src/MCview/AppletPDBViewer.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2006 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package MCview;\r
  20 \r
  21 import java.awt.*;\r
  22 \r
  23 import java.awt.event.*;\r
  24 import jalview.datamodel.*;\r
  25 import jalview.appletgui.*;\r
  26 import jalview.schemes.*;\r
  27 import java.awt.event.ActionListener;\r
  28 import java.awt.event.ActionEvent;\r
  29 \r
  30 \r
  31 public class AppletPDBViewer extends Frame implements ActionListener, ItemListener\r
  32 {\r
  33       AppletPDBCanvas pdbcanvas;\r
  34       public AppletPDBViewer(String pdbtext,String type,\r
  35                        Sequence seq,\r
  36                        SeqCanvas seqcanvas)\r
  37       {\r
  38 \r
  39         try\r
  40         {\r
  41           jbInit();\r
  42         }\r
  43         catch (Exception ex)\r
  44         {\r
  45           ex.printStackTrace();\r
  46         }\r
  47 \r
  48         pdbcanvas = new AppletPDBCanvas(seqcanvas, seq);\r
  49 \r
  50         add(pdbcanvas, BorderLayout.CENTER);\r
  51 \r
  52         StringBuffer title = new StringBuffer(seq.getName() + ":");\r
  53 \r
  54         jalview.bin.JalviewLite.addFrame(this,title.toString(),400, 400);\r
  55 \r
  56         try{\r
  57         PDBfile pdbfile = new PDBfile(pdbtext, type);\r
  58         pdbcanvas.setPDBFile(pdbfile);\r
  59         }\r
  60         catch(Exception ex){\r
  61           ex.printStackTrace();\r
  62           pdbcanvas.errorLoading = true;\r
  63           pdbcanvas.repaint();\r
  64         }\r
  65       }\r
  66 \r
  67       public void actionPerformed(ActionEvent evt)\r
  68       {\r
  69         if(evt.getSource()==mapping)\r
  70                mapping_actionPerformed();\r
  71        else if(evt.getSource()==wire)\r
  72                wire_actionPerformed();\r
  73        else if(evt.getSource()==depth)\r
  74                depth_actionPerformed();\r
  75        else if(evt.getSource()==zbuffer)\r
  76                zbuffer_actionPerformed();\r
  77        else if(evt.getSource()==charge)\r
  78                charge_actionPerformed();\r
  79 \r
  80        else if(evt.getSource()==chain)\r
  81                chain_actionPerformed();\r
  82        else if(evt.getSource()==seqButton)\r
  83                seqButton_actionPerformed();\r
  84        else if(evt.getSource()==zappo)\r
  85                 pdbcanvas.setColours(new ZappoColourScheme());\r
  86        else if(evt.getSource()==taylor)\r
  87                pdbcanvas.setColours(new TaylorColourScheme());\r
  88       else if(evt.getSource()==hydro)\r
  89                pdbcanvas.setColours(new HydrophobicColourScheme());\r
  90       else if(evt.getSource()==helix)\r
  91                pdbcanvas.setColours(new HelixColourScheme());\r
  92        else if(evt.getSource()==strand)\r
  93                pdbcanvas.setColours(new StrandColourScheme());\r
  94        else if(evt.getSource()==turn)\r
  95                pdbcanvas.setColours(new TurnColourScheme());\r
  96        else if(evt.getSource()==buried)\r
  97               pdbcanvas.setColours(new BuriedColourScheme());\r
  98        else if(evt.getSource()==user)\r
  99        {\r
 100          pdbcanvas.bysequence = false;\r
 101          new jalview.appletgui.UserDefinedColours(pdbcanvas);\r
 102        }\r
 103       }\r
 104 \r
 105       public void itemStateChanged(ItemEvent evt)\r
 106       {\r
 107         if (evt.getSource() == allchains)\r
 108           allchains_itemStateChanged();\r
 109         else if (evt.getSource() == wire)\r
 110           wire_actionPerformed();\r
 111         else if (evt.getSource() == depth)\r
 112           depth_actionPerformed();\r
 113         else if (evt.getSource() == zbuffer)\r
 114           zbuffer_actionPerformed();\r
 115       }\r
 116 \r
 117 \r
 118       private void jbInit()\r
 119           throws Exception\r
 120       {\r
 121         setMenuBar(jMenuBar1);\r
 122         fileMenu.setLabel("File");\r
 123         coloursMenu.setLabel("Colours");\r
 124         mapping.setLabel("View Mapping");\r
 125         mapping.addActionListener(this);\r
 126         wire.setLabel("Wireframe");\r
 127         wire.addItemListener(this);\r
 128         depth.setState(true);\r
 129         depth.setLabel("Depthcue");\r
 130         depth.addItemListener(this);\r
 131         zbuffer.setState(true);\r
 132         zbuffer.setLabel("Z Buffering");\r
 133         zbuffer.addItemListener(this);\r
 134         charge.setLabel("Charge & Cysteine");\r
 135         charge.addActionListener(this);\r
 136         hydro.setLabel("Hydrophobicity");\r
 137         hydro.addActionListener(this);\r
 138         chain.setLabel("By Chain");\r
 139         chain.addActionListener(this);\r
 140         seqButton.setLabel("By Sequence");\r
 141         seqButton.addActionListener(this);\r
 142     allchains.setLabel("All Chains Visible");\r
 143     allchains.addItemListener(this);\r
 144     viewMenu.setLabel("View");\r
 145     zappo.setLabel("Zappo");\r
 146     zappo.addActionListener(this);\r
 147     taylor.setLabel("Taylor");\r
 148     taylor.addActionListener(this);\r
 149     helix.setLabel("Helix Propensity");\r
 150     helix.addActionListener(this);\r
 151     strand.setLabel("Strand Propensity");\r
 152     strand.addActionListener(this);\r
 153     turn.setLabel("Turn Propensity");\r
 154     turn.addActionListener(this);\r
 155     buried.setLabel("Buried Index");\r
 156     buried.addActionListener(this);\r
 157     user.setLabel("User Defined...");\r
 158     user.addActionListener(this);\r
 159     jMenuBar1.add(fileMenu);\r
 160         jMenuBar1.add(coloursMenu);\r
 161     jMenuBar1.add(viewMenu);\r
 162     fileMenu.add(mapping);;\r
 163 \r
 164         coloursMenu.add(seqButton);\r
 165         coloursMenu.add(chain);\r
 166     coloursMenu.add(charge);\r
 167     coloursMenu.add(zappo);\r
 168     coloursMenu.add(taylor);\r
 169     coloursMenu.add(hydro);\r
 170     coloursMenu.add(helix);\r
 171     coloursMenu.add(strand);\r
 172     coloursMenu.add(turn);\r
 173     coloursMenu.add(buried);\r
 174     coloursMenu.add(user);\r
 175     viewMenu.add(wire);\r
 176     viewMenu.add(depth);\r
 177     viewMenu.add(zbuffer);\r
 178     viewMenu.add(allchains);\r
 179     allchains.setState(true);\r
 180   }\r
 181 \r
 182       MenuBar jMenuBar1 = new MenuBar();\r
 183       Menu fileMenu = new Menu();\r
 184       Menu coloursMenu = new Menu();\r
 185       MenuItem mapping = new MenuItem();\r
 186       CheckboxGroup bg = new CheckboxGroup();\r
 187       CheckboxMenuItem wire = new CheckboxMenuItem();\r
 188       CheckboxMenuItem depth = new CheckboxMenuItem();\r
 189       CheckboxMenuItem zbuffer = new CheckboxMenuItem();\r
 190 \r
 191       MenuItem charge = new MenuItem();\r
 192       MenuItem hydro = new MenuItem();\r
 193       MenuItem chain = new MenuItem();\r
 194       MenuItem seqButton = new MenuItem();\r
 195 \r
 196      CheckboxMenuItem allchains = new CheckboxMenuItem();\r
 197   Menu viewMenu = new Menu();\r
 198   MenuItem turn = new MenuItem();\r
 199   MenuItem strand = new MenuItem();\r
 200   MenuItem helix = new MenuItem();\r
 201   MenuItem taylor = new MenuItem();\r
 202   MenuItem zappo = new MenuItem();\r
 203   MenuItem buried = new MenuItem();\r
 204   MenuItem user = new MenuItem();\r
 205 \r
 206   public void charge_actionPerformed()\r
 207       {\r
 208         pdbcanvas.bysequence = false;\r
 209         pdbcanvas.pdb.setChargeColours();\r
 210         pdbcanvas.redrawneeded=true;\r
 211         pdbcanvas.repaint();\r
 212       }\r
 213 \r
 214       public void chain_actionPerformed()\r
 215       {\r
 216          pdbcanvas.bysequence = false;\r
 217          pdbcanvas.pdb.setChainColours();\r
 218         pdbcanvas.redrawneeded=true;\r
 219         pdbcanvas.repaint();\r
 220       }\r
 221 \r
 222       public void zbuffer_actionPerformed()\r
 223       {\r
 224         pdbcanvas.zbuffer = ! pdbcanvas.zbuffer;\r
 225         pdbcanvas.redrawneeded=true;\r
 226         pdbcanvas.repaint();\r
 227       }\r
 228 \r
 229       public void depth_actionPerformed()\r
 230       {\r
 231       pdbcanvas.depthcue = ! pdbcanvas.depthcue;\r
 232       pdbcanvas.redrawneeded=true;\r
 233         pdbcanvas.repaint();\r
 234       }\r
 235 \r
 236       public void wire_actionPerformed()\r
 237       {\r
 238         pdbcanvas.wire = ! pdbcanvas.wire;\r
 239         pdbcanvas.redrawneeded=true;\r
 240         pdbcanvas.repaint();\r
 241       }\r
 242 \r
 243       public void seqButton_actionPerformed()\r
 244       {\r
 245         pdbcanvas.bysequence = true;\r
 246         pdbcanvas.updateSeqColours();\r
 247         pdbcanvas.repaint();\r
 248       }\r
 249 \r
 250 \r
 251       public void mapping_actionPerformed()\r
 252       {\r
 253         jalview.appletgui.CutAndPasteTransfer cap\r
 254             = new jalview.appletgui.CutAndPasteTransfer(false, null);\r
 255         Frame frame = new Frame();\r
 256         frame.add(cap);\r
 257         jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "PDB - Sequence Mapping", 500, 600);\r
 258         cap.setText(pdbcanvas.mappingDetails.toString());\r
 259       }\r
 260 \r
 261       public void allchains_itemStateChanged()\r
 262       {\r
 263         pdbcanvas.setAllchainsVisible(allchains.getState());\r
 264       }\r
 265 \r
 266 }\r