src/MCview/AppletPDBViewer.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Development Version 2.4.1)
   3  * Copyright (C) 2009 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8  * of the License, or (at your option) any later version.
   9  *
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13  * GNU General Public License for more details.
  14  *
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA
  18  */
  19 package MCview;
  20
  21 import java.awt.*;
  22 import java.awt.event.*;
  23
  24 import jalview.appletgui.*;
  25 import jalview.datamodel.*;
  26 import jalview.schemes.*;
  27
  28 public class AppletPDBViewer extends EmbmenuFrame implements
  29         ActionListener, ItemListener
  30 {
  31   AppletPDBCanvas pdbcanvas;
  32
  33   public AppletPDBViewer(PDBEntry pdbentry, SequenceI[] seq,
  34           String[] chains, AlignmentPanel ap, String protocol)
  35   {
  36     try
  37     {
  38       jbInit();
  39     } catch (Exception ex)
  40     {
  41       ex.printStackTrace();
  42     }
  43
  44     pdbcanvas = new AppletPDBCanvas(pdbentry, seq, chains, ap, protocol);
  45
  46     embedMenuIfNeeded(pdbcanvas);
  47     add(pdbcanvas, BorderLayout.CENTER);
  48
  49     StringBuffer title = new StringBuffer(seq[0].getName() + ":"
  50             + pdbcanvas.pdbentry.getFile());
  51
  52     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(this, title.toString(), 400, 400);
  53
  54   }
  55
  56   public void actionPerformed(ActionEvent evt)
  57   {
  58     if (evt.getSource() == mapping)
  59     {
  60       jalview.appletgui.CutAndPasteTransfer cap = new jalview.appletgui.CutAndPasteTransfer(
  61               false, null);
  62       Frame frame = new Frame();
  63       frame.add(cap);
  64       jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "PDB - Sequence Mapping",
  65               500, 600);
  66       cap.setText(pdbcanvas.mappingDetails.toString());
  67
  68     }
  69     else if (evt.getSource() == charge)
  70     {
  71       pdbcanvas.bysequence = false;
  72       pdbcanvas.pdb.setChargeColours();
  73     }
  74
  75     else if (evt.getSource() == chain)
  76     {
  77       pdbcanvas.bysequence = false;
  78       pdbcanvas.pdb.setChainColours();
  79     }
  80     else if (evt.getSource() == seqButton)
  81     {
  82       pdbcanvas.bysequence = true;
  83       pdbcanvas.colourBySequence();
  84
  85     }
  86     else if (evt.getSource() == zappo)
  87     {
  88       pdbcanvas.setColours(new ZappoColourScheme());
  89     }
  90     else if (evt.getSource() == taylor)
  91     {
  92       pdbcanvas.setColours(new TaylorColourScheme());
  93     }
  94     else if (evt.getSource() == hydro)
  95     {
  96       pdbcanvas.setColours(new HydrophobicColourScheme());
  97     }
  98     else if (evt.getSource() == helix)
  99     {
 100       pdbcanvas.setColours(new HelixColourScheme());
 101     }
 102     else if (evt.getSource() == strand)
 103     {
 104       pdbcanvas.setColours(new StrandColourScheme());
 105     }
 106     else if (evt.getSource() == turn)
 107     {
 108       pdbcanvas.setColours(new TurnColourScheme());
 109     }
 110     else if (evt.getSource() == buried)
 111     {
 112       pdbcanvas.setColours(new BuriedColourScheme());
 113     }
 114     else if (evt.getSource() == user)
 115     {
 116       pdbcanvas.bysequence = false;
 117       new jalview.appletgui.UserDefinedColours(pdbcanvas);
 118     }
 119
 120     pdbcanvas.redrawneeded = true;
 121     pdbcanvas.repaint();
 122
 123   }
 124
 125   public void itemStateChanged(ItemEvent evt)
 126   {
 127     if (evt.getSource() == allchains)
 128     {
 129       pdbcanvas.setAllchainsVisible(allchains.getState());
 130     }
 131     else if (evt.getSource() == wire)
 132     {
 133       pdbcanvas.wire = !pdbcanvas.wire;
 134     }
 135     else if (evt.getSource() == depth)
 136     {
 137       pdbcanvas.depthcue = !pdbcanvas.depthcue;
 138     }
 139     else if (evt.getSource() == zbuffer)
 140     {
 141       pdbcanvas.zbuffer = !pdbcanvas.zbuffer;
 142     }
 143     pdbcanvas.redrawneeded = true;
 144     pdbcanvas.repaint();
 145   }
 146
 147   private void jbInit() throws Exception
 148   {
 149     setMenuBar(jMenuBar1);
 150     fileMenu.setLabel("File");
 151     coloursMenu.setLabel("Colours");
 152     mapping.setLabel("View Mapping");
 153     mapping.addActionListener(this);
 154     wire.setLabel("Wireframe");
 155     wire.addItemListener(this);
 156     depth.setState(true);
 157     depth.setLabel("Depthcue");
 158     depth.addItemListener(this);
 159     zbuffer.setState(true);
 160     zbuffer.setLabel("Z Buffering");
 161     zbuffer.addItemListener(this);
 162     charge.setLabel("Charge & Cysteine");
 163     charge.addActionListener(this);
 164     hydro.setLabel("Hydrophobicity");
 165     hydro.addActionListener(this);
 166     chain.setLabel("By Chain");
 167     chain.addActionListener(this);
 168     seqButton.setLabel("By Sequence");
 169     seqButton.addActionListener(this);
 170     allchains.setLabel("All Chains Visible");
 171     allchains.addItemListener(this);
 172     viewMenu.setLabel("View");
 173     zappo.setLabel("Zappo");
 174     zappo.addActionListener(this);
 175     taylor.setLabel("Taylor");
 176     taylor.addActionListener(this);
 177     helix.setLabel("Helix Propensity");
 178     helix.addActionListener(this);
 179     strand.setLabel("Strand Propensity");
 180     strand.addActionListener(this);
 181     turn.setLabel("Turn Propensity");
 182     turn.addActionListener(this);
 183     buried.setLabel("Buried Index");
 184     buried.addActionListener(this);
 185     user.setLabel("User Defined...");
 186     user.addActionListener(this);
 187     jMenuBar1.add(fileMenu);
 188     jMenuBar1.add(coloursMenu);
 189     jMenuBar1.add(viewMenu);
 190     fileMenu.add(mapping);
 191     ;
 192
 193     coloursMenu.add(seqButton);
 194     coloursMenu.add(chain);
 195     coloursMenu.add(charge);
 196     coloursMenu.add(zappo);
 197     coloursMenu.add(taylor);
 198     coloursMenu.add(hydro);
 199     coloursMenu.add(helix);
 200     coloursMenu.add(strand);
 201     coloursMenu.add(turn);
 202     coloursMenu.add(buried);
 203     coloursMenu.add(user);
 204     viewMenu.add(wire);
 205     viewMenu.add(depth);
 206     viewMenu.add(zbuffer);
 207     viewMenu.add(allchains);
 208     allchains.setState(true);
 209   }
 210
 211   MenuBar jMenuBar1 = new MenuBar();
 212
 213   Menu fileMenu = new Menu();
 214
 215   Menu coloursMenu = new Menu();
 216
 217   MenuItem mapping = new MenuItem();
 218
 219   CheckboxGroup bg = new CheckboxGroup();
 220
 221   CheckboxMenuItem wire = new CheckboxMenuItem();
 222
 223   CheckboxMenuItem depth = new CheckboxMenuItem();
 224
 225   CheckboxMenuItem zbuffer = new CheckboxMenuItem();
 226
 227   MenuItem charge = new MenuItem();
 228
 229   MenuItem hydro = new MenuItem();
 230
 231   MenuItem chain = new MenuItem();
 232
 233   MenuItem seqButton = new MenuItem();
 234
 235   CheckboxMenuItem allchains = new CheckboxMenuItem();
 236
 237   Menu viewMenu = new Menu();
 238
 239   MenuItem turn = new MenuItem();
 240
 241   MenuItem strand = new MenuItem();
 242
 243   MenuItem helix = new MenuItem();
 244
 245   MenuItem taylor = new MenuItem();
 246
 247   MenuItem zappo = new MenuItem();
 248
 249   MenuItem buried = new MenuItem();
 250
 251   MenuItem user = new MenuItem();
 252
 253   // End StructureListener
 254   // //////////////////////////
 255
 256 }