src/MCview/AppletPDBViewer.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2007 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package MCview;\r
  20 \r
  21 import java.awt.*;\r
  22 import java.awt.event.*;\r
  23 \r
  24 import jalview.appletgui.*;\r
  25 import jalview.datamodel.*;\r
  26 import jalview.schemes.*;\r
  27 \r
  28 \r
  29 public class AppletPDBViewer\r
  30     extends Frame implements ActionListener, ItemListener\r
  31 {\r
  32   AppletPDBCanvas pdbcanvas;\r
  33 \r
  34   public AppletPDBViewer(PDBEntry pdbentry,\r
  35                          SequenceI[] seq,\r
  36                          String [] chains,\r
  37                          AlignmentPanel ap,\r
  38                          String protocol)\r
  39   {\r
  40     try\r
  41     {\r
  42       jbInit();\r
  43     }\r
  44     catch (Exception ex)\r
  45     {\r
  46       ex.printStackTrace();\r
  47     }\r
  48 \r
  49     pdbcanvas = new AppletPDBCanvas(pdbentry, seq, chains, ap, protocol);\r
  50 \r
  51 \r
  52     add(pdbcanvas, BorderLayout.CENTER);\r
  53 \r
  54     StringBuffer title = new StringBuffer(seq[0].getName()\r
  55                                           + ":"\r
  56                                           + pdbcanvas.pdbentry.getFile());\r
  57 \r
  58     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(this, title.toString(), 400, 400);\r
  59 \r
  60   }\r
  61 \r
  62 \r
  63 \r
  64   public void actionPerformed(ActionEvent evt)\r
  65   {\r
  66     if (evt.getSource() == mapping)\r
  67     {\r
  68       jalview.appletgui.CutAndPasteTransfer cap\r
  69           = new jalview.appletgui.CutAndPasteTransfer(false, null);\r
  70       Frame frame = new Frame();\r
  71       frame.add(cap);\r
  72       jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "PDB - Sequence Mapping", 500,\r
  73                                        600);\r
  74       cap.setText(pdbcanvas.mappingDetails.toString());\r
  75 \r
  76     }\r
  77     else if (evt.getSource() == charge)\r
  78     {\r
  79       pdbcanvas.bysequence = false;\r
  80       pdbcanvas.pdb.setChargeColours();\r
  81     }\r
  82 \r
  83     else if (evt.getSource() == chain)\r
  84     {\r
  85       pdbcanvas.bysequence = false;\r
  86       pdbcanvas.pdb.setChainColours();\r
  87     }\r
  88     else if (evt.getSource() == seqButton)\r
  89     {\r
  90       pdbcanvas.bysequence = true;\r
  91       pdbcanvas.colourBySequence();\r
  92 \r
  93     }\r
  94     else if (evt.getSource() == zappo)\r
  95     {\r
  96       pdbcanvas.setColours(new ZappoColourScheme());\r
  97     }\r
  98     else if (evt.getSource() == taylor)\r
  99     {\r
 100       pdbcanvas.setColours(new TaylorColourScheme());\r
 101     }\r
 102     else if (evt.getSource() == hydro)\r
 103     {\r
 104       pdbcanvas.setColours(new HydrophobicColourScheme());\r
 105     }\r
 106     else if (evt.getSource() == helix)\r
 107     {\r
 108       pdbcanvas.setColours(new HelixColourScheme());\r
 109     }\r
 110     else if (evt.getSource() == strand)\r
 111     {\r
 112       pdbcanvas.setColours(new StrandColourScheme());\r
 113     }\r
 114     else if (evt.getSource() == turn)\r
 115     {\r
 116       pdbcanvas.setColours(new TurnColourScheme());\r
 117     }\r
 118     else if (evt.getSource() == buried)\r
 119     {\r
 120       pdbcanvas.setColours(new BuriedColourScheme());\r
 121     }\r
 122     else if (evt.getSource() == user)\r
 123     {\r
 124       pdbcanvas.bysequence = false;\r
 125       new jalview.appletgui.UserDefinedColours(pdbcanvas);\r
 126     }\r
 127 \r
 128     pdbcanvas.redrawneeded = true;\r
 129     pdbcanvas.repaint();\r
 130 \r
 131   }\r
 132 \r
 133   public void itemStateChanged(ItemEvent evt)\r
 134   {\r
 135     if (evt.getSource() == allchains)\r
 136     {\r
 137       pdbcanvas.setAllchainsVisible(allchains.getState());\r
 138     }\r
 139     else if (evt.getSource() == wire)\r
 140     {\r
 141           pdbcanvas.wire = !pdbcanvas.wire;\r
 142     }\r
 143     else if (evt.getSource() == depth)\r
 144     {\r
 145       pdbcanvas.depthcue = !pdbcanvas.depthcue;\r
 146     }\r
 147     else if (evt.getSource() == zbuffer)\r
 148     {\r
 149       pdbcanvas.zbuffer = !pdbcanvas.zbuffer;\r
 150     }\r
 151     pdbcanvas.redrawneeded = true;\r
 152     pdbcanvas.repaint();\r
 153   }\r
 154 \r
 155   private void jbInit()\r
 156       throws Exception\r
 157   {\r
 158     setMenuBar(jMenuBar1);\r
 159     fileMenu.setLabel("File");\r
 160     coloursMenu.setLabel("Colours");\r
 161     mapping.setLabel("View Mapping");\r
 162     mapping.addActionListener(this);\r
 163     wire.setLabel("Wireframe");\r
 164     wire.addItemListener(this);\r
 165     depth.setState(true);\r
 166     depth.setLabel("Depthcue");\r
 167     depth.addItemListener(this);\r
 168     zbuffer.setState(true);\r
 169     zbuffer.setLabel("Z Buffering");\r
 170     zbuffer.addItemListener(this);\r
 171     charge.setLabel("Charge & Cysteine");\r
 172     charge.addActionListener(this);\r
 173     hydro.setLabel("Hydrophobicity");\r
 174     hydro.addActionListener(this);\r
 175     chain.setLabel("By Chain");\r
 176     chain.addActionListener(this);\r
 177     seqButton.setLabel("By Sequence");\r
 178     seqButton.addActionListener(this);\r
 179     allchains.setLabel("All Chains Visible");\r
 180     allchains.addItemListener(this);\r
 181     viewMenu.setLabel("View");\r
 182     zappo.setLabel("Zappo");\r
 183     zappo.addActionListener(this);\r
 184     taylor.setLabel("Taylor");\r
 185     taylor.addActionListener(this);\r
 186     helix.setLabel("Helix Propensity");\r
 187     helix.addActionListener(this);\r
 188     strand.setLabel("Strand Propensity");\r
 189     strand.addActionListener(this);\r
 190     turn.setLabel("Turn Propensity");\r
 191     turn.addActionListener(this);\r
 192     buried.setLabel("Buried Index");\r
 193     buried.addActionListener(this);\r
 194     user.setLabel("User Defined...");\r
 195     user.addActionListener(this);\r
 196     jMenuBar1.add(fileMenu);\r
 197     jMenuBar1.add(coloursMenu);\r
 198     jMenuBar1.add(viewMenu);\r
 199     fileMenu.add(mapping); ;\r
 200 \r
 201     coloursMenu.add(seqButton);\r
 202     coloursMenu.add(chain);\r
 203     coloursMenu.add(charge);\r
 204     coloursMenu.add(zappo);\r
 205     coloursMenu.add(taylor);\r
 206     coloursMenu.add(hydro);\r
 207     coloursMenu.add(helix);\r
 208     coloursMenu.add(strand);\r
 209     coloursMenu.add(turn);\r
 210     coloursMenu.add(buried);\r
 211     coloursMenu.add(user);\r
 212     viewMenu.add(wire);\r
 213     viewMenu.add(depth);\r
 214     viewMenu.add(zbuffer);\r
 215     viewMenu.add(allchains);\r
 216     allchains.setState(true);\r
 217   }\r
 218 \r
 219   MenuBar jMenuBar1 = new MenuBar();\r
 220   Menu fileMenu = new Menu();\r
 221   Menu coloursMenu = new Menu();\r
 222   MenuItem mapping = new MenuItem();\r
 223   CheckboxGroup bg = new CheckboxGroup();\r
 224   CheckboxMenuItem wire = new CheckboxMenuItem();\r
 225   CheckboxMenuItem depth = new CheckboxMenuItem();\r
 226   CheckboxMenuItem zbuffer = new CheckboxMenuItem();\r
 227 \r
 228   MenuItem charge = new MenuItem();\r
 229   MenuItem hydro = new MenuItem();\r
 230   MenuItem chain = new MenuItem();\r
 231   MenuItem seqButton = new MenuItem();\r
 232 \r
 233   CheckboxMenuItem allchains = new CheckboxMenuItem();\r
 234   Menu viewMenu = new Menu();\r
 235   MenuItem turn = new MenuItem();\r
 236   MenuItem strand = new MenuItem();\r
 237   MenuItem helix = new MenuItem();\r
 238   MenuItem taylor = new MenuItem();\r
 239   MenuItem zappo = new MenuItem();\r
 240   MenuItem buried = new MenuItem();\r
 241   MenuItem user = new MenuItem();\r
 242 \r
 243 \r
 244 //End StructureListener\r
 245 ////////////////////////////\r
 246 \r
 247 \r
 248 }\r