src/MCview/AppletPDBCanvas.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.7)
   3  * Copyright (C) 2011 J Procter, AM Waterhouse, J Engelhardt, LM Lui, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10  *
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17  */
  18 package MCview;
  19
  20 import java.io.*;
  21 import java.util.*;
  22
  23 // JBPNote TODO: This class is quite noisy - needs proper log.info/log.debug
  24 import java.awt.*;
  25 import java.awt.event.*;
  26
  27 import jalview.analysis.*;
  28 import jalview.datamodel.*;
  29
  30 import jalview.appletgui.*;
  31 import jalview.structure.*;
  32
  33 public class AppletPDBCanvas extends Panel implements MouseListener,
  34         MouseMotionListener, StructureListener
  35 {
  36
  37   MCMatrix idmat = new MCMatrix(3, 3);
  38
  39   MCMatrix objmat = new MCMatrix(3, 3);
  40
  41   boolean redrawneeded = true;
  42
  43   int omx = 0;
  44
  45   int mx = 0;
  46
  47   int omy = 0;
  48
  49   int my = 0;
  50
  51   public PDBfile pdb;
  52
  53   PDBEntry pdbentry;
  54
  55   int bsize;
  56
  57   Image img;
  58
  59   Graphics ig;
  60
  61   Dimension prefsize;
  62
  63   float[] centre = new float[3];
  64
  65   float[] width = new float[3];
  66
  67   float maxwidth;
  68
  69   float scale;
  70
  71   String inStr;
  72
  73   String inType;
  74
  75   boolean bysequence = true;
  76
  77   boolean depthcue = true;
  78
  79   boolean wire = false;
  80
  81   boolean bymolecule = false;
  82
  83   boolean zbuffer = true;
  84
  85   boolean dragging;
  86
  87   int xstart;
  88
  89   int xend;
  90
  91   int ystart;
  92
  93   int yend;
  94
  95   int xmid;
  96
  97   int ymid;
  98
  99   Font font = new Font("Helvetica", Font.PLAIN, 10);
 100
 101   public SequenceI[] sequence;
 102
 103   final StringBuffer mappingDetails = new StringBuffer();
 104
 105   String appletToolTip = null;
 106
 107   int toolx, tooly;
 108
 109   PDBChain mainchain;
 110
 111   Vector highlightRes;
 112
 113   boolean pdbAction = false;
 114
 115   Bond highlightBond1, highlightBond2;
 116
 117   boolean errorLoading = false;
 118
 119   boolean seqColoursReady = false;
 120
 121   FeatureRenderer fr;
 122
 123   AlignmentPanel ap;
 124
 125   StructureSelectionManager ssm;
 126
 127   public AppletPDBCanvas(PDBEntry pdbentry, SequenceI[] seq,
 128           String[] chains, AlignmentPanel ap, String protocol)
 129
 130   {
 131     this.ap = ap;
 132     this.pdbentry = pdbentry;
 133     this.sequence = seq;
 134
 135     ssm = StructureSelectionManager.getStructureSelectionManager(ap.av.applet);
 136
 137     try
 138     {
 139       pdb = ssm.setMapping(seq, chains, pdbentry.getFile(), protocol);
 140
 141       if (protocol.equals(jalview.io.AppletFormatAdapter.PASTE))
 142         pdbentry.setFile("INLINE" + pdb.id);
 143
 144     } catch (Exception ex)
 145     {
 146       ex.printStackTrace();
 147       return;
 148     }
 149
 150     pdbentry.setId(pdb.id);
 151
 152     ssm.addStructureViewerListener(this);
 153
 154     colourBySequence();
 155
 156     int max = -10;
 157     int maxchain = -1;
 158     int pdbstart = 0;
 159     int pdbend = 0;
 160     int seqstart = 0;
 161     int seqend = 0;
 162
 163     // JUST DEAL WITH ONE SEQUENCE FOR NOW
 164     SequenceI sequence = seq[0];
 165
 166     for (int i = 0; i < pdb.chains.size(); i++)
 167     {
 168
 169       mappingDetails.append("\n\nPDB Sequence is :\nSequence = "
 170               + ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(i)).sequence
 171                       .getSequenceAsString());
 172       mappingDetails.append("\nNo of residues = "
 173               + ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(i)).residues.size()
 174               + "\n\n");
 175
 176       // Now lets compare the sequences to get
 177       // the start and end points.
 178       // Align the sequence to the pdb
 179       // TODO: DNa/Pep switch
 180       AlignSeq as = new AlignSeq(sequence,
 181               ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(i)).sequence,
 182               ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(i)).isNa ? AlignSeq.DNA
 183                       : AlignSeq.PEP);
 184       as.calcScoreMatrix();
 185       as.traceAlignment();
 186       PrintStream ps = new PrintStream(System.out)
 187       {
 188         public void print(String x)
 189         {
 190           mappingDetails.append(x);
 191         }
 192
 193         public void println()
 194         {
 195           mappingDetails.append("\n");
 196         }
 197       };
 198
 199       as.printAlignment(ps);
 200
 201       if (as.maxscore > max)
 202       {
 203         max = as.maxscore;
 204         maxchain = i;
 205
 206         pdbstart = as.seq2start;
 207         pdbend = as.seq2end;
 208         seqstart = as.seq1start + sequence.getStart() - 1;
 209         seqend = as.seq1end + sequence.getEnd() - 1;
 210       }
 211
 212       mappingDetails.append("\nPDB start/end " + pdbstart + " " + pdbend);
 213       mappingDetails.append("\nSEQ start/end " + seqstart + " " + seqend);
 214     }
 215
 216     mainchain = (PDBChain) pdb.chains.elementAt(maxchain);
 217
 218     mainchain.pdbstart = pdbstart;
 219     mainchain.pdbend = pdbend;
 220     mainchain.seqstart = seqstart;
 221     mainchain.seqend = seqend;
 222     mainchain.isVisible = true;
 223     // mainchain.makeExactMapping(maxAlignseq, sequence);
 224     // mainchain.transferRESNUMFeatures(sequence, null);
 225     this.pdb = pdb;
 226     this.prefsize = new Dimension(getSize().width, getSize().height);
 227
 228     // Initialize the matrices to identity
 229     for (int i = 0; i < 3; i++)
 230     {
 231       for (int j = 0; j < 3; j++)
 232       {
 233         if (i != j)
 234         {
 235           idmat.addElement(i, j, 0);
 236           objmat.addElement(i, j, 0);
 237         }
 238         else
 239         {
 240           idmat.addElement(i, j, 1);
 241           objmat.addElement(i, j, 1);
 242         }
 243       }
 244     }
 245
 246     addMouseMotionListener(this);
 247     addMouseListener(this);
 248
 249     addKeyListener(new KeyAdapter()
 250     {
 251       public void keyPressed(KeyEvent evt)
 252       {
 253         doKeyPressed(evt);
 254       }
 255     });
 256
 257     findCentre();
 258     findWidth();
 259
 260     setupBonds();
 261
 262     scale = findScale();
 263   }
 264
 265   Vector visiblebonds;
 266
 267   void setupBonds()
 268   {
 269     seqColoursReady = false;
 270     // Sort the bonds by z coord
 271     visiblebonds = new Vector();
 272
 273     for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++)
 274     {
 275       if (((PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).isVisible)
 276       {
 277         Vector tmp = ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).bonds;
 278
 279         for (int i = 0; i < tmp.size(); i++)
 280         {
 281           visiblebonds.addElement(tmp.elementAt(i));
 282         }
 283       }
 284     }
 285     seqColoursReady = true;
 286     colourBySequence();
 287     redrawneeded = true;
 288     repaint();
 289   }
 290
 291   public void findWidth()
 292   {
 293     float[] max = new float[3];
 294     float[] min = new float[3];
 295
 296     max[0] = (float) -1e30;
 297     max[1] = (float) -1e30;
 298     max[2] = (float) -1e30;
 299
 300     min[0] = (float) 1e30;
 301     min[1] = (float) 1e30;
 302     min[2] = (float) 1e30;
 303
 304     for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++)
 305     {
 306       if (((PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).isVisible)
 307       {
 308         Vector bonds = ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).bonds;
 309
 310         for (int i = 0; i < bonds.size(); i++)
 311         {
 312           Bond tmp = (Bond) bonds.elementAt(i);
 313
 314           if (tmp.start[0] >= max[0])
 315           {
 316             max[0] = tmp.start[0];
 317           }
 318
 319           if (tmp.start[1] >= max[1])
 320           {
 321             max[1] = tmp.start[1];
 322           }
 323
 324           if (tmp.start[2] >= max[2])
 325           {
 326             max[2] = tmp.start[2];
 327           }
 328
 329           if (tmp.start[0] <= min[0])
 330           {
 331             min[0] = tmp.start[0];
 332           }
 333
 334           if (tmp.start[1] <= min[1])
 335           {
 336             min[1] = tmp.start[1];
 337           }
 338
 339           if (tmp.start[2] <= min[2])
 340           {
 341             min[2] = tmp.start[2];
 342           }
 343
 344           if (tmp.end[0] >= max[0])
 345           {
 346             max[0] = tmp.end[0];
 347           }
 348
 349           if (tmp.end[1] >= max[1])
 350           {
 351             max[1] = tmp.end[1];
 352           }
 353
 354           if (tmp.end[2] >= max[2])
 355           {
 356             max[2] = tmp.end[2];
 357           }
 358
 359           if (tmp.end[0] <= min[0])
 360           {
 361             min[0] = tmp.end[0];
 362           }
 363
 364           if (tmp.end[1] <= min[1])
 365           {
 366             min[1] = tmp.end[1];
 367           }
 368
 369           if (tmp.end[2] <= min[2])
 370           {
 371             min[2] = tmp.end[2];
 372           }
 373         }
 374       }
 375     }
 376
 377     width[0] = (float) Math.abs(max[0] - min[0]);
 378     width[1] = (float) Math.abs(max[1] - min[1]);
 379     width[2] = (float) Math.abs(max[2] - min[2]);
 380
 381     maxwidth = width[0];
 382
 383     if (width[1] > width[0])
 384     {
 385       maxwidth = width[1];
 386     }
 387
 388     if (width[2] > width[1])
 389     {
 390       maxwidth = width[2];
 391     }
 392
 393     // System.out.println("Maxwidth = " + maxwidth);
 394   }
 395
 396   public float findScale()
 397   {
 398     int dim;
 399     int width;
 400     int height;
 401
 402     if (getSize().width != 0)
 403     {
 404       width = getSize().width;
 405       height = getSize().height;
 406     }
 407     else
 408     {
 409       width = prefsize.width;
 410       height = prefsize.height;
 411     }
 412
 413     if (width < height)
 414     {
 415       dim = width;
 416     }
 417     else
 418     {
 419       dim = height;
 420     }
 421
 422     return (float) (dim / (1.5d * maxwidth));
 423   }
 424
 425   public void findCentre()
 426   {
 427     float xtot = 0;
 428     float ytot = 0;
 429     float ztot = 0;
 430
 431     int bsize = 0;
 432
 433     // Find centre coordinate
 434     for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++)
 435     {
 436       if (((PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).isVisible)
 437       {
 438         Vector bonds = ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).bonds;
 439
 440         bsize += bonds.size();
 441
 442         for (int i = 0; i < bonds.size(); i++)
 443         {
 444           xtot = xtot + ((Bond) bonds.elementAt(i)).start[0]
 445                   + ((Bond) bonds.elementAt(i)).end[0];
 446
 447           ytot = ytot + ((Bond) bonds.elementAt(i)).start[1]
 448                   + ((Bond) bonds.elementAt(i)).end[1];
 449
 450           ztot = ztot + ((Bond) bonds.elementAt(i)).start[2]
 451                   + ((Bond) bonds.elementAt(i)).end[2];
 452         }
 453       }
 454     }
 455
 456     centre[0] = xtot / (2 * (float) bsize);
 457     centre[1] = ytot / (2 * (float) bsize);
 458     centre[2] = ztot / (2 * (float) bsize);
 459   }
 460
 461   public void paint(Graphics g)
 462   {
 463
 464     if (errorLoading)
 465     {
 466       g.setColor(Color.white);
 467       g.fillRect(0, 0, getSize().width, getSize().height);
 468       g.setColor(Color.black);
 469       g.setFont(new Font("Verdana", Font.BOLD, 14));
 470       g.drawString("Error loading PDB data!!", 50, getSize().height / 2);
 471       return;
 472     }
 473
 474     if (!seqColoursReady)
 475     {
 476       g.setColor(Color.black);
 477       g.setFont(new Font("Verdana", Font.BOLD, 14));
 478       g.drawString("Fetching PDB data...", 50, getSize().height / 2);
 479       return;
 480     }
 481
 482     // Only create the image at the beginning -
 483     // this saves much memory usage
 484     if ((img == null) || (prefsize.width != getSize().width)
 485             || (prefsize.height != getSize().height))
 486     {
 487
 488       try
 489       {
 490         prefsize.width = getSize().width;
 491         prefsize.height = getSize().height;
 492
 493         scale = findScale();
 494         img = createImage(prefsize.width, prefsize.height);
 495         ig = img.getGraphics();
 496
 497         redrawneeded = true;
 498       } catch (Exception ex)
 499       {
 500         ex.printStackTrace();
 501       }
 502     }
 503
 504     if (redrawneeded)
 505     {
 506       drawAll(ig, prefsize.width, prefsize.height);
 507       redrawneeded = false;
 508     }
 509     if (appletToolTip != null)
 510     {
 511       ig.setColor(Color.red);
 512       ig.drawString(appletToolTip, toolx, tooly);
 513     }
 514
 515     g.drawImage(img, 0, 0, this);
 516
 517     pdbAction = false;
 518   }
 519
 520   public void drawAll(Graphics g, int width, int height)
 521   {
 522     ig.setColor(Color.black);
 523     ig.fillRect(0, 0, width, height);
 524     drawScene(ig);
 525     drawLabels(ig);
 526   }
 527
 528   public void setColours(jalview.schemes.ColourSchemeI cs)
 529   {
 530     bysequence = false;
 531     pdb.setColours(cs);
 532     redrawneeded = true;
 533     repaint();
 534   }
 535
 536   // This method has been taken out of PDBChain to allow
 537   // Applet and Application specific sequence renderers to be used
 538   void colourBySequence()
 539   {
 540     SequenceRenderer sr = new SequenceRenderer(ap.av);
 541
 542     StructureMapping[] mapping = ssm.getMapping(pdbentry.getFile());
 543
 544     boolean showFeatures = false;
 545     if (ap.av.getShowSequenceFeatures())
 546     {
 547       if (fr == null)
 548       {
 549         fr = new jalview.appletgui.FeatureRenderer(ap.av);
 550       }
 551
 552       fr.transferSettings(ap.getFeatureRenderer());
 553
 554       showFeatures = true;
 555     }
 556
 557     PDBChain chain;
 558     if (bysequence && pdb != null)
 559     {
 560       for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++)
 561       {
 562         chain = (PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii);
 563
 564         for (int i = 0; i < chain.bonds.size(); i++)
 565         {
 566           Bond tmp = (Bond) chain.bonds.elementAt(i);
 567           tmp.startCol = Color.lightGray;
 568           tmp.endCol = Color.lightGray;
 569           if (chain != mainchain)
 570           {
 571             continue;
 572           }
 573
 574           for (int s = 0; s < sequence.length; s++)
 575           {
 576             for (int m = 0; m < mapping.length; m++)
 577             {
 578               if (mapping[m].getSequence() == sequence[s])
 579               {
 580                 int pos = mapping[m].getSeqPos(tmp.at1.resNumber) - 1;
 581                 if (pos > 0)
 582                 {
 583                   pos = sequence[s].findIndex(pos);
 584                   tmp.startCol = sr.getResidueBoxColour(sequence[s], pos);
 585                   if (showFeatures)
 586                   {
 587                     tmp.startCol = fr.findFeatureColour(tmp.startCol,
 588                             sequence[s], pos);
 589                   }
 590                 }
 591                 pos = mapping[m].getSeqPos(tmp.at2.resNumber) - 1;
 592                 if (pos > 0)
 593                 {
 594                   pos = sequence[s].findIndex(pos);
 595                   tmp.endCol = sr.getResidueBoxColour(sequence[s], pos);
 596                   if (showFeatures)
 597                   {
 598                     tmp.endCol = fr.findFeatureColour(tmp.endCol,
 599                             sequence[s], pos);
 600                   }
 601                 }
 602
 603               }
 604             }
 605           }
 606         }
 607       }
 608     }
 609   }
 610
 611   Zsort zsort;
 612
 613   public void drawScene(Graphics g)
 614   {
 615     if (zbuffer)
 616     {
 617       if (zsort == null)
 618       {
 619         zsort = new Zsort();
 620       }
 621
 622       zsort.Zsort(visiblebonds);
 623     }
 624
 625     Bond tmpBond = null;
 626     for (int i = 0; i < visiblebonds.size(); i++)
 627     {
 628       tmpBond = (Bond) visiblebonds.elementAt(i);
 629
 630       xstart = (int) (((tmpBond.start[0] - centre[0]) * scale) + (getSize().width / 2));
 631       ystart = (int) (((centre[1] - tmpBond.start[1]) * scale) + (getSize().height / 2));
 632
 633       xend = (int) (((tmpBond.end[0] - centre[0]) * scale) + (getSize().width / 2));
 634       yend = (int) (((centre[1] - tmpBond.end[1]) * scale) + (getSize().height / 2));
 635
 636       xmid = (xend + xstart) / 2;
 637       ymid = (yend + ystart) / 2;
 638
 639       if (depthcue && !bymolecule)
 640       {
 641         if (tmpBond.start[2] < (centre[2] - (maxwidth / 6)))
 642         {
 643           g.setColor(tmpBond.startCol.darker().darker());
 644           drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);
 645
 646           g.setColor(tmpBond.endCol.darker().darker());
 647           drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);
 648         }
 649         else if (tmpBond.start[2] < (centre[2] + (maxwidth / 6)))
 650         {
 651           g.setColor(tmpBond.startCol.darker());
 652           drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);
 653
 654           g.setColor(tmpBond.endCol.darker());
 655           drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);
 656         }
 657         else
 658         {
 659           g.setColor(tmpBond.startCol);
 660           drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);
 661
 662           g.setColor(tmpBond.endCol);
 663           drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);
 664         }
 665
 666       }
 667       else if (depthcue && bymolecule)
 668       {
 669         if (tmpBond.start[2] < (centre[2] - (maxwidth / 6)))
 670         {
 671           g.setColor(Color.green.darker().darker());
 672           drawLine(g, xstart, ystart, xend, yend);
 673         }
 674         else if (tmpBond.start[2] < (centre[2] + (maxwidth / 6)))
 675         {
 676           g.setColor(Color.green.darker());
 677           drawLine(g, xstart, ystart, xend, yend);
 678         }
 679         else
 680         {
 681           g.setColor(Color.green);
 682           drawLine(g, xstart, ystart, xend, yend);
 683         }
 684       }
 685       else if (!depthcue && !bymolecule)
 686       {
 687         g.setColor(tmpBond.startCol);
 688         drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);
 689         g.setColor(tmpBond.endCol);
 690         drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);
 691       }
 692       else
 693       {
 694         drawLine(g, xstart, ystart, xend, yend);
 695       }
 696
 697       if (highlightBond1 != null && highlightBond1 == tmpBond)
 698       {
 699         g.setColor(Color.white);
 700         drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);
 701       }
 702
 703       if (highlightBond2 != null && highlightBond2 == tmpBond)
 704       {
 705         g.setColor(Color.white);
 706         drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);
 707       }
 708
 709     }
 710   }
 711
 712   public void drawLine(Graphics g, int x1, int y1, int x2, int y2)
 713   {
 714     if (!wire)
 715     {
 716       if (((float) Math.abs(y2 - y1) / (float) Math.abs(x2 - x1)) < 0.5)
 717       {
 718         g.drawLine(x1, y1, x2, y2);
 719         g.drawLine(x1 + 1, y1 + 1, x2 + 1, y2 + 1);
 720         g.drawLine(x1, y1 - 1, x2, y2 - 1);
 721       }
 722       else
 723       {
 724         g.setColor(g.getColor().brighter());
 725         g.drawLine(x1, y1, x2, y2);
 726         g.drawLine(x1 + 1, y1, x2 + 1, y2);
 727         g.drawLine(x1 - 1, y1, x2 - 1, y2);
 728       }
 729     }
 730     else
 731     {
 732       g.drawLine(x1, y1, x2, y2);
 733     }
 734   }
 735
 736   public Dimension minimumsize()
 737   {
 738     return prefsize;
 739   }
 740
 741   public Dimension preferredsize()
 742   {
 743     return prefsize;
 744   }
 745
 746   public void doKeyPressed(KeyEvent evt)
 747   {
 748     if (evt.getKeyCode() == KeyEvent.VK_UP)
 749     {
 750       scale = (float) (scale * 1.1);
 751       redrawneeded = true;
 752       repaint();
 753     }
 754     else if (evt.getKeyCode() == KeyEvent.VK_DOWN)
 755     {
 756       scale = (float) (scale * 0.9);
 757       redrawneeded = true;
 758       repaint();
 759     }
 760   }
 761
 762   public void mousePressed(MouseEvent e)
 763   {
 764     pdbAction = true;
 765     Atom fatom = findAtom(e.getX(), e.getY());
 766     if (fatom != null)
 767     {
 768       fatom.isSelected = !fatom.isSelected;
 769
 770       redrawneeded = true;
 771       repaint();
 772       if (foundchain != -1)
 773       {
 774         PDBChain chain = (PDBChain) pdb.chains.elementAt(foundchain);
 775         if (chain == mainchain)
 776         {
 777           if (fatom.alignmentMapping != -1)
 778           {
 779             if (highlightRes == null)
 780             {
 781               highlightRes = new Vector();
 782             }
 783
 784             if (highlightRes.contains(fatom.alignmentMapping + "" + ""))
 785             {
 786               highlightRes.removeElement(fatom.alignmentMapping + "");
 787             }
 788             else
 789             {
 790               highlightRes.addElement(fatom.alignmentMapping + "");
 791             }
 792           }
 793         }
 794       }
 795
 796     }
 797     mx = e.getX();
 798     my = e.getY();
 799     omx = mx;
 800     omy = my;
 801     dragging = false;
 802   }
 803
 804   public void mouseMoved(MouseEvent e)
 805   {
 806     pdbAction = true;
 807     if (highlightBond1 != null)
 808     {
 809       highlightBond1.at2.isSelected = false;
 810       highlightBond2.at1.isSelected = false;
 811       highlightBond1 = null;
 812       highlightBond2 = null;
 813     }
 814
 815     Atom fatom = findAtom(e.getX(), e.getY());
 816
 817     PDBChain chain = null;
 818     if (foundchain != -1)
 819     {
 820       chain = (PDBChain) pdb.chains.elementAt(foundchain);
 821       if (chain == mainchain)
 822       {
 823         mouseOverStructure(fatom.resNumber, chain.id);
 824       }
 825     }
 826
 827     if (fatom != null)
 828     {
 829       toolx = e.getX();
 830       tooly = e.getY();
 831
 832       appletToolTip = chain.id + ":" + fatom.resNumber + " "
 833               + fatom.resName;
 834       redrawneeded = true;
 835       repaint();
 836     }
 837     else
 838     {
 839       mouseOverStructure(-1, chain != null ? chain.id : null);
 840       appletToolTip = null;
 841       redrawneeded = true;
 842       repaint();
 843     }
 844   }
 845
 846   public void mouseClicked(MouseEvent e)
 847   {
 848   }
 849
 850   public void mouseEntered(MouseEvent e)
 851   {
 852   }
 853
 854   public void mouseExited(MouseEvent e)
 855   {
 856   }
 857
 858   public void mouseDragged(MouseEvent evt)
 859   {
 860     int x = evt.getX();
 861     int y = evt.getY();
 862     mx = x;
 863     my = y;
 864
 865     MCMatrix objmat = new MCMatrix(3, 3);
 866     objmat.setIdentity();
 867
 868     if ((evt.getModifiers() & Event.META_MASK) != 0)
 869     {
 870       objmat.rotatez((float) ((mx - omx)));
 871     }
 872     else
 873     {
 874       objmat.rotatex((float) ((omy - my)));
 875       objmat.rotatey((float) ((omx - mx)));
 876     }
 877
 878     // Alter the bonds
 879     for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++)
 880     {
 881       Vector bonds = ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).bonds;
 882
 883       for (int i = 0; i < bonds.size(); i++)
 884       {
 885         Bond tmpBond = (Bond) bonds.elementAt(i);
 886
 887         // Translate the bond so the centre is 0,0,0
 888         tmpBond.translate(-centre[0], -centre[1], -centre[2]);
 889
 890         // Now apply the rotation matrix
 891         tmpBond.start = objmat.vectorMultiply(tmpBond.start);
 892         tmpBond.end = objmat.vectorMultiply(tmpBond.end);
 893
 894         // Now translate back again
 895         tmpBond.translate(centre[0], centre[1], centre[2]);
 896       }
 897     }
 898
 899     objmat = null;
 900
 901     omx = mx;
 902     omy = my;
 903
 904     dragging = true;
 905
 906     redrawneeded = true;
 907
 908     repaint();
 909   }
 910
 911   public void mouseReleased(MouseEvent evt)
 912   {
 913     dragging = false;
 914     return;
 915   }
 916
 917   void drawLabels(Graphics g)
 918   {
 919
 920     for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++)
 921     {
 922       PDBChain chain = (PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii);
 923
 924       if (chain.isVisible)
 925       {
 926         Vector bonds = ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).bonds;
 927
 928         for (int i = 0; i < bonds.size(); i++)
 929         {
 930           Bond tmpBond = (Bond) bonds.elementAt(i);
 931
 932           if (tmpBond.at1.isSelected)
 933           {
 934             labelAtom(g, tmpBond, 1);
 935           }
 936
 937           if (tmpBond.at2.isSelected)
 938           {
 939
 940             labelAtom(g, tmpBond, 2);
 941           }
 942         }
 943       }
 944     }
 945   }
 946
 947   public void labelAtom(Graphics g, Bond b, int n)
 948   {
 949     g.setFont(font);
 950
 951     if (n == 1)
 952     {
 953       int xstart = (int) (((b.start[0] - centre[0]) * scale) + (getSize().width / 2));
 954       int ystart = (int) (((centre[1] - b.start[1]) * scale) + (getSize().height / 2));
 955
 956       g.setColor(Color.red);
 957       g.drawString(b.at1.resName + "-" + b.at1.resNumber, xstart, ystart);
 958     }
 959
 960     if (n == 2)
 961     {
 962       int xstart = (int) (((b.end[0] - centre[0]) * scale) + (getSize().width / 2));
 963       int ystart = (int) (((centre[1] - b.end[1]) * scale) + (getSize().height / 2));
 964
 965       g.setColor(Color.red);
 966       g.drawString(b.at2.resName + "-" + b.at2.resNumber, xstart, ystart);
 967     }
 968   }
 969
 970   int foundchain = -1;
 971
 972   public Atom findAtom(int x, int y)
 973   {
 974     Atom fatom = null;
 975
 976     foundchain = -1;
 977
 978     for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++)
 979     {
 980       PDBChain chain = (PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii);
 981       int truex;
 982       Bond tmpBond = null;
 983
 984       if (chain.isVisible)
 985       {
 986         Vector bonds = ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).bonds;
 987
 988         for (int i = 0; i < bonds.size(); i++)
 989         {
 990           tmpBond = (Bond) bonds.elementAt(i);
 991
 992           truex = (int) (((tmpBond.start[0] - centre[0]) * scale) + (getSize().width / 2));
 993
 994           if (Math.abs(truex - x) <= 2)
 995           {
 996             int truey = (int) (((centre[1] - tmpBond.start[1]) * scale) + (getSize().height / 2));
 997
 998             if (Math.abs(truey - y) <= 2)
 999             {
1000               fatom = tmpBond.at1;
1001               foundchain = ii;
1002               break;
1003             }
1004           }
1005         }
1006
1007         // Still here? Maybe its the last bond
1008
1009         truex = (int) (((tmpBond.end[0] - centre[0]) * scale) + (getSize().width / 2));
1010
1011         if (Math.abs(truex - x) <= 2)
1012         {
1013           int truey = (int) (((tmpBond.end[1] - centre[1]) * scale) + (getSize().height / 2));
1014
1015           if (Math.abs(truey - y) <= 2)
1016           {
1017             fatom = tmpBond.at2;
1018             foundchain = ii;
1019             break;
1020           }
1021         }
1022
1023       }
1024
1025       if (fatom != null) // )&& chain.ds != null)
1026       {
1027         chain = (PDBChain) pdb.chains.elementAt(foundchain);
1028       }
1029     }
1030
1031     return fatom;
1032   }
1033
1034   public void update(Graphics g)
1035   {
1036     paint(g);
1037   }
1038
1039   public void highlightRes(int ii)
1040   {
1041     if (!seqColoursReady)
1042     {
1043       return;
1044     }
1045
1046     if (highlightRes != null && highlightRes.contains((ii - 1) + ""))
1047     {
1048       return;
1049     }
1050
1051     int index = -1;
1052     Bond tmpBond;
1053     for (index = 0; index < mainchain.bonds.size(); index++)
1054     {
1055       tmpBond = (Bond) mainchain.bonds.elementAt(index);
1056       if (tmpBond.at1.alignmentMapping == ii - 1)
1057       {
1058         if (highlightBond1 != null)
1059         {
1060           highlightBond1.at2.isSelected = false;
1061         }
1062
1063         if (highlightBond2 != null)
1064         {
1065           highlightBond2.at1.isSelected = false;
1066         }
1067
1068         highlightBond1 = null;
1069         highlightBond2 = null;
1070
1071         if (index > 0)
1072         {
1073           highlightBond1 = (Bond) mainchain.bonds.elementAt(index - 1);
1074           highlightBond1.at2.isSelected = true;
1075         }
1076
1077         if (index != mainchain.bonds.size())
1078         {
1079           highlightBond2 = (Bond) mainchain.bonds.elementAt(index);
1080           highlightBond2.at1.isSelected = true;
1081         }
1082
1083         break;
1084       }
1085     }
1086
1087     redrawneeded = true;
1088     repaint();
1089   }
1090
1091   public void setAllchainsVisible(boolean b)
1092   {
1093     for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++)
1094     {
1095       PDBChain chain = (PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii);
1096       chain.isVisible = b;
1097     }
1098     mainchain.isVisible = true;
1099     findCentre();
1100     setupBonds();
1101   }
1102
1103   // ////////////////////////////////
1104   // /StructureListener
1105   public String[] getPdbFile()
1106   {
1107     return new String[]
1108     { pdbentry.getFile() };
1109   }
1110
1111   String lastMessage;
1112
1113   public void mouseOverStructure(int pdbResNum, String chain)
1114   {
1115     if (lastMessage == null || !lastMessage.equals(pdbResNum + chain))
1116       ssm.mouseOverStructure(pdbResNum, chain, pdbentry.getFile());
1117
1118     lastMessage = pdbResNum + chain;
1119   }
1120
1121   StringBuffer resetLastRes = new StringBuffer();
1122
1123   StringBuffer eval = new StringBuffer();
1124
1125   public void highlightAtom(int atomIndex, int pdbResNum, String chain,
1126           String pdbfile)
1127   {
1128     if (!seqColoursReady)
1129     {
1130       return;
1131     }
1132
1133     if (highlightRes != null && highlightRes.contains((atomIndex - 1) + ""))
1134     {
1135       return;
1136     }
1137
1138     int index = -1;
1139     Bond tmpBond;
1140     for (index = 0; index < mainchain.bonds.size(); index++)
1141     {
1142       tmpBond = (Bond) mainchain.bonds.elementAt(index);
1143       if (tmpBond.at1.atomIndex == atomIndex)
1144       {
1145         if (highlightBond1 != null)
1146         {
1147           highlightBond1.at2.isSelected = false;
1148         }
1149
1150         if (highlightBond2 != null)
1151         {
1152           highlightBond2.at1.isSelected = false;
1153         }
1154
1155         highlightBond1 = null;
1156         highlightBond2 = null;
1157
1158         if (index > 0)
1159         {
1160           highlightBond1 = (Bond) mainchain.bonds.elementAt(index - 1);
1161           highlightBond1.at2.isSelected = true;
1162         }
1163
1164         if (index != mainchain.bonds.size())
1165         {
1166           highlightBond2 = (Bond) mainchain.bonds.elementAt(index);
1167           highlightBond2.at1.isSelected = true;
1168         }
1169
1170         break;
1171       }
1172     }
1173
1174     redrawneeded = true;
1175     repaint();
1176   }
1177
1178   public Color getColour(int atomIndex, int pdbResNum, String chain,
1179           String pdbfile)
1180   {
1181     return Color.white;
1182     // if (!pdbfile.equals(pdbentry.getFile()))
1183     // return null;
1184
1185     // return new Color(viewer.getAtomArgb(atomIndex));
1186   }
1187
1188   public void updateColours(Object source)
1189   {
1190     colourBySequence();
1191     redrawneeded = true;
1192     repaint();
1193   }
1194
1195   @Override
1196   public void releaseReferences(Object svl)
1197   {
1198     // TODO Auto-generated method stub
1199
1200   }
1201
1202 }