src/MCview/AppletPDBCanvas.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package MCview;
  22
  23 import jalview.analysis.AlignSeq;
  24 import jalview.appletgui.AlignmentPanel;
  25 import jalview.appletgui.FeatureRenderer;
  26 import jalview.appletgui.SequenceRenderer;
  27 import jalview.datamodel.PDBEntry;
  28 import jalview.datamodel.SequenceI;
  29 import jalview.io.StructureFile;
  30 import jalview.structure.AtomSpec;
  31 import jalview.structure.StructureListener;
  32 import jalview.structure.StructureMapping;
  33 import jalview.structure.StructureSelectionManager;
  34 import jalview.util.MessageManager;
  35
  36 import java.awt.Color;
  37 import java.awt.Dimension;
  38 import java.awt.Event;
  39 import java.awt.Font;
  40 import java.awt.Graphics;
  41 import java.awt.Image;
  42 // JBPNote TODO: This class is quite noisy - needs proper log.info/log.debug
  43 import java.awt.Panel;
  44 import java.awt.event.KeyAdapter;
  45 import java.awt.event.KeyEvent;
  46 import java.awt.event.MouseEvent;
  47 import java.awt.event.MouseListener;
  48 import java.awt.event.MouseMotionListener;
  49 import java.io.PrintStream;
  50 import java.util.List;
  51 import java.util.Vector;
  52
  53 public class AppletPDBCanvas extends Panel implements MouseListener,
  54         MouseMotionListener, StructureListener
  55 {
  56
  57   MCMatrix idmat = new MCMatrix(3, 3);
  58
  59   MCMatrix objmat = new MCMatrix(3, 3);
  60
  61   boolean redrawneeded = true;
  62
  63   int omx = 0;
  64
  65   int mx = 0;
  66
  67   int omy = 0;
  68
  69   int my = 0;
  70
  71   public StructureFile pdb;
  72
  73   PDBEntry pdbentry;
  74
  75   int bsize;
  76
  77   Image img;
  78
  79   Graphics ig;
  80
  81   Dimension prefsize;
  82
  83   float[] centre = new float[3];
  84
  85   float[] width = new float[3];
  86
  87   float maxwidth;
  88
  89   float scale;
  90
  91   String inStr;
  92
  93   String inType;
  94
  95   boolean bysequence = true;
  96
  97   boolean depthcue = true;
  98
  99   boolean wire = false;
 100
 101   boolean bymolecule = false;
 102
 103   boolean zbuffer = true;
 104
 105   boolean dragging;
 106
 107   int xstart;
 108
 109   int xend;
 110
 111   int ystart;
 112
 113   int yend;
 114
 115   int xmid;
 116
 117   int ymid;
 118
 119   Font font = new Font("Helvetica", Font.PLAIN, 10);
 120
 121   public SequenceI[] sequence;
 122
 123   final StringBuffer mappingDetails = new StringBuffer();
 124
 125   String appletToolTip = null;
 126
 127   int toolx, tooly;
 128
 129   PDBChain mainchain;
 130
 131   Vector<String> highlightRes;
 132
 133   boolean pdbAction = false;
 134
 135   Bond highlightBond1, highlightBond2;
 136
 137   boolean errorLoading = false;
 138
 139   boolean seqColoursReady = false;
 140
 141   FeatureRenderer fr;
 142
 143   AlignmentPanel ap;
 144
 145   StructureSelectionManager ssm;
 146
 147   public AppletPDBCanvas(PDBEntry pdbentry, SequenceI[] seq,
 148           String[] chains, AlignmentPanel ap, String protocol)
 149
 150   {
 151     this.ap = ap;
 152     this.pdbentry = pdbentry;
 153     this.sequence = seq;
 154
 155     ssm = StructureSelectionManager
 156             .getStructureSelectionManager(ap.av.applet);
 157
 158     try
 159     {
 160       pdb = ssm.setMapping(seq, chains, pdbentry.getFile(), protocol);
 161
 162       if (protocol.equals(jalview.io.AppletFormatAdapter.PASTE))
 163       {
 164         pdbentry.setFile("INLINE" + pdb.getId());
 165       }
 166
 167     } catch (Exception ex)
 168     {
 169       ex.printStackTrace();
 170       return;
 171     }
 172
 173     pdbentry.setId(pdb.getId());
 174
 175     ssm.addStructureViewerListener(this);
 176
 177     colourBySequence();
 178
 179     int max = -10;
 180     int maxchain = -1;
 181     int pdbstart = 0;
 182     int pdbend = 0;
 183     int seqstart = 0;
 184     int seqend = 0;
 185
 186     // JUST DEAL WITH ONE SEQUENCE FOR NOW
 187     SequenceI sequence = seq[0];
 188
 189     for (int i = 0; i < pdb.getChains().size(); i++)
 190     {
 191
 192       mappingDetails.append("\n\nPDB Sequence is :\nSequence = "
 193               + pdb.getChains().elementAt(i).sequence.getSequenceAsString());
 194       mappingDetails.append("\nNo of residues = "
 195               + pdb.getChains().elementAt(i).residues.size() + "\n\n");
 196
 197       // Now lets compare the sequences to get
 198       // the start and end points.
 199       // Align the sequence to the pdb
 200       // TODO: DNa/Pep switch
 201       AlignSeq as = new AlignSeq(sequence,
 202               pdb.getChains().elementAt(i).sequence,
 203               pdb.getChains().elementAt(i).isNa ? AlignSeq.DNA : AlignSeq.PEP);
 204       as.calcScoreMatrix();
 205       as.traceAlignment();
 206       PrintStream ps = new PrintStream(System.out)
 207       {
 208         @Override
 209         public void print(String x)
 210         {
 211           mappingDetails.append(x);
 212         }
 213
 214         @Override
 215         public void println()
 216         {
 217           mappingDetails.append("\n");
 218         }
 219       };
 220
 221       as.printAlignment(ps);
 222
 223       if (as.maxscore > max)
 224       {
 225         max = as.maxscore;
 226         maxchain = i;
 227
 228         pdbstart = as.seq2start;
 229         pdbend = as.seq2end;
 230         seqstart = as.seq1start + sequence.getStart() - 1;
 231         seqend = as.seq1end + sequence.getEnd() - 1;
 232       }
 233
 234       mappingDetails.append("\nPDB start/end " + pdbstart + " " + pdbend);
 235       mappingDetails.append("\nSEQ start/end " + seqstart + " " + seqend);
 236     }
 237
 238     mainchain = pdb.getChains().elementAt(maxchain);
 239
 240     mainchain.pdbstart = pdbstart;
 241     mainchain.pdbend = pdbend;
 242     mainchain.seqstart = seqstart;
 243     mainchain.seqend = seqend;
 244     mainchain.isVisible = true;
 245     // mainchain.makeExactMapping(maxAlignseq, sequence);
 246     // mainchain.transferRESNUMFeatures(sequence, null);
 247     this.pdb = pdb;
 248     this.prefsize = new Dimension(getSize().width, getSize().height);
 249
 250     // Initialize the matrices to identity
 251     for (int i = 0; i < 3; i++)
 252     {
 253       for (int j = 0; j < 3; j++)
 254       {
 255         if (i != j)
 256         {
 257           idmat.addElement(i, j, 0);
 258           objmat.addElement(i, j, 0);
 259         }
 260         else
 261         {
 262           idmat.addElement(i, j, 1);
 263           objmat.addElement(i, j, 1);
 264         }
 265       }
 266     }
 267
 268     addMouseMotionListener(this);
 269     addMouseListener(this);
 270
 271     addKeyListener(new KeyAdapter()
 272     {
 273       @Override
 274       public void keyPressed(KeyEvent evt)
 275       {
 276         doKeyPressed(evt);
 277       }
 278     });
 279
 280     findCentre();
 281     findWidth();
 282
 283     setupBonds();
 284
 285     scale = findScale();
 286   }
 287
 288   Vector<Bond> visiblebonds;
 289
 290   void setupBonds()
 291   {
 292     seqColoursReady = false;
 293     // Sort the bonds by z coord
 294     visiblebonds = new Vector<Bond>();
 295
 296     for (int ii = 0; ii < pdb.getChains().size(); ii++)
 297     {
 298       if (pdb.getChains().elementAt(ii).isVisible)
 299       {
 300         Vector<Bond> tmp = pdb.getChains().elementAt(ii).bonds;
 301
 302         for (int i = 0; i < tmp.size(); i++)
 303         {
 304           visiblebonds.addElement(tmp.elementAt(i));
 305         }
 306       }
 307     }
 308     seqColoursReady = true;
 309     colourBySequence();
 310     redrawneeded = true;
 311     repaint();
 312   }
 313
 314   public void findWidth()
 315   {
 316     float[] max = new float[3];
 317     float[] min = new float[3];
 318
 319     max[0] = (float) -1e30;
 320     max[1] = (float) -1e30;
 321     max[2] = (float) -1e30;
 322
 323     min[0] = (float) 1e30;
 324     min[1] = (float) 1e30;
 325     min[2] = (float) 1e30;
 326
 327     for (int ii = 0; ii < pdb.getChains().size(); ii++)
 328     {
 329       if (pdb.getChains().elementAt(ii).isVisible)
 330       {
 331         Vector<Bond> bonds = pdb.getChains().elementAt(ii).bonds;
 332
 333         for (Bond tmp : bonds)
 334         {
 335           if (tmp.start[0] >= max[0])
 336           {
 337             max[0] = tmp.start[0];
 338           }
 339
 340           if (tmp.start[1] >= max[1])
 341           {
 342             max[1] = tmp.start[1];
 343           }
 344
 345           if (tmp.start[2] >= max[2])
 346           {
 347             max[2] = tmp.start[2];
 348           }
 349
 350           if (tmp.start[0] <= min[0])
 351           {
 352             min[0] = tmp.start[0];
 353           }
 354
 355           if (tmp.start[1] <= min[1])
 356           {
 357             min[1] = tmp.start[1];
 358           }
 359
 360           if (tmp.start[2] <= min[2])
 361           {
 362             min[2] = tmp.start[2];
 363           }
 364
 365           if (tmp.end[0] >= max[0])
 366           {
 367             max[0] = tmp.end[0];
 368           }
 369
 370           if (tmp.end[1] >= max[1])
 371           {
 372             max[1] = tmp.end[1];
 373           }
 374
 375           if (tmp.end[2] >= max[2])
 376           {
 377             max[2] = tmp.end[2];
 378           }
 379
 380           if (tmp.end[0] <= min[0])
 381           {
 382             min[0] = tmp.end[0];
 383           }
 384
 385           if (tmp.end[1] <= min[1])
 386           {
 387             min[1] = tmp.end[1];
 388           }
 389
 390           if (tmp.end[2] <= min[2])
 391           {
 392             min[2] = tmp.end[2];
 393           }
 394         }
 395       }
 396     }
 397
 398     width[0] = Math.abs(max[0] - min[0]);
 399     width[1] = Math.abs(max[1] - min[1]);
 400     width[2] = Math.abs(max[2] - min[2]);
 401
 402     maxwidth = width[0];
 403
 404     if (width[1] > width[0])
 405     {
 406       maxwidth = width[1];
 407     }
 408
 409     if (width[2] > width[1])
 410     {
 411       maxwidth = width[2];
 412     }
 413
 414     // System.out.println("Maxwidth = " + maxwidth);
 415   }
 416
 417   public float findScale()
 418   {
 419     int dim;
 420     int width;
 421     int height;
 422
 423     if (getSize().width != 0)
 424     {
 425       width = getSize().width;
 426       height = getSize().height;
 427     }
 428     else
 429     {
 430       width = prefsize.width;
 431       height = prefsize.height;
 432     }
 433
 434     if (width < height)
 435     {
 436       dim = width;
 437     }
 438     else
 439     {
 440       dim = height;
 441     }
 442
 443     return (float) (dim / (1.5d * maxwidth));
 444   }
 445
 446   public void findCentre()
 447   {
 448     float xtot = 0;
 449     float ytot = 0;
 450     float ztot = 0;
 451
 452     int bsize = 0;
 453
 454     // Find centre coordinate
 455     for (int ii = 0; ii < pdb.getChains().size(); ii++)
 456     {
 457       if (pdb.getChains().elementAt(ii).isVisible)
 458       {
 459         Vector<Bond> bonds = pdb.getChains().elementAt(ii).bonds;
 460
 461         bsize += bonds.size();
 462
 463         for (Bond b : bonds)
 464         {
 465           xtot = xtot + b.start[0] + b.end[0];
 466           ytot = ytot + b.start[1] + b.end[1];
 467           ztot = ztot + b.start[2] + b.end[2];
 468         }
 469       }
 470     }
 471
 472     centre[0] = xtot / (2 * (float) bsize);
 473     centre[1] = ytot / (2 * (float) bsize);
 474     centre[2] = ztot / (2 * (float) bsize);
 475   }
 476
 477   @Override
 478   public void paint(Graphics g)
 479   {
 480
 481     if (errorLoading)
 482     {
 483       g.setColor(Color.white);
 484       g.fillRect(0, 0, getSize().width, getSize().height);
 485       g.setColor(Color.black);
 486       g.setFont(new Font("Verdana", Font.BOLD, 14));
 487       g.drawString(
 488               MessageManager.getString("label.error_loading_pdb_data"), 50,
 489               getSize().height / 2);
 490       return;
 491     }
 492
 493     if (!seqColoursReady)
 494     {
 495       g.setColor(Color.black);
 496       g.setFont(new Font("Verdana", Font.BOLD, 14));
 497       g.drawString(MessageManager.getString("label.fetching_pdb_data"), 50,
 498               getSize().height / 2);
 499       return;
 500     }
 501
 502     // Only create the image at the beginning -
 503     // this saves much memory usage
 504     if ((img == null) || (prefsize.width != getSize().width)
 505             || (prefsize.height != getSize().height))
 506     {
 507
 508       try
 509       {
 510         prefsize.width = getSize().width;
 511         prefsize.height = getSize().height;
 512
 513         scale = findScale();
 514         img = createImage(prefsize.width, prefsize.height);
 515         ig = img.getGraphics();
 516
 517         redrawneeded = true;
 518       } catch (Exception ex)
 519       {
 520         ex.printStackTrace();
 521       }
 522     }
 523
 524     if (redrawneeded)
 525     {
 526       drawAll(ig, prefsize.width, prefsize.height);
 527       redrawneeded = false;
 528     }
 529     if (appletToolTip != null)
 530     {
 531       ig.setColor(Color.red);
 532       ig.drawString(appletToolTip, toolx, tooly);
 533     }
 534
 535     g.drawImage(img, 0, 0, this);
 536
 537     pdbAction = false;
 538   }
 539
 540   public void drawAll(Graphics g, int width, int height)
 541   {
 542     ig.setColor(Color.black);
 543     ig.fillRect(0, 0, width, height);
 544     drawScene(ig);
 545     drawLabels(ig);
 546   }
 547
 548   public void setColours(jalview.schemes.ColourSchemeI cs)
 549   {
 550     bysequence = false;
 551     pdb.setColours(cs);
 552     redrawneeded = true;
 553     repaint();
 554   }
 555
 556   // This method has been taken out of PDBChain to allow
 557   // Applet and Application specific sequence renderers to be used
 558   void colourBySequence()
 559   {
 560     SequenceRenderer sr = new SequenceRenderer(ap.av);
 561
 562     StructureMapping[] mapping = ssm.getMapping(pdbentry.getFile());
 563
 564     boolean showFeatures = false;
 565     if (ap.av.isShowSequenceFeatures())
 566     {
 567       if (fr == null)
 568       {
 569         fr = new jalview.appletgui.FeatureRenderer(ap.av);
 570       }
 571
 572       fr.transferSettings(ap.getFeatureRenderer());
 573
 574       showFeatures = true;
 575     }
 576
 577     PDBChain chain;
 578     if (bysequence && pdb != null)
 579     {
 580       for (int ii = 0; ii < pdb.getChains().size(); ii++)
 581       {
 582         chain = pdb.getChains().elementAt(ii);
 583
 584         for (int i = 0; i < chain.bonds.size(); i++)
 585         {
 586           Bond tmp = chain.bonds.elementAt(i);
 587           tmp.startCol = Color.lightGray;
 588           tmp.endCol = Color.lightGray;
 589           if (chain != mainchain)
 590           {
 591             continue;
 592           }
 593
 594           for (int s = 0; s < sequence.length; s++)
 595           {
 596             for (int m = 0; m < mapping.length; m++)
 597             {
 598               if (mapping[m].getSequence() == sequence[s])
 599               {
 600                 int pos = mapping[m].getSeqPos(tmp.at1.resNumber) - 1;
 601                 if (pos > 0)
 602                 {
 603                   pos = sequence[s].findIndex(pos);
 604                   tmp.startCol = sr.getResidueBoxColour(sequence[s], pos);
 605                   if (showFeatures)
 606                   {
 607                     tmp.startCol = fr.findFeatureColour(tmp.startCol,
 608                             sequence[s], pos);
 609                   }
 610                 }
 611                 pos = mapping[m].getSeqPos(tmp.at2.resNumber) - 1;
 612                 if (pos > 0)
 613                 {
 614                   pos = sequence[s].findIndex(pos);
 615                   tmp.endCol = sr.getResidueBoxColour(sequence[s], pos);
 616                   if (showFeatures)
 617                   {
 618                     tmp.endCol = fr.findFeatureColour(tmp.endCol,
 619                             sequence[s], pos);
 620                   }
 621                 }
 622
 623               }
 624             }
 625           }
 626         }
 627       }
 628     }
 629   }
 630
 631   Zsort zsort;
 632
 633   public void drawScene(Graphics g)
 634   {
 635     if (zbuffer)
 636     {
 637       if (zsort == null)
 638       {
 639         zsort = new Zsort();
 640       }
 641
 642       zsort.sort(visiblebonds);
 643     }
 644
 645     Bond tmpBond = null;
 646     for (int i = 0; i < visiblebonds.size(); i++)
 647     {
 648       tmpBond = visiblebonds.elementAt(i);
 649
 650       xstart = (int) (((tmpBond.start[0] - centre[0]) * scale) + (getSize().width / 2));
 651       ystart = (int) (((centre[1] - tmpBond.start[1]) * scale) + (getSize().height / 2));
 652
 653       xend = (int) (((tmpBond.end[0] - centre[0]) * scale) + (getSize().width / 2));
 654       yend = (int) (((centre[1] - tmpBond.end[1]) * scale) + (getSize().height / 2));
 655
 656       xmid = (xend + xstart) / 2;
 657       ymid = (yend + ystart) / 2;
 658
 659       if (depthcue && !bymolecule)
 660       {
 661         if (tmpBond.start[2] < (centre[2] - (maxwidth / 6)))
 662         {
 663           g.setColor(tmpBond.startCol.darker().darker());
 664           drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);
 665
 666           g.setColor(tmpBond.endCol.darker().darker());
 667           drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);
 668         }
 669         else if (tmpBond.start[2] < (centre[2] + (maxwidth / 6)))
 670         {
 671           g.setColor(tmpBond.startCol.darker());
 672           drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);
 673
 674           g.setColor(tmpBond.endCol.darker());
 675           drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);
 676         }
 677         else
 678         {
 679           g.setColor(tmpBond.startCol);
 680           drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);
 681
 682           g.setColor(tmpBond.endCol);
 683           drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);
 684         }
 685
 686       }
 687       else if (depthcue && bymolecule)
 688       {
 689         if (tmpBond.start[2] < (centre[2] - (maxwidth / 6)))
 690         {
 691           g.setColor(Color.green.darker().darker());
 692           drawLine(g, xstart, ystart, xend, yend);
 693         }
 694         else if (tmpBond.start[2] < (centre[2] + (maxwidth / 6)))
 695         {
 696           g.setColor(Color.green.darker());
 697           drawLine(g, xstart, ystart, xend, yend);
 698         }
 699         else
 700         {
 701           g.setColor(Color.green);
 702           drawLine(g, xstart, ystart, xend, yend);
 703         }
 704       }
 705       else if (!depthcue && !bymolecule)
 706       {
 707         g.setColor(tmpBond.startCol);
 708         drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);
 709         g.setColor(tmpBond.endCol);
 710         drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);
 711       }
 712       else
 713       {
 714         drawLine(g, xstart, ystart, xend, yend);
 715       }
 716
 717       if (highlightBond1 != null && highlightBond1 == tmpBond)
 718       {
 719         g.setColor(Color.white);
 720         drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);
 721       }
 722
 723       if (highlightBond2 != null && highlightBond2 == tmpBond)
 724       {
 725         g.setColor(Color.white);
 726         drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);
 727       }
 728
 729     }
 730   }
 731
 732   public void drawLine(Graphics g, int x1, int y1, int x2, int y2)
 733   {
 734     if (!wire)
 735     {
 736       if (((float) Math.abs(y2 - y1) / (float) Math.abs(x2 - x1)) < 0.5)
 737       {
 738         g.drawLine(x1, y1, x2, y2);
 739         g.drawLine(x1 + 1, y1 + 1, x2 + 1, y2 + 1);
 740         g.drawLine(x1, y1 - 1, x2, y2 - 1);
 741       }
 742       else
 743       {
 744         g.setColor(g.getColor().brighter());
 745         g.drawLine(x1, y1, x2, y2);
 746         g.drawLine(x1 + 1, y1, x2 + 1, y2);
 747         g.drawLine(x1 - 1, y1, x2 - 1, y2);
 748       }
 749     }
 750     else
 751     {
 752       g.drawLine(x1, y1, x2, y2);
 753     }
 754   }
 755
 756   public Dimension minimumsize()
 757   {
 758     return prefsize;
 759   }
 760
 761   public Dimension preferredsize()
 762   {
 763     return prefsize;
 764   }
 765
 766   public void doKeyPressed(KeyEvent evt)
 767   {
 768     if (evt.getKeyCode() == KeyEvent.VK_UP)
 769     {
 770       scale = (float) (scale * 1.1);
 771       redrawneeded = true;
 772       repaint();
 773     }
 774     else if (evt.getKeyCode() == KeyEvent.VK_DOWN)
 775     {
 776       scale = (float) (scale * 0.9);
 777       redrawneeded = true;
 778       repaint();
 779     }
 780   }
 781
 782   @Override
 783   public void mousePressed(MouseEvent e)
 784   {
 785     pdbAction = true;
 786     Atom fatom = findAtom(e.getX(), e.getY());
 787     if (fatom != null)
 788     {
 789       fatom.isSelected = !fatom.isSelected;
 790
 791       redrawneeded = true;
 792       repaint();
 793       if (foundchain != -1)
 794       {
 795         PDBChain chain = pdb.getChains().elementAt(foundchain);
 796         if (chain == mainchain)
 797         {
 798           if (fatom.alignmentMapping != -1)
 799           {
 800             if (highlightRes == null)
 801             {
 802               highlightRes = new Vector<String>();
 803             }
 804
 805             final String atomString = Integer
 806                     .toString(fatom.alignmentMapping);
 807             if (highlightRes.contains(atomString))
 808             {
 809               highlightRes.removeElement(atomString);
 810             }
 811             else
 812             {
 813               highlightRes.addElement(atomString);
 814             }
 815           }
 816         }
 817       }
 818
 819     }
 820     mx = e.getX();
 821     my = e.getY();
 822     omx = mx;
 823     omy = my;
 824     dragging = false;
 825   }
 826
 827   @Override
 828   public void mouseMoved(MouseEvent e)
 829   {
 830     pdbAction = true;
 831     if (highlightBond1 != null)
 832     {
 833       highlightBond1.at2.isSelected = false;
 834       highlightBond2.at1.isSelected = false;
 835       highlightBond1 = null;
 836       highlightBond2 = null;
 837     }
 838
 839     Atom fatom = findAtom(e.getX(), e.getY());
 840
 841     PDBChain chain = null;
 842     if (foundchain != -1)
 843     {
 844       chain = pdb.getChains().elementAt(foundchain);
 845       if (chain == mainchain)
 846       {
 847         mouseOverStructure(fatom.resNumber, chain.id);
 848       }
 849     }
 850
 851     if (fatom != null)
 852     {
 853       toolx = e.getX();
 854       tooly = e.getY();
 855
 856       appletToolTip = chain.id + ":" + fatom.resNumber + " "
 857               + fatom.resName;
 858       redrawneeded = true;
 859       repaint();
 860     }
 861     else
 862     {
 863       mouseOverStructure(-1, chain != null ? chain.id : null);
 864       appletToolTip = null;
 865       redrawneeded = true;
 866       repaint();
 867     }
 868   }
 869
 870   @Override
 871   public void mouseClicked(MouseEvent e)
 872   {
 873   }
 874
 875   @Override
 876   public void mouseEntered(MouseEvent e)
 877   {
 878   }
 879
 880   @Override
 881   public void mouseExited(MouseEvent e)
 882   {
 883   }
 884
 885   @Override
 886   public void mouseDragged(MouseEvent evt)
 887   {
 888     int x = evt.getX();
 889     int y = evt.getY();
 890     mx = x;
 891     my = y;
 892
 893     MCMatrix objmat = new MCMatrix(3, 3);
 894     objmat.setIdentity();
 895
 896     if ((evt.getModifiers() & Event.META_MASK) != 0)
 897     {
 898       objmat.rotatez(((mx - omx)));
 899     }
 900     else
 901     {
 902       objmat.rotatex(((omy - my)));
 903       objmat.rotatey(((omx - mx)));
 904     }
 905
 906     // Alter the bonds
 907     for (PDBChain chain : pdb.getChains())
 908     {
 909       for (Bond tmpBond : chain.bonds)
 910       {
 911         // Translate the bond so the centre is 0,0,0
 912         tmpBond.translate(-centre[0], -centre[1], -centre[2]);
 913
 914         // Now apply the rotation matrix
 915         tmpBond.start = objmat.vectorMultiply(tmpBond.start);
 916         tmpBond.end = objmat.vectorMultiply(tmpBond.end);
 917
 918         // Now translate back again
 919         tmpBond.translate(centre[0], centre[1], centre[2]);
 920       }
 921     }
 922
 923     objmat = null;
 924
 925     omx = mx;
 926     omy = my;
 927
 928     dragging = true;
 929
 930     redrawneeded = true;
 931
 932     repaint();
 933   }
 934
 935   @Override
 936   public void mouseReleased(MouseEvent evt)
 937   {
 938     dragging = false;
 939     return;
 940   }
 941
 942   void drawLabels(Graphics g)
 943   {
 944
 945     for (PDBChain chain : pdb.getChains())
 946     {
 947       if (chain.isVisible)
 948       {
 949         for (Bond tmpBond : chain.bonds)
 950         {
 951           if (tmpBond.at1.isSelected)
 952           {
 953             labelAtom(g, tmpBond, 1);
 954           }
 955
 956           if (tmpBond.at2.isSelected)
 957           {
 958             labelAtom(g, tmpBond, 2);
 959           }
 960         }
 961       }
 962     }
 963   }
 964
 965   public void labelAtom(Graphics g, Bond b, int n)
 966   {
 967     g.setFont(font);
 968
 969     if (n == 1)
 970     {
 971       int xstart = (int) (((b.start[0] - centre[0]) * scale) + (getSize().width / 2));
 972       int ystart = (int) (((centre[1] - b.start[1]) * scale) + (getSize().height / 2));
 973
 974       g.setColor(Color.red);
 975       g.drawString(b.at1.resName + "-" + b.at1.resNumber, xstart, ystart);
 976     }
 977
 978     if (n == 2)
 979     {
 980       int xstart = (int) (((b.end[0] - centre[0]) * scale) + (getSize().width / 2));
 981       int ystart = (int) (((centre[1] - b.end[1]) * scale) + (getSize().height / 2));
 982
 983       g.setColor(Color.red);
 984       g.drawString(b.at2.resName + "-" + b.at2.resNumber, xstart, ystart);
 985     }
 986   }
 987
 988   int foundchain = -1;
 989
 990   public Atom findAtom(int x, int y)
 991   {
 992     Atom fatom = null;
 993
 994     foundchain = -1;
 995
 996     for (int ii = 0; ii < pdb.getChains().size(); ii++)
 997     {
 998       PDBChain chain = pdb.getChains().elementAt(ii);
 999       int truex;
1000       Bond tmpBond = null;
1001
1002       if (chain.isVisible)
1003       {
1004         Vector<Bond> bonds = pdb.getChains().elementAt(ii).bonds;
1005
1006         for (int i = 0; i < bonds.size(); i++)
1007         {
1008           tmpBond = bonds.elementAt(i);
1009
1010           truex = (int) (((tmpBond.start[0] - centre[0]) * scale) + (getSize().width / 2));
1011
1012           if (Math.abs(truex - x) <= 2)
1013           {
1014             int truey = (int) (((centre[1] - tmpBond.start[1]) * scale) + (getSize().height / 2));
1015
1016             if (Math.abs(truey - y) <= 2)
1017             {
1018               fatom = tmpBond.at1;
1019               foundchain = ii;
1020               break;
1021             }
1022           }
1023         }
1024
1025         // Still here? Maybe its the last bond
1026
1027         truex = (int) (((tmpBond.end[0] - centre[0]) * scale) + (getSize().width / 2));
1028
1029         if (Math.abs(truex - x) <= 2)
1030         {
1031           int truey = (int) (((tmpBond.end[1] - centre[1]) * scale) + (getSize().height / 2));
1032
1033           if (Math.abs(truey - y) <= 2)
1034           {
1035             fatom = tmpBond.at2;
1036             foundchain = ii;
1037             break;
1038           }
1039         }
1040
1041       }
1042
1043       if (fatom != null) // )&& chain.ds != null)
1044       {
1045         chain = pdb.getChains().elementAt(foundchain);
1046       }
1047     }
1048
1049     return fatom;
1050   }
1051
1052   @Override
1053   public void update(Graphics g)
1054   {
1055     paint(g);
1056   }
1057
1058   public void highlightRes(int ii)
1059   {
1060     if (!seqColoursReady)
1061     {
1062       return;
1063     }
1064
1065     if (highlightRes != null && highlightRes.contains((ii - 1) + ""))
1066     {
1067       return;
1068     }
1069
1070     int index = -1;
1071     Bond tmpBond;
1072     for (index = 0; index < mainchain.bonds.size(); index++)
1073     {
1074       tmpBond = mainchain.bonds.elementAt(index);
1075       if (tmpBond.at1.alignmentMapping == ii - 1)
1076       {
1077         if (highlightBond1 != null)
1078         {
1079           highlightBond1.at2.isSelected = false;
1080         }
1081
1082         if (highlightBond2 != null)
1083         {
1084           highlightBond2.at1.isSelected = false;
1085         }
1086
1087         highlightBond1 = null;
1088         highlightBond2 = null;
1089
1090         if (index > 0)
1091         {
1092           highlightBond1 = mainchain.bonds.elementAt(index - 1);
1093           highlightBond1.at2.isSelected = true;
1094         }
1095
1096         if (index != mainchain.bonds.size())
1097         {
1098           highlightBond2 = mainchain.bonds.elementAt(index);
1099           highlightBond2.at1.isSelected = true;
1100         }
1101
1102         break;
1103       }
1104     }
1105
1106     redrawneeded = true;
1107     repaint();
1108   }
1109
1110   public void setAllchainsVisible(boolean b)
1111   {
1112     for (int ii = 0; ii < pdb.getChains().size(); ii++)
1113     {
1114       PDBChain chain = pdb.getChains().elementAt(ii);
1115       chain.isVisible = b;
1116     }
1117     mainchain.isVisible = true;
1118     findCentre();
1119     setupBonds();
1120   }
1121
1122   // ////////////////////////////////
1123   // /StructureListener
1124   @Override
1125   public String[] getPdbFile()
1126   {
1127     return new String[] { pdbentry.getFile() };
1128   }
1129
1130   String lastMessage;
1131
1132   public void mouseOverStructure(int pdbResNum, String chain)
1133   {
1134     if (lastMessage == null || !lastMessage.equals(pdbResNum + chain))
1135     {
1136       ssm.mouseOverStructure(pdbResNum, chain, pdbentry.getFile());
1137     }
1138
1139     lastMessage = pdbResNum + chain;
1140   }
1141
1142   StringBuffer resetLastRes = new StringBuffer();
1143
1144   StringBuffer eval = new StringBuffer();
1145
1146   /**
1147    * Highlight the specified atoms in the structure.
1148    *
1149    * @param atoms
1150    */
1151   @Override
1152   public void highlightAtoms(List<AtomSpec> atoms)
1153   {
1154     if (!seqColoursReady)
1155     {
1156       return;
1157     }
1158     for (AtomSpec atom : atoms)
1159     {
1160       int atomIndex = atom.getAtomIndex();
1161
1162       if (highlightRes != null
1163               && highlightRes.contains((atomIndex - 1) + ""))
1164       {
1165         continue;
1166       }
1167
1168       highlightAtom(atomIndex);
1169     }
1170
1171     redrawneeded = true;
1172     repaint();
1173   }
1174
1175   /**
1176    * @param atomIndex
1177    */
1178   protected void highlightAtom(int atomIndex)
1179   {
1180     int index = -1;
1181     Bond tmpBond;
1182     for (index = 0; index < mainchain.bonds.size(); index++)
1183     {
1184       tmpBond = mainchain.bonds.elementAt(index);
1185       if (tmpBond.at1.atomIndex == atomIndex)
1186       {
1187         if (highlightBond1 != null)
1188         {
1189           highlightBond1.at2.isSelected = false;
1190         }
1191
1192         if (highlightBond2 != null)
1193         {
1194           highlightBond2.at1.isSelected = false;
1195         }
1196
1197         highlightBond1 = null;
1198         highlightBond2 = null;
1199
1200         if (index > 0)
1201         {
1202           highlightBond1 = mainchain.bonds.elementAt(index - 1);
1203           highlightBond1.at2.isSelected = true;
1204         }
1205
1206         if (index != mainchain.bonds.size())
1207         {
1208           highlightBond2 = mainchain.bonds.elementAt(index);
1209           highlightBond2.at1.isSelected = true;
1210         }
1211
1212         break;
1213       }
1214     }
1215   }
1216
1217   public Color getColour(int atomIndex, int pdbResNum, String chain,
1218           String pdbfile)
1219   {
1220     return Color.white;
1221     // if (!pdbfile.equals(pdbentry.getFile()))
1222     // return null;
1223
1224     // return new Color(viewer.getAtomArgb(atomIndex));
1225   }
1226
1227   @Override
1228   public void updateColours(Object source)
1229   {
1230     colourBySequence();
1231     redrawneeded = true;
1232     repaint();
1233   }
1234
1235   @Override
1236   public void releaseReferences(Object svl)
1237   {
1238     // TODO Auto-generated method stub
1239
1240   }
1241
1242   @Override
1243   public boolean isListeningFor(SequenceI seq)
1244   {
1245     if (sequence != null)
1246     {
1247       for (SequenceI s : sequence)
1248       {
1249         if (s == seq)
1250         {
1251           return true;
1252         }
1253       }
1254     }
1255     return false;
1256   }
1257 }