src/MCview/AppletPDBCanvas.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer
   3  * Copyright (C) 2007 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8  * of the License, or (at your option) any later version.
   9  *
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13  * GNU General Public License for more details.
  14  *
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA
  18  */
  19 package MCview;
  20
  21 import java.io.*;
  22 import java.util.*;
  23
  24 // JBPNote TODO: This class is quite noisy - needs proper log.info/log.debug
  25 import java.awt.*;
  26 import java.awt.event.*;
  27
  28 import jalview.analysis.*;
  29 import jalview.datamodel.*;
  30
  31 import jalview.appletgui.*;
  32 import jalview.structure.*;
  33
  34 public class AppletPDBCanvas
  35     extends Panel implements MouseListener, MouseMotionListener, StructureListener
  36 {
  37
  38   MCMatrix idmat = new MCMatrix(3, 3);
  39   MCMatrix objmat = new MCMatrix(3, 3);
  40   boolean redrawneeded = true;
  41   int omx = 0;
  42   int mx = 0;
  43   int omy = 0;
  44   int my = 0;
  45   public PDBfile pdb;
  46   PDBEntry pdbentry;
  47   int bsize;
  48   Image img;
  49   Graphics ig;
  50   Dimension prefsize;
  51   float[] centre = new float[3];
  52   float[] width = new float[3];
  53   float maxwidth;
  54   float scale;
  55   String inStr;
  56   String inType;
  57   boolean bysequence = true;
  58   boolean depthcue = true;
  59   boolean wire = false;
  60   boolean bymolecule = false;
  61   boolean zbuffer = true;
  62   boolean dragging;
  63   int xstart;
  64   int xend;
  65   int ystart;
  66   int yend;
  67   int xmid;
  68   int ymid;
  69   Font font = new Font("Helvetica", Font.PLAIN, 10);
  70   public SequenceI [] sequence;
  71   final StringBuffer mappingDetails = new StringBuffer();
  72   String appletToolTip = null;
  73   int toolx, tooly;
  74   PDBChain mainchain;
  75   Vector highlightRes;
  76   boolean pdbAction = false;
  77   Bond highlightBond1, highlightBond2;
  78   boolean errorLoading = false;
  79   boolean seqColoursReady = false;
  80   FeatureRenderer fr;
  81   AlignmentPanel ap;
  82   StructureSelectionManager ssm;
  83
  84   public AppletPDBCanvas(PDBEntry pdbentry,
  85                          SequenceI[] seq,
  86                          String [] chains,
  87                          AlignmentPanel ap,
  88                          String protocol)
  89
  90   {
  91     this.ap = ap;
  92     this.pdbentry = pdbentry;
  93     this.sequence = seq;
  94
  95     ssm = StructureSelectionManager.getStructureSelectionManager();
  96
  97     try{
  98       pdb = ssm.setMapping(seq, chains, pdbentry.getFile(), protocol);
  99
 100       if(protocol.equals(jalview.io.AppletFormatAdapter.PASTE))
 101        pdbentry.setFile("INLINE"+pdb.id);
 102
 103     }catch(Exception ex)
 104     {
 105       ex.printStackTrace();
 106       return;
 107     }
 108
 109     pdbentry.setId(pdb.id);
 110
 111     ssm.addStructureViewerListener(this);
 112
 113     colourBySequence();
 114
 115     int max = -10;
 116     int maxchain = -1;
 117     int pdbstart = 0;
 118     int pdbend = 0;
 119     int seqstart = 0;
 120     int seqend = 0;
 121     AlignSeq maxAlignseq = null;
 122
 123     //JUST DEAL WITH ONE SEQUENCE FOR NOW
 124     SequenceI sequence = seq[0];
 125
 126     for (int i = 0; i < pdb.chains.size(); i++)
 127     {
 128
 129       mappingDetails.append("\n\nPDB Sequence is :\nSequence = " +
 130                             ( (PDBChain) pdb.chains.elementAt(i)).sequence.
 131                             getSequenceAsString());
 132       mappingDetails.append("\nNo of residues = " +
 133                             ( (PDBChain) pdb.chains.elementAt(i)).residues.size() +
 134                             "\n\n");
 135
 136       // Now lets compare the sequences to get
 137       // the start and end points.
 138       // Align the sequence to the pdb
 139       AlignSeq as = new AlignSeq(sequence,
 140                                  ( (PDBChain) pdb.chains.elementAt(i)).sequence,
 141                                  "pep");
 142       as.calcScoreMatrix();
 143       as.traceAlignment();
 144       PrintStream ps = new PrintStream(System.out)
 145       {
 146         public void print(String x)
 147         {
 148           mappingDetails.append(x);
 149         }
 150
 151         public void println()
 152         {
 153           mappingDetails.append("\n");
 154         }
 155       };
 156
 157       as.printAlignment(ps);
 158
 159       if (as.maxscore > max)
 160       {
 161         max = as.maxscore;
 162         maxchain = i;
 163
 164         pdbstart = as.seq2start;
 165         pdbend = as.seq2end;
 166         seqstart = as.seq1start + sequence.getStart() - 1;
 167         seqend = as.seq1end + sequence.getEnd() - 1;
 168         maxAlignseq = as;
 169       }
 170
 171       mappingDetails.append("\nPDB start/end " + pdbstart + " " + pdbend);
 172       mappingDetails.append("\nSEQ start/end " + seqstart + " " + seqend);
 173     }
 174
 175     mainchain = (PDBChain) pdb.chains.elementAt(maxchain);
 176
 177     mainchain.pdbstart = pdbstart;
 178     mainchain.pdbend = pdbend;
 179     mainchain.seqstart = seqstart;
 180     mainchain.seqend = seqend;
 181     mainchain.isVisible = true;
 182   //  mainchain.makeExactMapping(maxAlignseq, sequence);
 183   //  mainchain.transferRESNUMFeatures(sequence, null);
 184     this.pdb = pdb;
 185     this.prefsize = new Dimension(getSize().width, getSize().height);
 186
 187     //Initialize the matrices to identity
 188     for (int i = 0; i < 3; i++)
 189     {
 190       for (int j = 0; j < 3; j++)
 191       {
 192         if (i != j)
 193         {
 194           idmat.addElement(i, j, 0);
 195           objmat.addElement(i, j, 0);
 196         }
 197         else
 198         {
 199           idmat.addElement(i, j, 1);
 200           objmat.addElement(i, j, 1);
 201         }
 202       }
 203     }
 204
 205     addMouseMotionListener(this);
 206     addMouseListener(this);
 207
 208     addKeyListener(new KeyAdapter()
 209     {
 210       public void keyPressed(KeyEvent evt)
 211       {
 212         doKeyPressed(evt);
 213       }
 214     });
 215
 216     findCentre();
 217     findWidth();
 218
 219     setupBonds();
 220
 221     scale = findScale();
 222   }
 223
 224   Vector visiblebonds;
 225   void setupBonds()
 226   {
 227     seqColoursReady = false;
 228     // Sort the bonds by z coord
 229     visiblebonds = new Vector();
 230
 231     for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++)
 232     {
 233       if ( ( (PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).isVisible)
 234       {
 235         Vector tmp = ( (PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).bonds;
 236
 237         for (int i = 0; i < tmp.size(); i++)
 238         {
 239           visiblebonds.addElement(tmp.elementAt(i));
 240         }
 241       }
 242     }
 243     seqColoursReady = true;
 244     colourBySequence();
 245     redrawneeded = true;
 246     repaint();
 247   }
 248
 249   public void findWidth()
 250   {
 251     float[] max = new float[3];
 252     float[] min = new float[3];
 253
 254     max[0] = (float) - 1e30;
 255     max[1] = (float) - 1e30;
 256     max[2] = (float) - 1e30;
 257
 258     min[0] = (float) 1e30;
 259     min[1] = (float) 1e30;
 260     min[2] = (float) 1e30;
 261
 262     for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++)
 263     {
 264       if ( ( (PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).isVisible)
 265       {
 266         Vector bonds = ( (PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).bonds;
 267
 268         for (int i = 0; i < bonds.size(); i++)
 269         {
 270           Bond tmp = (Bond) bonds.elementAt(i);
 271
 272           if (tmp.start[0] >= max[0])
 273           {
 274             max[0] = tmp.start[0];
 275           }
 276
 277           if (tmp.start[1] >= max[1])
 278           {
 279             max[1] = tmp.start[1];
 280           }
 281
 282           if (tmp.start[2] >= max[2])
 283           {
 284             max[2] = tmp.start[2];
 285           }
 286
 287           if (tmp.start[0] <= min[0])
 288           {
 289             min[0] = tmp.start[0];
 290           }
 291
 292           if (tmp.start[1] <= min[1])
 293           {
 294             min[1] = tmp.start[1];
 295           }
 296
 297           if (tmp.start[2] <= min[2])
 298           {
 299             min[2] = tmp.start[2];
 300           }
 301
 302           if (tmp.end[0] >= max[0])
 303           {
 304             max[0] = tmp.end[0];
 305           }
 306
 307           if (tmp.end[1] >= max[1])
 308           {
 309             max[1] = tmp.end[1];
 310           }
 311
 312           if (tmp.end[2] >= max[2])
 313           {
 314             max[2] = tmp.end[2];
 315           }
 316
 317           if (tmp.end[0] <= min[0])
 318           {
 319             min[0] = tmp.end[0];
 320           }
 321
 322           if (tmp.end[1] <= min[1])
 323           {
 324             min[1] = tmp.end[1];
 325           }
 326
 327           if (tmp.end[2] <= min[2])
 328           {
 329             min[2] = tmp.end[2];
 330           }
 331         }
 332       }
 333     }
 334
 335     width[0] = (float) Math.abs(max[0] - min[0]);
 336     width[1] = (float) Math.abs(max[1] - min[1]);
 337     width[2] = (float) Math.abs(max[2] - min[2]);
 338
 339     maxwidth = width[0];
 340
 341     if (width[1] > width[0])
 342     {
 343       maxwidth = width[1];
 344     }
 345
 346     if (width[2] > width[1])
 347     {
 348       maxwidth = width[2];
 349     }
 350
 351     // System.out.println("Maxwidth = " + maxwidth);
 352   }
 353
 354   public float findScale()
 355   {
 356     int dim;
 357     int width;
 358     int height;
 359
 360     if (getSize().width != 0)
 361     {
 362       width = getSize().width;
 363       height = getSize().height;
 364     }
 365     else
 366     {
 367       width = prefsize.width;
 368       height = prefsize.height;
 369     }
 370
 371     if (width < height)
 372     {
 373       dim = width;
 374     }
 375     else
 376     {
 377       dim = height;
 378     }
 379
 380     return (float) (dim / (1.5d * maxwidth));
 381   }
 382
 383   public void findCentre()
 384   {
 385     float xtot = 0;
 386     float ytot = 0;
 387     float ztot = 0;
 388
 389     int bsize = 0;
 390
 391     //Find centre coordinate
 392     for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++)
 393     {
 394       if ( ( (PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).isVisible)
 395       {
 396         Vector bonds = ( (PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).bonds;
 397
 398         bsize += bonds.size();
 399
 400         for (int i = 0; i < bonds.size(); i++)
 401         {
 402           xtot = xtot + ( (Bond) bonds.elementAt(i)).start[0] +
 403               ( (Bond) bonds.elementAt(i)).end[0];
 404
 405           ytot = ytot + ( (Bond) bonds.elementAt(i)).start[1] +
 406               ( (Bond) bonds.elementAt(i)).end[1];
 407
 408           ztot = ztot + ( (Bond) bonds.elementAt(i)).start[2] +
 409               ( (Bond) bonds.elementAt(i)).end[2];
 410         }
 411       }
 412     }
 413
 414     centre[0] = xtot / (2 * (float) bsize);
 415     centre[1] = ytot / (2 * (float) bsize);
 416     centre[2] = ztot / (2 * (float) bsize);
 417   }
 418
 419   public void paint(Graphics g)
 420   {
 421
 422     if (errorLoading)
 423     {
 424       g.setColor(Color.white);
 425       g.fillRect(0, 0, getSize().width, getSize().height);
 426       g.setColor(Color.black);
 427       g.setFont(new Font("Verdana", Font.BOLD, 14));
 428       g.drawString("Error loading PDB data!!", 50, getSize().height / 2);
 429       return;
 430     }
 431
 432     if (!seqColoursReady)
 433     {
 434       g.setColor(Color.black);
 435       g.setFont(new Font("Verdana", Font.BOLD, 14));
 436       g.drawString("Fetching PDB data...", 50, getSize().height / 2);
 437       return;
 438     }
 439
 440     //Only create the image at the beginning -
 441     //this saves much memory usage
 442     if ( (img == null) || (prefsize.width != getSize().width) ||
 443         (prefsize.height != getSize().height))
 444     {
 445
 446       try
 447       {
 448         prefsize.width = getSize().width;
 449         prefsize.height = getSize().height;
 450
 451         scale = findScale();
 452         img = createImage(prefsize.width, prefsize.height);
 453         ig = img.getGraphics();
 454
 455         redrawneeded = true;
 456       }
 457       catch (Exception ex)
 458       {
 459         ex.printStackTrace();
 460       }
 461     }
 462
 463     if (redrawneeded)
 464     {
 465       drawAll(ig, prefsize.width, prefsize.height);
 466       redrawneeded = false;
 467     }
 468     if (appletToolTip != null)
 469     {
 470       ig.setColor(Color.red);
 471       ig.drawString(appletToolTip, toolx, tooly);
 472     }
 473
 474     g.drawImage(img, 0, 0, this);
 475
 476     pdbAction = false;
 477   }
 478
 479   public void drawAll(Graphics g, int width, int height)
 480   {
 481     ig.setColor(Color.black);
 482     ig.fillRect(0, 0, width, height);
 483     drawScene(ig);
 484     drawLabels(ig);
 485   }
 486
 487   public void setColours(jalview.schemes.ColourSchemeI cs)
 488   {
 489     bysequence = false;
 490     pdb.setColours(cs);
 491     redrawneeded = true;
 492     repaint();
 493   }
 494
 495
 496
 497   // This method has been taken out of PDBChain to allow
 498   // Applet and Application specific sequence renderers to be used
 499   void colourBySequence()
 500   {
 501     SequenceRenderer sr = ap.getSequenceRenderer();
 502
 503     StructureMapping[] mapping = ssm.getMapping(pdbentry.getFile());
 504
 505     boolean showFeatures = false;
 506     if (ap.av.getShowSequenceFeatures())
 507     {
 508       if (fr == null)
 509       {
 510         fr = new jalview.appletgui.FeatureRenderer(ap.av);
 511       }
 512
 513       fr.transferSettings(ap.getFeatureRenderer());
 514
 515       showFeatures = true;
 516     }
 517
 518     PDBChain chain;
 519     if (bysequence && pdb != null)
 520     {
 521       for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++)
 522       {
 523         chain = (PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii);
 524
 525         for (int i = 0; i < chain.bonds.size(); i++)
 526         {
 527           Bond tmp = (Bond) chain.bonds.elementAt(i);
 528           tmp.startCol = Color.lightGray;
 529           tmp.endCol = Color.lightGray;
 530           if (chain != mainchain)
 531           {
 532             continue;
 533           }
 534
 535           for (int s = 0; s < sequence.length; s++)
 536           {
 537             for (int m = 0; m < mapping.length; m++)
 538             {
 539               if (mapping[m].getSequence() == sequence[s])
 540               {
 541                 int pos = mapping[m].getSeqPos(tmp.at1.resNumber)-1;
 542                 if (pos > 0)
 543                 {
 544                   pos = sequence[s].findIndex(pos);
 545                   tmp.startCol = sr.getResidueBoxColour(sequence[s], pos);
 546                   if (showFeatures)
 547                   {
 548                     tmp.startCol = fr.findFeatureColour(tmp.startCol,
 549                                                         sequence[s],
 550                                                         pos);
 551                   }
 552                 }
 553                 pos = mapping[m].getSeqPos(tmp.at2.resNumber)-1;
 554                 if (pos > 0)
 555                 {
 556                   pos = sequence[s].findIndex(pos);
 557                   tmp.endCol = sr.getResidueBoxColour(sequence[s], pos);
 558                   if (showFeatures)
 559                   {
 560                     tmp.endCol = fr.findFeatureColour(tmp.endCol,
 561                                                         sequence[s],
 562                                                         pos);
 563                   }
 564                 }
 565
 566               }
 567             }
 568           }
 569         }
 570       }
 571     }
 572   }
 573
 574   Zsort zsort;
 575   public void drawScene(Graphics g)
 576   {
 577     if (zbuffer)
 578     {
 579       if (zsort == null)
 580       {
 581         zsort = new Zsort();
 582       }
 583
 584       zsort.Zsort(visiblebonds);
 585     }
 586
 587     Bond tmpBond = null;
 588     for (int i = 0; i < visiblebonds.size(); i++)
 589     {
 590       tmpBond = (Bond) visiblebonds.elementAt(i);
 591
 592       xstart = (int) ( ( (tmpBond.start[0] - centre[0]) * scale) +
 593                       (getSize().width / 2));
 594       ystart = (int) ( ( (tmpBond.start[1] - centre[1]) * scale) +
 595                       (getSize().height / 2));
 596
 597       xend = (int) ( ( (tmpBond.end[0] - centre[0]) * scale) +
 598                     (getSize().width / 2));
 599       yend = (int) ( ( (tmpBond.end[1] - centre[1]) * scale) +
 600                     (getSize().height / 2));
 601
 602       xmid = (xend + xstart) / 2;
 603       ymid = (yend + ystart) / 2;
 604
 605       if (depthcue && !bymolecule)
 606       {
 607         if (tmpBond.start[2] < (centre[2] - (maxwidth / 6)))
 608         {
 609           g.setColor(tmpBond.startCol.darker().darker());
 610           drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);
 611
 612           g.setColor(tmpBond.endCol.darker().darker());
 613           drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);
 614         }
 615         else if (tmpBond.start[2] < (centre[2] + (maxwidth / 6)))
 616         {
 617           g.setColor(tmpBond.startCol.darker());
 618           drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);
 619
 620           g.setColor(tmpBond.endCol.darker());
 621           drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);
 622         }
 623         else
 624         {
 625           g.setColor(tmpBond.startCol);
 626           drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);
 627
 628           g.setColor(tmpBond.endCol);
 629           drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);
 630         }
 631
 632       }
 633       else if (depthcue && bymolecule)
 634       {
 635         if (tmpBond.start[2] < (centre[2] - (maxwidth / 6)))
 636         {
 637           g.setColor(Color.green.darker().darker());
 638           drawLine(g, xstart, ystart, xend, yend);
 639         }
 640         else if (tmpBond.start[2] < (centre[2] + (maxwidth / 6)))
 641         {
 642           g.setColor(Color.green.darker());
 643           drawLine(g, xstart, ystart, xend, yend);
 644         }
 645         else
 646         {
 647           g.setColor(Color.green);
 648           drawLine(g, xstart, ystart, xend, yend);
 649         }
 650       }
 651       else if (!depthcue && !bymolecule)
 652       {
 653         g.setColor(tmpBond.startCol);
 654         drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);
 655         g.setColor(tmpBond.endCol);
 656         drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);
 657       }
 658       else
 659       {
 660         drawLine(g, xstart, ystart, xend, yend);
 661       }
 662
 663       if (highlightBond1 != null && highlightBond1 == tmpBond)
 664       {
 665         g.setColor(Color.white);
 666         drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);
 667       }
 668
 669       if (highlightBond2 != null && highlightBond2 == tmpBond)
 670       {
 671         g.setColor(Color.white);
 672         drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);
 673       }
 674
 675     }
 676   }
 677
 678   public void drawLine(Graphics g, int x1, int y1, int x2, int y2)
 679   {
 680     if (!wire)
 681     {
 682       if ( ( (float) Math.abs(y2 - y1) / (float) Math.abs(x2 - x1)) < 0.5)
 683       {
 684         g.drawLine(x1, y1, x2, y2);
 685         g.drawLine(x1 + 1, y1 + 1, x2 + 1, y2 + 1);
 686         g.drawLine(x1, y1 - 1, x2, y2 - 1);
 687       }
 688       else
 689       {
 690         g.setColor(g.getColor().brighter());
 691         g.drawLine(x1, y1, x2, y2);
 692         g.drawLine(x1 + 1, y1, x2 + 1, y2);
 693         g.drawLine(x1 - 1, y1, x2 - 1, y2);
 694       }
 695     }
 696     else
 697     {
 698       g.drawLine(x1, y1, x2, y2);
 699     }
 700   }
 701
 702   public Dimension minimumsize()
 703   {
 704     return prefsize;
 705   }
 706
 707   public Dimension preferredsize()
 708   {
 709     return prefsize;
 710   }
 711
 712   public void doKeyPressed(KeyEvent evt)
 713   {
 714     if (evt.getKeyCode() == KeyEvent.VK_UP)
 715     {
 716       scale = (float) (scale * 1.1);
 717       redrawneeded = true;
 718       repaint();
 719     }
 720     else if (evt.getKeyCode() == KeyEvent.VK_DOWN)
 721     {
 722       scale = (float) (scale * 0.9);
 723       redrawneeded = true;
 724       repaint();
 725     }
 726   }
 727
 728   public void mousePressed(MouseEvent e)
 729   {
 730     pdbAction = true;
 731     Atom fatom = findAtom(e.getX(), e.getY());
 732     if (fatom != null)
 733     {
 734       fatom.isSelected = !fatom.isSelected;
 735
 736       redrawneeded = true;
 737       repaint();
 738       if (foundchain != -1)
 739       {
 740         PDBChain chain = (PDBChain) pdb.chains.elementAt(foundchain);
 741         if (chain == mainchain)
 742         {
 743           if (fatom.alignmentMapping != -1)
 744           {
 745             if (highlightRes == null)
 746             {
 747               highlightRes = new Vector();
 748             }
 749
 750             if (highlightRes.contains(fatom.alignmentMapping + "" + ""))
 751             {
 752               highlightRes.removeElement(fatom.alignmentMapping + "");
 753             }
 754             else
 755             {
 756               highlightRes.addElement(fatom.alignmentMapping + "");
 757             }
 758           }
 759         }
 760       }
 761
 762     }
 763     mx = e.getX();
 764     my = e.getY();
 765     omx = mx;
 766     omy = my;
 767     dragging = false;
 768   }
 769
 770   public void mouseMoved(MouseEvent e)
 771   {
 772     pdbAction = true;
 773     if (highlightBond1 != null)
 774     {
 775       highlightBond1.at2.isSelected = false;
 776       highlightBond2.at1.isSelected = false;
 777       highlightBond1 = null;
 778       highlightBond2 = null;
 779     }
 780
 781     Atom fatom = findAtom(e.getX(), e.getY());
 782
 783     PDBChain chain = null;
 784     if (foundchain != -1)
 785     {
 786       chain = (PDBChain) pdb.chains.elementAt(foundchain);
 787       if (chain == mainchain)
 788       {
 789         mouseOverStructure(fatom.resNumber, chain.id);
 790       }
 791     }
 792
 793     if (fatom != null)
 794     {
 795       toolx = e.getX();
 796       tooly = e.getY();
 797
 798       appletToolTip = chain.id + ":" + fatom.resNumber + " " + fatom.resName;
 799       redrawneeded = true;
 800       repaint();
 801     }
 802     else
 803     {
 804       mouseOverStructure(-1, chain!=null?chain.id:null);
 805       appletToolTip = null;
 806       redrawneeded = true;
 807       repaint();
 808     }
 809   }
 810
 811   public void mouseClicked(MouseEvent e)
 812   {
 813   }
 814
 815   public void mouseEntered(MouseEvent e)
 816   {
 817   }
 818
 819   public void mouseExited(MouseEvent e)
 820   {
 821   }
 822
 823   public void mouseDragged(MouseEvent evt)
 824   {
 825     int x = evt.getX();
 826     int y = evt.getY();
 827     mx = x;
 828     my = y;
 829
 830     MCMatrix objmat = new MCMatrix(3, 3);
 831     objmat.setIdentity();
 832
 833     if ( (evt.getModifiers() & Event.META_MASK) != 0)
 834     {
 835       objmat.rotatez( (float) ( (mx - omx)));
 836     }
 837     else
 838     {
 839       objmat.rotatex( (float) ( (my - omy)));
 840       objmat.rotatey( (float) ( (omx - mx)));
 841     }
 842
 843     //Alter the bonds
 844     for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++)
 845     {
 846       Vector bonds = ( (PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).bonds;
 847
 848       for (int i = 0; i < bonds.size(); i++)
 849       {
 850         Bond tmpBond = (Bond) bonds.elementAt(i);
 851
 852         //Translate the bond so the centre is 0,0,0
 853         tmpBond.translate( -centre[0], -centre[1], -centre[2]);
 854
 855         //Now apply the rotation matrix
 856         tmpBond.start = objmat.vectorMultiply(tmpBond.start);
 857         tmpBond.end = objmat.vectorMultiply(tmpBond.end);
 858
 859         //Now translate back again
 860         tmpBond.translate(centre[0], centre[1], centre[2]);
 861       }
 862     }
 863
 864     objmat = null;
 865
 866     omx = mx;
 867     omy = my;
 868
 869     dragging = true;
 870
 871     redrawneeded = true;
 872
 873     repaint();
 874   }
 875
 876   public void mouseReleased(MouseEvent evt)
 877   {
 878     dragging = false;
 879     return;
 880   }
 881
 882   void drawLabels(Graphics g)
 883   {
 884
 885     for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++)
 886     {
 887       PDBChain chain = (PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii);
 888
 889       if (chain.isVisible)
 890       {
 891         Vector bonds = ( (PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).bonds;
 892
 893         for (int i = 0; i < bonds.size(); i++)
 894         {
 895           Bond tmpBond = (Bond) bonds.elementAt(i);
 896
 897           if (tmpBond.at1.isSelected)
 898           {
 899             labelAtom(g, tmpBond, 1);
 900           }
 901
 902           if (tmpBond.at2.isSelected)
 903           {
 904
 905             labelAtom(g, tmpBond, 2);
 906           }
 907         }
 908       }
 909     }
 910   }
 911
 912   public void labelAtom(Graphics g, Bond b, int n)
 913   {
 914     g.setFont(font);
 915
 916     if (n == 1)
 917     {
 918       int xstart = (int) ( ( (b.start[0] - centre[0]) * scale) +
 919                           (getSize().width / 2));
 920       int ystart = (int) ( ( (b.start[1] - centre[1]) * scale) +
 921                           (getSize().height / 2));
 922
 923       g.setColor(Color.red);
 924       g.drawString(b.at1.resName + "-" + b.at1.resNumber, xstart, ystart);
 925     }
 926
 927     if (n == 2)
 928     {
 929       int xstart = (int) ( ( (b.end[0] - centre[0]) * scale) +
 930                           (getSize().width / 2));
 931       int ystart = (int) ( ( (b.end[1] - centre[1]) * scale) +
 932                           (getSize().height / 2));
 933
 934       g.setColor(Color.red);
 935       g.drawString(b.at2.resName + "-" + b.at2.resNumber, xstart, ystart);
 936     }
 937   }
 938
 939   int foundchain = -1;
 940   public Atom findAtom(int x, int y)
 941   {
 942     Atom fatom = null;
 943
 944     foundchain = -1;
 945
 946     for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++)
 947     {
 948       PDBChain chain = (PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii);
 949       int truex;
 950       Bond tmpBond = null;
 951
 952       if (chain.isVisible)
 953       {
 954         Vector bonds = ( (PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).bonds;
 955
 956         for (int i = 0; i < bonds.size(); i++)
 957         {
 958           tmpBond = (Bond) bonds.elementAt(i);
 959
 960           truex = (int) ( ( (tmpBond.start[0] - centre[0]) * scale) +
 961                          (getSize().width / 2));
 962
 963           if (Math.abs(truex - x) <= 2)
 964           {
 965             int truey = (int) ( ( (tmpBond.start[1] - centre[1]) * scale) +
 966                                (getSize().height / 2));
 967
 968             if (Math.abs(truey - y) <= 2)
 969             {
 970               fatom = tmpBond.at1;
 971               foundchain = ii;
 972               break;
 973             }
 974           }
 975         }
 976
 977         // Still here? Maybe its the last bond
 978
 979         truex = (int) ( ( (tmpBond.end[0] - centre[0]) * scale) +
 980                        (getSize().width / 2));
 981
 982         if (Math.abs(truex - x) <= 2)
 983         {
 984           int truey = (int) ( ( (tmpBond.end[1] - centre[1]) * scale) +
 985                              (getSize().height / 2));
 986
 987           if (Math.abs(truey - y) <= 2)
 988           {
 989             fatom = tmpBond.at2;
 990             foundchain = ii;
 991             break;
 992           }
 993         }
 994
 995       }
 996
 997       if (fatom != null) //)&& chain.ds != null)
 998       {
 999         chain = (PDBChain) pdb.chains.elementAt(foundchain);
1000       }
1001     }
1002
1003     return fatom;
1004   }
1005
1006   public void update(Graphics g)
1007   {
1008     paint(g);
1009   }
1010
1011   public void highlightRes(int ii)
1012   {
1013     if (!seqColoursReady)
1014     {
1015       return;
1016     }
1017
1018     if (highlightRes != null
1019         && highlightRes.contains( (ii - 1) + ""))
1020     {
1021       return;
1022     }
1023
1024     int index = -1;
1025     Bond tmpBond;
1026     for (index = 0; index < mainchain.bonds.size(); index++)
1027     {
1028       tmpBond = (Bond) mainchain.bonds.elementAt(index);
1029       if (tmpBond.at1.alignmentMapping == ii - 1)
1030       {
1031         if (highlightBond1 != null)
1032         {
1033           highlightBond1.at2.isSelected = false;
1034         }
1035
1036         if (highlightBond2 != null)
1037         {
1038           highlightBond2.at1.isSelected = false;
1039         }
1040
1041         highlightBond1 = null;
1042         highlightBond2 = null;
1043
1044         if (index > 0)
1045         {
1046           highlightBond1 = (Bond) mainchain.bonds.elementAt(index - 1);
1047           highlightBond1.at2.isSelected = true;
1048         }
1049
1050         if (index != mainchain.bonds.size())
1051         {
1052           highlightBond2 = (Bond) mainchain.bonds.elementAt(index);
1053           highlightBond2.at1.isSelected = true;
1054         }
1055
1056         break;
1057       }
1058     }
1059
1060     redrawneeded = true;
1061     repaint();
1062   }
1063
1064   public void setAllchainsVisible(boolean b)
1065   {
1066     for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++)
1067     {
1068       PDBChain chain = (PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii);
1069       chain.isVisible = b;
1070     }
1071     mainchain.isVisible = true;
1072     findCentre();
1073     setupBonds();
1074   }
1075
1076
1077   //////////////////////////////////
1078   ///StructureListener
1079   public String getPdbFile()
1080   {
1081     return "???";
1082   }
1083
1084
1085   String lastMessage;
1086   public void mouseOverStructure(int pdbResNum, String chain)
1087   {
1088       if (lastMessage == null || !lastMessage.equals(pdbResNum+chain))
1089         ssm.mouseOverStructure(pdbResNum, chain, pdbentry.getFile());
1090
1091       lastMessage = pdbResNum+chain;
1092   }
1093
1094   StringBuffer resetLastRes = new StringBuffer();
1095   StringBuffer eval = new StringBuffer();
1096
1097   public void highlightAtom(int atomIndex, int pdbResNum, String chain, String pdbfile)
1098   {
1099     if (!seqColoursReady)
1100     {
1101       return;
1102     }
1103
1104     if (highlightRes != null
1105         && highlightRes.contains( (atomIndex - 1) + ""))
1106     {
1107       return;
1108     }
1109
1110     int index = -1;
1111     Bond tmpBond;
1112     for (index = 0; index < mainchain.bonds.size(); index++)
1113     {
1114       tmpBond = (Bond) mainchain.bonds.elementAt(index);
1115       if (tmpBond.at1.atomIndex == atomIndex)
1116       {
1117         if (highlightBond1 != null)
1118         {
1119           highlightBond1.at2.isSelected = false;
1120         }
1121
1122         if (highlightBond2 != null)
1123         {
1124           highlightBond2.at1.isSelected = false;
1125         }
1126
1127         highlightBond1 = null;
1128         highlightBond2 = null;
1129
1130         if (index > 0)
1131         {
1132           highlightBond1 = (Bond) mainchain.bonds.elementAt(index - 1);
1133           highlightBond1.at2.isSelected = true;
1134         }
1135
1136         if (index != mainchain.bonds.size())
1137         {
1138           highlightBond2 = (Bond) mainchain.bonds.elementAt(index);
1139           highlightBond2.at1.isSelected = true;
1140         }
1141
1142         break;
1143       }
1144     }
1145
1146     redrawneeded = true;
1147     repaint();
1148   }
1149
1150
1151   public Color getColour(int atomIndex, int pdbResNum, String chain, String pdbfile)
1152   {
1153     return Color.white;
1154    // if (!pdbfile.equals(pdbentry.getFile()))
1155    //   return null;
1156
1157     //return new Color(viewer.getAtomArgb(atomIndex));
1158   }
1159
1160   public void updateColours(Object source)
1161   {
1162     AlignmentPanel ap = (AlignmentPanel) source;
1163     colourBySequence();
1164     redrawneeded = true;
1165     repaint();
1166   }
1167
1168
1169 }