src/MCview/AppletPDBViewer.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.7)
   3  * Copyright (C) 2011 J Procter, AM Waterhouse, J Engelhardt, LM Lui, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10  *
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17  */
  18 package MCview;
  19
  20 import java.awt.*;
  21 import java.awt.event.*;
  22
  23 import jalview.appletgui.*;
  24 import jalview.datamodel.*;
  25 import jalview.schemes.*;
  26
  27 public class AppletPDBViewer extends EmbmenuFrame implements
  28         ActionListener, ItemListener
  29 {
  30   AppletPDBCanvas pdbcanvas;
  31
  32   public AppletPDBViewer(PDBEntry pdbentry, SequenceI[] seq,
  33           String[] chains, AlignmentPanel ap, String protocol)
  34   {
  35     try
  36     {
  37       jbInit();
  38     } catch (Exception ex)
  39     {
  40       ex.printStackTrace();
  41     }
  42
  43     pdbcanvas = new AppletPDBCanvas(pdbentry, seq, chains, ap, protocol);
  44
  45     embedMenuIfNeeded(pdbcanvas);
  46     add(pdbcanvas, BorderLayout.CENTER);
  47
  48     StringBuffer title = new StringBuffer(seq[0].getName() + ":"
  49             + pdbcanvas.pdbentry.getFile());
  50
  51     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(this, title.toString(), 400, 400);
  52
  53   }
  54
  55   public void actionPerformed(ActionEvent evt)
  56   {
  57     if (evt.getSource() == mapping)
  58     {
  59       jalview.appletgui.CutAndPasteTransfer cap = new jalview.appletgui.CutAndPasteTransfer(
  60               false, null);
  61       Frame frame = new Frame();
  62       frame.add(cap);
  63       jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "PDB - Sequence Mapping",
  64               500, 600);
  65       cap.setText(pdbcanvas.mappingDetails.toString());
  66
  67     }
  68     else if (evt.getSource() == charge)
  69     {
  70       pdbcanvas.bysequence = false;
  71       pdbcanvas.pdb.setChargeColours();
  72     }
  73
  74     else if (evt.getSource() == chain)
  75     {
  76       pdbcanvas.bysequence = false;
  77       pdbcanvas.pdb.setChainColours();
  78     }
  79     else if (evt.getSource() == seqButton)
  80     {
  81       pdbcanvas.bysequence = true;
  82       pdbcanvas.colourBySequence();
  83
  84     }
  85     else if (evt.getSource() == zappo)
  86     {
  87       pdbcanvas.setColours(new ZappoColourScheme());
  88     }
  89     else if (evt.getSource() == taylor)
  90     {
  91       pdbcanvas.setColours(new TaylorColourScheme());
  92     }
  93     else if (evt.getSource() == hydro)
  94     {
  95       pdbcanvas.setColours(new HydrophobicColourScheme());
  96     }
  97     else if (evt.getSource() == helix)
  98     {
  99       pdbcanvas.setColours(new HelixColourScheme());
 100     }
 101     else if (evt.getSource() == strand)
 102     {
 103       pdbcanvas.setColours(new StrandColourScheme());
 104     }
 105     else if (evt.getSource() == turn)
 106     {
 107       pdbcanvas.setColours(new TurnColourScheme());
 108     }
 109     else if (evt.getSource() == buried)
 110     {
 111       pdbcanvas.setColours(new BuriedColourScheme());
 112     }
 113     else if (evt.getSource() == user)
 114     {
 115       pdbcanvas.bysequence = false;
 116       new jalview.appletgui.UserDefinedColours(pdbcanvas);
 117     }
 118
 119     pdbcanvas.redrawneeded = true;
 120     pdbcanvas.repaint();
 121
 122   }
 123
 124   public void itemStateChanged(ItemEvent evt)
 125   {
 126     if (evt.getSource() == allchains)
 127     {
 128       pdbcanvas.setAllchainsVisible(allchains.getState());
 129     }
 130     else if (evt.getSource() == wire)
 131     {
 132       pdbcanvas.wire = !pdbcanvas.wire;
 133     }
 134     else if (evt.getSource() == depth)
 135     {
 136       pdbcanvas.depthcue = !pdbcanvas.depthcue;
 137     }
 138     else if (evt.getSource() == zbuffer)
 139     {
 140       pdbcanvas.zbuffer = !pdbcanvas.zbuffer;
 141     }
 142     pdbcanvas.redrawneeded = true;
 143     pdbcanvas.repaint();
 144   }
 145
 146   private void jbInit() throws Exception
 147   {
 148     setMenuBar(jMenuBar1);
 149     fileMenu.setLabel("File");
 150     coloursMenu.setLabel("Colours");
 151     mapping.setLabel("View Mapping");
 152     mapping.addActionListener(this);
 153     wire.setLabel("Wireframe");
 154     wire.addItemListener(this);
 155     depth.setState(true);
 156     depth.setLabel("Depthcue");
 157     depth.addItemListener(this);
 158     zbuffer.setState(true);
 159     zbuffer.setLabel("Z Buffering");
 160     zbuffer.addItemListener(this);
 161     charge.setLabel("Charge & Cysteine");
 162     charge.addActionListener(this);
 163     hydro.setLabel("Hydrophobicity");
 164     hydro.addActionListener(this);
 165     chain.setLabel("By Chain");
 166     chain.addActionListener(this);
 167     seqButton.setLabel("By Sequence");
 168     seqButton.addActionListener(this);
 169     allchains.setLabel("All Chains Visible");
 170     allchains.addItemListener(this);
 171     viewMenu.setLabel("View");
 172     zappo.setLabel("Zappo");
 173     zappo.addActionListener(this);
 174     taylor.setLabel("Taylor");
 175     taylor.addActionListener(this);
 176     helix.setLabel("Helix Propensity");
 177     helix.addActionListener(this);
 178     strand.setLabel("Strand Propensity");
 179     strand.addActionListener(this);
 180     turn.setLabel("Turn Propensity");
 181     turn.addActionListener(this);
 182     buried.setLabel("Buried Index");
 183     buried.addActionListener(this);
 184     user.setLabel("User Defined...");
 185     user.addActionListener(this);
 186     jMenuBar1.add(fileMenu);
 187     jMenuBar1.add(coloursMenu);
 188     jMenuBar1.add(viewMenu);
 189     fileMenu.add(mapping);
 190     ;
 191
 192     coloursMenu.add(seqButton);
 193     coloursMenu.add(chain);
 194     coloursMenu.add(charge);
 195     coloursMenu.add(zappo);
 196     coloursMenu.add(taylor);
 197     coloursMenu.add(hydro);
 198     coloursMenu.add(helix);
 199     coloursMenu.add(strand);
 200     coloursMenu.add(turn);
 201     coloursMenu.add(buried);
 202     coloursMenu.add(user);
 203     viewMenu.add(wire);
 204     viewMenu.add(depth);
 205     viewMenu.add(zbuffer);
 206     viewMenu.add(allchains);
 207     allchains.setState(true);
 208   }
 209
 210   MenuBar jMenuBar1 = new MenuBar();
 211
 212   Menu fileMenu = new Menu();
 213
 214   Menu coloursMenu = new Menu();
 215
 216   MenuItem mapping = new MenuItem();
 217
 218   CheckboxGroup bg = new CheckboxGroup();
 219
 220   CheckboxMenuItem wire = new CheckboxMenuItem();
 221
 222   CheckboxMenuItem depth = new CheckboxMenuItem();
 223
 224   CheckboxMenuItem zbuffer = new CheckboxMenuItem();
 225
 226   MenuItem charge = new MenuItem();
 227
 228   MenuItem hydro = new MenuItem();
 229
 230   MenuItem chain = new MenuItem();
 231
 232   MenuItem seqButton = new MenuItem();
 233
 234   CheckboxMenuItem allchains = new CheckboxMenuItem();
 235
 236   Menu viewMenu = new Menu();
 237
 238   MenuItem turn = new MenuItem();
 239
 240   MenuItem strand = new MenuItem();
 241
 242   MenuItem helix = new MenuItem();
 243
 244   MenuItem taylor = new MenuItem();
 245
 246   MenuItem zappo = new MenuItem();
 247
 248   MenuItem buried = new MenuItem();
 249
 250   MenuItem user = new MenuItem();
 251
 252   // End StructureListener
 253   // //////////////////////////
 254
 255 }