src/MCview/AppletPDBViewer.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2007 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package MCview;\r
  20 \r
  21 import java.awt.*;\r
  22 import java.awt.event.*;\r
  23 \r
  24 import jalview.appletgui.*;\r
  25 import jalview.datamodel.*;\r
  26 import jalview.schemes.*;\r
  27 import jalview.structure.StructureListener;\r
  28 import jalview.structure.*;\r
  29 \r
  30 public class AppletPDBViewer\r
  31     extends Frame implements ActionListener, ItemListener\r
  32 {\r
  33   AppletPDBCanvas pdbcanvas;\r
  34 \r
  35   public AppletPDBViewer(PDBEntry pdbentry,\r
  36                          SequenceI[] seq,\r
  37                          AlignmentPanel ap,\r
  38                          String protocol)\r
  39   {\r
  40     try\r
  41     {\r
  42       jbInit();\r
  43     }\r
  44     catch (Exception ex)\r
  45     {\r
  46       ex.printStackTrace();\r
  47     }\r
  48 \r
  49     pdbcanvas = new AppletPDBCanvas(pdbentry, seq, ap, protocol);\r
  50 \r
  51 \r
  52     add(pdbcanvas, BorderLayout.CENTER);\r
  53 \r
  54     StringBuffer title = new StringBuffer(seq[0].getName()\r
  55                                           + ":"\r
  56                                           + pdbcanvas.pdbentry.getFile());\r
  57 \r
  58     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(this, title.toString(), 400, 400);\r
  59 \r
  60   }\r
  61 \r
  62 \r
  63 \r
  64   public void actionPerformed(ActionEvent evt)\r
  65   {\r
  66     if (evt.getSource() == mapping)\r
  67     {\r
  68       jalview.appletgui.CutAndPasteTransfer cap\r
  69           = new jalview.appletgui.CutAndPasteTransfer(false, null);\r
  70       Frame frame = new Frame();\r
  71       frame.add(cap);\r
  72       jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "PDB - Sequence Mapping", 500,\r
  73                                        600);\r
  74       cap.setText(pdbcanvas.mappingDetails.toString());\r
  75 \r
  76     }\r
  77     else if (evt.getSource() == charge)\r
  78     {\r
  79       pdbcanvas.bysequence = false;\r
  80       pdbcanvas.pdb.setChargeColours();\r
  81     }\r
  82 \r
  83     else if (evt.getSource() == chain)\r
  84     {\r
  85       pdbcanvas.bysequence = false;\r
  86       pdbcanvas.pdb.setChainColours();\r
  87     }\r
  88     else if (evt.getSource() == seqButton)\r
  89     {\r
  90       pdbcanvas.bysequence = true;\r
  91       pdbcanvas.colourBySequence(pdbcanvas.ap.getSequenceRenderer(),\r
  92                                  pdbcanvas.ap.av.getShowSequenceFeatures() ?\r
  93                                  pdbcanvas.ap.getFeatureRenderer() : null);\r
  94 \r
  95     }\r
  96     else if (evt.getSource() == zappo)\r
  97     {\r
  98       pdbcanvas.setColours(new ZappoColourScheme());\r
  99     }\r
 100     else if (evt.getSource() == taylor)\r
 101     {\r
 102       pdbcanvas.setColours(new TaylorColourScheme());\r
 103     }\r
 104     else if (evt.getSource() == hydro)\r
 105     {\r
 106       pdbcanvas.setColours(new HydrophobicColourScheme());\r
 107     }\r
 108     else if (evt.getSource() == helix)\r
 109     {\r
 110       pdbcanvas.setColours(new HelixColourScheme());\r
 111     }\r
 112     else if (evt.getSource() == strand)\r
 113     {\r
 114       pdbcanvas.setColours(new StrandColourScheme());\r
 115     }\r
 116     else if (evt.getSource() == turn)\r
 117     {\r
 118       pdbcanvas.setColours(new TurnColourScheme());\r
 119     }\r
 120     else if (evt.getSource() == buried)\r
 121     {\r
 122       pdbcanvas.setColours(new BuriedColourScheme());\r
 123     }\r
 124     else if (evt.getSource() == user)\r
 125     {\r
 126       pdbcanvas.bysequence = false;\r
 127       new jalview.appletgui.UserDefinedColours(pdbcanvas);\r
 128     }\r
 129 \r
 130     pdbcanvas.redrawneeded = true;\r
 131     pdbcanvas.repaint();\r
 132 \r
 133   }\r
 134 \r
 135   public void itemStateChanged(ItemEvent evt)\r
 136   {\r
 137     if (evt.getSource() == allchains)\r
 138     {\r
 139       pdbcanvas.setAllchainsVisible(allchains.getState());\r
 140     }\r
 141     else if (evt.getSource() == wire)\r
 142     {\r
 143           pdbcanvas.wire = !pdbcanvas.wire;\r
 144     }\r
 145     else if (evt.getSource() == depth)\r
 146     {\r
 147       pdbcanvas.depthcue = !pdbcanvas.depthcue;\r
 148     }\r
 149     else if (evt.getSource() == zbuffer)\r
 150     {\r
 151       pdbcanvas.zbuffer = !pdbcanvas.zbuffer;\r
 152     }\r
 153     pdbcanvas.redrawneeded = true;\r
 154     pdbcanvas.repaint();\r
 155   }\r
 156 \r
 157   private void jbInit()\r
 158       throws Exception\r
 159   {\r
 160     setMenuBar(jMenuBar1);\r
 161     fileMenu.setLabel("File");\r
 162     coloursMenu.setLabel("Colours");\r
 163     mapping.setLabel("View Mapping");\r
 164     mapping.addActionListener(this);\r
 165     wire.setLabel("Wireframe");\r
 166     wire.addItemListener(this);\r
 167     depth.setState(true);\r
 168     depth.setLabel("Depthcue");\r
 169     depth.addItemListener(this);\r
 170     zbuffer.setState(true);\r
 171     zbuffer.setLabel("Z Buffering");\r
 172     zbuffer.addItemListener(this);\r
 173     charge.setLabel("Charge & Cysteine");\r
 174     charge.addActionListener(this);\r
 175     hydro.setLabel("Hydrophobicity");\r
 176     hydro.addActionListener(this);\r
 177     chain.setLabel("By Chain");\r
 178     chain.addActionListener(this);\r
 179     seqButton.setLabel("By Sequence");\r
 180     seqButton.addActionListener(this);\r
 181     allchains.setLabel("All Chains Visible");\r
 182     allchains.addItemListener(this);\r
 183     viewMenu.setLabel("View");\r
 184     zappo.setLabel("Zappo");\r
 185     zappo.addActionListener(this);\r
 186     taylor.setLabel("Taylor");\r
 187     taylor.addActionListener(this);\r
 188     helix.setLabel("Helix Propensity");\r
 189     helix.addActionListener(this);\r
 190     strand.setLabel("Strand Propensity");\r
 191     strand.addActionListener(this);\r
 192     turn.setLabel("Turn Propensity");\r
 193     turn.addActionListener(this);\r
 194     buried.setLabel("Buried Index");\r
 195     buried.addActionListener(this);\r
 196     user.setLabel("User Defined...");\r
 197     user.addActionListener(this);\r
 198     jMenuBar1.add(fileMenu);\r
 199     jMenuBar1.add(coloursMenu);\r
 200     jMenuBar1.add(viewMenu);\r
 201     fileMenu.add(mapping); ;\r
 202 \r
 203     coloursMenu.add(seqButton);\r
 204     coloursMenu.add(chain);\r
 205     coloursMenu.add(charge);\r
 206     coloursMenu.add(zappo);\r
 207     coloursMenu.add(taylor);\r
 208     coloursMenu.add(hydro);\r
 209     coloursMenu.add(helix);\r
 210     coloursMenu.add(strand);\r
 211     coloursMenu.add(turn);\r
 212     coloursMenu.add(buried);\r
 213     coloursMenu.add(user);\r
 214     viewMenu.add(wire);\r
 215     viewMenu.add(depth);\r
 216     viewMenu.add(zbuffer);\r
 217     viewMenu.add(allchains);\r
 218     allchains.setState(true);\r
 219   }\r
 220 \r
 221   MenuBar jMenuBar1 = new MenuBar();\r
 222   Menu fileMenu = new Menu();\r
 223   Menu coloursMenu = new Menu();\r
 224   MenuItem mapping = new MenuItem();\r
 225   CheckboxGroup bg = new CheckboxGroup();\r
 226   CheckboxMenuItem wire = new CheckboxMenuItem();\r
 227   CheckboxMenuItem depth = new CheckboxMenuItem();\r
 228   CheckboxMenuItem zbuffer = new CheckboxMenuItem();\r
 229 \r
 230   MenuItem charge = new MenuItem();\r
 231   MenuItem hydro = new MenuItem();\r
 232   MenuItem chain = new MenuItem();\r
 233   MenuItem seqButton = new MenuItem();\r
 234 \r
 235   CheckboxMenuItem allchains = new CheckboxMenuItem();\r
 236   Menu viewMenu = new Menu();\r
 237   MenuItem turn = new MenuItem();\r
 238   MenuItem strand = new MenuItem();\r
 239   MenuItem helix = new MenuItem();\r
 240   MenuItem taylor = new MenuItem();\r
 241   MenuItem zappo = new MenuItem();\r
 242   MenuItem buried = new MenuItem();\r
 243   MenuItem user = new MenuItem();\r
 244 \r
 245 \r
 246 //End StructureListener\r
 247 ////////////////////////////\r
 248 \r
 249 \r
 250 }\r