src/MCview/AppletPDBViewer.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2007 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package MCview;\r
  20 \r
  21 import java.awt.*;\r
  22 import java.awt.event.*;\r
  23 \r
  24 import jalview.appletgui.*;\r
  25 import jalview.datamodel.*;\r
  26 import jalview.schemes.*;\r
  27 \r
  28 \r
  29 public class AppletPDBViewer\r
  30     extends Frame implements ActionListener, ItemListener\r
  31 {\r
  32   AppletPDBCanvas pdbcanvas;\r
  33 \r
  34   public AppletPDBViewer(PDBEntry pdbentry,\r
  35                          SequenceI[] seq,\r
  36                          AlignmentPanel ap,\r
  37                          String protocol)\r
  38   {\r
  39     try\r
  40     {\r
  41       jbInit();\r
  42     }\r
  43     catch (Exception ex)\r
  44     {\r
  45       ex.printStackTrace();\r
  46     }\r
  47 \r
  48     pdbcanvas = new AppletPDBCanvas(pdbentry, seq, ap, protocol);\r
  49 \r
  50 \r
  51     add(pdbcanvas, BorderLayout.CENTER);\r
  52 \r
  53     StringBuffer title = new StringBuffer(seq[0].getName()\r
  54                                           + ":"\r
  55                                           + pdbcanvas.pdbentry.getFile());\r
  56 \r
  57     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(this, title.toString(), 400, 400);\r
  58 \r
  59   }\r
  60 \r
  61 \r
  62 \r
  63   public void actionPerformed(ActionEvent evt)\r
  64   {\r
  65     if (evt.getSource() == mapping)\r
  66     {\r
  67       jalview.appletgui.CutAndPasteTransfer cap\r
  68           = new jalview.appletgui.CutAndPasteTransfer(false, null);\r
  69       Frame frame = new Frame();\r
  70       frame.add(cap);\r
  71       jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "PDB - Sequence Mapping", 500,\r
  72                                        600);\r
  73       cap.setText(pdbcanvas.mappingDetails.toString());\r
  74 \r
  75     }\r
  76     else if (evt.getSource() == charge)\r
  77     {\r
  78       pdbcanvas.bysequence = false;\r
  79       pdbcanvas.pdb.setChargeColours();\r
  80     }\r
  81 \r
  82     else if (evt.getSource() == chain)\r
  83     {\r
  84       pdbcanvas.bysequence = false;\r
  85       pdbcanvas.pdb.setChainColours();\r
  86     }\r
  87     else if (evt.getSource() == seqButton)\r
  88     {\r
  89       pdbcanvas.bysequence = true;\r
  90       pdbcanvas.colourBySequence(pdbcanvas.ap.getSequenceRenderer(),\r
  91                                  pdbcanvas.ap.av.getShowSequenceFeatures() ?\r
  92                                  pdbcanvas.ap.getFeatureRenderer() : null);\r
  93 \r
  94     }\r
  95     else if (evt.getSource() == zappo)\r
  96     {\r
  97       pdbcanvas.setColours(new ZappoColourScheme());\r
  98     }\r
  99     else if (evt.getSource() == taylor)\r
 100     {\r
 101       pdbcanvas.setColours(new TaylorColourScheme());\r
 102     }\r
 103     else if (evt.getSource() == hydro)\r
 104     {\r
 105       pdbcanvas.setColours(new HydrophobicColourScheme());\r
 106     }\r
 107     else if (evt.getSource() == helix)\r
 108     {\r
 109       pdbcanvas.setColours(new HelixColourScheme());\r
 110     }\r
 111     else if (evt.getSource() == strand)\r
 112     {\r
 113       pdbcanvas.setColours(new StrandColourScheme());\r
 114     }\r
 115     else if (evt.getSource() == turn)\r
 116     {\r
 117       pdbcanvas.setColours(new TurnColourScheme());\r
 118     }\r
 119     else if (evt.getSource() == buried)\r
 120     {\r
 121       pdbcanvas.setColours(new BuriedColourScheme());\r
 122     }\r
 123     else if (evt.getSource() == user)\r
 124     {\r
 125       pdbcanvas.bysequence = false;\r
 126       new jalview.appletgui.UserDefinedColours(pdbcanvas);\r
 127     }\r
 128 \r
 129     pdbcanvas.redrawneeded = true;\r
 130     pdbcanvas.repaint();\r
 131 \r
 132   }\r
 133 \r
 134   public void itemStateChanged(ItemEvent evt)\r
 135   {\r
 136     if (evt.getSource() == allchains)\r
 137     {\r
 138       pdbcanvas.setAllchainsVisible(allchains.getState());\r
 139     }\r
 140     else if (evt.getSource() == wire)\r
 141     {\r
 142           pdbcanvas.wire = !pdbcanvas.wire;\r
 143     }\r
 144     else if (evt.getSource() == depth)\r
 145     {\r
 146       pdbcanvas.depthcue = !pdbcanvas.depthcue;\r
 147     }\r
 148     else if (evt.getSource() == zbuffer)\r
 149     {\r
 150       pdbcanvas.zbuffer = !pdbcanvas.zbuffer;\r
 151     }\r
 152     pdbcanvas.redrawneeded = true;\r
 153     pdbcanvas.repaint();\r
 154   }\r
 155 \r
 156   private void jbInit()\r
 157       throws Exception\r
 158   {\r
 159     setMenuBar(jMenuBar1);\r
 160     fileMenu.setLabel("File");\r
 161     coloursMenu.setLabel("Colours");\r
 162     mapping.setLabel("View Mapping");\r
 163     mapping.addActionListener(this);\r
 164     wire.setLabel("Wireframe");\r
 165     wire.addItemListener(this);\r
 166     depth.setState(true);\r
 167     depth.setLabel("Depthcue");\r
 168     depth.addItemListener(this);\r
 169     zbuffer.setState(true);\r
 170     zbuffer.setLabel("Z Buffering");\r
 171     zbuffer.addItemListener(this);\r
 172     charge.setLabel("Charge & Cysteine");\r
 173     charge.addActionListener(this);\r
 174     hydro.setLabel("Hydrophobicity");\r
 175     hydro.addActionListener(this);\r
 176     chain.setLabel("By Chain");\r
 177     chain.addActionListener(this);\r
 178     seqButton.setLabel("By Sequence");\r
 179     seqButton.addActionListener(this);\r
 180     allchains.setLabel("All Chains Visible");\r
 181     allchains.addItemListener(this);\r
 182     viewMenu.setLabel("View");\r
 183     zappo.setLabel("Zappo");\r
 184     zappo.addActionListener(this);\r
 185     taylor.setLabel("Taylor");\r
 186     taylor.addActionListener(this);\r
 187     helix.setLabel("Helix Propensity");\r
 188     helix.addActionListener(this);\r
 189     strand.setLabel("Strand Propensity");\r
 190     strand.addActionListener(this);\r
 191     turn.setLabel("Turn Propensity");\r
 192     turn.addActionListener(this);\r
 193     buried.setLabel("Buried Index");\r
 194     buried.addActionListener(this);\r
 195     user.setLabel("User Defined...");\r
 196     user.addActionListener(this);\r
 197     jMenuBar1.add(fileMenu);\r
 198     jMenuBar1.add(coloursMenu);\r
 199     jMenuBar1.add(viewMenu);\r
 200     fileMenu.add(mapping); ;\r
 201 \r
 202     coloursMenu.add(seqButton);\r
 203     coloursMenu.add(chain);\r
 204     coloursMenu.add(charge);\r
 205     coloursMenu.add(zappo);\r
 206     coloursMenu.add(taylor);\r
 207     coloursMenu.add(hydro);\r
 208     coloursMenu.add(helix);\r
 209     coloursMenu.add(strand);\r
 210     coloursMenu.add(turn);\r
 211     coloursMenu.add(buried);\r
 212     coloursMenu.add(user);\r
 213     viewMenu.add(wire);\r
 214     viewMenu.add(depth);\r
 215     viewMenu.add(zbuffer);\r
 216     viewMenu.add(allchains);\r
 217     allchains.setState(true);\r
 218   }\r
 219 \r
 220   MenuBar jMenuBar1 = new MenuBar();\r
 221   Menu fileMenu = new Menu();\r
 222   Menu coloursMenu = new Menu();\r
 223   MenuItem mapping = new MenuItem();\r
 224   CheckboxGroup bg = new CheckboxGroup();\r
 225   CheckboxMenuItem wire = new CheckboxMenuItem();\r
 226   CheckboxMenuItem depth = new CheckboxMenuItem();\r
 227   CheckboxMenuItem zbuffer = new CheckboxMenuItem();\r
 228 \r
 229   MenuItem charge = new MenuItem();\r
 230   MenuItem hydro = new MenuItem();\r
 231   MenuItem chain = new MenuItem();\r
 232   MenuItem seqButton = new MenuItem();\r
 233 \r
 234   CheckboxMenuItem allchains = new CheckboxMenuItem();\r
 235   Menu viewMenu = new Menu();\r
 236   MenuItem turn = new MenuItem();\r
 237   MenuItem strand = new MenuItem();\r
 238   MenuItem helix = new MenuItem();\r
 239   MenuItem taylor = new MenuItem();\r
 240   MenuItem zappo = new MenuItem();\r
 241   MenuItem buried = new MenuItem();\r
 242   MenuItem user = new MenuItem();\r
 243 \r
 244 \r
 245 //End StructureListener\r
 246 ////////////////////////////\r
 247 \r
 248 \r
 249 }\r