src/MCview/AppletPDBCanvas.java

   1 /*\r
   2 * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3 * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4 *\r
   5 * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6 * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7 * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8 * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9 *\r
  10 * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11 * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12 * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13 * GNU General Public License for more details.\r
  14 *\r
  15 * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16 * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17 * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18 */\r
  19 package MCview;\r
  20 \r
  21 import jalview.analysis.AlignSeq;\r
  22 \r
  23 import jalview.datamodel.*;\r
  24 \r
  25 // JBPNote TODO: This class is quite noisy - needs proper log.info/log.debug\r
  26 import java.awt.*;\r
  27 import java.awt.event.*;\r
  28 \r
  29 import java.io.*;\r
  30 \r
  31 import java.util.*;\r
  32 \r
  33 \r
  34 \r
  35 public class AppletPDBCanvas extends Panel implements MouseListener, MouseMotionListener\r
  36 {\r
  37     MCMatrix idmat = new MCMatrix(3, 3);\r
  38     MCMatrix objmat = new MCMatrix(3, 3);\r
  39     boolean redrawneeded = true;\r
  40     int omx = 0;\r
  41     int mx = 0;\r
  42     int omy = 0;\r
  43     int my = 0;\r
  44     public PDBfile pdb;\r
  45     int bsize;\r
  46     Image img;\r
  47     Graphics ig;\r
  48     Dimension prefsize;\r
  49     float[] centre = new float[3];\r
  50     float[] width = new float[3];\r
  51     float maxwidth;\r
  52     float scale;\r
  53     String inStr;\r
  54     String inType;\r
  55     boolean bysequence = true;\r
  56     boolean depthcue = true;\r
  57     boolean wire = false;\r
  58     boolean bymolecule = false;\r
  59     boolean zbuffer = true;\r
  60     boolean dragging;\r
  61     int xstart;\r
  62     int xend;\r
  63     int ystart;\r
  64     int yend;\r
  65     int xmid;\r
  66     int ymid;\r
  67     Font font = new Font("Helvetica", Font.PLAIN, 10);\r
  68     jalview.appletgui.SequenceRenderer sr;\r
  69     jalview.appletgui.FeatureRenderer  fr;\r
  70     jalview.appletgui.SeqCanvas seqcanvas;\r
  71     Sequence sequence;\r
  72     final StringBuffer mappingDetails = new StringBuffer();\r
  73     String appletToolTip = null;\r
  74     int toolx, tooly;\r
  75 \r
  76     public AppletPDBCanvas(jalview.appletgui.SeqCanvas seqcanvas, Sequence seq)\r
  77     {\r
  78       this.seqcanvas = seqcanvas;\r
  79       this.sequence = seq;\r
  80       sr = seqcanvas.getSequenceRenderer();\r
  81       fr = seqcanvas.getFeatureRenderer();\r
  82 \r
  83       seqcanvas.setPDBViewer(this);\r
  84       addKeyListener(new KeyAdapter()\r
  85       {\r
  86 \r
  87         public void keyPressed(KeyEvent evt)\r
  88         {\r
  89           doKeyPressed(evt);\r
  90         }\r
  91       });\r
  92 \r
  93     }\r
  94 \r
  95   public void setPDBFile(PDBfile pdb)\r
  96    {\r
  97         this.sr = sr;\r
  98         this.fr = fr;\r
  99         int max = -10;\r
 100         int maxchain = -1;\r
 101         int pdbstart = 0;\r
 102         int pdbend = 0;\r
 103         int seqstart = 0;\r
 104         int seqend = 0;\r
 105 \r
 106         for (int i = 0; i < pdb.chains.size(); i++)\r
 107         {\r
 108 \r
 109           mappingDetails.append("\n\nPDB Sequence is :\nSequence = " + ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(i)).sequence.getSequence());\r
 110           mappingDetails.append("\nNo of residues = " + ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(i)).residues.size()+"\n\n");\r
 111 \r
 112             // Now lets compare the sequences to get\r
 113             // the start and end points.\r
 114             // Align the sequence to the pdb\r
 115             AlignSeq as = new AlignSeq(sequence,\r
 116                     ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(i)).sequence, "pep");\r
 117             as.calcScoreMatrix();\r
 118             as.traceAlignment();\r
 119             PrintStream  ps = new PrintStream(System.out)\r
 120            {\r
 121               public void print(String x) {\r
 122                    mappingDetails.append(x);\r
 123                }\r
 124                public void println()\r
 125                {\r
 126                  mappingDetails.append("\n");\r
 127                }\r
 128             };\r
 129 \r
 130             as.printAlignment(ps);\r
 131 \r
 132             if (as.maxscore > max) {\r
 133                 max = as.maxscore;\r
 134                 maxchain = i;\r
 135 \r
 136                 pdbstart = as.seq2start;\r
 137                 pdbend = as.seq2end;\r
 138                 seqstart = as.seq1start + sequence.getStart()-1;\r
 139                 seqend = as.seq1end + sequence.getEnd()-1;\r
 140             }\r
 141 \r
 142             mappingDetails.append("\nPDB start/end "  + pdbstart + " " + pdbend);\r
 143             mappingDetails.append("\nSEQ start/end "+ seqstart + " " + seqend);\r
 144         }\r
 145 \r
 146         ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(maxchain)).pdbstart = pdbstart;\r
 147         ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(maxchain)).pdbend = pdbend;\r
 148         ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(maxchain)).seqstart = seqstart;\r
 149         ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(maxchain)).seqend = seqend;\r
 150         ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(maxchain)).isVisible = true;\r
 151         ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(maxchain)).sequence = sequence;\r
 152 \r
 153         this.pdb = pdb;\r
 154         this.prefsize = new Dimension(getSize().width, getSize().height);\r
 155 \r
 156         //Initialize the matrices to identity\r
 157         for (int i = 0; i < 3; i++) {\r
 158             for (int j = 0; j < 3; j++) {\r
 159                 if (i != j) {\r
 160                     idmat.addElement(i, j, 0);\r
 161                     objmat.addElement(i, j, 0);\r
 162                 } else {\r
 163                     idmat.addElement(i, j, 1);\r
 164                     objmat.addElement(i, j, 1);\r
 165                 }\r
 166             }\r
 167         }\r
 168 \r
 169         addMouseMotionListener(this);\r
 170         addMouseListener(this);\r
 171 \r
 172       /*\r
 173        SequenceGroup sg = new SequenceGroup("PDB",\r
 174                                             null, true,true,false,\r
 175                                             sequence.findIndex(seqstart-1),\r
 176                                             sequence.findIndex(seqend-1));\r
 177        sg.addSequence(sequence, false);\r
 178        sg.setOutlineColour(Color.black);\r
 179        seqcanvas.getViewport().getAlignment().addGroup(sg);\r
 180        */\r
 181 \r
 182         findCentre();\r
 183         findWidth();\r
 184 \r
 185         scale = findScale();\r
 186 \r
 187         updateSeqColours();\r
 188     }\r
 189 \r
 190     public void deleteBonds() {\r
 191         scale = 0;\r
 192         maxwidth = 0;\r
 193 \r
 194         width[0] = 0;\r
 195         width[1] = 0;\r
 196         width[2] = 0;\r
 197 \r
 198         centre[0] = 0;\r
 199         centre[1] = 0;\r
 200         centre[2] = 0;\r
 201 \r
 202         for (int i = 0; i < pdb.chains.size(); i++) {\r
 203             ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(i)).bonds = null;\r
 204         }\r
 205     }\r
 206 \r
 207     public void findWidth() {\r
 208         float[] max = new float[3];\r
 209         float[] min = new float[3];\r
 210 \r
 211         max[0] = (float) -1e30;\r
 212         max[1] = (float) -1e30;\r
 213         max[2] = (float) -1e30;\r
 214 \r
 215         min[0] = (float) 1e30;\r
 216         min[1] = (float) 1e30;\r
 217         min[2] = (float) 1e30;\r
 218 \r
 219         for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++) {\r
 220             if (((PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).isVisible) {\r
 221                 Vector bonds = ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).bonds;\r
 222 \r
 223                 for (int i = 0; i < bonds.size(); i++) {\r
 224                     Bond tmp = (Bond) bonds.elementAt(i);\r
 225 \r
 226                     if (tmp.start[0] >= max[0]) {\r
 227                         max[0] = tmp.start[0];\r
 228                     }\r
 229 \r
 230                     if (tmp.start[1] >= max[1]) {\r
 231                         max[1] = tmp.start[1];\r
 232                     }\r
 233 \r
 234                     if (tmp.start[2] >= max[2]) {\r
 235                         max[2] = tmp.start[2];\r
 236                     }\r
 237 \r
 238                     if (tmp.start[0] <= min[0]) {\r
 239                         min[0] = tmp.start[0];\r
 240                     }\r
 241 \r
 242                     if (tmp.start[1] <= min[1]) {\r
 243                         min[1] = tmp.start[1];\r
 244                     }\r
 245 \r
 246                     if (tmp.start[2] <= min[2]) {\r
 247                         min[2] = tmp.start[2];\r
 248                     }\r
 249 \r
 250                     if (tmp.end[0] >= max[0]) {\r
 251                         max[0] = tmp.end[0];\r
 252                     }\r
 253 \r
 254                     if (tmp.end[1] >= max[1]) {\r
 255                         max[1] = tmp.end[1];\r
 256                     }\r
 257 \r
 258                     if (tmp.end[2] >= max[2]) {\r
 259                         max[2] = tmp.end[2];\r
 260                     }\r
 261 \r
 262                     if (tmp.end[0] <= min[0]) {\r
 263                         min[0] = tmp.end[0];\r
 264                     }\r
 265 \r
 266                     if (tmp.end[1] <= min[1]) {\r
 267                         min[1] = tmp.end[1];\r
 268                     }\r
 269 \r
 270                     if (tmp.end[2] <= min[2]) {\r
 271                         min[2] = tmp.end[2];\r
 272                     }\r
 273                 }\r
 274             }\r
 275         }\r
 276 \r
 277         width[0] = (float) Math.abs(max[0] - min[0]);\r
 278         width[1] = (float) Math.abs(max[1] - min[1]);\r
 279         width[2] = (float) Math.abs(max[2] - min[2]);\r
 280 \r
 281         maxwidth = width[0];\r
 282 \r
 283         if (width[1] > width[0]) {\r
 284             maxwidth = width[1];\r
 285         }\r
 286 \r
 287         if (width[2] > width[1]) {\r
 288             maxwidth = width[2];\r
 289         }\r
 290 \r
 291        // System.out.println("Maxwidth = " + maxwidth);\r
 292     }\r
 293 \r
 294     public float findScale() {\r
 295         int dim;\r
 296         int width;\r
 297         int height;\r
 298 \r
 299         if (getSize().width != 0) {\r
 300             width = getSize().width;\r
 301             height = getSize().height;\r
 302         } else {\r
 303             width = prefsize.width;\r
 304             height = prefsize.height;\r
 305         }\r
 306 \r
 307         if (width < height) {\r
 308             dim = width;\r
 309         } else {\r
 310             dim = height;\r
 311         }\r
 312 \r
 313         return (float) (dim / (1.5d * maxwidth));\r
 314     }\r
 315 \r
 316     public void findCentre() {\r
 317         float xtot = 0;\r
 318         float ytot = 0;\r
 319         float ztot = 0;\r
 320 \r
 321         int bsize = 0;\r
 322 \r
 323         //Find centre coordinate\r
 324         for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++) {\r
 325             if (((PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).isVisible) {\r
 326                 Vector bonds = ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).bonds;\r
 327 \r
 328                 bsize += bonds.size();\r
 329 \r
 330                 for (int i = 0; i < bonds.size(); i++) {\r
 331                     xtot = xtot + ((Bond) bonds.elementAt(i)).start[0] +\r
 332                         ((Bond) bonds.elementAt(i)).end[0];\r
 333 \r
 334                     ytot = ytot + ((Bond) bonds.elementAt(i)).start[1] +\r
 335                         ((Bond) bonds.elementAt(i)).end[1];\r
 336 \r
 337                     ztot = ztot + ((Bond) bonds.elementAt(i)).start[2] +\r
 338                         ((Bond) bonds.elementAt(i)).end[2];\r
 339                 }\r
 340             }\r
 341         }\r
 342 \r
 343         centre[0] = xtot / (2 * (float) bsize);\r
 344         centre[1] = ytot / (2 * (float) bsize);\r
 345         centre[2] = ztot / (2 * (float) bsize);\r
 346     }\r
 347 \r
 348     public void paint(Graphics g)\r
 349     {\r
 350 \r
 351       if(pdb==null)\r
 352       {\r
 353         g.setColor(Color.black);\r
 354         g.setFont(new Font("Verdana", Font.BOLD, 14));\r
 355         g.drawString("Error Parsing Pasted PDB data!!", 50, getSize().height/2);\r
 356         return;\r
 357       }\r
 358 \r
 359 \r
 360         //Only create the image at the beginning -\r
 361         //this saves much memory usage\r
 362         if ((img == null) || (prefsize.width != getSize().width) ||\r
 363                 (prefsize.height != getSize().height)) {\r
 364             prefsize.width = getSize().width;\r
 365             prefsize.height = getSize().height;\r
 366 \r
 367             scale = findScale();\r
 368             img = createImage(prefsize.width, prefsize.height);\r
 369             ig = img.getGraphics();\r
 370 \r
 371             redrawneeded = true;\r
 372         }\r
 373 \r
 374 \r
 375         if (redrawneeded)\r
 376         {\r
 377           drawAll(ig, prefsize.width, prefsize.height);\r
 378           redrawneeded = false;\r
 379         }\r
 380         if(appletToolTip!=null)\r
 381         {\r
 382           ig.setColor(Color.red);\r
 383           ig.drawString(appletToolTip, toolx, tooly);\r
 384         }\r
 385 \r
 386         g.drawImage(img, 0, 0, this);\r
 387 \r
 388 \r
 389     }\r
 390 \r
 391     public void drawAll(Graphics g, int width, int height)\r
 392     {\r
 393       g.setColor(Color.black);\r
 394       g.fillRect(0, 0, width, height);\r
 395       drawScene(g);\r
 396       drawLabels(g);\r
 397     }\r
 398 \r
 399 \r
 400     public void updateSeqColours()\r
 401     {\r
 402       if(bysequence && pdb!=null)\r
 403       {\r
 404         for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++)\r
 405         {\r
 406           colourBySequence((PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii));\r
 407         }\r
 408       }\r
 409 \r
 410       redrawneeded=true;\r
 411       repaint();\r
 412     }\r
 413 \r
 414     // This method has been taken out of PDBChain to allow\r
 415     // Applet and Application specific sequence renderers to be used\r
 416     void colourBySequence(PDBChain chain)\r
 417     {\r
 418       for (int i = 0; i < chain.bonds.size(); i++)\r
 419       {\r
 420         Bond tmp = (Bond) chain.bonds.elementAt(i);\r
 421 \r
 422         if ( (tmp.at1.resNumber >= ( (chain.offset + chain.pdbstart) - 1)) &&\r
 423             (tmp.at1.resNumber <= ( (chain.offset + chain.pdbend) - 1)))\r
 424         {\r
 425           int pos = chain.seqstart +\r
 426               (tmp.at1.resNumber - chain.pdbstart - chain.offset);\r
 427 \r
 428           int index = sequence.findIndex(pos);\r
 429 \r
 430           tmp.startCol = sr.findSequenceColour(sequence, index);\r
 431 \r
 432         //  tmp.startCol = fr.findFeatureColour(tmp.startCol, sequence, index);\r
 433 \r
 434         }\r
 435         else\r
 436         {\r
 437           tmp.startCol = Color.gray;\r
 438         }\r
 439 \r
 440         if ( (tmp.at2.resNumber >= ( (chain.offset + chain.pdbstart) - 1)) &&\r
 441             (tmp.at2.resNumber <= ( (chain.pdbend + chain.offset) - 1)))\r
 442         {\r
 443           int pos = chain.seqstart +\r
 444               (tmp.at2.resNumber - chain.pdbstart - chain.offset);\r
 445           int index = sequence.findIndex(pos);\r
 446 \r
 447           tmp.endCol = sr.findSequenceColour( sequence, index);\r
 448       //    tmp.endCol = fr.findFeatureColour(tmp.endCol, sequence, index);\r
 449         }\r
 450         else\r
 451         {\r
 452           tmp.endCol = Color.gray;\r
 453         }\r
 454       }\r
 455     }\r
 456 \r
 457 \r
 458     public void drawScene(Graphics g) {\r
 459         // Sort the bonds by z coord\r
 460         Vector bonds = new Vector();\r
 461 \r
 462         for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++)\r
 463         {\r
 464           if ( ( (PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).isVisible)\r
 465           {\r
 466             Vector tmp = ( (PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).bonds;\r
 467 \r
 468             for (int i = 0; i < tmp.size(); i++)\r
 469             {\r
 470               bonds.addElement(tmp.elementAt(i));\r
 471             }\r
 472           }\r
 473         }\r
 474 \r
 475         if (zbuffer) {\r
 476             Zsort.Zsort(bonds);\r
 477         }\r
 478 \r
 479         for (int i = 0; i < bonds.size(); i++) {\r
 480             Bond tmpBond = (Bond) bonds.elementAt(i);\r
 481 \r
 482             xstart = (int) (((tmpBond.start[0] - centre[0]) * scale) +\r
 483                 (getSize().width / 2));\r
 484             ystart = (int) (((tmpBond.start[1] - centre[1]) * scale) +\r
 485                 (getSize().height / 2));\r
 486 \r
 487             xend = (int) (((tmpBond.end[0] - centre[0]) * scale) +\r
 488                 (getSize().width / 2));\r
 489             yend = (int) (((tmpBond.end[1] - centre[1]) * scale) +\r
 490                 (getSize().height / 2));\r
 491 \r
 492             xmid = (xend + xstart) / 2;\r
 493             ymid = (yend + ystart) / 2;\r
 494 \r
 495             if (depthcue && !bymolecule) {\r
 496                 if (tmpBond.start[2] < (centre[2] - (maxwidth / 6))) {\r
 497                     g.setColor(tmpBond.startCol.darker().darker());\r
 498                     drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);\r
 499 \r
 500                     g.setColor(tmpBond.endCol.darker().darker());\r
 501                     drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);\r
 502                 } else if (tmpBond.start[2] < (centre[2] + (maxwidth / 6))) {\r
 503                     g.setColor(tmpBond.startCol.darker());\r
 504                     drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);\r
 505 \r
 506                     g.setColor(tmpBond.endCol.darker());\r
 507                     drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);\r
 508                 } else {\r
 509                     g.setColor(tmpBond.startCol);\r
 510                     drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);\r
 511 \r
 512                     g.setColor(tmpBond.endCol);\r
 513                     drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);\r
 514                 }\r
 515             } else if (depthcue && bymolecule) {\r
 516                 if (tmpBond.start[2] < (centre[2] - (maxwidth / 6))) {\r
 517                     g.setColor(Color.green.darker().darker());\r
 518                     drawLine(g, xstart, ystart, xend, yend);\r
 519                 } else if (tmpBond.start[2] < (centre[2] + (maxwidth / 6))) {\r
 520                     g.setColor(Color.green.darker());\r
 521                     drawLine(g, xstart, ystart, xend, yend);\r
 522                 } else {\r
 523                     g.setColor(Color.green);\r
 524                     drawLine(g, xstart, ystart, xend, yend);\r
 525                 }\r
 526             } else if (!depthcue && !bymolecule) {\r
 527                 g.setColor(tmpBond.startCol);\r
 528                 drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);\r
 529                 g.setColor(tmpBond.endCol);\r
 530                 drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);\r
 531             } else {\r
 532                 drawLine(g, xstart, ystart, xend, yend);\r
 533             }\r
 534         }\r
 535     }\r
 536 \r
 537     public void drawLine(Graphics g, int x1, int y1, int x2, int y2) {\r
 538         if (!wire) {\r
 539             if (((float) Math.abs(y2 - y1) / (float) Math.abs(x2 - x1)) < 0.5) {\r
 540                 g.drawLine(x1, y1, x2, y2);\r
 541                 g.drawLine(x1 + 1, y1 + 1, x2 + 1, y2 + 1);\r
 542                 g.drawLine(x1, y1 - 1, x2, y2 - 1);\r
 543             } else {\r
 544                 g.setColor(g.getColor().brighter());\r
 545                 g.drawLine(x1, y1, x2, y2);\r
 546                 g.drawLine(x1 + 1, y1, x2 + 1, y2);\r
 547                 g.drawLine(x1 - 1, y1, x2 - 1, y2);\r
 548             }\r
 549         } else {\r
 550             g.drawLine(x1, y1, x2, y2);\r
 551         }\r
 552     }\r
 553 \r
 554     public Dimension minimumsize() {\r
 555         return prefsize;\r
 556     }\r
 557 \r
 558     public Dimension preferredsize() {\r
 559         return prefsize;\r
 560     }\r
 561 \r
 562     public void doKeyPressed(KeyEvent evt)\r
 563     {\r
 564       if (evt.getKeyCode() == KeyEvent.VK_UP)\r
 565       {\r
 566         scale = (float) (scale * 1.1);\r
 567         redrawneeded = true;\r
 568         repaint();\r
 569       }\r
 570       else if (evt.getKeyCode() == KeyEvent.VK_DOWN)\r
 571       {\r
 572         scale = (float) (scale * 0.9);\r
 573         redrawneeded = true;\r
 574         repaint();\r
 575       }\r
 576     }\r
 577 \r
 578     public void mousePressed(MouseEvent e) {\r
 579         myAtom fatom = findAtom(e.getX(), e.getY());\r
 580         if(fatom!=null)\r
 581         {\r
 582           fatom.isSelected = !fatom.isSelected;\r
 583           redrawneeded = true;\r
 584           repaint();\r
 585         }\r
 586         mx = e.getX();\r
 587         my = e.getY();\r
 588         omx = mx;\r
 589         omy = my;\r
 590         dragging = false;\r
 591     }\r
 592 \r
 593     public void mouseMoved(MouseEvent e) {\r
 594 \r
 595         myAtom fatom = findAtom(e.getX(), e.getY());\r
 596 \r
 597         if(foundchain!=-1)\r
 598         {\r
 599           PDBChain chain = (PDBChain) pdb.chains.elementAt(foundchain);\r
 600           int pos = chain.seqstart +\r
 601               (fatom.resNumber - chain.pdbstart - chain.offset)+1;\r
 602 \r
 603           int index = seqcanvas.getViewport().getAlignment().findIndex(sequence);\r
 604 \r
 605           seqcanvas.highlightSearchResults(new int[]{index, pos, pos});\r
 606         }\r
 607         else\r
 608           seqcanvas.highlightSearchResults(null);\r
 609 \r
 610         if (fatom != null) {\r
 611             toolx = e.getX();\r
 612             tooly = e.getY();\r
 613             appletToolTip = fatom.resNumber+" "+ fatom.resName;\r
 614             redrawneeded = true;\r
 615             repaint();\r
 616         } else {\r
 617             appletToolTip = null;\r
 618             redrawneeded = true;\r
 619             repaint();\r
 620         }\r
 621     }\r
 622 \r
 623     public void mouseClicked(MouseEvent e) {\r
 624     }\r
 625 \r
 626     public void mouseEntered(MouseEvent e) {\r
 627     }\r
 628 \r
 629     public void mouseExited(MouseEvent e) {\r
 630     }\r
 631 \r
 632     public void mouseDragged(MouseEvent evt) {\r
 633         int x = evt.getX();\r
 634         int y = evt.getY();\r
 635         mx = x;\r
 636         my = y;\r
 637 \r
 638         MCMatrix objmat = new MCMatrix(3, 3);\r
 639         objmat.setIdentity();\r
 640 \r
 641         if ((evt.getModifiers() & Event.META_MASK) != 0) {\r
 642             objmat.rotatez((float) ((mx - omx)));\r
 643         } else {\r
 644             objmat.rotatex((float) ((my - omy)));\r
 645             objmat.rotatey((float) ((omx - mx)));\r
 646         }\r
 647 \r
 648         //Alter the bonds\r
 649         for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++) {\r
 650             Vector bonds = ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).bonds;\r
 651 \r
 652             for (int i = 0; i < bonds.size(); i++) {\r
 653                 Bond tmpBond = (Bond) bonds.elementAt(i);\r
 654 \r
 655                 //Translate the bond so the centre is 0,0,0\r
 656                 tmpBond.translate(-centre[0], -centre[1], -centre[2]);\r
 657 \r
 658                 //Now apply the rotation matrix\r
 659                 tmpBond.start = objmat.vectorMultiply(tmpBond.start);\r
 660                 tmpBond.end = objmat.vectorMultiply(tmpBond.end);\r
 661 \r
 662                 //Now translate back again\r
 663                 tmpBond.translate(centre[0], centre[1], centre[2]);\r
 664             }\r
 665         }\r
 666 \r
 667         objmat = null;\r
 668 \r
 669         omx = mx;\r
 670         omy = my;\r
 671 \r
 672         dragging = true;\r
 673 \r
 674         redrawneeded = true;\r
 675 \r
 676         repaint();\r
 677     }\r
 678 \r
 679     public void mouseReleased(MouseEvent evt) {\r
 680         dragging = false;\r
 681         return;\r
 682     }\r
 683 \r
 684     void drawLabels(Graphics g) {\r
 685 \r
 686         for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++)\r
 687         {\r
 688             PDBChain chain = (PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii);\r
 689 \r
 690             if (chain.isVisible)\r
 691             {\r
 692                 Vector bonds = ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).bonds;\r
 693 \r
 694                 for (int i = 0; i < bonds.size(); i++)\r
 695                 {\r
 696                     Bond tmpBond = (Bond) bonds.elementAt(i);\r
 697 \r
 698                     if (tmpBond.at1.isSelected)\r
 699                     {\r
 700                         labelAtom(g, tmpBond, 1);\r
 701                     }\r
 702 \r
 703                     if (tmpBond.at2.isSelected)\r
 704                     {\r
 705 \r
 706                         labelAtom(g, tmpBond, 2);\r
 707                     }\r
 708                 }\r
 709             }\r
 710         }\r
 711     }\r
 712 \r
 713     public void labelAtom(Graphics g, Bond b, int n) {\r
 714         g.setFont(font);\r
 715 \r
 716         if (n == 1) {\r
 717             int xstart = (int) (((b.start[0] - centre[0]) * scale) +\r
 718                 (getSize().width / 2));\r
 719             int ystart = (int) (((b.start[1] - centre[1]) * scale) +\r
 720                 (getSize().height / 2));\r
 721 \r
 722             g.setColor(Color.red);\r
 723             g.drawString(b.at1.resName + "-" + b.at1.resNumber, xstart, ystart);\r
 724         }\r
 725 \r
 726         if (n == 2) {\r
 727             int xstart = (int) (((b.end[0] - centre[0]) * scale) +\r
 728                 (getSize().width / 2));\r
 729             int ystart = (int) (((b.end[1] - centre[1]) * scale) +\r
 730                 (getSize().height / 2));\r
 731 \r
 732             g.setColor(Color.red);\r
 733             g.drawString(b.at2.resName + "-" + b.at2.resNumber, xstart, ystart);\r
 734         }\r
 735     }\r
 736 \r
 737     int foundchain = -1;\r
 738     public myAtom findAtom(int x, int y) {\r
 739         myAtom fatom = null;\r
 740 \r
 741         foundchain = -1;\r
 742 \r
 743         for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++) {\r
 744             PDBChain chain = (PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii);\r
 745 \r
 746             if (chain.isVisible) {\r
 747                 Vector bonds = ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).bonds;\r
 748 \r
 749                 for (int i = 0; i < bonds.size(); i++) {\r
 750                     Bond tmpBond = (Bond) bonds.elementAt(i);\r
 751 \r
 752                     int truex = (int) (((tmpBond.start[0] - centre[0]) * scale) +\r
 753                         (getSize().width / 2));\r
 754 \r
 755                     if (Math.abs(truex - x) <= 2) {\r
 756                         int truey = (int) (((tmpBond.start[1] - centre[1]) * scale) +\r
 757                             (getSize().height / 2));\r
 758 \r
 759                         if (Math.abs(truey - y) <= 2)\r
 760                         {\r
 761                             fatom = tmpBond.at1;\r
 762                             foundchain = ii;\r
 763                             break;\r
 764                         }\r
 765                     }\r
 766                 }\r
 767             }\r
 768 \r
 769             if (fatom != null) //)&& chain.ds != null)\r
 770              {\r
 771                 chain = (PDBChain) pdb.chains.elementAt(foundchain);\r
 772             }\r
 773         }\r
 774 \r
 775         return fatom;\r
 776     }\r
 777 \r
 778     public void update(Graphics g)\r
 779     {\r
 780       paint(g);\r
 781     }\r
 782 }\r