureRenderer().\r
 492         //      findFeatureColour(tmp.endCol, sequence, index);\r
 493         }\r
 494       }\r
 495     }\r
 496 \r
 497 \r
 498     public void drawScene(Graphics g)\r
 499     {\r
 500 \r
 501         if (zbuffer) {\r
 502             Zsort.Zsort(visiblebonds);\r
 503         }\r
 504 \r
 505 \r
 506         Bond tmpBond=null;\r
 507         for (int i = 0; i < visiblebonds.size(); i++)\r
 508         {\r
 509             tmpBond = (Bond) visiblebonds.elementAt(i);\r
 510 \r
 511 \r
 512             xstart = (int) (((tmpBond.start[0] - centre[0]) * scale) +\r
 513                 (getSize().width / 2));\r
 514             ystart = (int) (((tmpBond.start[1] - centre[1]) * scale) +\r
 515                 (getSize().height / 2));\r
 516 \r
 517             xend = (int) (((tmpBond.end[0] - centre[0]) * scale) +\r
 518                 (getSize().width / 2));\r
 519             yend = (int) (((tmpBond.end[1] - centre[1]) * scale) +\r
 520                 (getSize().height / 2));\r
 521 \r
 522             xmid = (xend + xstart) / 2;\r
 523             ymid = (yend + ystart) / 2;\r
 524 \r
 525             if (depthcue && !bymolecule)\r
 526             {\r
 527                 if (tmpBond.start[2] < (centre[2] - (maxwidth / 6))) {\r
 528                     g.setColor(tmpBond.startCol.darker().darker());\r
 529                     drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);\r
 530 \r
 531                     g.setColor(tmpBond.endCol.darker().darker());\r
 532                     drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);\r
 533                 } else if (tmpBond.start[2] < (centre[2] + (maxwidth / 6))) {\r
 534                     g.setColor(tmpBond.startCol.darker());\r
 535                     drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);\r
 536 \r
 537                     g.setColor(tmpBond.endCol.darker());\r
 538                     drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);\r
 539                 } else {\r
 540                     g.setColor(tmpBond.startCol);\r
 541                     drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);\r
 542 \r
 543                     g.setColor(tmpBond.endCol);\r
 544                     drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);\r
 545                 }\r
 546             } else if (depthcue && bymolecule) {\r
 547                 if (tmpBond.start[2] < (centre[2] - (maxwidth / 6))) {\r
 548                     g.setColor(Color.green.darker().darker());\r
 549                     drawLine(g, xstart, ystart, xend, yend);\r
 550                 } else if (tmpBond.start[2] < (centre[2] + (maxwidth / 6))) {\r
 551                     g.setColor(Color.green.darker());\r
 552                     drawLine(g, xstart, ystart, xend, yend);\r
 553                 } else {\r
 554                     g.setColor(Color.green);\r
 555                     drawLine(g, xstart, ystart, xend, yend);\r
 556                 }\r
 557             } else if (!depthcue && !bymolecule) {\r
 558                 g.setColor(tmpBond.startCol);\r
 559                 drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);\r
 560                 g.setColor(tmpBond.endCol);\r
 561                 drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);\r
 562             } else {\r
 563                 drawLine(g, xstart, ystart, xend, yend);\r
 564             }\r
 565 \r
 566             if(highlightBond1!=null && highlightBond1==tmpBond)\r
 567             {\r
 568               g.setColor(Color.white);\r
 569               drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);\r
 570             }\r
 571 \r
 572             if(highlightBond2!=null && highlightBond2==tmpBond)\r
 573             {\r
 574               g.setColor(Color.white);\r
 575               drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);\r
 576             }\r
 577 \r
 578         }\r
 579     }\r
 580 \r
 581     public void drawLine(Graphics g, int x1, int y1, int x2, int y2) {\r
 582         if (!wire) {\r
 583             if (((float) Math.abs(y2 - y1) / (float) Math.abs(x2 - x1)) < 0.5) {\r
 584                 g.drawLine(x1, y1, x2, y2);\r
 585                 g.drawLine(x1 + 1, y1 + 1, x2 + 1, y2 + 1);\r
 586                 g.drawLine(x1, y1 - 1, x2, y2 - 1);\r
 587             } else {\r
 588                 g.setColor(g.getColor().brighter());\r
 589                 g.drawLine(x1, y1, x2, y2);\r
 590                 g.drawLine(x1 + 1, y1, x2 + 1, y2);\r
 591                 g.drawLine(x1 - 1, y1, x2 - 1, y2);\r
 592             }\r
 593         } else {\r
 594             g.drawLine(x1, y1, x2, y2);\r
 595         }\r
 596     }\r
 597 \r
 598     public Dimension minimumsize() {\r
 599         return prefsize;\r
 600     }\r
 601 \r
 602     public Dimension preferredsize() {\r
 603         return prefsize;\r
 604     }\r
 605 \r
 606     public void doKeyPressed(KeyEvent evt)\r
 607     {\r
 608       if (evt.getKeyCode() == KeyEvent.VK_UP)\r
 609       {\r
 610         scale = (float) (scale * 1.1);\r
 611         redrawneeded = true;\r
 612         repaint();\r
 613       }\r
 614       else if (evt.getKeyCode() == KeyEvent.VK_DOWN)\r
 615       {\r
 616         scale = (float) (scale * 0.9);\r
 617         redrawneeded = true;\r
 618         repaint();\r
 619       }\r
 620     }\r
 621 \r
 622     public void mousePressed(MouseEvent e) {\r
 623       pdbAction = true;\r
 624       Atom fatom = findAtom(e.getX(), e.getY());\r
 625       if(fatom!=null)\r
 626       {\r
 627         fatom.isSelected = !fatom.isSelected;\r
 628 \r
 629         redrawneeded = true;\r
 630         repaint();\r
 631         if (foundchain != -1)\r
 632         {\r
 633           PDBChain chain = (PDBChain) pdb.chains.elementAt(foundchain);\r
 634           if (chain == mainchain)\r
 635           {\r
 636             if (fatom.alignmentMapping != -1)\r
 637             {\r
 638               if (highlightRes == null)\r
 639                 highlightRes = new Vector();\r
 640 \r
 641               if (highlightRes.contains(fatom.alignmentMapping+"" + ""))\r
 642                 highlightRes.removeElement(fatom.alignmentMapping + "");\r
 643               else\r
 644                 highlightRes.addElement(fatom.alignmentMapping + "");\r
 645             }\r
 646           }\r
 647         }\r
 648 \r
 649         }\r
 650         mx = e.getX();\r
 651         my = e.getY();\r
 652         omx = mx;\r
 653         omy = my;\r
 654         dragging = false;\r
 655     }\r
 656 \r
 657     public void mouseMoved(MouseEvent e) {\r
 658       pdbAction = true;\r
 659       if(highlightBond1!=null)\r
 660       {\r
 661         highlightBond1.at2.isSelected = false;\r
 662         highlightBond2.at1.isSelected = false;\r
 663         highlightBond1 = null;\r
 664         highlightBond2 = null;\r
 665       }\r
 666 \r
 667         Atom fatom = findAtom(e.getX(), e.getY());\r
 668 \r
 669         PDBChain chain = null;\r
 670         if(foundchain!=-1)\r
 671         {\r
 672           chain = (PDBChain) pdb.chains.elementAt(foundchain);\r
 673           if(chain == mainchain)\r
 674           {\r
 675             highlightSeqcanvas( fatom.alignmentMapping );\r
 676           }\r
 677         }\r
 678 \r
 679         if (fatom != null) {\r
 680             toolx = e.getX();\r
 681             tooly = e.getY();\r
 682 \r
 683             appletToolTip = chain.id+":"+ fatom.resNumber+" "+ fatom.resName;\r
 684             redrawneeded = true;\r
 685             repaint();\r
 686         } else {\r
 687             highlightSeqcanvas( -1);\r
 688             appletToolTip = null;\r
 689             redrawneeded = true;\r
 690             repaint();\r
 691         }\r
 692     }\r
 693 \r
 694 \r
 695     void highlightSeqcanvas(int pos)\r
 696     {\r
 697       int index = seqcanvas.getViewport().getAlignment().findIndex(sequence);\r
 698 \r
 699       int size = pos==-1?0:3;\r
 700 \r
 701       if(highlightRes!=null)\r
 702         size += highlightRes.size()*3;\r
 703 \r
 704       int [] array = new int[size];\r
 705       int i=0;\r
 706       if(highlightRes!=null)\r
 707       {\r
 708         for (i = 0; i < highlightRes.size(); i++)\r
 709         {\r
 710           int a = Integer.parseInt(highlightRes.elementAt(\r
 711               i).toString())+1;\r
 712           array[i * 3] = index;\r
 713           array[ (i * 3) + 1] = a;\r
 714           array[ (i * 3) + 2] = a;\r
 715         }\r
 716       }\r
 717 \r
 718       if(pos!=-1)\r
 719       {\r
 720         array[i * 3] = index;\r
 721         array[i * 3 + 1] = pos+1;\r
 722         array[i * 3 + 2] = pos+1;\r
 723       }\r
 724 \r
 725       seqcanvas.highlightSearchResults(array);\r
 726     }\r
 727 \r
 728 \r
 729     public void mouseClicked(MouseEvent e) {\r
 730     }\r
 731 \r
 732     public void mouseEntered(MouseEvent e) {\r
 733     }\r
 734 \r
 735     public void mouseExited(MouseEvent e) {\r
 736     }\r
 737 \r
 738     public void mouseDragged(MouseEvent evt) {\r
 739         int x = evt.getX();\r
 740         int y = evt.getY();\r
 741         mx = x;\r
 742         my = y;\r
 743 \r
 744         MCMatrix objmat = new MCMatrix(3, 3);\r
 745         objmat.setIdentity();\r
 746 \r
 747         if ((evt.getModifiers() & Event.META_MASK) != 0) {\r
 748             objmat.rotatez((float) ((mx - omx)));\r
 749         } else {\r
 750             objmat.rotatex((float) ((my - omy)));\r
 751             objmat.rotatey((float) ((omx - mx)));\r
 752         }\r
 753 \r
 754         //Alter the bonds\r
 755         for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++) {\r
 756             Vector bonds = ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).bonds;\r
 757 \r
 758             for (int i = 0; i < bonds.size(); i++) {\r
 759                 Bond tmpBond = (Bond) bonds.elementAt(i);\r
 760 \r
 761                 //Translate the bond so the centre is 0,0,0\r
 762                 tmpBond.translate(-centre[0], -centre[1], -centre[2]);\r
 763 \r
 764                 //Now apply the rotation matrix\r
 765                 tmpBond.start = objmat.vectorMultiply(tmpBond.start);\r
 766                 tmpBond.end = objmat.vectorMultiply(tmpBond.end);\r
 767 \r
 768                 //Now translate back again\r
 769                 tmpBond.translate(centre[0], centre[1], centre[2]);\r
 770             }\r
 771         }\r
 772 \r
 773         objmat = null;\r
 774 \r
 775         omx = mx;\r
 776         omy = my;\r
 777 \r
 778         dragging = true;\r
 779 \r
 780         redrawneeded = true;\r
 781 \r
 782         repaint();\r
 783     }\r
 784 \r
 785     public void mouseReleased(MouseEvent evt) {\r
 786         dragging = false;\r
 787         return;\r
 788     }\r
 789 \r
 790     void drawLabels(Graphics g) {\r
 791 \r
 792         for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++)\r
 793         {\r
 794             PDBChain chain = (PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii);\r
 795 \r
 796             if (chain.isVisible)\r
 797             {\r
 798                 Vector bonds = ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).bonds;\r
 799 \r
 800                 for (int i = 0; i < bonds.size(); i++)\r
 801                 {\r
 802                     Bond tmpBond = (Bond) bonds.elementAt(i);\r
 803 \r
 804                     if (tmpBond.at1.isSelected)\r
 805                     {\r
 806                         labelAtom(g, tmpBond, 1);\r
 807                     }\r
 808 \r
 809                     if (tmpBond.at2.isSelected)\r
 810                     {\r
 811 \r
 812                         labelAtom(g, tmpBond, 2);\r
 813                     }\r
 814                 }\r
 815             }\r
 816         }\r
 817     }\r
 818 \r
 819     public void labelAtom(Graphics g, Bond b, int n) {\r
 820         g.setFont(font);\r
 821 \r
 822         if (n == 1) {\r
 823             int xstart = (int) (((b.start[0] - centre[0]) * scale) +\r
 824                 (getSize().width / 2));\r
 825             int ystart = (int) (((b.start[1] - centre[1]) * scale) +\r
 826                 (getSize().height / 2));\r
 827 \r
 828             g.setColor(Color.red);\r
 829             g.drawString(b.at1.resName + "-" + b.at1.resNumber, xstart, ystart);\r
 830         }\r
 831 \r
 832         if (n == 2) {\r
 833             int xstart = (int) (((b.end[0] - centre[0]) * scale) +\r
 834                 (getSize().width / 2));\r
 835             int ystart = (int) (((b.end[1] - centre[1]) * scale) +\r
 836                 (getSize().height / 2));\r
 837 \r
 838             g.setColor(Color.red);\r
 839             g.drawString(b.at2.resName + "-" + b.at2.resNumber, xstart, ystart);\r
 840         }\r
 841     }\r
 842 \r
 843     int foundchain = -1;\r
 844     public Atom findAtom(int x, int y) {\r
 845         Atom fatom = null;\r
 846 \r
 847         foundchain = -1;\r
 848 \r
 849         for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++)\r
 850         {\r
 851             PDBChain chain = (PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii);\r
 852             int truex;\r
 853             Bond tmpBond=null;\r
 854 \r
 855             if (chain.isVisible)\r
 856             {\r
 857                 Vector bonds = ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).bonds;\r
 858 \r
 859                 for (int i = 0; i < bonds.size(); i++)\r
 860                 {\r
 861                     tmpBond = (Bond) bonds.elementAt(i);\r
 862 \r
 863                     truex = (int) (((tmpBond.start[0] - centre[0]) * scale) +\r
 864                         (getSize().width / 2));\r
 865 \r
 866                     if (Math.abs(truex - x) <= 2)\r
 867                     {\r
 868                         int truey = (int) (((tmpBond.start[1] - centre[1]) * scale) +\r
 869                             (getSize().height / 2));\r
 870 \r
 871                         if (Math.abs(truey - y) <= 2)\r
 872                         {\r
 873                             fatom = tmpBond.at1;\r
 874                             foundchain = ii;\r
 875                             break;\r
 876                         }\r
 877                     }\r
 878                 }\r
 879 \r
 880                 // Still here? Maybe its the last bond\r
 881 \r
 882                 truex = (int) ( ( (tmpBond.end[0] - centre[0]) * scale) +\r
 883                                (getSize().width / 2));\r
 884 \r
 885                 if (Math.abs(truex - x) <= 2)\r
 886                 {\r
 887                   int truey = (int) ( ( (tmpBond.end[1] - centre[1]) * scale) +\r
 888                                      (getSize().height / 2));\r
 889 \r
 890                   if (Math.abs(truey - y) <= 2)\r
 891                   {\r
 892                     fatom = tmpBond.at2;\r
 893                     foundchain = ii;\r
 894                     break;\r
 895                   }\r
 896                 }\r
 897 \r
 898             }\r
 899 \r
 900             if (fatom != null) //)&& chain.ds != null)\r
 901              {\r
 902                 chain = (PDBChain) pdb.chains.elementAt(foundchain);\r
 903             }\r
 904         }\r
 905 \r
 906         return fatom;\r
 907     }\r
 908 \r
 909     public void update(Graphics g)\r
 910     {\r
 911       paint(g);\r
 912     }\r
 913 \r
 914     public void highlightRes(int ii)\r
 915    {\r
 916 \r
 917      if (highlightRes != null\r
 918          && highlightRes.contains((ii-1) + ""))\r
 919      {\r
 920        return;\r
 921      }\r
 922 \r
 923      int index = -1;\r
 924      Bond tmpBond;\r
 925      for(index=0; index<mainchain.bonds.size(); index++)\r
 926      {\r
 927        tmpBond = (Bond) mainchain.bonds.elementAt(index);\r
 928        if (tmpBond.at1.alignmentMapping == ii - 1)\r
 929        {\r
 930          if (highlightBond1 != null)\r
 931            highlightBond1.at2.isSelected = false;\r
 932 \r
 933          if (highlightBond2 != null)\r
 934            highlightBond2.at1.isSelected = false;\r
 935 \r
 936          highlightBond1 = null;\r
 937          highlightBond2 = null;\r
 938 \r
 939          if (index > 0)\r
 940          {\r
 941            highlightBond1 = (Bond) mainchain.bonds.elementAt(index - 1);\r
 942            highlightBond1.at2.isSelected = true;\r
 943          }\r
 944 \r
 945          if (index != mainchain.bonds.size())\r
 946          {\r
 947            highlightBond2 = (Bond) mainchain.bonds.elementAt(index);\r
 948            highlightBond2.at1.isSelected = true;\r
 949          }\r
 950 \r
 951          break;\r
 952        }\r
 953      }\r
 954 \r
 955      redrawneeded = true;\r
 956      repaint();\r
 957    }\r
 958 \r
 959 \r
 960     public void setAllchainsVisible(boolean b)\r
 961     {\r
 962       for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++)\r
 963       {\r
 964         PDBChain chain = (PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii);\r
 965         chain.isVisible = b;\r
 966       }\r
 967       mainchain.isVisible = true;\r
 968       findCentre();\r
 969       setupBonds();\r
 970       redrawneeded = true;\r
 971       repaint();\r
 972 \r
 973     }\r
 974 \r
 975 }\r