src/MCview/AppletPDBCanvas.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer
   3  * Copyright (C) 2007 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8  * of the License, or (at your option) any later version.
   9  *
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13  * GNU General Public License for more details.
  14  *
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA
  18  */
  19 package MCview;
  20
  21 import java.io.*;
  22 import java.util.*;
  23
  24 // JBPNote TODO: This class is quite noisy - needs proper log.info/log.debug
  25 import java.awt.*;
  26 import java.awt.event.*;
  27
  28 import jalview.analysis.*;
  29 import jalview.datamodel.*;
  30
  31 public class AppletPDBCanvas
  32     extends Panel implements MouseListener, MouseMotionListener
  33 {
  34
  35   MCMatrix idmat = new MCMatrix(3, 3);
  36   MCMatrix objmat = new MCMatrix(3, 3);
  37   boolean redrawneeded = true;
  38   int omx = 0;
  39   int mx = 0;
  40   int omy = 0;
  41   int my = 0;
  42   public PDBfile pdb;
  43   int bsize;
  44   Image img;
  45   Graphics ig;
  46   Dimension prefsize;
  47   float[] centre = new float[3];
  48   float[] width = new float[3];
  49   float maxwidth;
  50   float scale;
  51   String inStr;
  52   String inType;
  53   boolean bysequence = true;
  54   boolean depthcue = true;
  55   boolean wire = false;
  56   boolean bymolecule = false;
  57   boolean zbuffer = true;
  58   boolean dragging;
  59   int xstart;
  60   int xend;
  61   int ystart;
  62   int yend;
  63   int xmid;
  64   int ymid;
  65   Font font = new Font("Helvetica", Font.PLAIN, 10);
  66   jalview.appletgui.SeqCanvas seqcanvas;
  67   public Sequence sequence;
  68   final StringBuffer mappingDetails = new StringBuffer();
  69   String appletToolTip = null;
  70   int toolx, tooly;
  71   PDBChain mainchain;
  72   Vector highlightRes;
  73   boolean pdbAction = false;
  74   Bond highlightBond1, highlightBond2;
  75   boolean errorLoading = false;
  76   boolean seqColoursReady = false;
  77   jalview.appletgui.FeatureRenderer fr;
  78
  79   public AppletPDBCanvas(jalview.appletgui.SeqCanvas seqcanvas, Sequence seq)
  80   {
  81     this.seqcanvas = seqcanvas;
  82     this.sequence = seq;
  83
  84     seqcanvas.setPDBCanvas(this);
  85     addKeyListener(new KeyAdapter()
  86     {
  87
  88       public void keyPressed(KeyEvent evt)
  89       {
  90         doKeyPressed(evt);
  91       }
  92     });
  93   }
  94
  95   public void setPDBFile(PDBfile pdb)
  96   {
  97     int max = -10;
  98     int maxchain = -1;
  99     int pdbstart = 0;
 100     int pdbend = 0;
 101     int seqstart = 0;
 102     int seqend = 0;
 103     AlignSeq maxAlignseq = null; ;
 104
 105     for (int i = 0; i < pdb.chains.size(); i++)
 106     {
 107
 108       mappingDetails.append("\n\nPDB Sequence is :\nSequence = " +
 109                             ( (PDBChain) pdb.chains.elementAt(i)).sequence.
 110                             getSequenceAsString());
 111       mappingDetails.append("\nNo of residues = " +
 112                             ( (PDBChain) pdb.chains.elementAt(i)).residues.size() +
 113                             "\n\n");
 114
 115       // Now lets compare the sequences to get
 116       // the start and end points.
 117       // Align the sequence to the pdb
 118       AlignSeq as = new AlignSeq(sequence,
 119                                  ( (PDBChain) pdb.chains.elementAt(i)).sequence,
 120                                  "pep");
 121       as.calcScoreMatrix();
 122       as.traceAlignment();
 123       PrintStream ps = new PrintStream(System.out)
 124       {
 125         public void print(String x)
 126         {
 127           mappingDetails.append(x);
 128         }
 129
 130         public void println()
 131         {
 132           mappingDetails.append("\n");
 133         }
 134       };
 135
 136       as.printAlignment(ps);
 137
 138       if (as.maxscore > max)
 139       {
 140         max = as.maxscore;
 141         maxchain = i;
 142
 143         pdbstart = as.seq2start;
 144         pdbend = as.seq2end;
 145         seqstart = as.seq1start + sequence.getStart() - 1;
 146         seqend = as.seq1end + sequence.getEnd() - 1;
 147         maxAlignseq = as;
 148       }
 149
 150       mappingDetails.append("\nPDB start/end " + pdbstart + " " + pdbend);
 151       mappingDetails.append("\nSEQ start/end " + seqstart + " " + seqend);
 152     }
 153
 154     mainchain = (PDBChain) pdb.chains.elementAt(maxchain);
 155
 156     mainchain.pdbstart = pdbstart;
 157     mainchain.pdbend = pdbend;
 158     mainchain.seqstart = seqstart;
 159     mainchain.seqend = seqend;
 160     mainchain.isVisible = true;
 161     mainchain.makeExactMapping(maxAlignseq, sequence);
 162     mainchain.transferRESNUMFeatures(sequence, null);
 163     this.pdb = pdb;
 164     this.prefsize = new Dimension(getSize().width, getSize().height);
 165
 166     //Initialize the matrices to identity
 167     for (int i = 0; i < 3; i++)
 168     {
 169       for (int j = 0; j < 3; j++)
 170       {
 171         if (i != j)
 172         {
 173           idmat.addElement(i, j, 0);
 174           objmat.addElement(i, j, 0);
 175         }
 176         else
 177         {
 178           idmat.addElement(i, j, 1);
 179           objmat.addElement(i, j, 1);
 180         }
 181       }
 182     }
 183
 184     addMouseMotionListener(this);
 185     addMouseListener(this);
 186
 187     findCentre();
 188     findWidth();
 189
 190     setupBonds();
 191
 192     scale = findScale();
 193   }
 194
 195   Vector visiblebonds;
 196   void setupBonds()
 197   {
 198     seqColoursReady = false;
 199     // Sort the bonds by z coord
 200     visiblebonds = new Vector();
 201
 202     for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++)
 203     {
 204       if ( ( (PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).isVisible)
 205       {
 206         Vector tmp = ( (PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).bonds;
 207
 208         for (int i = 0; i < tmp.size(); i++)
 209         {
 210           visiblebonds.addElement(tmp.elementAt(i));
 211         }
 212       }
 213     }
 214     updateSeqColours();
 215     seqColoursReady = true;
 216     redrawneeded = true;
 217     repaint();
 218   }
 219
 220   public void findWidth()
 221   {
 222     float[] max = new float[3];
 223     float[] min = new float[3];
 224
 225     max[0] = (float) - 1e30;
 226     max[1] = (float) - 1e30;
 227     max[2] = (float) - 1e30;
 228
 229     min[0] = (float) 1e30;
 230     min[1] = (float) 1e30;
 231     min[2] = (float) 1e30;
 232
 233     for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++)
 234     {
 235       if ( ( (PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).isVisible)
 236       {
 237         Vector bonds = ( (PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).bonds;
 238
 239         for (int i = 0; i < bonds.size(); i++)
 240         {
 241           Bond tmp = (Bond) bonds.elementAt(i);
 242
 243           if (tmp.start[0] >= max[0])
 244           {
 245             max[0] = tmp.start[0];
 246           }
 247
 248           if (tmp.start[1] >= max[1])
 249           {
 250             max[1] = tmp.start[1];
 251           }
 252
 253           if (tmp.start[2] >= max[2])
 254           {
 255             max[2] = tmp.start[2];
 256           }
 257
 258           if (tmp.start[0] <= min[0])
 259           {
 260             min[0] = tmp.start[0];
 261           }
 262
 263           if (tmp.start[1] <= min[1])
 264           {
 265             min[1] = tmp.start[1];
 266           }
 267
 268           if (tmp.start[2] <= min[2])
 269           {
 270             min[2] = tmp.start[2];
 271           }
 272
 273           if (tmp.end[0] >= max[0])
 274           {
 275             max[0] = tmp.end[0];
 276           }
 277
 278           if (tmp.end[1] >= max[1])
 279           {
 280             max[1] = tmp.end[1];
 281           }
 282
 283           if (tmp.end[2] >= max[2])
 284           {
 285             max[2] = tmp.end[2];
 286           }
 287
 288           if (tmp.end[0] <= min[0])
 289           {
 290             min[0] = tmp.end[0];
 291           }
 292
 293           if (tmp.end[1] <= min[1])
 294           {
 295             min[1] = tmp.end[1];
 296           }
 297
 298           if (tmp.end[2] <= min[2])
 299           {
 300             min[2] = tmp.end[2];
 301           }
 302         }
 303       }
 304     }
 305
 306     width[0] = (float) Math.abs(max[0] - min[0]);
 307     width[1] = (float) Math.abs(max[1] - min[1]);
 308     width[2] = (float) Math.abs(max[2] - min[2]);
 309
 310     maxwidth = width[0];
 311
 312     if (width[1] > width[0])
 313     {
 314       maxwidth = width[1];
 315     }
 316
 317     if (width[2] > width[1])
 318     {
 319       maxwidth = width[2];
 320     }
 321
 322     // System.out.println("Maxwidth = " + maxwidth);
 323   }
 324
 325   public float findScale()
 326   {
 327     int dim;
 328     int width;
 329     int height;
 330
 331     if (getSize().width != 0)
 332     {
 333       width = getSize().width;
 334       height = getSize().height;
 335     }
 336     else
 337     {
 338       width = prefsize.width;
 339       height = prefsize.height;
 340     }
 341
 342     if (width < height)
 343     {
 344       dim = width;
 345     }
 346     else
 347     {
 348       dim = height;
 349     }
 350
 351     return (float) (dim / (1.5d * maxwidth));
 352   }
 353
 354   public void findCentre()
 355   {
 356     float xtot = 0;
 357     float ytot = 0;
 358     float ztot = 0;
 359
 360     int bsize = 0;
 361
 362     //Find centre coordinate
 363     for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++)
 364     {
 365       if ( ( (PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).isVisible)
 366       {
 367         Vector bonds = ( (PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).bonds;
 368
 369         bsize += bonds.size();
 370
 371         for (int i = 0; i < bonds.size(); i++)
 372         {
 373           xtot = xtot + ( (Bond) bonds.elementAt(i)).start[0] +
 374               ( (Bond) bonds.elementAt(i)).end[0];
 375
 376           ytot = ytot + ( (Bond) bonds.elementAt(i)).start[1] +
 377               ( (Bond) bonds.elementAt(i)).end[1];
 378
 379           ztot = ztot + ( (Bond) bonds.elementAt(i)).start[2] +
 380               ( (Bond) bonds.elementAt(i)).end[2];
 381         }
 382       }
 383     }
 384
 385     centre[0] = xtot / (2 * (float) bsize);
 386     centre[1] = ytot / (2 * (float) bsize);
 387     centre[2] = ztot / (2 * (float) bsize);
 388   }
 389
 390   public void paint(Graphics g)
 391   {
 392
 393     if (errorLoading)
 394     {
 395       g.setColor(Color.white);
 396       g.fillRect(0, 0, getSize().width, getSize().height);
 397       g.setColor(Color.black);
 398       g.setFont(new Font("Verdana", Font.BOLD, 14));
 399       g.drawString("Error loading PDB data!!", 50, getSize().height / 2);
 400       return;
 401     }
 402
 403     if (!seqColoursReady)
 404     {
 405       g.setColor(Color.black);
 406       g.setFont(new Font("Verdana", Font.BOLD, 14));
 407       g.drawString("Fetching PDB data...", 50, getSize().height / 2);
 408       return;
 409     }
 410
 411     //Only create the image at the beginning -
 412     //this saves much memory usage
 413     if ( (img == null) || (prefsize.width != getSize().width) ||
 414         (prefsize.height != getSize().height))
 415     {
 416
 417       try
 418       {
 419         prefsize.width = getSize().width;
 420         prefsize.height = getSize().height;
 421
 422         scale = findScale();
 423         img = createImage(prefsize.width, prefsize.height);
 424         ig = img.getGraphics();
 425
 426         redrawneeded = true;
 427       }
 428       catch (Exception ex)
 429       {
 430         ex.printStackTrace();
 431       }
 432     }
 433
 434     if (redrawneeded)
 435     {
 436       drawAll(ig, prefsize.width, prefsize.height);
 437       redrawneeded = false;
 438     }
 439     if (appletToolTip != null)
 440     {
 441       ig.setColor(Color.red);
 442       ig.drawString(appletToolTip, toolx, tooly);
 443     }
 444
 445     g.drawImage(img, 0, 0, this);
 446
 447     pdbAction = false;
 448   }
 449
 450   public void drawAll(Graphics g, int width, int height)
 451   {
 452     ig.setColor(Color.black);
 453     ig.fillRect(0, 0, width, height);
 454     drawScene(ig);
 455     drawLabels(ig);
 456   }
 457
 458   void setColours(jalview.schemes.ColourSchemeI cs)
 459   {
 460     bysequence = false;
 461     pdb.setColours(cs);
 462     redrawneeded = true;
 463     repaint();
 464   }
 465
 466   public void updateSeqColours()
 467   {
 468     if (pdbAction)
 469     {
 470       return;
 471     }
 472
 473     if (bysequence && pdb != null)
 474     {
 475       for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++)
 476       {
 477         colourBySequence( (PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii));
 478       }
 479     }
 480
 481     redrawneeded = true;
 482     repaint();
 483   }
 484
 485   int findTrueIndex(int pos)
 486   {
 487     // returns the alignment position for a residue
 488     int j = sequence.getStart();
 489     int i = 0;
 490
 491     while ( (i < sequence.getLength()) && (j <= sequence.getEnd()) &&
 492            (j <= pos + 1))
 493     {
 494       if (!jalview.util.Comparison.isGap(sequence.getCharAt(i)))
 495       {
 496         j++;
 497       }
 498
 499       i++;
 500     }
 501
 502     if (i > 1)
 503     {
 504       i--;
 505     }
 506
 507     if ( (j == sequence.getEnd()) && (j < pos))
 508     {
 509       return sequence.getEnd() + 1;
 510     }
 511     else
 512     {
 513       return i;
 514     }
 515   }
 516
 517   // This method has been taken out of PDBChain to allow
 518   // Applet and Application specific sequence renderers to be used
 519   void colourBySequence(PDBChain chain)
 520   {
 521     boolean showFeatures = false;
 522
 523     if (seqcanvas.getViewport().getShowSequenceFeatures())
 524     {
 525       if (fr == null)
 526       {
 527         fr = new jalview.appletgui.FeatureRenderer(seqcanvas.getViewport());
 528       }
 529       fr.transferSettings(seqcanvas.getFeatureRenderer());
 530       showFeatures = true;
 531     }
 532
 533     for (int i = 0; i < chain.bonds.size(); i++)
 534     {
 535       Bond tmp = (Bond) chain.bonds.elementAt(i);
 536       tmp.startCol = Color.lightGray;
 537       tmp.endCol = Color.lightGray;
 538       if (chain != mainchain)
 539       {
 540         continue;
 541       }
 542
 543       if ( (tmp.at1.resNumber >= ( (chain.offset + chain.pdbstart) - 1)) &&
 544           (tmp.at1.resNumber <= ( (chain.offset + chain.pdbend) - 1)))
 545       {
 546
 547         int index = findTrueIndex(tmp.at1.alignmentMapping);
 548         //sequence.findIndex(tmp.at1.alignmentMapping);
 549         if (index != -1)
 550         {
 551           tmp.startCol = seqcanvas.getSequenceRenderer().
 552               getResidueBoxColour(sequence, index);
 553
 554           if (showFeatures)
 555           {
 556             tmp.startCol = fr.findFeatureColour(tmp.startCol, sequence, index);
 557           }
 558         }
 559       }
 560
 561       int index = findTrueIndex(tmp.at2.alignmentMapping);
 562       //sequence.findIndex( tmp.at2.alignmentMapping );
 563       if (index != -1)
 564       {
 565         tmp.endCol = seqcanvas.getSequenceRenderer().
 566             getResidueBoxColour(sequence, index);
 567
 568         if (showFeatures)
 569         {
 570           tmp.endCol = fr.findFeatureColour(tmp.endCol, sequence, index);
 571         }
 572       }
 573     }
 574   }
 575
 576   Zsort zsort;
 577   public void drawScene(Graphics g)
 578   {
 579     if (zbuffer)
 580     {
 581       if (zsort == null)
 582       {
 583         zsort = new Zsort();
 584       }
 585
 586       zsort.Zsort(visiblebonds);
 587     }
 588
 589     Bond tmpBond = null;
 590     for (int i = 0; i < visiblebonds.size(); i++)
 591     {
 592       tmpBond = (Bond) visiblebonds.elementAt(i);
 593
 594       xstart = (int) ( ( (tmpBond.start[0] - centre[0]) * scale) +
 595                       (getSize().width / 2));
 596       ystart = (int) ( ( (tmpBond.start[1] - centre[1]) * scale) +
 597                       (getSize().height / 2));
 598
 599       xend = (int) ( ( (tmpBond.end[0] - centre[0]) * scale) +
 600                     (getSize().width / 2));
 601       yend = (int) ( ( (tmpBond.end[1] - centre[1]) * scale) +
 602                     (getSize().height / 2));
 603
 604       xmid = (xend + xstart) / 2;
 605       ymid = (yend + ystart) / 2;
 606
 607       if (depthcue && !bymolecule)
 608       {
 609         if (tmpBond.start[2] < (centre[2] - (maxwidth / 6)))
 610         {
 611           g.setColor(tmpBond.startCol.darker().darker());
 612           drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);
 613
 614           g.setColor(tmpBond.endCol.darker().darker());
 615           drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);
 616         }
 617         else if (tmpBond.start[2] < (centre[2] + (maxwidth / 6)))
 618         {
 619           g.setColor(tmpBond.startCol.darker());
 620           drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);
 621
 622           g.setColor(tmpBond.endCol.darker());
 623           drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);
 624         }
 625         else
 626         {
 627           g.setColor(tmpBond.startCol);
 628           drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);
 629
 630           g.setColor(tmpBond.endCol);
 631           drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);
 632         }
 633
 634       }
 635       else if (depthcue && bymolecule)
 636       {
 637         if (tmpBond.start[2] < (centre[2] - (maxwidth / 6)))
 638         {
 639           g.setColor(Color.green.darker().darker());
 640           drawLine(g, xstart, ystart, xend, yend);
 641         }
 642         else if (tmpBond.start[2] < (centre[2] + (maxwidth / 6)))
 643         {
 644           g.setColor(Color.green.darker());
 645           drawLine(g, xstart, ystart, xend, yend);
 646         }
 647         else
 648         {
 649           g.setColor(Color.green);
 650           drawLine(g, xstart, ystart, xend, yend);
 651         }
 652       }
 653       else if (!depthcue && !bymolecule)
 654       {
 655         g.setColor(tmpBond.startCol);
 656         drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);
 657         g.setColor(tmpBond.endCol);
 658         drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);
 659       }
 660       else
 661       {
 662         drawLine(g, xstart, ystart, xend, yend);
 663       }
 664
 665       if (highlightBond1 != null && highlightBond1 == tmpBond)
 666       {
 667         g.setColor(Color.white);
 668         drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);
 669       }
 670
 671       if (highlightBond2 != null && highlightBond2 == tmpBond)
 672       {
 673         g.setColor(Color.white);
 674         drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);
 675       }
 676
 677     }
 678   }
 679
 680   public void drawLine(Graphics g, int x1, int y1, int x2, int y2)
 681   {
 682     if (!wire)
 683     {
 684       if ( ( (float) Math.abs(y2 - y1) / (float) Math.abs(x2 - x1)) < 0.5)
 685       {
 686         g.drawLine(x1, y1, x2, y2);
 687         g.drawLine(x1 + 1, y1 + 1, x2 + 1, y2 + 1);
 688         g.drawLine(x1, y1 - 1, x2, y2 - 1);
 689       }
 690       else
 691       {
 692         g.setColor(g.getColor().brighter());
 693         g.drawLine(x1, y1, x2, y2);
 694         g.drawLine(x1 + 1, y1, x2 + 1, y2);
 695         g.drawLine(x1 - 1, y1, x2 - 1, y2);
 696       }
 697     }
 698     else
 699     {
 700       g.drawLine(x1, y1, x2, y2);
 701     }
 702   }
 703
 704   public Dimension minimumsize()
 705   {
 706     return prefsize;
 707   }
 708
 709   public Dimension preferredsize()
 710   {
 711     return prefsize;
 712   }
 713
 714   public void doKeyPressed(KeyEvent evt)
 715   {
 716     if (evt.getKeyCode() == KeyEvent.VK_UP)
 717     {
 718       scale = (float) (scale * 1.1);
 719       redrawneeded = true;
 720       repaint();
 721     }
 722     else if (evt.getKeyCode() == KeyEvent.VK_DOWN)
 723     {
 724       scale = (float) (scale * 0.9);
 725       redrawneeded = true;
 726       repaint();
 727     }
 728   }
 729
 730   public void mousePressed(MouseEvent e)
 731   {
 732     pdbAction = true;
 733     Atom fatom = findAtom(e.getX(), e.getY());
 734     if (fatom != null)
 735     {
 736       fatom.isSelected = !fatom.isSelected;
 737
 738       redrawneeded = true;
 739       repaint();
 740       if (foundchain != -1)
 741       {
 742         PDBChain chain = (PDBChain) pdb.chains.elementAt(foundchain);
 743         if (chain == mainchain)
 744         {
 745           if (fatom.alignmentMapping != -1)
 746           {
 747             if (highlightRes == null)
 748             {
 749               highlightRes = new Vector();
 750             }
 751
 752             if (highlightRes.contains(fatom.alignmentMapping + "" + ""))
 753             {
 754               highlightRes.removeElement(fatom.alignmentMapping + "");
 755             }
 756             else
 757             {
 758               highlightRes.addElement(fatom.alignmentMapping + "");
 759             }
 760           }
 761         }
 762       }
 763
 764     }
 765     mx = e.getX();
 766     my = e.getY();
 767     omx = mx;
 768     omy = my;
 769     dragging = false;
 770   }
 771
 772   public void mouseMoved(MouseEvent e)
 773   {
 774     pdbAction = true;
 775     if (highlightBond1 != null)
 776     {
 777       highlightBond1.at2.isSelected = false;
 778       highlightBond2.at1.isSelected = false;
 779       highlightBond1 = null;
 780       highlightBond2 = null;
 781     }
 782
 783     Atom fatom = findAtom(e.getX(), e.getY());
 784
 785     PDBChain chain = null;
 786     if (foundchain != -1)
 787     {
 788       chain = (PDBChain) pdb.chains.elementAt(foundchain);
 789       if (chain == mainchain)
 790       {
 791         highlightSeqcanvas(fatom.alignmentMapping);
 792       }
 793     }
 794
 795     if (fatom != null)
 796     {
 797       toolx = e.getX();
 798       tooly = e.getY();
 799
 800       appletToolTip = chain.id + ":" + fatom.resNumber + " " + fatom.resName;
 801       redrawneeded = true;
 802       repaint();
 803     }
 804     else
 805     {
 806       highlightSeqcanvas( -1);
 807       appletToolTip = null;
 808       redrawneeded = true;
 809       repaint();
 810     }
 811   }
 812
 813   void highlightSeqcanvas(int pos)
 814   {
 815     SearchResults searchResults = new SearchResults();
 816     if (highlightRes != null)
 817     {
 818       for (int i = 0; i < highlightRes.size(); i++)
 819       {
 820         int a = Integer.parseInt(highlightRes.elementAt(
 821             i).toString()) + 1;
 822
 823         searchResults.addResult(sequence, a, a);
 824       }
 825     }
 826
 827     if (pos != -1)
 828     {
 829       searchResults.addResult(sequence, pos + 1, pos + 1);
 830     }
 831
 832     seqcanvas.highlightSearchResults(searchResults);
 833   }
 834
 835   public void mouseClicked(MouseEvent e)
 836   {
 837   }
 838
 839   public void mouseEntered(MouseEvent e)
 840   {
 841   }
 842
 843   public void mouseExited(MouseEvent e)
 844   {
 845   }
 846
 847   public void mouseDragged(MouseEvent evt)
 848   {
 849     int x = evt.getX();
 850     int y = evt.getY();
 851     mx = x;
 852     my = y;
 853
 854     MCMatrix objmat = new MCMatrix(3, 3);
 855     objmat.setIdentity();
 856
 857     if ( (evt.getModifiers() & Event.META_MASK) != 0)
 858     {
 859       objmat.rotatez( (float) ( (mx - omx)));
 860     }
 861     else
 862     {
 863       objmat.rotatex( (float) ( (my - omy)));
 864       objmat.rotatey( (float) ( (omx - mx)));
 865     }
 866
 867     //Alter the bonds
 868     for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++)
 869     {
 870       Vector bonds = ( (PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).bonds;
 871
 872       for (int i = 0; i < bonds.size(); i++)
 873       {
 874         Bond tmpBond = (Bond) bonds.elementAt(i);
 875
 876         //Translate the bond so the centre is 0,0,0
 877         tmpBond.translate( -centre[0], -centre[1], -centre[2]);
 878
 879         //Now apply the rotation matrix
 880         tmpBond.start = objmat.vectorMultiply(tmpBond.start);
 881         tmpBond.end = objmat.vectorMultiply(tmpBond.end);
 882
 883         //Now translate back again
 884         tmpBond.translate(centre[0], centre[1], centre[2]);
 885       }
 886     }
 887
 888     objmat = null;
 889
 890     omx = mx;
 891     omy = my;
 892
 893     dragging = true;
 894
 895     redrawneeded = true;
 896
 897     repaint();
 898   }
 899
 900   public void mouseReleased(MouseEvent evt)
 901   {
 902     dragging = false;
 903     return;
 904   }
 905
 906   void drawLabels(Graphics g)
 907   {
 908
 909     for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++)
 910     {
 911       PDBChain chain = (PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii);
 912
 913       if (chain.isVisible)
 914       {
 915         Vector bonds = ( (PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).bonds;
 916
 917         for (int i = 0; i < bonds.size(); i++)
 918         {
 919           Bond tmpBond = (Bond) bonds.elementAt(i);
 920
 921           if (tmpBond.at1.isSelected)
 922           {
 923             labelAtom(g, tmpBond, 1);
 924           }
 925
 926           if (tmpBond.at2.isSelected)
 927           {
 928
 929             labelAtom(g, tmpBond, 2);
 930           }
 931         }
 932       }
 933     }
 934   }
 935
 936   public void labelAtom(Graphics g, Bond b, int n)
 937   {
 938     g.setFont(font);
 939
 940     if (n == 1)
 941     {
 942       int xstart = (int) ( ( (b.start[0] - centre[0]) * scale) +
 943                           (getSize().width / 2));
 944       int ystart = (int) ( ( (b.start[1] - centre[1]) * scale) +
 945                           (getSize().height / 2));
 946
 947       g.setColor(Color.red);
 948       g.drawString(b.at1.resName + "-" + b.at1.resNumber, xstart, ystart);
 949     }
 950
 951     if (n == 2)
 952     {
 953       int xstart = (int) ( ( (b.end[0] - centre[0]) * scale) +
 954                           (getSize().width / 2));
 955       int ystart = (int) ( ( (b.end[1] - centre[1]) * scale) +
 956                           (getSize().height / 2));
 957
 958       g.setColor(Color.red);
 959       g.drawString(b.at2.resName + "-" + b.at2.resNumber, xstart, ystart);
 960     }
 961   }
 962
 963   int foundchain = -1;
 964   public Atom findAtom(int x, int y)
 965   {
 966     Atom fatom = null;
 967
 968     foundchain = -1;
 969
 970     for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++)
 971     {
 972       PDBChain chain = (PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii);
 973       int truex;
 974       Bond tmpBond = null;
 975
 976       if (chain.isVisible)
 977       {
 978         Vector bonds = ( (PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).bonds;
 979
 980         for (int i = 0; i < bonds.size(); i++)
 981         {
 982           tmpBond = (Bond) bonds.elementAt(i);
 983
 984           truex = (int) ( ( (tmpBond.start[0] - centre[0]) * scale) +
 985                          (getSize().width / 2));
 986
 987           if (Math.abs(truex - x) <= 2)
 988           {
 989             int truey = (int) ( ( (tmpBond.start[1] - centre[1]) * scale) +
 990                                (getSize().height / 2));
 991
 992             if (Math.abs(truey - y) <= 2)
 993             {
 994               fatom = tmpBond.at1;
 995               foundchain = ii;
 996               break;
 997             }
 998           }
 999         }
1000
1001         // Still here? Maybe its the last bond
1002
1003         truex = (int) ( ( (tmpBond.end[0] - centre[0]) * scale) +
1004                        (getSize().width / 2));
1005
1006         if (Math.abs(truex - x) <= 2)
1007         {
1008           int truey = (int) ( ( (tmpBond.end[1] - centre[1]) * scale) +
1009                              (getSize().height / 2));
1010
1011           if (Math.abs(truey - y) <= 2)
1012           {
1013             fatom = tmpBond.at2;
1014             foundchain = ii;
1015             break;
1016           }
1017         }
1018
1019       }
1020
1021       if (fatom != null) //)&& chain.ds != null)
1022       {
1023         chain = (PDBChain) pdb.chains.elementAt(foundchain);
1024       }
1025     }
1026
1027     return fatom;
1028   }
1029
1030   public void update(Graphics g)
1031   {
1032     paint(g);
1033   }
1034
1035   public void highlightRes(int ii)
1036   {
1037     if (!seqColoursReady)
1038     {
1039       return;
1040     }
1041
1042     if (highlightRes != null
1043         && highlightRes.contains( (ii - 1) + ""))
1044     {
1045       return;
1046     }
1047
1048     int index = -1;
1049     Bond tmpBond;
1050     for (index = 0; index < mainchain.bonds.size(); index++)
1051     {
1052       tmpBond = (Bond) mainchain.bonds.elementAt(index);
1053       if (tmpBond.at1.alignmentMapping == ii - 1)
1054       {
1055         if (highlightBond1 != null)
1056         {
1057           highlightBond1.at2.isSelected = false;
1058         }
1059
1060         if (highlightBond2 != null)
1061         {
1062           highlightBond2.at1.isSelected = false;
1063         }
1064
1065         highlightBond1 = null;
1066         highlightBond2 = null;
1067
1068         if (index > 0)
1069         {
1070           highlightBond1 = (Bond) mainchain.bonds.elementAt(index - 1);
1071           highlightBond1.at2.isSelected = true;
1072         }
1073
1074         if (index != mainchain.bonds.size())
1075         {
1076           highlightBond2 = (Bond) mainchain.bonds.elementAt(index);
1077           highlightBond2.at1.isSelected = true;
1078         }
1079
1080         break;
1081       }
1082     }
1083
1084     redrawneeded = true;
1085     repaint();
1086   }
1087
1088   public void setAllchainsVisible(boolean b)
1089   {
1090     for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++)
1091     {
1092       PDBChain chain = (PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii);
1093       chain.isVisible = b;
1094     }
1095     mainchain.isVisible = true;
1096     findCentre();
1097     setupBonds();
1098   }
1099
1100 }