src/MCview/AppletPDBCanvas.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2007 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package MCview;\r
  20 \r
  21 import java.io.*;\r
  22 import java.util.*;\r
  23 \r
  24 // JBPNote TODO: This class is quite noisy - needs proper log.info/log.debug\r
  25 import java.awt.*;\r
  26 import java.awt.event.*;\r
  27 \r
  28 import jalview.analysis.*;\r
  29 import jalview.datamodel.*;\r
  30 \r
  31 import jalview.appletgui.*;\r
  32 import jalview.structure.*;\r
  33 \r
  34 public class AppletPDBCanvas\r
  35     extends Panel implements MouseListener, MouseMotionListener, StructureListener\r
  36 {\r
  37 \r
  38   MCMatrix idmat = new MCMatrix(3, 3);\r
  39   MCMatrix objmat = new MCMatrix(3, 3);\r
  40   boolean redrawneeded = true;\r
  41   int omx = 0;\r
  42   int mx = 0;\r
  43   int omy = 0;\r
  44   int my = 0;\r
  45   public PDBfile pdb;\r
  46   PDBEntry pdbentry;\r
  47   int bsize;\r
  48   Image img;\r
  49   Graphics ig;\r
  50   Dimension prefsize;\r
  51   float[] centre = new float[3];\r
  52   float[] width = new float[3];\r
  53   float maxwidth;\r
  54   float scale;\r
  55   String inStr;\r
  56   String inType;\r
  57   boolean bysequence = true;\r
  58   boolean depthcue = true;\r
  59   boolean wire = false;\r
  60   boolean bymolecule = false;\r
  61   boolean zbuffer = true;\r
  62   boolean dragging;\r
  63   int xstart;\r
  64   int xend;\r
  65   int ystart;\r
  66   int yend;\r
  67   int xmid;\r
  68   int ymid;\r
  69   Font font = new Font("Helvetica", Font.PLAIN, 10);\r
  70   public SequenceI [] sequence;\r
  71   final StringBuffer mappingDetails = new StringBuffer();\r
  72   String appletToolTip = null;\r
  73   int toolx, tooly;\r
  74   PDBChain mainchain;\r
  75   Vector highlightRes;\r
  76   boolean pdbAction = false;\r
  77   Bond highlightBond1, highlightBond2;\r
  78   boolean errorLoading = false;\r
  79   boolean seqColoursReady = false;\r
  80   FeatureRenderer fr;\r
  81   AlignmentPanel ap;\r
  82   StructureSelectionManager ssm;\r
  83 \r
  84   public AppletPDBCanvas(PDBEntry pdbentry,\r
  85                          SequenceI[] seq,\r
  86                          AlignmentPanel ap,\r
  87                          String protocol)\r
  88 \r
  89   {\r
  90     this.ap = ap;\r
  91     this.pdbentry = pdbentry;\r
  92     this.sequence = seq;\r
  93 \r
  94     ssm = StructureSelectionManager.getStructureSelectionManager();\r
  95 \r
  96     try{\r
  97       pdb = ssm.setMapping(seq, pdbentry.getFile(), protocol);\r
  98     }catch(Exception ex)\r
  99     {\r
 100       ex.printStackTrace();\r
 101       return;\r
 102     }\r
 103 \r
 104     pdbentry.setId(pdb.id);\r
 105 \r
 106     ssm.addStructureViewerListener(this);\r
 107 \r
 108     colourBySequence(ap.getSequenceRenderer(),\r
 109                      ap.av.getShowSequenceFeatures() ?\r
 110                      ap.getFeatureRenderer() : null);\r
 111 \r
 112     int max = -10;\r
 113     int maxchain = -1;\r
 114     int pdbstart = 0;\r
 115     int pdbend = 0;\r
 116     int seqstart = 0;\r
 117     int seqend = 0;\r
 118     AlignSeq maxAlignseq = null;\r
 119 \r
 120     //JUST DEAL WITH ONE SEQUENCE FOR NOW\r
 121     SequenceI sequence = seq[0];\r
 122 \r
 123     for (int i = 0; i < pdb.chains.size(); i++)\r
 124     {\r
 125 \r
 126       mappingDetails.append("\n\nPDB Sequence is :\nSequence = " +\r
 127                             ( (PDBChain) pdb.chains.elementAt(i)).sequence.\r
 128                             getSequenceAsString());\r
 129       mappingDetails.append("\nNo of residues = " +\r
 130                             ( (PDBChain) pdb.chains.elementAt(i)).residues.size() +\r
 131                             "\n\n");\r
 132 \r
 133       // Now lets compare the sequences to get\r
 134       // the start and end points.\r
 135       // Align the sequence to the pdb\r
 136       AlignSeq as = new AlignSeq(sequence,\r
 137                                  ( (PDBChain) pdb.chains.elementAt(i)).sequence,\r
 138                                  "pep");\r
 139       as.calcScoreMatrix();\r
 140       as.traceAlignment();\r
 141       PrintStream ps = new PrintStream(System.out)\r
 142       {\r
 143         public void print(String x)\r
 144         {\r
 145           mappingDetails.append(x);\r
 146         }\r
 147 \r
 148         public void println()\r
 149         {\r
 150           mappingDetails.append("\n");\r
 151         }\r
 152       };\r
 153 \r
 154       as.printAlignment(ps);\r
 155 \r
 156       if (as.maxscore > max)\r
 157       {\r
 158         max = as.maxscore;\r
 159         maxchain = i;\r
 160 \r
 161         pdbstart = as.seq2start;\r
 162         pdbend = as.seq2end;\r
 163         seqstart = as.seq1start + sequence.getStart() - 1;\r
 164         seqend = as.seq1end + sequence.getEnd() - 1;\r
 165         maxAlignseq = as;\r
 166       }\r
 167 \r
 168       mappingDetails.append("\nPDB start/end " + pdbstart + " " + pdbend);\r
 169       mappingDetails.append("\nSEQ start/end " + seqstart + " " + seqend);\r
 170     }\r
 171 \r
 172     mainchain = (PDBChain) pdb.chains.elementAt(maxchain);\r
 173 \r
 174     mainchain.pdbstart = pdbstart;\r
 175     mainchain.pdbend = pdbend;\r
 176     mainchain.seqstart = seqstart;\r
 177     mainchain.seqend = seqend;\r
 178     mainchain.isVisible = true;\r
 179   //  mainchain.makeExactMapping(maxAlignseq, sequence);\r
 180   //  mainchain.transferRESNUMFeatures(sequence, null);\r
 181     this.pdb = pdb;\r
 182     this.prefsize = new Dimension(getSize().width, getSize().height);\r
 183 \r
 184     //Initialize the matrices to identity\r
 185     for (int i = 0; i < 3; i++)\r
 186     {\r
 187       for (int j = 0; j < 3; j++)\r
 188       {\r
 189         if (i != j)\r
 190         {\r
 191           idmat.addElement(i, j, 0);\r
 192           objmat.addElement(i, j, 0);\r
 193         }\r
 194         else\r
 195         {\r
 196           idmat.addElement(i, j, 1);\r
 197           objmat.addElement(i, j, 1);\r
 198         }\r
 199       }\r
 200     }\r
 201 \r
 202     addMouseMotionListener(this);\r
 203     addMouseListener(this);\r
 204 \r
 205     addKeyListener(new KeyAdapter()\r
 206     {\r
 207       public void keyPressed(KeyEvent evt)\r
 208       {\r
 209         doKeyPressed(evt);\r
 210       }\r
 211     });\r
 212 \r
 213     findCentre();\r
 214     findWidth();\r
 215 \r
 216     setupBonds();\r
 217 \r
 218     scale = findScale();\r
 219   }\r
 220 \r
 221   Vector visiblebonds;\r
 222   void setupBonds()\r
 223   {\r
 224     seqColoursReady = false;\r
 225     // Sort the bonds by z coord\r
 226     visiblebonds = new Vector();\r
 227 \r
 228     for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++)\r
 229     {\r
 230       if ( ( (PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).isVisible)\r
 231       {\r
 232         Vector tmp = ( (PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).bonds;\r
 233 \r
 234         for (int i = 0; i < tmp.size(); i++)\r
 235         {\r
 236           visiblebonds.addElement(tmp.elementAt(i));\r
 237         }\r
 238       }\r
 239     }\r
 240     seqColoursReady = true;\r
 241     colourBySequence(ap.getSequenceRenderer(),\r
 242                                ap.av.getShowSequenceFeatures() ?\r
 243                                ap.getFeatureRenderer() : null);\r
 244     redrawneeded = true;\r
 245     repaint();\r
 246   }\r
 247 \r
 248   public void findWidth()\r
 249   {\r
 250     float[] max = new float[3];\r
 251     float[] min = new float[3];\r
 252 \r
 253     max[0] = (float) - 1e30;\r
 254     max[1] = (float) - 1e30;\r
 255     max[2] = (float) - 1e30;\r
 256 \r
 257     min[0] = (float) 1e30;\r
 258     min[1] = (float) 1e30;\r
 259     min[2] = (float) 1e30;\r
 260 \r
 261     for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++)\r
 262     {\r
 263       if ( ( (PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).isVisible)\r
 264       {\r
 265         Vector bonds = ( (PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).bonds;\r
 266 \r
 267         for (int i = 0; i < bonds.size(); i++)\r
 268         {\r
 269           Bond tmp = (Bond) bonds.elementAt(i);\r
 270 \r
 271           if (tmp.start[0] >= max[0])\r
 272           {\r
 273             max[0] = tmp.start[0];\r
 274           }\r
 275 \r
 276           if (tmp.start[1] >= max[1])\r
 277           {\r
 278             max[1] = tmp.start[1];\r
 279           }\r
 280 \r
 281           if (tmp.start[2] >= max[2])\r
 282           {\r
 283             max[2] = tmp.start[2];\r
 284           }\r
 285 \r
 286           if (tmp.start[0] <= min[0])\r
 287           {\r
 288             min[0] = tmp.start[0];\r
 289           }\r
 290 \r
 291           if (tmp.start[1] <= min[1])\r
 292           {\r
 293             min[1] = tmp.start[1];\r
 294           }\r
 295 \r
 296           if (tmp.start[2] <= min[2])\r
 297           {\r
 298             min[2] = tmp.start[2];\r
 299           }\r
 300 \r
 301           if (tmp.end[0] >= max[0])\r
 302           {\r
 303             max[0] = tmp.end[0];\r
 304           }\r
 305 \r
 306           if (tmp.end[1] >= max[1])\r
 307           {\r
 308             max[1] = tmp.end[1];\r
 309           }\r
 310 \r
 311           if (tmp.end[2] >= max[2])\r
 312           {\r
 313             max[2] = tmp.end[2];\r
 314           }\r
 315 \r
 316           if (tmp.end[0] <= min[0])\r
 317           {\r
 318             min[0] = tmp.end[0];\r
 319           }\r
 320 \r
 321           if (tmp.end[1] <= min[1])\r
 322           {\r
 323             min[1] = tmp.end[1];\r
 324           }\r
 325 \r
 326           if (tmp.end[2] <= min[2])\r
 327           {\r
 328             min[2] = tmp.end[2];\r
 329           }\r
 330         }\r
 331       }\r
 332     }\r
 333 \r
 334     width[0] = (float) Math.abs(max[0] - min[0]);\r
 335     width[1] = (float) Math.abs(max[1] - min[1]);\r
 336     width[2] = (float) Math.abs(max[2] - min[2]);\r
 337 \r
 338     maxwidth = width[0];\r
 339 \r
 340     if (width[1] > width[0])\r
 341     {\r
 342       maxwidth = width[1];\r
 343     }\r
 344 \r
 345     if (width[2] > width[1])\r
 346     {\r
 347       maxwidth = width[2];\r
 348     }\r
 349 \r
 350     // System.out.println("Maxwidth = " + maxwidth);\r
 351   }\r
 352 \r
 353   public float findScale()\r
 354   {\r
 355     int dim;\r
 356     int width;\r
 357     int height;\r
 358 \r
 359     if (getSize().width != 0)\r
 360     {\r
 361       width = getSize().width;\r
 362       height = getSize().height;\r
 363     }\r
 364     else\r
 365     {\r
 366       width = prefsize.width;\r
 367       height = prefsize.height;\r
 368     }\r
 369 \r
 370     if (width < height)\r
 371     {\r
 372       dim = width;\r
 373     }\r
 374     else\r
 375     {\r
 376       dim = height;\r
 377     }\r
 378 \r
 379     return (float) (dim / (1.5d * maxwidth));\r
 380   }\r
 381 \r
 382   public void findCentre()\r
 383   {\r
 384     float xtot = 0;\r
 385     float ytot = 0;\r
 386     float ztot = 0;\r
 387 \r
 388     int bsize = 0;\r
 389 \r
 390     //Find centre coordinate\r
 391     for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++)\r
 392     {\r
 393       if ( ( (PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).isVisible)\r
 394       {\r
 395         Vector bonds = ( (PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).bonds;\r
 396 \r
 397         bsize += bonds.size();\r
 398 \r
 399         for (int i = 0; i < bonds.size(); i++)\r
 400         {\r
 401           xtot = xtot + ( (Bond) bonds.elementAt(i)).start[0] +\r
 402               ( (Bond) bonds.elementAt(i)).end[0];\r
 403 \r
 404           ytot = ytot + ( (Bond) bonds.elementAt(i)).start[1] +\r
 405               ( (Bond) bonds.elementAt(i)).end[1];\r
 406 \r
 407           ztot = ztot + ( (Bond) bonds.elementAt(i)).start[2] +\r
 408               ( (Bond) bonds.elementAt(i)).end[2];\r
 409         }\r
 410       }\r
 411     }\r
 412 \r
 413     centre[0] = xtot / (2 * (float) bsize);\r
 414     centre[1] = ytot / (2 * (float) bsize);\r
 415     centre[2] = ztot / (2 * (float) bsize);\r
 416   }\r
 417 \r
 418   public void paint(Graphics g)\r
 419   {\r
 420 \r
 421     if (errorLoading)\r
 422     {\r
 423       g.setColor(Color.white);\r
 424       g.fillRect(0, 0, getSize().width, getSize().height);\r
 425       g.setColor(Color.black);\r
 426       g.setFont(new Font("Verdana", Font.BOLD, 14));\r
 427       g.drawString("Error loading PDB data!!", 50, getSize().height / 2);\r
 428       return;\r
 429     }\r
 430 \r
 431     if (!seqColoursReady)\r
 432     {\r
 433       g.setColor(Color.black);\r
 434       g.setFont(new Font("Verdana", Font.BOLD, 14));\r
 435       g.drawString("Fetching PDB data...", 50, getSize().height / 2);\r
 436       return;\r
 437     }\r
 438 \r
 439     //Only create the image at the beginning -\r
 440     //this saves much memory usage\r
 441     if ( (img == null) || (prefsize.width != getSize().width) ||\r
 442         (prefsize.height != getSize().height))\r
 443     {\r
 444 \r
 445       try\r
 446       {\r
 447         prefsize.width = getSize().width;\r
 448         prefsize.height = getSize().height;\r
 449 \r
 450         scale = findScale();\r
 451         img = createImage(prefsize.width, prefsize.height);\r
 452         ig = img.getGraphics();\r
 453 \r
 454         redrawneeded = true;\r
 455       }\r
 456       catch (Exception ex)\r
 457       {\r
 458         ex.printStackTrace();\r
 459       }\r
 460     }\r
 461 \r
 462     if (redrawneeded)\r
 463     {\r
 464       drawAll(ig, prefsize.width, prefsize.height);\r
 465       redrawneeded = false;\r
 466     }\r
 467     if (appletToolTip != null)\r
 468     {\r
 469       ig.setColor(Color.red);\r
 470       ig.drawString(appletToolTip, toolx, tooly);\r
 471     }\r
 472 \r
 473     g.drawImage(img, 0, 0, this);\r
 474 \r
 475     pdbAction = false;\r
 476   }\r
 477 \r
 478   public void drawAll(Graphics g, int width, int height)\r
 479   {\r
 480     ig.setColor(Color.black);\r
 481     ig.fillRect(0, 0, width, height);\r
 482     drawScene(ig);\r
 483     drawLabels(ig);\r
 484   }\r
 485 \r
 486   public void setColours(jalview.schemes.ColourSchemeI cs)\r
 487   {\r
 488     bysequence = false;\r
 489     pdb.setColours(cs);\r
 490     redrawneeded = true;\r
 491     repaint();\r
 492   }\r
 493 \r
 494 \r
 495 \r
 496   // This method has been taken out of PDBChain to allow\r
 497   // Applet and Application specific sequence renderers to be used\r
 498   void colourBySequence(SequenceRenderer sr, FeatureRenderer fr)\r
 499   {\r
 500     StructureMapping[] mapping = ssm.getMapping(pdbentry.getFile());\r
 501 \r
 502     boolean showFeatures = false;\r
 503     if (fr!=null)\r
 504     {\r
 505       if (fr == null)\r
 506       {\r
 507         fr = new jalview.appletgui.FeatureRenderer(ap.av);\r
 508       }\r
 509       fr.transferSettings(fr);\r
 510       showFeatures = true;\r
 511     }\r
 512 \r
 513     PDBChain chain;\r
 514     if (bysequence && pdb != null)\r
 515     {\r
 516       for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++)\r
 517       {\r
 518         chain = (PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii);\r
 519 \r
 520         for (int i = 0; i < chain.bonds.size(); i++)\r
 521         {\r
 522           Bond tmp = (Bond) chain.bonds.elementAt(i);\r
 523           tmp.startCol = Color.lightGray;\r
 524           tmp.endCol = Color.lightGray;\r
 525           if (chain != mainchain)\r
 526           {\r
 527             continue;\r
 528           }\r
 529 \r
 530           for (int s = 0; s < sequence.length; s++)\r
 531           {\r
 532             for (int m = 0; m < mapping.length; m++)\r
 533             {\r
 534               if (mapping[m].getSequence() == sequence[s])\r
 535               {\r
 536                 int pos = mapping[m].getSeqPos(tmp.at1.resNumber)-1;\r
 537                 if (pos > 0)\r
 538                 {\r
 539                   pos = sequence[s].findIndex(pos);\r
 540                   tmp.startCol = sr.getResidueBoxColour(sequence[s], pos);\r
 541                   if (showFeatures)\r
 542                   {\r
 543                     tmp.startCol = fr.findFeatureColour(tmp.startCol,\r
 544                                                         sequence[s],\r
 545                                                         pos);\r
 546                   }\r
 547                 }\r
 548                 pos = mapping[m].getSeqPos(tmp.at2.resNumber)-1;\r
 549                 if (pos > 0)\r
 550                 {\r
 551                   pos = sequence[s].findIndex(pos);\r
 552                   tmp.endCol = sr.getResidueBoxColour(sequence[s], pos);\r
 553                   if (showFeatures)\r
 554                   {\r
 555                     tmp.endCol = fr.findFeatureColour(tmp.endCol,\r
 556                                                         sequence[s],\r
 557                                                         pos);\r
 558                   }\r
 559                 }\r
 560 \r
 561               }\r
 562             }\r
 563           }\r
 564         }\r
 565       }\r
 566     }\r
 567   }\r
 568 \r
 569   Zsort zsort;\r
 570   public void drawScene(Graphics g)\r
 571   {\r
 572     if (zbuffer)\r
 573     {\r
 574       if (zsort == null)\r
 575       {\r
 576         zsort = new Zsort();\r
 577       }\r
 578 \r
 579       zsort.Zsort(visiblebonds);\r
 580     }\r
 581 \r
 582     Bond tmpBond = null;\r
 583     for (int i = 0; i < visiblebonds.size(); i++)\r
 584     {\r
 585       tmpBond = (Bond) visiblebonds.elementAt(i);\r
 586 \r
 587       xstart = (int) ( ( (tmpBond.start[0] - centre[0]) * scale) +\r
 588                       (getSize().width / 2));\r
 589       ystart = (int) ( ( (tmpBond.start[1] - centre[1]) * scale) +\r
 590                       (getSize().height / 2));\r
 591 \r
 592       xend = (int) ( ( (tmpBond.end[0] - centre[0]) * scale) +\r
 593                     (getSize().width / 2));\r
 594       yend = (int) ( ( (tmpBond.end[1] - centre[1]) * scale) +\r
 595                     (getSize().height / 2));\r
 596 \r
 597       xmid = (xend + xstart) / 2;\r
 598       ymid = (yend + ystart) / 2;\r
 599 \r
 600       if (depthcue && !bymolecule)\r
 601       {\r
 602         if (tmpBond.start[2] < (centre[2] - (maxwidth / 6)))\r
 603         {\r
 604           g.setColor(tmpBond.startCol.darker().darker());\r
 605           drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);\r
 606 \r
 607           g.setColor(tmpBond.endCol.darker().darker());\r
 608           drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);\r
 609         }\r
 610         else if (tmpBond.start[2] < (centre[2] + (maxwidth / 6)))\r
 611         {\r
 612           g.setColor(tmpBond.startCol.darker());\r
 613           drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);\r
 614 \r
 615           g.setColor(tmpBond.endCol.darker());\r
 616           drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);\r
 617         }\r
 618         else\r
 619         {\r
 620           g.setColor(tmpBond.startCol);\r
 621           drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);\r
 622 \r
 623           g.setColor(tmpBond.endCol);\r
 624           drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);\r
 625         }\r
 626 \r
 627       }\r
 628       else if (depthcue && bymolecule)\r
 629       {\r
 630         if (tmpBond.start[2] < (centre[2] - (maxwidth / 6)))\r
 631         {\r
 632           g.setColor(Color.green.darker().darker());\r
 633           drawLine(g, xstart, ystart, xend, yend);\r
 634         }\r
 635         else if (tmpBond.start[2] < (centre[2] + (maxwidth / 6)))\r
 636         {\r
 637           g.setColor(Color.green.darker());\r
 638           drawLine(g, xstart, ystart, xend, yend);\r
 639         }\r
 640         else\r
 641         {\r
 642           g.setColor(Color.green);\r
 643           drawLine(g, xstart, ystart, xend, yend);\r
 644         }\r
 645       }\r
 646       else if (!depthcue && !bymolecule)\r
 647       {\r
 648         g.setColor(tmpBond.startCol);\r
 649         drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);\r
 650         g.setColor(tmpBond.endCol);\r
 651         drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);\r
 652       }\r
 653       else\r
 654       {\r
 655         drawLine(g, xstart, ystart, xend, yend);\r
 656       }\r
 657 \r
 658       if (highlightBond1 != null && highlightBond1 == tmpBond)\r
 659       {\r
 660         g.setColor(Color.white);\r
 661         drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);\r
 662       }\r
 663 \r
 664       if (highlightBond2 != null && highlightBond2 == tmpBond)\r
 665       {\r
 666         g.setColor(Color.white);\r
 667         drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);\r
 668       }\r
 669 \r
 670     }\r
 671   }\r
 672 \r
 673   public void drawLine(Graphics g, int x1, int y1, int x2, int y2)\r
 674   {\r
 675     if (!wire)\r
 676     {\r
 677       if ( ( (float) Math.abs(y2 - y1) / (float) Math.abs(x2 - x1)) < 0.5)\r
 678       {\r
 679         g.drawLine(x1, y1, x2, y2);\r
 680         g.drawLine(x1 + 1, y1 + 1, x2 + 1, y2 + 1);\r
 681         g.drawLine(x1, y1 - 1, x2, y2 - 1);\r
 682       }\r
 683       else\r
 684       {\r
 685         g.setColor(g.getColor().brighter());\r
 686         g.drawLine(x1, y1, x2, y2);\r
 687         g.drawLine(x1 + 1, y1, x2 + 1, y2);\r
 688         g.drawLine(x1 - 1, y1, x2 - 1, y2);\r
 689       }\r
 690     }\r
 691     else\r
 692     {\r
 693       g.drawLine(x1, y1, x2, y2);\r
 694     }\r
 695   }\r
 696 \r
 697   public Dimension minimumsize()\r
 698   {\r
 699     return prefsize;\r
 700   }\r
 701 \r
 702   public Dimension preferredsize()\r
 703   {\r
 704     return prefsize;\r
 705   }\r
 706 \r
 707   public void doKeyPressed(KeyEvent evt)\r
 708   {\r
 709     if (evt.getKeyCode() == KeyEvent.VK_UP)\r
 710     {\r
 711       scale = (float) (scale * 1.1);\r
 712       redrawneeded = true;\r
 713       repaint();\r
 714     }\r
 715     else if (evt.getKeyCode() == KeyEvent.VK_DOWN)\r
 716     {\r
 717       scale = (float) (scale * 0.9);\r
 718       redrawneeded = true;\r
 719       repaint();\r
 720     }\r
 721   }\r
 722 \r
 723   public void mousePressed(MouseEvent e)\r
 724   {\r
 725     pdbAction = true;\r
 726     Atom fatom = findAtom(e.getX(), e.getY());\r
 727     if (fatom != null)\r
 728     {\r
 729       fatom.isSelected = !fatom.isSelected;\r
 730 \r
 731       redrawneeded = true;\r
 732       repaint();\r
 733       if (foundchain != -1)\r
 734       {\r
 735         PDBChain chain = (PDBChain) pdb.chains.elementAt(foundchain);\r
 736         if (chain == mainchain)\r
 737         {\r
 738           if (fatom.alignmentMapping != -1)\r
 739           {\r
 740             if (highlightRes == null)\r
 741             {\r
 742               highlightRes = new Vector();\r
 743             }\r
 744 \r
 745             if (highlightRes.contains(fatom.alignmentMapping + "" + ""))\r
 746             {\r
 747               highlightRes.removeElement(fatom.alignmentMapping + "");\r
 748             }\r
 749             else\r
 750             {\r
 751               highlightRes.addElement(fatom.alignmentMapping + "");\r
 752             }\r
 753           }\r
 754         }\r
 755       }\r
 756 \r
 757     }\r
 758     mx = e.getX();\r
 759     my = e.getY();\r
 760     omx = mx;\r
 761     omy = my;\r
 762     dragging = false;\r
 763   }\r
 764 \r
 765   public void mouseMoved(MouseEvent e)\r
 766   {\r
 767     pdbAction = true;\r
 768     if (highlightBond1 != null)\r
 769     {\r
 770       highlightBond1.at2.isSelected = false;\r
 771       highlightBond2.at1.isSelected = false;\r
 772       highlightBond1 = null;\r
 773       highlightBond2 = null;\r
 774     }\r
 775 \r
 776     Atom fatom = findAtom(e.getX(), e.getY());\r
 777 \r
 778     PDBChain chain = null;\r
 779     if (foundchain != -1)\r
 780     {\r
 781       chain = (PDBChain) pdb.chains.elementAt(foundchain);\r
 782       if (chain == mainchain)\r
 783       {\r
 784         mouseOverStructure(fatom.resNumber, chain.id);\r
 785       }\r
 786     }\r
 787 \r
 788     if (fatom != null)\r
 789     {\r
 790       toolx = e.getX();\r
 791       tooly = e.getY();\r
 792 \r
 793       appletToolTip = chain.id + ":" + fatom.resNumber + " " + fatom.resName;\r
 794       redrawneeded = true;\r
 795       repaint();\r
 796     }\r
 797     else\r
 798     {\r
 799       mouseOverStructure(-1, chain!=null?chain.id:null);\r
 800       appletToolTip = null;\r
 801       redrawneeded = true;\r
 802       repaint();\r
 803     }\r
 804   }\r
 805 \r
 806   public void mouseClicked(MouseEvent e)\r
 807   {\r
 808   }\r
 809 \r
 810   public void mouseEntered(MouseEvent e)\r
 811   {\r
 812   }\r
 813 \r
 814   public void mouseExited(MouseEvent e)\r
 815   {\r
 816   }\r
 817 \r
 818   public void mouseDragged(MouseEvent evt)\r
 819   {\r
 820     int x = evt.getX();\r
 821     int y = evt.getY();\r
 822     mx = x;\r
 823     my = y;\r
 824 \r
 825     MCMatrix objmat = new MCMatrix(3, 3);\r
 826     objmat.setIdentity();\r
 827 \r
 828     if ( (evt.getModifiers() & Event.META_MASK) != 0)\r
 829     {\r
 830       objmat.rotatez( (float) ( (mx - omx)));\r
 831     }\r
 832     else\r
 833     {\r
 834       objmat.rotatex( (float) ( (my - omy)));\r
 835       objmat.rotatey( (float) ( (omx - mx)));\r
 836     }\r
 837 \r
 838     //Alter the bonds\r
 839     for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++)\r
 840     {\r
 841       Vector bonds = ( (PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).bonds;\r
 842 \r
 843       for (int i = 0; i < bonds.size(); i++)\r
 844       {\r
 845         Bond tmpBond = (Bond) bonds.elementAt(i);\r
 846 \r
 847         //Translate the bond so the centre is 0,0,0\r
 848         tmpBond.translate( -centre[0], -centre[1], -centre[2]);\r
 849 \r
 850         //Now apply the rotation matrix\r
 851         tmpBond.start = objmat.vectorMultiply(tmpBond.start);\r
 852         tmpBond.end = objmat.vectorMultiply(tmpBond.end);\r
 853 \r
 854         //Now translate back again\r
 855         tmpBond.translate(centre[0], centre[1], centre[2]);\r
 856       }\r
 857     }\r
 858 \r
 859     objmat = null;\r
 860 \r
 861     omx = mx;\r
 862     omy = my;\r
 863 \r
 864     dragging = true;\r
 865 \r
 866     redrawneeded = true;\r
 867 \r
 868     repaint();\r
 869   }\r
 870 \r
 871   public void mouseReleased(MouseEvent evt)\r
 872   {\r
 873     dragging = false;\r
 874     return;\r
 875   }\r
 876 \r
 877   void drawLabels(Graphics g)\r
 878   {\r
 879 \r
 880     for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++)\r
 881     {\r
 882       PDBChain chain = (PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii);\r
 883 \r
 884       if (chain.isVisible)\r
 885       {\r
 886         Vector bonds = ( (PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).bonds;\r
 887 \r
 888         for (int i = 0; i < bonds.size(); i++)\r
 889         {\r
 890           Bond tmpBond = (Bond) bonds.elementAt(i);\r
 891 \r
 892           if (tmpBond.at1.isSelected)\r
 893           {\r
 894             labelAtom(g, tmpBond, 1);\r
 895           }\r
 896 \r
 897           if (tmpBond.at2.isSelected)\r
 898           {\r
 899 \r
 900             labelAtom(g, tmpBond, 2);\r
 901           }\r
 902         }\r
 903       }\r
 904     }\r
 905   }\r
 906 \r
 907   public void labelAtom(Graphics g, Bond b, int n)\r
 908   {\r
 909     g.setFont(font);\r
 910 \r
 911     if (n == 1)\r
 912     {\r
 913       int xstart = (int) ( ( (b.start[0] - centre[0]) * scale) +\r
 914                           (getSize().width / 2));\r
 915       int ystart = (int) ( ( (b.start[1] - centre[1]) * scale) +\r
 916                           (getSize().height / 2));\r
 917 \r
 918       g.setColor(Color.red);\r
 919       g.drawString(b.at1.resName + "-" + b.at1.resNumber, xstart, ystart);\r
 920     }\r
 921 \r
 922     if (n == 2)\r
 923     {\r
 924       int xstart = (int) ( ( (b.end[0] - centre[0]) * scale) +\r
 925                           (getSize().width / 2));\r
 926       int ystart = (int) ( ( (b.end[1] - centre[1]) * scale) +\r
 927                           (getSize().height / 2));\r
 928 \r
 929       g.setColor(Color.red);\r
 930       g.drawString(b.at2.resName + "-" + b.at2.resNumber, xstart, ystart);\r
 931     }\r
 932   }\r
 933 \r
 934   int foundchain = -1;\r
 935   public Atom findAtom(int x, int y)\r
 936   {\r
 937     Atom fatom = null;\r
 938 \r
 939     foundchain = -1;\r
 940 \r
 941     for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++)\r
 942     {\r
 943       PDBChain chain = (PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii);\r
 944       int truex;\r
 945       Bond tmpBond = null;\r
 946 \r
 947       if (chain.isVisible)\r
 948       {\r
 949         Vector bonds = ( (PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).bonds;\r
 950 \r
 951         for (int i = 0; i < bonds.size(); i++)\r
 952         {\r
 953           tmpBond = (Bond) bonds.elementAt(i);\r
 954 \r
 955           truex = (int) ( ( (tmpBond.start[0] - centre[0]) * scale) +\r
 956                          (getSize().width / 2));\r
 957 \r
 958           if (Math.abs(truex - x) <= 2)\r
 959           {\r
 960             int truey = (int) ( ( (tmpBond.start[1] - centre[1]) * scale) +\r
 961                                (getSize().height / 2));\r
 962 \r
 963             if (Math.abs(truey - y) <= 2)\r
 964             {\r
 965               fatom = tmpBond.at1;\r
 966               foundchain = ii;\r
 967               break;\r
 968             }\r
 969           }\r
 970         }\r
 971 \r
 972         // Still here? Maybe its the last bond\r
 973 \r
 974         truex = (int) ( ( (tmpBond.end[0] - centre[0]) * scale) +\r
 975                        (getSize().width / 2));\r
 976 \r
 977         if (Math.abs(truex - x) <= 2)\r
 978         {\r
 979           int truey = (int) ( ( (tmpBond.end[1] - centre[1]) * scale) +\r
 980                              (getSize().height / 2));\r
 981 \r
 982           if (Math.abs(truey - y) <= 2)\r
 983           {\r
 984             fatom = tmpBond.at2;\r
 985             foundchain = ii;\r
 986             break;\r
 987           }\r
 988         }\r
 989 \r
 990       }\r
 991 \r
 992       if (fatom != null) //)&& chain.ds != null)\r
 993       {\r
 994         chain = (PDBChain) pdb.chains.elementAt(foundchain);\r
 995       }\r
 996     }\r
 997 \r
 998     return fatom;\r
 999   }\r
1000 \r
1001   public void update(Graphics g)\r
1002   {\r
1003     paint(g);\r
1004   }\r
1005 \r
1006   public void highlightRes(int ii)\r
1007   {\r
1008     if (!seqColoursReady)\r
1009     {\r
1010       return;\r
1011     }\r
1012 \r
1013     if (highlightRes != null\r
1014         && highlightRes.contains( (ii - 1) + ""))\r
1015     {\r
1016       return;\r
1017     }\r
1018 \r
1019     int index = -1;\r
1020     Bond tmpBond;\r
1021     for (index = 0; index < mainchain.bonds.size(); index++)\r
1022     {\r
1023       tmpBond = (Bond) mainchain.bonds.elementAt(index);\r
1024       if (tmpBond.at1.alignmentMapping == ii - 1)\r
1025       {\r
1026         if (highlightBond1 != null)\r
1027         {\r
1028           highlightBond1.at2.isSelected = false;\r
1029         }\r
1030 \r
1031         if (highlightBond2 != null)\r
1032         {\r
1033           highlightBond2.at1.isSelected = false;\r
1034         }\r
1035 \r
1036         highlightBond1 = null;\r
1037         highlightBond2 = null;\r
1038 \r
1039         if (index > 0)\r
1040         {\r
1041           highlightBond1 = (Bond) mainchain.bonds.elementAt(index - 1);\r
1042           highlightBond1.at2.isSelected = true;\r
1043         }\r
1044 \r
1045         if (index != mainchain.bonds.size())\r
1046         {\r
1047           highlightBond2 = (Bond) mainchain.bonds.elementAt(index);\r
1048           highlightBond2.at1.isSelected = true;\r
1049         }\r
1050 \r
1051         break;\r
1052       }\r
1053     }\r
1054 \r
1055     redrawneeded = true;\r
1056     repaint();\r
1057   }\r
1058 \r
1059   public void setAllchainsVisible(boolean b)\r
1060   {\r
1061     for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++)\r
1062     {\r
1063       PDBChain chain = (PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii);\r
1064       chain.isVisible = b;\r
1065     }\r
1066     mainchain.isVisible = true;\r
1067     findCentre();\r
1068     setupBonds();\r
1069   }\r
1070 \r
1071 \r
1072   //////////////////////////////////\r
1073   ///StructureListener\r
1074   public String getPdbFile()\r
1075   {\r
1076     return "???";\r
1077   }\r
1078 \r
1079 \r
1080   String lastMessage;\r
1081   public void mouseOverStructure(int pdbResNum, String chain)\r
1082   {\r
1083       if (lastMessage == null || !lastMessage.equals(pdbResNum+chain))\r
1084         ssm.mouseOverStructure(pdbResNum, chain, pdbentry.getFile());\r
1085 \r
1086       lastMessage = pdbResNum+chain;\r
1087   }\r
1088 \r
1089   StringBuffer resetLastRes = new StringBuffer();\r
1090   StringBuffer eval = new StringBuffer();\r
1091 \r
1092   public void highlightAtom(int atomIndex, int pdbResNum, String chain, String pdbfile)\r
1093   {\r
1094     if (!seqColoursReady)\r
1095     {\r
1096       return;\r
1097     }\r
1098 \r
1099     if (highlightRes != null\r
1100         && highlightRes.contains( (atomIndex - 1) + ""))\r
1101     {\r
1102       return;\r
1103     }\r
1104 \r
1105     int index = -1;\r
1106     Bond tmpBond;\r
1107     for (index = 0; index < mainchain.bonds.size(); index++)\r
1108     {\r
1109       tmpBond = (Bond) mainchain.bonds.elementAt(index);\r
1110       if (tmpBond.at1.atomIndex == atomIndex)\r
1111       {\r
1112         if (highlightBond1 != null)\r
1113         {\r
1114           highlightBond1.at2.isSelected = false;\r
1115         }\r
1116 \r
1117         if (highlightBond2 != null)\r
1118         {\r
1119           highlightBond2.at1.isSelected = false;\r
1120         }\r
1121 \r
1122         highlightBond1 = null;\r
1123         highlightBond2 = null;\r
1124 \r
1125         if (index > 0)\r
1126         {\r
1127           highlightBond1 = (Bond) mainchain.bonds.elementAt(index - 1);\r
1128           highlightBond1.at2.isSelected = true;\r
1129         }\r
1130 \r
1131         if (index != mainchain.bonds.size())\r
1132         {\r
1133           highlightBond2 = (Bond) mainchain.bonds.elementAt(index);\r
1134           highlightBond2.at1.isSelected = true;\r
1135         }\r
1136 \r
1137         break;\r
1138       }\r
1139     }\r
1140 \r
1141     redrawneeded = true;\r
1142     repaint();\r
1143   }\r
1144 \r
1145   public void updateColours(Object source)\r
1146   {\r
1147     AlignmentPanel ap = (AlignmentPanel) source;\r
1148     colourBySequence(ap.getSequenceRenderer(),\r
1149                      ap.av.getShowSequenceFeatures() ?\r
1150                      ap.getFeatureRenderer() : null);\r
1151     redrawneeded = true;\r
1152     repaint();\r
1153   }\r
1154 \r
1155 \r
1156 }\r