parseResult takes the title as string. usually null
[jalview.git] / src / MCview / AppletPDBViewer.java
1 /*\r
2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
4  *\r
5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
9  *\r
10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
13  * GNU General Public License for more details.\r
14  *\r
15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
18  */\r
19 package MCview;\r
20 \r
21 import java.awt.*;\r
22 \r
23 import java.awt.event.*;\r
24 import jalview.datamodel.*;\r
25 import jalview.appletgui.*;\r
26 import jalview.schemes.*;\r
27 import java.awt.event.ActionListener;\r
28 import java.awt.event.ActionEvent;\r
29 \r
30 \r
31 public class AppletPDBViewer extends Frame implements ActionListener, ItemListener\r
32 {\r
33       AppletPDBCanvas pdbcanvas;\r
34       public AppletPDBViewer(String pdbtext,String type,\r
35                        Sequence seq,\r
36                        SeqCanvas seqcanvas)\r
37       {\r
38 \r
39         try\r
40         {\r
41           jbInit();\r
42         }\r
43         catch (Exception ex)\r
44         {\r
45           ex.printStackTrace();\r
46         }\r
47 \r
48         pdbcanvas = new AppletPDBCanvas(seqcanvas, seq);\r
49 \r
50         add(pdbcanvas, BorderLayout.CENTER);\r
51 \r
52         StringBuffer title = new StringBuffer(seq.getName() + ":");\r
53 \r
54         jalview.bin.JalviewLite.addFrame(this,title.toString(),400, 400);\r
55 \r
56         try{\r
57         PDBfile pdbfile = new PDBfile(pdbtext, type);\r
58         pdbcanvas.setPDBFile(pdbfile);\r
59         }\r
60         catch(Exception ex){\r
61           pdbcanvas.errorLoading = true;\r
62           pdbcanvas.repaint();\r
63         }\r
64       }\r
65 \r
66       public void actionPerformed(ActionEvent evt)\r
67       {\r
68         if(evt.getSource()==mapping)\r
69                mapping_actionPerformed();\r
70        else if(evt.getSource()==wire)\r
71                wire_actionPerformed();\r
72        else if(evt.getSource()==depth)\r
73                depth_actionPerformed();\r
74        else if(evt.getSource()==zbuffer)\r
75                zbuffer_actionPerformed();\r
76        else if(evt.getSource()==charge)\r
77                charge_actionPerformed();\r
78 \r
79        else if(evt.getSource()==chain)\r
80                chain_actionPerformed();\r
81        else if(evt.getSource()==seqButton)\r
82                seqButton_actionPerformed();\r
83        else if(evt.getSource()==zappo)\r
84                 pdbcanvas.setColours(new ZappoColourScheme());\r
85        else if(evt.getSource()==taylor)\r
86                pdbcanvas.setColours(new TaylorColourScheme());\r
87       else if(evt.getSource()==hydro)\r
88                pdbcanvas.setColours(new HydrophobicColourScheme());\r
89       else if(evt.getSource()==helix)\r
90                pdbcanvas.setColours(new HelixColourScheme());\r
91        else if(evt.getSource()==strand)\r
92                pdbcanvas.setColours(new StrandColourScheme());\r
93        else if(evt.getSource()==turn)\r
94                pdbcanvas.setColours(new TurnColourScheme());\r
95        else if(evt.getSource()==buried)\r
96               pdbcanvas.setColours(new BuriedColourScheme());\r
97        else if(evt.getSource()==user)\r
98        {\r
99          pdbcanvas.bysequence = false;\r
100          new jalview.appletgui.UserDefinedColours(pdbcanvas);\r
101        }\r
102       }\r
103 \r
104       public void itemStateChanged(ItemEvent evt)\r
105       {\r
106         if (evt.getSource() == allchains)\r
107           allchains_itemStateChanged();\r
108         else if (evt.getSource() == wire)\r
109           wire_actionPerformed();\r
110         else if (evt.getSource() == depth)\r
111           depth_actionPerformed();\r
112         else if (evt.getSource() == zbuffer)\r
113           zbuffer_actionPerformed();\r
114       }\r
115 \r
116 \r
117       private void jbInit()\r
118           throws Exception\r
119       {\r
120         setMenuBar(jMenuBar1);\r
121         fileMenu.setLabel("File");\r
122         coloursMenu.setLabel("Colours");\r
123         mapping.setLabel("View Mapping");\r
124         mapping.addActionListener(this);\r
125         wire.setLabel("Wireframe");\r
126         wire.addItemListener(this);\r
127         depth.setState(true);\r
128         depth.setLabel("Depthcue");\r
129         depth.addItemListener(this);\r
130         zbuffer.setState(true);\r
131         zbuffer.setLabel("Z Buffering");\r
132         zbuffer.addItemListener(this);\r
133         charge.setLabel("Charge & Cysteine");\r
134         charge.addActionListener(this);\r
135         hydro.setLabel("Hydrophobicity");\r
136         hydro.addActionListener(this);\r
137         chain.setLabel("By Chain");\r
138         chain.addActionListener(this);\r
139         seqButton.setLabel("By Sequence");\r
140         seqButton.addActionListener(this);\r
141     allchains.setLabel("All Chains Visible");\r
142     allchains.addItemListener(this);\r
143     viewMenu.setLabel("View");\r
144     zappo.setLabel("Zappo");\r
145     zappo.addActionListener(this);\r
146     taylor.setLabel("Taylor");\r
147     taylor.addActionListener(this);\r
148     helix.setLabel("Helix Propensity");\r
149     helix.addActionListener(this);\r
150     strand.setLabel("Strand Propensity");\r
151     strand.addActionListener(this);\r
152     turn.setLabel("Turn Propensity");\r
153     turn.addActionListener(this);\r
154     buried.setLabel("Buried Index");\r
155     buried.addActionListener(this);\r
156     user.setLabel("User Defined...");\r
157     user.addActionListener(this);\r
158     jMenuBar1.add(fileMenu);\r
159         jMenuBar1.add(coloursMenu);\r
160     jMenuBar1.add(viewMenu);\r
161     fileMenu.add(mapping);;\r
162 \r
163         coloursMenu.add(seqButton);\r
164         coloursMenu.add(chain);\r
165     coloursMenu.add(charge);\r
166     coloursMenu.add(zappo);\r
167     coloursMenu.add(taylor);\r
168     coloursMenu.add(hydro);\r
169     coloursMenu.add(helix);\r
170     coloursMenu.add(strand);\r
171     coloursMenu.add(turn);\r
172     coloursMenu.add(buried);\r
173     coloursMenu.add(user);\r
174     viewMenu.add(wire);\r
175     viewMenu.add(depth);\r
176     viewMenu.add(zbuffer);\r
177     viewMenu.add(allchains);\r
178     allchains.setState(true);\r
179   }\r
180 \r
181       MenuBar jMenuBar1 = new MenuBar();\r
182       Menu fileMenu = new Menu();\r
183       Menu coloursMenu = new Menu();\r
184       MenuItem mapping = new MenuItem();\r
185       CheckboxGroup bg = new CheckboxGroup();\r
186       CheckboxMenuItem wire = new CheckboxMenuItem();\r
187       CheckboxMenuItem depth = new CheckboxMenuItem();\r
188       CheckboxMenuItem zbuffer = new CheckboxMenuItem();\r
189 \r
190       MenuItem charge = new MenuItem();\r
191       MenuItem hydro = new MenuItem();\r
192       MenuItem chain = new MenuItem();\r
193       MenuItem seqButton = new MenuItem();\r
194 \r
195      CheckboxMenuItem allchains = new CheckboxMenuItem();\r
196   Menu viewMenu = new Menu();\r
197   MenuItem turn = new MenuItem();\r
198   MenuItem strand = new MenuItem();\r
199   MenuItem helix = new MenuItem();\r
200   MenuItem taylor = new MenuItem();\r
201   MenuItem zappo = new MenuItem();\r
202   MenuItem buried = new MenuItem();\r
203   MenuItem user = new MenuItem();\r
204 \r
205   public void charge_actionPerformed()\r
206       {\r
207         pdbcanvas.bysequence = false;\r
208         pdbcanvas.pdb.setChargeColours();\r
209         pdbcanvas.redrawneeded=true;\r
210         pdbcanvas.repaint();\r
211       }\r
212 \r
213       public void chain_actionPerformed()\r
214       {\r
215          pdbcanvas.bysequence = false;\r
216          pdbcanvas.pdb.setChainColours();\r
217         pdbcanvas.redrawneeded=true;\r
218         pdbcanvas.repaint();\r
219       }\r
220 \r
221       public void zbuffer_actionPerformed()\r
222       {\r
223         pdbcanvas.zbuffer = ! pdbcanvas.zbuffer;\r
224         pdbcanvas.redrawneeded=true;\r
225         pdbcanvas.repaint();\r
226       }\r
227 \r
228       public void depth_actionPerformed()\r
229       {\r
230       pdbcanvas.depthcue = ! pdbcanvas.depthcue;\r
231       pdbcanvas.redrawneeded=true;\r
232         pdbcanvas.repaint();\r
233       }\r
234 \r
235       public void wire_actionPerformed()\r
236       {\r
237         pdbcanvas.wire = ! pdbcanvas.wire;\r
238         pdbcanvas.redrawneeded=true;\r
239         pdbcanvas.repaint();\r
240       }\r
241 \r
242       public void seqButton_actionPerformed()\r
243       {\r
244         pdbcanvas.bysequence = true;\r
245         pdbcanvas.updateSeqColours();\r
246         pdbcanvas.repaint();\r
247       }\r
248 \r
249 \r
250       public void mapping_actionPerformed()\r
251       {\r
252         jalview.appletgui.CutAndPasteTransfer cap\r
253             = new jalview.appletgui.CutAndPasteTransfer(false, null);\r
254         Frame frame = new Frame();\r
255         frame.add(cap);\r
256         jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "PDB - Sequence Mapping", 500, 600);\r
257         cap.setText(pdbcanvas.mappingDetails.toString());\r
258       }\r
259 \r
260       public void allchains_itemStateChanged()\r
261       {\r
262         pdbcanvas.setAllchainsVisible(allchains.getState());\r
263       }\r
264 \r
265 }\r