src/MCview/AppletPDBCanvas.java

   1 /*\r
   2 * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3 * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4 *\r
   5 * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6 * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7 * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8 * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9 *\r
  10 * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11 * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12 * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13 * GNU General Public License for more details.\r
  14 *\r
  15 * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16 * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17 * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18 */\r
  19 package MCview;\r
  20 \r
  21 import jalview.analysis.AlignSeq;\r
  22 \r
  23 import jalview.datamodel.*;\r
  24 \r
  25 // JBPNote TODO: This class is quite noisy - needs proper log.info/log.debug\r
  26 import java.awt.*;\r
  27 import java.awt.event.*;\r
  28 \r
  29 import java.io.*;\r
  30 \r
  31 import java.util.*;\r
  32 \r
  33 \r
  34 \r
  35 public class AppletPDBCanvas extends Panel implements MouseListener, MouseMotionListener\r
  36 {\r
  37 \r
  38     MCMatrix idmat = new MCMatrix(3, 3);\r
  39     MCMatrix objmat = new MCMatrix(3, 3);\r
  40     boolean redrawneeded = true;\r
  41     int omx = 0;\r
  42     int mx = 0;\r
  43     int omy = 0;\r
  44     int my = 0;\r
  45     public PDBfile pdb;\r
  46     int bsize;\r
  47     Image img;\r
  48     Graphics ig;\r
  49     Dimension prefsize;\r
  50     float[] centre = new float[3];\r
  51     float[] width = new float[3];\r
  52     float maxwidth;\r
  53     float scale;\r
  54     String inStr;\r
  55     String inType;\r
  56     boolean bysequence = true;\r
  57     boolean depthcue = true;\r
  58     boolean wire = false;\r
  59     boolean bymolecule = false;\r
  60     boolean zbuffer = true;\r
  61     boolean dragging;\r
  62     int xstart;\r
  63     int xend;\r
  64     int ystart;\r
  65     int yend;\r
  66     int xmid;\r
  67     int ymid;\r
  68     Font font = new Font("Helvetica", Font.PLAIN, 10);\r
  69     jalview.appletgui.SeqCanvas seqcanvas;\r
  70     public Sequence sequence;\r
  71     final StringBuffer mappingDetails = new StringBuffer();\r
  72     String appletToolTip = null;\r
  73     int toolx, tooly;\r
  74     PDBChain mainchain;\r
  75     Vector highlightRes;\r
  76     boolean pdbAction = false;\r
  77     Bond highlightBond1, highlightBond2;\r
  78 \r
  79     public AppletPDBCanvas(jalview.appletgui.SeqCanvas seqcanvas, Sequence seq)\r
  80     {\r
  81       this.seqcanvas = seqcanvas;\r
  82       this.sequence = seq;\r
  83 \r
  84       seqcanvas.setPDBCanvas(this);\r
  85       addKeyListener(new KeyAdapter()\r
  86       {\r
  87 \r
  88         public void keyPressed(KeyEvent evt)\r
  89         {\r
  90           doKeyPressed(evt);\r
  91         }\r
  92       });\r
  93     }\r
  94 \r
  95 \r
  96   public void setPDBFile(PDBfile pdb)\r
  97    {\r
  98         int max = -10;\r
  99         int maxchain = -1;\r
 100         int pdbstart = 0;\r
 101         int pdbend = 0;\r
 102         int seqstart = 0;\r
 103         int seqend = 0;\r
 104         AlignSeq maxAlignseq = null;;\r
 105 \r
 106         for (int i = 0; i < pdb.chains.size(); i++)\r
 107         {\r
 108 \r
 109           mappingDetails.append("\n\nPDB Sequence is :\nSequence = " + ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(i)).sequence.getSequence());\r
 110           mappingDetails.append("\nNo of residues = " + ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(i)).residues.size()+"\n\n");\r
 111 \r
 112             // Now lets compare the sequences to get\r
 113             // the start and end points.\r
 114             // Align the sequence to the pdb\r
 115             AlignSeq as = new AlignSeq(sequence,\r
 116                     ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(i)).sequence, "pep");\r
 117             as.calcScoreMatrix();\r
 118             as.traceAlignment();\r
 119             PrintStream  ps = new PrintStream(System.out)\r
 120            {\r
 121               public void print(String x) {\r
 122                    mappingDetails.append(x);\r
 123                }\r
 124                public void println()\r
 125                {\r
 126                  mappingDetails.append("\n");\r
 127                }\r
 128             };\r
 129 \r
 130             as.printAlignment(ps);\r
 131 \r
 132             if (as.maxscore > max) {\r
 133                 max = as.maxscore;\r
 134                 maxchain = i;\r
 135 \r
 136                 pdbstart = as.seq2start;\r
 137                 pdbend = as.seq2end;\r
 138                 seqstart = as.seq1start + sequence.getStart()-1;\r
 139                 seqend = as.seq1end + sequence.getEnd()-1;\r
 140                 maxAlignseq = as;\r
 141             }\r
 142 \r
 143             mappingDetails.append("\nPDB start/end "  + pdbstart + " " + pdbend);\r
 144             mappingDetails.append("\nSEQ start/end "+ seqstart + " " + seqend);\r
 145         }\r
 146 \r
 147         mainchain = (PDBChain) pdb.chains.elementAt(maxchain);\r
 148 \r
 149         mainchain.pdbstart = pdbstart;\r
 150         mainchain.pdbend = pdbend;\r
 151         mainchain.seqstart = seqstart;\r
 152         mainchain.seqend = seqend;\r
 153         mainchain.isVisible = true;\r
 154         mainchain.makeExactMapping(maxAlignseq, sequence);\r
 155 \r
 156         this.pdb = pdb;\r
 157         this.prefsize = new Dimension(getSize().width, getSize().height);\r
 158 \r
 159         //Initialize the matrices to identity\r
 160         for (int i = 0; i < 3; i++) {\r
 161             for (int j = 0; j < 3; j++) {\r
 162                 if (i != j) {\r
 163                     idmat.addElement(i, j, 0);\r
 164                     objmat.addElement(i, j, 0);\r
 165                 } else {\r
 166                     idmat.addElement(i, j, 1);\r
 167                     objmat.addElement(i, j, 1);\r
 168                 }\r
 169             }\r
 170         }\r
 171 \r
 172         addMouseMotionListener(this);\r
 173         addMouseListener(this);\r
 174 \r
 175 \r
 176         findCentre();\r
 177         findWidth();\r
 178 \r
 179         setupBonds();\r
 180 \r
 181         scale = findScale();\r
 182 \r
 183         updateSeqColours();\r
 184     }\r
 185 \r
 186 \r
 187     Vector visiblebonds;\r
 188     void setupBonds()\r
 189     {\r
 190       // Sort the bonds by z coord\r
 191       visiblebonds = new Vector();\r
 192 \r
 193       for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++)\r
 194       {\r
 195         if ( ( (PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).isVisible)\r
 196         {\r
 197           Vector tmp = ( (PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).bonds;\r
 198 \r
 199           for (int i = 0; i < tmp.size(); i++)\r
 200           {\r
 201             visiblebonds.addElement(tmp.elementAt(i));\r
 202           }\r
 203         }\r
 204       }\r
 205       updateSeqColours();\r
 206       redrawneeded = true;\r
 207       repaint();\r
 208     }\r
 209 \r
 210 \r
 211     public void findWidth() {\r
 212         float[] max = new float[3];\r
 213         float[] min = new float[3];\r
 214 \r
 215         max[0] = (float) -1e30;\r
 216         max[1] = (float) -1e30;\r
 217         max[2] = (float) -1e30;\r
 218 \r
 219         min[0] = (float) 1e30;\r
 220         min[1] = (float) 1e30;\r
 221         min[2] = (float) 1e30;\r
 222 \r
 223         for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++) {\r
 224             if (((PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).isVisible) {\r
 225                 Vector bonds = ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).bonds;\r
 226 \r
 227                 for (int i = 0; i < bonds.size(); i++) {\r
 228                     Bond tmp = (Bond) bonds.elementAt(i);\r
 229 \r
 230                     if (tmp.start[0] >= max[0]) {\r
 231                         max[0] = tmp.start[0];\r
 232                     }\r
 233 \r
 234                     if (tmp.start[1] >= max[1]) {\r
 235                         max[1] = tmp.start[1];\r
 236                     }\r
 237 \r
 238                     if (tmp.start[2] >= max[2]) {\r
 239                         max[2] = tmp.start[2];\r
 240                     }\r
 241 \r
 242                     if (tmp.start[0] <= min[0]) {\r
 243                         min[0] = tmp.start[0];\r
 244                     }\r
 245 \r
 246                     if (tmp.start[1] <= min[1]) {\r
 247                         min[1] = tmp.start[1];\r
 248                     }\r
 249 \r
 250                     if (tmp.start[2] <= min[2]) {\r
 251                         min[2] = tmp.start[2];\r
 252                     }\r
 253 \r
 254                     if (tmp.end[0] >= max[0]) {\r
 255                         max[0] = tmp.end[0];\r
 256                     }\r
 257 \r
 258                     if (tmp.end[1] >= max[1]) {\r
 259                         max[1] = tmp.end[1];\r
 260                     }\r
 261 \r
 262                     if (tmp.end[2] >= max[2]) {\r
 263                         max[2] = tmp.end[2];\r
 264                     }\r
 265 \r
 266                     if (tmp.end[0] <= min[0]) {\r
 267                         min[0] = tmp.end[0];\r
 268                     }\r
 269 \r
 270                     if (tmp.end[1] <= min[1]) {\r
 271                         min[1] = tmp.end[1];\r
 272                     }\r
 273 \r
 274                     if (tmp.end[2] <= min[2]) {\r
 275                         min[2] = tmp.end[2];\r
 276                     }\r
 277                 }\r
 278             }\r
 279         }\r
 280 \r
 281         width[0] = (float) Math.abs(max[0] - min[0]);\r
 282         width[1] = (float) Math.abs(max[1] - min[1]);\r
 283         width[2] = (float) Math.abs(max[2] - min[2]);\r
 284 \r
 285         maxwidth = width[0];\r
 286 \r
 287         if (width[1] > width[0]) {\r
 288             maxwidth = width[1];\r
 289         }\r
 290 \r
 291         if (width[2] > width[1]) {\r
 292             maxwidth = width[2];\r
 293         }\r
 294 \r
 295        // System.out.println("Maxwidth = " + maxwidth);\r
 296     }\r
 297 \r
 298     public float findScale() {\r
 299         int dim;\r
 300         int width;\r
 301         int height;\r
 302 \r
 303         if (getSize().width != 0) {\r
 304             width = getSize().width;\r
 305             height = getSize().height;\r
 306         } else {\r
 307             width = prefsize.width;\r
 308             height = prefsize.height;\r
 309         }\r
 310 \r
 311         if (width < height) {\r
 312             dim = width;\r
 313         } else {\r
 314             dim = height;\r
 315         }\r
 316 \r
 317         return (float) (dim / (1.5d * maxwidth));\r
 318     }\r
 319 \r
 320     public void findCentre() {\r
 321         float xtot = 0;\r
 322         float ytot = 0;\r
 323         float ztot = 0;\r
 324 \r
 325         int bsize = 0;\r
 326 \r
 327         //Find centre coordinate\r
 328         for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++) {\r
 329             if (((PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).isVisible) {\r
 330                 Vector bonds = ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).bonds;\r
 331 \r
 332                 bsize += bonds.size();\r
 333 \r
 334                 for (int i = 0; i < bonds.size(); i++) {\r
 335                     xtot = xtot + ((Bond) bonds.elementAt(i)).start[0] +\r
 336                         ((Bond) bonds.elementAt(i)).end[0];\r
 337 \r
 338                     ytot = ytot + ((Bond) bonds.elementAt(i)).start[1] +\r
 339                         ((Bond) bonds.elementAt(i)).end[1];\r
 340 \r
 341                     ztot = ztot + ((Bond) bonds.elementAt(i)).start[2] +\r
 342                         ((Bond) bonds.elementAt(i)).end[2];\r
 343                 }\r
 344             }\r
 345         }\r
 346 \r
 347         centre[0] = xtot / (2 * (float) bsize);\r
 348         centre[1] = ytot / (2 * (float) bsize);\r
 349         centre[2] = ztot / (2 * (float) bsize);\r
 350     }\r
 351 \r
 352     public void paint(Graphics g)\r
 353     {\r
 354 \r
 355       if(visiblebonds==null)\r
 356       {\r
 357         g.setColor(Color.black);\r
 358         g.setFont(new Font("Verdana", Font.BOLD, 14));\r
 359         g.drawString("Error Parsing Pasted PDB data!!", 50, getSize().height/2);\r
 360         return;\r
 361       }\r
 362 \r
 363 \r
 364         //Only create the image at the beginning -\r
 365         //this saves much memory usage\r
 366         if ((img == null) || (prefsize.width != getSize().width) ||\r
 367                 (prefsize.height != getSize().height)) {\r
 368 \r
 369          try{     prefsize.width = getSize().width;\r
 370            prefsize.height = getSize().height;\r
 371 \r
 372            scale = findScale();\r
 373            img = createImage(prefsize.width, prefsize.height);\r
 374            ig = img.getGraphics();\r
 375 \r
 376            redrawneeded = true;\r
 377          }catch(Exception ex)\r
 378          {\r
 379            ex.printStackTrace();\r
 380            System.out.println(getSize());\r
 381          }\r
 382         }\r
 383 \r
 384 \r
 385         if (redrawneeded)\r
 386         {\r
 387           drawAll(ig, prefsize.width, prefsize.height);\r
 388           redrawneeded = false;\r
 389         }\r
 390         if(appletToolTip!=null)\r
 391         {\r
 392           ig.setColor(Color.red);\r
 393           ig.drawString(appletToolTip, toolx, tooly);\r
 394         }\r
 395 \r
 396         g.drawImage(img, 0, 0, this);\r
 397 \r
 398         pdbAction = false;\r
 399     }\r
 400 \r
 401     public void drawAll(Graphics g, int width, int height)\r
 402     {\r
 403       g.setColor(Color.black);\r
 404       g.fillRect(0, 0, width, height);\r
 405       drawScene(g);\r
 406       drawLabels(g);\r
 407     }\r
 408 \r
 409 \r
 410     public void updateSeqColours()\r
 411     {\r
 412       if (pdbAction)\r
 413       {\r
 414         return;\r
 415       }\r
 416 \r
 417       if(bysequence && pdb!=null)\r
 418       {\r
 419         for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++)\r
 420         {\r
 421           colourBySequence((PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii));\r
 422         }\r
 423       }\r
 424 \r
 425       redrawneeded=true;\r
 426       repaint();\r
 427     }\r
 428 \r
 429 \r
 430     int findTrueIndex(int pos)\r
 431     {\r
 432       // returns the alignment position for a residue\r
 433       int j = sequence.getStart();\r
 434       int i = 0;\r
 435 \r
 436       while ( (i < sequence.getLength()) && (j <= sequence.getEnd()) && (j <= pos+1))\r
 437       {\r
 438         if (!jalview.util.Comparison.isGap(sequence.getCharAt(i)))\r
 439         {\r
 440           j++;\r
 441         }\r
 442 \r
 443         i++;\r
 444       }\r
 445 \r
 446       if(i>1)\r
 447          i--;\r
 448 \r
 449       if ( (j == sequence.getEnd()) && (j < pos))\r
 450       {\r
 451         return sequence.getEnd() + 1;\r
 452       }\r
 453       else\r
 454       {\r
 455         return i;\r
 456       }\r
 457     }\r
 458 \r
 459 \r
 460     // This method has been taken out of PDBChain to allow\r
 461     // Applet and Application specific sequence renderers to be used\r
 462     void colourBySequence(PDBChain chain)\r
 463     {\r
 464       for (int i = 0; i < chain.bonds.size(); i++)\r
 465       {\r
 466         Bond tmp = (Bond) chain.bonds.elementAt(i);\r
 467         tmp.startCol = Color.lightGray;\r
 468         tmp.endCol = Color.lightGray;\r
 469         if(chain!=mainchain)\r
 470           continue;\r
 471 \r
 472         if ( (tmp.at1.resNumber >= ( (chain.offset + chain.pdbstart) - 1)) &&\r
 473             (tmp.at1.resNumber <= ( (chain.offset + chain.pdbend) - 1)))\r
 474         {\r
 475 \r
 476           int index = findTrueIndex(tmp.at1.alignmentMapping);\r
 477                 //sequence.findIndex(tmp.at1.alignmentMapping);\r
 478             if (index != -1)\r
 479             {\r
 480               tmp.startCol = seqcanvas.getSequenceRenderer().\r
 481                   getResidueBoxColour( sequence, index);\r
 482 \r
 483           //    tmp.startCol = seqcanvas.getFeatureRenderer().\r
 484          //         findFeatureColour(tmp.startCol, sequence, index);\r
 485             }\r
 486         }\r
 487 \r
 488         int index =  findTrueIndex(tmp.at2.alignmentMapping);\r
 489             //sequence.findIndex( tmp.at2.alignmentMapping );\r
 490         if (index != -1)\r
 491         {\r
 492           tmp.endCol = seqcanvas.getSequenceRenderer().\r
 493               getResidueBoxColour( sequence, index);\r
 494         //  tmp.endCol = seqcanvas.getFeatureRenderer().\r
 495         //      findFeatureColour(tmp.endCol, sequence, index);\r
 496         }\r
 497       }\r
 498     }\r
 499 \r
 500 \r
 501     public void drawScene(Graphics g)\r
 502     {\r
 503 \r
 504         if (zbuffer) {\r
 505             Zsort.Zsort(visiblebonds);\r
 506         }\r
 507 \r
 508 \r
 509         Bond tmpBond=null;\r
 510         for (int i = 0; i < visiblebonds.size(); i++)\r
 511         {\r
 512             tmpBond = (Bond) visiblebonds.elementAt(i);\r
 513 \r
 514 \r
 515             xstart = (int) (((tmpBond.start[0] - centre[0]) * scale) +\r
 516                 (getSize().width / 2));\r
 517             ystart = (int) (((tmpBond.start[1] - centre[1]) * scale) +\r
 518                 (getSize().height / 2));\r
 519 \r
 520             xend = (int) (((tmpBond.end[0] - centre[0]) * scale) +\r
 521                 (getSize().width / 2));\r
 522             yend = (int) (((tmpBond.end[1] - centre[1]) * scale) +\r
 523                 (getSize().height / 2));\r
 524 \r
 525             xmid = (xend + xstart) / 2;\r
 526             ymid = (yend + ystart) / 2;\r
 527 \r
 528             if (depthcue && !bymolecule)\r
 529             {\r
 530                 if (tmpBond.start[2] < (centre[2] - (maxwidth / 6))) {\r
 531                     g.setColor(tmpBond.startCol.darker().darker());\r
 532                     drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);\r
 533 \r
 534                     g.setColor(tmpBond.endCol.darker().darker());\r
 535                     drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);\r
 536                 } else if (tmpBond.start[2] < (centre[2] + (maxwidth / 6))) {\r
 537                     g.setColor(tmpBond.startCol.darker());\r
 538                     drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);\r
 539 \r
 540                     g.setColor(tmpBond.endCol.darker());\r
 541                     drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);\r
 542                 } else {\r
 543                     g.setColor(tmpBond.startCol);\r
 544                     drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);\r
 545 \r
 546                     g.setColor(tmpBond.endCol);\r
 547                     drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);\r
 548                 }\r
 549             } else if (depthcue && bymolecule) {\r
 550                 if (tmpBond.start[2] < (centre[2] - (maxwidth / 6))) {\r
 551                     g.setColor(Color.green.darker().darker());\r
 552                     drawLine(g, xstart, ystart, xend, yend);\r
 553                 } else if (tmpBond.start[2] < (centre[2] + (maxwidth / 6))) {\r
 554                     g.setColor(Color.green.darker());\r
 555                     drawLine(g, xstart, ystart, xend, yend);\r
 556                 } else {\r
 557                     g.setColor(Color.green);\r
 558                     drawLine(g, xstart, ystart, xend, yend);\r
 559                 }\r
 560             } else if (!depthcue && !bymolecule) {\r
 561                 g.setColor(tmpBond.startCol);\r
 562                 drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);\r
 563                 g.setColor(tmpBond.endCol);\r
 564                 drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);\r
 565             } else {\r
 566                 drawLine(g, xstart, ystart, xend, yend);\r
 567             }\r
 568 \r
 569             if(highlightBond1!=null && highlightBond1==tmpBond)\r
 570             {\r
 571               g.setColor(Color.white);\r
 572               drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);\r
 573             }\r
 574 \r
 575             if(highlightBond2!=null && highlightBond2==tmpBond)\r
 576             {\r
 577               g.setColor(Color.white);\r
 578               drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);\r
 579             }\r
 580 \r
 581         }\r
 582     }\r
 583 \r
 584     public void drawLine(Graphics g, int x1, int y1, int x2, int y2) {\r
 585         if (!wire) {\r
 586             if (((float) Math.abs(y2 - y1) / (float) Math.abs(x2 - x1)) < 0.5) {\r
 587                 g.drawLine(x1, y1, x2, y2);\r
 588                 g.drawLine(x1 + 1, y1 + 1, x2 + 1, y2 + 1);\r
 589                 g.drawLine(x1, y1 - 1, x2, y2 - 1);\r
 590             } else {\r
 591                 g.setColor(g.getColor().brighter());\r
 592                 g.drawLine(x1, y1, x2, y2);\r
 593                 g.drawLine(x1 + 1, y1, x2 + 1, y2);\r
 594                 g.drawLine(x1 - 1, y1, x2 - 1, y2);\r
 595             }\r
 596         } else {\r
 597             g.drawLine(x1, y1, x2, y2);\r
 598         }\r
 599     }\r
 600 \r
 601     public Dimension minimumsize() {\r
 602         return prefsize;\r
 603     }\r
 604 \r
 605     public Dimension preferredsize() {\r
 606         return prefsize;\r
 607     }\r
 608 \r
 609     public void doKeyPressed(KeyEvent evt)\r
 610     {\r
 611       if (evt.getKeyCode() == KeyEvent.VK_UP)\r
 612       {\r
 613         scale = (float) (scale * 1.1);\r
 614         redrawneeded = true;\r
 615         repaint();\r
 616       }\r
 617       else if (evt.getKeyCode() == KeyEvent.VK_DOWN)\r
 618       {\r
 619         scale = (float) (scale * 0.9);\r
 620         redrawneeded = true;\r
 621         repaint();\r
 622       }\r
 623     }\r
 624 \r
 625     public void mousePressed(MouseEvent e) {\r
 626       pdbAction = true;\r
 627       Atom fatom = findAtom(e.getX(), e.getY());\r
 628       if(fatom!=null)\r
 629       {\r
 630         fatom.isSelected = !fatom.isSelected;\r
 631 \r
 632         redrawneeded = true;\r
 633         repaint();\r
 634         if (foundchain != -1)\r
 635         {\r
 636           PDBChain chain = (PDBChain) pdb.chains.elementAt(foundchain);\r
 637           if (chain == mainchain)\r
 638           {\r
 639             if (fatom.alignmentMapping != -1)\r
 640             {\r
 641               if (highlightRes == null)\r
 642                 highlightRes = new Vector();\r
 643 \r
 644               if (highlightRes.contains(fatom.alignmentMapping+"" + ""))\r
 645                 highlightRes.removeElement(fatom.alignmentMapping + "");\r
 646               else\r
 647                 highlightRes.addElement(fatom.alignmentMapping + "");\r
 648             }\r
 649           }\r
 650         }\r
 651 \r
 652         }\r
 653         mx = e.getX();\r
 654         my = e.getY();\r
 655         omx = mx;\r
 656         omy = my;\r
 657         dragging = false;\r
 658     }\r
 659 \r
 660     public void mouseMoved(MouseEvent e) {\r
 661       pdbAction = true;\r
 662       if(highlightBond1!=null)\r
 663       {\r
 664         highlightBond1.at2.isSelected = false;\r
 665         highlightBond2.at1.isSelected = false;\r
 666         highlightBond1 = null;\r
 667         highlightBond2 = null;\r
 668       }\r
 669 \r
 670         Atom fatom = findAtom(e.getX(), e.getY());\r
 671 \r
 672         PDBChain chain = null;\r
 673         if(foundchain!=-1)\r
 674         {\r
 675           chain = (PDBChain) pdb.chains.elementAt(foundchain);\r
 676           if(chain == mainchain)\r
 677           {\r
 678             highlightSeqcanvas( fatom.alignmentMapping );\r
 679           }\r
 680         }\r
 681 \r
 682         if (fatom != null) {\r
 683             toolx = e.getX();\r
 684             tooly = e.getY();\r
 685 \r
 686             appletToolTip = chain.id+":"+ fatom.resNumber+" "+ fatom.resName;\r
 687             redrawneeded = true;\r
 688             repaint();\r
 689         } else {\r
 690             highlightSeqcanvas( -1);\r
 691             appletToolTip = null;\r
 692             redrawneeded = true;\r
 693             repaint();\r
 694         }\r
 695     }\r
 696 \r
 697 \r
 698     void highlightSeqcanvas(int pos)\r
 699     {\r
 700       int index = seqcanvas.getViewport().getAlignment().findIndex(sequence);\r
 701 \r
 702       int size = pos==-1?0:3;\r
 703 \r
 704       if(highlightRes!=null)\r
 705         size += highlightRes.size()*3;\r
 706 \r
 707       int [] array = new int[size];\r
 708       int i=0;\r
 709       if(highlightRes!=null)\r
 710       {\r
 711         for (i = 0; i < highlightRes.size(); i++)\r
 712         {\r
 713           int a = Integer.parseInt(highlightRes.elementAt(\r
 714               i).toString())+1;\r
 715           array[i * 3] = index;\r
 716           array[ (i * 3) + 1] = a;\r
 717           array[ (i * 3) + 2] = a;\r
 718         }\r
 719       }\r
 720 \r
 721       if(pos!=-1)\r
 722       {\r
 723         array[i * 3] = index;\r
 724         array[i * 3 + 1] = pos+1;\r
 725         array[i * 3 + 2] = pos+1;\r
 726       }\r
 727 \r
 728       seqcanvas.highlightSearchResults(array);\r
 729     }\r
 730 \r
 731 \r
 732     public void mouseClicked(MouseEvent e) {\r
 733     }\r
 734 \r
 735     public void mouseEntered(MouseEvent e) {\r
 736     }\r
 737 \r
 738     public void mouseExited(MouseEvent e) {\r
 739     }\r
 740 \r
 741     public void mouseDragged(MouseEvent evt) {\r
 742         int x = evt.getX();\r
 743         int y = evt.getY();\r
 744         mx = x;\r
 745         my = y;\r
 746 \r
 747         MCMatrix objmat = new MCMatrix(3, 3);\r
 748         objmat.setIdentity();\r
 749 \r
 750         if ((evt.getModifiers() & Event.META_MASK) != 0) {\r
 751             objmat.rotatez((float) ((mx - omx)));\r
 752         } else {\r
 753             objmat.rotatex((float) ((my - omy)));\r
 754             objmat.rotatey((float) ((omx - mx)));\r
 755         }\r
 756 \r
 757         //Alter the bonds\r
 758         for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++) {\r
 759             Vector bonds = ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).bonds;\r
 760 \r
 761             for (int i = 0; i < bonds.size(); i++) {\r
 762                 Bond tmpBond = (Bond) bonds.elementAt(i);\r
 763 \r
 764                 //Translate the bond so the centre is 0,0,0\r
 765                 tmpBond.translate(-centre[0], -centre[1], -centre[2]);\r
 766 \r
 767                 //Now apply the rotation matrix\r
 768                 tmpBond.start = objmat.vectorMultiply(tmpBond.start);\r
 769                 tmpBond.end = objmat.vectorMultiply(tmpBond.end);\r
 770 \r
 771                 //Now translate back again\r
 772                 tmpBond.translate(centre[0], centre[1], centre[2]);\r
 773             }\r
 774         }\r
 775 \r
 776         objmat = null;\r
 777 \r
 778         omx = mx;\r
 779         omy = my;\r
 780 \r
 781         dragging = true;\r
 782 \r
 783         redrawneeded = true;\r
 784 \r
 785         repaint();\r
 786     }\r
 787 \r
 788     public void mouseReleased(MouseEvent evt) {\r
 789         dragging = false;\r
 790         return;\r
 791     }\r
 792 \r
 793     void drawLabels(Graphics g) {\r
 794 \r
 795         for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++)\r
 796         {\r
 797             PDBChain chain = (PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii);\r
 798 \r
 799             if (chain.isVisible)\r
 800             {\r
 801                 Vector bonds = ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).bonds;\r
 802 \r
 803                 for (int i = 0; i < bonds.size(); i++)\r
 804                 {\r
 805                     Bond tmpBond = (Bond) bonds.elementAt(i);\r
 806 \r
 807                     if (tmpBond.at1.isSelected)\r
 808                     {\r
 809                         labelAtom(g, tmpBond, 1);\r
 810                     }\r
 811 \r
 812                     if (tmpBond.at2.isSelected)\r
 813                     {\r
 814 \r
 815                         labelAtom(g, tmpBond, 2);\r
 816                     }\r
 817                 }\r
 818             }\r
 819         }\r
 820     }\r
 821 \r
 822     public void labelAtom(Graphics g, Bond b, int n) {\r
 823         g.setFont(font);\r
 824 \r
 825         if (n == 1) {\r
 826             int xstart = (int) (((b.start[0] - centre[0]) * scale) +\r
 827                 (getSize().width / 2));\r
 828             int ystart = (int) (((b.start[1] - centre[1]) * scale) +\r
 829                 (getSize().height / 2));\r
 830 \r
 831             g.setColor(Color.red);\r
 832             g.drawString(b.at1.resName + "-" + b.at1.resNumber, xstart, ystart);\r
 833         }\r
 834 \r
 835         if (n == 2) {\r
 836             int xstart = (int) (((b.end[0] - centre[0]) * scale) +\r
 837                 (getSize().width / 2));\r
 838             int ystart = (int) (((b.end[1] - centre[1]) * scale) +\r
 839                 (getSize().height / 2));\r
 840 \r
 841             g.setColor(Color.red);\r
 842             g.drawString(b.at2.resName + "-" + b.at2.resNumber, xstart, ystart);\r
 843         }\r
 844     }\r
 845 \r
 846     int foundchain = -1;\r
 847     public Atom findAtom(int x, int y) {\r
 848         Atom fatom = null;\r
 849 \r
 850         foundchain = -1;\r
 851 \r
 852         for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++)\r
 853         {\r
 854             PDBChain chain = (PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii);\r
 855             int truex;\r
 856             Bond tmpBond=null;\r
 857 \r
 858             if (chain.isVisible)\r
 859             {\r
 860                 Vector bonds = ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).bonds;\r
 861 \r
 862                 for (int i = 0; i < bonds.size(); i++)\r
 863                 {\r
 864                     tmpBond = (Bond) bonds.elementAt(i);\r
 865 \r
 866                     truex = (int) (((tmpBond.start[0] - centre[0]) * scale) +\r
 867                         (getSize().width / 2));\r
 868 \r
 869                     if (Math.abs(truex - x) <= 2)\r
 870                     {\r
 871                         int truey = (int) (((tmpBond.start[1] - centre[1]) * scale) +\r
 872                             (getSize().height / 2));\r
 873 \r
 874                         if (Math.abs(truey - y) <= 2)\r
 875                         {\r
 876                             fatom = tmpBond.at1;\r
 877                             foundchain = ii;\r
 878                             break;\r
 879                         }\r
 880                     }\r
 881                 }\r
 882 \r
 883                 // Still here? Maybe its the last bond\r
 884 \r
 885                 truex = (int) ( ( (tmpBond.end[0] - centre[0]) * scale) +\r
 886                                (getSize().width / 2));\r
 887 \r
 888                 if (Math.abs(truex - x) <= 2)\r
 889                 {\r
 890                   int truey = (int) ( ( (tmpBond.end[1] - centre[1]) * scale) +\r
 891                                      (getSize().height / 2));\r
 892 \r
 893                   if (Math.abs(truey - y) <= 2)\r
 894                   {\r
 895                     fatom = tmpBond.at2;\r
 896                     foundchain = ii;\r
 897                     break;\r
 898                   }\r
 899                 }\r
 900 \r
 901             }\r
 902 \r
 903             if (fatom != null) //)&& chain.ds != null)\r
 904              {\r
 905                 chain = (PDBChain) pdb.chains.elementAt(foundchain);\r
 906             }\r
 907         }\r
 908 \r
 909         return fatom;\r
 910     }\r
 911 \r
 912     public void update(Graphics g)\r
 913     {\r
 914       paint(g);\r
 915     }\r
 916 \r
 917     public void highlightRes(int ii)\r
 918    {\r
 919 \r
 920      if (highlightRes != null\r
 921          && highlightRes.contains((ii-1) + ""))\r
 922      {\r
 923        return;\r
 924      }\r
 925 \r
 926      int index = -1;\r
 927      Bond tmpBond;\r
 928      for(index=0; index<mainchain.bonds.size(); index++)\r
 929      {\r
 930        tmpBond = (Bond) mainchain.bonds.elementAt(index);\r
 931        if (tmpBond.at1.alignmentMapping == ii - 1)\r
 932        {\r
 933          if (highlightBond1 != null)\r
 934            highlightBond1.at2.isSelected = false;\r
 935 \r
 936          if (highlightBond2 != null)\r
 937            highlightBond2.at1.isSelected = false;\r
 938 \r
 939          highlightBond1 = null;\r
 940          highlightBond2 = null;\r
 941 \r
 942          if (index > 0)\r
 943          {\r
 944            highlightBond1 = (Bond) mainchain.bonds.elementAt(index - 1);\r
 945            highlightBond1.at2.isSelected = true;\r
 946          }\r
 947 \r
 948          if (index != mainchain.bonds.size())\r
 949          {\r
 950            highlightBond2 = (Bond) mainchain.bonds.elementAt(index);\r
 951            highlightBond2.at1.isSelected = true;\r
 952          }\r
 953 \r
 954          break;\r
 955        }\r
 956      }\r
 957 \r
 958      redrawneeded = true;\r
 959      repaint();\r
 960    }\r
 961 \r
 962 \r
 963     public void setAllchainsVisible(boolean b)\r
 964     {\r
 965       for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++)\r
 966       {\r
 967         PDBChain chain = (PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii);\r
 968         chain.isVisible = b;\r
 969       }\r
 970       mainchain.isVisible = true;\r
 971       findCentre();\r
 972       setupBonds();\r
 973     }\r
 974 \r
 975 }\r