src/MCview/AppletPDBCanvas.java

   1 /*\r
   2 * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3 * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4 *\r
   5 * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6 * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7 * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8 * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9 *\r
  10 * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11 * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12 * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13 * GNU General Public License for more details.\r
  14 *\r
  15 * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16 * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17 * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18 */\r
  19 package MCview;\r
  20 \r
  21 import jalview.analysis.AlignSeq;\r
  22 \r
  23 import jalview.datamodel.*;\r
  24 \r
  25 // JBPNote TODO: This class is quite noisy - needs proper log.info/log.debug\r
  26 import java.awt.*;\r
  27 import java.awt.event.*;\r
  28 \r
  29 import java.io.*;\r
  30 \r
  31 import java.util.*;\r
  32 \r
  33 \r
  34 \r
  35 public class AppletPDBCanvas extends Panel implements MouseListener, MouseMotionListener\r
  36 {\r
  37 \r
  38   MCMatrix idmat = new MCMatrix(3, 3);\r
  39     MCMatrix objmat = new MCMatrix(3, 3);\r
  40     boolean redrawneeded = true;\r
  41     int omx = 0;\r
  42     int mx = 0;\r
  43     int omy = 0;\r
  44     int my = 0;\r
  45     public PDBfile pdb;\r
  46     int bsize;\r
  47     Image img;\r
  48     Graphics ig;\r
  49     Dimension prefsize;\r
  50     float[] centre = new float[3];\r
  51     float[] width = new float[3];\r
  52     float maxwidth;\r
  53     float scale;\r
  54     String inStr;\r
  55     String inType;\r
  56     boolean bysequence = true;\r
  57     boolean depthcue = true;\r
  58     boolean wire = false;\r
  59     boolean bymolecule = false;\r
  60     boolean zbuffer = true;\r
  61     boolean dragging;\r
  62     int xstart;\r
  63     int xend;\r
  64     int ystart;\r
  65     int yend;\r
  66     int xmid;\r
  67     int ymid;\r
  68     Font font = new Font("Helvetica", Font.PLAIN, 10);\r
  69     jalview.appletgui.SequenceRenderer sr;\r
  70     jalview.appletgui.FeatureRenderer  fr;\r
  71     jalview.appletgui.SeqCanvas seqcanvas;\r
  72     public Sequence sequence;\r
  73     final StringBuffer mappingDetails = new StringBuffer();\r
  74     String appletToolTip = null;\r
  75     int toolx, tooly;\r
  76     PDBChain mainchain;\r
  77 \r
  78     public AppletPDBCanvas(jalview.appletgui.SeqCanvas seqcanvas, Sequence seq)\r
  79     {\r
  80       this.seqcanvas = seqcanvas;\r
  81       this.sequence = seq;\r
  82       sr = seqcanvas.getSequenceRenderer();\r
  83       fr = seqcanvas.getFeatureRenderer();\r
  84 \r
  85       seqcanvas.setPDBCanvas(this);\r
  86       addKeyListener(new KeyAdapter()\r
  87       {\r
  88 \r
  89         public void keyPressed(KeyEvent evt)\r
  90         {\r
  91           doKeyPressed(evt);\r
  92         }\r
  93       });\r
  94     }\r
  95 \r
  96     Bond highlightBond1, highlightBond2;\r
  97     public void highlightRes(int ii)\r
  98    {\r
  99      highlightBond1 = null;\r
 100      highlightBond2 = null;\r
 101 \r
 102      int index = ii - mainchain.seqstart - mainchain.offset+1;\r
 103      if(index <0 )\r
 104        return;\r
 105 \r
 106      if(index<=mainchain.bonds.size())\r
 107      {\r
 108        if(index>0)\r
 109        {\r
 110          highlightBond1 = (Bond) mainchain.bonds.elementAt(index - 1);\r
 111        }\r
 112 \r
 113        if(index!=mainchain.bonds.size())\r
 114          highlightBond2 = (Bond) mainchain.bonds.elementAt(index);\r
 115      }\r
 116 \r
 117      redrawneeded = true;\r
 118      repaint();\r
 119   }\r
 120 \r
 121 \r
 122   public void setPDBFile(PDBfile pdb)\r
 123    {\r
 124         this.sr = sr;\r
 125         this.fr = fr;\r
 126         int max = -10;\r
 127         int maxchain = -1;\r
 128         int pdbstart = 0;\r
 129         int pdbend = 0;\r
 130         int seqstart = 0;\r
 131         int seqend = 0;\r
 132 \r
 133         for (int i = 0; i < pdb.chains.size(); i++)\r
 134         {\r
 135 \r
 136           mappingDetails.append("\n\nPDB Sequence is :\nSequence = " + ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(i)).sequence.getSequence());\r
 137           mappingDetails.append("\nNo of residues = " + ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(i)).residues.size()+"\n\n");\r
 138 \r
 139             // Now lets compare the sequences to get\r
 140             // the start and end points.\r
 141             // Align the sequence to the pdb\r
 142             AlignSeq as = new AlignSeq(sequence,\r
 143                     ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(i)).sequence, "pep");\r
 144             as.calcScoreMatrix();\r
 145             as.traceAlignment();\r
 146             PrintStream  ps = new PrintStream(System.out)\r
 147            {\r
 148               public void print(String x) {\r
 149                    mappingDetails.append(x);\r
 150                }\r
 151                public void println()\r
 152                {\r
 153                  mappingDetails.append("\n");\r
 154                }\r
 155             };\r
 156 \r
 157             as.printAlignment(ps);\r
 158 \r
 159             if (as.maxscore > max) {\r
 160                 max = as.maxscore;\r
 161                 maxchain = i;\r
 162 \r
 163                 pdbstart = as.seq2start;\r
 164                 pdbend = as.seq2end;\r
 165                 seqstart = as.seq1start + sequence.getStart()-1;\r
 166                 seqend = as.seq1end + sequence.getEnd()-1;\r
 167             }\r
 168 \r
 169             mappingDetails.append("\nPDB start/end "  + pdbstart + " " + pdbend);\r
 170             mappingDetails.append("\nSEQ start/end "+ seqstart + " " + seqend);\r
 171         }\r
 172 \r
 173         mainchain = (PDBChain) pdb.chains.elementAt(maxchain);\r
 174 \r
 175         mainchain.pdbstart = pdbstart;\r
 176         mainchain.pdbend = pdbend;\r
 177         mainchain.seqstart = seqstart;\r
 178         mainchain.seqend = seqend;\r
 179         mainchain.isVisible = true;\r
 180         mainchain.sequence = sequence;\r
 181 \r
 182         this.pdb = pdb;\r
 183         this.prefsize = new Dimension(getSize().width, getSize().height);\r
 184 \r
 185         //Initialize the matrices to identity\r
 186         for (int i = 0; i < 3; i++) {\r
 187             for (int j = 0; j < 3; j++) {\r
 188                 if (i != j) {\r
 189                     idmat.addElement(i, j, 0);\r
 190                     objmat.addElement(i, j, 0);\r
 191                 } else {\r
 192                     idmat.addElement(i, j, 1);\r
 193                     objmat.addElement(i, j, 1);\r
 194                 }\r
 195             }\r
 196         }\r
 197 \r
 198         addMouseMotionListener(this);\r
 199         addMouseListener(this);\r
 200 \r
 201       /*\r
 202        SequenceGroup sg = new SequenceGroup("PDB",\r
 203                                             null, true,true,false,\r
 204                                             sequence.findIndex(seqstart-1),\r
 205                                             sequence.findIndex(seqend-1));\r
 206        sg.addSequence(sequence, false);\r
 207        sg.setOutlineColour(Color.black);\r
 208        seqcanvas.getViewport().getAlignment().addGroup(sg);\r
 209        */\r
 210 \r
 211         findCentre();\r
 212         findWidth();\r
 213 \r
 214         scale = findScale();\r
 215 \r
 216         updateSeqColours();\r
 217     }\r
 218 \r
 219     public void deleteBonds() {\r
 220         scale = 0;\r
 221         maxwidth = 0;\r
 222 \r
 223         width[0] = 0;\r
 224         width[1] = 0;\r
 225         width[2] = 0;\r
 226 \r
 227         centre[0] = 0;\r
 228         centre[1] = 0;\r
 229         centre[2] = 0;\r
 230 \r
 231         for (int i = 0; i < pdb.chains.size(); i++) {\r
 232             ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(i)).bonds = null;\r
 233         }\r
 234     }\r
 235 \r
 236     public void findWidth() {\r
 237         float[] max = new float[3];\r
 238         float[] min = new float[3];\r
 239 \r
 240         max[0] = (float) -1e30;\r
 241         max[1] = (float) -1e30;\r
 242         max[2] = (float) -1e30;\r
 243 \r
 244         min[0] = (float) 1e30;\r
 245         min[1] = (float) 1e30;\r
 246         min[2] = (float) 1e30;\r
 247 \r
 248         for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++) {\r
 249             if (((PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).isVisible) {\r
 250                 Vector bonds = ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).bonds;\r
 251 \r
 252                 for (int i = 0; i < bonds.size(); i++) {\r
 253                     Bond tmp = (Bond) bonds.elementAt(i);\r
 254 \r
 255                     if (tmp.start[0] >= max[0]) {\r
 256                         max[0] = tmp.start[0];\r
 257                     }\r
 258 \r
 259                     if (tmp.start[1] >= max[1]) {\r
 260                         max[1] = tmp.start[1];\r
 261                     }\r
 262 \r
 263                     if (tmp.start[2] >= max[2]) {\r
 264                         max[2] = tmp.start[2];\r
 265                     }\r
 266 \r
 267                     if (tmp.start[0] <= min[0]) {\r
 268                         min[0] = tmp.start[0];\r
 269                     }\r
 270 \r
 271                     if (tmp.start[1] <= min[1]) {\r
 272                         min[1] = tmp.start[1];\r
 273                     }\r
 274 \r
 275                     if (tmp.start[2] <= min[2]) {\r
 276                         min[2] = tmp.start[2];\r
 277                     }\r
 278 \r
 279                     if (tmp.end[0] >= max[0]) {\r
 280                         max[0] = tmp.end[0];\r
 281                     }\r
 282 \r
 283                     if (tmp.end[1] >= max[1]) {\r
 284                         max[1] = tmp.end[1];\r
 285                     }\r
 286 \r
 287                     if (tmp.end[2] >= max[2]) {\r
 288                         max[2] = tmp.end[2];\r
 289                     }\r
 290 \r
 291                     if (tmp.end[0] <= min[0]) {\r
 292                         min[0] = tmp.end[0];\r
 293                     }\r
 294 \r
 295                     if (tmp.end[1] <= min[1]) {\r
 296                         min[1] = tmp.end[1];\r
 297                     }\r
 298 \r
 299                     if (tmp.end[2] <= min[2]) {\r
 300                         min[2] = tmp.end[2];\r
 301                     }\r
 302                 }\r
 303             }\r
 304         }\r
 305 \r
 306         width[0] = (float) Math.abs(max[0] - min[0]);\r
 307         width[1] = (float) Math.abs(max[1] - min[1]);\r
 308         width[2] = (float) Math.abs(max[2] - min[2]);\r
 309 \r
 310         maxwidth = width[0];\r
 311 \r
 312         if (width[1] > width[0]) {\r
 313             maxwidth = width[1];\r
 314         }\r
 315 \r
 316         if (width[2] > width[1]) {\r
 317             maxwidth = width[2];\r
 318         }\r
 319 \r
 320        // System.out.println("Maxwidth = " + maxwidth);\r
 321     }\r
 322 \r
 323     public float findScale() {\r
 324         int dim;\r
 325         int width;\r
 326         int height;\r
 327 \r
 328         if (getSize().width != 0) {\r
 329             width = getSize().width;\r
 330             height = getSize().height;\r
 331         } else {\r
 332             width = prefsize.width;\r
 333             height = prefsize.height;\r
 334         }\r
 335 \r
 336         if (width < height) {\r
 337             dim = width;\r
 338         } else {\r
 339             dim = height;\r
 340         }\r
 341 \r
 342         return (float) (dim / (1.5d * maxwidth));\r
 343     }\r
 344 \r
 345     public void findCentre() {\r
 346         float xtot = 0;\r
 347         float ytot = 0;\r
 348         float ztot = 0;\r
 349 \r
 350         int bsize = 0;\r
 351 \r
 352         //Find centre coordinate\r
 353         for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++) {\r
 354             if (((PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).isVisible) {\r
 355                 Vector bonds = ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).bonds;\r
 356 \r
 357                 bsize += bonds.size();\r
 358 \r
 359                 for (int i = 0; i < bonds.size(); i++) {\r
 360                     xtot = xtot + ((Bond) bonds.elementAt(i)).start[0] +\r
 361                         ((Bond) bonds.elementAt(i)).end[0];\r
 362 \r
 363                     ytot = ytot + ((Bond) bonds.elementAt(i)).start[1] +\r
 364                         ((Bond) bonds.elementAt(i)).end[1];\r
 365 \r
 366                     ztot = ztot + ((Bond) bonds.elementAt(i)).start[2] +\r
 367                         ((Bond) bonds.elementAt(i)).end[2];\r
 368                 }\r
 369             }\r
 370         }\r
 371 \r
 372         centre[0] = xtot / (2 * (float) bsize);\r
 373         centre[1] = ytot / (2 * (float) bsize);\r
 374         centre[2] = ztot / (2 * (float) bsize);\r
 375     }\r
 376 \r
 377     public void paint(Graphics g)\r
 378     {\r
 379 \r
 380       if(pdb==null)\r
 381       {\r
 382         g.setColor(Color.black);\r
 383         g.setFont(new Font("Verdana", Font.BOLD, 14));\r
 384         g.drawString("Error Parsing Pasted PDB data!!", 50, getSize().height/2);\r
 385         return;\r
 386       }\r
 387 \r
 388 \r
 389         //Only create the image at the beginning -\r
 390         //this saves much memory usage\r
 391         if ((img == null) || (prefsize.width != getSize().width) ||\r
 392                 (prefsize.height != getSize().height)) {\r
 393 \r
 394          try{     prefsize.width = getSize().width;\r
 395            prefsize.height = getSize().height;\r
 396 \r
 397            scale = findScale();\r
 398            img = createImage(prefsize.width, prefsize.height);\r
 399            ig = img.getGraphics();\r
 400 \r
 401            redrawneeded = true;\r
 402          }catch(Exception ex)\r
 403          {\r
 404            ex.printStackTrace();\r
 405            System.out.println(getSize());\r
 406          }\r
 407         }\r
 408 \r
 409 \r
 410         if (redrawneeded)\r
 411         {\r
 412           drawAll(ig, prefsize.width, prefsize.height);\r
 413           redrawneeded = false;\r
 414         }\r
 415         if(appletToolTip!=null)\r
 416         {\r
 417           ig.setColor(Color.red);\r
 418           ig.drawString(appletToolTip, toolx, tooly);\r
 419         }\r
 420 \r
 421         g.drawImage(img, 0, 0, this);\r
 422 \r
 423 \r
 424     }\r
 425 \r
 426     public void drawAll(Graphics g, int width, int height)\r
 427     {\r
 428       g.setColor(Color.black);\r
 429       g.fillRect(0, 0, width, height);\r
 430       drawScene(g);\r
 431       drawLabels(g);\r
 432     }\r
 433 \r
 434 \r
 435     public void updateSeqColours()\r
 436     {\r
 437       if(bysequence && pdb!=null)\r
 438       {\r
 439         for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++)\r
 440         {\r
 441           colourBySequence((PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii));\r
 442         }\r
 443       }\r
 444 \r
 445       redrawneeded=true;\r
 446       repaint();\r
 447     }\r
 448 \r
 449     // This method has been taken out of PDBChain to allow\r
 450     // Applet and Application specific sequence renderers to be used\r
 451     void colourBySequence(PDBChain chain)\r
 452     {\r
 453       for (int i = 0; i < chain.bonds.size(); i++)\r
 454       {\r
 455         Bond tmp = (Bond) chain.bonds.elementAt(i);\r
 456         if ( (tmp.at1.resNumber >= ( (chain.offset + chain.pdbstart) - 1)) &&\r
 457             (tmp.at1.resNumber <= ( (chain.offset + chain.pdbend) - 1)))\r
 458         {\r
 459 \r
 460           int pos = chain.seqstart +\r
 461               (tmp.at1.resNumber - chain.pdbstart - chain.offset);\r
 462 \r
 463           int index = sequence.findIndex(pos);\r
 464 \r
 465           if(jalview.util.Comparison.isGap((sequence.getCharAt(index))))\r
 466            {\r
 467              index--;\r
 468            }\r
 469 \r
 470            tmp.startCol = sr.findSequenceColour(sequence, index);\r
 471 \r
 472         //  tmp.startCol = fr.findFeatureColour(tmp.startCol, sequence, index);\r
 473 \r
 474         }\r
 475         else\r
 476         {\r
 477           tmp.startCol = Color.gray;\r
 478         }\r
 479 \r
 480         if ( (tmp.at2.resNumber >= ( (chain.offset + chain.pdbstart) - 1)) &&\r
 481             (tmp.at2.resNumber <= ( (chain.pdbend + chain.offset) - 1)))\r
 482         {\r
 483           int pos = chain.seqstart +\r
 484               (tmp.at2.resNumber - chain.pdbstart - chain.offset);\r
 485           int index = sequence.findIndex(pos);\r
 486           if (jalview.util.Comparison.isGap( (sequence.getCharAt(index))))\r
 487           {\r
 488             index--;\r
 489           }\r
 490 \r
 491 \r
 492             tmp.endCol = sr.findSequenceColour(sequence, index);\r
 493       //    tmp.endCol = fr.findFeatureColour(tmp.endCol, sequence, index);\r
 494         }\r
 495         else\r
 496         {\r
 497           tmp.endCol = Color.gray;\r
 498         }\r
 499       }\r
 500     }\r
 501 \r
 502 \r
 503     public void drawScene(Graphics g) {\r
 504         // Sort the bonds by z coord\r
 505         Vector bonds = new Vector();\r
 506 \r
 507         for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++)\r
 508         {\r
 509           if ( ( (PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).isVisible)\r
 510           {\r
 511             Vector tmp = ( (PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).bonds;\r
 512 \r
 513             for (int i = 0; i < tmp.size(); i++)\r
 514             {\r
 515                 bonds.addElement(tmp.elementAt(i));\r
 516             }\r
 517           }\r
 518         }\r
 519 \r
 520         if (zbuffer) {\r
 521             Zsort.Zsort(bonds);\r
 522         }\r
 523 \r
 524         for (int i = 0; i < bonds.size(); i++) {\r
 525             Bond tmpBond = (Bond) bonds.elementAt(i);\r
 526 \r
 527 \r
 528             xstart = (int) (((tmpBond.start[0] - centre[0]) * scale) +\r
 529                 (getSize().width / 2));\r
 530             ystart = (int) (((tmpBond.start[1] - centre[1]) * scale) +\r
 531                 (getSize().height / 2));\r
 532 \r
 533             xend = (int) (((tmpBond.end[0] - centre[0]) * scale) +\r
 534                 (getSize().width / 2));\r
 535             yend = (int) (((tmpBond.end[1] - centre[1]) * scale) +\r
 536                 (getSize().height / 2));\r
 537 \r
 538             xmid = (xend + xstart) / 2;\r
 539             ymid = (yend + ystart) / 2;\r
 540 \r
 541             if (depthcue && !bymolecule)\r
 542             {\r
 543                 if (tmpBond.start[2] < (centre[2] - (maxwidth / 6))) {\r
 544                     g.setColor(tmpBond.startCol.darker().darker());\r
 545                     drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);\r
 546 \r
 547                     g.setColor(tmpBond.endCol.darker().darker());\r
 548                     drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);\r
 549                 } else if (tmpBond.start[2] < (centre[2] + (maxwidth / 6))) {\r
 550                     g.setColor(tmpBond.startCol.darker());\r
 551                     drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);\r
 552 \r
 553                     g.setColor(tmpBond.endCol.darker());\r
 554                     drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);\r
 555                 } else {\r
 556                     g.setColor(tmpBond.startCol);\r
 557                     drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);\r
 558 \r
 559                     g.setColor(tmpBond.endCol);\r
 560                     drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);\r
 561                 }\r
 562             } else if (depthcue && bymolecule) {\r
 563                 if (tmpBond.start[2] < (centre[2] - (maxwidth / 6))) {\r
 564                     g.setColor(Color.green.darker().darker());\r
 565                     drawLine(g, xstart, ystart, xend, yend);\r
 566                 } else if (tmpBond.start[2] < (centre[2] + (maxwidth / 6))) {\r
 567                     g.setColor(Color.green.darker());\r
 568                     drawLine(g, xstart, ystart, xend, yend);\r
 569                 } else {\r
 570                     g.setColor(Color.green);\r
 571                     drawLine(g, xstart, ystart, xend, yend);\r
 572                 }\r
 573             } else if (!depthcue && !bymolecule) {\r
 574                 g.setColor(tmpBond.startCol);\r
 575                 drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);\r
 576                 g.setColor(tmpBond.endCol);\r
 577                 drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);\r
 578             } else {\r
 579                 drawLine(g, xstart, ystart, xend, yend);\r
 580             }\r
 581 \r
 582             if(highlightBond1!=null && highlightBond1==tmpBond)\r
 583             {\r
 584               g.setColor(Color.white);\r
 585               drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);\r
 586             }\r
 587 \r
 588             if(highlightBond2!=null && highlightBond2==tmpBond)\r
 589             {\r
 590               g.setColor(Color.white);\r
 591               drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);\r
 592             }\r
 593 \r
 594         }\r
 595     }\r
 596 \r
 597     public void drawLine(Graphics g, int x1, int y1, int x2, int y2) {\r
 598         if (!wire) {\r
 599             if (((float) Math.abs(y2 - y1) / (float) Math.abs(x2 - x1)) < 0.5) {\r
 600                 g.drawLine(x1, y1, x2, y2);\r
 601                 g.drawLine(x1 + 1, y1 + 1, x2 + 1, y2 + 1);\r
 602                 g.drawLine(x1, y1 - 1, x2, y2 - 1);\r
 603             } else {\r
 604                 g.setColor(g.getColor().brighter());\r
 605                 g.drawLine(x1, y1, x2, y2);\r
 606                 g.drawLine(x1 + 1, y1, x2 + 1, y2);\r
 607                 g.drawLine(x1 - 1, y1, x2 - 1, y2);\r
 608             }\r
 609         } else {\r
 610             g.drawLine(x1, y1, x2, y2);\r
 611         }\r
 612     }\r
 613 \r
 614     public Dimension minimumsize() {\r
 615         return prefsize;\r
 616     }\r
 617 \r
 618     public Dimension preferredsize() {\r
 619         return prefsize;\r
 620     }\r
 621 \r
 622     public void doKeyPressed(KeyEvent evt)\r
 623     {\r
 624       if (evt.getKeyCode() == KeyEvent.VK_UP)\r
 625       {\r
 626         scale = (float) (scale * 1.1);\r
 627         redrawneeded = true;\r
 628         repaint();\r
 629       }\r
 630       else if (evt.getKeyCode() == KeyEvent.VK_DOWN)\r
 631       {\r
 632         scale = (float) (scale * 0.9);\r
 633         redrawneeded = true;\r
 634         repaint();\r
 635       }\r
 636     }\r
 637 \r
 638     public void mousePressed(MouseEvent e) {\r
 639         Atom fatom = findAtom(e.getX(), e.getY());\r
 640         if(fatom!=null)\r
 641         {\r
 642           fatom.isSelected = !fatom.isSelected;\r
 643           redrawneeded = true;\r
 644           repaint();\r
 645         }\r
 646         mx = e.getX();\r
 647         my = e.getY();\r
 648         omx = mx;\r
 649         omy = my;\r
 650         dragging = false;\r
 651     }\r
 652 \r
 653     public void mouseMoved(MouseEvent e) {\r
 654 \r
 655         Atom fatom = findAtom(e.getX(), e.getY());\r
 656 \r
 657         PDBChain chain = null;\r
 658         if(foundchain!=-1)\r
 659         {\r
 660           chain = (PDBChain) pdb.chains.elementAt(foundchain);\r
 661           if(chain == mainchain)\r
 662           {\r
 663             int pos = chain.seqstart +\r
 664                 (fatom.resNumber - chain.pdbstart - chain.offset) + 1;\r
 665 \r
 666             int index = seqcanvas.getViewport().getAlignment().findIndex(\r
 667                 sequence);\r
 668 \r
 669             seqcanvas.highlightSearchResults(new int[]\r
 670                                              {index, pos, pos});\r
 671           }\r
 672         }\r
 673         else\r
 674           seqcanvas.highlightSearchResults(null);\r
 675 \r
 676         if (fatom != null) {\r
 677             toolx = e.getX();\r
 678             tooly = e.getY();\r
 679 \r
 680             appletToolTip = chain.id+":"+ fatom.resNumber+" "+ fatom.resName;\r
 681             redrawneeded = true;\r
 682             repaint();\r
 683         } else {\r
 684             appletToolTip = null;\r
 685             redrawneeded = true;\r
 686             repaint();\r
 687         }\r
 688     }\r
 689 \r
 690     public void mouseClicked(MouseEvent e) {\r
 691     }\r
 692 \r
 693     public void mouseEntered(MouseEvent e) {\r
 694     }\r
 695 \r
 696     public void mouseExited(MouseEvent e) {\r
 697     }\r
 698 \r
 699     public void mouseDragged(MouseEvent evt) {\r
 700         int x = evt.getX();\r
 701         int y = evt.getY();\r
 702         mx = x;\r
 703         my = y;\r
 704 \r
 705         MCMatrix objmat = new MCMatrix(3, 3);\r
 706         objmat.setIdentity();\r
 707 \r
 708         if ((evt.getModifiers() & Event.META_MASK) != 0) {\r
 709             objmat.rotatez((float) ((mx - omx)));\r
 710         } else {\r
 711             objmat.rotatex((float) ((my - omy)));\r
 712             objmat.rotatey((float) ((omx - mx)));\r
 713         }\r
 714 \r
 715         //Alter the bonds\r
 716         for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++) {\r
 717             Vector bonds = ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).bonds;\r
 718 \r
 719             for (int i = 0; i < bonds.size(); i++) {\r
 720                 Bond tmpBond = (Bond) bonds.elementAt(i);\r
 721 \r
 722                 //Translate the bond so the centre is 0,0,0\r
 723                 tmpBond.translate(-centre[0], -centre[1], -centre[2]);\r
 724 \r
 725                 //Now apply the rotation matrix\r
 726                 tmpBond.start = objmat.vectorMultiply(tmpBond.start);\r
 727                 tmpBond.end = objmat.vectorMultiply(tmpBond.end);\r
 728 \r
 729                 //Now translate back again\r
 730                 tmpBond.translate(centre[0], centre[1], centre[2]);\r
 731             }\r
 732         }\r
 733 \r
 734         objmat = null;\r
 735 \r
 736         omx = mx;\r
 737         omy = my;\r
 738 \r
 739         dragging = true;\r
 740 \r
 741         redrawneeded = true;\r
 742 \r
 743         repaint();\r
 744     }\r
 745 \r
 746     public void mouseReleased(MouseEvent evt) {\r
 747         dragging = false;\r
 748         return;\r
 749     }\r
 750 \r
 751     void drawLabels(Graphics g) {\r
 752 \r
 753         for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++)\r
 754         {\r
 755             PDBChain chain = (PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii);\r
 756 \r
 757             if (chain.isVisible)\r
 758             {\r
 759                 Vector bonds = ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).bonds;\r
 760 \r
 761                 for (int i = 0; i < bonds.size(); i++)\r
 762                 {\r
 763                     Bond tmpBond = (Bond) bonds.elementAt(i);\r
 764 \r
 765                     if (tmpBond.at1.isSelected)\r
 766                     {\r
 767                         labelAtom(g, tmpBond, 1);\r
 768                     }\r
 769 \r
 770                     if (tmpBond.at2.isSelected)\r
 771                     {\r
 772 \r
 773                         labelAtom(g, tmpBond, 2);\r
 774                     }\r
 775                 }\r
 776             }\r
 777         }\r
 778     }\r
 779 \r
 780     public void labelAtom(Graphics g, Bond b, int n) {\r
 781         g.setFont(font);\r
 782 \r
 783         if (n == 1) {\r
 784             int xstart = (int) (((b.start[0] - centre[0]) * scale) +\r
 785                 (getSize().width / 2));\r
 786             int ystart = (int) (((b.start[1] - centre[1]) * scale) +\r
 787                 (getSize().height / 2));\r
 788 \r
 789             g.setColor(Color.red);\r
 790             g.drawString(b.at1.resName + "-" + b.at1.resNumber, xstart, ystart);\r
 791         }\r
 792 \r
 793         if (n == 2) {\r
 794             int xstart = (int) (((b.end[0] - centre[0]) * scale) +\r
 795                 (getSize().width / 2));\r
 796             int ystart = (int) (((b.end[1] - centre[1]) * scale) +\r
 797                 (getSize().height / 2));\r
 798 \r
 799             g.setColor(Color.red);\r
 800             g.drawString(b.at2.resName + "-" + b.at2.resNumber, xstart, ystart);\r
 801         }\r
 802     }\r
 803 \r
 804     int foundchain = -1;\r
 805     public Atom findAtom(int x, int y) {\r
 806         Atom fatom = null;\r
 807 \r
 808         foundchain = -1;\r
 809 \r
 810         for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++) {\r
 811             PDBChain chain = (PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii);\r
 812 \r
 813             if (chain.isVisible) {\r
 814                 Vector bonds = ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).bonds;\r
 815 \r
 816                 for (int i = 0; i < bonds.size(); i++) {\r
 817                     Bond tmpBond = (Bond) bonds.elementAt(i);\r
 818 \r
 819                     int truex = (int) (((tmpBond.start[0] - centre[0]) * scale) +\r
 820                         (getSize().width / 2));\r
 821 \r
 822                     if (Math.abs(truex - x) <= 2) {\r
 823                         int truey = (int) (((tmpBond.start[1] - centre[1]) * scale) +\r
 824                             (getSize().height / 2));\r
 825 \r
 826                         if (Math.abs(truey - y) <= 2)\r
 827                         {\r
 828                             fatom = tmpBond.at1;\r
 829                             foundchain = ii;\r
 830                             break;\r
 831                         }\r
 832                     }\r
 833                 }\r
 834             }\r
 835 \r
 836             if (fatom != null) //)&& chain.ds != null)\r
 837              {\r
 838                 chain = (PDBChain) pdb.chains.elementAt(foundchain);\r
 839             }\r
 840         }\r
 841 \r
 842         return fatom;\r
 843     }\r
 844 \r
 845     public void update(Graphics g)\r
 846     {\r
 847       paint(g);\r
 848     }\r
 849 \r
 850     public void setAllchainsVisible(boolean b)\r
 851     {\r
 852       for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++)\r
 853       {\r
 854         PDBChain chain = (PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii);\r
 855         chain.isVisible = b;\r
 856       }\r
 857       mainchain.isVisible = true;\r
 858       findCentre();\r
 859     }\r
 860 \r
 861 }\r