src/MCview/AppletPDBCanvas.java

   1 /*\r
   2 * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3 * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4 *\r
   5 * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6 * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7 * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8 * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9 *\r
  10 * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11 * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12 * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13 * GNU General Public License for more details.\r
  14 *\r
  15 * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16 * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17 * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18 */\r
  19 package MCview;\r
  20 \r
  21 import jalview.analysis.AlignSeq;\r
  22 \r
  23 import jalview.datamodel.*;\r
  24 \r
  25 // JBPNote TODO: This class is quite noisy - needs proper log.info/log.debug\r
  26 import java.awt.*;\r
  27 import java.awt.event.*;\r
  28 \r
  29 import java.io.*;\r
  30 \r
  31 import java.util.*;\r
  32 \r
  33 \r
  34 \r
  35 public class AppletPDBCanvas extends Panel implements MouseListener, MouseMotionListener\r
  36 {\r
  37   public AppletPDBCanvas()\r
  38   {\r
  39     try\r
  40     {\r
  41       jbInit();\r
  42     }\r
  43     catch (Exception ex)\r
  44     {\r
  45       ex.printStackTrace();\r
  46     }\r
  47   }\r
  48 \r
  49   MCMatrix idmat = new MCMatrix(3, 3);\r
  50     MCMatrix objmat = new MCMatrix(3, 3);\r
  51     boolean redrawneeded = true;\r
  52     int omx = 0;\r
  53     int mx = 0;\r
  54     int omy = 0;\r
  55     int my = 0;\r
  56     public PDBfile pdb;\r
  57     int bsize;\r
  58     Image img;\r
  59     Graphics ig;\r
  60     Dimension prefsize;\r
  61     float[] centre = new float[3];\r
  62     float[] width = new float[3];\r
  63     float maxwidth;\r
  64     float scale;\r
  65     String inStr;\r
  66     String inType;\r
  67     boolean bysequence = true;\r
  68     boolean depthcue = true;\r
  69     boolean wire = false;\r
  70     boolean bymolecule = false;\r
  71     boolean zbuffer = true;\r
  72     boolean dragging;\r
  73     int xstart;\r
  74     int xend;\r
  75     int ystart;\r
  76     int yend;\r
  77     int xmid;\r
  78     int ymid;\r
  79     Font font = new Font("Helvetica", Font.PLAIN, 10);\r
  80     jalview.appletgui.SequenceRenderer sr;\r
  81     jalview.appletgui.FeatureRenderer  fr;\r
  82     jalview.appletgui.SeqCanvas seqcanvas;\r
  83     Sequence sequence;\r
  84     final StringBuffer mappingDetails = new StringBuffer();\r
  85     String appletToolTip = null;\r
  86     int toolx, tooly;\r
  87 \r
  88     public AppletPDBCanvas(jalview.appletgui.SeqCanvas seqcanvas, Sequence seq)\r
  89     {\r
  90       this.seqcanvas = seqcanvas;\r
  91       this.sequence = seq;\r
  92       sr = seqcanvas.getSequenceRenderer();\r
  93       fr = seqcanvas.getFeatureRenderer();\r
  94 \r
  95       seqcanvas.setPDBViewer(this);\r
  96       addKeyListener(new KeyAdapter()\r
  97       {\r
  98 \r
  99         public void keyPressed(KeyEvent evt)\r
 100         {\r
 101           doKeyPressed(evt);\r
 102         }\r
 103       });\r
 104 \r
 105     }\r
 106 \r
 107   public void setPDBFile(PDBfile pdb)\r
 108    {\r
 109         this.sr = sr;\r
 110         this.fr = fr;\r
 111         int max = -10;\r
 112         int maxchain = -1;\r
 113         int pdbstart = 0;\r
 114         int pdbend = 0;\r
 115         int seqstart = 0;\r
 116         int seqend = 0;\r
 117 \r
 118         for (int i = 0; i < pdb.chains.size(); i++)\r
 119         {\r
 120 \r
 121           mappingDetails.append("\n\nPDB Sequence is :\nSequence = " + ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(i)).sequence.getSequence());\r
 122           mappingDetails.append("\nNo of residues = " + ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(i)).residues.size()+"\n\n");\r
 123 \r
 124             // Now lets compare the sequences to get\r
 125             // the start and end points.\r
 126             // Align the sequence to the pdb\r
 127             AlignSeq as = new AlignSeq(sequence,\r
 128                     ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(i)).sequence, "pep");\r
 129             as.calcScoreMatrix();\r
 130             as.traceAlignment();\r
 131             PrintStream  ps = new PrintStream(System.out)\r
 132            {\r
 133               public void print(String x) {\r
 134                    mappingDetails.append(x);\r
 135                }\r
 136                public void println()\r
 137                {\r
 138                  mappingDetails.append("\n");\r
 139                }\r
 140             };\r
 141 \r
 142             as.printAlignment(ps);\r
 143 \r
 144             if (as.maxscore > max) {\r
 145                 max = as.maxscore;\r
 146                 maxchain = i;\r
 147 \r
 148                 pdbstart = as.seq2start;\r
 149                 pdbend = as.seq2end;\r
 150                 seqstart = as.seq1start + sequence.getStart()-1;\r
 151                 seqend = as.seq1end + sequence.getEnd()-1;\r
 152             }\r
 153 \r
 154             mappingDetails.append("\nPDB start/end "  + pdbstart + " " + pdbend);\r
 155             mappingDetails.append("\nSEQ start/end "+ seqstart + " " + seqend);\r
 156         }\r
 157 \r
 158         ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(maxchain)).pdbstart = pdbstart;\r
 159         ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(maxchain)).pdbend = pdbend;\r
 160         ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(maxchain)).seqstart = seqstart;\r
 161         ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(maxchain)).seqend = seqend;\r
 162         ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(maxchain)).isVisible = true;\r
 163         ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(maxchain)).sequence = sequence;\r
 164 \r
 165         this.pdb = pdb;\r
 166         this.prefsize = new Dimension(getSize().width, getSize().height);\r
 167 \r
 168         //Initialize the matrices to identity\r
 169         for (int i = 0; i < 3; i++) {\r
 170             for (int j = 0; j < 3; j++) {\r
 171                 if (i != j) {\r
 172                     idmat.addElement(i, j, 0);\r
 173                     objmat.addElement(i, j, 0);\r
 174                 } else {\r
 175                     idmat.addElement(i, j, 1);\r
 176                     objmat.addElement(i, j, 1);\r
 177                 }\r
 178             }\r
 179         }\r
 180 \r
 181         addMouseMotionListener(this);\r
 182         addMouseListener(this);\r
 183 \r
 184       /*\r
 185        SequenceGroup sg = new SequenceGroup("PDB",\r
 186                                             null, true,true,false,\r
 187                                             sequence.findIndex(seqstart-1),\r
 188                                             sequence.findIndex(seqend-1));\r
 189        sg.addSequence(sequence, false);\r
 190        sg.setOutlineColour(Color.black);\r
 191        seqcanvas.getViewport().getAlignment().addGroup(sg);\r
 192        */\r
 193 \r
 194         findCentre();\r
 195         findWidth();\r
 196 \r
 197         scale = findScale();\r
 198 \r
 199         updateSeqColours();\r
 200     }\r
 201 \r
 202     public void deleteBonds() {\r
 203         scale = 0;\r
 204         maxwidth = 0;\r
 205 \r
 206         width[0] = 0;\r
 207         width[1] = 0;\r
 208         width[2] = 0;\r
 209 \r
 210         centre[0] = 0;\r
 211         centre[1] = 0;\r
 212         centre[2] = 0;\r
 213 \r
 214         for (int i = 0; i < pdb.chains.size(); i++) {\r
 215             ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(i)).bonds = null;\r
 216         }\r
 217     }\r
 218 \r
 219     public void findWidth() {\r
 220         float[] max = new float[3];\r
 221         float[] min = new float[3];\r
 222 \r
 223         max[0] = (float) -1e30;\r
 224         max[1] = (float) -1e30;\r
 225         max[2] = (float) -1e30;\r
 226 \r
 227         min[0] = (float) 1e30;\r
 228         min[1] = (float) 1e30;\r
 229         min[2] = (float) 1e30;\r
 230 \r
 231         for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++) {\r
 232             if (((PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).isVisible) {\r
 233                 Vector bonds = ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).bonds;\r
 234 \r
 235                 for (int i = 0; i < bonds.size(); i++) {\r
 236                     Bond tmp = (Bond) bonds.elementAt(i);\r
 237 \r
 238                     if (tmp.start[0] >= max[0]) {\r
 239                         max[0] = tmp.start[0];\r
 240                     }\r
 241 \r
 242                     if (tmp.start[1] >= max[1]) {\r
 243                         max[1] = tmp.start[1];\r
 244                     }\r
 245 \r
 246                     if (tmp.start[2] >= max[2]) {\r
 247                         max[2] = tmp.start[2];\r
 248                     }\r
 249 \r
 250                     if (tmp.start[0] <= min[0]) {\r
 251                         min[0] = tmp.start[0];\r
 252                     }\r
 253 \r
 254                     if (tmp.start[1] <= min[1]) {\r
 255                         min[1] = tmp.start[1];\r
 256                     }\r
 257 \r
 258                     if (tmp.start[2] <= min[2]) {\r
 259                         min[2] = tmp.start[2];\r
 260                     }\r
 261 \r
 262                     if (tmp.end[0] >= max[0]) {\r
 263                         max[0] = tmp.end[0];\r
 264                     }\r
 265 \r
 266                     if (tmp.end[1] >= max[1]) {\r
 267                         max[1] = tmp.end[1];\r
 268                     }\r
 269 \r
 270                     if (tmp.end[2] >= max[2]) {\r
 271                         max[2] = tmp.end[2];\r
 272                     }\r
 273 \r
 274                     if (tmp.end[0] <= min[0]) {\r
 275                         min[0] = tmp.end[0];\r
 276                     }\r
 277 \r
 278                     if (tmp.end[1] <= min[1]) {\r
 279                         min[1] = tmp.end[1];\r
 280                     }\r
 281 \r
 282                     if (tmp.end[2] <= min[2]) {\r
 283                         min[2] = tmp.end[2];\r
 284                     }\r
 285                 }\r
 286             }\r
 287         }\r
 288 \r
 289         width[0] = (float) Math.abs(max[0] - min[0]);\r
 290         width[1] = (float) Math.abs(max[1] - min[1]);\r
 291         width[2] = (float) Math.abs(max[2] - min[2]);\r
 292 \r
 293         maxwidth = width[0];\r
 294 \r
 295         if (width[1] > width[0]) {\r
 296             maxwidth = width[1];\r
 297         }\r
 298 \r
 299         if (width[2] > width[1]) {\r
 300             maxwidth = width[2];\r
 301         }\r
 302 \r
 303        // System.out.println("Maxwidth = " + maxwidth);\r
 304     }\r
 305 \r
 306     public float findScale() {\r
 307         int dim;\r
 308         int width;\r
 309         int height;\r
 310 \r
 311         if (getSize().width != 0) {\r
 312             width = getSize().width;\r
 313             height = getSize().height;\r
 314         } else {\r
 315             width = prefsize.width;\r
 316             height = prefsize.height;\r
 317         }\r
 318 \r
 319         if (width < height) {\r
 320             dim = width;\r
 321         } else {\r
 322             dim = height;\r
 323         }\r
 324 \r
 325         return (float) (dim / (1.5d * maxwidth));\r
 326     }\r
 327 \r
 328     public void findCentre() {\r
 329         float xtot = 0;\r
 330         float ytot = 0;\r
 331         float ztot = 0;\r
 332 \r
 333         int bsize = 0;\r
 334 \r
 335         //Find centre coordinate\r
 336         for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++) {\r
 337             if (((PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).isVisible) {\r
 338                 Vector bonds = ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).bonds;\r
 339 \r
 340                 bsize += bonds.size();\r
 341 \r
 342                 for (int i = 0; i < bonds.size(); i++) {\r
 343                     xtot = xtot + ((Bond) bonds.elementAt(i)).start[0] +\r
 344                         ((Bond) bonds.elementAt(i)).end[0];\r
 345 \r
 346                     ytot = ytot + ((Bond) bonds.elementAt(i)).start[1] +\r
 347                         ((Bond) bonds.elementAt(i)).end[1];\r
 348 \r
 349                     ztot = ztot + ((Bond) bonds.elementAt(i)).start[2] +\r
 350                         ((Bond) bonds.elementAt(i)).end[2];\r
 351                 }\r
 352             }\r
 353         }\r
 354 \r
 355         centre[0] = xtot / (2 * (float) bsize);\r
 356         centre[1] = ytot / (2 * (float) bsize);\r
 357         centre[2] = ztot / (2 * (float) bsize);\r
 358     }\r
 359 \r
 360     public void paint(Graphics g)\r
 361     {\r
 362 \r
 363       if(pdb==null)\r
 364       {\r
 365         g.setColor(Color.black);\r
 366         g.setFont(new Font("Verdana", Font.BOLD, 14));\r
 367         g.drawString("Error Parsing Pasted PDB data!!", 50, getSize().height/2);\r
 368         return;\r
 369       }\r
 370 \r
 371 \r
 372         //Only create the image at the beginning -\r
 373         //this saves much memory usage\r
 374         if ((img == null) || (prefsize.width != getSize().width) ||\r
 375                 (prefsize.height != getSize().height)) {\r
 376             prefsize.width = getSize().width;\r
 377             prefsize.height = getSize().height;\r
 378 \r
 379             scale = findScale();\r
 380             img = createImage(prefsize.width, prefsize.height);\r
 381             ig = img.getGraphics();\r
 382 \r
 383             redrawneeded = true;\r
 384         }\r
 385 \r
 386 \r
 387         if (redrawneeded)\r
 388         {\r
 389           drawAll(ig, prefsize.width, prefsize.height);\r
 390           redrawneeded = false;\r
 391         }\r
 392         if(appletToolTip!=null)\r
 393         {\r
 394           ig.setColor(Color.red);\r
 395           ig.drawString(appletToolTip, toolx, tooly);\r
 396         }\r
 397 \r
 398         g.drawImage(img, 0, 0, this);\r
 399 \r
 400 \r
 401     }\r
 402 \r
 403     public void drawAll(Graphics g, int width, int height)\r
 404     {\r
 405       g.setColor(Color.black);\r
 406       g.fillRect(0, 0, width, height);\r
 407       drawScene(g);\r
 408       drawLabels(g);\r
 409     }\r
 410 \r
 411 \r
 412     public void updateSeqColours()\r
 413     {\r
 414       if(bysequence && pdb!=null)\r
 415       {\r
 416         for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++)\r
 417         {\r
 418           colourBySequence((PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii));\r
 419         }\r
 420       }\r
 421 \r
 422       redrawneeded=true;\r
 423       repaint();\r
 424     }\r
 425 \r
 426     // This method has been taken out of PDBChain to allow\r
 427     // Applet and Application specific sequence renderers to be used\r
 428     void colourBySequence(PDBChain chain)\r
 429     {\r
 430       for (int i = 0; i < chain.bonds.size(); i++)\r
 431       {\r
 432         Bond tmp = (Bond) chain.bonds.elementAt(i);\r
 433 \r
 434         if ( (tmp.at1.resNumber >= ( (chain.offset + chain.pdbstart) - 1)) &&\r
 435             (tmp.at1.resNumber <= ( (chain.offset + chain.pdbend) - 1)))\r
 436         {\r
 437           int pos = chain.seqstart +\r
 438               (tmp.at1.resNumber - chain.pdbstart - chain.offset);\r
 439 \r
 440           int index = sequence.findIndex(pos);\r
 441 \r
 442           tmp.startCol = sr.findSequenceColour(sequence, index);\r
 443 \r
 444         //  tmp.startCol = fr.findFeatureColour(tmp.startCol, sequence, index);\r
 445 \r
 446         }\r
 447         else\r
 448         {\r
 449           tmp.startCol = Color.gray;\r
 450         }\r
 451 \r
 452         if ( (tmp.at2.resNumber >= ( (chain.offset + chain.pdbstart) - 1)) &&\r
 453             (tmp.at2.resNumber <= ( (chain.pdbend + chain.offset) - 1)))\r
 454         {\r
 455           int pos = chain.seqstart +\r
 456               (tmp.at2.resNumber - chain.pdbstart - chain.offset);\r
 457           int index = sequence.findIndex(pos);\r
 458 \r
 459           tmp.endCol = sr.findSequenceColour( sequence, index);\r
 460       //    tmp.endCol = fr.findFeatureColour(tmp.endCol, sequence, index);\r
 461         }\r
 462         else\r
 463         {\r
 464           tmp.endCol = Color.gray;\r
 465         }\r
 466       }\r
 467     }\r
 468 \r
 469 \r
 470     public void drawScene(Graphics g) {\r
 471         // Sort the bonds by z coord\r
 472         Vector bonds = new Vector();\r
 473 \r
 474         for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++)\r
 475         {\r
 476           if ( ( (PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).isVisible)\r
 477           {\r
 478             Vector tmp = ( (PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).bonds;\r
 479 \r
 480             for (int i = 0; i < tmp.size(); i++)\r
 481             {\r
 482               bonds.addElement(tmp.elementAt(i));\r
 483             }\r
 484           }\r
 485         }\r
 486 \r
 487         if (zbuffer) {\r
 488             Zsort.Zsort(bonds);\r
 489         }\r
 490 \r
 491         for (int i = 0; i < bonds.size(); i++) {\r
 492             Bond tmpBond = (Bond) bonds.elementAt(i);\r
 493 \r
 494             xstart = (int) (((tmpBond.start[0] - centre[0]) * scale) +\r
 495                 (getSize().width / 2));\r
 496             ystart = (int) (((tmpBond.start[1] - centre[1]) * scale) +\r
 497                 (getSize().height / 2));\r
 498 \r
 499             xend = (int) (((tmpBond.end[0] - centre[0]) * scale) +\r
 500                 (getSize().width / 2));\r
 501             yend = (int) (((tmpBond.end[1] - centre[1]) * scale) +\r
 502                 (getSize().height / 2));\r
 503 \r
 504             xmid = (xend + xstart) / 2;\r
 505             ymid = (yend + ystart) / 2;\r
 506 \r
 507             if (depthcue && !bymolecule) {\r
 508                 if (tmpBond.start[2] < (centre[2] - (maxwidth / 6))) {\r
 509                     g.setColor(tmpBond.startCol.darker().darker());\r
 510                     drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);\r
 511 \r
 512                     g.setColor(tmpBond.endCol.darker().darker());\r
 513                     drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);\r
 514                 } else if (tmpBond.start[2] < (centre[2] + (maxwidth / 6))) {\r
 515                     g.setColor(tmpBond.startCol.darker());\r
 516                     drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);\r
 517 \r
 518                     g.setColor(tmpBond.endCol.darker());\r
 519                     drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);\r
 520                 } else {\r
 521                     g.setColor(tmpBond.startCol);\r
 522                     drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);\r
 523 \r
 524                     g.setColor(tmpBond.endCol);\r
 525                     drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);\r
 526                 }\r
 527             } else if (depthcue && bymolecule) {\r
 528                 if (tmpBond.start[2] < (centre[2] - (maxwidth / 6))) {\r
 529                     g.setColor(Color.green.darker().darker());\r
 530                     drawLine(g, xstart, ystart, xend, yend);\r
 531                 } else if (tmpBond.start[2] < (centre[2] + (maxwidth / 6))) {\r
 532                     g.setColor(Color.green.darker());\r
 533                     drawLine(g, xstart, ystart, xend, yend);\r
 534                 } else {\r
 535                     g.setColor(Color.green);\r
 536                     drawLine(g, xstart, ystart, xend, yend);\r
 537                 }\r
 538             } else if (!depthcue && !bymolecule) {\r
 539                 g.setColor(tmpBond.startCol);\r
 540                 drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);\r
 541                 g.setColor(tmpBond.endCol);\r
 542                 drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);\r
 543             } else {\r
 544                 drawLine(g, xstart, ystart, xend, yend);\r
 545             }\r
 546         }\r
 547     }\r
 548 \r
 549     public void drawLine(Graphics g, int x1, int y1, int x2, int y2) {\r
 550         if (!wire) {\r
 551             if (((float) Math.abs(y2 - y1) / (float) Math.abs(x2 - x1)) < 0.5) {\r
 552                 g.drawLine(x1, y1, x2, y2);\r
 553                 g.drawLine(x1 + 1, y1 + 1, x2 + 1, y2 + 1);\r
 554                 g.drawLine(x1, y1 - 1, x2, y2 - 1);\r
 555             } else {\r
 556                 g.setColor(g.getColor().brighter());\r
 557                 g.drawLine(x1, y1, x2, y2);\r
 558                 g.drawLine(x1 + 1, y1, x2 + 1, y2);\r
 559                 g.drawLine(x1 - 1, y1, x2 - 1, y2);\r
 560             }\r
 561         } else {\r
 562             g.drawLine(x1, y1, x2, y2);\r
 563         }\r
 564     }\r
 565 \r
 566     public Dimension minimumsize() {\r
 567         return prefsize;\r
 568     }\r
 569 \r
 570     public Dimension preferredsize() {\r
 571         return prefsize;\r
 572     }\r
 573 \r
 574     public void doKeyPressed(KeyEvent evt)\r
 575     {\r
 576       if (evt.getKeyCode() == KeyEvent.VK_UP)\r
 577       {\r
 578         scale = (float) (scale * 1.1);\r
 579         redrawneeded = true;\r
 580         repaint();\r
 581       }\r
 582       else if (evt.getKeyCode() == KeyEvent.VK_DOWN)\r
 583       {\r
 584         scale = (float) (scale * 0.9);\r
 585         redrawneeded = true;\r
 586         repaint();\r
 587       }\r
 588     }\r
 589 \r
 590     public void mousePressed(MouseEvent e) {\r
 591         myAtom fatom = findAtom(e.getX(), e.getY());\r
 592         if(fatom!=null)\r
 593         {\r
 594           fatom.isSelected = !fatom.isSelected;\r
 595           redrawneeded = true;\r
 596           repaint();\r
 597         }\r
 598         mx = e.getX();\r
 599         my = e.getY();\r
 600         omx = mx;\r
 601         omy = my;\r
 602         dragging = false;\r
 603     }\r
 604 \r
 605     public void mouseMoved(MouseEvent e) {\r
 606 \r
 607         myAtom fatom = findAtom(e.getX(), e.getY());\r
 608 \r
 609         if(foundchain!=-1)\r
 610         {\r
 611           PDBChain chain = (PDBChain) pdb.chains.elementAt(foundchain);\r
 612           int pos = chain.seqstart +\r
 613               (fatom.resNumber - chain.pdbstart - chain.offset)+1;\r
 614 \r
 615           int index = seqcanvas.getViewport().getAlignment().findIndex(sequence);\r
 616 \r
 617           seqcanvas.highlightSearchResults(new int[]{index, pos, pos});\r
 618         }\r
 619         else\r
 620           seqcanvas.highlightSearchResults(null);\r
 621 \r
 622         if (fatom != null) {\r
 623             toolx = e.getX();\r
 624             tooly = e.getY();\r
 625             appletToolTip = fatom.resNumber+" "+ fatom.resName;\r
 626             redrawneeded = true;\r
 627             repaint();\r
 628         } else {\r
 629             appletToolTip = null;\r
 630             redrawneeded = true;\r
 631             repaint();\r
 632         }\r
 633     }\r
 634 \r
 635     public void mouseClicked(MouseEvent e) {\r
 636     }\r
 637 \r
 638     public void mouseEntered(MouseEvent e) {\r
 639     }\r
 640 \r
 641     public void mouseExited(MouseEvent e) {\r
 642     }\r
 643 \r
 644     public void mouseDragged(MouseEvent evt) {\r
 645         int x = evt.getX();\r
 646         int y = evt.getY();\r
 647         mx = x;\r
 648         my = y;\r
 649 \r
 650         MCMatrix objmat = new MCMatrix(3, 3);\r
 651         objmat.setIdentity();\r
 652 \r
 653         if ((evt.getModifiers() & Event.META_MASK) != 0) {\r
 654             objmat.rotatez((float) ((mx - omx)));\r
 655         } else {\r
 656             objmat.rotatex((float) ((my - omy)));\r
 657             objmat.rotatey((float) ((omx - mx)));\r
 658         }\r
 659 \r
 660         //Alter the bonds\r
 661         for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++) {\r
 662             Vector bonds = ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).bonds;\r
 663 \r
 664             for (int i = 0; i < bonds.size(); i++) {\r
 665                 Bond tmpBond = (Bond) bonds.elementAt(i);\r
 666 \r
 667                 //Translate the bond so the centre is 0,0,0\r
 668                 tmpBond.translate(-centre[0], -centre[1], -centre[2]);\r
 669 \r
 670                 //Now apply the rotation matrix\r
 671                 tmpBond.start = objmat.vectorMultiply(tmpBond.start);\r
 672                 tmpBond.end = objmat.vectorMultiply(tmpBond.end);\r
 673 \r
 674                 //Now translate back again\r
 675                 tmpBond.translate(centre[0], centre[1], centre[2]);\r
 676             }\r
 677         }\r
 678 \r
 679         objmat = null;\r
 680 \r
 681         omx = mx;\r
 682         omy = my;\r
 683 \r
 684         dragging = true;\r
 685 \r
 686         redrawneeded = true;\r
 687 \r
 688         repaint();\r
 689     }\r
 690 \r
 691     public void mouseReleased(MouseEvent evt) {\r
 692         dragging = false;\r
 693         return;\r
 694     }\r
 695 \r
 696     void drawLabels(Graphics g) {\r
 697 \r
 698         for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++)\r
 699         {\r
 700             PDBChain chain = (PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii);\r
 701 \r
 702             if (chain.isVisible)\r
 703             {\r
 704                 Vector bonds = ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).bonds;\r
 705 \r
 706                 for (int i = 0; i < bonds.size(); i++)\r
 707                 {\r
 708                     Bond tmpBond = (Bond) bonds.elementAt(i);\r
 709 \r
 710                     if (tmpBond.at1.isSelected)\r
 711                     {\r
 712                         labelAtom(g, tmpBond, 1);\r
 713                     }\r
 714 \r
 715                     if (tmpBond.at2.isSelected)\r
 716                     {\r
 717 \r
 718                         labelAtom(g, tmpBond, 2);\r
 719                     }\r
 720                 }\r
 721             }\r
 722         }\r
 723     }\r
 724 \r
 725     public void labelAtom(Graphics g, Bond b, int n) {\r
 726         g.setFont(font);\r
 727 \r
 728         if (n == 1) {\r
 729             int xstart = (int) (((b.start[0] - centre[0]) * scale) +\r
 730                 (getSize().width / 2));\r
 731             int ystart = (int) (((b.start[1] - centre[1]) * scale) +\r
 732                 (getSize().height / 2));\r
 733 \r
 734             g.setColor(Color.red);\r
 735             g.drawString(b.at1.resName + "-" + b.at1.resNumber, xstart, ystart);\r
 736         }\r
 737 \r
 738         if (n == 2) {\r
 739             int xstart = (int) (((b.end[0] - centre[0]) * scale) +\r
 740                 (getSize().width / 2));\r
 741             int ystart = (int) (((b.end[1] - centre[1]) * scale) +\r
 742                 (getSize().height / 2));\r
 743 \r
 744             g.setColor(Color.red);\r
 745             g.drawString(b.at2.resName + "-" + b.at2.resNumber, xstart, ystart);\r
 746         }\r
 747     }\r
 748 \r
 749     int foundchain = -1;\r
 750     public myAtom findAtom(int x, int y) {\r
 751         myAtom fatom = null;\r
 752 \r
 753         foundchain = -1;\r
 754 \r
 755         for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++) {\r
 756             PDBChain chain = (PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii);\r
 757 \r
 758             if (chain.isVisible) {\r
 759                 Vector bonds = ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).bonds;\r
 760 \r
 761                 for (int i = 0; i < bonds.size(); i++) {\r
 762                     Bond tmpBond = (Bond) bonds.elementAt(i);\r
 763 \r
 764                     int truex = (int) (((tmpBond.start[0] - centre[0]) * scale) +\r
 765                         (getSize().width / 2));\r
 766 \r
 767                     if (Math.abs(truex - x) <= 2) {\r
 768                         int truey = (int) (((tmpBond.start[1] - centre[1]) * scale) +\r
 769                             (getSize().height / 2));\r
 770 \r
 771                         if (Math.abs(truey - y) <= 2)\r
 772                         {\r
 773                             fatom = tmpBond.at1;\r
 774                             foundchain = ii;\r
 775                             break;\r
 776                         }\r
 777                     }\r
 778                 }\r
 779             }\r
 780 \r
 781             if (fatom != null) //)&& chain.ds != null)\r
 782              {\r
 783                 chain = (PDBChain) pdb.chains.elementAt(foundchain);\r
 784             }\r
 785         }\r
 786 \r
 787         return fatom;\r
 788     }\r
 789 \r
 790     public void update(Graphics g)\r
 791     {\r
 792       paint(g);\r
 793     }\r
 794 \r
 795   private void jbInit()\r
 796       throws Exception\r
 797   {\r
 798   }\r
 799 }\r