src/MCview/AppletPDBViewer.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2007 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package MCview;\r
  20 \r
  21 import java.awt.*;\r
  22 import java.awt.event.*;\r
  23 \r
  24 import jalview.appletgui.*;\r
  25 import jalview.datamodel.*;\r
  26 import jalview.schemes.*;\r
  27 \r
  28 public class AppletPDBViewer\r
  29     extends Frame implements ActionListener, ItemListener\r
  30 {\r
  31   AppletPDBCanvas pdbcanvas;\r
  32   public AppletPDBViewer(String pdbtext, String type,\r
  33                          Sequence seq,\r
  34                          SeqCanvas seqcanvas)\r
  35   {\r
  36 \r
  37     try\r
  38     {\r
  39       jbInit();\r
  40     }\r
  41     catch (Exception ex)\r
  42     {\r
  43       ex.printStackTrace();\r
  44     }\r
  45 \r
  46     pdbcanvas = new AppletPDBCanvas(seqcanvas, seq);\r
  47 \r
  48     add(pdbcanvas, BorderLayout.CENTER);\r
  49 \r
  50     StringBuffer title = new StringBuffer(seq.getName() + ":");\r
  51 \r
  52     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(this, title.toString(), 400, 400);\r
  53 \r
  54     try\r
  55     {\r
  56       PDBfile pdbfile = new PDBfile(pdbtext, type);\r
  57       pdbcanvas.setPDBFile(pdbfile);\r
  58     }\r
  59     catch (Exception ex)\r
  60     {\r
  61       ex.printStackTrace();\r
  62       pdbcanvas.errorLoading = true;\r
  63       pdbcanvas.repaint();\r
  64     }\r
  65   }\r
  66 \r
  67   public void actionPerformed(ActionEvent evt)\r
  68   {\r
  69     if (evt.getSource() == mapping)\r
  70     {\r
  71       mapping_actionPerformed();\r
  72     }\r
  73     else if (evt.getSource() == wire)\r
  74     {\r
  75       wire_actionPerformed();\r
  76     }\r
  77     else if (evt.getSource() == depth)\r
  78     {\r
  79       depth_actionPerformed();\r
  80     }\r
  81     else if (evt.getSource() == zbuffer)\r
  82     {\r
  83       zbuffer_actionPerformed();\r
  84     }\r
  85     else if (evt.getSource() == charge)\r
  86     {\r
  87       charge_actionPerformed();\r
  88     }\r
  89 \r
  90     else if (evt.getSource() == chain)\r
  91     {\r
  92       chain_actionPerformed();\r
  93     }\r
  94     else if (evt.getSource() == seqButton)\r
  95     {\r
  96       seqButton_actionPerformed();\r
  97     }\r
  98     else if (evt.getSource() == zappo)\r
  99     {\r
 100       pdbcanvas.setColours(new ZappoColourScheme());\r
 101     }\r
 102     else if (evt.getSource() == taylor)\r
 103     {\r
 104       pdbcanvas.setColours(new TaylorColourScheme());\r
 105     }\r
 106     else if (evt.getSource() == hydro)\r
 107     {\r
 108       pdbcanvas.setColours(new HydrophobicColourScheme());\r
 109     }\r
 110     else if (evt.getSource() == helix)\r
 111     {\r
 112       pdbcanvas.setColours(new HelixColourScheme());\r
 113     }\r
 114     else if (evt.getSource() == strand)\r
 115     {\r
 116       pdbcanvas.setColours(new StrandColourScheme());\r
 117     }\r
 118     else if (evt.getSource() == turn)\r
 119     {\r
 120       pdbcanvas.setColours(new TurnColourScheme());\r
 121     }\r
 122     else if (evt.getSource() == buried)\r
 123     {\r
 124       pdbcanvas.setColours(new BuriedColourScheme());\r
 125     }\r
 126     else if (evt.getSource() == user)\r
 127     {\r
 128       pdbcanvas.bysequence = false;\r
 129       new jalview.appletgui.UserDefinedColours(pdbcanvas);\r
 130     }\r
 131   }\r
 132 \r
 133   public void itemStateChanged(ItemEvent evt)\r
 134   {\r
 135     if (evt.getSource() == allchains)\r
 136     {\r
 137       allchains_itemStateChanged();\r
 138     }\r
 139     else if (evt.getSource() == wire)\r
 140     {\r
 141       wire_actionPerformed();\r
 142     }\r
 143     else if (evt.getSource() == depth)\r
 144     {\r
 145       depth_actionPerformed();\r
 146     }\r
 147     else if (evt.getSource() == zbuffer)\r
 148     {\r
 149       zbuffer_actionPerformed();\r
 150     }\r
 151   }\r
 152 \r
 153   private void jbInit()\r
 154       throws Exception\r
 155   {\r
 156     setMenuBar(jMenuBar1);\r
 157     fileMenu.setLabel("File");\r
 158     coloursMenu.setLabel("Colours");\r
 159     mapping.setLabel("View Mapping");\r
 160     mapping.addActionListener(this);\r
 161     wire.setLabel("Wireframe");\r
 162     wire.addItemListener(this);\r
 163     depth.setState(true);\r
 164     depth.setLabel("Depthcue");\r
 165     depth.addItemListener(this);\r
 166     zbuffer.setState(true);\r
 167     zbuffer.setLabel("Z Buffering");\r
 168     zbuffer.addItemListener(this);\r
 169     charge.setLabel("Charge & Cysteine");\r
 170     charge.addActionListener(this);\r
 171     hydro.setLabel("Hydrophobicity");\r
 172     hydro.addActionListener(this);\r
 173     chain.setLabel("By Chain");\r
 174     chain.addActionListener(this);\r
 175     seqButton.setLabel("By Sequence");\r
 176     seqButton.addActionListener(this);\r
 177     allchains.setLabel("All Chains Visible");\r
 178     allchains.addItemListener(this);\r
 179     viewMenu.setLabel("View");\r
 180     zappo.setLabel("Zappo");\r
 181     zappo.addActionListener(this);\r
 182     taylor.setLabel("Taylor");\r
 183     taylor.addActionListener(this);\r
 184     helix.setLabel("Helix Propensity");\r
 185     helix.addActionListener(this);\r
 186     strand.setLabel("Strand Propensity");\r
 187     strand.addActionListener(this);\r
 188     turn.setLabel("Turn Propensity");\r
 189     turn.addActionListener(this);\r
 190     buried.setLabel("Buried Index");\r
 191     buried.addActionListener(this);\r
 192     user.setLabel("User Defined...");\r
 193     user.addActionListener(this);\r
 194     jMenuBar1.add(fileMenu);\r
 195     jMenuBar1.add(coloursMenu);\r
 196     jMenuBar1.add(viewMenu);\r
 197     fileMenu.add(mapping); ;\r
 198 \r
 199     coloursMenu.add(seqButton);\r
 200     coloursMenu.add(chain);\r
 201     coloursMenu.add(charge);\r
 202     coloursMenu.add(zappo);\r
 203     coloursMenu.add(taylor);\r
 204     coloursMenu.add(hydro);\r
 205     coloursMenu.add(helix);\r
 206     coloursMenu.add(strand);\r
 207     coloursMenu.add(turn);\r
 208     coloursMenu.add(buried);\r
 209     coloursMenu.add(user);\r
 210     viewMenu.add(wire);\r
 211     viewMenu.add(depth);\r
 212     viewMenu.add(zbuffer);\r
 213     viewMenu.add(allchains);\r
 214     allchains.setState(true);\r
 215   }\r
 216 \r
 217   MenuBar jMenuBar1 = new MenuBar();\r
 218   Menu fileMenu = new Menu();\r
 219   Menu coloursMenu = new Menu();\r
 220   MenuItem mapping = new MenuItem();\r
 221   CheckboxGroup bg = new CheckboxGroup();\r
 222   CheckboxMenuItem wire = new CheckboxMenuItem();\r
 223   CheckboxMenuItem depth = new CheckboxMenuItem();\r
 224   CheckboxMenuItem zbuffer = new CheckboxMenuItem();\r
 225 \r
 226   MenuItem charge = new MenuItem();\r
 227   MenuItem hydro = new MenuItem();\r
 228   MenuItem chain = new MenuItem();\r
 229   MenuItem seqButton = new MenuItem();\r
 230 \r
 231   CheckboxMenuItem allchains = new CheckboxMenuItem();\r
 232   Menu viewMenu = new Menu();\r
 233   MenuItem turn = new MenuItem();\r
 234   MenuItem strand = new MenuItem();\r
 235   MenuItem helix = new MenuItem();\r
 236   MenuItem taylor = new MenuItem();\r
 237   MenuItem zappo = new MenuItem();\r
 238   MenuItem buried = new MenuItem();\r
 239   MenuItem user = new MenuItem();\r
 240 \r
 241   public void charge_actionPerformed()\r
 242   {\r
 243     pdbcanvas.bysequence = false;\r
 244     pdbcanvas.pdb.setChargeColours();\r
 245     pdbcanvas.redrawneeded = true;\r
 246     pdbcanvas.repaint();\r
 247   }\r
 248 \r
 249   public void chain_actionPerformed()\r
 250   {\r
 251     pdbcanvas.bysequence = false;\r
 252     pdbcanvas.pdb.setChainColours();\r
 253     pdbcanvas.redrawneeded = true;\r
 254     pdbcanvas.repaint();\r
 255   }\r
 256 \r
 257   public void zbuffer_actionPerformed()\r
 258   {\r
 259     pdbcanvas.zbuffer = !pdbcanvas.zbuffer;\r
 260     pdbcanvas.redrawneeded = true;\r
 261     pdbcanvas.repaint();\r
 262   }\r
 263 \r
 264   public void depth_actionPerformed()\r
 265   {\r
 266     pdbcanvas.depthcue = !pdbcanvas.depthcue;\r
 267     pdbcanvas.redrawneeded = true;\r
 268     pdbcanvas.repaint();\r
 269   }\r
 270 \r
 271   public void wire_actionPerformed()\r
 272   {\r
 273     pdbcanvas.wire = !pdbcanvas.wire;\r
 274     pdbcanvas.redrawneeded = true;\r
 275     pdbcanvas.repaint();\r
 276   }\r
 277 \r
 278   public void seqButton_actionPerformed()\r
 279   {\r
 280     pdbcanvas.bysequence = true;\r
 281     pdbcanvas.updateSeqColours();\r
 282     pdbcanvas.repaint();\r
 283   }\r
 284 \r
 285   public void mapping_actionPerformed()\r
 286   {\r
 287     jalview.appletgui.CutAndPasteTransfer cap\r
 288         = new jalview.appletgui.CutAndPasteTransfer(false, null);\r
 289     Frame frame = new Frame();\r
 290     frame.add(cap);\r
 291     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "PDB - Sequence Mapping", 500, 600);\r
 292     cap.setText(pdbcanvas.mappingDetails.toString());\r
 293   }\r
 294 \r
 295   public void allchains_itemStateChanged()\r
 296   {\r
 297     pdbcanvas.setAllchainsVisible(allchains.getState());\r
 298   }\r
 299 \r
 300 }\r