src/MCview/AppletPDBCanvas.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package MCview;
  22
  23 import jalview.analysis.AlignSeq;
  24 import jalview.appletgui.AlignmentPanel;
  25 import jalview.appletgui.FeatureRenderer;
  26 import jalview.appletgui.SequenceRenderer;
  27 import jalview.datamodel.PDBEntry;
  28 import jalview.datamodel.SequenceI;
  29 import jalview.io.DataSourceType;
  30 import jalview.io.StructureFile;
  31 import jalview.renderer.seqfeatures.FeatureColourFinder;
  32 import jalview.structure.AtomSpec;
  33 import jalview.structure.StructureListener;
  34 import jalview.structure.StructureMapping;
  35 import jalview.structure.StructureSelectionManager;
  36 import jalview.util.MessageManager;
  37
  38 import java.awt.Color;
  39 import java.awt.Dimension;
  40 import java.awt.event.InputEvent;import java.awt.Font;
  41 import java.awt.Graphics;
  42 import java.awt.Image;
  43 // JBPNote TODO: This class is quite noisy - needs proper log.info/log.debug
  44 import java.awt.Panel;
  45 import java.awt.event.KeyAdapter;
  46 import java.awt.event.KeyEvent;
  47 import java.awt.event.MouseEvent;
  48 import java.awt.event.MouseListener;
  49 import java.awt.event.MouseMotionListener;
  50 import java.io.PrintStream;
  51 import java.util.List;
  52 import java.util.Vector;
  53
  54 public class AppletPDBCanvas extends Panel
  55         implements MouseListener, MouseMotionListener, StructureListener
  56 {
  57
  58   MCMatrix idmat = new MCMatrix(3, 3);
  59
  60   MCMatrix objmat = new MCMatrix(3, 3);
  61
  62   boolean redrawneeded = true;
  63
  64   int omx = 0;
  65
  66   int mx = 0;
  67
  68   int omy = 0;
  69
  70   int my = 0;
  71
  72   public StructureFile pdb;
  73
  74   PDBEntry pdbentry;
  75
  76   int bsize;
  77
  78   Image img;
  79
  80   Graphics ig;
  81
  82   Dimension prefsize;
  83
  84   float[] centre = new float[3];
  85
  86   float[] width = new float[3];
  87
  88   float maxwidth;
  89
  90   float scale;
  91
  92   String inStr;
  93
  94   String inType;
  95
  96   boolean bysequence = true;
  97
  98   boolean depthcue = true;
  99
 100   boolean wire = false;
 101
 102   boolean bymolecule = false;
 103
 104   boolean zbuffer = true;
 105
 106   boolean dragging;
 107
 108   int xstart;
 109
 110   int xend;
 111
 112   int ystart;
 113
 114   int yend;
 115
 116   int xmid;
 117
 118   int ymid;
 119
 120   Font font = new Font("Helvetica", Font.PLAIN, 10);
 121
 122   public SequenceI[] sequence;
 123
 124   final StringBuffer mappingDetails = new StringBuffer();
 125
 126   String appletToolTip = null;
 127
 128   int toolx, tooly;
 129
 130   PDBChain mainchain;
 131
 132   Vector<String> highlightRes;
 133
 134   boolean pdbAction = false;
 135
 136   Bond highlightBond1, highlightBond2;
 137
 138   boolean errorLoading = false;
 139
 140   boolean seqColoursReady = false;
 141
 142   FeatureRenderer fr;
 143
 144   AlignmentPanel ap;
 145
 146   StructureSelectionManager ssm;
 147
 148   public AppletPDBCanvas(PDBEntry pdbentry, SequenceI[] seq,
 149           String[] chains, AlignmentPanel ap, DataSourceType protocol)
 150
 151   {
 152     this.ap = ap;
 153     this.pdbentry = pdbentry;
 154     this.sequence = seq;
 155
 156     ssm = StructureSelectionManager
 157             .getStructureSelectionManager(ap.av.applet);
 158
 159     try
 160     {
 161       pdb = ssm.setMapping(seq, chains, pdbentry.getFile(), protocol, null);
 162
 163       if (protocol == DataSourceType.PASTE)
 164       {
 165         pdbentry.setFile("INLINE" + pdb.getId());
 166       }
 167
 168     } catch (Exception ex)
 169     {
 170       ex.printStackTrace();
 171       return;
 172     }
 173
 174     pdbentry.setId(pdb.getId());
 175
 176     ssm.addStructureViewerListener(this);
 177
 178     colourBySequence();
 179
 180     float max = -10;
 181     int maxchain = -1;
 182     int pdbstart = 0;
 183     int pdbend = 0;
 184     int seqstart = 0;
 185     int seqend = 0;
 186
 187     // JUST DEAL WITH ONE SEQUENCE FOR NOW
 188     SequenceI sequence = seq[0];
 189
 190     for (int i = 0; i < pdb.getChains().size(); i++)
 191     {
 192
 193       mappingDetails.append("\n\nPDB Sequence is :\nSequence = "
 194               + pdb.getChains().elementAt(i).sequence
 195                       .getSequenceAsString());
 196       mappingDetails.append("\nNo of residues = "
 197               + pdb.getChains().elementAt(i).residues.size() + "\n\n");
 198
 199       // Now lets compare the sequences to get
 200       // the start and end points.
 201       // Align the sequence to the pdb
 202       // TODO: DNa/Pep switch
 203       AlignSeq as = new AlignSeq(sequence,
 204               pdb.getChains().elementAt(i).sequence,
 205               pdb.getChains().elementAt(i).isNa ? AlignSeq.DNA
 206                       : AlignSeq.PEP);
 207       as.calcScoreMatrix();
 208       as.traceAlignment();
 209       PrintStream ps = new PrintStream(System.out)
 210       {
 211         @Override
 212         public void print(String x)
 213         {
 214           mappingDetails.append(x);
 215         }
 216
 217         @Override
 218         public void println()
 219         {
 220           mappingDetails.append("\n");
 221         }
 222       };
 223
 224       as.printAlignment(ps);
 225
 226       if (as.maxscore > max)
 227       {
 228         max = as.maxscore;
 229         maxchain = i;
 230
 231         pdbstart = as.seq2start;
 232         pdbend = as.seq2end;
 233         seqstart = as.seq1start + sequence.getStart() - 1;
 234         seqend = as.seq1end + sequence.getEnd() - 1;
 235       }
 236
 237       mappingDetails.append("\nPDB start/end " + pdbstart + " " + pdbend);
 238       mappingDetails.append("\nSEQ start/end " + seqstart + " " + seqend);
 239     }
 240
 241     mainchain = pdb.getChains().elementAt(maxchain);
 242
 243     mainchain.pdbstart = pdbstart;
 244     mainchain.pdbend = pdbend;
 245     mainchain.seqstart = seqstart;
 246     mainchain.seqend = seqend;
 247     mainchain.isVisible = true;
 248     // mainchain.makeExactMapping(maxAlignseq, sequence);
 249     // mainchain.transferRESNUMFeatures(sequence, null);
 250     this.pdb = pdb;
 251     this.prefsize = new Dimension(getSize().width, getSize().height);
 252
 253     // Initialize the matrices to identity
 254     for (int i = 0; i < 3; i++)
 255     {
 256       for (int j = 0; j < 3; j++)
 257       {
 258         if (i != j)
 259         {
 260           idmat.addElement(i, j, 0);
 261           objmat.addElement(i, j, 0);
 262         }
 263         else
 264         {
 265           idmat.addElement(i, j, 1);
 266           objmat.addElement(i, j, 1);
 267         }
 268       }
 269     }
 270
 271     addMouseMotionListener(this);
 272     addMouseListener(this);
 273
 274     addKeyListener(new KeyAdapter()
 275     {
 276       @Override
 277       public void keyPressed(KeyEvent evt)
 278       {
 279         doKeyPressed(evt);
 280       }
 281     });
 282
 283     findCentre();
 284     findWidth();
 285
 286     setupBonds();
 287
 288     scale = findScale();
 289   }
 290
 291   Vector<Bond> visiblebonds;
 292
 293   void setupBonds()
 294   {
 295     seqColoursReady = false;
 296     // Sort the bonds by z coord
 297     visiblebonds = new Vector<Bond>();
 298
 299     for (int ii = 0; ii < pdb.getChains().size(); ii++)
 300     {
 301       if (pdb.getChains().elementAt(ii).isVisible)
 302       {
 303         Vector<Bond> tmp = pdb.getChains().elementAt(ii).bonds;
 304
 305         for (int i = 0; i < tmp.size(); i++)
 306         {
 307           visiblebonds.addElement(tmp.elementAt(i));
 308         }
 309       }
 310     }
 311     seqColoursReady = true;
 312     colourBySequence();
 313     redrawneeded = true;
 314     repaint();
 315   }
 316
 317   public void findWidth()
 318   {
 319     float[] max = new float[3];
 320     float[] min = new float[3];
 321
 322     max[0] = (float) -1e30;
 323     max[1] = (float) -1e30;
 324     max[2] = (float) -1e30;
 325
 326     min[0] = (float) 1e30;
 327     min[1] = (float) 1e30;
 328     min[2] = (float) 1e30;
 329
 330     for (int ii = 0; ii < pdb.getChains().size(); ii++)
 331     {
 332       if (pdb.getChains().elementAt(ii).isVisible)
 333       {
 334         Vector<Bond> bonds = pdb.getChains().elementAt(ii).bonds;
 335
 336         for (Bond tmp : bonds)
 337         {
 338           if (tmp.start[0] >= max[0])
 339           {
 340             max[0] = tmp.start[0];
 341           }
 342
 343           if (tmp.start[1] >= max[1])
 344           {
 345             max[1] = tmp.start[1];
 346           }
 347
 348           if (tmp.start[2] >= max[2])
 349           {
 350             max[2] = tmp.start[2];
 351           }
 352
 353           if (tmp.start[0] <= min[0])
 354           {
 355             min[0] = tmp.start[0];
 356           }
 357
 358           if (tmp.start[1] <= min[1])
 359           {
 360             min[1] = tmp.start[1];
 361           }
 362
 363           if (tmp.start[2] <= min[2])
 364           {
 365             min[2] = tmp.start[2];
 366           }
 367
 368           if (tmp.end[0] >= max[0])
 369           {
 370             max[0] = tmp.end[0];
 371           }
 372
 373           if (tmp.end[1] >= max[1])
 374           {
 375             max[1] = tmp.end[1];
 376           }
 377
 378           if (tmp.end[2] >= max[2])
 379           {
 380             max[2] = tmp.end[2];
 381           }
 382
 383           if (tmp.end[0] <= min[0])
 384           {
 385             min[0] = tmp.end[0];
 386           }
 387
 388           if (tmp.end[1] <= min[1])
 389           {
 390             min[1] = tmp.end[1];
 391           }
 392
 393           if (tmp.end[2] <= min[2])
 394           {
 395             min[2] = tmp.end[2];
 396           }
 397         }
 398       }
 399     }
 400
 401     width[0] = Math.abs(max[0] - min[0]);
 402     width[1] = Math.abs(max[1] - min[1]);
 403     width[2] = Math.abs(max[2] - min[2]);
 404
 405     maxwidth = width[0];
 406
 407     if (width[1] > width[0])
 408     {
 409       maxwidth = width[1];
 410     }
 411
 412     if (width[2] > width[1])
 413     {
 414       maxwidth = width[2];
 415     }
 416
 417     // System.out.println("Maxwidth = " + maxwidth);
 418   }
 419
 420   public float findScale()
 421   {
 422     int dim;
 423     int width;
 424     int height;
 425
 426     if (getSize().width != 0)
 427     {
 428       width = getSize().width;
 429       height = getSize().height;
 430     }
 431     else
 432     {
 433       width = prefsize.width;
 434       height = prefsize.height;
 435     }
 436
 437     if (width < height)
 438     {
 439       dim = width;
 440     }
 441     else
 442     {
 443       dim = height;
 444     }
 445
 446     return (float) (dim / (1.5d * maxwidth));
 447   }
 448
 449   public void findCentre()
 450   {
 451     float xtot = 0;
 452     float ytot = 0;
 453     float ztot = 0;
 454
 455     int bsize = 0;
 456
 457     // Find centre coordinate
 458     for (int ii = 0; ii < pdb.getChains().size(); ii++)
 459     {
 460       if (pdb.getChains().elementAt(ii).isVisible)
 461       {
 462         Vector<Bond> bonds = pdb.getChains().elementAt(ii).bonds;
 463
 464         bsize += bonds.size();
 465
 466         for (Bond b : bonds)
 467         {
 468           xtot = xtot + b.start[0] + b.end[0];
 469           ytot = ytot + b.start[1] + b.end[1];
 470           ztot = ztot + b.start[2] + b.end[2];
 471         }
 472       }
 473     }
 474
 475     centre[0] = xtot / (2 * (float) bsize);
 476     centre[1] = ytot / (2 * (float) bsize);
 477     centre[2] = ztot / (2 * (float) bsize);
 478   }
 479
 480   @Override
 481   public void paint(Graphics g)
 482   {
 483
 484     if (errorLoading)
 485     {
 486       g.setColor(Color.white);
 487       g.fillRect(0, 0, getSize().width, getSize().height);
 488       g.setColor(Color.black);
 489       g.setFont(new Font("Verdana", Font.BOLD, 14));
 490       g.drawString(MessageManager.getString("label.error_loading_pdb_data"),
 491               50, getSize().height / 2);
 492       return;
 493     }
 494
 495     if (!seqColoursReady)
 496     {
 497       g.setColor(Color.black);
 498       g.setFont(new Font("Verdana", Font.BOLD, 14));
 499       g.drawString(MessageManager.getString("label.fetching_pdb_data"), 50,
 500               getSize().height / 2);
 501       return;
 502     }
 503
 504     // Only create the image at the beginning -
 505     // this saves much memory usage
 506     if ((img == null) || (prefsize.width != getSize().width)
 507             || (prefsize.height != getSize().height))
 508     {
 509
 510       try
 511       {
 512         prefsize.width = getSize().width;
 513         prefsize.height = getSize().height;
 514
 515         scale = findScale();
 516         img = createImage(prefsize.width, prefsize.height);
 517         ig = img.getGraphics();
 518
 519         redrawneeded = true;
 520       } catch (Exception ex)
 521       {
 522         ex.printStackTrace();
 523       }
 524     }
 525
 526     if (redrawneeded)
 527     {
 528       drawAll(ig, prefsize.width, prefsize.height);
 529       redrawneeded = false;
 530     }
 531     if (appletToolTip != null)
 532     {
 533       ig.setColor(Color.red);
 534       ig.drawString(appletToolTip, toolx, tooly);
 535     }
 536
 537     g.drawImage(img, 0, 0, this);
 538
 539     pdbAction = false;
 540   }
 541
 542   public void drawAll(Graphics g, int width, int height)
 543   {
 544     ig.setColor(Color.black);
 545     ig.fillRect(0, 0, width, height);
 546     drawScene(ig);
 547     drawLabels(ig);
 548   }
 549
 550   public void setColours(jalview.schemes.ColourSchemeI cs)
 551   {
 552     bysequence = false;
 553     pdb.setColours(cs);
 554     redrawneeded = true;
 555     repaint();
 556   }
 557
 558   // This method has been taken out of PDBChain to allow
 559   // Applet and Application specific sequence renderers to be used
 560   void colourBySequence()
 561   {
 562     SequenceRenderer sr = new SequenceRenderer(ap.av);
 563
 564     StructureMapping[] mapping = ssm.getMapping(pdbentry.getFile());
 565
 566     boolean showFeatures = false;
 567     if (ap.av.isShowSequenceFeatures())
 568     {
 569       if (fr == null)
 570       {
 571         fr = new jalview.appletgui.FeatureRenderer(ap.av);
 572       }
 573
 574       fr.transferSettings(ap.getFeatureRenderer());
 575
 576       showFeatures = true;
 577     }
 578
 579     FeatureColourFinder finder = new FeatureColourFinder(fr);
 580
 581     PDBChain chain;
 582     if (bysequence && pdb != null)
 583     {
 584       for (int ii = 0; ii < pdb.getChains().size(); ii++)
 585       {
 586         chain = pdb.getChains().elementAt(ii);
 587
 588         for (int i = 0; i < chain.bonds.size(); i++)
 589         {
 590           Bond tmp = chain.bonds.elementAt(i);
 591           tmp.startCol = Color.lightGray;
 592           tmp.endCol = Color.lightGray;
 593           if (chain != mainchain)
 594           {
 595             continue;
 596           }
 597
 598           for (int s = 0; s < sequence.length; s++)
 599           {
 600             for (int m = 0; m < mapping.length; m++)
 601             {
 602               if (mapping[m].getSequence() == sequence[s])
 603               {
 604                 int pos = mapping[m].getSeqPos(tmp.at1.resNumber) - 1;
 605                 if (pos > 0)
 606                 {
 607                   pos = sequence[s].findIndex(pos);
 608                   tmp.startCol = sr.getResidueColour(sequence[s], pos,
 609                           finder);
 610                 }
 611                 pos = mapping[m].getSeqPos(tmp.at2.resNumber) - 1;
 612                 if (pos > 0)
 613                 {
 614                   pos = sequence[s].findIndex(pos);
 615                   tmp.endCol = sr.getResidueColour(sequence[s], pos,
 616                           finder);
 617                 }
 618               }
 619             }
 620           }
 621         }
 622       }
 623     }
 624   }
 625
 626   Zsort zsort;
 627
 628   public void drawScene(Graphics g)
 629   {
 630     if (zbuffer)
 631     {
 632       if (zsort == null)
 633       {
 634         zsort = new Zsort();
 635       }
 636
 637       zsort.sort(visiblebonds);
 638     }
 639
 640     Bond tmpBond = null;
 641     for (int i = 0; i < visiblebonds.size(); i++)
 642     {
 643       tmpBond = visiblebonds.elementAt(i);
 644
 645       xstart = (int) (((tmpBond.start[0] - centre[0]) * scale)
 646               + (getSize().width / 2));
 647       ystart = (int) (((centre[1] - tmpBond.start[1]) * scale)
 648               + (getSize().height / 2));
 649
 650       xend = (int) (((tmpBond.end[0] - centre[0]) * scale)
 651               + (getSize().width / 2));
 652       yend = (int) (((centre[1] - tmpBond.end[1]) * scale)
 653               + (getSize().height / 2));
 654
 655       xmid = (xend + xstart) / 2;
 656       ymid = (yend + ystart) / 2;
 657
 658       if (depthcue && !bymolecule)
 659       {
 660         if (tmpBond.start[2] < (centre[2] - (maxwidth / 6)))
 661         {
 662           g.setColor(tmpBond.startCol.darker().darker());
 663           drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);
 664
 665           g.setColor(tmpBond.endCol.darker().darker());
 666           drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);
 667         }
 668         else if (tmpBond.start[2] < (centre[2] + (maxwidth / 6)))
 669         {
 670           g.setColor(tmpBond.startCol.darker());
 671           drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);
 672
 673           g.setColor(tmpBond.endCol.darker());
 674           drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);
 675         }
 676         else
 677         {
 678           g.setColor(tmpBond.startCol);
 679           drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);
 680
 681           g.setColor(tmpBond.endCol);
 682           drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);
 683         }
 684
 685       }
 686       else if (depthcue && bymolecule)
 687       {
 688         if (tmpBond.start[2] < (centre[2] - (maxwidth / 6)))
 689         {
 690           g.setColor(Color.green.darker().darker());
 691           drawLine(g, xstart, ystart, xend, yend);
 692         }
 693         else if (tmpBond.start[2] < (centre[2] + (maxwidth / 6)))
 694         {
 695           g.setColor(Color.green.darker());
 696           drawLine(g, xstart, ystart, xend, yend);
 697         }
 698         else
 699         {
 700           g.setColor(Color.green);
 701           drawLine(g, xstart, ystart, xend, yend);
 702         }
 703       }
 704       else if (!depthcue && !bymolecule)
 705       {
 706         g.setColor(tmpBond.startCol);
 707         drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);
 708         g.setColor(tmpBond.endCol);
 709         drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);
 710       }
 711       else
 712       {
 713         drawLine(g, xstart, ystart, xend, yend);
 714       }
 715
 716       if (highlightBond1 != null && highlightBond1 == tmpBond)
 717       {
 718         g.setColor(Color.white);
 719         drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);
 720       }
 721
 722       if (highlightBond2 != null && highlightBond2 == tmpBond)
 723       {
 724         g.setColor(Color.white);
 725         drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);
 726       }
 727
 728     }
 729   }
 730
 731   public void drawLine(Graphics g, int x1, int y1, int x2, int y2)
 732   {
 733     if (!wire)
 734     {
 735       if (((float) Math.abs(y2 - y1) / (float) Math.abs(x2 - x1)) < 0.5)
 736       {
 737         g.drawLine(x1, y1, x2, y2);
 738         g.drawLine(x1 + 1, y1 + 1, x2 + 1, y2 + 1);
 739         g.drawLine(x1, y1 - 1, x2, y2 - 1);
 740       }
 741       else
 742       {
 743         g.setColor(g.getColor().brighter());
 744         g.drawLine(x1, y1, x2, y2);
 745         g.drawLine(x1 + 1, y1, x2 + 1, y2);
 746         g.drawLine(x1 - 1, y1, x2 - 1, y2);
 747       }
 748     }
 749     else
 750     {
 751       g.drawLine(x1, y1, x2, y2);
 752     }
 753   }
 754
 755   public Dimension minimumsize()
 756   {
 757     return prefsize;
 758   }
 759
 760   public Dimension preferredsize()
 761   {
 762     return prefsize;
 763   }
 764
 765   public void doKeyPressed(KeyEvent evt)
 766   {
 767     if (evt.getKeyCode() == KeyEvent.VK_UP)
 768     {
 769       scale = (float) (scale * 1.1);
 770       redrawneeded = true;
 771       repaint();
 772     }
 773     else if (evt.getKeyCode() == KeyEvent.VK_DOWN)
 774     {
 775       scale = (float) (scale * 0.9);
 776       redrawneeded = true;
 777       repaint();
 778     }
 779   }
 780
 781   @Override
 782   public void mousePressed(MouseEvent e)
 783   {
 784     pdbAction = true;
 785     Atom fatom = findAtom(e.getX(), e.getY());
 786     if (fatom != null)
 787     {
 788       fatom.isSelected = !fatom.isSelected;
 789
 790       redrawneeded = true;
 791       repaint();
 792       if (foundchain != -1)
 793       {
 794         PDBChain chain = pdb.getChains().elementAt(foundchain);
 795         if (chain == mainchain)
 796         {
 797           if (fatom.alignmentMapping != -1)
 798           {
 799             if (highlightRes == null)
 800             {
 801               highlightRes = new Vector<String>();
 802             }
 803
 804             final String atomString = Integer
 805                     .toString(fatom.alignmentMapping);
 806             if (highlightRes.contains(atomString))
 807             {
 808               highlightRes.removeElement(atomString);
 809             }
 810             else
 811             {
 812               highlightRes.addElement(atomString);
 813             }
 814           }
 815         }
 816       }
 817
 818     }
 819     mx = e.getX();
 820     my = e.getY();
 821     omx = mx;
 822     omy = my;
 823     dragging = false;
 824   }
 825
 826   @Override
 827   public void mouseMoved(MouseEvent e)
 828   {
 829     pdbAction = true;
 830     if (highlightBond1 != null)
 831     {
 832       highlightBond1.at2.isSelected = false;
 833       highlightBond2.at1.isSelected = false;
 834       highlightBond1 = null;
 835       highlightBond2 = null;
 836     }
 837
 838     Atom fatom = findAtom(e.getX(), e.getY());
 839
 840     PDBChain chain = null;
 841     if (foundchain != -1)
 842     {
 843       chain = pdb.getChains().elementAt(foundchain);
 844       if (chain == mainchain)
 845       {
 846         mouseOverStructure(fatom.resNumber, chain.id);
 847       }
 848     }
 849
 850     if (fatom != null)
 851     {
 852       toolx = e.getX();
 853       tooly = e.getY();
 854
 855       appletToolTip = chain.id + ":" + fatom.resNumber + " "
 856               + fatom.resName;
 857       redrawneeded = true;
 858       repaint();
 859     }
 860     else
 861     {
 862       mouseOverStructure(-1, chain != null ? chain.id : null);
 863       appletToolTip = null;
 864       redrawneeded = true;
 865       repaint();
 866     }
 867   }
 868
 869   @Override
 870   public void mouseClicked(MouseEvent e)
 871   {
 872   }
 873
 874   @Override
 875   public void mouseEntered(MouseEvent e)
 876   {
 877   }
 878
 879   @Override
 880   public void mouseExited(MouseEvent e)
 881   {
 882   }
 883
 884   @Override
 885   public void mouseDragged(MouseEvent evt)
 886   {
 887     int x = evt.getX();
 888     int y = evt.getY();
 889     mx = x;
 890     my = y;
 891
 892     MCMatrix objmat = new MCMatrix(3, 3);
 893     objmat.setIdentity();
 894
 895     if ((evt.getModifiersEx() & InputEvent.META_DOWN_MASK) != 0)
 896     {
 897       objmat.rotatez(((mx - omx)));
 898     }
 899     else
 900     {
 901       objmat.rotatex(((omy - my)));
 902       objmat.rotatey(((omx - mx)));
 903     }
 904
 905     // Alter the bonds
 906     for (PDBChain chain : pdb.getChains())
 907     {
 908       for (Bond tmpBond : chain.bonds)
 909       {
 910         // Translate the bond so the centre is 0,0,0
 911         tmpBond.translate(-centre[0], -centre[1], -centre[2]);
 912
 913         // Now apply the rotation matrix
 914         tmpBond.start = objmat.vectorMultiply(tmpBond.start);
 915         tmpBond.end = objmat.vectorMultiply(tmpBond.end);
 916
 917         // Now translate back again
 918         tmpBond.translate(centre[0], centre[1], centre[2]);
 919       }
 920     }
 921
 922     objmat = null;
 923
 924     omx = mx;
 925     omy = my;
 926
 927     dragging = true;
 928
 929     redrawneeded = true;
 930
 931     repaint();
 932   }
 933
 934   @Override
 935   public void mouseReleased(MouseEvent evt)
 936   {
 937     dragging = false;
 938     return;
 939   }
 940
 941   void drawLabels(Graphics g)
 942   {
 943
 944     for (PDBChain chain : pdb.getChains())
 945     {
 946       if (chain.isVisible)
 947       {
 948         for (Bond tmpBond : chain.bonds)
 949         {
 950           if (tmpBond.at1.isSelected)
 951           {
 952             labelAtom(g, tmpBond, 1);
 953           }
 954
 955           if (tmpBond.at2.isSelected)
 956           {
 957             labelAtom(g, tmpBond, 2);
 958           }
 959         }
 960       }
 961     }
 962   }
 963
 964   public void labelAtom(Graphics g, Bond b, int n)
 965   {
 966     g.setFont(font);
 967
 968     if (n == 1)
 969     {
 970       int xstart = (int) (((b.start[0] - centre[0]) * scale)
 971               + (getSize().width / 2));
 972       int ystart = (int) (((centre[1] - b.start[1]) * scale)
 973               + (getSize().height / 2));
 974
 975       g.setColor(Color.red);
 976       g.drawString(b.at1.resName + "-" + b.at1.resNumber, xstart, ystart);
 977     }
 978
 979     if (n == 2)
 980     {
 981       int xstart = (int) (((b.end[0] - centre[0]) * scale)
 982               + (getSize().width / 2));
 983       int ystart = (int) (((centre[1] - b.end[1]) * scale)
 984               + (getSize().height / 2));
 985
 986       g.setColor(Color.red);
 987       g.drawString(b.at2.resName + "-" + b.at2.resNumber, xstart, ystart);
 988     }
 989   }
 990
 991   int foundchain = -1;
 992
 993   public Atom findAtom(int x, int y)
 994   {
 995     Atom fatom = null;
 996
 997     foundchain = -1;
 998
 999     for (int ii = 0; ii < pdb.getChains().size(); ii++)
1000     {
1001       PDBChain chain = pdb.getChains().elementAt(ii);
1002       int truex;
1003       Bond tmpBond = null;
1004
1005       if (chain.isVisible)
1006       {
1007         Vector<Bond> bonds = pdb.getChains().elementAt(ii).bonds;
1008
1009         for (int i = 0; i < bonds.size(); i++)
1010         {
1011           tmpBond = bonds.elementAt(i);
1012
1013           truex = (int) (((tmpBond.start[0] - centre[0]) * scale)
1014                   + (getSize().width / 2));
1015
1016           if (Math.abs(truex - x) <= 2)
1017           {
1018             int truey = (int) (((centre[1] - tmpBond.start[1]) * scale)
1019                     + (getSize().height / 2));
1020
1021             if (Math.abs(truey - y) <= 2)
1022             {
1023               fatom = tmpBond.at1;
1024               foundchain = ii;
1025               break;
1026             }
1027           }
1028         }
1029
1030         // Still here? Maybe its the last bond
1031
1032         truex = (int) (((tmpBond.end[0] - centre[0]) * scale)
1033                 + (getSize().width / 2));
1034
1035         if (Math.abs(truex - x) <= 2)
1036         {
1037           int truey = (int) (((tmpBond.end[1] - centre[1]) * scale)
1038                   + (getSize().height / 2));
1039
1040           if (Math.abs(truey - y) <= 2)
1041           {
1042             fatom = tmpBond.at2;
1043             foundchain = ii;
1044             break;
1045           }
1046         }
1047
1048       }
1049
1050       if (fatom != null) // )&& chain.ds != null)
1051       {
1052         chain = pdb.getChains().elementAt(foundchain);
1053       }
1054     }
1055
1056     return fatom;
1057   }
1058
1059   @Override
1060   public void update(Graphics g)
1061   {
1062     paint(g);
1063   }
1064
1065   public void highlightRes(int ii)
1066   {
1067     if (!seqColoursReady)
1068     {
1069       return;
1070     }
1071
1072     if (highlightRes != null && highlightRes.contains((ii - 1) + ""))
1073     {
1074       return;
1075     }
1076
1077     int index = -1;
1078     Bond tmpBond;
1079     for (index = 0; index < mainchain.bonds.size(); index++)
1080     {
1081       tmpBond = mainchain.bonds.elementAt(index);
1082       if (tmpBond.at1.alignmentMapping == ii - 1)
1083       {
1084         if (highlightBond1 != null)
1085         {
1086           highlightBond1.at2.isSelected = false;
1087         }
1088
1089         if (highlightBond2 != null)
1090         {
1091           highlightBond2.at1.isSelected = false;
1092         }
1093
1094         highlightBond1 = null;
1095         highlightBond2 = null;
1096
1097         if (index > 0)
1098         {
1099           highlightBond1 = mainchain.bonds.elementAt(index - 1);
1100           highlightBond1.at2.isSelected = true;
1101         }
1102
1103         if (index != mainchain.bonds.size())
1104         {
1105           highlightBond2 = mainchain.bonds.elementAt(index);
1106           highlightBond2.at1.isSelected = true;
1107         }
1108
1109         break;
1110       }
1111     }
1112
1113     redrawneeded = true;
1114     repaint();
1115   }
1116
1117   public void setAllchainsVisible(boolean b)
1118   {
1119     for (int ii = 0; ii < pdb.getChains().size(); ii++)
1120     {
1121       PDBChain chain = pdb.getChains().elementAt(ii);
1122       chain.isVisible = b;
1123     }
1124     mainchain.isVisible = true;
1125     findCentre();
1126     setupBonds();
1127   }
1128
1129   // ////////////////////////////////
1130   // /StructureListener
1131   @Override
1132   public String[] getStructureFiles()
1133   {
1134     return new String[] { pdbentry.getFile() };
1135   }
1136
1137   String lastMessage;
1138
1139   public void mouseOverStructure(int pdbResNum, String chain)
1140   {
1141     if (lastMessage == null || !lastMessage.equals(pdbResNum + chain))
1142     {
1143       ssm.mouseOverStructure(pdbResNum, chain, pdbentry.getFile());
1144     }
1145
1146     lastMessage = pdbResNum + chain;
1147   }
1148
1149   StringBuffer resetLastRes = new StringBuffer();
1150
1151   StringBuffer eval = new StringBuffer();
1152
1153   /**
1154    * Highlight the specified atoms in the structure.
1155    *
1156    * @param atoms
1157    */
1158   @Override
1159   public void highlightAtoms(List<AtomSpec> atoms)
1160   {
1161     if (!seqColoursReady)
1162     {
1163       return;
1164     }
1165     for (AtomSpec atom : atoms)
1166     {
1167       int atomIndex = atom.getAtomIndex();
1168
1169       if (highlightRes != null
1170               && highlightRes.contains((atomIndex - 1) + ""))
1171       {
1172         continue;
1173       }
1174
1175       highlightAtom(atomIndex);
1176     }
1177
1178     redrawneeded = true;
1179     repaint();
1180   }
1181
1182   /**
1183    * @param atomIndex
1184    */
1185   protected void highlightAtom(int atomIndex)
1186   {
1187     int index = -1;
1188     Bond tmpBond;
1189     for (index = 0; index < mainchain.bonds.size(); index++)
1190     {
1191       tmpBond = mainchain.bonds.elementAt(index);
1192       if (tmpBond.at1.atomIndex == atomIndex)
1193       {
1194         if (highlightBond1 != null)
1195         {
1196           highlightBond1.at2.isSelected = false;
1197         }
1198
1199         if (highlightBond2 != null)
1200         {
1201           highlightBond2.at1.isSelected = false;
1202         }
1203
1204         highlightBond1 = null;
1205         highlightBond2 = null;
1206
1207         if (index > 0)
1208         {
1209           highlightBond1 = mainchain.bonds.elementAt(index - 1);
1210           highlightBond1.at2.isSelected = true;
1211         }
1212
1213         if (index != mainchain.bonds.size())
1214         {
1215           highlightBond2 = mainchain.bonds.elementAt(index);
1216           highlightBond2.at1.isSelected = true;
1217         }
1218
1219         break;
1220       }
1221     }
1222   }
1223
1224   public Color getColour(int atomIndex, int pdbResNum, String chain,
1225           String pdbfile)
1226   {
1227     return Color.white;
1228     // if (!pdbfile.equals(pdbentry.getFile()))
1229     // return null;
1230
1231     // return new Color(viewer.getAtomArgb(atomIndex));
1232   }
1233
1234   @Override
1235   public void updateColours(Object source)
1236   {
1237     colourBySequence();
1238     redrawneeded = true;
1239     repaint();
1240   }
1241
1242   @Override
1243   public void releaseReferences(Object svl)
1244   {
1245     // TODO Auto-generated method stub
1246
1247   }
1248
1249   @Override
1250   public boolean isListeningFor(SequenceI seq)
1251   {
1252     if (sequence != null)
1253     {
1254       for (SequenceI s : sequence)
1255       {
1256         if (s == seq)
1257         {
1258           return true;
1259         }
1260       }
1261     }
1262     return false;
1263   }
1264 }