src/MCview/AppletPDBViewer.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer
   3  * Copyright (C) 2007 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8  * of the License, or (at your option) any later version.
   9  *
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13  * GNU General Public License for more details.
  14  *
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA
  18  */
  19 package MCview;
  20
  21 import java.awt.*;
  22 import java.awt.event.*;
  23
  24 import jalview.appletgui.*;
  25 import jalview.datamodel.*;
  26 import jalview.schemes.*;
  27
  28
  29 public class AppletPDBViewer
  30     extends EmbmenuFrame implements ActionListener, ItemListener
  31 {
  32   AppletPDBCanvas pdbcanvas;
  33
  34   public AppletPDBViewer(PDBEntry pdbentry,
  35                          SequenceI[] seq,
  36                          String [] chains,
  37                          AlignmentPanel ap,
  38                          String protocol)
  39   {
  40     try
  41     {
  42       jbInit();
  43     }
  44     catch (Exception ex)
  45     {
  46       ex.printStackTrace();
  47     }
  48
  49     pdbcanvas = new AppletPDBCanvas(pdbentry, seq, chains, ap, protocol);
  50
  51     embedMenuIfNeeded(pdbcanvas);
  52     add(pdbcanvas, BorderLayout.CENTER);
  53
  54     StringBuffer title = new StringBuffer(seq[0].getName()
  55                                           + ":"
  56                                           + pdbcanvas.pdbentry.getFile());
  57
  58     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(this, title.toString(), 400, 400);
  59
  60   }
  61
  62
  63
  64   public void actionPerformed(ActionEvent evt)
  65   {
  66     if (evt.getSource() == mapping)
  67     {
  68       jalview.appletgui.CutAndPasteTransfer cap
  69           = new jalview.appletgui.CutAndPasteTransfer(false, null);
  70       Frame frame = new Frame();
  71       frame.add(cap);
  72       jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "PDB - Sequence Mapping", 500,
  73                                        600);
  74       cap.setText(pdbcanvas.mappingDetails.toString());
  75
  76     }
  77     else if (evt.getSource() == charge)
  78     {
  79       pdbcanvas.bysequence = false;
  80       pdbcanvas.pdb.setChargeColours();
  81     }
  82
  83     else if (evt.getSource() == chain)
  84     {
  85       pdbcanvas.bysequence = false;
  86       pdbcanvas.pdb.setChainColours();
  87     }
  88     else if (evt.getSource() == seqButton)
  89     {
  90       pdbcanvas.bysequence = true;
  91       pdbcanvas.colourBySequence();
  92
  93     }
  94     else if (evt.getSource() == zappo)
  95     {
  96       pdbcanvas.setColours(new ZappoColourScheme());
  97     }
  98     else if (evt.getSource() == taylor)
  99     {
 100       pdbcanvas.setColours(new TaylorColourScheme());
 101     }
 102     else if (evt.getSource() == hydro)
 103     {
 104       pdbcanvas.setColours(new HydrophobicColourScheme());
 105     }
 106     else if (evt.getSource() == helix)
 107     {
 108       pdbcanvas.setColours(new HelixColourScheme());
 109     }
 110     else if (evt.getSource() == strand)
 111     {
 112       pdbcanvas.setColours(new StrandColourScheme());
 113     }
 114     else if (evt.getSource() == turn)
 115     {
 116       pdbcanvas.setColours(new TurnColourScheme());
 117     }
 118     else if (evt.getSource() == buried)
 119     {
 120       pdbcanvas.setColours(new BuriedColourScheme());
 121     }
 122     else if (evt.getSource() == user)
 123     {
 124       pdbcanvas.bysequence = false;
 125       new jalview.appletgui.UserDefinedColours(pdbcanvas);
 126     }
 127
 128     pdbcanvas.redrawneeded = true;
 129     pdbcanvas.repaint();
 130
 131   }
 132
 133   public void itemStateChanged(ItemEvent evt)
 134   {
 135     if (evt.getSource() == allchains)
 136     {
 137       pdbcanvas.setAllchainsVisible(allchains.getState());
 138     }
 139     else if (evt.getSource() == wire)
 140     {
 141           pdbcanvas.wire = !pdbcanvas.wire;
 142     }
 143     else if (evt.getSource() == depth)
 144     {
 145       pdbcanvas.depthcue = !pdbcanvas.depthcue;
 146     }
 147     else if (evt.getSource() == zbuffer)
 148     {
 149       pdbcanvas.zbuffer = !pdbcanvas.zbuffer;
 150     }
 151     pdbcanvas.redrawneeded = true;
 152     pdbcanvas.repaint();
 153   }
 154
 155   private void jbInit()
 156       throws Exception
 157   {
 158     setMenuBar(jMenuBar1);
 159     fileMenu.setLabel("File");
 160     coloursMenu.setLabel("Colours");
 161     mapping.setLabel("View Mapping");
 162     mapping.addActionListener(this);
 163     wire.setLabel("Wireframe");
 164     wire.addItemListener(this);
 165     depth.setState(true);
 166     depth.setLabel("Depthcue");
 167     depth.addItemListener(this);
 168     zbuffer.setState(true);
 169     zbuffer.setLabel("Z Buffering");
 170     zbuffer.addItemListener(this);
 171     charge.setLabel("Charge & Cysteine");
 172     charge.addActionListener(this);
 173     hydro.setLabel("Hydrophobicity");
 174     hydro.addActionListener(this);
 175     chain.setLabel("By Chain");
 176     chain.addActionListener(this);
 177     seqButton.setLabel("By Sequence");
 178     seqButton.addActionListener(this);
 179     allchains.setLabel("All Chains Visible");
 180     allchains.addItemListener(this);
 181     viewMenu.setLabel("View");
 182     zappo.setLabel("Zappo");
 183     zappo.addActionListener(this);
 184     taylor.setLabel("Taylor");
 185     taylor.addActionListener(this);
 186     helix.setLabel("Helix Propensity");
 187     helix.addActionListener(this);
 188     strand.setLabel("Strand Propensity");
 189     strand.addActionListener(this);
 190     turn.setLabel("Turn Propensity");
 191     turn.addActionListener(this);
 192     buried.setLabel("Buried Index");
 193     buried.addActionListener(this);
 194     user.setLabel("User Defined...");
 195     user.addActionListener(this);
 196     jMenuBar1.add(fileMenu);
 197     jMenuBar1.add(coloursMenu);
 198     jMenuBar1.add(viewMenu);
 199     fileMenu.add(mapping); ;
 200
 201     coloursMenu.add(seqButton);
 202     coloursMenu.add(chain);
 203     coloursMenu.add(charge);
 204     coloursMenu.add(zappo);
 205     coloursMenu.add(taylor);
 206     coloursMenu.add(hydro);
 207     coloursMenu.add(helix);
 208     coloursMenu.add(strand);
 209     coloursMenu.add(turn);
 210     coloursMenu.add(buried);
 211     coloursMenu.add(user);
 212     viewMenu.add(wire);
 213     viewMenu.add(depth);
 214     viewMenu.add(zbuffer);
 215     viewMenu.add(allchains);
 216     allchains.setState(true);
 217   }
 218
 219   MenuBar jMenuBar1 = new MenuBar();
 220   Menu fileMenu = new Menu();
 221   Menu coloursMenu = new Menu();
 222   MenuItem mapping = new MenuItem();
 223   CheckboxGroup bg = new CheckboxGroup();
 224   CheckboxMenuItem wire = new CheckboxMenuItem();
 225   CheckboxMenuItem depth = new CheckboxMenuItem();
 226   CheckboxMenuItem zbuffer = new CheckboxMenuItem();
 227
 228   MenuItem charge = new MenuItem();
 229   MenuItem hydro = new MenuItem();
 230   MenuItem chain = new MenuItem();
 231   MenuItem seqButton = new MenuItem();
 232
 233   CheckboxMenuItem allchains = new CheckboxMenuItem();
 234   Menu viewMenu = new Menu();
 235   MenuItem turn = new MenuItem();
 236   MenuItem strand = new MenuItem();
 237   MenuItem helix = new MenuItem();
 238   MenuItem taylor = new MenuItem();
 239   MenuItem zappo = new MenuItem();
 240   MenuItem buried = new MenuItem();
 241   MenuItem user = new MenuItem();
 242
 243
 244 //End StructureListener
 245 ////////////////////////////
 246
 247
 248 }