src/MCview/AppletPDBCanvas.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer
   3  * Copyright (C) 2007 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8  * of the License, or (at your option) any later version.
   9  *
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13  * GNU General Public License for more details.
  14  *
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA
  18  */
  19 package MCview;
  20
  21 import java.io.*;
  22 import java.util.*;
  23
  24 // JBPNote TODO: This class is quite noisy - needs proper log.info/log.debug
  25 import java.awt.*;
  26 import java.awt.event.*;
  27
  28 import jalview.analysis.*;
  29 import jalview.datamodel.*;
  30
  31 import jalview.appletgui.*;
  32 import jalview.structure.*;
  33
  34 public class AppletPDBCanvas
  35     extends Panel implements MouseListener, MouseMotionListener, StructureListener
  36 {
  37
  38   MCMatrix idmat = new MCMatrix(3, 3);
  39   MCMatrix objmat = new MCMatrix(3, 3);
  40   boolean redrawneeded = true;
  41   int omx = 0;
  42   int mx = 0;
  43   int omy = 0;
  44   int my = 0;
  45   public PDBfile pdb;
  46   PDBEntry pdbentry;
  47   int bsize;
  48   Image img;
  49   Graphics ig;
  50   Dimension prefsize;
  51   float[] centre = new float[3];
  52   float[] width = new float[3];
  53   float maxwidth;
  54   float scale;
  55   String inStr;
  56   String inType;
  57   boolean bysequence = true;
  58   boolean depthcue = true;
  59   boolean wire = false;
  60   boolean bymolecule = false;
  61   boolean zbuffer = true;
  62   boolean dragging;
  63   int xstart;
  64   int xend;
  65   int ystart;
  66   int yend;
  67   int xmid;
  68   int ymid;
  69   Font font = new Font("Helvetica", Font.PLAIN, 10);
  70   public SequenceI [] sequence;
  71   final StringBuffer mappingDetails = new StringBuffer();
  72   String appletToolTip = null;
  73   int toolx, tooly;
  74   PDBChain mainchain;
  75   Vector highlightRes;
  76   boolean pdbAction = false;
  77   Bond highlightBond1, highlightBond2;
  78   boolean errorLoading = false;
  79   boolean seqColoursReady = false;
  80   FeatureRenderer fr;
  81   AlignmentPanel ap;
  82   StructureSelectionManager ssm;
  83
  84   public AppletPDBCanvas(PDBEntry pdbentry,
  85                          SequenceI[] seq,
  86                          AlignmentPanel ap,
  87                          String protocol)
  88
  89   {
  90     this.ap = ap;
  91     this.pdbentry = pdbentry;
  92     this.sequence = seq;
  93
  94     ssm = StructureSelectionManager.getStructureSelectionManager();
  95
  96     try{
  97       pdb = ssm.setMapping(seq, pdbentry.getFile(), protocol);
  98       if (fr!=null)
  99         fr.featuresAdded();
 100     }catch(Exception ex)
 101     {
 102       ex.printStackTrace();
 103       return;
 104     }
 105
 106     pdbentry.setId(pdb.id);
 107
 108     ssm.addStructureViewerListener(this);
 109
 110     colourBySequence(ap.getSequenceRenderer(),
 111                      ap.av.getShowSequenceFeatures() ?
 112                      ap.getFeatureRenderer() : null);
 113
 114     int max = -10;
 115     int maxchain = -1;
 116     int pdbstart = 0;
 117     int pdbend = 0;
 118     int seqstart = 0;
 119     int seqend = 0;
 120     AlignSeq maxAlignseq = null;
 121
 122     //JUST DEAL WITH ONE SEQUENCE FOR NOW
 123     SequenceI sequence = seq[0];
 124
 125     for (int i = 0; i < pdb.chains.size(); i++)
 126     {
 127
 128       mappingDetails.append("\n\nPDB Sequence is :\nSequence = " +
 129                             ( (PDBChain) pdb.chains.elementAt(i)).sequence.
 130                             getSequenceAsString());
 131       mappingDetails.append("\nNo of residues = " +
 132                             ( (PDBChain) pdb.chains.elementAt(i)).residues.size() +
 133                             "\n\n");
 134
 135       // Now lets compare the sequences to get
 136       // the start and end points.
 137       // Align the sequence to the pdb
 138       AlignSeq as = new AlignSeq(sequence,
 139                                  ( (PDBChain) pdb.chains.elementAt(i)).sequence,
 140                                  "pep");
 141       as.calcScoreMatrix();
 142       as.traceAlignment();
 143       PrintStream ps = new PrintStream(System.out)
 144       {
 145         public void print(String x)
 146         {
 147           mappingDetails.append(x);
 148         }
 149
 150         public void println()
 151         {
 152           mappingDetails.append("\n");
 153         }
 154       };
 155
 156       as.printAlignment(ps);
 157
 158       if (as.maxscore > max)
 159       {
 160         max = as.maxscore;
 161         maxchain = i;
 162
 163         pdbstart = as.seq2start;
 164         pdbend = as.seq2end;
 165         seqstart = as.seq1start + sequence.getStart() - 1;
 166         seqend = as.seq1end + sequence.getEnd() - 1;
 167         maxAlignseq = as;
 168       }
 169
 170       mappingDetails.append("\nPDB start/end " + pdbstart + " " + pdbend);
 171       mappingDetails.append("\nSEQ start/end " + seqstart + " " + seqend);
 172     }
 173
 174     mainchain = (PDBChain) pdb.chains.elementAt(maxchain);
 175
 176     mainchain.pdbstart = pdbstart;
 177     mainchain.pdbend = pdbend;
 178     mainchain.seqstart = seqstart;
 179     mainchain.seqend = seqend;
 180     mainchain.isVisible = true;
 181   //  mainchain.makeExactMapping(maxAlignseq, sequence);
 182   //  mainchain.transferRESNUMFeatures(sequence, null);
 183     this.pdb = pdb;
 184     this.prefsize = new Dimension(getSize().width, getSize().height);
 185
 186     //Initialize the matrices to identity
 187     for (int i = 0; i < 3; i++)
 188     {
 189       for (int j = 0; j < 3; j++)
 190       {
 191         if (i != j)
 192         {
 193           idmat.addElement(i, j, 0);
 194           objmat.addElement(i, j, 0);
 195         }
 196         else
 197         {
 198           idmat.addElement(i, j, 1);
 199           objmat.addElement(i, j, 1);
 200         }
 201       }
 202     }
 203
 204     addMouseMotionListener(this);
 205     addMouseListener(this);
 206
 207     addKeyListener(new KeyAdapter()
 208     {
 209       public void keyPressed(KeyEvent evt)
 210       {
 211         doKeyPressed(evt);
 212       }
 213     });
 214
 215     findCentre();
 216     findWidth();
 217
 218     setupBonds();
 219
 220     scale = findScale();
 221   }
 222
 223   Vector visiblebonds;
 224   void setupBonds()
 225   {
 226     seqColoursReady = false;
 227     // Sort the bonds by z coord
 228     visiblebonds = new Vector();
 229
 230     for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++)
 231     {
 232       if ( ( (PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).isVisible)
 233       {
 234         Vector tmp = ( (PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).bonds;
 235
 236         for (int i = 0; i < tmp.size(); i++)
 237         {
 238           visiblebonds.addElement(tmp.elementAt(i));
 239         }
 240       }
 241     }
 242     seqColoursReady = true;
 243     colourBySequence(ap.getSequenceRenderer(),
 244                                ap.av.getShowSequenceFeatures() ?
 245                                ap.getFeatureRenderer() : null);
 246     redrawneeded = true;
 247     repaint();
 248   }
 249
 250   public void findWidth()
 251   {
 252     float[] max = new float[3];
 253     float[] min = new float[3];
 254
 255     max[0] = (float) - 1e30;
 256     max[1] = (float) - 1e30;
 257     max[2] = (float) - 1e30;
 258
 259     min[0] = (float) 1e30;
 260     min[1] = (float) 1e30;
 261     min[2] = (float) 1e30;
 262
 263     for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++)
 264     {
 265       if ( ( (PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).isVisible)
 266       {
 267         Vector bonds = ( (PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).bonds;
 268
 269         for (int i = 0; i < bonds.size(); i++)
 270         {
 271           Bond tmp = (Bond) bonds.elementAt(i);
 272
 273           if (tmp.start[0] >= max[0])
 274           {
 275             max[0] = tmp.start[0];
 276           }
 277
 278           if (tmp.start[1] >= max[1])
 279           {
 280             max[1] = tmp.start[1];
 281           }
 282
 283           if (tmp.start[2] >= max[2])
 284           {
 285             max[2] = tmp.start[2];
 286           }
 287
 288           if (tmp.start[0] <= min[0])
 289           {
 290             min[0] = tmp.start[0];
 291           }
 292
 293           if (tmp.start[1] <= min[1])
 294           {
 295             min[1] = tmp.start[1];
 296           }
 297
 298           if (tmp.start[2] <= min[2])
 299           {
 300             min[2] = tmp.start[2];
 301           }
 302
 303           if (tmp.end[0] >= max[0])
 304           {
 305             max[0] = tmp.end[0];
 306           }
 307
 308           if (tmp.end[1] >= max[1])
 309           {
 310             max[1] = tmp.end[1];
 311           }
 312
 313           if (tmp.end[2] >= max[2])
 314           {
 315             max[2] = tmp.end[2];
 316           }
 317
 318           if (tmp.end[0] <= min[0])
 319           {
 320             min[0] = tmp.end[0];
 321           }
 322
 323           if (tmp.end[1] <= min[1])
 324           {
 325             min[1] = tmp.end[1];
 326           }
 327
 328           if (tmp.end[2] <= min[2])
 329           {
 330             min[2] = tmp.end[2];
 331           }
 332         }
 333       }
 334     }
 335
 336     width[0] = (float) Math.abs(max[0] - min[0]);
 337     width[1] = (float) Math.abs(max[1] - min[1]);
 338     width[2] = (float) Math.abs(max[2] - min[2]);
 339
 340     maxwidth = width[0];
 341
 342     if (width[1] > width[0])
 343     {
 344       maxwidth = width[1];
 345     }
 346
 347     if (width[2] > width[1])
 348     {
 349       maxwidth = width[2];
 350     }
 351
 352     // System.out.println("Maxwidth = " + maxwidth);
 353   }
 354
 355   public float findScale()
 356   {
 357     int dim;
 358     int width;
 359     int height;
 360
 361     if (getSize().width != 0)
 362     {
 363       width = getSize().width;
 364       height = getSize().height;
 365     }
 366     else
 367     {
 368       width = prefsize.width;
 369       height = prefsize.height;
 370     }
 371
 372     if (width < height)
 373     {
 374       dim = width;
 375     }
 376     else
 377     {
 378       dim = height;
 379     }
 380
 381     return (float) (dim / (1.5d * maxwidth));
 382   }
 383
 384   public void findCentre()
 385   {
 386     float xtot = 0;
 387     float ytot = 0;
 388     float ztot = 0;
 389
 390     int bsize = 0;
 391
 392     //Find centre coordinate
 393     for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++)
 394     {
 395       if ( ( (PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).isVisible)
 396       {
 397         Vector bonds = ( (PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).bonds;
 398
 399         bsize += bonds.size();
 400
 401         for (int i = 0; i < bonds.size(); i++)
 402         {
 403           xtot = xtot + ( (Bond) bonds.elementAt(i)).start[0] +
 404               ( (Bond) bonds.elementAt(i)).end[0];
 405
 406           ytot = ytot + ( (Bond) bonds.elementAt(i)).start[1] +
 407               ( (Bond) bonds.elementAt(i)).end[1];
 408
 409           ztot = ztot + ( (Bond) bonds.elementAt(i)).start[2] +
 410               ( (Bond) bonds.elementAt(i)).end[2];
 411         }
 412       }
 413     }
 414
 415     centre[0] = xtot / (2 * (float) bsize);
 416     centre[1] = ytot / (2 * (float) bsize);
 417     centre[2] = ztot / (2 * (float) bsize);
 418   }
 419
 420   public void paint(Graphics g)
 421   {
 422
 423     if (errorLoading)
 424     {
 425       g.setColor(Color.white);
 426       g.fillRect(0, 0, getSize().width, getSize().height);
 427       g.setColor(Color.black);
 428       g.setFont(new Font("Verdana", Font.BOLD, 14));
 429       g.drawString("Error loading PDB data!!", 50, getSize().height / 2);
 430       return;
 431     }
 432
 433     if (!seqColoursReady)
 434     {
 435       g.setColor(Color.black);
 436       g.setFont(new Font("Verdana", Font.BOLD, 14));
 437       g.drawString("Fetching PDB data...", 50, getSize().height / 2);
 438       return;
 439     }
 440
 441     //Only create the image at the beginning -
 442     //this saves much memory usage
 443     if ( (img == null) || (prefsize.width != getSize().width) ||
 444         (prefsize.height != getSize().height))
 445     {
 446
 447       try
 448       {
 449         prefsize.width = getSize().width;
 450         prefsize.height = getSize().height;
 451
 452         scale = findScale();
 453         img = createImage(prefsize.width, prefsize.height);
 454         ig = img.getGraphics();
 455
 456         redrawneeded = true;
 457       }
 458       catch (Exception ex)
 459       {
 460         ex.printStackTrace();
 461       }
 462     }
 463
 464     if (redrawneeded)
 465     {
 466       drawAll(ig, prefsize.width, prefsize.height);
 467       redrawneeded = false;
 468     }
 469     if (appletToolTip != null)
 470     {
 471       ig.setColor(Color.red);
 472       ig.drawString(appletToolTip, toolx, tooly);
 473     }
 474
 475     g.drawImage(img, 0, 0, this);
 476
 477     pdbAction = false;
 478   }
 479
 480   public void drawAll(Graphics g, int width, int height)
 481   {
 482     ig.setColor(Color.black);
 483     ig.fillRect(0, 0, width, height);
 484     drawScene(ig);
 485     drawLabels(ig);
 486   }
 487
 488   public void setColours(jalview.schemes.ColourSchemeI cs)
 489   {
 490     bysequence = false;
 491     pdb.setColours(cs);
 492     redrawneeded = true;
 493     repaint();
 494   }
 495
 496
 497
 498   // This method has been taken out of PDBChain to allow
 499   // Applet and Application specific sequence renderers to be used
 500   void colourBySequence(SequenceRenderer sr, FeatureRenderer fr)
 501   {
 502     StructureMapping[] mapping = ssm.getMapping(pdbentry.getFile());
 503
 504     boolean showFeatures = false;
 505     if (fr!=null)
 506     {
 507       if (fr == null)
 508       {
 509         fr = new jalview.appletgui.FeatureRenderer(ap.av);
 510       }
 511       fr.transferSettings(fr);
 512       showFeatures = true;
 513     }
 514
 515     PDBChain chain;
 516     if (bysequence && pdb != null)
 517     {
 518       for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++)
 519       {
 520         chain = (PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii);
 521
 522         for (int i = 0; i < chain.bonds.size(); i++)
 523         {
 524           Bond tmp = (Bond) chain.bonds.elementAt(i);
 525           tmp.startCol = Color.lightGray;
 526           tmp.endCol = Color.lightGray;
 527           if (chain != mainchain)
 528           {
 529             continue;
 530           }
 531
 532           for (int s = 0; s < sequence.length; s++)
 533           {
 534             for (int m = 0; m < mapping.length; m++)
 535             {
 536               if (mapping[m].getSequence() == sequence[s])
 537               {
 538                 int pos = mapping[m].getSeqPos(tmp.at1.resNumber)-1;
 539                 if (pos > 0)
 540                 {
 541                   pos = sequence[s].findIndex(pos);
 542                   tmp.startCol = sr.getResidueBoxColour(sequence[s], pos);
 543                   if (showFeatures)
 544                   {
 545                     tmp.startCol = fr.findFeatureColour(tmp.startCol,
 546                                                         sequence[s],
 547                                                         pos);
 548                   }
 549                 }
 550                 pos = mapping[m].getSeqPos(tmp.at2.resNumber)-1;
 551                 if (pos > 0)
 552                 {
 553                   pos = sequence[s].findIndex(pos);
 554                   tmp.endCol = sr.getResidueBoxColour(sequence[s], pos);
 555                   if (showFeatures)
 556                   {
 557                     tmp.endCol = fr.findFeatureColour(tmp.endCol,
 558                                                         sequence[s],
 559                                                         pos);
 560                   }
 561                 }
 562
 563               }
 564             }
 565           }
 566         }
 567       }
 568     }
 569   }
 570
 571   Zsort zsort;
 572   public void drawScene(Graphics g)
 573   {
 574     if (zbuffer)
 575     {
 576       if (zsort == null)
 577       {
 578         zsort = new Zsort();
 579       }
 580
 581       zsort.Zsort(visiblebonds);
 582     }
 583
 584     Bond tmpBond = null;
 585     for (int i = 0; i < visiblebonds.size(); i++)
 586     {
 587       tmpBond = (Bond) visiblebonds.elementAt(i);
 588
 589       xstart = (int) ( ( (tmpBond.start[0] - centre[0]) * scale) +
 590                       (getSize().width / 2));
 591       ystart = (int) ( ( (tmpBond.start[1] - centre[1]) * scale) +
 592                       (getSize().height / 2));
 593
 594       xend = (int) ( ( (tmpBond.end[0] - centre[0]) * scale) +
 595                     (getSize().width / 2));
 596       yend = (int) ( ( (tmpBond.end[1] - centre[1]) * scale) +
 597                     (getSize().height / 2));
 598
 599       xmid = (xend + xstart) / 2;
 600       ymid = (yend + ystart) / 2;
 601
 602       if (depthcue && !bymolecule)
 603       {
 604         if (tmpBond.start[2] < (centre[2] - (maxwidth / 6)))
 605         {
 606           g.setColor(tmpBond.startCol.darker().darker());
 607           drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);
 608
 609           g.setColor(tmpBond.endCol.darker().darker());
 610           drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);
 611         }
 612         else if (tmpBond.start[2] < (centre[2] + (maxwidth / 6)))
 613         {
 614           g.setColor(tmpBond.startCol.darker());
 615           drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);
 616
 617           g.setColor(tmpBond.endCol.darker());
 618           drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);
 619         }
 620         else
 621         {
 622           g.setColor(tmpBond.startCol);
 623           drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);
 624
 625           g.setColor(tmpBond.endCol);
 626           drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);
 627         }
 628
 629       }
 630       else if (depthcue && bymolecule)
 631       {
 632         if (tmpBond.start[2] < (centre[2] - (maxwidth / 6)))
 633         {
 634           g.setColor(Color.green.darker().darker());
 635           drawLine(g, xstart, ystart, xend, yend);
 636         }
 637         else if (tmpBond.start[2] < (centre[2] + (maxwidth / 6)))
 638         {
 639           g.setColor(Color.green.darker());
 640           drawLine(g, xstart, ystart, xend, yend);
 641         }
 642         else
 643         {
 644           g.setColor(Color.green);
 645           drawLine(g, xstart, ystart, xend, yend);
 646         }
 647       }
 648       else if (!depthcue && !bymolecule)
 649       {
 650         g.setColor(tmpBond.startCol);
 651         drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);
 652         g.setColor(tmpBond.endCol);
 653         drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);
 654       }
 655       else
 656       {
 657         drawLine(g, xstart, ystart, xend, yend);
 658       }
 659
 660       if (highlightBond1 != null && highlightBond1 == tmpBond)
 661       {
 662         g.setColor(Color.white);
 663         drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);
 664       }
 665
 666       if (highlightBond2 != null && highlightBond2 == tmpBond)
 667       {
 668         g.setColor(Color.white);
 669         drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);
 670       }
 671
 672     }
 673   }
 674
 675   public void drawLine(Graphics g, int x1, int y1, int x2, int y2)
 676   {
 677     if (!wire)
 678     {
 679       if ( ( (float) Math.abs(y2 - y1) / (float) Math.abs(x2 - x1)) < 0.5)
 680       {
 681         g.drawLine(x1, y1, x2, y2);
 682         g.drawLine(x1 + 1, y1 + 1, x2 + 1, y2 + 1);
 683         g.drawLine(x1, y1 - 1, x2, y2 - 1);
 684       }
 685       else
 686       {
 687         g.setColor(g.getColor().brighter());
 688         g.drawLine(x1, y1, x2, y2);
 689         g.drawLine(x1 + 1, y1, x2 + 1, y2);
 690         g.drawLine(x1 - 1, y1, x2 - 1, y2);
 691       }
 692     }
 693     else
 694     {
 695       g.drawLine(x1, y1, x2, y2);
 696     }
 697   }
 698
 699   public Dimension minimumsize()
 700   {
 701     return prefsize;
 702   }
 703
 704   public Dimension preferredsize()
 705   {
 706     return prefsize;
 707   }
 708
 709   public void doKeyPressed(KeyEvent evt)
 710   {
 711     if (evt.getKeyCode() == KeyEvent.VK_UP)
 712     {
 713       scale = (float) (scale * 1.1);
 714       redrawneeded = true;
 715       repaint();
 716     }
 717     else if (evt.getKeyCode() == KeyEvent.VK_DOWN)
 718     {
 719       scale = (float) (scale * 0.9);
 720       redrawneeded = true;
 721       repaint();
 722     }
 723   }
 724
 725   public void mousePressed(MouseEvent e)
 726   {
 727     pdbAction = true;
 728     Atom fatom = findAtom(e.getX(), e.getY());
 729     if (fatom != null)
 730     {
 731       fatom.isSelected = !fatom.isSelected;
 732
 733       redrawneeded = true;
 734       repaint();
 735       if (foundchain != -1)
 736       {
 737         PDBChain chain = (PDBChain) pdb.chains.elementAt(foundchain);
 738         if (chain == mainchain)
 739         {
 740           if (fatom.alignmentMapping != -1)
 741           {
 742             if (highlightRes == null)
 743             {
 744               highlightRes = new Vector();
 745             }
 746
 747             if (highlightRes.contains(fatom.alignmentMapping + "" + ""))
 748             {
 749               highlightRes.removeElement(fatom.alignmentMapping + "");
 750             }
 751             else
 752             {
 753               highlightRes.addElement(fatom.alignmentMapping + "");
 754             }
 755           }
 756         }
 757       }
 758
 759     }
 760     mx = e.getX();
 761     my = e.getY();
 762     omx = mx;
 763     omy = my;
 764     dragging = false;
 765   }
 766
 767   public void mouseMoved(MouseEvent e)
 768   {
 769     pdbAction = true;
 770     if (highlightBond1 != null)
 771     {
 772       highlightBond1.at2.isSelected = false;
 773       highlightBond2.at1.isSelected = false;
 774       highlightBond1 = null;
 775       highlightBond2 = null;
 776     }
 777
 778     Atom fatom = findAtom(e.getX(), e.getY());
 779
 780     PDBChain chain = null;
 781     if (foundchain != -1)
 782     {
 783       chain = (PDBChain) pdb.chains.elementAt(foundchain);
 784       if (chain == mainchain)
 785       {
 786         mouseOverStructure(fatom.resNumber, chain.id);
 787       }
 788     }
 789
 790     if (fatom != null)
 791     {
 792       toolx = e.getX();
 793       tooly = e.getY();
 794
 795       appletToolTip = chain.id + ":" + fatom.resNumber + " " + fatom.resName;
 796       redrawneeded = true;
 797       repaint();
 798     }
 799     else
 800     {
 801       mouseOverStructure(-1, chain!=null?chain.id:null);
 802       appletToolTip = null;
 803       redrawneeded = true;
 804       repaint();
 805     }
 806   }
 807
 808   public void mouseClicked(MouseEvent e)
 809   {
 810   }
 811
 812   public void mouseEntered(MouseEvent e)
 813   {
 814   }
 815
 816   public void mouseExited(MouseEvent e)
 817   {
 818   }
 819
 820   public void mouseDragged(MouseEvent evt)
 821   {
 822     int x = evt.getX();
 823     int y = evt.getY();
 824     mx = x;
 825     my = y;
 826
 827     MCMatrix objmat = new MCMatrix(3, 3);
 828     objmat.setIdentity();
 829
 830     if ( (evt.getModifiers() & Event.META_MASK) != 0)
 831     {
 832       objmat.rotatez( (float) ( (mx - omx)));
 833     }
 834     else
 835     {
 836       objmat.rotatex( (float) ( (my - omy)));
 837       objmat.rotatey( (float) ( (omx - mx)));
 838     }
 839
 840     //Alter the bonds
 841     for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++)
 842     {
 843       Vector bonds = ( (PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).bonds;
 844
 845       for (int i = 0; i < bonds.size(); i++)
 846       {
 847         Bond tmpBond = (Bond) bonds.elementAt(i);
 848
 849         //Translate the bond so the centre is 0,0,0
 850         tmpBond.translate( -centre[0], -centre[1], -centre[2]);
 851
 852         //Now apply the rotation matrix
 853         tmpBond.start = objmat.vectorMultiply(tmpBond.start);
 854         tmpBond.end = objmat.vectorMultiply(tmpBond.end);
 855
 856         //Now translate back again
 857         tmpBond.translate(centre[0], centre[1], centre[2]);
 858       }
 859     }
 860
 861     objmat = null;
 862
 863     omx = mx;
 864     omy = my;
 865
 866     dragging = true;
 867
 868     redrawneeded = true;
 869
 870     repaint();
 871   }
 872
 873   public void mouseReleased(MouseEvent evt)
 874   {
 875     dragging = false;
 876     return;
 877   }
 878
 879   void drawLabels(Graphics g)
 880   {
 881
 882     for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++)
 883     {
 884       PDBChain chain = (PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii);
 885
 886       if (chain.isVisible)
 887       {
 888         Vector bonds = ( (PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).bonds;
 889
 890         for (int i = 0; i < bonds.size(); i++)
 891         {
 892           Bond tmpBond = (Bond) bonds.elementAt(i);
 893
 894           if (tmpBond.at1.isSelected)
 895           {
 896             labelAtom(g, tmpBond, 1);
 897           }
 898
 899           if (tmpBond.at2.isSelected)
 900           {
 901
 902             labelAtom(g, tmpBond, 2);
 903           }
 904         }
 905       }
 906     }
 907   }
 908
 909   public void labelAtom(Graphics g, Bond b, int n)
 910   {
 911     g.setFont(font);
 912
 913     if (n == 1)
 914     {
 915       int xstart = (int) ( ( (b.start[0] - centre[0]) * scale) +
 916                           (getSize().width / 2));
 917       int ystart = (int) ( ( (b.start[1] - centre[1]) * scale) +
 918                           (getSize().height / 2));
 919
 920       g.setColor(Color.red);
 921       g.drawString(b.at1.resName + "-" + b.at1.resNumber, xstart, ystart);
 922     }
 923
 924     if (n == 2)
 925     {
 926       int xstart = (int) ( ( (b.end[0] - centre[0]) * scale) +
 927                           (getSize().width / 2));
 928       int ystart = (int) ( ( (b.end[1] - centre[1]) * scale) +
 929                           (getSize().height / 2));
 930
 931       g.setColor(Color.red);
 932       g.drawString(b.at2.resName + "-" + b.at2.resNumber, xstart, ystart);
 933     }
 934   }
 935
 936   int foundchain = -1;
 937   public Atom findAtom(int x, int y)
 938   {
 939     Atom fatom = null;
 940
 941     foundchain = -1;
 942
 943     for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++)
 944     {
 945       PDBChain chain = (PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii);
 946       int truex;
 947       Bond tmpBond = null;
 948
 949       if (chain.isVisible)
 950       {
 951         Vector bonds = ( (PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).bonds;
 952
 953         for (int i = 0; i < bonds.size(); i++)
 954         {
 955           tmpBond = (Bond) bonds.elementAt(i);
 956
 957           truex = (int) ( ( (tmpBond.start[0] - centre[0]) * scale) +
 958                          (getSize().width / 2));
 959
 960           if (Math.abs(truex - x) <= 2)
 961           {
 962             int truey = (int) ( ( (tmpBond.start[1] - centre[1]) * scale) +
 963                                (getSize().height / 2));
 964
 965             if (Math.abs(truey - y) <= 2)
 966             {
 967               fatom = tmpBond.at1;
 968               foundchain = ii;
 969               break;
 970             }
 971           }
 972         }
 973
 974         // Still here? Maybe its the last bond
 975
 976         truex = (int) ( ( (tmpBond.end[0] - centre[0]) * scale) +
 977                        (getSize().width / 2));
 978
 979         if (Math.abs(truex - x) <= 2)
 980         {
 981           int truey = (int) ( ( (tmpBond.end[1] - centre[1]) * scale) +
 982                              (getSize().height / 2));
 983
 984           if (Math.abs(truey - y) <= 2)
 985           {
 986             fatom = tmpBond.at2;
 987             foundchain = ii;
 988             break;
 989           }
 990         }
 991
 992       }
 993
 994       if (fatom != null) //)&& chain.ds != null)
 995       {
 996         chain = (PDBChain) pdb.chains.elementAt(foundchain);
 997       }
 998     }
 999
1000     return fatom;
1001   }
1002
1003   public void update(Graphics g)
1004   {
1005     paint(g);
1006   }
1007
1008   public void highlightRes(int ii)
1009   {
1010     if (!seqColoursReady)
1011     {
1012       return;
1013     }
1014
1015     if (highlightRes != null
1016         && highlightRes.contains( (ii - 1) + ""))
1017     {
1018       return;
1019     }
1020
1021     int index = -1;
1022     Bond tmpBond;
1023     for (index = 0; index < mainchain.bonds.size(); index++)
1024     {
1025       tmpBond = (Bond) mainchain.bonds.elementAt(index);
1026       if (tmpBond.at1.alignmentMapping == ii - 1)
1027       {
1028         if (highlightBond1 != null)
1029         {
1030           highlightBond1.at2.isSelected = false;
1031         }
1032
1033         if (highlightBond2 != null)
1034         {
1035           highlightBond2.at1.isSelected = false;
1036         }
1037
1038         highlightBond1 = null;
1039         highlightBond2 = null;
1040
1041         if (index > 0)
1042         {
1043           highlightBond1 = (Bond) mainchain.bonds.elementAt(index - 1);
1044           highlightBond1.at2.isSelected = true;
1045         }
1046
1047         if (index != mainchain.bonds.size())
1048         {
1049           highlightBond2 = (Bond) mainchain.bonds.elementAt(index);
1050           highlightBond2.at1.isSelected = true;
1051         }
1052
1053         break;
1054       }
1055     }
1056
1057     redrawneeded = true;
1058     repaint();
1059   }
1060
1061   public void setAllchainsVisible(boolean b)
1062   {
1063     for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++)
1064     {
1065       PDBChain chain = (PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii);
1066       chain.isVisible = b;
1067     }
1068     mainchain.isVisible = true;
1069     findCentre();
1070     setupBonds();
1071   }
1072
1073
1074   //////////////////////////////////
1075   ///StructureListener
1076   public String getPdbFile()
1077   {
1078     return "???";
1079   }
1080
1081
1082   String lastMessage;
1083   public void mouseOverStructure(int pdbResNum, String chain)
1084   {
1085       if (lastMessage == null || !lastMessage.equals(pdbResNum+chain))
1086         ssm.mouseOverStructure(pdbResNum, chain, pdbentry.getFile());
1087
1088       lastMessage = pdbResNum+chain;
1089   }
1090
1091   StringBuffer resetLastRes = new StringBuffer();
1092   StringBuffer eval = new StringBuffer();
1093
1094   public void highlightAtom(int atomIndex, int pdbResNum, String chain, String pdbfile)
1095   {
1096     if (!seqColoursReady)
1097     {
1098       return;
1099     }
1100
1101     if (highlightRes != null
1102         && highlightRes.contains( (atomIndex - 1) + ""))
1103     {
1104       return;
1105     }
1106
1107     int index = -1;
1108     Bond tmpBond;
1109     for (index = 0; index < mainchain.bonds.size(); index++)
1110     {
1111       tmpBond = (Bond) mainchain.bonds.elementAt(index);
1112       if (tmpBond.at1.atomIndex == atomIndex)
1113       {
1114         if (highlightBond1 != null)
1115         {
1116           highlightBond1.at2.isSelected = false;
1117         }
1118
1119         if (highlightBond2 != null)
1120         {
1121           highlightBond2.at1.isSelected = false;
1122         }
1123
1124         highlightBond1 = null;
1125         highlightBond2 = null;
1126
1127         if (index > 0)
1128         {
1129           highlightBond1 = (Bond) mainchain.bonds.elementAt(index - 1);
1130           highlightBond1.at2.isSelected = true;
1131         }
1132
1133         if (index != mainchain.bonds.size())
1134         {
1135           highlightBond2 = (Bond) mainchain.bonds.elementAt(index);
1136           highlightBond2.at1.isSelected = true;
1137         }
1138
1139         break;
1140       }
1141     }
1142
1143     redrawneeded = true;
1144     repaint();
1145   }
1146
1147   public void updateColours(Object source)
1148   {
1149     AlignmentPanel ap = (AlignmentPanel) source;
1150     colourBySequence(ap.getSequenceRenderer(),
1151                      ap.av.getShowSequenceFeatures() ?
1152                      ap.getFeatureRenderer() : null);
1153     redrawneeded = true;
1154     repaint();
1155   }
1156
1157
1158 }