src/MCview/AppletPDBViewer.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer
   3  * Copyright (C) 2006 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8  * of the License, or (at your option) any later version.
   9  *
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13  * GNU General Public License for more details.
  14  *
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA
  18  */
  19 package MCview;
  20
  21 import java.awt.*;
  22
  23 import java.awt.event.*;
  24 import jalview.datamodel.*;
  25 import jalview.appletgui.*;
  26 import jalview.schemes.*;
  27 import java.awt.event.ActionListener;
  28 import java.awt.event.ActionEvent;
  29
  30
  31 public class AppletPDBViewer extends Frame implements ActionListener, ItemListener
  32 {
  33       AppletPDBCanvas pdbcanvas;
  34       public AppletPDBViewer(String pdbtext,String type,
  35                        Sequence seq,
  36                        SeqCanvas seqcanvas)
  37       {
  38
  39         try
  40         {
  41           jbInit();
  42         }
  43         catch (Exception ex)
  44         {
  45           ex.printStackTrace();
  46         }
  47
  48         pdbcanvas = new AppletPDBCanvas(seqcanvas, seq);
  49
  50         add(pdbcanvas, BorderLayout.CENTER);
  51
  52         StringBuffer title = new StringBuffer(seq.getName() + ":");
  53
  54         jalview.bin.JalviewLite.addFrame(this,title.toString(),400, 400);
  55
  56         try{
  57         PDBfile pdbfile = new PDBfile(pdbtext, type);
  58         pdbcanvas.setPDBFile(pdbfile);
  59         }
  60         catch(Exception ex){
  61           ex.printStackTrace();
  62           pdbcanvas.errorLoading = true;
  63           pdbcanvas.repaint();
  64         }
  65       }
  66
  67       public void actionPerformed(ActionEvent evt)
  68       {
  69         if(evt.getSource()==mapping)
  70                mapping_actionPerformed();
  71        else if(evt.getSource()==wire)
  72                wire_actionPerformed();
  73        else if(evt.getSource()==depth)
  74                depth_actionPerformed();
  75        else if(evt.getSource()==zbuffer)
  76                zbuffer_actionPerformed();
  77        else if(evt.getSource()==charge)
  78                charge_actionPerformed();
  79
  80        else if(evt.getSource()==chain)
  81                chain_actionPerformed();
  82        else if(evt.getSource()==seqButton)
  83                seqButton_actionPerformed();
  84        else if(evt.getSource()==zappo)
  85                 pdbcanvas.setColours(new ZappoColourScheme());
  86        else if(evt.getSource()==taylor)
  87                pdbcanvas.setColours(new TaylorColourScheme());
  88       else if(evt.getSource()==hydro)
  89                pdbcanvas.setColours(new HydrophobicColourScheme());
  90       else if(evt.getSource()==helix)
  91                pdbcanvas.setColours(new HelixColourScheme());
  92        else if(evt.getSource()==strand)
  93                pdbcanvas.setColours(new StrandColourScheme());
  94        else if(evt.getSource()==turn)
  95                pdbcanvas.setColours(new TurnColourScheme());
  96        else if(evt.getSource()==buried)
  97               pdbcanvas.setColours(new BuriedColourScheme());
  98        else if(evt.getSource()==user)
  99        {
 100          pdbcanvas.bysequence = false;
 101          new jalview.appletgui.UserDefinedColours(pdbcanvas);
 102        }
 103       }
 104
 105       public void itemStateChanged(ItemEvent evt)
 106       {
 107         if (evt.getSource() == allchains)
 108           allchains_itemStateChanged();
 109         else if (evt.getSource() == wire)
 110           wire_actionPerformed();
 111         else if (evt.getSource() == depth)
 112           depth_actionPerformed();
 113         else if (evt.getSource() == zbuffer)
 114           zbuffer_actionPerformed();
 115       }
 116
 117
 118       private void jbInit()
 119           throws Exception
 120       {
 121         setMenuBar(jMenuBar1);
 122         fileMenu.setLabel("File");
 123         coloursMenu.setLabel("Colours");
 124         mapping.setLabel("View Mapping");
 125         mapping.addActionListener(this);
 126         wire.setLabel("Wireframe");
 127         wire.addItemListener(this);
 128         depth.setState(true);
 129         depth.setLabel("Depthcue");
 130         depth.addItemListener(this);
 131         zbuffer.setState(true);
 132         zbuffer.setLabel("Z Buffering");
 133         zbuffer.addItemListener(this);
 134         charge.setLabel("Charge & Cysteine");
 135         charge.addActionListener(this);
 136         hydro.setLabel("Hydrophobicity");
 137         hydro.addActionListener(this);
 138         chain.setLabel("By Chain");
 139         chain.addActionListener(this);
 140         seqButton.setLabel("By Sequence");
 141         seqButton.addActionListener(this);
 142     allchains.setLabel("All Chains Visible");
 143     allchains.addItemListener(this);
 144     viewMenu.setLabel("View");
 145     zappo.setLabel("Zappo");
 146     zappo.addActionListener(this);
 147     taylor.setLabel("Taylor");
 148     taylor.addActionListener(this);
 149     helix.setLabel("Helix Propensity");
 150     helix.addActionListener(this);
 151     strand.setLabel("Strand Propensity");
 152     strand.addActionListener(this);
 153     turn.setLabel("Turn Propensity");
 154     turn.addActionListener(this);
 155     buried.setLabel("Buried Index");
 156     buried.addActionListener(this);
 157     user.setLabel("User Defined...");
 158     user.addActionListener(this);
 159     jMenuBar1.add(fileMenu);
 160         jMenuBar1.add(coloursMenu);
 161     jMenuBar1.add(viewMenu);
 162     fileMenu.add(mapping);;
 163
 164         coloursMenu.add(seqButton);
 165         coloursMenu.add(chain);
 166     coloursMenu.add(charge);
 167     coloursMenu.add(zappo);
 168     coloursMenu.add(taylor);
 169     coloursMenu.add(hydro);
 170     coloursMenu.add(helix);
 171     coloursMenu.add(strand);
 172     coloursMenu.add(turn);
 173     coloursMenu.add(buried);
 174     coloursMenu.add(user);
 175     viewMenu.add(wire);
 176     viewMenu.add(depth);
 177     viewMenu.add(zbuffer);
 178     viewMenu.add(allchains);
 179     allchains.setState(true);
 180   }
 181
 182       MenuBar jMenuBar1 = new MenuBar();
 183       Menu fileMenu = new Menu();
 184       Menu coloursMenu = new Menu();
 185       MenuItem mapping = new MenuItem();
 186       CheckboxGroup bg = new CheckboxGroup();
 187       CheckboxMenuItem wire = new CheckboxMenuItem();
 188       CheckboxMenuItem depth = new CheckboxMenuItem();
 189       CheckboxMenuItem zbuffer = new CheckboxMenuItem();
 190
 191       MenuItem charge = new MenuItem();
 192       MenuItem hydro = new MenuItem();
 193       MenuItem chain = new MenuItem();
 194       MenuItem seqButton = new MenuItem();
 195
 196      CheckboxMenuItem allchains = new CheckboxMenuItem();
 197   Menu viewMenu = new Menu();
 198   MenuItem turn = new MenuItem();
 199   MenuItem strand = new MenuItem();
 200   MenuItem helix = new MenuItem();
 201   MenuItem taylor = new MenuItem();
 202   MenuItem zappo = new MenuItem();
 203   MenuItem buried = new MenuItem();
 204   MenuItem user = new MenuItem();
 205
 206   public void charge_actionPerformed()
 207       {
 208         pdbcanvas.bysequence = false;
 209         pdbcanvas.pdb.setChargeColours();
 210         pdbcanvas.redrawneeded=true;
 211         pdbcanvas.repaint();
 212       }
 213
 214       public void chain_actionPerformed()
 215       {
 216          pdbcanvas.bysequence = false;
 217          pdbcanvas.pdb.setChainColours();
 218         pdbcanvas.redrawneeded=true;
 219         pdbcanvas.repaint();
 220       }
 221
 222       public void zbuffer_actionPerformed()
 223       {
 224         pdbcanvas.zbuffer = ! pdbcanvas.zbuffer;
 225         pdbcanvas.redrawneeded=true;
 226         pdbcanvas.repaint();
 227       }
 228
 229       public void depth_actionPerformed()
 230       {
 231       pdbcanvas.depthcue = ! pdbcanvas.depthcue;
 232       pdbcanvas.redrawneeded=true;
 233         pdbcanvas.repaint();
 234       }
 235
 236       public void wire_actionPerformed()
 237       {
 238         pdbcanvas.wire = ! pdbcanvas.wire;
 239         pdbcanvas.redrawneeded=true;
 240         pdbcanvas.repaint();
 241       }
 242
 243       public void seqButton_actionPerformed()
 244       {
 245         pdbcanvas.bysequence = true;
 246         pdbcanvas.updateSeqColours();
 247         pdbcanvas.repaint();
 248       }
 249
 250
 251       public void mapping_actionPerformed()
 252       {
 253         jalview.appletgui.CutAndPasteTransfer cap
 254             = new jalview.appletgui.CutAndPasteTransfer(false, null);
 255         Frame frame = new Frame();
 256         frame.add(cap);
 257         jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "PDB - Sequence Mapping", 500, 600);
 258         cap.setText(pdbcanvas.mappingDetails.toString());
 259       }
 260
 261       public void allchains_itemStateChanged()
 262       {
 263         pdbcanvas.setAllchainsVisible(allchains.getState());
 264       }
 265
 266 }