src/MCview/AppletPDBViewer.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2007 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package MCview;\r
  20 \r
  21 import java.awt.*;\r
  22 import java.awt.event.*;\r
  23 \r
  24 import jalview.appletgui.*;\r
  25 import jalview.datamodel.*;\r
  26 import jalview.schemes.*;\r
  27 \r
  28 \r
  29 public class AppletPDBViewer\r
  30     extends Frame implements ActionListener, ItemListener\r
  31 {\r
  32   AppletPDBCanvas pdbcanvas;\r
  33 \r
  34   public AppletPDBViewer(PDBEntry pdbentry,\r
  35                          SequenceI[] seq,\r
  36                          AlignmentPanel ap,\r
  37                          String protocol)\r
  38   {\r
  39     try\r
  40     {\r
  41       jbInit();\r
  42     }\r
  43     catch (Exception ex)\r
  44     {\r
  45       ex.printStackTrace();\r
  46     }\r
  47 \r
  48     pdbcanvas = new AppletPDBCanvas(pdbentry, seq, ap, protocol);\r
  49 \r
  50 \r
  51     add(pdbcanvas, BorderLayout.CENTER);\r
  52 \r
  53     System.out.println(seq[0].getName()+" ASFA");\r
  54 \r
  55     StringBuffer title = new StringBuffer(seq[0].getName()\r
  56                                           + ":"\r
  57                                           + pdbcanvas.pdbentry.getFile());\r
  58 \r
  59     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(this, title.toString(), 400, 400);\r
  60 \r
  61   }\r
  62 \r
  63 \r
  64 \r
  65   public void actionPerformed(ActionEvent evt)\r
  66   {\r
  67     if (evt.getSource() == mapping)\r
  68     {\r
  69       jalview.appletgui.CutAndPasteTransfer cap\r
  70           = new jalview.appletgui.CutAndPasteTransfer(false, null);\r
  71       Frame frame = new Frame();\r
  72       frame.add(cap);\r
  73       jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "PDB - Sequence Mapping", 500,\r
  74                                        600);\r
  75       cap.setText(pdbcanvas.mappingDetails.toString());\r
  76 \r
  77     }\r
  78     else if (evt.getSource() == charge)\r
  79     {\r
  80       pdbcanvas.bysequence = false;\r
  81       pdbcanvas.pdb.setChargeColours();\r
  82     }\r
  83 \r
  84     else if (evt.getSource() == chain)\r
  85     {\r
  86       pdbcanvas.bysequence = false;\r
  87       pdbcanvas.pdb.setChainColours();\r
  88     }\r
  89     else if (evt.getSource() == seqButton)\r
  90     {\r
  91       pdbcanvas.bysequence = true;\r
  92       pdbcanvas.colourBySequence(pdbcanvas.ap.getSequenceRenderer(),\r
  93                                  pdbcanvas.ap.av.getShowSequenceFeatures() ?\r
  94                                  pdbcanvas.ap.getFeatureRenderer() : null);\r
  95 \r
  96     }\r
  97     else if (evt.getSource() == zappo)\r
  98     {\r
  99       pdbcanvas.setColours(new ZappoColourScheme());\r
 100     }\r
 101     else if (evt.getSource() == taylor)\r
 102     {\r
 103       pdbcanvas.setColours(new TaylorColourScheme());\r
 104     }\r
 105     else if (evt.getSource() == hydro)\r
 106     {\r
 107       pdbcanvas.setColours(new HydrophobicColourScheme());\r
 108     }\r
 109     else if (evt.getSource() == helix)\r
 110     {\r
 111       pdbcanvas.setColours(new HelixColourScheme());\r
 112     }\r
 113     else if (evt.getSource() == strand)\r
 114     {\r
 115       pdbcanvas.setColours(new StrandColourScheme());\r
 116     }\r
 117     else if (evt.getSource() == turn)\r
 118     {\r
 119       pdbcanvas.setColours(new TurnColourScheme());\r
 120     }\r
 121     else if (evt.getSource() == buried)\r
 122     {\r
 123       pdbcanvas.setColours(new BuriedColourScheme());\r
 124     }\r
 125     else if (evt.getSource() == user)\r
 126     {\r
 127       pdbcanvas.bysequence = false;\r
 128       new jalview.appletgui.UserDefinedColours(pdbcanvas);\r
 129     }\r
 130 \r
 131     pdbcanvas.redrawneeded = true;\r
 132     pdbcanvas.repaint();\r
 133 \r
 134   }\r
 135 \r
 136   public void itemStateChanged(ItemEvent evt)\r
 137   {\r
 138     if (evt.getSource() == allchains)\r
 139     {\r
 140       pdbcanvas.setAllchainsVisible(allchains.getState());\r
 141     }\r
 142     else if (evt.getSource() == wire)\r
 143     {\r
 144           pdbcanvas.wire = !pdbcanvas.wire;\r
 145     }\r
 146     else if (evt.getSource() == depth)\r
 147     {\r
 148       pdbcanvas.depthcue = !pdbcanvas.depthcue;\r
 149     }\r
 150     else if (evt.getSource() == zbuffer)\r
 151     {\r
 152       pdbcanvas.zbuffer = !pdbcanvas.zbuffer;\r
 153     }\r
 154     pdbcanvas.redrawneeded = true;\r
 155     pdbcanvas.repaint();\r
 156   }\r
 157 \r
 158   private void jbInit()\r
 159       throws Exception\r
 160   {\r
 161     setMenuBar(jMenuBar1);\r
 162     fileMenu.setLabel("File");\r
 163     coloursMenu.setLabel("Colours");\r
 164     mapping.setLabel("View Mapping");\r
 165     mapping.addActionListener(this);\r
 166     wire.setLabel("Wireframe");\r
 167     wire.addItemListener(this);\r
 168     depth.setState(true);\r
 169     depth.setLabel("Depthcue");\r
 170     depth.addItemListener(this);\r
 171     zbuffer.setState(true);\r
 172     zbuffer.setLabel("Z Buffering");\r
 173     zbuffer.addItemListener(this);\r
 174     charge.setLabel("Charge & Cysteine");\r
 175     charge.addActionListener(this);\r
 176     hydro.setLabel("Hydrophobicity");\r
 177     hydro.addActionListener(this);\r
 178     chain.setLabel("By Chain");\r
 179     chain.addActionListener(this);\r
 180     seqButton.setLabel("By Sequence");\r
 181     seqButton.addActionListener(this);\r
 182     allchains.setLabel("All Chains Visible");\r
 183     allchains.addItemListener(this);\r
 184     viewMenu.setLabel("View");\r
 185     zappo.setLabel("Zappo");\r
 186     zappo.addActionListener(this);\r
 187     taylor.setLabel("Taylor");\r
 188     taylor.addActionListener(this);\r
 189     helix.setLabel("Helix Propensity");\r
 190     helix.addActionListener(this);\r
 191     strand.setLabel("Strand Propensity");\r
 192     strand.addActionListener(this);\r
 193     turn.setLabel("Turn Propensity");\r
 194     turn.addActionListener(this);\r
 195     buried.setLabel("Buried Index");\r
 196     buried.addActionListener(this);\r
 197     user.setLabel("User Defined...");\r
 198     user.addActionListener(this);\r
 199     jMenuBar1.add(fileMenu);\r
 200     jMenuBar1.add(coloursMenu);\r
 201     jMenuBar1.add(viewMenu);\r
 202     fileMenu.add(mapping); ;\r
 203 \r
 204     coloursMenu.add(seqButton);\r
 205     coloursMenu.add(chain);\r
 206     coloursMenu.add(charge);\r
 207     coloursMenu.add(zappo);\r
 208     coloursMenu.add(taylor);\r
 209     coloursMenu.add(hydro);\r
 210     coloursMenu.add(helix);\r
 211     coloursMenu.add(strand);\r
 212     coloursMenu.add(turn);\r
 213     coloursMenu.add(buried);\r
 214     coloursMenu.add(user);\r
 215     viewMenu.add(wire);\r
 216     viewMenu.add(depth);\r
 217     viewMenu.add(zbuffer);\r
 218     viewMenu.add(allchains);\r
 219     allchains.setState(true);\r
 220   }\r
 221 \r
 222   MenuBar jMenuBar1 = new MenuBar();\r
 223   Menu fileMenu = new Menu();\r
 224   Menu coloursMenu = new Menu();\r
 225   MenuItem mapping = new MenuItem();\r
 226   CheckboxGroup bg = new CheckboxGroup();\r
 227   CheckboxMenuItem wire = new CheckboxMenuItem();\r
 228   CheckboxMenuItem depth = new CheckboxMenuItem();\r
 229   CheckboxMenuItem zbuffer = new CheckboxMenuItem();\r
 230 \r
 231   MenuItem charge = new MenuItem();\r
 232   MenuItem hydro = new MenuItem();\r
 233   MenuItem chain = new MenuItem();\r
 234   MenuItem seqButton = new MenuItem();\r
 235 \r
 236   CheckboxMenuItem allchains = new CheckboxMenuItem();\r
 237   Menu viewMenu = new Menu();\r
 238   MenuItem turn = new MenuItem();\r
 239   MenuItem strand = new MenuItem();\r
 240   MenuItem helix = new MenuItem();\r
 241   MenuItem taylor = new MenuItem();\r
 242   MenuItem zappo = new MenuItem();\r
 243   MenuItem buried = new MenuItem();\r
 244   MenuItem user = new MenuItem();\r
 245 \r
 246 \r
 247 //End StructureListener\r
 248 ////////////////////////////\r
 249 \r
 250 \r
 251 }\r