src/MCview/AppletPDBCanvas.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Development Version 2.4.1)
   3  * Copyright (C) 2009 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8  * of the License, or (at your option) any later version.
   9  *
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13  * GNU General Public License for more details.
  14  *
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA
  18  */
  19 package MCview;
  20
  21 import java.io.*;
  22 import java.util.*;
  23
  24 // JBPNote TODO: This class is quite noisy - needs proper log.info/log.debug
  25 import java.awt.*;
  26 import java.awt.event.*;
  27
  28 import jalview.analysis.*;
  29 import jalview.datamodel.*;
  30
  31 import jalview.appletgui.*;
  32 import jalview.structure.*;
  33
  34 public class AppletPDBCanvas extends Panel implements MouseListener,
  35         MouseMotionListener, StructureListener
  36 {
  37
  38   MCMatrix idmat = new MCMatrix(3, 3);
  39
  40   MCMatrix objmat = new MCMatrix(3, 3);
  41
  42   boolean redrawneeded = true;
  43
  44   int omx = 0;
  45
  46   int mx = 0;
  47
  48   int omy = 0;
  49
  50   int my = 0;
  51
  52   public PDBfile pdb;
  53
  54   PDBEntry pdbentry;
  55
  56   int bsize;
  57
  58   Image img;
  59
  60   Graphics ig;
  61
  62   Dimension prefsize;
  63
  64   float[] centre = new float[3];
  65
  66   float[] width = new float[3];
  67
  68   float maxwidth;
  69
  70   float scale;
  71
  72   String inStr;
  73
  74   String inType;
  75
  76   boolean bysequence = true;
  77
  78   boolean depthcue = true;
  79
  80   boolean wire = false;
  81
  82   boolean bymolecule = false;
  83
  84   boolean zbuffer = true;
  85
  86   boolean dragging;
  87
  88   int xstart;
  89
  90   int xend;
  91
  92   int ystart;
  93
  94   int yend;
  95
  96   int xmid;
  97
  98   int ymid;
  99
 100   Font font = new Font("Helvetica", Font.PLAIN, 10);
 101
 102   public SequenceI[] sequence;
 103
 104   final StringBuffer mappingDetails = new StringBuffer();
 105
 106   String appletToolTip = null;
 107
 108   int toolx, tooly;
 109
 110   PDBChain mainchain;
 111
 112   Vector highlightRes;
 113
 114   boolean pdbAction = false;
 115
 116   Bond highlightBond1, highlightBond2;
 117
 118   boolean errorLoading = false;
 119
 120   boolean seqColoursReady = false;
 121
 122   FeatureRenderer fr;
 123
 124   AlignmentPanel ap;
 125
 126   StructureSelectionManager ssm;
 127
 128   public AppletPDBCanvas(PDBEntry pdbentry, SequenceI[] seq,
 129           String[] chains, AlignmentPanel ap, String protocol)
 130
 131   {
 132     this.ap = ap;
 133     this.pdbentry = pdbentry;
 134     this.sequence = seq;
 135
 136     ssm = StructureSelectionManager.getStructureSelectionManager();
 137
 138     try
 139     {
 140       pdb = ssm.setMapping(seq, chains, pdbentry.getFile(), protocol);
 141
 142       if (protocol.equals(jalview.io.AppletFormatAdapter.PASTE))
 143         pdbentry.setFile("INLINE" + pdb.id);
 144
 145     } catch (Exception ex)
 146     {
 147       ex.printStackTrace();
 148       return;
 149     }
 150
 151     pdbentry.setId(pdb.id);
 152
 153     ssm.addStructureViewerListener(this);
 154
 155     colourBySequence();
 156
 157     int max = -10;
 158     int maxchain = -1;
 159     int pdbstart = 0;
 160     int pdbend = 0;
 161     int seqstart = 0;
 162     int seqend = 0;
 163
 164     // JUST DEAL WITH ONE SEQUENCE FOR NOW
 165     SequenceI sequence = seq[0];
 166
 167     for (int i = 0; i < pdb.chains.size(); i++)
 168     {
 169
 170       mappingDetails.append("\n\nPDB Sequence is :\nSequence = "
 171               + ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(i)).sequence
 172                       .getSequenceAsString());
 173       mappingDetails.append("\nNo of residues = "
 174               + ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(i)).residues.size()
 175               + "\n\n");
 176
 177       // Now lets compare the sequences to get
 178       // the start and end points.
 179       // Align the sequence to the pdb
 180       AlignSeq as = new AlignSeq(sequence, ((PDBChain) pdb.chains
 181               .elementAt(i)).sequence, "pep");
 182       as.calcScoreMatrix();
 183       as.traceAlignment();
 184       PrintStream ps = new PrintStream(System.out)
 185       {
 186         public void print(String x)
 187         {
 188           mappingDetails.append(x);
 189         }
 190
 191         public void println()
 192         {
 193           mappingDetails.append("\n");
 194         }
 195       };
 196
 197       as.printAlignment(ps);
 198
 199       if (as.maxscore > max)
 200       {
 201         max = as.maxscore;
 202         maxchain = i;
 203
 204         pdbstart = as.seq2start;
 205         pdbend = as.seq2end;
 206         seqstart = as.seq1start + sequence.getStart() - 1;
 207         seqend = as.seq1end + sequence.getEnd() - 1;
 208       }
 209
 210       mappingDetails.append("\nPDB start/end " + pdbstart + " " + pdbend);
 211       mappingDetails.append("\nSEQ start/end " + seqstart + " " + seqend);
 212     }
 213
 214     mainchain = (PDBChain) pdb.chains.elementAt(maxchain);
 215
 216     mainchain.pdbstart = pdbstart;
 217     mainchain.pdbend = pdbend;
 218     mainchain.seqstart = seqstart;
 219     mainchain.seqend = seqend;
 220     mainchain.isVisible = true;
 221     // mainchain.makeExactMapping(maxAlignseq, sequence);
 222     // mainchain.transferRESNUMFeatures(sequence, null);
 223     this.pdb = pdb;
 224     this.prefsize = new Dimension(getSize().width, getSize().height);
 225
 226     // Initialize the matrices to identity
 227     for (int i = 0; i < 3; i++)
 228     {
 229       for (int j = 0; j < 3; j++)
 230       {
 231         if (i != j)
 232         {
 233           idmat.addElement(i, j, 0);
 234           objmat.addElement(i, j, 0);
 235         }
 236         else
 237         {
 238           idmat.addElement(i, j, 1);
 239           objmat.addElement(i, j, 1);
 240         }
 241       }
 242     }
 243
 244     addMouseMotionListener(this);
 245     addMouseListener(this);
 246
 247     addKeyListener(new KeyAdapter()
 248     {
 249       public void keyPressed(KeyEvent evt)
 250       {
 251         doKeyPressed(evt);
 252       }
 253     });
 254
 255     findCentre();
 256     findWidth();
 257
 258     setupBonds();
 259
 260     scale = findScale();
 261   }
 262
 263   Vector visiblebonds;
 264
 265   void setupBonds()
 266   {
 267     seqColoursReady = false;
 268     // Sort the bonds by z coord
 269     visiblebonds = new Vector();
 270
 271     for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++)
 272     {
 273       if (((PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).isVisible)
 274       {
 275         Vector tmp = ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).bonds;
 276
 277         for (int i = 0; i < tmp.size(); i++)
 278         {
 279           visiblebonds.addElement(tmp.elementAt(i));
 280         }
 281       }
 282     }
 283     seqColoursReady = true;
 284     colourBySequence();
 285     redrawneeded = true;
 286     repaint();
 287   }
 288
 289   public void findWidth()
 290   {
 291     float[] max = new float[3];
 292     float[] min = new float[3];
 293
 294     max[0] = (float) -1e30;
 295     max[1] = (float) -1e30;
 296     max[2] = (float) -1e30;
 297
 298     min[0] = (float) 1e30;
 299     min[1] = (float) 1e30;
 300     min[2] = (float) 1e30;
 301
 302     for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++)
 303     {
 304       if (((PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).isVisible)
 305       {
 306         Vector bonds = ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).bonds;
 307
 308         for (int i = 0; i < bonds.size(); i++)
 309         {
 310           Bond tmp = (Bond) bonds.elementAt(i);
 311
 312           if (tmp.start[0] >= max[0])
 313           {
 314             max[0] = tmp.start[0];
 315           }
 316
 317           if (tmp.start[1] >= max[1])
 318           {
 319             max[1] = tmp.start[1];
 320           }
 321
 322           if (tmp.start[2] >= max[2])
 323           {
 324             max[2] = tmp.start[2];
 325           }
 326
 327           if (tmp.start[0] <= min[0])
 328           {
 329             min[0] = tmp.start[0];
 330           }
 331
 332           if (tmp.start[1] <= min[1])
 333           {
 334             min[1] = tmp.start[1];
 335           }
 336
 337           if (tmp.start[2] <= min[2])
 338           {
 339             min[2] = tmp.start[2];
 340           }
 341
 342           if (tmp.end[0] >= max[0])
 343           {
 344             max[0] = tmp.end[0];
 345           }
 346
 347           if (tmp.end[1] >= max[1])
 348           {
 349             max[1] = tmp.end[1];
 350           }
 351
 352           if (tmp.end[2] >= max[2])
 353           {
 354             max[2] = tmp.end[2];
 355           }
 356
 357           if (tmp.end[0] <= min[0])
 358           {
 359             min[0] = tmp.end[0];
 360           }
 361
 362           if (tmp.end[1] <= min[1])
 363           {
 364             min[1] = tmp.end[1];
 365           }
 366
 367           if (tmp.end[2] <= min[2])
 368           {
 369             min[2] = tmp.end[2];
 370           }
 371         }
 372       }
 373     }
 374
 375     width[0] = (float) Math.abs(max[0] - min[0]);
 376     width[1] = (float) Math.abs(max[1] - min[1]);
 377     width[2] = (float) Math.abs(max[2] - min[2]);
 378
 379     maxwidth = width[0];
 380
 381     if (width[1] > width[0])
 382     {
 383       maxwidth = width[1];
 384     }
 385
 386     if (width[2] > width[1])
 387     {
 388       maxwidth = width[2];
 389     }
 390
 391     // System.out.println("Maxwidth = " + maxwidth);
 392   }
 393
 394   public float findScale()
 395   {
 396     int dim;
 397     int width;
 398     int height;
 399
 400     if (getSize().width != 0)
 401     {
 402       width = getSize().width;
 403       height = getSize().height;
 404     }
 405     else
 406     {
 407       width = prefsize.width;
 408       height = prefsize.height;
 409     }
 410
 411     if (width < height)
 412     {
 413       dim = width;
 414     }
 415     else
 416     {
 417       dim = height;
 418     }
 419
 420     return (float) (dim / (1.5d * maxwidth));
 421   }
 422
 423   public void findCentre()
 424   {
 425     float xtot = 0;
 426     float ytot = 0;
 427     float ztot = 0;
 428
 429     int bsize = 0;
 430
 431     // Find centre coordinate
 432     for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++)
 433     {
 434       if (((PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).isVisible)
 435       {
 436         Vector bonds = ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).bonds;
 437
 438         bsize += bonds.size();
 439
 440         for (int i = 0; i < bonds.size(); i++)
 441         {
 442           xtot = xtot + ((Bond) bonds.elementAt(i)).start[0]
 443                   + ((Bond) bonds.elementAt(i)).end[0];
 444
 445           ytot = ytot + ((Bond) bonds.elementAt(i)).start[1]
 446                   + ((Bond) bonds.elementAt(i)).end[1];
 447
 448           ztot = ztot + ((Bond) bonds.elementAt(i)).start[2]
 449                   + ((Bond) bonds.elementAt(i)).end[2];
 450         }
 451       }
 452     }
 453
 454     centre[0] = xtot / (2 * (float) bsize);
 455     centre[1] = ytot / (2 * (float) bsize);
 456     centre[2] = ztot / (2 * (float) bsize);
 457   }
 458
 459   public void paint(Graphics g)
 460   {
 461
 462     if (errorLoading)
 463     {
 464       g.setColor(Color.white);
 465       g.fillRect(0, 0, getSize().width, getSize().height);
 466       g.setColor(Color.black);
 467       g.setFont(new Font("Verdana", Font.BOLD, 14));
 468       g.drawString("Error loading PDB data!!", 50, getSize().height / 2);
 469       return;
 470     }
 471
 472     if (!seqColoursReady)
 473     {
 474       g.setColor(Color.black);
 475       g.setFont(new Font("Verdana", Font.BOLD, 14));
 476       g.drawString("Fetching PDB data...", 50, getSize().height / 2);
 477       return;
 478     }
 479
 480     // Only create the image at the beginning -
 481     // this saves much memory usage
 482     if ((img == null) || (prefsize.width != getSize().width)
 483             || (prefsize.height != getSize().height))
 484     {
 485
 486       try
 487       {
 488         prefsize.width = getSize().width;
 489         prefsize.height = getSize().height;
 490
 491         scale = findScale();
 492         img = createImage(prefsize.width, prefsize.height);
 493         ig = img.getGraphics();
 494
 495         redrawneeded = true;
 496       } catch (Exception ex)
 497       {
 498         ex.printStackTrace();
 499       }
 500     }
 501
 502     if (redrawneeded)
 503     {
 504       drawAll(ig, prefsize.width, prefsize.height);
 505       redrawneeded = false;
 506     }
 507     if (appletToolTip != null)
 508     {
 509       ig.setColor(Color.red);
 510       ig.drawString(appletToolTip, toolx, tooly);
 511     }
 512
 513     g.drawImage(img, 0, 0, this);
 514
 515     pdbAction = false;
 516   }
 517
 518   public void drawAll(Graphics g, int width, int height)
 519   {
 520     ig.setColor(Color.black);
 521     ig.fillRect(0, 0, width, height);
 522     drawScene(ig);
 523     drawLabels(ig);
 524   }
 525
 526   public void setColours(jalview.schemes.ColourSchemeI cs)
 527   {
 528     bysequence = false;
 529     pdb.setColours(cs);
 530     redrawneeded = true;
 531     repaint();
 532   }
 533
 534   // This method has been taken out of PDBChain to allow
 535   // Applet and Application specific sequence renderers to be used
 536   void colourBySequence()
 537   {
 538     SequenceRenderer sr = new SequenceRenderer(ap.av);
 539
 540     StructureMapping[] mapping = ssm.getMapping(pdbentry.getFile());
 541
 542     boolean showFeatures = false;
 543     if (ap.av.getShowSequenceFeatures())
 544     {
 545       if (fr == null)
 546       {
 547         fr = new jalview.appletgui.FeatureRenderer(ap.av);
 548       }
 549
 550       fr.transferSettings(ap.getFeatureRenderer());
 551
 552       showFeatures = true;
 553     }
 554
 555     PDBChain chain;
 556     if (bysequence && pdb != null)
 557     {
 558       for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++)
 559       {
 560         chain = (PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii);
 561
 562         for (int i = 0; i < chain.bonds.size(); i++)
 563         {
 564           Bond tmp = (Bond) chain.bonds.elementAt(i);
 565           tmp.startCol = Color.lightGray;
 566           tmp.endCol = Color.lightGray;
 567           if (chain != mainchain)
 568           {
 569             continue;
 570           }
 571
 572           for (int s = 0; s < sequence.length; s++)
 573           {
 574             for (int m = 0; m < mapping.length; m++)
 575             {
 576               if (mapping[m].getSequence() == sequence[s])
 577               {
 578                 int pos = mapping[m].getSeqPos(tmp.at1.resNumber) - 1;
 579                 if (pos > 0)
 580                 {
 581                   pos = sequence[s].findIndex(pos);
 582                   tmp.startCol = sr.getResidueBoxColour(sequence[s], pos);
 583                   if (showFeatures)
 584                   {
 585                     tmp.startCol = fr.findFeatureColour(tmp.startCol,
 586                             sequence[s], pos);
 587                   }
 588                 }
 589                 pos = mapping[m].getSeqPos(tmp.at2.resNumber) - 1;
 590                 if (pos > 0)
 591                 {
 592                   pos = sequence[s].findIndex(pos);
 593                   tmp.endCol = sr.getResidueBoxColour(sequence[s], pos);
 594                   if (showFeatures)
 595                   {
 596                     tmp.endCol = fr.findFeatureColour(tmp.endCol,
 597                             sequence[s], pos);
 598                   }
 599                 }
 600
 601               }
 602             }
 603           }
 604         }
 605       }
 606     }
 607   }
 608
 609   Zsort zsort;
 610
 611   public void drawScene(Graphics g)
 612   {
 613     if (zbuffer)
 614     {
 615       if (zsort == null)
 616       {
 617         zsort = new Zsort();
 618       }
 619
 620       zsort.Zsort(visiblebonds);
 621     }
 622
 623     Bond tmpBond = null;
 624     for (int i = 0; i < visiblebonds.size(); i++)
 625     {
 626       tmpBond = (Bond) visiblebonds.elementAt(i);
 627
 628       xstart = (int) (((tmpBond.start[0] - centre[0]) * scale) + (getSize().width / 2));
 629       ystart = (int) (((centre[1] - tmpBond.start[1]) * scale) + (getSize().height / 2));
 630
 631       xend = (int) (((tmpBond.end[0] - centre[0]) * scale) + (getSize().width / 2));
 632       yend = (int) (((centre[1] - tmpBond.end[1]) * scale) + (getSize().height / 2));
 633
 634       xmid = (xend + xstart) / 2;
 635       ymid = (yend + ystart) / 2;
 636
 637       if (depthcue && !bymolecule)
 638       {
 639         if (tmpBond.start[2] < (centre[2] - (maxwidth / 6)))
 640         {
 641           g.setColor(tmpBond.startCol.darker().darker());
 642           drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);
 643
 644           g.setColor(tmpBond.endCol.darker().darker());
 645           drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);
 646         }
 647         else if (tmpBond.start[2] < (centre[2] + (maxwidth / 6)))
 648         {
 649           g.setColor(tmpBond.startCol.darker());
 650           drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);
 651
 652           g.setColor(tmpBond.endCol.darker());
 653           drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);
 654         }
 655         else
 656         {
 657           g.setColor(tmpBond.startCol);
 658           drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);
 659
 660           g.setColor(tmpBond.endCol);
 661           drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);
 662         }
 663
 664       }
 665       else if (depthcue && bymolecule)
 666       {
 667         if (tmpBond.start[2] < (centre[2] - (maxwidth / 6)))
 668         {
 669           g.setColor(Color.green.darker().darker());
 670           drawLine(g, xstart, ystart, xend, yend);
 671         }
 672         else if (tmpBond.start[2] < (centre[2] + (maxwidth / 6)))
 673         {
 674           g.setColor(Color.green.darker());
 675           drawLine(g, xstart, ystart, xend, yend);
 676         }
 677         else
 678         {
 679           g.setColor(Color.green);
 680           drawLine(g, xstart, ystart, xend, yend);
 681         }
 682       }
 683       else if (!depthcue && !bymolecule)
 684       {
 685         g.setColor(tmpBond.startCol);
 686         drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);
 687         g.setColor(tmpBond.endCol);
 688         drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);
 689       }
 690       else
 691       {
 692         drawLine(g, xstart, ystart, xend, yend);
 693       }
 694
 695       if (highlightBond1 != null && highlightBond1 == tmpBond)
 696       {
 697         g.setColor(Color.white);
 698         drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);
 699       }
 700
 701       if (highlightBond2 != null && highlightBond2 == tmpBond)
 702       {
 703         g.setColor(Color.white);
 704         drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);
 705       }
 706
 707     }
 708   }
 709
 710   public void drawLine(Graphics g, int x1, int y1, int x2, int y2)
 711   {
 712     if (!wire)
 713     {
 714       if (((float) Math.abs(y2 - y1) / (float) Math.abs(x2 - x1)) < 0.5)
 715       {
 716         g.drawLine(x1, y1, x2, y2);
 717         g.drawLine(x1 + 1, y1 + 1, x2 + 1, y2 + 1);
 718         g.drawLine(x1, y1 - 1, x2, y2 - 1);
 719       }
 720       else
 721       {
 722         g.setColor(g.getColor().brighter());
 723         g.drawLine(x1, y1, x2, y2);
 724         g.drawLine(x1 + 1, y1, x2 + 1, y2);
 725         g.drawLine(x1 - 1, y1, x2 - 1, y2);
 726       }
 727     }
 728     else
 729     {
 730       g.drawLine(x1, y1, x2, y2);
 731     }
 732   }
 733
 734   public Dimension minimumsize()
 735   {
 736     return prefsize;
 737   }
 738
 739   public Dimension preferredsize()
 740   {
 741     return prefsize;
 742   }
 743
 744   public void doKeyPressed(KeyEvent evt)
 745   {
 746     if (evt.getKeyCode() == KeyEvent.VK_UP)
 747     {
 748       scale = (float) (scale * 1.1);
 749       redrawneeded = true;
 750       repaint();
 751     }
 752     else if (evt.getKeyCode() == KeyEvent.VK_DOWN)
 753     {
 754       scale = (float) (scale * 0.9);
 755       redrawneeded = true;
 756       repaint();
 757     }
 758   }
 759
 760   public void mousePressed(MouseEvent e)
 761   {
 762     pdbAction = true;
 763     Atom fatom = findAtom(e.getX(), e.getY());
 764     if (fatom != null)
 765     {
 766       fatom.isSelected = !fatom.isSelected;
 767
 768       redrawneeded = true;
 769       repaint();
 770       if (foundchain != -1)
 771       {
 772         PDBChain chain = (PDBChain) pdb.chains.elementAt(foundchain);
 773         if (chain == mainchain)
 774         {
 775           if (fatom.alignmentMapping != -1)
 776           {
 777             if (highlightRes == null)
 778             {
 779               highlightRes = new Vector();
 780             }
 781
 782             if (highlightRes.contains(fatom.alignmentMapping + "" + ""))
 783             {
 784               highlightRes.removeElement(fatom.alignmentMapping + "");
 785             }
 786             else
 787             {
 788               highlightRes.addElement(fatom.alignmentMapping + "");
 789             }
 790           }
 791         }
 792       }
 793
 794     }
 795     mx = e.getX();
 796     my = e.getY();
 797     omx = mx;
 798     omy = my;
 799     dragging = false;
 800   }
 801
 802   public void mouseMoved(MouseEvent e)
 803   {
 804     pdbAction = true;
 805     if (highlightBond1 != null)
 806     {
 807       highlightBond1.at2.isSelected = false;
 808       highlightBond2.at1.isSelected = false;
 809       highlightBond1 = null;
 810       highlightBond2 = null;
 811     }
 812
 813     Atom fatom = findAtom(e.getX(), e.getY());
 814
 815     PDBChain chain = null;
 816     if (foundchain != -1)
 817     {
 818       chain = (PDBChain) pdb.chains.elementAt(foundchain);
 819       if (chain == mainchain)
 820       {
 821         mouseOverStructure(fatom.resNumber, chain.id);
 822       }
 823     }
 824
 825     if (fatom != null)
 826     {
 827       toolx = e.getX();
 828       tooly = e.getY();
 829
 830       appletToolTip = chain.id + ":" + fatom.resNumber + " "
 831               + fatom.resName;
 832       redrawneeded = true;
 833       repaint();
 834     }
 835     else
 836     {
 837       mouseOverStructure(-1, chain != null ? chain.id : null);
 838       appletToolTip = null;
 839       redrawneeded = true;
 840       repaint();
 841     }
 842   }
 843
 844   public void mouseClicked(MouseEvent e)
 845   {
 846   }
 847
 848   public void mouseEntered(MouseEvent e)
 849   {
 850   }
 851
 852   public void mouseExited(MouseEvent e)
 853   {
 854   }
 855
 856   public void mouseDragged(MouseEvent evt)
 857   {
 858     int x = evt.getX();
 859     int y = evt.getY();
 860     mx = x;
 861     my = y;
 862
 863     MCMatrix objmat = new MCMatrix(3, 3);
 864     objmat.setIdentity();
 865
 866     if ((evt.getModifiers() & Event.META_MASK) != 0)
 867     {
 868       objmat.rotatez((float) ((mx - omx)));
 869     }
 870     else
 871     {
 872       objmat.rotatex((float) ((omy - my)));
 873       objmat.rotatey((float) ((omx - mx)));
 874     }
 875
 876     // Alter the bonds
 877     for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++)
 878     {
 879       Vector bonds = ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).bonds;
 880
 881       for (int i = 0; i < bonds.size(); i++)
 882       {
 883         Bond tmpBond = (Bond) bonds.elementAt(i);
 884
 885         // Translate the bond so the centre is 0,0,0
 886         tmpBond.translate(-centre[0], -centre[1], -centre[2]);
 887
 888         // Now apply the rotation matrix
 889         tmpBond.start = objmat.vectorMultiply(tmpBond.start);
 890         tmpBond.end = objmat.vectorMultiply(tmpBond.end);
 891
 892         // Now translate back again
 893         tmpBond.translate(centre[0], centre[1], centre[2]);
 894       }
 895     }
 896
 897     objmat = null;
 898
 899     omx = mx;
 900     omy = my;
 901
 902     dragging = true;
 903
 904     redrawneeded = true;
 905
 906     repaint();
 907   }
 908
 909   public void mouseReleased(MouseEvent evt)
 910   {
 911     dragging = false;
 912     return;
 913   }
 914
 915   void drawLabels(Graphics g)
 916   {
 917
 918     for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++)
 919     {
 920       PDBChain chain = (PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii);
 921
 922       if (chain.isVisible)
 923       {
 924         Vector bonds = ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).bonds;
 925
 926         for (int i = 0; i < bonds.size(); i++)
 927         {
 928           Bond tmpBond = (Bond) bonds.elementAt(i);
 929
 930           if (tmpBond.at1.isSelected)
 931           {
 932             labelAtom(g, tmpBond, 1);
 933           }
 934
 935           if (tmpBond.at2.isSelected)
 936           {
 937
 938             labelAtom(g, tmpBond, 2);
 939           }
 940         }
 941       }
 942     }
 943   }
 944
 945   public void labelAtom(Graphics g, Bond b, int n)
 946   {
 947     g.setFont(font);
 948
 949     if (n == 1)
 950     {
 951       int xstart = (int) (((b.start[0] - centre[0]) * scale) + (getSize().width / 2));
 952       int ystart = (int) (((centre[1] - b.start[1]) * scale) + (getSize().height / 2));
 953
 954       g.setColor(Color.red);
 955       g.drawString(b.at1.resName + "-" + b.at1.resNumber, xstart, ystart);
 956     }
 957
 958     if (n == 2)
 959     {
 960       int xstart = (int) (((b.end[0] - centre[0]) * scale) + (getSize().width / 2));
 961       int ystart = (int) (((centre[1] - b.end[1]) * scale) + (getSize().height / 2));
 962
 963       g.setColor(Color.red);
 964       g.drawString(b.at2.resName + "-" + b.at2.resNumber, xstart, ystart);
 965     }
 966   }
 967
 968   int foundchain = -1;
 969
 970   public Atom findAtom(int x, int y)
 971   {
 972     Atom fatom = null;
 973
 974     foundchain = -1;
 975
 976     for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++)
 977     {
 978       PDBChain chain = (PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii);
 979       int truex;
 980       Bond tmpBond = null;
 981
 982       if (chain.isVisible)
 983       {
 984         Vector bonds = ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).bonds;
 985
 986         for (int i = 0; i < bonds.size(); i++)
 987         {
 988           tmpBond = (Bond) bonds.elementAt(i);
 989
 990           truex = (int) (((tmpBond.start[0] - centre[0]) * scale) + (getSize().width / 2));
 991
 992           if (Math.abs(truex - x) <= 2)
 993           {
 994             int truey = (int) (((centre[1] - tmpBond.start[1]) * scale) + (getSize().height / 2));
 995
 996             if (Math.abs(truey - y) <= 2)
 997             {
 998               fatom = tmpBond.at1;
 999               foundchain = ii;
1000               break;
1001             }
1002           }
1003         }
1004
1005         // Still here? Maybe its the last bond
1006
1007         truex = (int) (((tmpBond.end[0] - centre[0]) * scale) + (getSize().width / 2));
1008
1009         if (Math.abs(truex - x) <= 2)
1010         {
1011           int truey = (int) (((tmpBond.end[1] - centre[1]) * scale) + (getSize().height / 2));
1012
1013           if (Math.abs(truey - y) <= 2)
1014           {
1015             fatom = tmpBond.at2;
1016             foundchain = ii;
1017             break;
1018           }
1019         }
1020
1021       }
1022
1023       if (fatom != null) // )&& chain.ds != null)
1024       {
1025         chain = (PDBChain) pdb.chains.elementAt(foundchain);
1026       }
1027     }
1028
1029     return fatom;
1030   }
1031
1032   public void update(Graphics g)
1033   {
1034     paint(g);
1035   }
1036
1037   public void highlightRes(int ii)
1038   {
1039     if (!seqColoursReady)
1040     {
1041       return;
1042     }
1043
1044     if (highlightRes != null && highlightRes.contains((ii - 1) + ""))
1045     {
1046       return;
1047     }
1048
1049     int index = -1;
1050     Bond tmpBond;
1051     for (index = 0; index < mainchain.bonds.size(); index++)
1052     {
1053       tmpBond = (Bond) mainchain.bonds.elementAt(index);
1054       if (tmpBond.at1.alignmentMapping == ii - 1)
1055       {
1056         if (highlightBond1 != null)
1057         {
1058           highlightBond1.at2.isSelected = false;
1059         }
1060
1061         if (highlightBond2 != null)
1062         {
1063           highlightBond2.at1.isSelected = false;
1064         }
1065
1066         highlightBond1 = null;
1067         highlightBond2 = null;
1068
1069         if (index > 0)
1070         {
1071           highlightBond1 = (Bond) mainchain.bonds.elementAt(index - 1);
1072           highlightBond1.at2.isSelected = true;
1073         }
1074
1075         if (index != mainchain.bonds.size())
1076         {
1077           highlightBond2 = (Bond) mainchain.bonds.elementAt(index);
1078           highlightBond2.at1.isSelected = true;
1079         }
1080
1081         break;
1082       }
1083     }
1084
1085     redrawneeded = true;
1086     repaint();
1087   }
1088
1089   public void setAllchainsVisible(boolean b)
1090   {
1091     for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++)
1092     {
1093       PDBChain chain = (PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii);
1094       chain.isVisible = b;
1095     }
1096     mainchain.isVisible = true;
1097     findCentre();
1098     setupBonds();
1099   }
1100
1101   // ////////////////////////////////
1102   // /StructureListener
1103   public String getPdbFile()
1104   {
1105     return pdbentry.getFile();
1106   }
1107
1108   String lastMessage;
1109
1110   public void mouseOverStructure(int pdbResNum, String chain)
1111   {
1112     if (lastMessage == null || !lastMessage.equals(pdbResNum + chain))
1113       ssm.mouseOverStructure(pdbResNum, chain, pdbentry.getFile());
1114
1115     lastMessage = pdbResNum + chain;
1116   }
1117
1118   StringBuffer resetLastRes = new StringBuffer();
1119
1120   StringBuffer eval = new StringBuffer();
1121
1122   public void highlightAtom(int atomIndex, int pdbResNum, String chain,
1123           String pdbfile)
1124   {
1125     if (!seqColoursReady)
1126     {
1127       return;
1128     }
1129
1130     if (highlightRes != null && highlightRes.contains((atomIndex - 1) + ""))
1131     {
1132       return;
1133     }
1134
1135     int index = -1;
1136     Bond tmpBond;
1137     for (index = 0; index < mainchain.bonds.size(); index++)
1138     {
1139       tmpBond = (Bond) mainchain.bonds.elementAt(index);
1140       if (tmpBond.at1.atomIndex == atomIndex)
1141       {
1142         if (highlightBond1 != null)
1143         {
1144           highlightBond1.at2.isSelected = false;
1145         }
1146
1147         if (highlightBond2 != null)
1148         {
1149           highlightBond2.at1.isSelected = false;
1150         }
1151
1152         highlightBond1 = null;
1153         highlightBond2 = null;
1154
1155         if (index > 0)
1156         {
1157           highlightBond1 = (Bond) mainchain.bonds.elementAt(index - 1);
1158           highlightBond1.at2.isSelected = true;
1159         }
1160
1161         if (index != mainchain.bonds.size())
1162         {
1163           highlightBond2 = (Bond) mainchain.bonds.elementAt(index);
1164           highlightBond2.at1.isSelected = true;
1165         }
1166
1167         break;
1168       }
1169     }
1170
1171     redrawneeded = true;
1172     repaint();
1173   }
1174
1175   public Color getColour(int atomIndex, int pdbResNum, String chain,
1176           String pdbfile)
1177   {
1178     return Color.white;
1179     // if (!pdbfile.equals(pdbentry.getFile()))
1180     // return null;
1181
1182     // return new Color(viewer.getAtomArgb(atomIndex));
1183   }
1184
1185   public void updateColours(Object source)
1186   {
1187     colourBySequence();
1188     redrawneeded = true;
1189     repaint();
1190   }
1191
1192 }